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Heatmap: Cluster_180 (Brassica rapa (Bra) Coexpression Clusters (HCCA Algorithm))

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(Values are log2 transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

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Gene
Light: 268 uE m-2 s-1
Light: 202.5 uE m-2 s-1 (Control)
Light: 135 uE m-2 s-1
Light: 67.5 uE m-2 s-1
Photoperiod: L24
Photoperiod: L20D4 (Control)
Photoperiod: L12D12
Photoperiod: L8D16
RBW: 4:1:1 (Control)
RBW: 4:1:0
RBW: 3:1:1
RBW: 3:1:0
Nitrogen: 0%
Nitrogen: 25%
Nitrogen: 50%
Nitrogen: 100% (Control)
Nitrogen: 150%
Phosphorous: 0%
Phosphorous: 25%
Phosphorous: 50%
Phosphorous: 100% (Control)
Phosphorous: 150%
Potassium: 0%
Potassium: 25%
Potassium: 50%
Potassium: 100% (Control)
Potassium: 150%
Temperature: 20°C
Temperature: 25°C (Control)
Temperature: 30°C
Temperature: 35°C
Bra000112 (GNAT8)
 -1.1 -0.63 -0.41 -0.92 -0.35 -0.54 -0.5 0.57 -1.26 -0.93 -0.92 -1.24 0.99 0.25 0.51 0.42 0.26 0.24 -0.83 -1.26 -0.69 -0.79 2.48 -0.11 -0.17 -0.45 -0.05 -0.31 -0.64 -0.49 0.4
Bra000157 (EIF2)
 -0.43 -0.47 -0.34 -0.4 0.09 0.06 -0.14 0.31 -0.74 -0.27 -0.89 -0.47 0.57 0.13 0.41 0.21 -0.01 -0.01 -0.33 -0.29 -0.39 -0.44 1.9 -0.09 -0.05 -0.2 0.03 -0.09 -0.4 -0.49 -0.11
Bra000743 (EIF3A)
 -0.3 -0.23 -0.22 -0.3 -0.17 -0.08 -0.29 0.33 -0.89 -0.63 -0.64 -0.75 0.68 0.13 0.36 0.14 0.12 0.07 -0.74 -0.35 -0.33 -0.41 1.83 -0.12 -0.06 -0.08 -0.05 -0.21 -0.36 -0.22 0.41
-0.11 0.04 0.31 -0.25 -0.17 -0.13 -0.33 0.18 -0.71 -0.52 -0.63 -0.7 0.43 0.17 0.36 0.06 -0.11 0.22 -0.59 -0.61 -0.49 -0.52 1.77 -0.18 -0.07 -0.17 -0.11 -0.11 -0.18 -0.06 0.28
Bra002337 (CCT2)
 -0.47 -0.4 -0.34 -0.8 0.07 -0.17 -0.27 0.12 -0.58 -0.23 -0.43 -0.51 0.46 0.51 0.6 0.27 0.18 0.16 -0.35 -0.26 -0.45 -0.23 1.24 -0.15 0.04 -0.2 0.05 -0.12 -0.03 -0.01 0.33
Bra002799 (SYNC1)
 -0.6 -0.22 -0.37 -0.44 0.03 0.17 -0.25 0.34 -0.97 -0.86 -0.86 -0.92 0.4 0.35 0.64 0.14 -0.03 0.22 -0.61 -0.33 -0.43 -0.34 2.16 -0.13 -0.17 -0.26 -0.16 -0.34 -0.53 -0.55 0.08
Bra003984 (SAG24)
