1. Home
  2. Tools
  3. Expression Heatmap
  4. Results

Heatmap: Cluster_180 (Brassica rapa (Bra) Coexpression Clusters (HCCA Algorithm))

View as: (view raw or zlog-transformed)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Values are normalized against highest expression of the row)

 Transpose table  Download table
Gene
Light: 268 uE m-2 s-1
Light: 202.5 uE m-2 s-1 (Control)
Light: 135 uE m-2 s-1
Light: 67.5 uE m-2 s-1
Photoperiod: L24
Photoperiod: L20D4 (Control)
Photoperiod: L12D12
Photoperiod: L8D16
RBW: 4:1:1 (Control)
RBW: 4:1:0
RBW: 3:1:1
RBW: 3:1:0
Nitrogen: 0%
Nitrogen: 25%
Nitrogen: 50%
Nitrogen: 100% (Control)
Nitrogen: 150%
Phosphorous: 0%
Phosphorous: 25%
Phosphorous: 50%
Phosphorous: 100% (Control)
Phosphorous: 150%
Potassium: 0%
Potassium: 25%
Potassium: 50%
Potassium: 100% (Control)
Potassium: 150%
Temperature: 20°C
Temperature: 25°C (Control)
Temperature: 30°C
Temperature: 35°C
Bra000112 (GNAT8)
 0.08 0.12 0.14 0.1 0.14 0.12 0.13 0.27 0.07 0.09 0.09 0.08 0.36 0.21 0.26 0.24 0.21 0.21 0.1 0.07 0.11 0.1 1.0 0.17 0.16 0.13 0.17 0.14 0.12 0.13 0.24
Bra000157 (EIF2)
 0.2 0.19 0.21 0.2 0.28 0.28 0.24 0.33 0.16 0.22 0.14 0.19 0.4 0.29 0.36 0.31 0.27 0.27 0.21 0.22 0.2 0.2 1.0 0.25 0.26 0.23 0.27 0.25 0.2 0.19 0.25
Bra000743 (EIF3A)
 0.23 0.24 0.24 0.23 0.25 0.27 0.23 0.35 0.15 0.18 0.18 0.17 0.45 0.31 0.36 0.31 0.31 0.3 0.17 0.22 0.22 0.21 1.0 0.26 0.27 0.27 0.27 0.24 0.22 0.24 0.37
0.27 0.3 0.36 0.25 0.26 0.27 0.23 0.33 0.18 0.2 0.19 0.18 0.4 0.33 0.38 0.3 0.27 0.34 0.2 0.19 0.21 0.2 1.0 0.26 0.28 0.26 0.27 0.27 0.26 0.28 0.36
Bra002337 (CCT2)
 0.31 0.32 0.33 0.24 0.44 0.38 0.35 0.46 0.28 0.36 0.31 0.3 0.58 0.6 0.64 0.51 0.48 0.47 0.33 0.35 0.31 0.36 1.0 0.38 0.43 0.37 0.44 0.39 0.41 0.42 0.53
Bra002799 (SYNC1)
 0.15 0.19 0.17 0.17 0.23 0.25 0.19 0.28 0.11 0.12 0.12 0.12 0.3 0.29 0.35 0.25 0.22 0.26 0.15 0.18 0.17 0.18 1.0 0.2 0.2 0.19 0.2 0.18 0.15 0.15 0.24
Bra003984 (SAG24)
 0.1 0.14 0.14 0.14 0.11 0.13 0.14 0.2 0.08 0.12 0.11 0.11 0.34 0.22 0.25 0.25 0.22 0.18 0.11 0.15 0.17 0.15 1.0 0.17 0.17 0.17 0.18 0.15 0.1 0.11 0.19
Bra005421 (L18aB)
 0.06 0.11 0.16 0.16 0.16 0.19 0.21 0.29 0.05 0.12 0.1 0.1 0.32 0.31 0.35 0.3 0.23 0.22 0.16 0.14 0.23 0.22 1.0 0.21 0.23 0.24 0.24 0.14 0.09 0.11 0.26
