1. Home
  2. Tools
  3. Expression Heatmap
  4. Results

Heatmap: Cluster_225 (Brassica rapa (Bra) Coexpression Clusters (HCCA Algorithm))

View as: (view zlog-transformed or row-normalized)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Showing raw values)

 Transpose table  Download table
Gene
Light: 268 uE m-2 s-1
Light: 202.5 uE m-2 s-1 (Control)
Light: 135 uE m-2 s-1
Light: 67.5 uE m-2 s-1
Photoperiod: L24
Photoperiod: L20D4 (Control)
Photoperiod: L12D12
Photoperiod: L8D16
RBW: 4:1:1 (Control)
RBW: 4:1:0
RBW: 3:1:1
RBW: 3:1:0
Nitrogen: 0%
Nitrogen: 25%
Nitrogen: 50%
Nitrogen: 100% (Control)
Nitrogen: 150%
Phosphorous: 0%
Phosphorous: 25%
Phosphorous: 50%
Phosphorous: 100% (Control)
Phosphorous: 150%
Potassium: 0%
Potassium: 25%
Potassium: 50%
Potassium: 100% (Control)
Potassium: 150%
Temperature: 20°C
Temperature: 25°C (Control)
Temperature: 30°C
Temperature: 35°C
6.74 4.75 5.77 7.01 12.16 14.37 13.74 13.95 8.51 8.65 9.72 7.63 13.17 14.51 13.07 12.4 13.25 9.75 10.65 11.46 11.57 11.46 9.97 11.62 11.38 10.47 10.71 11.88 12.61 9.43 12.94
Bra002992 (HL)
 1.89 2.12 1.6 1.27 6.25 13.77 10.26 10.41 2.89 4.52 3.7 3.3 7.39 5.79 9.58 10.69 7.96 6.05 6.09 6.23 4.61 5.83 10.08 5.91 6.15 3.57 5.41 4.2 4.59 3.02 5.09
Bra003900 (GNAT10)
 34.53 24.5 30.14 38.4 60.56 100.95 108.93 80.95 58.19 57.77 49.13 55.74 67.77 117.49 76.92 86.14 81.66 48.93 83.32 92.4 75.56 71.74 34.99 75.47 69.71 35.6 66.08 58.85 73.72 41.41 65.11
2.39 3.42 3.55 2.87 6.52 9.11 8.34 9.86 3.96 4.49 3.96 4.38 6.9 6.95 9.18 6.44 7.65 7.92 5.63 7.39 5.7 5.22 5.55 7.35 5.64 3.16 6.01 4.85 6.83 6.6 7.07
3.59 4.38 4.43 3.02 6.45 7.93 8.61 9.29 4.31 5.63 5.52 5.55 9.36 6.37 9.79 7.67 6.44 5.33 5.25 5.67 6.98 7.08 4.39 6.38 6.47 2.96 7.06 4.9 5.78 6.18 8.13
Bra004997 (PXN)
 84.2 82.03 71.8 68.02 122.76 135.86 96.26 85.05 78.82 91.47 80.31 81.07 83.92 113.78 108.42 94.26 86.42 61.73 73.54 82.75 78.05 87.89 77.02 92.29 94.05 84.75 92.64 112.33 108.21 79.76 92.84
Bra005450 (WAVE1)
 0.38 0.17 0.25 0.2 1.31 2.28 1.81 0.96 0.94 1.35 1.2 1.15 1.19 1.59 1.58 2.38 1.63 1.32 1.29 1.94 1.74 1.69 1.76 0.91 1.09 0.78 1.13 0.55 0.68 0.71 1.33
Bra006943 (BIC1)
 17.91 8.59 6.06 11.85 48.6 64.39 79.47 70.59 51.52 40.13 44.48 49.88 63.57 70.47 63.16 56.66 50.49 80.5 56.96 61.13 59.39 70.27 48.6 68.67 64.91 32.0 63.9 52.01 54.77 39.18 64.64
31.68 25.39 21.77 32.25 46.62 54.33 44.01 39.28 36.52 39.38 40.42 38.94 37.66 55.33 57.03 41.55 45.2 33.67 40.93 47.3 43.0 43.7 52.87 48.1 48.25 41.69 48.76 48.46 45.02 40.46 61.45
Bra008488 (PSF1)
