Heatmap: Cluster_267 (Brassica rapa (Bra) Coexpression Clusters (HCCA Algorithm))

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(Values are log2 transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

Gene
Light: 268 uE m-2 s-1
Light: 202.5 uE m-2 s-1 (Control)
Light: 135 uE m-2 s-1
Light: 67.5 uE m-2 s-1
Photoperiod: L24
Photoperiod: L20D4 (Control)
Photoperiod: L12D12
Photoperiod: L8D16
RBW: 4:1:1 (Control)
RBW: 4:1:0
RBW: 3:1:1
RBW: 3:1:0
Nitrogen: 0%
Nitrogen: 25%
Nitrogen: 50%
Nitrogen: 100% (Control)
Nitrogen: 150%
Phosphorous: 0%
Phosphorous: 25%
Phosphorous: 50%
Phosphorous: 100% (Control)
Phosphorous: 150%
Potassium: 0%
Potassium: 25%
Potassium: 50%
Potassium: 100% (Control)
Potassium: 150%
Temperature: 20°C
Temperature: 25°C (Control)
Temperature: 30°C
Temperature: 35°C
-0.58 -0.82 -0.35 -0.69 0.44 0.63 -0.56 -0.44 -0.05 -0.01 -0.32 -0.66 -0.26 1.23 0.9 0.43 0.14 1.49 -0.37 0.02 -0.32 -0.17 -0.11 -1.04 -1.23 -0.96 -1.04 -0.96 -0.9 0.28 0.82
Bra001781 (PUM5)
-2.79 -3.28 -3.02 -3.96 0.33 0.23 -1.84 -3.22 -0.46 -2.31 -1.78 -2.24 -1.29 2.2 2.0 -0.69 -2.07 1.29 -0.08 -1.16 -2.17 -1.96 1.42 0.26 0.16 -1.1 -0.43 0.44 1.23 0.33 -0.04
Bra001886 (ELIP)
-3.62 -4.78 -6.6 -3.72 -0.2 1.27 1.08 0.16 -1.58 -2.75 -1.94 -2.46 -0.2 2.26 2.11 0.08 -0.48 2.12 -0.25 -0.23 -1.5 -1.14 0.83 -0.68 -1.26 -1.78 -1.77 -0.53 -1.47 -2.91 -2.6
Bra001972 (CCR2)
-3.44 -3.66 -2.72 -3.61 0.18 0.76 0.01 -0.49 0.54 -0.52 -0.55 -0.32 -0.2 1.71 1.91 -0.05 -0.21 1.73 0.74 0.08 -0.63 0.1 -0.73 -1.17 -1.02 -2.33 -1.32 -0.56 -0.07 -0.93 -0.68
-0.19 -0.34 -0.32 -0.41 0.45 0.22 -0.34 0.03 -0.27 -0.31 -0.42 -0.29 0.15 0.71 0.61 0.14 0.07 0.88 -0.19 0.03 -0.22 -0.12 0.01 -0.09 -0.16 -0.17 -0.27 -0.27 0.01 -0.19 0.02
Bra003318 (PDCB5)
-0.7 -1.18 -1.91 -1.52 0.11 0.08 -0.87 -0.11 0.36 -0.08 -0.07 -0.14 0.57 1.28 1.53 0.29 -0.11 0.9 0.09 0.19 -0.09 -0.07 0.48 -0.49 -0.42 -1.19 -0.3 -0.69 -0.44 -0.89 -0.52
Bra003450 (BRH1)
-0.47 0.44 -0.89 -1.44 0.79 0.5 -2.24 -3.03 -0.79 -1.26 -1.29 -1.8 -0.01 2.18 2.12 -0.37 -0.26 1.28 0.38 -0.6 -0.23 -0.97 0.06 -0.76 -0.56 -1.1 -0.32 -0.69 -1.05 -1.22 -0.98
Bra004993 (CLC2)
-0.48 -0.29 -0.68 -1.46 0.26 0.37 -0.75 -0.97 -0.04 -0.54 -0.09 -0.74 -0.81 1.04 1.16 -0.14 -0.32 0.56 0.45 -0.22 -0.1 -0.24 0.22 0.02 0.02 -0.17 -0.17 0.25 0.61 -0.1 0.02
