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Heatmap: Cluster_225 (Brassica rapa (Bra) Coexpression Clusters (HCCA Algorithm))

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Gene
Light: 268 uE m-2 s-1
Light: 202.5 uE m-2 s-1 (Control)
Light: 135 uE m-2 s-1
Light: 67.5 uE m-2 s-1
Photoperiod: L24
Photoperiod: L20D4 (Control)
Photoperiod: L12D12
Photoperiod: L8D16
RBW: 4:1:1 (Control)
RBW: 4:1:0
RBW: 3:1:1
RBW: 3:1:0
Nitrogen: 0%
Nitrogen: 25%
Nitrogen: 50%
Nitrogen: 100% (Control)
Nitrogen: 150%
Phosphorous: 0%
Phosphorous: 25%
Phosphorous: 50%
Phosphorous: 100% (Control)
Phosphorous: 150%
Potassium: 0%
Potassium: 25%
Potassium: 50%
Potassium: 100% (Control)
Potassium: 150%
Temperature: 20°C
Temperature: 25°C (Control)
Temperature: 30°C
Temperature: 35°C
0.46 0.33 0.4 0.48 0.84 0.99 0.95 0.96 0.59 0.6 0.67 0.53 0.91 1.0 0.9 0.85 0.91 0.67 0.73 0.79 0.8 0.79 0.69 0.8 0.78 0.72 0.74 0.82 0.87 0.65 0.89
Bra002992 (HL)
 0.14 0.15 0.12 0.09 0.45 1.0 0.74 0.76 0.21 0.33 0.27 0.24 0.54 0.42 0.7 0.78 0.58 0.44 0.44 0.45 0.33 0.42 0.73 0.43 0.45 0.26 0.39 0.31 0.33 0.22 0.37
Bra003900 (GNAT10)
 0.29 0.21 0.26 0.33 0.52 0.86 0.93 0.69 0.5 0.49 0.42 0.47 0.58 1.0 0.65 0.73 0.7 0.42 0.71 0.79 0.64 0.61 0.3 0.64 0.59 0.3 0.56 0.5 0.63 0.35 0.55
0.24 0.35 0.36 0.29 0.66 0.92 0.85 1.0 0.4 0.46 0.4 0.44 0.7 0.7 0.93 0.65 0.78 0.8 0.57 0.75 0.58 0.53 0.56 0.75 0.57 0.32 0.61 0.49 0.69 0.67 0.72
0.37 0.45 0.45 0.31 0.66 0.81 0.88 0.95 0.44 0.57 0.56 0.57 0.96 0.65 1.0 0.78 0.66 0.54 0.54 0.58 0.71 0.72 0.45 0.65 0.66 0.3 0.72 0.5 0.59 0.63 0.83
Bra004997 (PXN)
 0.62 0.6 0.53 0.5 0.9 1.0 0.71 0.63 0.58 0.67 0.59 0.6 0.62 0.84 0.8 0.69 0.64 0.45 0.54 0.61 0.57 0.65 0.57 0.68 0.69 0.62 0.68 0.83 0.8 0.59 0.68
Bra005450 (WAVE1)
 0.16 0.07 0.11 0.08 0.55 0.96 0.76 0.4 0.39 0.57 0.51 0.49 0.5 0.67 0.66 1.0 0.69 0.56 0.54 0.81 0.73 0.71 0.74 0.38 0.46 0.33 0.48 0.23 0.29 0.3 0.56
Bra006943 (BIC1)
 0.22 0.11 0.08 0.15 0.6 0.8 0.99 0.88 0.64 0.5 0.55 0.62 0.79 0.88 0.78 0.7 0.63 1.0 0.71 0.76 0.74 0.87 0.6 0.85 0.81 0.4 0.79 0.65 0.68 0.49 0.8
0.52 0.41 0.35 0.52 0.76 0.88 0.72 0.64 0.59 0.64 0.66 0.63 0.61 0.9 0.93 0.68 0.74 0.55 0.67 0.77 0.7 0.71 0.86 0.78 0.79 0.68 0.79 0.79 0.73 0.66 1.0
Bra008488 (PSF1)