 7.63 9.47 8.96 7.86 10.09 16.37 10.49 12.68 8.22 7.62 10.48 10.62 15.34 10.63 15.76 13.34 13.85 13.0 9.43 10.11 13.0 10.38 9.22 8.72 10.55 8.62 10.42 7.49 7.3 7.95 13.19
70.91 58.1 61.86 68.99 161.5 214.97 155.3 143.46 129.79 129.56 122.63 112.91 156.47 191.09 190.45 180.07 149.78 110.02 151.1 168.6 178.63 149.06 149.49 161.34 159.9 92.07 138.92 137.41 155.12 96.94 139.69
Bra009930 (TPR3)
 3.15 2.53 3.31 3.32 7.76 6.88 6.99 6.06 7.22 7.16 5.88 5.82 5.9 8.25 9.4 8.33 6.55 4.16 5.28 6.11 5.58 5.51 6.66 5.96 6.69 5.98 7.17 6.07 7.67 6.42 8.17
Bra009951 (LACS7)
 4.05 3.19 3.21 3.32 8.88 6.92 5.05 4.12 5.34 5.45 5.7 4.64 5.74 5.39 4.59 6.02 5.11 2.81 4.58 5.57 4.95 5.81 9.16 7.38 7.48 6.75 6.94 7.73 9.15 7.11 8.31
Bra010044 (ML1)
 6.09 5.31 4.7 3.39 10.34 11.29 9.2 10.71 6.52 6.74 6.67 6.71 9.27 9.51 11.48 10.94 10.57 9.54 9.33 9.41 7.99 8.39 10.46 9.67 10.02 4.91 10.14 6.68 7.41 7.09 8.37
Bra011820 (DJA5)
 24.74 20.23 23.64 22.95 38.52 49.15 65.07 79.9 26.44 31.18 28.12 25.43 57.33 40.63 46.53 46.65 52.48 43.32 43.61 51.77 46.62 40.65 35.0 50.03 52.17 50.85 53.49 56.37 56.47 44.76 59.92
Bra012028 (LHW)
 7.77 9.06 8.43 5.52 15.41 15.65 10.84 12.1 9.71 8.88 10.41 9.3 14.85 18.36 20.92 13.79 13.33 11.19 10.56 10.63 10.24 10.35 13.88 13.87 13.93 9.09 15.03 15.59 14.67 11.52 14.74
Bra012523 (OSB2)
 19.13 18.45 18.39 14.44 22.12 23.17 19.25 26.35 16.63 20.4 20.15 16.6 21.21 20.34 24.73 24.36 24.63 19.37 20.3 22.59 24.09 21.12 28.34 17.46 17.18 16.32 17.11 16.95 13.45 11.91 20.83
20.53 17.64 16.06 23.85 38.74 40.64 30.39 25.1 26.05 29.08 24.56 27.11 27.54 32.69 36.19 33.91 29.53 20.58 24.59 31.01 31.42 27.3 22.81 32.68 35.51 32.5 32.94 39.85 36.94 28.35 30.48
Bra013274 (BSK2)
 3.97 2.8 2.95 3.21 7.38 8.42 7.14 5.38 5.45 5.7 5.14 4.39 4.93 7.12 7.73 7.18 6.18 5.1 6.98 6.05 6.85 6.79 6.1 7.41 6.49 3.7 6.27 6.02 6.2 4.8 7.4
Bra014857 (SIG3)
 8.35 5.88 6.94 6.15 17.52 21.83 17.02 10.48 11.29 11.82 11.43 10.63 10.13 14.22 17.31 15.36 15.49 10.18 13.23 16.97 15.05 13.94 14.22 13.87 13.38 9.62 12.89 14.81 14.33 12.93 15.85
5.58 4.92 5.34 5.85 9.58 11.77 9.83 8.36 6.84 6.58 7.11 6.12 7.44 9.52 10.29 9.35 8.5 5.42 7.12 8.58 7.75 7.13 7.75 7.95 8.34 8.65 7.08 8.39 9.2 6.99 8.47
1.54 0.99 1.34 1.85 3.76 4.09 3.18 3.58 2.57 2.61 2.7 2.86 2.7 5.09 4.09 2.64 2.53 1.21 2.61 3.26 2.5 2.41 3.11 3.4 2.54 2.63 2.32 2.42 3.19 1.85 3.57
0.77 0.61 0.91 0.68 1.93 2.19 1.16 0.74 0.96 1.28 1.15 0.98 1.29 2.36 2.8 1.89 1.71 1.62 1.28 1.74 1.29 1.44 1.13 1.73 1.72 1.53 1.76 1.76 1.76 0.85 1.15
2.68 4.41 1.16 1.95 4.37 4.23 4.66 4.42 2.43 3.27 2.87 2.36 4.21 4.44 6.32 5.43 5.2 3.17 4.21 4.21 3.8 3.58 5.22 3.53 3.12 2.62 3.0 2.47 2.63 2.55 4.58