0.23 0.29 0.31 0.28 0.35 0.31 0.29 0.44 0.22 0.23 0.21 0.2 0.5 0.34 0.39 0.35 0.37 0.35 0.22 0.23 0.28 0.26 1.0 0.28 0.3 0.28 0.29 0.36 0.28 0.25 0.32
Bra007079 (GCN4)
 0.25 0.3 0.3 0.27 0.32 0.35 0.32 0.4 0.21 0.21 0.23 0.21 0.38 0.32 0.37 0.34 0.32 0.33 0.23 0.24 0.27 0.24 1.0 0.26 0.27 0.26 0.27 0.24 0.26 0.28 0.36
Bra008004 (TFIIIA)
 0.17 0.22 0.25 0.29 0.43 0.56 0.32 0.59 0.2 0.25 0.2 0.17 0.47 0.68 0.66 0.43 0.35 0.31 0.22 0.26 0.27 0.24 1.0 0.31 0.32 0.25 0.39 0.28 0.39 0.26 0.51
Bra008652 (CCT6-1)
 0.39 0.37 0.4 0.31 0.44 0.38 0.36 0.52 0.35 0.38 0.37 0.32 0.86 0.64 0.64 0.54 0.57 0.64 0.38 0.37 0.42 0.48 1.0 0.42 0.46 0.43 0.43 0.4 0.33 0.42 0.67
Bra010248 (DCAF1)
 0.36 0.39 0.35 0.27 0.46 0.48 0.35 0.48 0.3 0.27 0.29 0.31 0.49 0.65 0.65 0.45 0.44 0.47 0.35 0.35 0.33 0.29 1.0 0.33 0.39 0.36 0.45 0.35 0.42 0.44 0.58
0.1 0.1 0.03 0.09 0.16 0.15 0.16 0.33 0.05 0.07 0.05 0.04 0.2 0.28 0.37 0.14 0.17 0.24 0.13 0.13 0.09 0.09 1.0 0.15 0.16 0.19 0.19 0.15 0.15 0.13 0.34
Bra011251 (IBI1)
 0.26 0.31 0.25 0.25 0.3 0.3 0.27 0.38 0.18 0.2 0.19 0.19 0.38 0.35 0.4 0.28 0.27 0.28 0.16 0.2 0.22 0.22 1.0 0.24 0.26 0.21 0.26 0.25 0.22 0.22 0.31
Bra011910 (SR33)
 0.25 0.21 0.31 0.25 0.29 0.51 0.26 0.38 0.17 0.15 0.2 0.15 0.41 0.71 0.81 0.38 0.29 0.45 0.31 0.27 0.23 0.18 1.0 0.35 0.36 0.33 0.41 0.28 0.33 0.24 0.53
0.19 0.31 0.25 0.2 0.28 0.3 0.26 0.36 0.19 0.2 0.18 0.18 0.37 0.35 0.38 0.26 0.24 0.35 0.21 0.23 0.25 0.28 1.0 0.24 0.24 0.22 0.26 0.21 0.22 0.21 0.31
Bra013385 (RLI2)
 0.18 0.22 0.23 0.17 0.21 0.23 0.21 0.28 0.15 0.17 0.16 0.16 0.34 0.33 0.37 0.29 0.28 0.26 0.19 0.18 0.19 0.19 1.0 0.18 0.17 0.18 0.18 0.16 0.14 0.15 0.19
0.19 0.24 0.17 0.17 0.32 0.4 0.31 0.47 0.18 0.19 0.19 0.19 0.46 0.46 0.53 0.39 0.36 0.42 0.22 0.29 0.24 0.22 1.0 0.35 0.37 0.31 0.34 0.34 0.33 0.37 0.5
0.04 0.05 0.02 0.04 0.05 0.11 0.12 0.2 0.06 0.07 0.01 0.05 0.18 0.13 0.31 0.14 0.08 0.3 0.11 0.08 0.12 0.09 1.0 0.16 0.16 0.15 0.15 0.17 0.12 0.11 0.33
0.27 0.32 0.25 0.34 0.44 0.5 0.42 0.5 0.23 0.22 0.22 0.23 0.6 0.48 0.57 0.49 0.42 0.39 0.29 0.32 0.36 0.32 1.0 0.4 0.42 0.38 0.4 0.34 0.3 0.3 0.43
Bra016657 (PWP2)
 0.15 0.12 0.13 0.06 0.11 0.07 0.09 0.22 0.02 0.04 0.04 0.02 0.21 0.15 0.24 0.1 0.15 0.23 0.07 0.04 0.05 0.05 1.0 0.14 0.13 0.1 0.17 0.1 0.1 0.11 0.31
