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Heatmap: Cluster_223 (Brassica rapa (Bra) Coexpression Clusters (HCCA Algorithm))

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(Values are log2 transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

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Gene
Light: 268 uE m-2 s-1
Light: 202.5 uE m-2 s-1 (Control)
Light: 135 uE m-2 s-1
Light: 67.5 uE m-2 s-1
Photoperiod: L24
Photoperiod: L20D4 (Control)
Photoperiod: L12D12
Photoperiod: L8D16
RBW: 4:1:1 (Control)
RBW: 4:1:0
RBW: 3:1:1
RBW: 3:1:0
Nitrogen: 0%
Nitrogen: 25%
Nitrogen: 50%
Nitrogen: 100% (Control)
Nitrogen: 150%
Phosphorous: 0%
Phosphorous: 25%
Phosphorous: 50%
Phosphorous: 100% (Control)
Phosphorous: 150%
Potassium: 0%
Potassium: 25%
Potassium: 50%
Potassium: 100% (Control)
Potassium: 150%
Temperature: 20°C
Temperature: 25°C (Control)
Temperature: 30°C
Temperature: 35°C
0.05 0.12 0.17 -0.42 0.71 0.48 -0.78 -0.78 -0.15 -0.15 -0.34 -0.32 -0.5 0.57 0.71 0.0 -0.36 0.38 -0.14 -0.23 -0.47 -0.06 0.49 -0.2 -0.18 -0.35 -0.14 0.04 0.08 0.18 0.01
-0.28 -0.13 -0.06 -0.41 0.62 0.74 -0.49 -0.69 -0.06 -0.18 -0.24 -0.26 -0.48 0.71 0.75 0.18 -0.14 0.17 -0.07 -0.13 -0.41 -0.01 0.04 -0.19 -0.29 0.19 -0.31 -0.17 0.16 0.09 -0.1
Bra003467 (ATX3)
 0.08 0.23 0.19 -0.19 0.54 0.72 -0.35 -0.53 -0.03 -0.36 -0.13 -0.38 -0.18 0.71 0.68 0.01 -0.37 -0.19 -0.05 -0.14 -0.36 -0.45 -0.12 -0.36 -0.14 -0.11 -0.31 0.07 0.3 -0.06 0.01
Bra003867 (HAP2C)
 0.35 0.33 0.52 -0.02 0.86 0.93 -0.9 -1.6 -0.02 -0.45 -0.11 -0.51 -0.85 1.01 0.95 -0.56 -0.47 0.13 -0.19 -0.14 -0.17 -0.2 -0.52 -0.41 -0.15 -0.4 -0.17 -0.13 0.23 -0.36 -0.54
0.47 0.92 0.87 -0.05 1.55 1.61 -1.39 -2.05 -0.56 -0.56 -1.24 -0.83 -3.31 0.88 1.44 -0.54 -0.56 0.23 0.61 -0.45 -0.45 -0.39 -1.83 -1.45 -1.44 -0.82 -1.35 0.25 -0.2 -0.16 -3.07
-0.02 0.15 0.17 -0.27 0.68 0.51 -0.49 -0.64 -0.13 -0.29 -0.17 -0.25 -0.28 0.63 0.53 -0.09 -0.3 -0.05 -0.22 -0.05 -0.3 -0.04 0.16 -0.09 -0.19 0.06 -0.21 0.01 0.18 0.08 -0.14