Bra015926 (ORRM4)
 52.46 50.98 36.17 51.57 54.44 73.08 76.59 68.96 43.01 49.31 48.24 48.08 60.43 63.67 74.57 67.93 68.5 60.92 67.36 70.81 70.9 69.22 86.45 68.77 70.41 63.62 69.08 55.19 54.65 47.64 71.55
4.09 3.95 2.95 3.12 6.88 7.7 6.96 6.78 5.32 6.0 4.95 5.63 6.71 9.02 8.78 8.01 8.54 3.22 5.4 7.66 6.58 6.17 7.09 7.49 7.13 5.27 8.09 5.03 6.4 6.74 7.75
Bra016523 (COQ9)
 12.99 13.11 13.56 14.08 25.88 37.58 28.16 21.9 20.25 15.65 19.47 18.19 21.65 28.65 28.52 23.5 19.95 18.15 22.61 20.98 26.92 27.13 29.38 34.32 33.58 28.48 35.94 29.51 32.38 21.61 28.67
Bra016611 (RFO2)
 0.37 0.57 0.61 0.31 1.43 1.3 0.57 0.4 0.77 0.73 0.8 0.77 1.15 0.93 1.16 0.65 1.16 0.72 0.61 0.76 0.8 0.51 2.09 1.84 1.27 1.96 1.33 1.72 2.29 1.5 2.01
Bra018096 (GTR1)
 18.02 11.28 13.11 18.33 30.4 33.37 22.12 21.96 22.17 21.44 22.29 18.44 26.24 31.86 28.64 26.26 22.5 14.88 19.55 23.12 22.27 20.84 29.41 28.46 28.45 30.55 26.93 35.88 36.77 29.55 28.78
2.48 3.15 2.3 2.22 4.19 5.58 4.84 5.45 3.64 4.2 3.92 3.5 5.09 4.66 4.79 5.68 4.72 4.34 4.17 3.96 3.93 4.85 6.29 3.83 3.94 2.43 3.92 3.06 3.29 3.79 4.77
44.26 35.46 37.3 42.33 52.61 67.61 57.55 58.54 50.64 48.67 49.89 49.57 51.84 60.21 53.56 53.77 58.21 40.96 50.64 54.45 56.75 54.18 49.79 57.46 50.04 50.19 45.72 47.32 52.21 45.35 52.95
Bra019466 (BIC2)
 6.66 4.51 4.63 9.04 29.6 51.01 47.66 37.94 31.34 33.31 31.11 28.54 38.66 41.17 29.55 46.47 40.22 29.97 39.59 53.18 44.91 49.63 47.11 47.1 42.31 12.81 38.4 37.05 47.42 26.88 37.5
Bra020309 (DJC73)
 5.12 5.64 4.68 6.25 11.38 11.99 11.56 18.28 7.48 7.05 7.38 6.36 9.12 12.31 11.19 10.01 10.76 8.13 7.85 9.64 9.17 8.85 10.38 12.14 11.56 7.97 12.42 9.7 9.77 7.54 11.99
Bra022722 (BBX29)
 1.44 0.81 1.14 1.02 8.46 19.82 20.52 13.71 8.32 9.05 9.98 8.92 13.92 8.15 18.15 18.48 12.42 10.42 11.37 21.58 14.5 11.42 9.34 13.61 11.0 0.87 10.42 10.08 9.68 10.3 16.19
Bra023694 (CPNA2)
 1.61 2.13 1.45 2.57 3.93 7.05 5.88 4.4 1.49 3.26 2.53 1.8 2.89 3.29 5.81 5.63 8.05 4.09 3.36 4.95 5.46 3.53 7.33 3.61 3.28 2.78 3.03 2.59 1.98 1.29 4.2
62.71 50.49 37.76 48.08 206.15 201.5 200.37 145.42 137.42 119.62 139.42 114.65 205.96 214.01 196.18 199.21 133.29 148.8 122.81 122.78 142.43 105.6 189.92 209.25 208.36 147.67 170.89 136.24 127.22 104.99 171.28
Bra026090 (CCR1)
 11.17 10.38 10.43 10.05 29.11 37.08 32.95 31.61 27.04 25.83 25.42 24.49 33.41 34.73 43.43 39.21 27.7 29.2 26.8 29.05 29.76 29.78 31.02 34.64 33.37 23.32 29.03 30.1 28.93 24.95 26.2
Bra026726 (B4)