 0.47 0.58 0.55 0.48 0.62 1.0 0.64 0.77 0.5 0.47 0.64 0.65 0.94 0.65 0.96 0.81 0.85 0.79 0.58 0.62 0.79 0.63 0.56 0.53 0.64 0.53 0.64 0.46 0.45 0.49 0.81
0.33 0.27 0.29 0.32 0.75 1.0 0.72 0.67 0.6 0.6 0.57 0.53 0.73 0.89 0.89 0.84 0.7 0.51 0.7 0.78 0.83 0.69 0.7 0.75 0.74 0.43 0.65 0.64 0.72 0.45 0.65
Bra009930 (TPR3)
 0.33 0.27 0.35 0.35 0.83 0.73 0.74 0.64 0.77 0.76 0.63 0.62 0.63 0.88 1.0 0.89 0.7 0.44 0.56 0.65 0.59 0.59 0.71 0.63 0.71 0.64 0.76 0.65 0.82 0.68 0.87
Bra009951 (LACS7)
 0.44 0.35 0.35 0.36 0.97 0.76 0.55 0.45 0.58 0.59 0.62 0.51 0.63 0.59 0.5 0.66 0.56 0.31 0.5 0.61 0.54 0.63 1.0 0.81 0.82 0.74 0.76 0.84 1.0 0.78 0.91
Bra010044 (ML1)
 0.53 0.46 0.41 0.3 0.9 0.98 0.8 0.93 0.57 0.59 0.58 0.58 0.81 0.83 1.0 0.95 0.92 0.83 0.81 0.82 0.7 0.73 0.91 0.84 0.87 0.43 0.88 0.58 0.65 0.62 0.73
Bra011820 (DJA5)
 0.31 0.25 0.3 0.29 0.48 0.62 0.81 1.0 0.33 0.39 0.35 0.32 0.72 0.51 0.58 0.58 0.66 0.54 0.55 0.65 0.58 0.51 0.44 0.63 0.65 0.64 0.67 0.71 0.71 0.56 0.75
Bra012028 (LHW)
 0.37 0.43 0.4 0.26 0.74 0.75 0.52 0.58 0.46 0.42 0.5 0.44 0.71 0.88 1.0 0.66 0.64 0.53 0.5 0.51 0.49 0.49 0.66 0.66 0.67 0.43 0.72 0.75 0.7 0.55 0.7
Bra012523 (OSB2)
 0.68 0.65 0.65 0.51 0.78 0.82 0.68 0.93 0.59 0.72 0.71 0.59 0.75 0.72 0.87 0.86 0.87 0.68 0.72 0.8 0.85 0.75 1.0 0.62 0.61 0.58 0.6 0.6 0.47 0.42 0.74
0.51 0.43 0.4 0.59 0.95 1.0 0.75 0.62 0.64 0.72 0.6 0.67 0.68 0.8 0.89 0.83 0.73 0.51 0.61 0.76 0.77 0.67 0.56 0.8 0.87 0.8 0.81 0.98 0.91 0.7 0.75
Bra013274 (BSK2)
 0.47 0.33 0.35 0.38 0.88 1.0 0.85 0.64 0.65 0.68 0.61 0.52 0.59 0.84 0.92 0.85 0.73 0.6 0.83 0.72 0.81 0.81 0.72 0.88 0.77 0.44 0.74 0.71 0.74 0.57 0.88
Bra014857 (SIG3)
 0.38 0.27 0.32 0.28 0.8 1.0 0.78 0.48 0.52 0.54 0.52 0.49 0.46 0.65 0.79 0.7 0.71 0.47 0.61 0.78 0.69 0.64 0.65 0.64 0.61 0.44 0.59 0.68 0.66 0.59 0.73
0.47 0.42 0.45 0.5 0.81 1.0 0.84 0.71 0.58 0.56 0.6 0.52 0.63 0.81 0.87 0.79 0.72 0.46 0.61 0.73 0.66 0.61 0.66 0.68 0.71 0.74 0.6 0.71 0.78 0.59 0.72
0.3 0.19 0.26 0.36 0.74 0.8 0.62 0.7 0.5 0.51 0.53 0.56 0.53 1.0 0.8 0.52 0.5 0.24 0.51 0.64 0.49 0.47 0.61 0.67 0.5 0.52 0.46 0.47 0.63 0.36 0.7
0.28 0.22 0.32 0.24 0.69 0.78 0.42 0.26 0.34 0.46 0.41 0.35 0.46 0.84 1.0 0.67 0.61 0.58 0.46 0.62 0.46 0.51 0.4 0.62 0.61 0.55 0.63 0.63 0.63 0.3 0.41
0.42 0.7 0.18 0.31 0.69 0.67 0.74 0.7 0.38 0.52 0.45 0.37 0.67 0.7 1.0 0.86 0.82 0.5 0.67 0.67 0.6 0.57 0.83 0.56 0.49 0.41 0.47 0.39 0.42 0.4 0.72
