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Heatmap: Cluster_246 (Brassica rapa (Bra) Coexpression Clusters (HCCA Algorithm))

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(Values are log2 transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

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Gene
Light: 268 uE m-2 s-1
Light: 202.5 uE m-2 s-1 (Control)
Light: 135 uE m-2 s-1
Light: 67.5 uE m-2 s-1
Photoperiod: L24
Photoperiod: L20D4 (Control)
Photoperiod: L12D12
Photoperiod: L8D16
RBW: 4:1:1 (Control)
RBW: 4:1:0
RBW: 3:1:1
RBW: 3:1:0
Nitrogen: 0%
Nitrogen: 25%
Nitrogen: 50%
Nitrogen: 100% (Control)
Nitrogen: 150%
Phosphorous: 0%
Phosphorous: 25%
Phosphorous: 50%
Phosphorous: 100% (Control)
Phosphorous: 150%
Potassium: 0%
Potassium: 25%
Potassium: 50%
Potassium: 100% (Control)
Potassium: 150%
Temperature: 20°C
Temperature: 25°C (Control)
Temperature: 30°C
Temperature: 35°C
-1.31 -0.51 -0.41 -2.7 -0.15 1.19 -0.46 -0.39 0.01 0.76 0.25 0.44 -1.03 1.11 1.64 0.56 0.53 1.08 0.4 0.67 0.3 0.52 -3.39 -1.65 -0.99 -1.14 -1.45 -2.18 -1.84 -1.82 -2.58
Bra001531 (mtE2-2)
 0.16 -0.07 -0.7 -0.36 0.52 0.51 0.0 -0.07 0.19 0.4 0.15 0.4 0.19 0.54 0.68 0.41 0.05 -0.22 -0.04 -0.05 0.15 0.12 0.07 -0.4 -0.56 -0.68 -0.7 -0.54 -0.67 -0.52 -0.92
-0.8 -1.23 -1.39 -1.01 0.14 0.8 -0.1 -0.57 0.37 -0.05 0.2 0.07 -0.51 0.9 1.01 0.45 0.32 0.13 0.48 0.41 0.13 -0.0 -1.2 -0.14 -0.24 -0.63 -0.48 -0.02 0.24 -0.5 -0.55
-0.82 0.16 -1.07 -0.62 0.43 0.93 0.48 0.24 0.17 -0.23 0.07 -0.17 0.59 0.67 0.62 0.37 0.33 0.29 0.2 0.17 0.09 0.05 -1.01 -0.5 -0.62 -1.04 -0.77 -0.37 -0.19 -1.14 -0.65
Bra003066 (UBC10)
 -0.19 -0.27 -0.22 -0.11 0.46 0.46 -0.15 -0.22 0.14 -0.04 -0.1 -0.06 -0.13 0.52 0.77 0.15 -0.05 0.21 -0.04 0.03 -0.14 0.26 -0.04 -0.28 -0.2 -0.42 -0.23 -0.29 0.01 -0.33 -0.39
Bra003246 (CYP94D2)
 -0.49 -0.75 -0.83 -0.65 0.34 1.15 -0.28 -0.58 0.37 -0.35 -0.11 0.1 -0.48 1.44 0.35 0.27 -0.24 0.02 0.3 0.73 0.36 0.31 -0.07 -0.62 -0.63 -0.94 -0.74 -0.24 -0.25 -1.04 -0.52
Bra003569 (TPR1)
 -0.86 -0.73 -0.13 -0.65 0.97 0.77 -0.28 -0.29 0.22 0.18 0.15 0.08 -0.11 0.96 1.26 0.32 -0.22 -0.12 -0.23 0.26 -0.45 0.29 -1.03 -0.36 -0.41 -0.46 -0.43 -0.44 -0.08 -0.85 -1.03
-0.23 -0.87 -0.66 -0.43 0.51 1.25 0.12 -0.29 0.48 0.01 0.21 0.05 -0.57 0.95 1.08 0.03 -0.05 -0.51 0.59 0.41 0.23 0.32 -1.42 -0.58 -0.61 -1.26 -0.85 -0.47 -0.23 -1.14 -0.83