Bra005900 (UBP12)
 0.11 0.18 0.08 -0.47 0.74 0.41 -0.56 -0.38 -0.12 -0.08 -0.29 -0.17 -0.42 0.51 0.7 0.13 -0.25 0.13 -0.01 -0.31 -0.46 -0.23 0.57 -0.29 -0.25 -0.45 -0.28 0.03 0.03 0.12 -0.06
0.23 0.04 0.02 0.09 0.78 0.88 -0.19 -0.5 -0.13 -0.58 -0.15 -0.35 -0.45 0.68 0.75 -0.09 -0.35 0.1 -0.25 -0.46 -0.29 -0.14 0.19 -0.35 -0.1 -0.91 -0.22 -0.16 0.16 -0.12 0.04
Bra006083 (CAF1i)
 0.08 0.21 0.33 -0.15 1.03 0.83 -0.68 -0.98 0.08 -0.27 -0.34 -0.28 -0.29 0.7 0.81 -0.07 -0.13 0.11 -0.07 -0.22 -0.38 -0.23 0.36 -0.35 -0.51 -0.66 -0.43 -0.21 -0.03 -0.24 -0.36
-0.09 0.34 0.13 -0.4 0.98 0.9 -0.4 -0.51 0.01 -0.38 -0.17 -0.39 -0.7 0.76 0.82 0.07 -0.21 0.19 -0.08 -0.12 -0.45 -0.18 0.6 -0.29 -0.5 -0.6 -0.31 -0.3 -0.24 -0.58 -0.37
-0.07 0.33 0.34 -0.74 0.94 0.38 -0.81 -1.06 -0.07 -0.41 -0.34 -0.27 -0.95 0.79 0.92 -0.36 -0.48 0.05 0.05 -0.39 -0.59 -0.28 0.59 -0.02 -0.27 -0.58 -0.25 0.02 0.18 0.23 0.29
0.14 0.24 0.34 -0.02 0.39 0.46 -0.32 -0.29 -0.08 -0.32 -0.27 -0.23 -0.45 0.46 0.57 -0.07 -0.26 0.01 -0.04 -0.21 -0.38 -0.18 0.12 -0.13 -0.11 -0.17 -0.21 0.15 0.14 -0.1 0.05
Bra009770 (TTG)
 -0.37 0.33 0.55 0.02 0.73 1.02 -0.86 -1.67 -0.14 -0.54 -0.59 -0.67 -0.82 0.85 1.11 -0.11 -0.52 0.38 0.19 -0.36 -0.44 -0.35 -0.04 -0.39 -0.37 -0.69 -0.25 -0.08 0.13 0.14 0.02
0.33 0.24 0.15 -0.1 0.53 0.46 -0.43 -0.49 -0.03 -0.28 -0.23 -0.24 -0.44 0.47 0.54 -0.28 -0.3 0.18 -0.18 -0.1 -0.37 -0.12 0.15 -0.3 -0.03 -0.09 -0.01 0.01 0.09 0.01 -0.03
Bra010152 (NHL8)
 0.43 0.32 0.3 -0.13 0.6 0.34 -0.94 -1.36 0.09 -0.33 -0.19 -0.65 -1.26 0.81 0.81 -0.15 -0.6 -0.02 0.04 -0.2 -0.48 -0.44 0.36 0.06 -0.06 -0.08 -0.25 0.26 0.49 -0.1 -0.35
Bra010916 (BPP5)
 0.05 0.19 0.45 -0.02 0.6 0.49 -0.67 -0.7 -0.34 -0.33 -0.12 -0.32 -0.58 0.61 0.63 -0.02 0.05 0.19 -0.22 -0.12 -0.2 -0.23 -0.24 -0.19 -0.12 0.01 -0.1 0.0 0.15 -0.14 0.0
Bra011524 (ARI1)
 0.51 0.37 0.39 -0.14 0.83 0.84 -0.51 -0.85 -0.06 -0.52 -0.36 -0.36 -0.62 0.54 0.69 -0.08 -0.34 0.22 -0.08 -0.12 -0.49 -0.14 0.02 -0.25 -0.34 -0.45 -0.24 -0.14 0.21 -0.28 -0.27