Bra005603 (ELMO1)
-0.6 -0.45 -0.51 -0.31 0.5 0.2 -0.27 -0.07 -0.01 0.01 0.02 -0.18 0.03 0.81 0.74 0.18 -0.02 0.86 0.21 0.01 0.15 0.15 0.11 -0.25 -0.12 -0.26 -0.31 -0.47 -0.53 -0.68 -0.8
Bra005775 (MDAR2)
-1.17 -1.65 -1.52 -1.97 0.77 0.59 -0.95 -1.3 0.29 -0.58 -0.42 -0.28 -0.42 1.76 1.42 -0.31 -0.6 1.13 0.22 -0.35 -0.18 -0.65 0.74 -0.51 -0.43 -0.7 -0.59 -0.08 0.3 -0.25 -0.55
Bra006905 (SEX4)
-1.99 -1.14 -2.15 -2.28 1.07 0.63 -0.68 -0.13 -0.4 -0.01 -0.26 -0.33 -0.38 1.24 1.83 -0.19 -0.41 1.51 0.75 -0.96 -0.41 -0.82 -1.74 -0.49 -0.91 -1.26 -1.0 0.08 0.15 0.18 -0.23
Bra007000 (LOG4)
- - - - -0.81 0.63 -0.69 -2.02 -1.99 - -2.5 - -0.28 3.22 2.69 -3.08 -16.02 2.39 -0.72 -0.98 -2.8 - 1.51 -2.29 - -1.49 -10.37 -3.67 -1.15 - -1.14
Bra007054 (NHL39)
-0.83 -1.0 0.05 -0.96 0.3 0.29 -0.18 -0.5 0.44 0.05 0.14 -0.21 0.17 1.38 1.29 0.82 0.25 1.23 0.4 -0.13 -0.66 0.18 0.28 -1.77 -1.05 -1.26 -1.58 -1.0 -0.89 -1.22 -1.75
Bra007542 (GATA4)
-2.06 -1.11 -0.73 -2.35 -0.11 -0.25 -0.98 -0.68 -0.09 -0.64 -0.24 -0.65 0.34 1.2 0.84 -0.1 -0.28 1.36 0.04 0.44 -0.21 -0.44 0.53 -0.39 -0.02 -0.36 0.1 -0.46 0.14 0.07 0.96
Bra008052 (HAP2C)
-1.13 -1.24 -1.93 -2.95 0.6 0.69 -1.53 -2.15 -0.24 -0.58 -0.66 -0.39 -1.2 1.37 1.21 -0.41 -0.78 1.03 0.14 -0.09 -0.42 -0.14 0.27 0.23 0.36 -0.29 0.3 0.6 0.45 -0.01 0.15
-1.67 -2.2 -1.89 -2.44 0.32 1.02 -1.81 -1.28 -0.64 -0.47 -0.79 -0.74 0.92 1.75 1.97 0.31 0.38 1.8 0.23 0.14 -0.56 -0.36 0.1 -0.95 -1.09 -1.14 -2.16 -1.34 -1.14 -1.37 -0.7
-3.18 -3.04 -2.91 -2.82 0.03 0.19 -0.58 -0.63 0.15 -0.08 0.1 -0.03 0.97 1.25 1.4 0.81 0.36 1.45 0.65 0.36 0.04 0.1 -0.16 -0.66 -0.92 -1.47 -0.85 -1.41 -0.67 -1.05 -0.41
Bra010694 (PCBER1)
-1.42 -2.74 -2.63 -2.82 1.03 1.01 -0.7 -1.3 -0.17 -0.5 -0.41 -1.28 -0.38 1.68 1.61 0.04 -0.47 1.59 0.69 -0.48 -0.7 -0.58 0.18 -0.25 -0.33 -1.02 -0.63 0.25 0.1 -1.42 -1.29
Bra011704 (APP1)
-1.72 -2.19 -2.97 -2.17 0.29 1.22 -1.07 -0.46 -0.15 -0.39 -0.46 -0.72 0.28 1.71 2.04 -0.13 -0.13 0.75 -0.06 -0.09 0.47 -0.16 1.42 -1.01 -1.18 -1.46 -1.59 -1.61 -0.86 -1.49 -0.84
-1.42 -2.22 -1.54 -3.28 0.61 0.7 -0.52 -1.12 0.17 0.48 0.04 -0.2 -0.12 1.1 1.56 0.93 0.04 1.53 0.88 0.29 0.22 -0.05 -0.5 -0.45 -1.6 -1.41 -1.86 -1.07 -0.44 -1.68 -1.83