Bra004282 (EAP1)
 -1.83 -2.48 -1.6 -2.89 1.39 1.07 -1.03 -1.24 0.91 0.21 0.39 0.55 -0.92 1.67 1.55 -0.03 -0.17 -1.46 0.12 0.67 0.22 0.68 -5.13 -0.41 -0.57 -2.62 -1.63 -2.46 0.24 -0.83 -1.14
Bra004408 (HVA22C)
 -0.23 -0.61 -0.84 -0.82 0.68 0.39 -0.46 -0.6 0.01 -0.46 0.11 -0.26 0.56 0.79 1.04 0.32 -0.02 0.73 0.55 0.1 0.25 0.12 -0.58 -0.32 -0.59 -0.56 -0.53 -0.43 -0.44 -0.71 -0.25
Bra005673 (MDL2)
 -0.36 -0.46 -0.57 -0.53 0.35 0.34 -0.21 -0.45 0.44 0.18 0.28 0.35 0.22 0.69 0.7 0.26 0.15 -0.06 0.21 0.18 0.17 0.26 -0.56 -0.15 -0.26 -0.43 -0.27 -0.46 -0.38 -0.76 -0.6
Bra006693 (MBD7)
 -0.89 -0.42 -0.76 -0.53 0.23 0.6 -0.17 -0.33 0.09 0.05 -0.11 0.13 -0.03 0.85 0.78 0.39 0.44 0.18 0.26 0.05 0.37 0.22 -0.74 -0.27 -0.05 -0.75 -0.4 -0.29 -0.28 -0.25 -0.49
Bra007729 (CYCP1;1)
 -0.24 -0.44 -0.41 -0.49 0.34 0.41 0.19 0.22 -0.03 0.17 0.24 0.12 0.44 0.6 0.58 0.44 0.34 0.28 -0.15 0.35 0.12 0.24 -0.85 -0.39 -0.29 -0.86 -0.45 -0.81 -0.59 -0.78 -0.35
-0.64 -1.82 -1.24 -0.91 0.84 0.53 0.15 0.07 0.39 -0.07 0.16 -0.14 -0.01 1.18 0.67 0.6 0.05 -0.24 0.52 0.7 0.09 -0.0 -1.13 -0.6 -0.39 -1.07 -0.55 -0.11 0.19 -0.94 -1.2
Bra008403 (ST1)
 -0.57 -1.06 -0.74 -0.55 0.58 0.58 -0.23 -0.78 0.4 -0.14 0.27 0.07 -0.45 0.99 1.05 0.41 0.21 0.11 0.27 0.43 0.17 0.31 -1.38 -0.43 -0.08 -0.65 -0.43 -0.63 -0.07 -0.61 -0.54
Bra008551 (PPa5)
 -0.65 -0.82 -0.78 -1.14 0.55 0.57 0.15 -0.07 -0.18 0.32 0.37 0.34 0.78 1.06 0.94 0.53 0.17 0.92 0.26 -0.0 0.18 0.18 -0.32 -1.51 -1.51 -0.64 -0.81 -1.16 -1.36 -1.04 -1.39
Bra008839 (CRN)
 -0.97 -2.29 -1.3 -1.41 0.79 1.15 0.59 0.13 -0.02 -0.71 0.01 -0.33 0.49 0.48 1.35 0.65 0.46 -0.17 0.48 -0.05 0.23 -0.21 -0.13 -0.45 -0.39 -1.34 -0.87 -0.77 -0.25 -1.02 -0.54
0.08 -0.11 -0.25 -0.24 0.54 1.03 -0.26 0.13 -0.05 -0.17 -0.45 -0.36 -0.4 0.87 1.08 -0.05 0.23 -0.45 0.06 -0.21 0.21 -0.23 -0.63 -0.39 -0.43 -0.66 -0.55 -0.25 0.09 -0.38 -0.15
Bra010783 (LKS1)
 0.26 0.07 0.16 -0.67 0.35 0.91 -0.49 -0.07 0.6 0.43 0.68 0.65 -0.49 1.12 1.33 0.34 -0.01 0.61 0.78 0.25 0.28 0.69 -2.42 -2.93 -3.11 -3.75 -2.83 -2.37 -2.86 -3.32 -2.87
-0.37 -1.04 -0.78 -1.62 0.8 0.38 -0.03 0.05 0.22 -0.0 0.22 0.13 1.06 1.16 1.05 0.42 0.15 1.01 0.4 0.4 0.1 0.3 -0.66 -1.27 -1.38 -1.67 -1.34 -1.61 -1.65 -1.51 -1.26
