1. Home
  2. Tools
  3. Expression Heatmap
  4. Results

Heatmap: Cluster_138 (Brassica rapa (Bra) Coexpression Clusters (HCCA Algorithm))

View as: (view zlog-transformed or row-normalized)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Showing raw values)

 Transpose table  Download table
Gene
Light: 268 uE m-2 s-1
Light: 202.5 uE m-2 s-1 (Control)
Light: 135 uE m-2 s-1
Light: 67.5 uE m-2 s-1
Photoperiod: L24
Photoperiod: L20D4 (Control)
Photoperiod: L12D12
Photoperiod: L8D16
RBW: 4:1:1 (Control)
RBW: 4:1:0
RBW: 3:1:1
RBW: 3:1:0
Nitrogen: 0%
Nitrogen: 25%
Nitrogen: 50%
Nitrogen: 100% (Control)
Nitrogen: 150%
Phosphorous: 0%
Phosphorous: 25%
Phosphorous: 50%
Phosphorous: 100% (Control)
Phosphorous: 150%
Potassium: 0%
Potassium: 25%
Potassium: 50%
Potassium: 100% (Control)
Potassium: 150%
Temperature: 20°C
Temperature: 25°C (Control)
Temperature: 30°C
Temperature: 35°C
15.14 14.17 14.3 13.21 18.14 22.13 19.09 19.81 11.52 10.64 12.33 10.66 18.6 22.71 28.51 19.98 15.48 13.39 13.4 14.95 14.17 14.67 24.08 12.31 12.61 10.82 11.96 11.58 11.52 10.02 14.55
Bra001218 (MORF3)
 12.38 18.28 13.28 7.38 17.73 22.75 9.8 13.32 11.43 9.75 8.67 9.99 17.47 28.69 33.81 14.58 12.61 22.98 17.11 11.59 11.27 12.67 22.23 13.0 11.89 9.62 13.07 10.68 10.05 7.84 16.98
Bra001372 (NUP1)
 10.1 10.64 11.14 9.26 10.73 11.51 9.46 10.75 7.85 9.24 8.7 8.56 11.01 13.19 15.48 12.64 11.89 15.89 10.67 10.49 9.58 9.22 19.24 9.32 9.84 8.62 10.37 8.0 8.6 9.17 10.87
Bra001864 (NRPD5)
 28.11 36.85 32.81 27.83 39.98 46.63 28.54 37.07 23.11 21.1 20.68 19.31 37.79 49.01 56.03 29.35 31.38 38.81 25.28 24.63 28.16 26.45 53.17 20.87 19.7 21.7 16.73 18.88 17.15 15.79 23.66
Bra003000 (MRE11)
 3.07 3.38 2.57 2.66 4.47 6.04 3.5 4.58 2.76 2.73 2.82 2.88 4.26 6.06 7.55 4.33 4.15 4.78 3.82 4.03 3.46 3.6 5.59 3.05 3.22 2.95 3.67 2.88 3.99 2.87 5.16
0.52 1.06 0.31 0.22 0.82 0.55 0.62 0.9 0.32 0.27 0.28 0.19 0.48 0.8 1.99 0.57 0.83 1.21 0.42 0.49 0.54 0.33 1.3 0.33 0.58 0.45 0.39 0.23 0.35 0.3 0.97
Bra003601 (ABC1K3)
 4.47 6.49 3.15 3.85 7.33 7.03 4.69 5.89 4.13 4.13 3.88 4.43 5.52 9.67 12.03 4.39 4.45 6.24 4.73 3.84 3.81 3.71 7.46 5.52 5.43 5.2 5.17 5.85 6.59 4.61 6.66
Bra003609 (EMB2217)