Bra013015 (TGH)
 0.31 0.3 0.33 -0.3 0.56 0.53 -0.34 -0.27 0.11 -0.26 -0.14 -0.23 -0.14 0.55 0.6 -0.06 -0.25 0.16 -0.01 -0.2 -0.33 -0.04 -0.2 -0.33 -0.27 -0.57 -0.43 -0.1 0.0 -0.12 0.05
Bra013665 (ESP)
 -0.02 0.34 0.46 0.08 1.05 1.0 -0.48 -0.85 -0.53 -0.54 -0.1 -0.66 -0.46 0.81 0.79 0.06 -0.33 0.54 0.12 0.09 -0.37 -0.59 -0.29 -0.86 -0.64 -0.81 -0.5 -0.29 0.05 -0.28 0.0
Bra014351 (RDM2)
 0.08 0.14 0.15 -0.65 0.76 0.84 -0.35 -0.38 0.13 -0.14 -0.04 -0.25 -0.21 0.72 0.62 -0.18 -0.27 -0.08 -0.09 -0.16 -0.24 -0.07 -0.19 -0.15 -0.32 -0.36 -0.26 0.02 0.23 -0.41 -0.35
Bra015289 (IAA10)
 0.5 0.9 0.68 -0.02 1.05 0.95 -0.37 -1.05 -0.09 -0.4 -0.15 -0.34 -0.98 0.61 0.76 -0.62 -0.61 -0.4 -0.01 -0.41 -0.48 -0.49 -0.6 -0.08 -0.28 -0.45 -0.4 -0.03 0.24 -0.42 -0.52
0.33 0.24 0.08 0.06 1.0 0.9 -0.14 -0.43 -0.39 -0.65 -0.26 -0.29 -0.34 0.82 1.18 -0.15 -0.23 0.25 -0.32 -0.25 -0.18 -0.44 0.22 -0.52 -0.58 -0.75 -0.54 -0.5 -0.31 -0.46 -0.28
Bra017087 (TAC14)
 -0.09 -0.03 0.15 -0.0 0.87 0.72 -0.49 -0.44 -0.06 -0.2 -0.21 -0.62 -0.34 0.73 0.8 0.06 -0.4 -0.49 -0.19 -0.03 -0.55 0.01 -0.18 -0.24 0.06 -0.87 -0.06 -0.22 0.16 0.01 0.25
Bra017929 (SOP1)
 0.18 0.16 0.23 -0.09 0.51 0.49 -0.57 -0.37 -0.2 -0.32 -0.35 -0.34 -0.56 0.57 0.73 -0.14 -0.02 0.11 -0.24 -0.17 -0.44 -0.17 -0.08 -0.05 0.0 -0.14 -0.09 -0.05 0.18 0.05 0.1
Bra018674 (RNL)
 -0.2 0.08 0.13 -0.38 0.84 0.45 -0.57 -0.66 -0.22 -0.47 -0.22 -0.53 -0.63 0.77 0.89 -0.12 -0.68 -0.06 0.13 -0.08 -0.65 -0.3 1.01 -0.18 -0.44 -0.15 -0.17 0.01 0.12 -0.16 -0.02
Bra019456 (DCL3)
 0.6 0.22 0.12 -0.28 0.56 0.69 -0.63 -0.62 -0.13 -0.59 -0.28 -0.42 -0.76 0.6 0.81 -0.28 -0.33 -0.11 -0.18 -0.31 -0.3 -0.41 0.01 -0.1 -0.1 -0.09 -0.11 0.18 0.3 0.01 0.13
Bra019564 (SPT1)
 0.42 0.19 0.46 -0.17 0.46 0.55 -0.71 -0.52 0.06 -0.4 -0.09 -0.17 -0.46 0.63 0.73 -0.3 -0.55 0.31 -0.23 -0.28 -0.56 -0.27 -0.07 -0.21 -0.21 -0.46 -0.24 0.24 0.28 0.11 -0.16