Bra013606 (MRB1)
-1.0 -1.7 -1.58 -2.75 0.39 0.4 -0.06 -0.29 -0.1 -0.48 -0.77 -0.62 -1.42 1.08 1.52 -0.32 -0.85 1.49 0.47 -0.41 -0.88 -0.5 -0.64 -0.01 0.01 -0.83 -0.21 0.46 0.56 0.47 0.26
-3.05 -2.75 -3.3 -3.0 -0.24 0.78 -0.9 -1.13 -0.14 -0.27 -0.45 -0.33 0.07 1.68 1.3 -0.61 0.18 1.48 0.64 -0.06 -0.14 -0.44 0.32 -0.49 -0.95 -1.02 -0.12 -1.14 -0.26 -0.4 1.21
Bra014003 (RALFL31)
-1.05 -1.16 -1.49 -0.78 0.3 0.44 -0.59 -0.46 -0.49 -0.38 -0.26 -0.46 0.29 1.02 1.01 0.18 -0.09 0.94 0.49 0.23 0.15 -0.13 0.67 0.33 -0.0 -0.09 -0.31 -0.87 -0.47 -0.64 -0.43
-0.35 -0.57 -0.57 -0.66 0.27 0.11 -0.52 -0.45 0.12 -0.02 -0.02 -0.15 0.16 1.05 0.98 0.36 -0.0 1.08 0.38 0.06 -0.23 -0.05 -0.15 -0.32 -0.43 -0.69 -0.48 -0.36 -0.16 -0.51 -0.53
-1.66 -2.01 -1.77 -1.83 0.87 0.81 -0.42 -0.68 -0.08 -0.43 -0.36 -0.63 0.04 1.52 1.51 0.32 -0.06 1.41 0.39 -0.16 -0.21 -0.09 -0.24 -0.23 -0.48 -1.0 -0.57 -0.25 -0.32 -1.24 -0.98
Bra016031 (HAP2C)
-1.71 -1.93 -2.0 -2.82 0.58 0.91 -1.23 -2.14 -0.28 -0.74 -0.57 -0.33 -0.93 1.42 1.28 -0.18 -0.44 0.94 0.08 -0.5 -0.55 -0.5 0.58 0.29 0.35 -0.32 0.0 0.49 0.47 -0.09 0.34
Bra016382 (UGT85A5)
-3.08 -5.37 -4.55 -4.27 -0.41 1.21 -0.68 -0.86 -0.2 -0.46 -1.09 -0.81 0.94 2.02 1.56 -0.31 0.18 1.62 1.3 -0.6 -0.4 -0.31 0.33 -1.08 -1.46 -2.02 -1.92 -0.56 0.03 -1.19 -0.87
-0.52 -0.09 -0.47 -0.5 0.6 0.26 -0.45 0.03 -0.29 -0.25 -0.3 -0.21 0.4 0.73 0.48 0.01 0.05 0.46 -0.4 -0.36 -0.21 -0.24 0.57 -0.32 -0.01 -0.09 -0.09 -0.1 0.03 -0.02 0.01
Bra016795 (BAG5)
-2.02 -0.88 -0.94 -1.05 0.59 0.46 -0.48 -0.45 -0.5 -0.27 -0.21 -0.12 0.05 0.95 1.03 0.35 0.28 0.61 0.31 -0.27 -0.49 -0.56 -0.21 0.21 0.34 -0.63 -0.03 0.1 -0.14 -0.34 0.48
-1.4 -2.65 -0.92 -4.19 0.62 0.76 -0.66 -3.53 0.48 0.17 -0.51 -0.41 -2.08 1.19 1.94 0.37 -0.22 1.81 -0.07 -0.36 -0.56 -0.52 -2.0 -2.4 -0.58 -3.05 -0.82 0.64 0.8 -0.32 -0.06
-0.59 -0.59 -0.25 -1.15 0.39 0.31 -0.16 -0.16 -0.23 -0.41 -0.33 -0.28 -0.12 0.72 0.7 0.2 -0.05 0.55 0.18 -0.13 -0.27 -0.31 0.12 0.07 0.09 -0.22 0.0 0.25 0.04 0.07 0.05
-0.98 -1.37 -0.74 -0.85 -0.55 0.53 -0.55 -1.17 0.18 -0.5 -0.16 -0.5 -0.43 1.34 1.61 -0.07 0.03 1.15 0.74 -0.14 -0.52 -0.03 0.23 -0.31 -0.15 -0.97 -0.16 -0.75 -0.09 -0.59 -0.0
Bra021527 (NF-YA6)