0.26 0.3 0.26 0.24 0.57 0.57 0.34 0.54 0.3 0.24 0.23 0.27 0.5 0.65 0.61 0.39 0.39 0.42 0.31 0.32 0.37 0.35 1.0 0.39 0.32 0.29 0.32 0.35 0.35 0.28 0.51
0.12 0.19 0.18 0.13 0.2 0.26 0.21 0.45 0.12 0.11 0.09 0.11 0.34 0.36 0.42 0.18 0.21 0.3 0.12 0.13 0.16 0.13 1.0 0.2 0.23 0.2 0.24 0.21 0.18 0.17 0.32
Bra017004 (SMO4)
 0.19 0.2 0.16 0.17 0.25 0.23 0.24 0.38 0.13 0.13 0.13 0.14 0.38 0.29 0.34 0.27 0.2 0.34 0.16 0.17 0.2 0.18 1.0 0.24 0.23 0.22 0.25 0.22 0.19 0.19 0.32
Bra017131 (FAC1)
 0.09 0.12 0.12 0.07 0.27 0.38 0.13 0.24 0.12 0.16 0.08 0.11 0.21 0.39 0.48 0.28 0.25 0.43 0.19 0.16 0.21 0.12 1.0 0.14 0.13 0.15 0.16 0.13 0.14 0.07 0.17
Bra018567 (ADCP1)
 0.05 0.14 0.08 0.04 0.3 0.44 0.11 0.2 0.05 0.07 0.06 0.05 0.25 0.35 0.4 0.21 0.18 0.4 0.04 0.05 0.08 0.04 1.0 0.08 0.14 0.12 0.1 0.07 0.1 0.09 0.27
0.23 0.29 0.36 0.3 0.44 0.44 0.34 0.48 0.15 0.2 0.19 0.17 0.5 0.44 0.51 0.35 0.31 0.47 0.25 0.24 0.31 0.26 1.0 0.43 0.39 0.34 0.39 0.34 0.36 0.3 0.38
Bra019933 (SNL6)
 0.1 0.14 0.11 0.11 0.14 0.24 0.14 0.32 0.09 0.11 0.12 0.09 0.29 0.3 0.38 0.25 0.2 0.28 0.15 0.17 0.12 0.13 1.0 0.22 0.24 0.21 0.23 0.21 0.24 0.2 0.31
Bra019994 (U2A')
 0.26 0.36 0.35 0.27 0.41 0.42 0.28 0.37 0.29 0.27 0.28 0.24 0.41 0.51 0.54 0.38 0.35 0.34 0.25 0.28 0.29 0.28 1.0 0.41 0.43 0.33 0.41 0.36 0.34 0.34 0.49
0.14 0.19 0.15 0.13 0.21 0.25 0.24 0.46 0.1 0.16 0.1 0.1 0.41 0.24 0.25 0.22 0.21 0.27 0.11 0.17 0.17 0.14 1.0 0.25 0.31 0.19 0.27 0.2 0.22 0.19 0.35
Bra020542 (LOS1)
 0.16 0.24 0.21 0.19 0.23 0.26 0.21 0.28 0.12 0.16 0.14 0.16 0.34 0.33 0.39 0.32 0.27 0.28 0.17 0.16 0.18 0.19 1.0 0.24 0.26 0.24 0.26 0.25 0.21 0.21 0.3
0.18 0.24 0.23 0.19 0.23 0.28 0.24 0.35 0.15 0.18 0.18 0.17 0.37 0.36 0.36 0.33 0.28 0.3 0.2 0.2 0.2 0.23 1.0 0.2 0.21 0.21 0.21 0.2 0.17 0.18 0.26
0.15 0.17 0.15 0.11 0.23 0.24 0.2 0.32 0.1 0.1 0.1 0.09 0.26 0.2 0.28 0.26 0.24 0.24 0.14 0.16 0.17 0.17 1.0 0.24 0.28 0.26 0.29 0.23 0.2 0.22 0.31
0.1 0.12 0.1 0.05 0.17 0.15 0.19 0.32 0.08 0.07 0.11 0.13 0.19 0.25 0.37 0.19 0.19 0.35 0.15 0.15 0.14 0.12 1.0 0.17 0.17 0.11 0.16 0.15 0.15 0.12 0.3
Bra022462 (NBP35)
 0.11 0.21 0.15 0.12 0.12 0.12 0.13 0.15 0.09 0.1 0.1 0.1 0.16 0.16 0.2 0.15 0.14 0.22 0.13 0.11 0.1 0.1 1.0 0.13 0.13 0.12 0.14 0.14 0.11 0.1 0.15
