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Heatmap: Cluster_123 (Brassica rapa (Bra) Coexpression Clusters (HCCA Algorithm))

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(Values are log2 transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

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Gene
Light: 268 uE m-2 s-1
Light: 202.5 uE m-2 s-1 (Control)
Light: 135 uE m-2 s-1
Light: 67.5 uE m-2 s-1
Photoperiod: L24
Photoperiod: L20D4 (Control)
Photoperiod: L12D12
Photoperiod: L8D16
RBW: 4:1:1 (Control)
RBW: 4:1:0
RBW: 3:1:1
RBW: 3:1:0
Nitrogen: 0%
Nitrogen: 25%
Nitrogen: 50%
Nitrogen: 100% (Control)
Nitrogen: 150%
Phosphorous: 0%
Phosphorous: 25%
Phosphorous: 50%
Phosphorous: 100% (Control)
Phosphorous: 150%
Potassium: 0%
Potassium: 25%
Potassium: 50%
Potassium: 100% (Control)
Potassium: 150%
Temperature: 20°C
Temperature: 25°C (Control)
Temperature: 30°C
Temperature: 35°C
Bra000663 (APX4)
 0.73 0.52 0.37 0.4 -0.32 -0.96 0.26 0.61 0.71 0.24 0.33 0.69 -0.58 -1.51 -1.94 -1.13 -0.54 -1.41 -0.54 -0.64 -0.48 -0.4 -3.19 0.05 0.11 0.1 0.16 0.36 0.51 0.82 0.12
Bra002999 (LHCB3)
 0.61 0.22 0.2 0.44 -0.17 -0.22 0.12 0.18 0.58 -0.11 0.21 0.3 -0.72 -0.51 -1.06 -1.03 -0.68 -1.28 -0.17 -0.63 -0.36 -0.44 -2.93 0.29 0.27 0.18 0.09 0.72 0.9 0.61 -0.2
0.54 0.37 0.28 0.16 0.15 -0.09 0.09 0.3 0.45 0.13 0.25 0.32 -0.52 -0.51 -0.59 -0.43 -0.29 -1.07 -0.16 -0.19 -0.26 -0.26 -2.39 -0.11 -0.08 -0.09 -0.05 0.17 0.47 0.53 0.27
Bra003451 (LHCA2)
 0.38 0.25 0.3 0.24 -0.14 -0.28 -0.17 -0.12 0.37 0.16 0.25 0.26 -0.43 -0.3 -0.49 -0.47 -0.46 -0.97 -0.13 -0.16 -0.27 -0.25 -2.18 0.01 0.08 0.06 0.12 0.46 0.66 0.57 0.26
Bra005405 (GPS1)
 0.05 -0.24 -0.17 0.27 -0.39 -0.36 -0.19 -0.32 0.53 0.28 0.46 0.25 -0.46 -0.72 -0.82 -0.14 -0.22 -1.69 -0.13 -0.28 -0.09 -0.16 -2.78 0.33 0.37 0.39 0.2 0.64 0.97 0.43 0.0
Bra005423 (LHB1B2)
 0.65 0.64 0.7 0.74 -0.47 -0.5 -0.41 -0.18 -0.19 -0.2 0.14 0.41 -1.21 -0.83 -1.07 -1.16 -0.93 -0.77 0.17 -0.56 -0.56 -0.4 -2.72 0.24 0.22 0.31 0.22 0.54 0.72 0.9 0.25
Bra007109 (LHCA1)
 0.42 0.21 0.16 0.39 -0.52 -0.55 0.17 0.34 0.42 0.11 0.15 0.36 -0.61 -1.0 -1.2 -0.82 -0.44 -1.31 -0.26 -0.37 -0.27 -0.31 -3.15 0.32 0.3 0.23 0.3 0.63 0.76 0.7 0.11
Bra012083 (OEE1)
 0.15 0.06 0.14 0.18 -0.4 -0.51 -0.22 -0.18 0.07 0.02 0.07 0.0 -0.52 -0.75 -1.06 -0.35 -0.35 -1.0 -0.04 -0.09 -0.13 -0.18 -2.6 0.38 0.48 0.47 0.53 0.46 0.65 0.75 0.53