 -0.97 -0.44 -0.43 -0.37 -0.72 -0.5 -0.42 0.13 -1.28 -0.66 -0.75 -0.82 0.85 0.25 0.44 0.43 0.22 -0.07 -0.79 -0.31 -0.17 -0.32 2.42 -0.17 -0.13 -0.17 -0.07 -0.3 -0.87 -0.78 0.06
Bra005421 (L18aB)
 -1.81 -0.96 -0.4 -0.43 -0.46 -0.2 -0.07 0.43 -2.02 -0.86 -1.06 -1.18 0.56 0.52 0.7 0.49 0.08 0.03 -0.46 -0.58 0.07 0.01 2.21 -0.07 0.11 0.15 0.14 -0.61 -1.31 -1.0 0.25
-0.48 -0.17 -0.06 -0.22 0.11 -0.04 -0.16 0.44 -0.55 -0.48 -0.59 -0.69 0.63 0.08 0.28 0.1 0.2 0.14 -0.57 -0.51 -0.18 -0.33 1.63 -0.23 -0.12 -0.19 -0.16 0.14 -0.2 -0.36 0.01
Bra007079 (GCN4)
 -0.32 -0.05 -0.03 -0.22 0.05 0.18 0.07 0.37 -0.57 -0.54 -0.42 -0.56 0.29 0.05 0.25 0.13 0.03 0.08 -0.43 -0.37 -0.2 -0.35 1.69 -0.26 -0.2 -0.27 -0.21 -0.39 -0.23 -0.16 0.22
Bra008004 (TFIIIA)
 -1.08 -0.69 -0.56 -0.34 0.24 0.63 -0.17 0.71 -0.89 -0.56 -0.89 -1.09 0.39 0.9 0.86 0.25 -0.06 -0.21 -0.75 -0.49 -0.45 -0.58 1.46 -0.21 -0.17 -0.53 0.1 -0.36 0.1 -0.5 0.49
Bra008652 (CCT6-1)
 -0.28 -0.36 -0.25 -0.63 -0.1 -0.32 -0.4 0.15 -0.45 -0.31 -0.38 -0.57 0.86 0.43 0.44 0.18 0.28 0.43 -0.31 -0.36 -0.17 0.02 1.08 -0.16 -0.03 -0.15 -0.14 -0.26 -0.51 -0.16 0.5
Bra010248 (DCAF1)
 -0.24 -0.12 -0.29 -0.64 0.13 0.2 -0.26 0.18 -0.51 -0.64 -0.52 -0.46 0.22 0.63 0.62 0.1 0.07 0.16 -0.29 -0.29 -0.36 -0.52 1.24 -0.35 -0.12 -0.23 0.08 -0.26 -0.02 0.04 0.46
-0.86 -0.92 -2.42 -0.96 -0.18 -0.26 -0.17 0.88 -1.76 -1.38 -1.91 -2.14 0.11 0.63 1.01 -0.41 -0.1 0.39 -0.47 -0.54 -0.98 -1.01 2.46 -0.32 -0.22 0.1 0.09 -0.24 -0.32 -0.43 0.89
Bra011251 (IBI1)
 -0.14 0.15 -0.21 -0.19 0.06 0.09 -0.09 0.4 -0.69 -0.49 -0.56 -0.61 0.42 0.3 0.48 -0.01 -0.08 0.0 -0.79 -0.53 -0.38 -0.4 1.82 -0.26 -0.1 -0.4 -0.14 -0.17 -0.39 -0.34 0.14
Bra011910 (SR33)
 -0.49 -0.77 -0.21 -0.5 -0.27 0.51 -0.44 0.09 -1.03 -1.29 -0.85 -1.22 0.22 1.01 1.2 0.11 -0.27 0.34 -0.2 -0.42 -0.61 -0.95 1.49 -0.04 0.03 -0.12 0.19 -0.33 -0.12 -0.54 0.58
-0.54 0.13 -0.17 -0.46 -0.03 0.08 -0.13 0.35 -0.54 -0.51 -0.67 -0.64 0.4 0.29 0.42 -0.11 -0.2 0.31 -0.42 -0.28 -0.16 -0.03 1.83 -0.22 -0.21 -0.36 -0.14 -0.43 -0.33 -0.4 0.14
Bra013385 (RLI2)