0.13 0.18 0.18 0.2 0.17 0.26 0.22 0.3 0.11 0.12 0.13 0.11 0.37 0.31 0.49 0.25 0.24 0.23 0.16 0.17 0.21 0.21 1.0 0.3 0.3 0.26 0.29 0.2 0.15 0.13 0.25
Bra023575 (ABCF1)
 0.18 0.23 0.22 0.19 0.2 0.22 0.17 0.22 0.13 0.13 0.13 0.12 0.23 0.29 0.29 0.22 0.18 0.26 0.16 0.14 0.14 0.16 1.0 0.15 0.16 0.17 0.16 0.16 0.15 0.17 0.21
0.1 0.16 0.14 0.11 0.22 0.3 0.2 0.31 0.11 0.09 0.12 0.13 0.27 0.26 0.36 0.27 0.19 0.3 0.14 0.12 0.15 0.13 1.0 0.22 0.21 0.16 0.24 0.2 0.22 0.22 0.3
Bra024720 (RID1)
 0.28 0.26 0.28 0.23 0.42 0.46 0.32 0.4 0.26 0.22 0.2 0.18 0.38 0.53 0.62 0.39 0.32 0.36 0.3 0.25 0.3 0.24 1.0 0.32 0.3 0.3 0.26 0.29 0.29 0.23 0.29
Bra025548 (PHB3)
 0.19 0.25 0.24 0.22 0.23 0.31 0.24 0.27 0.11 0.16 0.15 0.13 0.29 0.31 0.37 0.27 0.28 0.27 0.18 0.19 0.26 0.21 1.0 0.22 0.26 0.25 0.25 0.23 0.16 0.16 0.32
Bra026200 (TWN2)
 0.25 0.31 0.35 0.37 0.49 0.46 0.4 0.52 0.34 0.36 0.34 0.34 0.54 0.62 0.72 0.5 0.5 0.48 0.33 0.37 0.37 0.37 1.0 0.37 0.41 0.39 0.42 0.46 0.42 0.4 0.55
Bra026724 (RH36)
 0.18 0.19 0.18 0.11 0.19 0.18 0.18 0.29 0.06 0.1 0.08 0.09 0.36 0.19 0.3 0.18 0.19 0.27 0.15 0.11 0.13 0.1 1.0 0.19 0.16 0.15 0.18 0.15 0.13 0.15 0.18
0.16 0.17 0.15 0.21 0.34 0.4 0.31 0.49 0.18 0.16 0.21 0.2 0.52 0.39 0.51 0.43 0.33 0.34 0.29 0.23 0.27 0.21 1.0 0.3 0.29 0.35 0.3 0.32 0.25 0.28 0.42
0.25 0.32 0.4 0.24 0.31 0.31 0.26 0.3 0.2 0.23 0.25 0.21 0.46 0.44 0.53 0.33 0.29 0.59 0.27 0.25 0.29 0.26 1.0 0.23 0.26 0.22 0.24 0.21 0.22 0.23 0.35
0.23 0.34 0.32 0.2 0.28 0.35 0.38 0.53 0.22 0.3 0.26 0.26 0.71 0.59 0.58 0.53 0.45 0.55 0.33 0.37 0.37 0.25 1.0 0.33 0.4 0.43 0.4 0.4 0.34 0.4 0.48
Bra029921 (OTP439)
 0.22 0.23 0.26 0.14 0.24 0.38 0.27 0.43 0.16 0.15 0.13 0.09 0.27 0.33 0.49 0.23 0.25 0.37 0.17 0.23 0.17 0.18 1.0 0.35 0.34 0.25 0.34 0.25 0.23 0.27 0.56
0.12 0.09 0.1 0.1 0.29 0.43 0.16 0.25 0.14 0.15 0.11 0.11 0.32 0.36 0.48 0.26 0.22 0.33 0.15 0.19 0.16 0.14 1.0 0.22 0.2 0.14 0.12 0.13 0.14 0.14 0.25
0.06 0.08 0.05 0.04 0.13 0.16 0.14 0.36 0.05 0.07 0.05 0.05 0.32 0.18 0.29 0.17 0.17 0.35 0.11 0.11 0.08 0.1 1.0 0.2 0.19 0.15 0.2 0.18 0.14 0.18 0.34
Bra032059 (EIF3B)
 0.3 0.32 0.27 0.25 0.3 0.35 0.27 0.4 0.14 0.19 0.18 0.19 0.37 0.28 0.36 0.33 0.32 0.4 0.24 0.2 0.24 0.18 1.0 0.27 0.28 0.24 0.27 0.27 0.22 0.27 0.34
Bra032135 (SNRNP-G)