Bra012475 (COL16)
 0.15 -0.06 0.0 -0.13 -0.13 -0.18 -0.03 -0.02 -0.22 -0.09 -0.02 -0.11 -0.57 -0.57 -0.56 -0.22 -0.15 -0.54 -0.06 -0.1 -0.25 -0.03 -0.88 0.34 0.43 0.47 0.46 0.22 0.41 0.66 0.47
Bra013183 (LHCB2)
 0.71 0.57 0.44 0.68 -0.42 -1.19 -0.13 0.01 0.62 -0.04 0.4 0.46 -0.93 -1.73 -2.26 -1.53 -0.94 -1.14 -0.25 -0.79 -0.54 -0.43 -2.85 0.16 0.13 0.29 0.2 0.91 0.64 0.98 0.33
Bra014433 (LHCA2)
 0.06 -0.2 -0.31 0.06 -0.32 -0.36 -0.08 -0.17 0.23 0.25 0.24 0.26 -0.41 -0.6 -0.93 -0.17 -0.15 -1.35 -0.03 -0.01 -0.01 -0.03 -2.44 0.41 0.46 0.29 0.45 0.47 0.56 0.56 0.25
Bra014908 (PSAF)
 0.72 0.64 0.6 0.73 -0.49 -0.48 -0.41 -0.16 0.11 0.2 0.05 0.2 -0.37 -1.15 -1.29 -0.6 -0.59 -1.43 -0.68 -0.21 -0.23 -0.32 -3.05 0.24 0.24 0.31 0.21 0.57 0.78 0.59 0.08
0.4 0.31 0.27 0.48 -0.67 -1.35 0.11 0.2 0.63 0.34 0.51 0.73 -0.12 -1.49 -1.8 -0.69 -0.24 -1.45 -0.4 -0.15 -0.01 -0.21 -3.77 0.1 0.26 0.23 0.37 -0.05 0.38 0.62 0.2
Bra018144 (CAB4)
 0.38 0.08 0.1 0.25 -0.36 -0.37 0.16 0.22 0.46 0.12 0.29 0.28 -0.32 -0.64 -0.98 -0.41 -0.22 -1.23 -0.16 -0.19 -0.11 -0.2 -2.63 0.18 0.18 0.1 0.09 0.54 0.71 0.48 0.04
0.19 0.59 0.1 0.02 -0.25 -0.4 -0.38 -0.59 0.51 -0.15 0.45 0.31 -0.65 -0.56 -1.15 -0.56 -0.41 -1.01 -0.13 -0.34 -0.29 -0.07 -3.17 0.37 0.4 0.31 0.3 0.24 1.0 0.57 0.36
Bra018955 (PSI-H)
 0.39 0.12 0.12 0.17 -0.32 -0.33 -0.21 -0.15 0.1 0.21 0.5 -0.0 -0.65 -0.45 -0.83 -0.54 -0.37 -0.5 0.09 -0.22 -0.2 0.01 -2.18 0.25 0.26 0.15 0.12 0.6 0.71 0.51 0.14
Bra021327 (TLP18.3)
 0.21 0.09 0.01 -0.06 -0.26 -0.34 0.04 0.06 0.27 0.22 0.28 0.23 -0.4 -0.81 -0.88 -0.18 -0.18 -1.29 -0.16 0.03 -0.01 -0.06 -1.89 0.24 0.25 0.19 0.31 0.28 0.48 0.53 0.46
Bra021649 (PSBW)
 0.41 0.25 0.36 0.36 0.07 -0.16 0.06 0.26 0.36 0.03 0.19 0.01 -0.46 -0.39 -0.81 -0.24 -0.39 -1.38 -0.33 -0.25 -0.22 -0.05 -2.25 0.02 0.06 -0.02 0.01 0.45 0.74 0.49 0.06
Bra021909 (DEG11)
 0.6 -0.44 0.18 -1.05 -0.54 -1.43 0.32 0.12 0.86 -0.23 0.2 -0.29 -0.75 -0.67 -0.91 -1.3 -0.51 -1.59 -1.18 -0.11 0.02 -0.39 -2.37 0.44 0.41 0.45 0.44 0.73 0.98 1.09 0.49
Bra023176 (PSAF)
 0.29 0.23 0.27 0.23 -0.41 -0.24 -0.03 0.05 0.32 0.14 0.23 0.22 -0.46 -0.45 -0.61 -0.21 -0.17 -1.14 -0.09 -0.08 -0.06 -0.19 -2.34 0.24 0.22 0.2 0.21 0.34 0.48 0.44 0.03
Bra024261 (PSAN)