 -0.4 -0.13 -0.02 -0.44 -0.17 -0.06 -0.2 0.26 -0.63 -0.52 -0.56 -0.61 0.52 0.5 0.65 0.28 0.22 0.16 -0.35 -0.4 -0.29 -0.31 2.08 -0.42 -0.46 -0.42 -0.36 -0.54 -0.78 -0.65 -0.32
-0.85 -0.48 -0.99 -1.02 -0.07 0.22 -0.14 0.47 -0.89 -0.82 -0.87 -0.81 0.44 0.44 0.65 0.21 0.08 0.3 -0.61 -0.23 -0.52 -0.61 1.56 0.04 0.11 -0.14 0.01 -0.01 -0.03 0.12 0.57
-1.78 -1.51 -3.09 -1.94 -1.49 -0.47 -0.33 0.36 -1.4 -1.13 -4.12 -1.53 0.24 -0.26 1.04 -0.11 -0.85 0.96 -0.43 -0.98 -0.29 -0.79 2.72 0.05 0.11 -0.0 -0.06 0.16 -0.39 -0.41 1.11
-0.56 -0.31 -0.66 -0.21 0.16 0.35 0.1 0.36 -0.76 -0.8 -0.87 -0.75 0.62 0.28 0.53 0.32 0.12 0.0 -0.45 -0.3 -0.12 -0.29 1.35 0.03 0.11 -0.06 0.04 -0.21 -0.38 -0.38 0.15
Bra016657 (PWP2)
 0.07 -0.33 -0.15 -1.25 -0.35 -1.04 -0.72 0.61 -2.74 -1.86 -1.96 -2.83 0.52 0.03 0.7 -0.6 0.02 0.66 -1.03 -1.94 -1.41 -1.66 2.78 -0.11 -0.11 -0.58 0.25 -0.55 -0.53 -0.35 1.08
-0.61 -0.41 -0.58 -0.69 0.53 0.54 -0.23 0.46 -0.4 -0.73 -0.78 -0.56 0.33 0.71 0.64 -0.01 -0.0 0.07 -0.34 -0.29 -0.09 -0.18 1.34 -0.01 -0.32 -0.44 -0.28 -0.19 -0.19 -0.48 0.36
-0.93 -0.29 -0.39 -0.9 -0.25 0.17 -0.12 0.95 -1.0 -1.14 -1.35 -1.06 0.54 0.64 0.84 -0.38 -0.14 0.34 -1.02 -0.85 -0.59 -0.85 2.1 -0.24 -0.05 -0.26 0.03 -0.15 -0.35 -0.45 0.44
Bra017004 (SMO4)
 -0.38 -0.31 -0.65 -0.57 -0.02 -0.11 -0.05 0.61 -0.9 -0.89 -0.93 -0.82 0.59 0.22 0.44 0.1 -0.32 0.45 -0.63 -0.52 -0.35 -0.48 2.0 -0.08 -0.1 -0.17 -0.02 -0.2 -0.38 -0.4 0.36
Bra017131 (FAC1)
 -1.19 -0.88 -0.82 -1.54 0.34 0.8 -0.74 0.12 -0.86 -0.48 -1.46 -0.96 -0.05 0.86 1.16 0.38 0.22 1.01 -0.22 -0.44 -0.07 -0.87 2.21 -0.66 -0.73 -0.57 -0.43 -0.68 -0.68 -1.55 -0.3
Bra018567 (ADCP1)
 -1.91 -0.36 -1.19 -2.35 0.72 1.3 -0.71 0.19 -1.96 -1.4 -1.51 -1.83 0.49 0.96 1.15 0.23 0.04 1.15 -2.01 -1.96 -1.08 -2.08 2.48 -1.17 -0.38 -0.6 -0.81 -1.28 -0.79 -1.07 0.59
-0.67 -0.3 0.0 -0.24 0.3 0.3 -0.09 0.42 -1.23 -0.82 -0.96 -1.1 0.47 0.27 0.5 -0.02 -0.21 0.39 -0.54 -0.56 -0.2 -0.47 1.47 0.26 0.12 -0.08 0.11 -0.1 0.0 -0.28 0.07
Bra019933 (SNL6)
 -1.2 -0.65 -1.01 -1.04 -0.66 0.1 -0.66 0.52 -1.33 -0.95 -0.86 -1.28 0.39 0.45 0.79 0.2 -0.18 0.34 -0.53 -0.36 -0.91 -0.71 2.18 0.0 0.1 -0.08 0.08 -0.05 0.14 -0.18 0.5
