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Heatmap: Cluster_225 (Brassica rapa (Bra) Coexpression Clusters (HCCA Algorithm))

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(Values are log2 transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

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Gene
Light: 268 uE m-2 s-1
Light: 202.5 uE m-2 s-1 (Control)
Light: 135 uE m-2 s-1
Light: 67.5 uE m-2 s-1
Photoperiod: L24
Photoperiod: L20D4 (Control)
Photoperiod: L12D12
Photoperiod: L8D16
RBW: 4:1:1 (Control)
RBW: 4:1:0
RBW: 3:1:1
RBW: 3:1:0
Nitrogen: 0%
Nitrogen: 25%
Nitrogen: 50%
Nitrogen: 100% (Control)
Nitrogen: 150%
Phosphorous: 0%
Phosphorous: 25%
Phosphorous: 50%
Phosphorous: 100% (Control)
Phosphorous: 150%
Potassium: 0%
Potassium: 25%
Potassium: 50%
Potassium: 100% (Control)
Potassium: 150%
Temperature: 20°C
Temperature: 25°C (Control)
Temperature: 30°C
Temperature: 35°C
-0.68 -1.19 -0.91 -0.63 0.17 0.41 0.35 0.37 -0.35 -0.32 -0.15 -0.5 0.28 0.42 0.27 0.2 0.29 -0.15 -0.02 0.08 0.1 0.08 -0.12 0.1 0.07 -0.05 -0.01 0.14 0.22 -0.2 0.26
Bra002992 (HL)
 -1.62 -1.46 -1.86 -2.19 0.1 1.24 0.82 0.84 -1.01 -0.36 -0.65 -0.82 0.35 -0.01 0.72 0.88 0.45 0.06 0.07 0.1 -0.33 0.0 0.79 0.02 0.08 -0.7 -0.1 -0.47 -0.34 -0.94 -0.19
Bra003900 (GNAT10)
 -0.92 -1.41 -1.11 -0.76 -0.11 0.63 0.74 0.31 -0.17 -0.18 -0.41 -0.23 0.05 0.85 0.24 0.4 0.32 -0.42 0.35 0.5 0.21 0.14 -0.9 0.21 0.1 -0.87 0.02 -0.15 0.18 -0.66 -0.0
-1.32 -0.8 -0.75 -1.06 0.13 0.61 0.48 0.73 -0.59 -0.41 -0.59 -0.45 0.21 0.22 0.62 0.11 0.36 0.41 -0.08 0.31 -0.07 -0.19 -0.1 0.3 -0.08 -0.92 0.01 -0.3 0.2 0.15 0.25
-0.78 -0.49 -0.48 -1.03 0.07 0.36 0.48 0.59 -0.52 -0.13 -0.16 -0.15 0.6 0.05 0.67 0.32 0.07 -0.21 -0.23 -0.12 0.18 0.2 -0.49 0.05 0.07 -1.06 0.2 -0.33 -0.09 0.01 0.4
Bra004997 (PXN)
 -0.09 -0.13 -0.32 -0.4 0.45 0.6 0.1 -0.08 -0.19 0.03 -0.16 -0.15 -0.1 0.34 0.27 0.07 -0.05 -0.54 -0.29 -0.12 -0.2 -0.03 -0.22 0.04 0.07 -0.08 0.05 0.32 0.27 -0.17 0.05
Bra005450 (WAVE1)
 -1.68 -2.83 -2.26 -2.62 0.13 0.92 0.59 -0.33 -0.36 0.17 -0.0 -0.06 -0.02 0.41 0.39 0.98 0.44 0.14 0.1 0.69 0.53 0.49 0.55 -0.4 -0.14 -0.62 -0.09 -1.12 -0.82 -0.77 0.14