Bra015926 (ORRM4)
 0.61 0.59 0.42 0.6 0.63 0.85 0.89 0.8 0.5 0.57 0.56 0.56 0.7 0.74 0.86 0.79 0.79 0.7 0.78 0.82 0.82 0.8 1.0 0.8 0.81 0.74 0.8 0.64 0.63 0.55 0.83
0.45 0.44 0.33 0.35 0.76 0.85 0.77 0.75 0.59 0.67 0.55 0.62 0.74 1.0 0.97 0.89 0.95 0.36 0.6 0.85 0.73 0.68 0.79 0.83 0.79 0.58 0.9 0.56 0.71 0.75 0.86
Bra016523 (COQ9)
 0.35 0.35 0.36 0.37 0.69 1.0 0.75 0.58 0.54 0.42 0.52 0.48 0.58 0.76 0.76 0.63 0.53 0.48 0.6 0.56 0.72 0.72 0.78 0.91 0.89 0.76 0.96 0.79 0.86 0.58 0.76
Bra016611 (RFO2)
 0.16 0.25 0.27 0.14 0.62 0.57 0.25 0.17 0.33 0.32 0.35 0.33 0.5 0.41 0.51 0.28 0.51 0.32 0.27 0.33 0.35 0.22 0.91 0.81 0.55 0.86 0.58 0.75 1.0 0.65 0.88
Bra018096 (GTR1)
 0.49 0.31 0.36 0.5 0.83 0.91 0.6 0.6 0.6 0.58 0.61 0.5 0.71 0.87 0.78 0.71 0.61 0.4 0.53 0.63 0.61 0.57 0.8 0.77 0.77 0.83 0.73 0.98 1.0 0.8 0.78
0.39 0.5 0.37 0.35 0.67 0.89 0.77 0.87 0.58 0.67 0.62 0.56 0.81 0.74 0.76 0.9 0.75 0.69 0.66 0.63 0.62 0.77 1.0 0.61 0.63 0.39 0.62 0.49 0.52 0.6 0.76
0.65 0.52 0.55 0.63 0.78 1.0 0.85 0.87 0.75 0.72 0.74 0.73 0.77 0.89 0.79 0.8 0.86 0.61 0.75 0.81 0.84 0.8 0.74 0.85 0.74 0.74 0.68 0.7 0.77 0.67 0.78
Bra019466 (BIC2)
 0.13 0.08 0.09 0.17 0.56 0.96 0.9 0.71 0.59 0.63 0.59 0.54 0.73 0.77 0.56 0.87 0.76 0.56 0.74 1.0 0.84 0.93 0.89 0.89 0.8 0.24 0.72 0.7 0.89 0.51 0.71
Bra020309 (DJC73)
 0.28 0.31 0.26 0.34 0.62 0.66 0.63 1.0 0.41 0.39 0.4 0.35 0.5 0.67 0.61 0.55 0.59 0.44 0.43 0.53 0.5 0.48 0.57 0.66 0.63 0.44 0.68 0.53 0.53 0.41 0.66
Bra022722 (BBX29)
 0.07 0.04 0.05 0.05 0.39 0.92 0.95 0.64 0.39 0.42 0.46 0.41 0.64 0.38 0.84 0.86 0.58 0.48 0.53 1.0 0.67 0.53 0.43 0.63 0.51 0.04 0.48 0.47 0.45 0.48 0.75
Bra023694 (CPNA2)
 0.2 0.26 0.18 0.32 0.49 0.88 0.73 0.55 0.19 0.4 0.31 0.22 0.36 0.41 0.72 0.7 1.0 0.51 0.42 0.61 0.68 0.44 0.91 0.45 0.41 0.34 0.38 0.32 0.25 0.16 0.52
0.29 0.24 0.18 0.22 0.96 0.94 0.94 0.68 0.64 0.56 0.65 0.54 0.96 1.0 0.92 0.93 0.62 0.7 0.57 0.57 0.67 0.49 0.89 0.98 0.97 0.69 0.8 0.64 0.59 0.49 0.8
Bra026090 (CCR1)
 0.26 0.24 0.24 0.23 0.67 0.85 0.76 0.73 0.62 0.59 0.59 0.56 0.77 0.8 1.0 0.9 0.64 0.67 0.62 0.67 0.69 0.69 0.71 0.8 0.77 0.54 0.67 0.69 0.67 0.57 0.6
Bra026726 (B4)
 0.42 0.3 0.33 0.23 0.71 0.76 0.42 0.42 0.52 0.37 0.5 0.49 0.52 0.8 1.0 0.68 0.53 0.64 0.49 0.47 0.45 0.53 0.7 0.55 0.58 0.49 0.52 0.71 0.65 0.52 0.67