Bra019994 (U2A')
 -0.5 -0.06 -0.08 -0.44 0.15 0.18 -0.41 -0.01 -0.36 -0.48 -0.39 -0.62 0.14 0.44 0.55 0.03 -0.07 -0.14 -0.6 -0.4 -0.38 -0.4 1.43 0.12 0.19 -0.19 0.14 -0.03 -0.14 -0.12 0.39
-0.81 -0.34 -0.66 -0.93 -0.19 0.06 -0.02 0.94 -1.19 -0.57 -1.28 -1.29 0.78 -0.0 0.08 -0.1 -0.16 0.16 -1.11 -0.49 -0.48 -0.81 2.07 0.06 0.4 -0.32 0.18 -0.24 -0.11 -0.3 0.56
Bra020542 (LOS1)
 -0.72 -0.09 -0.29 -0.44 -0.18 0.01 -0.27 0.14 -1.08 -0.69 -0.87 -0.64 0.41 0.36 0.61 0.29 0.06 0.14 -0.59 -0.65 -0.49 -0.46 1.96 -0.1 0.0 -0.11 0.02 -0.03 -0.31 -0.3 0.23
-0.5 -0.14 -0.16 -0.44 -0.16 0.08 -0.13 0.43 -0.77 -0.56 -0.55 -0.63 0.51 0.47 0.46 0.33 0.1 0.18 -0.36 -0.39 -0.37 -0.19 1.94 -0.38 -0.34 -0.29 -0.34 -0.4 -0.58 -0.5 -0.01
-0.59 -0.42 -0.6 -1.11 0.01 0.08 -0.21 0.46 -1.17 -1.16 -1.23 -1.32 0.19 -0.19 0.3 0.18 0.06 0.05 -0.73 -0.53 -0.41 -0.41 2.12 0.04 0.29 0.16 0.34 -0.0 -0.17 -0.04 0.43
-0.97 -0.75 -0.91 -2.04 -0.23 -0.33 -0.01 0.73 -1.3 -1.38 -0.88 -0.52 -0.03 0.35 0.93 0.0 -0.07 0.84 -0.37 -0.36 -0.5 -0.66 2.37 -0.17 -0.21 -0.84 -0.23 -0.37 -0.39 -0.71 0.61
Bra022462 (NBP35)
 -0.59 0.39 -0.12 -0.47 -0.45 -0.44 -0.31 -0.07 -0.89 -0.7 -0.69 -0.7 0.02 -0.02 0.35 -0.15 -0.21 0.43 -0.31 -0.55 -0.67 -0.62 2.64 -0.26 -0.27 -0.44 -0.16 -0.18 -0.61 -0.64 -0.11
-0.93 -0.43 -0.44 -0.33 -0.57 0.08 -0.13 0.28 -1.17 -1.01 -0.95 -1.11 0.57 0.34 1.0 0.03 -0.05 -0.12 -0.63 -0.55 -0.2 -0.24 2.02 0.29 0.3 0.09 0.21 -0.32 -0.71 -0.91 0.02
Bra023575 (ABCF1)
 -0.2 0.1 0.08 -0.13 -0.06 0.08 -0.33 0.04 -0.69 -0.68 -0.72 -0.78 0.14 0.47 0.46 0.06 -0.24 0.29 -0.4 -0.63 -0.54 -0.44 2.24 -0.48 -0.44 -0.29 -0.4 -0.42 -0.51 -0.3 -0.03
-1.16 -0.5 -0.65 -1.0 -0.01 0.41 -0.14 0.47 -1.07 -1.32 -0.95 -0.83 0.26 0.25 0.68 0.26 -0.21 0.41 -0.72 -0.92 -0.6 -0.75 2.16 -0.03 -0.12 -0.5 0.11 -0.16 -0.05 -0.03 0.44
Bra024720 (RID1)
 -0.27 -0.36 -0.3 -0.57 0.32 0.45 -0.08 0.25 -0.38 -0.62 -0.79 -0.9 0.17 0.64 0.87 0.19 -0.06 0.07 -0.16 -0.43 -0.17 -0.47 1.56 -0.07 -0.16 -0.18 -0.39 -0.2 -0.23 -0.57 -0.21
Bra025548 (PHB3)