Bra006943 (BIC1)
 -1.54 -2.6 -3.1 -2.14 -0.1 0.31 0.61 0.44 -0.02 -0.38 -0.23 -0.06 0.29 0.44 0.28 0.12 -0.05 0.63 0.13 0.23 0.19 0.43 -0.1 0.4 0.32 -0.7 0.29 -0.0 0.07 -0.41 0.31
-0.44 -0.76 -0.98 -0.41 0.12 0.34 0.04 -0.13 -0.23 -0.12 -0.09 -0.14 -0.19 0.37 0.41 -0.05 0.07 -0.35 -0.07 0.14 0.0 0.03 0.3 0.16 0.17 -0.04 0.18 0.17 0.07 -0.09 0.52
Bra008488 (PSF1)
 -0.48 -0.16 -0.24 -0.43 -0.07 0.63 -0.02 0.26 -0.37 -0.48 -0.02 0.0 0.53 0.0 0.57 0.33 0.38 0.29 -0.17 -0.07 0.29 -0.03 -0.2 -0.28 -0.01 -0.3 -0.02 -0.5 -0.54 -0.42 0.31
-0.96 -1.25 -1.16 -1.0 0.22 0.64 0.17 0.05 -0.09 -0.09 -0.17 -0.29 0.18 0.47 0.46 0.38 0.12 -0.33 0.13 0.29 0.37 0.11 0.11 0.22 0.21 -0.59 0.01 -0.01 0.17 -0.51 0.01
Bra009930 (TPR3)
 -0.98 -1.29 -0.9 -0.9 0.33 0.15 0.18 -0.03 0.22 0.21 -0.07 -0.09 -0.07 0.41 0.6 0.43 0.08 -0.57 -0.23 -0.02 -0.15 -0.17 0.1 -0.06 0.11 -0.05 0.21 -0.03 0.31 0.05 0.4
Bra009951 (LACS7)
 -0.52 -0.87 -0.86 -0.81 0.61 0.25 -0.2 -0.5 -0.13 -0.1 -0.03 -0.33 -0.02 -0.11 -0.34 0.05 -0.19 -1.05 -0.35 -0.06 -0.23 -0.0 0.65 0.34 0.36 0.21 0.25 0.41 0.65 0.29 0.51
Bra010044 (ML1)
 -0.45 -0.65 -0.83 -1.3 0.31 0.44 0.14 0.36 -0.36 -0.31 -0.32 -0.32 0.15 0.19 0.46 0.39 0.34 0.19 0.16 0.17 -0.06 0.01 0.32 0.21 0.26 -0.77 0.28 -0.32 -0.17 -0.24 0.0
Bra011820 (DJA5)
 -0.83 -1.12 -0.9 -0.94 -0.19 0.16 0.56 0.86 -0.74 -0.5 -0.65 -0.79 0.38 -0.11 0.08 0.08 0.25 -0.02 -0.01 0.23 0.08 -0.11 -0.33 0.19 0.25 0.21 0.28 0.36 0.36 0.02 0.45
Bra012028 (LHW)
 -0.66 -0.43 -0.54 -1.15 0.33 0.35 -0.18 -0.02 -0.33 -0.46 -0.23 -0.4 0.28 0.58 0.77 0.17 0.12 -0.13 -0.21 -0.2 -0.26 -0.24 0.18 0.18 0.19 -0.43 0.3 0.35 0.26 -0.09 0.27
Bra012523 (OSB2)
 -0.06 -0.11 -0.11 -0.46 0.15 0.22 -0.05 0.4 -0.26 0.03 0.02 -0.26 0.09 0.03 0.31 0.29 0.31 -0.04 0.03 0.18 0.27 0.08 0.51 -0.19 -0.21 -0.29 -0.22 -0.23 -0.57 -0.74 0.06
-0.51 -0.73 -0.86 -0.29 0.41 0.47 0.06 -0.22 -0.17 -0.01 -0.25 -0.11 -0.09 0.16 0.31 0.21 0.01 -0.51 -0.25 0.08 0.1 -0.1 -0.36 0.16 0.28 0.15 0.17 0.45 0.34 -0.04 0.06
Bra013274 (BSK2)