0.0 0.15 0.04 -0.54 0.82 0.59 -0.85 -0.64 -0.19 -0.29 -0.54 -0.17 -0.56 0.82 0.81 -0.24 -0.37 0.01 -0.09 -0.26 -0.65 -0.31 0.03 -0.18 -0.09 -0.38 -0.04 0.33 0.45 0.24 -0.01
Bra020402 (CNGC5)
 0.52 0.48 0.69 -0.06 0.89 0.9 -1.17 -1.4 -0.24 -0.36 -0.3 -0.5 -0.75 0.81 1.01 -0.11 -0.17 0.35 -0.21 -0.25 -0.42 -0.13 -0.3 -0.48 -0.61 -0.38 -0.45 -0.25 -0.04 -0.43 -0.27
0.27 0.25 0.49 0.12 0.53 0.39 -0.54 -0.37 -0.06 -0.01 -0.41 -0.34 -0.62 0.44 0.73 -0.2 -0.03 0.21 -0.25 -0.22 -0.34 -0.51 0.16 -0.25 -0.1 -0.51 -0.31 0.01 0.1 0.0 0.09
0.16 -0.09 -0.04 -1.3 1.08 0.62 -1.14 -1.51 -0.3 -0.24 -0.41 -0.5 -1.18 1.0 1.05 -0.18 -0.5 0.14 -0.28 -0.56 -0.63 -0.24 0.54 -0.23 -0.19 -0.29 -0.18 0.08 0.43 0.4 0.24
Bra022151 (PDS5)
 0.29 0.26 0.22 -0.4 0.63 0.72 -0.19 -0.33 -0.12 -0.3 -0.25 -0.34 -0.32 0.52 0.66 0.06 -0.22 -0.03 -0.1 -0.07 -0.31 -0.21 -0.17 -0.21 -0.17 -0.25 -0.24 -0.06 0.07 -0.3 0.02
Bra022624 (SHI1)
 -0.12 0.04 0.32 -0.03 0.79 0.64 -0.73 -0.78 -0.34 -0.22 -0.26 -0.38 -0.6 0.7 0.8 -0.25 -0.2 -0.31 -0.4 -0.3 -0.45 -0.4 -0.25 -0.11 0.08 -0.07 0.02 0.15 0.4 0.1 0.26
Bra024543 (VPS3)
 0.31 0.45 0.51 0.02 0.63 0.55 -0.47 -0.66 0.01 -0.22 -0.34 -0.41 -0.56 0.64 0.67 -0.11 -0.05 0.28 -0.27 -0.49 -0.73 -0.23 0.02 -0.2 -0.3 -0.47 -0.3 0.02 0.09 -0.06 -0.01
Bra026231 (RAB2A)
 0.07 0.14 0.33 -0.09 0.98 0.84 -0.64 -0.89 -0.02 -0.34 -0.25 -0.48 -0.52 0.93 0.94 -0.21 -0.41 -0.16 -0.1 -0.23 -0.2 -0.09 0.65 -0.34 -0.48 -0.54 -0.49 -0.11 0.08 -0.38 -0.93
Bra026751 (TPL)
 0.34 0.27 0.13 -0.14 1.34 1.08 -0.68 -0.78 -0.49 -0.56 -0.59 -0.94 0.08 1.1 1.31 -0.09 -0.41 -0.01 -0.4 -0.24 -0.12 -0.27 -0.83 -0.67 -0.61 -0.53 -0.47 -0.22 -0.1 -0.69 -0.47
0.19 0.35 0.33 0.01 0.48 0.48 -0.61 -0.6 0.04 -0.16 -0.11 -0.18 -0.44 0.53 0.71 -0.05 -0.03 0.28 -0.24 -0.3 -0.28 -0.15 0.29 -0.32 -0.32 -0.39 -0.45 -0.14 0.08 -0.11 -0.15
0.35 0.36 0.36 -0.36 1.09 0.82 -0.93 -1.22 0.23 -0.2 -0.32 -0.28 -0.8 0.83 0.92 -0.1 -0.36 -0.14 0.02 -0.18 -0.52 -0.06 0.4 -0.53 -0.59 -0.75 -0.51 -0.15 0.08 -0.35 -0.47