-1.53 -2.64 -2.76 -3.18 1.05 1.17 -1.98 -1.96 -0.01 -0.91 -0.77 -0.77 -0.56 1.89 1.64 0.17 -0.9 1.17 0.35 -0.01 -0.36 -0.18 0.13 -0.17 -0.28 -1.0 -0.68 0.15 0.18 -1.23 -0.39
Bra021865 (AHL10)
-0.19 -0.55 0.04 -0.36 0.67 0.51 -0.78 -0.35 -0.12 -0.26 -0.37 -0.29 0.37 0.82 1.13 -0.02 -0.35 0.61 0.07 -0.38 -0.35 -0.13 0.7 -0.52 -0.17 -0.51 -0.7 -0.15 -0.19 -0.61 -0.17
Bra022545 (DYAD)
-0.19 -0.62 -0.52 -0.81 0.49 0.47 -0.71 -0.59 0.08 -0.24 -0.31 -0.42 -0.75 0.99 1.11 0.03 -0.25 0.42 0.05 -0.26 -0.38 -0.31 0.1 0.09 0.12 -0.51 -0.18 0.17 0.42 -0.15 0.15
Bra023153 (SUF4)
-0.2 -0.22 0.03 -0.76 0.09 0.4 -0.48 -0.41 -0.02 -0.15 -0.15 -0.23 0.03 0.66 0.91 0.16 -0.18 0.59 0.08 -0.16 -0.27 -0.18 0.42 -0.12 -0.19 -0.48 -0.11 -0.17 -0.0 -0.15 -0.07
Bra023407 (NEF1)
-0.21 -0.03 -0.12 -0.45 0.3 0.29 -0.76 -0.27 -0.36 -0.03 -0.18 -0.24 0.09 0.69 0.65 0.16 -0.04 0.31 -0.12 -0.25 -0.32 -0.27 0.2 -0.12 -0.08 0.04 -0.0 -0.29 -0.03 0.11 0.32
-0.37 -0.6 -0.41 -0.88 0.16 0.47 -0.75 -0.85 0.27 -0.07 0.03 -0.29 0.03 1.15 1.21 0.14 0.03 0.76 0.12 0.08 -0.14 0.04 0.26 -0.3 -0.44 -0.77 -0.28 -0.47 -0.21 -0.52 -0.44
Bra026154 (CCMH)
-1.26 -1.03 -1.07 -1.48 0.33 0.85 -0.51 -2.05 -0.09 -0.47 -0.46 -0.16 -0.64 1.16 1.4 0.62 -0.22 1.26 0.78 0.22 -0.19 0.2 0.51 -0.52 -0.72 -1.17 -0.73 -0.65 -0.57 -0.43 -0.1
Bra026631 (TMK3)
-0.73 -0.78 -0.52 -0.62 0.42 0.12 -0.52 -0.05 -0.44 -0.43 -0.65 -0.42 0.3 1.01 0.75 -0.04 -0.01 0.74 -0.13 -0.49 -0.45 -0.52 0.55 -0.25 -0.16 0.36 -0.1 0.05 0.24 0.09 0.26
-0.98 -0.69 -0.22 -1.21 -0.06 0.36 -0.79 -0.4 -0.14 -0.52 -0.51 -0.47 -0.18 1.53 1.75 -0.18 -0.2 0.97 0.3 -0.46 0.06 0.37 0.77 -0.48 -0.52 -0.62 -0.49 -1.01 -0.65 -0.89 -0.56
Bra029801 (ATB' BETA)
-0.04 -0.3 -0.32 -0.06 0.53 0.45 -0.24 0.07 -0.24 -0.09 -0.42 -0.39 -0.02 0.62 0.58 0.14 0.25 0.81 -0.34 -0.01 -0.0 -0.19 -0.13 -0.16 -0.36 -0.38 -0.13 -0.61 -0.1 -0.18 0.01
Bra029804 (RABC2b)
-1.49 -2.44 -2.67 -2.15 0.63 0.66 -0.22 -0.92 -0.03 -0.2 -0.1 -0.63 -0.81 1.63 1.67 0.33 -0.28 1.5 -0.0 -0.1 -0.46 -0.2 0.54 -0.42 -0.52 -0.57 -0.6 -0.32 -0.19 -1.16 -0.98
Bra031269 (DOF2)
-0.75 -1.2 -1.68 -1.67 0.95 0.88 -0.41 -1.01 0.17 -0.73 -0.24 -0.53 -1.45 1.22 1.26 -0.43 -1.2 0.56 0.63 -0.19 -0.46 -0.48 -0.49 0.65 0.04 -0.44 -0.1 0.13 0.65 0.12 -0.47
Bra031430 (GLP8)