 -0.56 -1.06 -0.98 -0.86 0.34 0.53 0.29 -0.12 -0.1 -0.04 -0.19 -0.41 -0.25 0.28 0.4 0.3 0.08 -0.2 0.26 0.05 0.23 0.22 0.06 0.34 0.15 -0.66 0.1 0.04 0.08 -0.29 0.34
Bra014857 (SIG3)
 -0.64 -1.14 -0.91 -1.08 0.43 0.75 0.39 -0.31 -0.2 -0.14 -0.19 -0.29 -0.36 0.13 0.41 0.24 0.25 -0.35 0.02 0.38 0.21 0.1 0.13 0.09 0.04 -0.43 -0.01 0.19 0.14 -0.01 0.29
-0.48 -0.67 -0.55 -0.42 0.3 0.59 0.33 0.1 -0.19 -0.24 -0.13 -0.35 -0.07 0.29 0.4 0.26 0.12 -0.52 -0.13 0.14 -0.01 -0.13 -0.01 0.03 0.1 0.15 -0.14 0.11 0.24 -0.16 0.12
-0.83 -1.48 -1.04 -0.57 0.45 0.57 0.21 0.38 -0.1 -0.08 -0.02 0.06 -0.03 0.89 0.57 -0.05 -0.12 -1.18 -0.07 0.25 -0.13 -0.19 0.18 0.31 -0.11 -0.06 -0.24 -0.19 0.22 -0.57 0.38
-0.88 -1.21 -0.65 -1.07 0.44 0.62 -0.29 -0.95 -0.57 -0.16 -0.31 -0.55 -0.15 0.73 0.98 0.4 0.26 0.19 -0.16 0.29 -0.15 0.02 -0.33 0.28 0.27 0.1 0.3 0.3 0.3 -0.75 -0.3
-0.44 0.27 -1.65 -0.91 0.26 0.21 0.35 0.28 -0.59 -0.16 -0.35 -0.63 0.21 0.28 0.79 0.57 0.51 -0.2 0.21 0.21 0.06 -0.03 0.52 -0.05 -0.23 -0.48 -0.28 -0.56 -0.47 -0.52 0.33
Bra015926 (ORRM4)
 -0.24 -0.28 -0.77 -0.26 -0.18 0.24 0.31 0.16 -0.52 -0.32 -0.36 -0.36 -0.03 0.04 0.27 0.14 0.15 -0.02 0.13 0.2 0.2 0.16 0.49 0.16 0.19 0.04 0.16 -0.16 -0.18 -0.37 0.21
-0.62 -0.67 -1.09 -1.02 0.13 0.29 0.14 0.11 -0.25 -0.07 -0.35 -0.16 0.09 0.52 0.48 0.35 0.44 -0.97 -0.22 0.28 0.06 -0.03 0.17 0.25 0.18 -0.26 0.36 -0.33 0.02 0.1 0.3
Bra016523 (COQ9)
 -0.9 -0.89 -0.84 -0.79 0.09 0.63 0.21 -0.15 -0.26 -0.63 -0.32 -0.42 -0.17 0.24 0.23 -0.05 -0.28 -0.42 -0.1 -0.21 0.15 0.16 0.28 0.5 0.47 0.23 0.57 0.28 0.42 -0.17 0.24
Bra016611 (RFO2)
 -1.52 -0.92 -0.8 -1.77 0.42 0.28 -0.89 -1.43 -0.48 -0.55 -0.41 -0.48 0.11 -0.19 0.12 -0.72 0.12 -0.56 -0.8 -0.48 -0.42 -1.06 0.97 0.79 0.25 0.88 0.31 0.69 1.1 0.49 0.91
Bra018096 (GTR1)
 -0.45 -1.13 -0.91 -0.43 0.3 0.44 -0.16 -0.17 -0.15 -0.2 -0.14 -0.42 0.09 0.37 0.22 0.09 -0.13 -0.73 -0.33 -0.09 -0.15 -0.24 0.26 0.21 0.21 0.31 0.13 0.54 0.58 0.26 0.22
-0.72 -0.38 -0.83 -0.88 0.03 0.45 0.24 0.41 -0.17 0.04 -0.06 -0.23 0.31 0.19 0.22 0.47 0.2 0.08 0.03 -0.05 -0.06 0.24 0.62 -0.1 -0.06 -0.75 -0.06 -0.42 -0.32 -0.11 0.22