-0.64 -0.26 -0.34 -0.82 0.57 0.34 -0.36 -0.85 0.59 0.43 0.27 0.63 0.06 0.88 0.97 0.0 -0.01 0.19 0.52 0.18 0.24 0.44 -0.52 -0.48 -0.49 -1.53 -0.72 -0.92 -0.42 -0.72 -1.18
Bra012110 (MAPKKK5)
 -0.67 -0.41 -0.3 -0.89 0.53 0.64 -0.0 -0.38 0.16 -0.05 -0.13 -0.04 -0.09 0.73 1.19 0.39 0.14 -0.0 0.14 0.12 -0.05 0.15 -0.15 -0.23 -0.41 -0.69 -0.33 -0.26 -0.13 -0.43 -0.81
-0.11 -0.45 -0.56 -0.27 0.02 0.84 0.2 -0.19 0.24 -0.12 0.16 0.1 -0.35 0.5 0.62 0.43 0.23 -0.22 0.41 0.44 0.42 0.24 -0.56 -0.44 -0.31 -0.94 -0.45 -0.25 -0.17 -0.92 -0.58
Bra013076 (BLH7)
 -0.27 -0.97 -0.7 -0.7 0.36 0.62 -0.06 -0.1 0.4 -0.07 0.33 0.06 -0.25 0.54 0.83 -0.01 -0.12 -0.22 0.23 0.48 -0.11 0.15 -0.81 -0.14 -0.11 -0.61 -0.22 -0.12 0.09 -0.18 -0.16
Bra017473 (NF-YB2)
 -0.85 -1.15 -1.11 -1.01 0.34 0.78 -0.16 -0.77 0.21 -0.07 0.23 -0.27 -0.58 1.17 1.24 0.6 0.47 -0.83 0.49 0.69 0.27 0.3 -2.58 -0.29 -0.39 0.03 -0.47 -0.46 -0.18 -0.86 -0.71
-0.42 -0.38 -0.51 -0.52 0.44 0.83 0.01 -0.54 0.33 0.07 -0.2 0.26 -0.04 0.82 0.81 0.33 0.1 -0.33 0.48 0.01 0.08 0.21 -0.82 -0.51 -0.38 -0.6 -0.54 -0.28 -0.34 -0.63 0.02
Bra020137 (TSL)
 -0.63 -0.47 -0.38 -0.6 0.39 0.61 -0.12 -0.15 0.11 0.04 0.0 -0.11 -0.06 0.63 0.7 0.27 0.14 0.28 0.01 0.24 0.09 0.19 -0.0 -0.4 -0.24 -0.37 -0.31 -0.23 -0.07 -0.5 -0.35
Bra020342 (UCP2)
 -0.41 -0.44 -0.61 -0.39 0.59 0.43 -0.03 -0.02 0.39 -0.03 0.07 0.06 0.24 0.47 0.75 0.36 0.15 0.16 0.19 0.17 0.16 0.39 -0.21 -0.46 -0.51 -0.7 -0.63 -0.62 -0.28 -0.54 -0.45
Bra021122 (UVR3)
 -1.94 -2.54 -2.52 -1.33 0.01 0.78 0.32 0.54 0.1 0.12 -0.51 -0.05 0.47 1.83 1.36 0.37 -0.14 0.58 0.3 1.45 0.49 0.62 -1.26 -1.43 -2.12 -2.37 -1.99 -0.84 -1.7 -3.32 -2.48
Bra022186 (AAE7)
 -0.65 -0.76 -0.27 -0.49 0.16 0.96 0.16 -0.18 0.11 0.05 0.2 -0.17 -0.02 1.1 1.19 0.62 0.3 -0.89 0.11 0.27 0.23 0.15 -0.94 -0.52 -0.47 -0.63 -0.43 -0.87 -0.49 -1.0 -0.63
Bra022235 (CNBT1)
 -0.82 -0.67 -0.67 -0.85 0.23 0.9 -0.02 -0.24 0.32 0.01 -0.03 0.06 -0.78 1.22 1.43 0.38 0.01 -0.07 0.58 0.33 -0.22 0.37 -0.53 -0.78 -0.82 -1.29 -0.78 -0.64 -0.26 -0.24 -0.88
Bra022903 (PAP13)
 -1.39 -1.99 -1.18 -1.79 0.63 0.8 0.4 -0.24 0.37 -0.07 0.4 -0.21 0.85 0.73 1.01 1.08 0.33 1.19 0.89 0.73 0.1 0.2 -0.72 -1.45 -1.78 -1.8 -2.18 -1.72 -1.86 -2.39 -1.46
Bra023205 (SAE1A)
 -3.08 -3.45 -1.67 -1.28 -0.48 1.28 0.33 -0.08 0.14 0.13 0.23 0.46 0.61 1.6 1.64 0.93 0.95 0.45 1.05 -0.17 0.43 0.77 -3.08 -3.21 -2.16 -5.45 -2.5 -3.13 -4.22 -3.53 -2.36