 -0.46 -0.05 -0.11 -0.24 -0.17 0.27 -0.12 0.06 -1.19 -0.69 -0.8 -1.01 0.2 0.26 0.55 0.07 0.15 0.08 -0.5 -0.44 0.02 -0.32 1.96 -0.26 -0.0 -0.05 -0.02 -0.15 -0.71 -0.67 0.33
Bra026200 (TWN2)
 -0.85 -0.5 -0.34 -0.27 0.15 0.06 -0.15 0.23 -0.37 -0.3 -0.39 -0.4 0.29 0.49 0.7 0.17 0.17 0.1 -0.43 -0.25 -0.27 -0.27 1.17 -0.25 -0.13 -0.17 -0.08 0.05 -0.09 -0.14 0.3
Bra026724 (RH36)
 -0.12 -0.02 -0.16 -0.8 -0.05 -0.11 -0.12 0.58 -1.63 -1.0 -1.25 -1.19 0.86 -0.08 0.59 -0.11 -0.05 0.45 -0.4 -0.79 -0.63 -0.99 2.35 -0.08 -0.33 -0.41 -0.1 -0.42 -0.62 -0.38 -0.11
-0.98 -0.89 -1.06 -0.6 0.08 0.31 -0.07 0.61 -0.87 -1.0 -0.63 -0.66 0.68 0.29 0.66 0.4 0.01 0.08 -0.17 -0.49 -0.27 -0.65 1.63 -0.11 -0.16 0.1 -0.11 -0.02 -0.37 -0.18 0.37
-0.36 0.0 0.31 -0.43 -0.06 -0.03 -0.33 -0.08 -0.66 -0.47 -0.36 -0.62 0.53 0.47 0.71 0.05 -0.15 0.87 -0.26 -0.37 -0.13 -0.3 1.64 -0.47 -0.33 -0.56 -0.39 -0.58 -0.57 -0.51 0.14
-0.79 -0.25 -0.34 -1.05 -0.51 -0.2 -0.09 0.39 -0.89 -0.44 -0.67 -0.66 0.82 0.53 0.52 0.4 0.15 0.43 -0.32 -0.13 -0.14 -0.72 1.3 -0.28 -0.03 0.07 -0.02 -0.03 -0.25 -0.03 0.25
Bra029921 (OTP439)
 -0.4 -0.36 -0.14 -1.0 -0.29 0.39 -0.09 0.58 -0.86 -0.97 -1.13 -1.61 -0.1 0.18 0.75 -0.35 -0.22 0.35 -0.8 -0.35 -0.77 -0.67 1.79 0.28 0.25 -0.22 0.24 -0.22 -0.36 -0.1 0.94
-0.96 -1.26 -1.12 -1.13 0.37 0.92 -0.52 0.15 -0.69 -0.62 -1.09 -1.08 0.5 0.66 1.09 0.21 -0.05 0.55 -0.61 -0.21 -0.5 -0.64 2.15 -0.04 -0.18 -0.7 -0.93 -0.78 -0.67 -0.69 0.13
-1.51 -1.29 -1.81 -2.28 -0.51 -0.23 -0.42 0.99 -1.89 -1.45 -1.86 -1.76 0.82 -0.07 0.67 -0.12 -0.09 0.91 -0.74 -0.74 -1.25 -0.83 2.44 0.11 0.04 -0.32 0.15 -0.02 -0.4 -0.04 0.9
Bra032059 (EIF3B)
 0.02 0.12 -0.15 -0.26 0.02 0.22 -0.16 0.41 -1.04 -0.68 -0.73 -0.67 0.32 -0.07 0.29 0.16 0.08 0.43 -0.3 -0.56 -0.34 -0.76 1.75 -0.17 -0.07 -0.33 -0.17 -0.14 -0.45 -0.12 0.21
Bra032135 (SNRNP-G)
 -0.71 -0.31 -0.6 -0.18 -0.2 -0.11 -0.37 0.32 -1.49 -1.13 -0.96 -1.1 0.68 0.47 0.67 0.2 0.03 0.06 -0.9 -0.15 0.11 -0.29 2.29 0.03 0.01 -0.36 -0.22 -0.3 -1.12 -0.78 -0.18
-0.38 -0.42 -0.6 -0.35 0.22 0.41 0.01 0.15 -0.38 -0.51 -0.45 -0.35 0.28 0.65 0.73 0.09 -0.15 -0.16 -0.29 -0.08 -0.11 -0.22 1.14 -0.04 -0.11 -0.22 -0.04 -0.0 -0.04 -0.4 -0.11