-0.2 -0.52 -0.45 -0.27 0.05 0.41 0.18 0.2 -0.01 -0.07 -0.03 -0.04 0.02 0.24 0.07 0.08 0.19 -0.32 -0.01 0.1 0.16 0.09 -0.03 0.17 -0.03 -0.02 -0.16 -0.11 0.03 -0.17 0.06
Bra019466 (BIC2)
 -2.37 -2.93 -2.89 -1.93 -0.22 0.57 0.47 0.14 -0.13 -0.05 -0.14 -0.27 0.17 0.26 -0.22 0.44 0.23 -0.2 0.2 0.63 0.39 0.53 0.46 0.45 0.3 -1.42 0.16 0.11 0.46 -0.35 0.13
Bra020309 (DJC73)
 -0.89 -0.75 -1.02 -0.6 0.26 0.34 0.29 0.95 -0.34 -0.43 -0.36 -0.57 -0.05 0.38 0.24 0.08 0.18 -0.22 -0.27 0.02 -0.05 -0.1 0.13 0.36 0.29 -0.25 0.39 0.03 0.04 -0.33 0.34
Bra022722 (BBX29)
 -2.9 -3.74 -3.24 -3.41 -0.35 0.87 0.92 0.34 -0.38 -0.26 -0.12 -0.28 0.36 -0.41 0.75 0.77 0.2 -0.05 0.07 1.0 0.42 0.08 -0.21 0.33 0.02 -3.63 -0.05 -0.1 -0.16 -0.07 0.58
Bra023694 (CPNA2)
 -1.21 -0.8 -1.36 -0.53 0.08 0.92 0.66 0.24 -1.32 -0.19 -0.56 -1.05 -0.36 -0.18 0.64 0.6 1.12 0.14 -0.15 0.41 0.55 -0.07 0.98 -0.04 -0.18 -0.42 -0.29 -0.52 -0.91 -1.53 0.18
-1.22 -1.53 -1.95 -1.6 0.5 0.47 0.46 -0.0 -0.09 -0.29 -0.06 -0.35 0.5 0.55 0.43 0.45 -0.13 0.03 -0.25 -0.25 -0.03 -0.47 0.38 0.52 0.51 0.02 0.23 -0.1 -0.2 -0.47 0.23
Bra026090 (CCR1)
 -1.31 -1.42 -1.41 -1.47 0.07 0.42 0.25 0.19 -0.04 -0.1 -0.13 -0.18 0.27 0.32 0.65 0.5 -0.0 0.07 -0.05 0.07 0.1 0.1 0.16 0.32 0.27 -0.25 0.07 0.12 0.06 -0.15 -0.08
Bra026726 (B4)
 -0.38 -0.85 -0.73 -1.23 0.38 0.47 -0.37 -0.38 -0.06 -0.56 -0.12 -0.17 -0.08 0.55 0.87 0.31 -0.05 0.23 -0.15 -0.22 -0.28 -0.06 0.35 -0.0 0.08 -0.16 -0.09 0.37 0.25 -0.08 0.28
-0.32 -0.21 -0.58 -0.43 0.04 0.19 -0.0 -0.25 -0.11 -0.05 -0.1 -0.01 -0.1 0.35 0.55 0.04 0.1 -0.41 -0.06 0.13 -0.12 0.05 -0.12 0.16 0.17 0.09 0.13 0.13 -0.02 -0.02 0.22
Bra027458 (IPK1)
 -1.29 -1.73 -0.94 -0.81 0.11 0.63 0.18 -0.04 -0.18 -0.3 -0.33 -0.46 0.2 0.6 0.74 0.12 0.06 -0.32 -0.18 -0.05 -0.17 -0.15 0.16 0.28 0.25 0.28 0.18 0.18 0.44 -0.26 0.21
Bra027812 (RMB1)
 -1.79 -3.09 -2.27 -2.69 0.77 0.9 0.44 -0.33 -0.04 -0.11 -0.54 -0.24 0.12 0.78 0.97 0.42 -0.79 0.08 0.47 0.04 0.14 0.25 0.09 0.21 0.12 -0.89 -0.17 -0.6 0.37 -0.43 0.29
Bra028142 (ARL8c)
 -1.01 -1.4 -1.56 -1.12 0.38 0.65 0.69 0.5 -0.19 0.11 0.0 -0.36 0.26 0.14 0.54 0.28 0.27 -0.32 0.19 0.43 0.34 0.46 -0.15 0.08 -0.03 -0.59 -0.04 -0.08 -0.38 -0.78 -0.48