 2.58 1.87 2.03 1.43 4.39 4.66 2.6 2.59 3.23 2.29 3.1 2.99 3.18 4.92 6.15 4.18 3.25 3.96 3.04 2.88 2.78 3.24 4.3 3.36 3.55 3.01 3.17 4.36 4.0 3.18 4.1
33.85 36.69 28.38 31.43 43.44 48.13 42.28 35.68 39.21 40.89 39.59 42.07 39.5 53.83 61.96 43.49 45.34 31.91 40.62 46.39 38.82 43.65 38.98 47.11 47.51 44.89 46.41 46.15 41.79 41.67 49.35
Bra027458 (IPK1)
 6.56 4.83 8.36 9.18 17.31 24.93 18.19 15.65 14.21 13.05 12.81 11.7 18.42 24.3 26.92 17.48 16.76 12.91 14.18 15.5 14.28 14.51 18.01 19.48 19.1 19.53 18.15 18.22 21.77 13.41 18.53
Bra027812 (RMB1)
 0.46 0.19 0.33 0.25 2.72 2.97 2.16 1.27 1.55 1.47 1.1 1.35 1.73 2.73 3.11 2.13 0.92 1.69 2.2 1.64 1.75 1.9 1.69 1.84 1.73 0.86 1.42 1.05 2.06 1.18 1.95
Bra028142 (ARL8c)
 15.58 11.91 10.59 14.43 40.88 49.12 50.65 44.39 27.48 33.8 31.36 24.38 37.52 34.47 45.55 38.11 37.87 25.09 35.72 42.15 39.72 43.03 28.29 33.18 30.72 20.82 30.52 29.57 24.12 18.2 22.41
7.46 6.63 6.34 7.27 16.04 18.46 18.19 21.19 11.7 13.58 11.53 12.83 15.66 16.18 17.44 18.8 17.13 15.34 13.15 15.11 15.51 14.72 10.8 13.81 13.78 10.97 14.03 15.48 14.06 12.1 15.31
Bra028647 (RUG1)
 5.45 4.8 5.05 3.64 11.21 12.36 15.04 12.38 7.54 8.43 7.59 7.44 10.55 12.81 12.17 9.67 9.75 9.09 7.97 11.24 10.12 10.24 8.29 8.38 8.22 5.57 8.76 7.76 7.32 6.3 8.01
Bra029992 (CYCD3;3)
 1.91 1.9 2.02 1.64 9.4 8.75 5.6 5.44 3.95 3.8 4.9 3.74 13.91 9.05 11.45 7.59 7.54 7.95 5.59 6.21 4.51 4.56 4.36 7.91 7.59 5.04 7.6 5.68 5.91 5.1 9.36
Bra030227 (NET2D)
 0.53 0.33 0.44 0.37 1.49 1.19 1.17 1.24 0.89 0.79 0.91 0.78 1.01 1.23 1.45 1.44 1.0 1.27 0.83 0.86 1.05 0.57 0.94 0.9 1.15 0.78 0.97 0.74 0.87 0.68 0.81
Bra031295 (NPF6.4)
 13.03 12.73 13.05 10.54 21.57 54.91 37.67 25.11 27.34 24.67 31.48 23.52 29.75 44.49 45.38 54.42 41.85 30.8 36.76 45.68 44.71 38.61 40.23 33.99 37.8 14.94 35.69 20.88 29.29 19.58 43.59
1.94 0.58 0.44 0.73 5.93 11.51 8.35 6.49 6.51 5.04 6.13 6.39 5.58 7.17 7.78 7.46 8.13 5.43 8.17 9.98 8.31 8.34 6.73 8.49 7.39 2.01 6.05 4.56 4.54 5.19 7.86
Bra031821 (BDR8)
 2.28 2.1 1.46 2.47 3.99 10.48 7.32 6.22 5.31 4.67 5.13 4.56 5.58 6.78 7.5 6.99 5.54 3.71 5.54 5.88 6.43 6.16 8.02 7.9 9.17 4.64 8.36 7.3 11.07 6.42 10.63
Bra031957 (D14)
 24.09 24.71 23.93 24.74 36.64 48.27 42.37 37.38 27.27 30.14 30.22 31.18 42.9 34.62 42.2 45.48 42.41 31.06 30.42 36.4 36.06 37.74 45.45 42.87 44.12 26.8 39.85 37.33 39.35 34.28 38.72
Bra033638 (XRN2)
 6.3 6.29 6.29 6.71 9.26 16.04 11.21 13.22 8.28 5.68 8.25 6.45 8.72 14.35 16.45 11.27 11.19 10.31 11.67 9.85 10.28 8.34 10.67 9.61 9.82 9.04 9.16 9.88 13.78 6.95 12.0
Bra034291 (EMB3135)
 2.99 5.13 4.52 5.57 8.21 8.16 7.26 9.39 5.96 5.97 5.49 6.31 7.9 9.43 9.62 6.98 8.63 7.54 5.85 6.93 7.49 6.65 7.19 6.25 6.3 4.0 6.61 4.81 5.88 8.28 8.78