 0.27 0.06 0.05 0.32 -0.6 -0.45 0.04 0.14 0.42 0.13 0.37 0.23 -0.17 -0.84 -1.0 -0.11 -0.03 -1.14 -0.09 -0.1 0.0 -0.02 -2.47 0.26 0.22 0.15 0.18 0.26 0.52 0.47 0.08
Bra025297 (DEG13)
 0.54 0.16 0.37 0.73 -0.53 -1.04 0.19 0.35 0.32 0.04 -0.29 -0.07 -1.06 -1.4 -1.68 -1.08 -0.67 -1.62 -0.24 -0.36 -0.36 -0.34 -3.33 0.49 0.52 0.55 0.37 1.03 1.01 0.48 -0.17
Bra026745 (CP24)
 0.51 0.1 -0.07 0.43 -0.38 -0.57 0.11 0.13 0.6 0.2 0.34 0.55 -0.74 -0.91 -1.16 -1.18 -0.54 -1.5 -0.41 -0.55 -0.32 -0.45 -3.07 0.24 0.26 0.19 0.25 0.74 0.88 0.81 0.1
Bra027188 (PSAH-1)
 0.26 0.32 0.42 0.38 -0.46 -0.71 -0.3 -0.16 0.01 0.05 0.21 0.18 -0.67 -0.32 -0.59 -0.44 -0.3 -0.57 0.11 0.12 0.06 0.06 -1.49 0.32 0.39 0.33 0.31 0.26 0.3 0.23 -0.05
Bra028906 (LHCB4.1)
 0.49 0.38 0.5 0.52 -0.52 -0.77 -0.17 -0.12 0.34 0.01 0.18 0.33 -0.55 -1.43 -1.69 -0.79 -0.51 -1.32 -0.21 -0.6 -0.47 -0.4 -3.18 0.3 0.35 0.41 0.45 0.5 0.73 0.96 0.4
Bra029563 (PSBQ)
 0.42 0.29 0.34 0.22 -0.09 -0.4 -0.14 -0.09 0.29 0.04 0.26 0.22 -0.69 -0.84 -1.06 -0.57 -0.57 -1.0 0.01 -0.29 -0.26 -0.39 -2.63 0.27 0.26 0.18 0.25 0.51 0.72 0.76 0.33
Bra029732 (LHCB4.2)
 0.53 0.53 0.55 0.44 -0.1 -0.08 -0.19 -0.18 0.57 0.06 0.28 0.17 -0.76 -0.29 -0.6 -0.44 -0.32 -1.14 0.09 -0.29 -0.19 -0.22 -3.14 0.01 -0.01 -0.01 -0.08 0.34 0.61 0.41 -0.1
Bra030181 (CAB3)
 0.37 0.07 0.34 0.13 -0.42 -0.65 0.03 -0.02 0.79 0.13 0.36 0.23 -0.75 -0.59 -0.8 -0.84 -0.54 -1.07 -0.21 -0.13 -0.11 -0.25 -2.51 0.28 0.26 0.27 0.37 0.35 0.58 0.7 0.08
Bra030182 (CAB3)
 0.23 0.07 0.39 0.44 -1.43 -1.54 -0.06 -0.27 0.49 0.21 0.48 0.36 -0.66 -1.73 -2.12 -0.77 -0.39 -1.71 -0.33 -0.32 -0.14 -0.05 -3.02 0.26 0.33 0.41 0.4 0.41 0.55 1.35 0.6
Bra030660 (OE23)
 0.21 0.17 0.03 0.37 -0.48 -0.6 -0.09 0.13 0.44 0.39 0.47 0.15 -0.29 -1.24 -1.11 -0.33 -0.17 -1.02 0.24 0.05 -0.13 -0.05 -2.35 0.18 0.27 0.24 0.3 0.13 0.33 0.5 0.21
Bra030843 (PSAG)
 0.18 0.03 0.18 0.16 -0.12 -0.34 -0.17 -0.33 0.46 0.08 0.19 0.39 -0.39 -0.31 -0.44 -0.32 -0.19 -0.67 0.09 0.11 -0.04 0.02 -1.89 0.14 0.18 0.14 0.14 0.1 0.37 0.49 0.13
Bra031427 (LHCA3)
 0.37 0.04 -0.05 0.1 -0.06 -0.18 -0.07 -0.2 0.57 0.15 0.31 0.37 -0.61 -0.55 -0.65 -0.65 -0.43 -1.01 -0.06 -0.11 -0.1 -0.14 -2.57 0.16 0.15 0.09 0.17 0.47 0.77 0.59 0.12
Bra031813 (OEE1)
 0.2 0.22 0.19 0.02 -0.55 -0.42 0.16 0.26 0.09 0.1 0.21 0.27 -0.32 -0.69 -0.93 -0.28 -0.19 -0.82 -0.04 0.01 -0.06 -0.14 -2.37 0.24 0.3 0.32 0.37 0.25 0.26 0.46 0.39