0.55 0.59 0.46 0.51 0.7 0.78 0.68 0.58 0.63 0.66 0.64 0.68 0.64 0.87 1.0 0.7 0.73 0.52 0.66 0.75 0.63 0.7 0.63 0.76 0.77 0.72 0.75 0.74 0.67 0.67 0.8
Bra027458 (IPK1)
 0.24 0.18 0.31 0.34 0.64 0.93 0.68 0.58 0.53 0.48 0.48 0.43 0.68 0.9 1.0 0.65 0.62 0.48 0.53 0.58 0.53 0.54 0.67 0.72 0.71 0.73 0.67 0.68 0.81 0.5 0.69
Bra027812 (RMB1)
 0.15 0.06 0.11 0.08 0.87 0.95 0.69 0.41 0.5 0.47 0.35 0.43 0.56 0.88 1.0 0.68 0.3 0.54 0.71 0.52 0.56 0.61 0.54 0.59 0.55 0.28 0.46 0.34 0.66 0.38 0.63
Bra028142 (ARL8c)
 0.31 0.24 0.21 0.28 0.81 0.97 1.0 0.88 0.54 0.67 0.62 0.48 0.74 0.68 0.9 0.75 0.75 0.5 0.71 0.83 0.78 0.85 0.56 0.66 0.61 0.41 0.6 0.58 0.48 0.36 0.44
0.35 0.31 0.3 0.34 0.76 0.87 0.86 1.0 0.55 0.64 0.54 0.61 0.74 0.76 0.82 0.89 0.81 0.72 0.62 0.71 0.73 0.69 0.51 0.65 0.65 0.52 0.66 0.73 0.66 0.57 0.72
Bra028647 (RUG1)
 0.36 0.32 0.34 0.24 0.75 0.82 1.0 0.82 0.5 0.56 0.5 0.49 0.7 0.85 0.81 0.64 0.65 0.6 0.53 0.75 0.67 0.68 0.55 0.56 0.55 0.37 0.58 0.52 0.49 0.42 0.53
Bra029992 (CYCD3;3)
 0.14 0.14 0.14 0.12 0.68 0.63 0.4 0.39 0.28 0.27 0.35 0.27 1.0 0.65 0.82 0.55 0.54 0.57 0.4 0.45 0.32 0.33 0.31 0.57 0.55 0.36 0.55 0.41 0.43 0.37 0.67
Bra030227 (NET2D)
 0.35 0.22 0.3 0.25 1.0 0.8 0.79 0.83 0.6 0.53 0.61 0.52 0.68 0.82 0.97 0.97 0.67 0.85 0.56 0.58 0.71 0.38 0.63 0.6 0.77 0.53 0.65 0.5 0.59 0.46 0.54
Bra031295 (NPF6.4)
 0.24 0.23 0.24 0.19 0.39 1.0 0.69 0.46 0.5 0.45 0.57 0.43 0.54 0.81 0.83 0.99 0.76 0.56 0.67 0.83 0.81 0.7 0.73 0.62 0.69 0.27 0.65 0.38 0.53 0.36 0.79
0.17 0.05 0.04 0.06 0.52 1.0 0.73 0.56 0.57 0.44 0.53 0.56 0.48 0.62 0.68 0.65 0.71 0.47 0.71 0.87 0.72 0.73 0.58 0.74 0.64 0.17 0.53 0.4 0.39 0.45 0.68
Bra031821 (BDR8)
 0.21 0.19 0.13 0.22 0.36 0.95 0.66 0.56 0.48 0.42 0.46 0.41 0.5 0.61 0.68 0.63 0.5 0.33 0.5 0.53 0.58 0.56 0.72 0.71 0.83 0.42 0.76 0.66 1.0 0.58 0.96
Bra031957 (D14)
 0.5 0.51 0.5 0.51 0.76 1.0 0.88 0.77 0.56 0.62 0.63 0.65 0.89 0.72 0.87 0.94 0.88 0.64 0.63 0.75 0.75 0.78 0.94 0.89 0.91 0.56 0.83 0.77 0.82 0.71 0.8
Bra033638 (XRN2)
 0.38 0.38 0.38 0.41 0.56 0.97 0.68 0.8 0.5 0.35 0.5 0.39 0.53 0.87 1.0 0.68 0.68 0.63 0.71 0.6 0.63 0.51 0.65 0.58 0.6 0.55 0.56 0.6 0.84 0.42 0.73
Bra034291 (EMB3135)
 0.31 0.53 0.47 0.58 0.85 0.85 0.75 0.98 0.62 0.62 0.57 0.66 0.82 0.98 1.0 0.73 0.9 0.78 0.61 0.72 0.78 0.69 0.75 0.65 0.66 0.42 0.69 0.5 0.61 0.86 0.91