-0.9 -1.07 -1.13 -0.93 0.21 0.41 0.39 0.61 -0.25 -0.03 -0.27 -0.11 0.17 0.22 0.33 0.44 0.3 0.14 -0.08 0.12 0.16 0.08 -0.36 -0.01 -0.01 -0.34 0.01 0.16 0.02 -0.2 0.14
Bra028647 (RUG1)
 -0.69 -0.88 -0.8 -1.28 0.35 0.49 0.77 0.49 -0.22 -0.06 -0.22 -0.24 0.26 0.54 0.47 0.13 0.15 0.04 -0.14 0.35 0.2 0.22 -0.09 -0.07 -0.1 -0.66 -0.01 -0.18 -0.27 -0.48 -0.14
Bra029992 (CYCD3;3)
 -1.69 -1.69 -1.6 -1.9 0.62 0.51 -0.13 -0.17 -0.63 -0.69 -0.32 -0.71 1.18 0.56 0.9 0.31 0.3 0.38 -0.13 0.02 -0.44 -0.43 -0.49 0.37 0.31 -0.28 0.31 -0.11 -0.05 -0.26 0.61
Bra030227 (NET2D)
 -0.82 -1.51 -1.06 -1.33 0.69 0.37 0.34 0.43 -0.06 -0.22 -0.03 -0.25 0.13 0.41 0.65 0.64 0.11 0.46 -0.15 -0.11 0.18 -0.71 0.02 -0.04 0.31 -0.24 0.07 -0.32 -0.09 -0.44 -0.2
Bra031295 (NPF6.4)
 -1.28 -1.32 -1.28 -1.59 -0.56 0.79 0.25 -0.34 -0.22 -0.36 -0.01 -0.43 -0.09 0.49 0.52 0.78 0.4 -0.04 0.21 0.52 0.49 0.28 0.34 0.1 0.25 -1.09 0.17 -0.6 -0.12 -0.7 0.46
-1.66 -3.39 -3.81 -3.06 -0.04 0.92 0.45 0.09 0.09 -0.28 0.01 0.07 -0.13 0.23 0.35 0.29 0.41 -0.17 0.42 0.71 0.45 0.45 0.14 0.48 0.28 -1.61 -0.01 -0.42 -0.43 -0.23 0.36
Bra031821 (BDR8)
 -1.42 -1.54 -2.07 -1.31 -0.62 0.78 0.26 0.02 -0.2 -0.39 -0.25 -0.42 -0.13 0.15 0.29 0.19 -0.14 -0.72 -0.14 -0.06 0.07 0.01 0.39 0.37 0.58 -0.4 0.45 0.26 0.86 0.07 0.8
Bra031957 (D14)
 -0.57 -0.53 -0.58 -0.53 0.03 0.43 0.24 0.06 -0.39 -0.25 -0.24 -0.2 0.26 -0.05 0.24 0.35 0.25 -0.2 -0.23 0.03 0.01 0.08 0.35 0.26 0.3 -0.42 0.16 0.06 0.14 -0.06 0.11
Bra033638 (XRN2)
 -0.65 -0.66 -0.66 -0.56 -0.1 0.69 0.18 0.42 -0.26 -0.8 -0.27 -0.62 -0.18 0.53 0.73 0.18 0.17 0.06 0.24 -0.01 0.05 -0.25 0.11 -0.04 -0.01 -0.13 -0.11 -0.0 0.48 -0.51 0.28
Bra034291 (EMB3135)
 -1.18 -0.4 -0.58 -0.28 0.28 0.27 0.1 0.47 -0.19 -0.18 -0.3 -0.1 0.22 0.48 0.5 0.04 0.35 0.15 -0.21 0.03 0.14 -0.03 0.09 -0.12 -0.1 -0.76 -0.04 -0.49 -0.2 0.29 0.37
Bra034300 (CID7)
 -0.42 -0.89 -0.68 -0.67 -0.01 0.33 0.34 0.31 -0.36 -0.23 -0.26 -0.22 0.18 0.28 0.46 0.29 0.29 0.15 0.09 0.2 0.12 0.1 0.15 0.0 0.05 -0.41 0.05 -0.24 -0.08 -0.25 0.22
Bra034520 (SULT202B1)