Bra029653 (ATG10)
 -0.11 0.48 0.35 -0.55 1.33 1.17 -1.5 -1.58 -0.32 0.05 -0.37 -0.64 -1.74 1.19 1.15 -0.16 -0.74 0.33 0.06 -0.47 -0.56 -0.08 0.48 -0.68 -0.91 -1.05 -0.67 -0.23 0.17 -0.31 -0.72
Bra029827 (RTNLB8)
 0.33 0.7 0.62 0.08 1.56 1.25 -0.88 -1.17 -0.29 -0.17 -0.22 -1.02 -0.33 0.99 1.24 0.06 -0.47 -0.79 -0.66 -0.35 -0.29 -0.55 -0.89 -0.79 -0.79 -0.8 -0.69 -0.43 -0.02 -0.65 -1.0
0.32 0.37 0.25 0.12 0.86 0.63 -0.75 -0.65 0.11 -0.14 -0.17 -0.28 -0.25 0.71 0.75 -0.24 -0.2 -0.17 0.11 -0.21 -0.23 -0.18 0.34 -0.49 -0.46 -0.53 -0.48 -0.23 -0.03 -0.2 -0.63
Bra032565 (PEX6)
 0.4 0.34 0.23 -0.21 0.5 0.41 -0.38 -0.4 -0.02 -0.21 -0.17 -0.2 -0.41 0.38 0.51 -0.14 -0.14 0.19 -0.02 -0.09 -0.24 -0.15 -0.2 -0.22 -0.16 -0.36 -0.17 -0.0 0.15 -0.15 0.13
0.16 0.12 0.35 -0.07 0.1 0.39 -0.45 -0.77 0.21 -0.15 -0.15 -0.42 -0.54 0.55 0.76 -0.15 -0.21 0.04 -0.19 -0.11 -0.37 -0.32 0.41 -0.04 -0.04 -0.14 -0.23 0.07 0.22 -0.07 -0.1
Bra034331 (LSG1-1)
 0.28 0.19 0.49 -0.29 0.78 0.85 -0.33 -0.31 -0.1 -0.19 -0.38 -0.23 -0.22 0.78 0.86 -0.04 -0.3 0.08 0.01 -0.41 -0.19 -0.16 0.16 -0.48 -0.85 -0.71 -0.64 -0.08 -0.07 -0.33 -0.36
Bra034332 (BSL3)
 0.36 0.33 0.55 -0.13 0.58 0.48 -0.44 -0.45 -0.14 -0.23 -0.19 -0.39 -0.21 0.64 0.67 0.06 -0.14 0.02 -0.21 -0.22 -0.22 -0.39 -0.23 -0.51 -0.36 -0.33 -0.23 -0.26 0.03 -0.05 0.23
0.2 0.35 0.31 0.06 0.83 0.68 -0.56 -0.41 0.21 -0.27 -0.12 -0.19 -0.48 0.84 0.77 -0.04 -0.32 -0.18 -0.06 -0.19 -0.23 -0.14 0.03 -0.35 -0.7 -0.79 -0.59 -0.32 0.05 -0.24 -0.17
Bra038259 (EHD1)
 0.13 0.24 0.33 -0.06 0.71 0.52 -0.49 -0.53 0.05 -0.06 -0.18 -0.08 -0.51 0.73 0.72 -0.13 -0.3 -0.04 -0.12 -0.23 -0.34 0.04 0.16 -0.2 -0.31 -0.5 -0.5 -0.17 -0.03 -0.11 -0.12
Bra039380 (RBGD3)
 0.44 0.16 0.11 0.02 0.83 0.85 -0.56 -0.46 -0.03 -0.29 -0.53 -0.43 -0.38 0.62 0.75 -0.04 -0.37 0.46 -0.03 -0.27 -0.33 -0.13 0.01 -0.41 -0.43 -1.04 -0.41 -0.19 0.15 -0.12 -0.08

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.