 0.12 0.16 0.13 0.18 0.18 0.19 0.16 0.25 0.07 0.09 0.1 0.09 0.33 0.28 0.32 0.23 0.21 0.21 0.11 0.18 0.22 0.17 1.0 0.21 0.21 0.16 0.17 0.17 0.09 0.12 0.18
0.35 0.34 0.3 0.36 0.53 0.6 0.46 0.5 0.35 0.32 0.33 0.36 0.55 0.71 0.75 0.48 0.41 0.4 0.37 0.43 0.42 0.39 1.0 0.44 0.42 0.39 0.44 0.45 0.44 0.34 0.42
Bra032620 (RPP1C)
 0.08 0.13 0.12 0.15 0.13 0.18 0.15 0.21 0.08 0.1 0.1 0.08 0.32 0.26 0.32 0.2 0.2 0.22 0.1 0.14 0.15 0.16 1.0 0.17 0.16 0.14 0.16 0.14 0.1 0.07 0.16
Bra033708 (TOM9-2)
 0.15 0.17 0.18 0.12 0.23 0.21 0.19 0.25 0.11 0.13 0.09 0.1 0.28 0.28 0.26 0.18 0.19 0.35 0.16 0.17 0.21 0.19 1.0 0.17 0.18 0.12 0.2 0.16 0.15 0.14 0.19
0.1 0.12 0.07 0.11 0.22 0.28 0.24 0.4 0.15 0.11 0.13 0.09 0.39 0.36 0.48 0.28 0.33 0.41 0.19 0.22 0.23 0.14 1.0 0.2 0.27 0.21 0.25 0.18 0.19 0.17 0.38
Bra034554 (EIF3K)
 0.09 0.11 0.19 0.18 0.1 0.2 0.14 0.28 0.06 0.11 0.14 0.13 0.35 0.34 0.44 0.24 0.23 0.55 0.11 0.15 0.2 0.16 1.0 0.12 0.11 0.13 0.12 0.12 0.06 0.06 0.15
Bra035257 (SBB1)
 0.18 0.21 0.19 0.13 0.22 0.22 0.21 0.25 0.11 0.15 0.14 0.17 0.33 0.22 0.34 0.29 0.31 0.27 0.18 0.21 0.25 0.22 1.0 0.22 0.22 0.22 0.21 0.14 0.12 0.17 0.31
0.18 0.23 0.22 0.29 0.25 0.24 0.22 0.33 0.13 0.15 0.15 0.14 0.41 0.31 0.33 0.29 0.28 0.33 0.17 0.2 0.25 0.21 1.0 0.26 0.28 0.25 0.27 0.24 0.17 0.19 0.34
0.12 0.17 0.25 0.16 0.23 0.24 0.14 0.3 0.12 0.14 0.17 0.15 0.4 0.31 0.48 0.34 0.23 0.49 0.22 0.23 0.21 0.21 1.0 0.16 0.17 0.13 0.18 0.11 0.09 0.09 0.16
Bra038023 (PARN)
 0.48 0.4 0.41 0.33 0.52 0.58 0.37 0.56 0.27 0.27 0.31 0.32 0.64 0.73 0.81 0.61 0.5 0.54 0.35 0.31 0.42 0.32 1.0 0.48 0.42 0.43 0.49 0.49 0.39 0.5 0.7
Bra038501 (PSD1)
 0.15 0.16 0.13 0.14 0.21 0.23 0.21 0.3 0.07 0.1 0.07 0.07 0.3 0.24 0.25 0.2 0.28 0.21 0.09 0.1 0.14 0.11 1.0 0.16 0.19 0.14 0.17 0.15 0.1 0.09 0.29
Bra038675 (ATKRS-1)
 0.2 0.29 0.26 0.24 0.19 0.2 0.24 0.37 0.11 0.15 0.13 0.12 0.35 0.3 0.38 0.24 0.25 0.27 0.16 0.15 0.17 0.17 1.0 0.21 0.21 0.25 0.23 0.2 0.18 0.19 0.34
0.16 0.2 0.29 0.2 0.17 0.16 0.23 0.41 0.14 0.17 0.16 0.15 0.44 0.26 0.3 0.27 0.25 0.29 0.14 0.18 0.19 0.19 1.0 0.21 0.23 0.23 0.21 0.19 0.21 0.22 0.41

Details

Expression values normalized per gene (using the maximum value, Green cells indicate low expression and red high. (Dark gray cells indicate missing values)