 1.31 1.36 1.34 0.76 1.62 2.22 1.7 2.18 1.43 1.03 1.61 0.77 1.73 2.21 4.95 1.46 2.1 2.62 1.5 1.73 1.43 1.41 2.95 0.93 1.05 0.87 1.22 0.85 1.25 0.99 1.94
Bra004638 (SIN2)
 0.59 0.52 0.69 0.75 1.09 0.83 0.5 1.0 0.29 0.49 0.73 0.36 0.89 0.8 3.26 1.44 0.89 1.84 0.83 1.08 0.81 0.71 3.11 0.55 0.49 0.5 0.56 0.4 0.35 0.23 0.8
14.8 16.41 17.6 15.43 21.71 23.03 17.03 17.09 14.85 14.88 16.69 14.96 20.26 23.87 29.52 20.69 17.71 21.82 16.42 17.3 17.82 16.36 28.14 19.87 20.86 17.42 18.36 19.46 17.05 15.21 17.27
Bra007281 (ALADIN)
 5.95 7.26 7.39 5.96 7.34 7.6 5.82 6.91 4.88 5.74 4.66 4.75 7.37 8.15 10.77 7.48 6.75 7.78 6.0 5.47 5.78 5.79 8.79 5.2 5.7 4.61 5.24 5.21 4.22 4.45 5.92
Bra008003 (dNK)
 5.14 5.63 5.82 4.41 9.01 9.9 7.89 11.92 4.54 4.58 4.94 4.89 9.28 10.83 14.24 8.14 9.2 9.33 6.5 6.11 5.42 5.63 13.89 7.22 6.96 6.36 7.92 6.45 6.17 7.32 11.11
Bra009095 (MAA3)
 0.25 0.63 0.4 0.23 0.66 0.93 0.43 0.6 0.2 0.24 0.32 0.27 0.66 0.9 1.13 0.75 0.73 0.83 0.53 0.51 0.32 0.38 1.41 0.26 0.31 0.29 0.34 0.27 0.21 0.19 0.72
Bra009414 (ABO6)
 1.05 1.29 0.76 0.92 2.06 2.56 1.5 1.54 0.79 1.12 1.14 0.91 1.42 2.21 4.14 2.6 2.52 2.78 1.95 1.7 1.72 1.77 2.58 1.42 1.16 1.06 1.36 1.05 0.73 0.84 2.68
6.49 6.14 5.33 4.92 8.29 8.01 4.68 3.67 5.44 4.04 5.0 4.05 5.31 9.91 10.31 5.82 6.07 6.39 4.67 5.6 4.82 4.74 8.15 5.38 5.79 6.39 6.04 4.89 6.5 5.8 8.29
Bra011858 (Drg1-1)
 24.74 31.47 21.01 19.84 29.32 41.29 30.22 33.53 24.45 22.23 21.03 21.17 32.8 42.34 47.92 32.12 31.0 28.79 25.11 23.74 25.6 24.98 49.77 20.8 20.6 17.14 22.0 17.94 19.39 17.4 25.16
0.37 0.27 0.12 0.21 0.56 0.63 0.16 0.14 0.19 0.19 0.25 0.28 0.42 0.55 0.82 0.6 0.52 0.66 0.24 0.31 0.36 0.27 0.28 0.13 0.16 0.11 0.12 0.22 0.06 0.25 0.38
Bra013784 (SEAP1)
 8.35 7.35 6.95 6.37 9.83 10.11 5.66 5.61 5.91 5.88 5.72 5.82 7.75 12.11 13.07 7.62 5.95 7.63 6.84 6.89 6.28 6.6 11.23 6.66 6.98 6.36 6.68 8.23 8.74 7.83 8.69
0.15 0.18 0.04 0.06 0.12 0.27 0.05 0.05 0.09 0.06 0.05 0.08 0.12 0.33 0.43 0.14 0.12 0.63 0.2 0.06 0.08 0.17 0.98 0.04 0.04 0.01 0.07 0.05 0.07 0.04 0.04
Bra014465 (DHDPS)
 9.96 14.78 16.83 17.11 15.99 25.82 14.29 19.8 9.58 12.86 10.14 10.85 14.7 30.51 39.58 23.33 24.45 23.82 17.74 17.65 17.13 17.38 47.32 15.46 17.12 11.81 15.82 11.06 7.93 11.89 15.18
1.73 2.53 2.11 1.25 2.57 3.28 2.23 2.94 1.57 1.79 1.51 1.45 2.52 4.17 5.66 2.89 2.72 2.5 2.46 2.34 2.72 2.13 4.63 2.36 1.91 1.63 2.6 1.88 1.55 2.29 3.89