Bra033802 (PTAC16)
 0.34 0.18 0.18 0.21 -0.39 -0.38 0.05 -0.06 0.5 0.22 0.42 0.38 -0.46 -0.99 -1.18 -0.18 -0.08 -1.2 -0.07 -0.07 -0.13 -0.12 -2.72 0.02 0.07 -0.03 0.06 0.3 0.73 0.56 0.38
Bra034911 (PSAL)
 0.11 0.06 0.11 0.23 -0.54 -0.46 -0.16 -0.23 0.19 0.07 0.26 0.29 -0.69 -0.66 -0.91 -0.56 -0.57 -1.09 -0.06 -0.13 -0.13 -0.22 -2.26 0.47 0.47 0.39 0.47 0.61 0.77 0.72 0.07
Bra036240 (PSAD1)
 0.25 0.07 0.2 0.29 -0.22 -0.27 -0.2 -0.19 0.53 0.12 0.35 0.31 -0.57 -0.45 -0.71 -0.61 -0.42 -0.86 0.09 -0.12 -0.04 0.02 -2.67 0.18 0.18 0.14 0.22 0.44 0.67 0.47 -0.08
Bra036948 (CH1)
 0.46 0.41 0.71 0.68 -0.51 -0.15 0.04 0.04 0.2 -0.04 0.06 0.04 -0.57 -0.48 -0.6 -0.26 -0.31 -0.87 -0.08 -0.24 -0.23 -0.17 -1.66 0.02 0.09 0.09 0.0 0.5 0.53 0.28 -0.14
Bra037104 (PSAG)
 0.08 -0.02 0.16 0.01 -0.5 -0.59 -0.06 -0.05 0.37 0.2 0.34 0.35 -0.31 -0.6 -0.79 -0.23 -0.16 -0.73 0.02 0.06 0.08 0.02 -2.0 0.21 0.27 0.29 0.27 0.26 0.38 0.42 0.22
Bra037164 (OEE1)
 0.59 0.69 -0.08 -0.04 -0.28 -0.81 -0.19 -0.45 0.22 -0.22 0.23 -0.09 -0.87 -1.18 -1.38 -0.63 -0.92 -1.49 -0.34 -0.58 -0.44 -0.51 -2.24 0.59 0.64 0.64 0.68 0.67 0.77 0.86 0.56
Bra037913 (LHCB5)
 0.2 0.06 0.04 0.25 -0.41 -0.18 0.15 0.08 0.25 0.06 0.26 0.24 -0.48 -0.36 -0.55 -0.19 -0.21 -1.13 0.01 -0.07 -0.05 -0.07 -2.18 0.22 0.27 0.21 0.23 0.45 0.46 0.33 0.0
Bra038011 (PSAG)
 0.39 0.09 0.4 0.34 -0.57 -0.59 -0.29 -0.17 0.32 0.08 0.22 0.14 -0.08 -0.85 -1.22 -0.34 -0.09 -1.13 -0.26 -0.14 -0.0 -0.12 -2.57 0.22 0.31 0.48 0.34 0.36 0.6 0.57 0.19
Bra038863 (OEC33)
 0.36 0.28 0.28 0.17 -0.36 -0.52 -0.27 -0.27 0.45 0.11 0.28 0.24 -0.49 -0.75 -1.07 -0.23 -0.22 -1.19 0.01 -0.09 -0.09 -0.04 -2.57 0.16 0.23 0.1 0.18 0.24 0.77 0.67 0.35
Bra039070 (DEG13)
 0.4 0.28 0.25 0.31 -0.24 -0.11 0.14 0.09 0.22 -0.14 0.17 0.05 -0.4 0.08 -0.52 -0.25 -0.22 -1.01 0.05 -0.2 -0.08 -0.32 -1.57 0.23 0.23 0.21 0.04 0.43 0.43 0.16 -0.28
Bra039676 (MPK18)
 0.49 -0.1 -0.24 0.21 -0.69 -0.49 -0.27 0.46 -0.13 -0.31 0.19 0.15 -0.63 -1.05 -0.59 -1.13 -0.64 -0.93 -0.62 -0.46 -0.21 -0.02 -0.29 0.39 0.55 0.68 0.67 0.58 0.45 0.72 0.29
Bra040482 (PSAP)
 0.49 0.19 0.25 0.32 -0.3 -0.41 0.07 0.17 0.44 0.27 0.41 0.59 -0.58 -1.09 -1.28 -0.36 -0.27 -1.45 -0.21 -0.12 -0.15 0.02 -3.53 0.07 0.12 -0.04 0.21 0.12 0.46 0.7 0.29

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.