-0.99 -0.9 -0.4 -1.41 0.06 0.87 -1.41 -1.48 0.41 0.25 -0.0 0.08 -0.23 1.37 1.57 0.27 0.23 0.92 0.41 0.34 -0.28 -0.24 -0.11 -0.82 -1.07 -1.27 -0.91 -0.76 -0.59 -0.52 -0.24
Bra031772 (GPT2)
-1.11 -1.03 -2.44 -1.16 -1.08 0.47 -1.77 -1.09 -0.74 -0.95 -0.14 -1.05 1.48 2.42 2.59 -0.15 -1.34 1.1 -1.53 -0.51 0.14 -1.18 0.64 -1.7 -1.23 -0.62 -1.16 -1.47 -2.29 -3.18 -5.04
Bra033911 (ELIP)
-3.86 -5.14 -7.23 -4.54 0.16 1.38 0.72 -0.19 -3.06 -3.14 -3.02 -3.93 0.2 2.58 2.47 -0.5 -0.95 1.94 -0.63 -0.94 -1.46 -1.97 1.08 -1.0 -1.42 -2.25 -2.36 -0.44 -1.82 -2.96 -2.9
Bra035416 (IAR4L)
-0.47 -0.48 -0.67 -0.79 0.13 0.11 -0.27 -0.25 0.08 0.22 0.09 0.22 0.09 0.5 0.51 0.26 0.06 0.76 0.42 0.06 0.15 0.26 -0.02 -0.29 -0.37 -0.32 -0.2 -0.24 -0.49 -0.24 -0.15
Bra035605 (UBC30)
-1.02 -0.76 -1.17 -1.25 0.05 0.44 -0.43 0.05 0.29 -0.0 -0.2 0.04 0.52 1.13 1.2 -0.12 -0.11 1.07 0.48 0.23 0.38 -0.31 0.66 -0.41 -0.6 -0.88 -0.68 -0.95 -0.95 -1.22 -0.75
-0.39 -0.4 -0.65 -1.33 0.15 0.22 -0.32 -0.16 -0.2 0.08 -0.38 -0.05 0.51 0.86 0.76 0.29 -0.13 0.94 0.59 0.41 0.07 0.14 0.42 -0.47 -0.36 -0.44 -0.57 -0.67 -0.64 -0.69 -0.5
-3.77 -0.66 -2.8 -1.21 0.97 -0.15 -1.28 -2.12 0.5 -2.6 -2.18 -3.17 1.31 1.69 1.31 -0.87 0.07 2.22 0.89 -0.48 -2.59 -1.14 -0.02 -3.27 -1.56 -4.1 -0.07 -0.12 -1.33 -0.09 1.0
Bra037968 (NFYA5)
-1.92 -3.0 -2.65 -5.25 1.04 0.88 -1.88 -2.16 -0.16 -0.93 -0.61 -1.25 -1.47 1.85 1.51 -0.39 -0.57 0.62 0.44 -0.37 -0.27 -0.25 -1.05 0.63 0.26 -0.14 0.06 0.33 0.37 -0.26 0.49
-0.13 -0.43 -1.21 -0.86 -0.12 -0.15 -0.37 -0.56 0.07 -0.13 -0.16 0.12 -0.14 1.49 1.23 -0.52 -1.0 0.37 0.54 0.04 -0.24 -0.4 0.22 -0.2 -0.13 0.15 -0.18 -0.5 -0.55 0.08 0.18
Bra040092 (ERF39)
-3.57 -5.24 -3.52 -5.03 -0.38 0.41 -0.6 -0.61 -0.05 -0.69 -0.56 -0.94 -1.33 2.04 2.27 0.06 -0.89 2.05 1.22 -0.1 -0.7 -0.55 -0.4 -0.32 -0.84 -3.17 -0.59 -1.33 -0.46 -1.61 -0.74
-0.54 -0.25 -0.16 -0.59 0.11 0.12 -0.37 -0.32 -0.16 -0.33 -0.24 -0.33 -0.25 0.66 0.59 0.08 -0.1 0.65 0.2 -0.07 -0.18 -0.26 0.42 -0.01 0.05 -0.07 -0.03 -0.28 0.16 0.24 0.16
Bra040720 (KLU)
-1.52 -2.65 -4.57 -3.97 -0.81 0.66 -0.51 -0.19 -0.68 -1.41 -0.49 -0.61 0.03 1.87 0.96 -0.54 -0.83 1.11 1.39 0.07 -0.09 -0.39 -1.67 -0.49 -0.23 0.15 -0.21 -1.66 0.47 0.03 1.2

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.