Bra025294 (LBD25)
 -0.54 -1.18 -1.46 -1.58 0.34 0.87 -0.34 -0.82 0.71 0.17 0.34 0.55 -0.28 0.57 0.89 0.28 -0.13 -0.31 0.48 0.52 0.33 0.44 -1.44 -0.12 -0.33 -0.58 -0.44 -0.19 0.05 -0.81 -0.48
Bra025733 (BES1)
 -1.03 -0.89 -0.66 -0.67 0.21 0.41 -0.62 -0.98 0.41 -0.03 0.35 0.11 -0.25 1.05 0.84 0.02 -0.47 0.2 0.87 0.81 0.82 0.48 -0.95 -0.52 -0.39 -0.55 -0.69 -0.23 -0.18 -1.1 -0.75
-1.1 -1.68 -1.05 -1.66 0.42 0.85 0.47 0.18 0.06 0.86 0.87 0.66 0.52 1.63 1.29 0.72 0.64 0.28 -0.02 1.08 0.64 0.54 - - - - - - - - -
Bra026250 (PAWH1)
 -0.67 -0.24 -1.07 -0.25 0.41 0.92 0.3 -0.25 0.74 0.31 0.42 0.25 -0.24 1.31 1.23 0.31 -0.07 -0.61 0.39 -0.07 0.03 -0.35 -1.38 -0.78 -1.05 -1.12 -0.94 -0.63 -0.32 -1.14 -0.81
Bra026367 (HTA2)
 -0.38 -0.28 -0.53 -0.51 0.38 0.3 -0.35 -0.77 0.13 -0.18 -0.04 0.0 0.54 0.7 0.75 0.14 0.05 0.28 0.37 0.28 0.27 0.27 -0.16 -0.02 -0.25 -0.35 -0.37 -0.45 -0.31 -0.76 -0.46
Bra027721 (GTB1)
 -0.22 -0.56 -0.49 -0.38 0.88 0.84 0.17 0.04 0.38 -0.25 -0.03 -0.23 0.08 1.1 1.45 0.45 0.18 0.55 0.49 0.33 0.03 -0.17 -1.15 -1.18 -1.22 -1.58 -0.97 -1.4 -0.9 -1.62 -1.53
-3.39 -1.38 -3.66 -1.62 0.4 1.61 -1.59 -3.16 1.17 0.07 0.01 -0.5 -0.31 1.92 1.61 0.82 -1.47 -0.75 0.97 1.18 1.58 1.0 - - -2.58 -3.04 -3.41 -2.43 -4.57 - -2.96
Bra030872 (SAGL1)
 -0.94 -0.89 -0.77 -0.56 0.24 1.02 0.22 -0.64 0.13 -0.03 -0.63 -0.16 -0.38 1.33 1.52 0.2 -0.06 -0.16 0.3 0.64 0.08 0.02 -0.26 -0.48 -0.71 -0.84 -0.65 -0.52 -0.12 -0.84 -1.05
-0.09 -0.04 0.11 -0.19 0.6 0.36 -0.41 -0.29 0.04 -0.11 -0.07 0.12 0.11 0.58 0.7 -0.02 -0.08 0.18 -0.1 -0.02 -0.13 0.03 -0.25 -0.26 -0.21 -0.27 -0.23 -0.19 -0.1 -0.34 -0.28
Bra033140 (GPX6)
 0.24 0.02 -0.33 -0.49 0.76 0.72 -0.15 -0.62 0.34 0.04 -0.01 0.21 -0.62 0.68 0.93 -0.19 -0.22 0.68 0.44 -0.16 -0.14 -0.15 -0.75 -0.56 -0.73 -0.9 -0.71 -0.17 -0.16 -0.18 -0.43
Bra033276 (ORM1)
 -0.25 -0.1 -0.1 -0.34 0.47 0.62 -0.35 -0.34 0.27 0.08 -0.05 0.28 -0.46 0.69 0.72 -0.19 0.01 0.36 0.2 0.14 -0.11 0.11 -0.09 -0.33 -0.41 -0.5 -0.48 -0.32 -0.16 -0.35 -0.41
Bra033474 (RK1)
 -0.75 -1.35 -1.3 -0.85 0.37 0.9 0.11 0.0 0.99 0.49 0.63 0.62 -0.31 1.11 1.14 0.71 0.58 -0.38 0.66 0.72 0.56 0.72 -3.17 -2.29 -2.23 -2.86 -2.41 -2.09 -1.71 -1.98 -1.89
-1.33 -1.01 -0.72 -1.19 0.86 0.8 -0.96 0.04 -0.06 -0.22 0.43 0.23 0.06 1.24 1.32 0.57 0.1 0.12 0.27 0.24 0.21 0.34 -1.31 -0.55 -0.52 -0.86 -0.82 -0.79 -0.36 -0.9 -1.08