1.37 1.13 0.98 1.31 1.44 1.85 1.97 2.55 1.27 1.64 1.47 0.87 2.93 2.4 4.11 2.32 2.05 3.48 1.9 1.63 2.33 1.76 4.36 1.2 0.8 1.03 1.04 0.8 0.54 0.76 1.83
Bra015366 (LIN37A)
 7.55 8.19 9.37 7.78 9.36 9.68 5.98 7.86 5.15 5.77 6.15 4.98 9.12 12.7 14.63 8.75 7.71 8.27 7.69 8.09 6.97 6.52 13.36 7.4 8.35 6.4 7.85 6.29 6.2 5.67 7.62
6.35 8.18 4.35 6.57 9.23 12.53 10.25 16.55 4.09 4.95 4.49 3.89 10.39 12.45 18.05 11.14 11.41 9.94 5.38 7.96 9.13 7.07 18.43 5.1 5.91 5.81 5.8 4.92 3.17 3.09 7.64
Bra015922 (HOT1)
 1.3 8.9 0.35 0.13 1.68 6.85 1.85 2.48 3.23 2.52 1.7 3.08 7.13 17.53 21.45 3.12 3.89 8.19 3.26 1.46 1.26 1.45 2.35 1.48 1.36 0.88 1.21 0.44 2.42 1.5 8.24
Bra015971 (SMU1)
 5.2 5.71 5.98 4.65 6.68 7.62 4.76 5.21 4.49 4.76 4.9 4.61 6.69 6.74 9.01 6.81 5.65 7.08 5.93 5.25 5.92 5.34 8.98 4.91 5.35 4.76 4.9 4.47 4.11 4.17 6.31
5.65 4.72 3.41 2.57 6.65 7.33 4.63 7.61 2.58 2.25 2.45 2.66 4.51 5.86 10.27 4.71 5.25 5.2 5.37 4.15 4.11 3.01 7.46 3.49 2.96 1.8 3.81 2.85 2.98 2.91 5.62
4.2 5.76 3.03 2.16 5.12 7.7 2.85 3.02 3.58 2.84 2.87 3.0 4.65 12.32 15.44 3.61 3.76 4.54 3.7 3.13 2.96 3.0 7.19 3.68 3.3 2.91 3.53 2.26 4.07 3.94 9.44
Bra017328 (MORF6)
 6.93 10.04 3.45 8.51 8.76 13.9 11.43 16.65 4.95 8.31 7.65 6.19 13.0 16.57 23.61 17.27 15.95 15.28 11.5 9.52 13.01 10.8 19.28 6.81 7.26 7.2 8.12 4.46 2.96 4.11 10.38
Bra017378 (CDC48B)
 1.29 1.33 1.96 0.88 1.38 1.35 1.28 1.96 0.85 0.72 0.82 0.6 1.35 1.89 2.89 1.51 1.41 2.06 0.98 1.02 0.79 0.8 3.0 0.9 0.74 0.61 0.93 0.64 0.68 0.81 1.25
Bra018813 (RBP47A)
 15.12 17.71 15.97 14.33 18.38 20.94 21.75 29.05 11.94 12.5 14.9 13.57 26.99 24.46 30.89 24.44 23.17 15.77 11.53 17.45 19.74 16.85 30.44 12.73 12.88 13.01 13.99 10.9 12.21 10.88 18.55
Bra020562 (LON1)
 2.28 2.71 1.22 1.63 2.76 3.46 2.39 3.21 1.3 1.86 1.72 1.47 2.77 3.77 5.74 3.72 3.06 4.2 2.33 2.12 2.72 2.1 4.7 1.75 1.57 1.64 1.53 1.79 1.38 1.21 3.14
8.96 22.18 6.45 2.78 18.9 28.26 16.25 12.31 18.27 16.04 16.11 13.64 10.28 40.3 49.57 17.74 19.8 13.65 19.92 14.07 10.75 13.71 4.52 19.2 14.85 14.28 18.12 10.4 16.61 12.64 27.63
Bra020919 (smB)
 8.54 18.04 16.05 13.84 17.85 25.44 18.28 22.4 11.07 13.42 13.33 12.98 27.73 28.97 31.92 23.93 26.77 25.4 17.64 20.92 17.42 19.61 47.98 15.81 15.18 13.67 17.49 11.16 11.23 12.78 19.31