Bra034300 (CID7)
 0.54 0.39 0.45 0.46 0.72 0.92 0.93 0.9 0.57 0.62 0.61 0.63 0.82 0.89 1.0 0.89 0.89 0.81 0.78 0.84 0.79 0.78 0.81 0.73 0.75 0.55 0.76 0.62 0.69 0.61 0.85
Bra034520 (SULT202B1)
 0.1 0.08 0.1 0.11 0.34 1.0 0.52 0.38 0.63 0.36 0.44 0.41 0.35 0.84 0.7 0.53 0.55 0.26 0.58 0.64 0.45 0.53 0.39 0.54 0.5 0.36 0.51 0.37 0.51 0.39 0.56
Bra034895 (APD1)
 0.28 0.33 0.34 0.27 0.68 0.77 0.63 0.72 0.36 0.46 0.46 0.46 0.69 0.67 0.78 0.8 0.92 0.59 0.52 0.63 0.61 0.69 1.0 0.66 0.58 0.39 0.63 0.46 0.55 0.64 0.72
Bra035006 (NIT2)
 0.14 0.14 0.17 0.29 0.62 1.0 0.72 0.58 0.6 0.5 0.57 0.48 0.62 0.8 0.84 0.74 0.64 0.3 0.64 0.68 0.67 0.6 0.51 0.71 0.69 0.54 0.65 0.51 0.71 0.56 0.79
Bra035007 (ABF4)
 0.27 0.08 0.14 0.18 0.4 1.0 0.43 0.21 0.36 0.43 0.51 0.43 0.25 0.89 0.79 0.57 0.37 0.3 0.47 0.41 0.43 0.4 0.38 0.51 0.5 0.39 0.45 0.41 0.66 0.48 0.53
0.54 0.42 0.38 0.4 0.85 0.95 0.86 0.88 0.57 0.59 0.57 0.53 0.93 0.9 0.95 0.76 0.82 0.53 0.61 0.8 0.7 0.71 1.0 0.87 0.86 0.83 0.91 0.79 0.74 0.72 0.71
Bra035633 (GNC)
 0.25 0.25 0.27 0.15 0.6 0.89 0.72 0.64 0.61 0.53 0.51 0.52 0.6 0.57 0.76 0.99 1.0 0.29 0.6 0.76 0.81 0.74 0.97 0.79 0.76 0.13 0.71 0.56 0.71 0.63 0.77
Bra035721 (SDHAF2)
 0.38 0.31 0.21 0.3 0.84 1.0 0.87 0.64 0.63 0.57 0.62 0.58 0.67 0.83 0.95 0.75 0.67 0.7 0.8 0.73 0.72 0.83 0.78 0.79 0.69 0.55 0.64 0.63 0.57 0.38 0.61
Bra037444 (MUG7)
 0.46 0.4 0.46 0.37 0.64 0.69 0.6 0.52 0.39 0.41 0.43 0.42 0.57 0.67 0.75 0.65 0.68 0.47 0.47 0.5 0.49 0.55 1.0 0.55 0.5 0.29 0.61 0.5 0.58 0.53 0.65
0.3 0.33 0.34 0.32 0.87 0.82 0.44 0.41 0.47 0.47 0.48 0.43 0.74 0.87 1.0 0.66 0.61 0.59 0.47 0.52 0.44 0.42 0.42 0.68 0.61 0.55 0.55 0.73 0.76 0.46 0.65
0.03 0.09 0.06 0.06 0.33 0.42 0.33 0.21 0.39 0.34 0.4 0.37 0.35 0.41 0.3 0.22 0.22 0.1 0.22 0.39 0.45 0.36 1.0 0.36 0.56 0.25 0.48 0.63 0.6 0.32 0.45
0.31 0.29 0.38 0.41 0.57 0.95 0.52 0.83 0.47 0.54 0.53 0.48 0.57 0.68 1.0 0.49 0.54 0.31 0.38 0.57 0.5 0.51 0.54 0.69 0.63 0.45 0.61 0.52 0.67 0.51 0.76
0.08 0.14 0.16 0.14 0.74 0.31 0.06 0.1 0.0 0.21 0.0 0.02 0.14 0.17 0.12 0.07 0.08 0.2 0.06 0.08 0.0 0.09 1.0 0.32 0.46 0.16 0.25 0.45 0.65 0.36 0.61

Details

Expression values normalized per gene (using the maximum value, Green cells indicate low expression and red high. (Dark gray cells indicate missing values)