Bra033881 (WDL3)
 -0.42 -1.03 -1.34 -0.62 0.38 0.32 0.42 0.36 0.4 0.22 0.15 0.1 0.27 0.91 0.77 0.45 -0.04 0.28 0.66 0.52 0.17 0.01 -1.16 -0.48 -0.32 -0.65 -0.69 -0.35 -0.55 -1.48 -1.58
Bra034821 (DGD1)
 -0.61 -0.82 -0.76 -0.97 0.42 1.15 0.2 0.28 -0.05 -0.19 -0.14 -0.43 -0.33 1.0 0.98 0.29 0.35 0.04 0.53 -0.02 0.19 0.0 -1.52 -0.31 -0.32 -0.99 -0.43 -0.31 0.13 -0.74 -0.5
Bra034997 (GTB1)
 -0.22 -0.56 -0.49 -0.38 0.88 0.84 0.17 0.04 0.38 -0.25 -0.03 -0.23 0.08 1.1 1.45 0.45 0.18 0.55 0.49 0.33 0.03 -0.17 -1.15 -1.18 -1.22 -1.58 -0.97 -1.4 -0.9 -1.62 -1.53
-0.24 -0.68 -0.61 -1.11 0.23 0.73 -0.59 -0.52 0.21 -0.13 0.02 -0.12 -0.82 1.03 1.07 0.32 0.06 0.21 0.13 0.28 0.09 -0.07 -0.52 -0.3 -0.29 -0.39 -0.33 -0.12 0.04 -0.08 -0.09
Bra036255 (MLO1)
 -0.17 -0.11 -0.65 -0.46 0.22 0.43 -0.21 -0.28 0.23 0.12 0.27 0.09 -0.19 0.68 0.63 0.31 0.06 -0.11 0.12 0.31 0.31 0.34 -0.63 -0.29 -0.31 -0.42 -0.28 -0.06 -0.12 -0.63 -0.61
Bra037257 (PP2C49)
 -1.33 -1.63 -1.15 -1.29 0.75 0.87 -0.07 -0.34 0.06 0.14 -0.41 -0.16 0.14 1.46 0.89 0.11 -0.37 0.15 0.95 0.35 0.56 0.19 -0.61 -0.36 -0.3 -1.14 -0.53 -1.03 -0.8 -0.71 -0.33
Bra037405 (SAUR31)
 -0.8 -0.52 -1.14 -1.51 0.96 1.32 0.07 0.07 -0.31 -0.51 -0.14 -0.39 0.52 1.19 0.68 0.4 -0.13 0.58 0.34 0.03 0.36 0.39 -1.89 -0.42 -0.48 -0.84 -0.47 -0.57 -0.61 -1.3 -0.93
Bra037461 (CB5-D)
 -0.31 -0.24 -0.3 -0.41 0.35 0.52 -0.22 -0.15 0.25 0.04 0.1 0.24 0.13 0.61 0.66 0.25 0.09 -0.04 0.15 0.17 0.13 0.32 -0.45 -0.32 -0.39 -0.48 -0.35 -0.56 -0.34 -0.41 -0.28
Bra038964 (SBP1)
 -0.34 -0.2 -0.58 -0.46 0.25 0.61 -0.18 -0.41 0.2 -0.01 -0.08 -0.03 -0.54 0.7 0.84 0.13 -0.1 -0.12 0.38 -0.02 0.1 0.24 -0.65 -0.27 -0.28 -0.4 -0.15 0.05 0.02 -0.16 0.05
Bra039504 (SK18)
 -0.74 -0.21 -0.63 -1.57 0.69 0.75 0.08 0.16 0.28 0.09 0.29 0.36 0.59 0.82 1.05 0.57 0.42 0.81 0.24 0.53 0.39 0.51 -1.81 -0.68 -1.27 -3.32 -2.49 -1.75 -1.17 -1.86 -1.26
Bra040449 (CCD1)
 -0.13 -0.28 -0.67 -0.23 0.05 0.6 0.19 0.01 0.15 0.01 0.06 0.03 -0.03 0.6 0.56 0.26 0.11 -0.05 0.28 0.18 0.09 0.12 -0.7 -0.26 -0.22 -0.37 -0.31 -0.11 -0.15 -0.61 -0.3
-0.39 -0.43 -0.58 -0.4 0.32 0.52 0.33 0.26 0.42 0.3 -0.01 0.19 0.28 0.5 0.51 0.56 0.04 -0.11 0.12 0.34 0.06 0.05 -0.29 -0.37 -0.31 -0.64 -0.47 -0.41 -0.56 -0.85 -0.79

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.