Bra021584 (RIP1)
 0.33 0.78 0.36 0.15 0.72 0.61 0.27 0.45 0.45 0.53 0.33 0.33 0.58 0.93 2.77 0.52 0.72 2.8 0.6 0.51 0.54 0.76 2.98 0.2 0.1 0.02 0.15 0.18 0.06 0.2 0.72
4.86 6.11 5.94 5.55 5.26 7.14 4.46 6.98 2.81 3.46 3.18 2.8 5.1 11.08 13.35 5.79 5.44 12.61 4.05 4.18 3.95 4.34 14.95 3.02 2.86 3.45 3.8 2.73 2.16 2.79 5.66
Bra023114 (RSZ33)
 25.31 34.0 36.97 26.06 36.37 46.01 29.36 38.85 27.68 24.88 26.55 26.3 44.98 56.64 69.71 43.28 35.61 38.24 29.58 30.54 30.48 29.97 67.44 24.89 28.08 20.13 23.76 18.37 23.06 24.06 41.35
Bra024506 (AGS1)
 2.92 2.73 2.64 2.58 5.55 6.31 3.36 6.5 2.37 2.42 2.19 1.83 4.79 7.49 8.48 5.27 4.68 5.75 3.66 3.71 3.69 2.94 7.43 4.16 4.73 3.75 4.03 4.26 3.96 2.49 5.09
Bra025388 (emb2076)
 3.07 3.36 2.8 2.65 5.19 5.08 3.31 4.38 3.36 2.81 2.37 3.03 3.54 6.65 6.1 3.82 3.46 3.83 3.48 2.79 3.23 2.97 5.05 2.48 3.0 2.17 2.56 2.57 3.15 3.34 5.26
Bra025629 (EngA-2)
 1.53 1.75 1.16 1.33 2.88 4.66 3.3 4.05 2.09 1.83 2.12 2.98 3.31 3.82 6.68 4.82 6.09 6.63 3.17 3.9 3.48 3.58 5.94 2.19 2.39 2.3 2.74 2.18 1.71 1.57 3.34
Bra026158 (PININ)
 25.76 28.54 30.38 24.37 31.47 36.66 22.37 31.2 21.18 18.58 21.0 18.9 28.22 42.09 46.87 27.49 28.36 34.27 22.96 23.71 22.38 20.72 44.27 20.61 20.52 20.35 19.67 21.42 22.18 19.27 31.03
Bra026183 (NUP155)
 1.33 1.87 1.47 0.96 2.48 2.49 1.82 2.08 1.18 1.51 1.33 1.23 2.21 2.0 3.34 2.45 1.97 2.02 1.65 1.49 1.48 1.25 3.03 1.55 1.44 1.13 1.53 1.47 1.45 1.28 1.99
Bra027459 (U2AF35B)
 38.74 51.62 53.14 44.16 40.83 40.77 29.54 38.64 28.33 30.65 28.52 31.22 59.08 59.35 68.94 44.21 40.22 77.83 36.76 34.86 32.38 38.68 106.12 37.49 34.38 33.5 39.36 30.1 28.05 36.31 51.23
4.68 4.08 4.66 2.71 2.97 6.32 3.74 6.8 2.13 3.59 3.21 2.93 5.27 8.47 14.32 6.98 8.38 14.93 5.42 5.25 5.32 5.36 11.93 2.9 3.22 2.85 3.38 2.26 1.87 2.6 8.68
Bra028460 (EMB3012)
 6.09 5.51 4.12 4.12 6.48 7.68 5.14 4.92 4.71 5.94 5.11 5.04 6.11 9.34 11.76 8.04 7.33 8.09 6.62 5.72 5.48 5.54 5.83 4.3 4.46 4.41 4.27 4.15 3.44 4.15 7.4
Bra028628 (HSC70-5)
 2.44 8.63 1.01 0.62 4.68 9.44 5.28 5.22 2.69 3.43 2.78 2.86 8.25 10.09 18.7 8.74 8.8 11.43 5.21 3.38 4.26 3.73 9.4 2.68 2.43 1.63 2.79 1.43 2.3 2.07 7.12
Bra029364 (NIC2)