Bra034300 (CID7)
 9.59 6.94 8.02 8.08 12.77 16.18 16.33 15.93 10.01 10.95 10.75 11.03 14.54 15.61 17.64 15.72 15.69 14.23 13.72 14.81 13.95 13.82 14.26 12.88 13.31 9.67 13.34 10.87 12.14 10.81 14.99
Bra034520 (SULT202B1)
 1.03 0.75 0.94 1.06 3.33 9.82 5.13 3.74 6.16 3.52 4.32 4.08 3.41 8.29 6.9 5.24 5.41 2.59 5.68 6.33 4.44 5.19 3.83 5.27 4.94 3.58 4.99 3.63 5.0 3.83 5.51
Bra034895 (APD1)
 4.22 4.85 5.03 4.05 10.03 11.47 9.33 10.64 5.32 6.85 6.77 6.84 10.32 9.97 11.64 11.84 13.62 8.8 7.77 9.43 9.1 10.24 14.85 9.74 8.55 5.76 9.33 6.85 8.13 9.51 10.63
Bra035006 (NIT2)
 23.23 22.03 26.56 47.04 98.99 160.86 116.24 93.47 96.32 80.84 91.19 77.03 100.22 128.02 135.26 119.18 103.09 48.49 102.93 109.98 107.83 96.62 82.36 113.58 110.53 86.88 105.25 81.85 114.15 89.43 126.76
Bra035007 (ABF4)
 15.97 4.68 8.28 10.65 23.64 59.36 25.34 12.56 21.53 25.24 30.56 25.7 14.71 52.54 46.71 33.85 22.08 17.76 27.74 24.18 25.81 23.7 22.82 29.98 29.75 22.97 26.53 24.63 39.43 28.46 31.45
23.01 17.97 15.98 16.79 36.21 40.13 36.49 37.42 24.28 25.03 24.13 22.64 39.54 38.3 40.31 32.0 34.95 22.42 25.88 33.83 29.68 30.0 42.36 36.71 36.27 35.08 38.44 33.28 31.5 30.33 30.27
Bra035633 (GNC)
 4.57 4.5 4.87 2.8 10.86 16.18 13.0 11.55 11.08 9.58 9.15 9.38 10.82 10.3 13.79 17.92 18.12 5.2 10.88 13.81 14.7 13.42 17.6 14.33 13.83 2.31 12.9 10.09 12.87 11.47 13.97
Bra035721 (SDHAF2)
 19.51 16.03 11.02 15.7 43.45 51.83 45.2 33.1 32.74 29.32 31.98 30.14 34.95 43.04 49.12 38.65 34.81 36.54 41.38 38.09 37.28 43.22 40.43 40.94 35.85 28.29 33.3 32.83 29.55 19.8 31.49
Bra037444 (MUG7)
 2.3 2.01 2.3 1.86 3.21 3.5 3.0 2.6 1.99 2.07 2.15 2.11 2.88 3.37 3.8 3.28 3.41 2.38 2.35 2.53 2.47 2.75 5.04 2.77 2.54 1.48 3.07 2.51 2.92 2.68 3.29
19.51 21.42 21.67 20.89 55.86 52.83 28.3 26.34 30.29 29.92 31.09 27.98 47.71 56.24 64.32 42.42 39.18 38.02 30.38 33.34 28.42 27.24 26.82 43.72 39.12 35.3 35.65 46.88 48.75 29.62 41.91
0.07 0.19 0.12 0.13 0.71 0.9 0.7 0.45 0.84 0.72 0.86 0.79 0.76 0.88 0.65 0.48 0.48 0.21 0.46 0.83 0.97 0.77 2.14 0.77 1.2 0.55 1.03 1.34 1.28 0.69 0.97
3.56 3.29 4.36 4.69 6.59 10.92 6.01 9.49 5.37 6.26 6.03 5.57 6.57 7.85 11.49 5.66 6.23 3.56 4.34 6.53 5.76 5.84 6.17 7.96 7.28 5.19 7.06 6.01 7.67 5.88 8.79
0.04 0.07 0.08 0.07 0.37 0.16 0.03 0.05 0.0 0.1 0.0 0.01 0.07 0.09 0.06 0.04 0.04 0.1 0.03 0.04 0.0 0.05 0.5 0.16 0.23 0.08 0.13 0.22 0.33 0.18 0.31

Details

Raw expression values (TPM normalized), Green cells indicate low expression and red high. (Dark gray cells indicate missing values)