 -2.11 -2.58 -2.24 -2.07 -0.42 1.14 0.21 -0.25 0.47 -0.34 -0.04 -0.13 -0.38 0.9 0.63 0.24 0.28 -0.78 0.35 0.51 -0.0 0.22 -0.22 0.25 0.15 -0.31 0.17 -0.29 0.17 -0.22 0.31
Bra034895 (APD1)
 -1.05 -0.85 -0.8 -1.11 0.2 0.39 0.09 0.28 -0.72 -0.36 -0.37 -0.36 0.24 0.19 0.41 0.44 0.64 0.01 -0.17 0.11 0.06 0.23 0.76 0.15 -0.03 -0.6 0.09 -0.35 -0.11 0.12 0.28
Bra035006 (NIT2)
 -2.01 -2.08 -1.81 -0.99 0.08 0.78 0.32 0.0 0.04 -0.21 -0.03 -0.28 0.1 0.45 0.53 0.35 0.14 -0.95 0.14 0.24 0.21 0.05 -0.18 0.28 0.24 -0.1 0.17 -0.19 0.29 -0.06 0.44
Bra035007 (ABF4)
 -0.71 -2.48 -1.66 -1.29 -0.14 1.19 -0.04 -1.05 -0.28 -0.05 0.23 -0.02 -0.83 1.01 0.84 0.38 -0.24 -0.55 0.09 -0.11 -0.02 -0.14 -0.19 0.2 0.19 -0.18 0.02 -0.08 0.6 0.13 0.27
-0.43 -0.79 -0.96 -0.88 0.22 0.37 0.23 0.27 -0.35 -0.31 -0.36 -0.45 0.35 0.3 0.38 0.05 0.17 -0.47 -0.26 0.13 -0.06 -0.05 0.45 0.24 0.23 0.18 0.31 0.1 0.02 -0.03 -0.03
Bra035633 (GNC)
 -1.29 -1.31 -1.2 -1.99 -0.04 0.54 0.22 0.05 -0.01 -0.22 -0.29 -0.25 -0.04 -0.11 0.31 0.68 0.7 -1.1 -0.04 0.31 0.4 0.27 0.66 0.36 0.31 -2.27 0.21 -0.14 0.21 0.04 0.32
Bra035721 (SDHAF2)
 -0.79 -1.08 -1.62 -1.11 0.36 0.61 0.42 -0.03 -0.05 -0.21 -0.08 -0.17 0.05 0.35 0.54 0.19 0.04 0.11 0.29 0.17 0.14 0.35 0.26 0.27 0.08 -0.26 -0.02 -0.04 -0.2 -0.77 -0.1
Bra037444 (MUG7)
 -0.25 -0.44 -0.25 -0.55 0.23 0.36 0.14 -0.07 -0.46 -0.4 -0.34 -0.37 0.07 0.31 0.48 0.26 0.32 -0.2 -0.22 -0.11 -0.14 0.01 0.88 0.02 -0.1 -0.88 0.17 -0.12 0.1 -0.03 0.27
-0.89 -0.76 -0.74 -0.79 0.63 0.55 -0.35 -0.46 -0.26 -0.27 -0.22 -0.37 0.4 0.64 0.83 0.23 0.12 0.07 -0.25 -0.12 -0.35 -0.41 -0.43 0.27 0.11 -0.03 -0.02 0.37 0.43 -0.29 0.21
-3.45 -1.98 -2.57 -2.47 -0.06 0.28 -0.09 -0.71 0.18 -0.04 0.22 0.09 0.03 0.25 -0.18 -0.64 -0.63 -1.85 -0.67 0.17 0.4 0.05 1.53 0.07 0.69 -0.44 0.48 0.86 0.79 -0.1 0.38
-0.84 -0.96 -0.55 -0.45 0.04 0.77 -0.09 0.57 -0.25 -0.03 -0.08 -0.2 0.04 0.3 0.85 -0.17 -0.04 -0.84 -0.56 0.03 -0.15 -0.13 -0.05 0.32 0.19 -0.3 0.14 -0.09 0.26 -0.12 0.46
-1.52 -0.71 -0.51 -0.74 1.66 0.42 -1.94 -1.22 - -0.17 - -3.28 -0.79 -0.45 -0.98 -1.65 -1.51 -0.24 -1.95 -1.51 - -1.33 2.1 0.43 0.98 -0.56 0.1 0.93 1.48 0.63 1.39

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.