 5.48 28.16 3.48 1.88 12.93 24.67 4.67 2.42 12.3 5.63 4.51 6.77 6.54 30.65 46.1 7.72 8.7 16.61 10.81 8.35 5.29 5.86 6.92 8.46 6.87 3.57 8.19 4.16 11.87 7.06 14.77
Bra030642 (CLO)
 6.57 8.32 8.73 5.97 7.31 9.89 5.09 7.19 4.89 4.34 4.63 4.35 7.7 7.64 14.26 7.96 5.69 8.68 4.93 6.06 6.08 5.0 12.18 3.99 4.21 4.79 4.71 4.2 3.07 3.68 7.14
Bra030802 (PUR2)
 2.45 2.12 1.2 1.17 3.47 5.85 3.29 3.56 1.55 3.0 2.0 2.18 3.95 5.0 7.33 4.3 3.02 6.82 2.97 3.49 3.44 2.51 6.39 3.04 2.54 2.27 3.18 1.29 2.06 2.11 4.84
Bra032529 (TPR2)
 5.99 8.4 5.63 4.43 8.38 10.18 6.96 7.59 5.65 5.5 6.29 6.96 10.83 11.36 13.94 7.77 8.62 8.56 6.93 5.26 5.19 5.8 10.12 6.22 5.74 5.28 6.52 6.14 5.24 6.58 8.64
Bra034020 (MDN1)
 1.34 1.66 1.51 1.65 1.87 2.95 1.07 2.38 0.57 1.03 0.8 0.64 1.45 3.27 5.09 2.83 2.04 2.56 1.2 1.31 1.28 1.02 4.04 1.11 1.19 1.14 1.07 0.95 0.58 0.71 2.24
0.66 1.32 0.89 0.63 1.93 2.8 1.17 1.7 1.04 1.09 1.24 1.25 1.34 2.26 5.19 2.76 2.26 3.22 2.13 1.59 1.91 1.63 4.73 0.93 0.79 0.6 0.74 0.75 0.63 0.94 1.68
8.35 9.15 10.71 8.29 14.22 18.36 11.07 13.19 8.49 9.39 8.26 6.81 14.21 14.51 19.02 15.67 12.35 15.5 10.9 11.65 10.68 11.98 17.14 11.44 11.29 9.34 10.41 11.27 11.11 10.9 15.97
Bra037325 (mCSF1)
 4.18 6.12 4.44 4.45 5.83 6.18 4.46 5.15 3.57 3.75 3.68 3.85 4.29 7.69 8.67 5.19 4.74 4.3 4.38 3.92 5.14 3.53 8.58 3.94 3.81 3.04 3.6 4.05 3.21 2.3 3.99
4.38 4.8 4.24 3.22 7.01 7.65 5.47 5.87 4.23 4.45 4.09 3.91 6.67 7.08 7.45 6.08 6.53 6.56 4.47 5.14 5.32 4.67 8.34 5.08 5.24 4.45 5.58 4.77 4.41 4.44 5.95
0.79 0.97 0.31 0.57 0.51 0.97 0.36 0.89 0.39 0.48 0.45 0.39 0.78 1.33 2.67 1.36 0.75 1.87 0.65 0.47 0.52 0.5 1.62 0.52 0.39 0.38 0.29 0.24 0.19 0.22 0.76
4.21 12.03 1.58 0.29 3.59 8.29 6.51 6.5 5.65 3.04 3.85 6.56 11.69 19.94 24.37 6.02 5.71 9.52 6.99 5.75 2.57 4.91 8.36 3.96 4.14 3.51 5.0 2.02 6.3 5.78 17.91
13.75 23.8 18.3 15.91 23.25 34.09 21.79 20.65 17.22 17.22 15.77 17.3 26.79 28.64 28.09 24.66 24.57 17.74 16.04 16.47 17.05 16.54 39.49 16.02 18.41 15.25 17.58 13.34 16.61 12.53 21.62
Bra040810 (NOV)
 1.0 1.06 0.62 0.97 1.66 1.76 1.39 2.2 0.73 0.77 0.72 0.63 1.56 2.17 3.01 1.86 1.56 1.37 1.11 1.02 1.05 0.77 2.15 0.85 0.79 0.9 1.06 0.91 0.74 0.82 1.22

Details

Raw expression values (TPM normalized), Green cells indicate low expression and red high. (Dark gray cells indicate missing values)