Bra032620 (RPP1C)
 -1.11 -0.52 -0.57 -0.3 -0.51 -0.01 -0.25 0.2 -1.27 -0.84 -0.91 -1.19 0.81 0.48 0.79 0.11 0.11 0.27 -0.86 -0.41 -0.26 -0.18 2.45 -0.13 -0.23 -0.39 -0.19 -0.36 -0.94 -1.3 -0.16
Bra033708 (TOM9-2)
 -0.52 -0.28 -0.21 -0.79 0.14 -0.03 -0.11 0.24 -0.92 -0.68 -1.15 -1.08 0.42 0.42 0.3 -0.24 -0.12 0.73 -0.35 -0.33 -0.01 -0.17 2.26 -0.33 -0.26 -0.84 -0.09 -0.37 -0.49 -0.55 -0.17
-1.36 -1.09 -1.97 -1.25 -0.23 0.13 -0.09 0.67 -0.79 -1.21 -0.94 -1.51 0.63 0.51 0.91 0.11 0.39 0.68 -0.4 -0.23 -0.16 -0.91 1.97 -0.31 0.07 -0.25 0.0 -0.5 -0.42 -0.56 0.56
Bra034554 (EIF3K)
 -1.26 -0.94 -0.12 -0.21 -1.04 -0.02 -0.52 0.45 -1.69 -0.86 -0.56 -0.67 0.77 0.71 1.1 0.23 0.13 1.42 -0.93 -0.49 -0.02 -0.38 2.28 -0.77 -0.92 -0.61 -0.84 -0.72 -1.69 -1.68 -0.47
Bra035257 (SBB1)
 -0.37 -0.21 -0.31 -0.9 -0.13 -0.12 -0.19 0.08 -1.18 -0.71 -0.8 -0.46 0.47 -0.11 0.5 0.3 0.4 0.18 -0.43 -0.18 0.06 -0.14 2.06 -0.11 -0.12 -0.12 -0.17 -0.75 -1.0 -0.47 0.36
-0.56 -0.22 -0.26 0.12 -0.08 -0.18 -0.26 0.29 -1.09 -0.87 -0.8 -0.93 0.6 0.23 0.32 0.09 0.05 0.3 -0.65 -0.44 -0.08 -0.34 1.9 -0.06 0.06 -0.1 -0.0 -0.18 -0.64 -0.52 0.35
-0.95 -0.47 0.09 -0.61 -0.08 0.0 -0.74 0.31 -0.96 -0.78 -0.51 -0.66 0.73 0.37 1.01 0.53 -0.04 1.05 -0.1 -0.04 -0.18 -0.21 2.07 -0.59 -0.53 -0.83 -0.44 -1.16 -1.44 -1.4 -0.56
Bra038023 (PARN)
 0.0 -0.26 -0.23 -0.55 0.11 0.25 -0.38 0.22 -0.82 -0.82 -0.62 -0.59 0.39 0.59 0.74 0.34 0.06 0.16 -0.45 -0.64 -0.21 -0.58 1.05 -0.0 -0.19 -0.18 0.01 0.03 -0.31 0.05 0.54
Bra038501 (PSD1)
 -0.36 -0.28 -0.6 -0.43 0.11 0.27 0.14 0.64 -1.48 -1.03 -1.39 -1.43 0.61 0.27 0.34 0.05 0.51 0.1 -1.16 -0.91 -0.49 -0.88 2.36 -0.31 -0.07 -0.46 -0.2 -0.34 -1.03 -1.15 0.57
Bra038675 (ATKRS-1)
 -0.35 0.22 0.05 -0.05 -0.41 -0.34 -0.08 0.54 -1.17 -0.76 -0.92 -1.01 0.48 0.28 0.6 -0.06 0.02 0.08 -0.65 -0.73 -0.55 -0.56 2.0 -0.26 -0.23 0.0 -0.1 -0.34 -0.47 -0.36 0.45
-0.7 -0.36 0.2 -0.35 -0.59 -0.68 -0.13 0.7 -0.81 -0.55 -0.62 -0.71 0.79 0.03 0.25 0.11 -0.03 0.2 -0.87 -0.49 -0.38 -0.43 1.98 -0.3 -0.15 -0.16 -0.29 -0.44 -0.3 -0.22 0.7

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.