1. Home
  2. Tools
  3. Expression Heatmap
  4. Results

Heatmap: Cluster_223 (Brassica rapa (Bra) Coexpression Clusters (HCCA Algorithm))

View as: (view zlog-transformed or row-normalized)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Showing raw values)

 Transpose table  Download table
Gene
Light: 268 uE m-2 s-1
Light: 202.5 uE m-2 s-1 (Control)
Light: 135 uE m-2 s-1
Light: 67.5 uE m-2 s-1
Photoperiod: L24
Photoperiod: L20D4 (Control)
Photoperiod: L12D12
Photoperiod: L8D16
RBW: 4:1:1 (Control)
RBW: 4:1:0
RBW: 3:1:1
RBW: 3:1:0
Nitrogen: 0%
Nitrogen: 25%
Nitrogen: 50%
Nitrogen: 100% (Control)
Nitrogen: 150%
Phosphorous: 0%
Phosphorous: 25%
Phosphorous: 50%
Phosphorous: 100% (Control)
Phosphorous: 150%
Potassium: 0%
Potassium: 25%
Potassium: 50%
Potassium: 100% (Control)
Potassium: 150%
Temperature: 20°C
Temperature: 25°C (Control)
Temperature: 30°C
Temperature: 35°C
6.62 6.96 7.21 4.76 10.47 8.92 3.71 3.72 5.75 5.74 5.05 5.11 4.51 9.5 10.47 6.4 4.98 8.29 5.79 5.43 4.6 6.11 8.97 5.54 5.63 5.02 5.8 6.57 6.76 7.22 6.43
5.55 6.14 6.49 5.07 10.34 11.27 4.82 4.19 6.46 5.97 5.7 5.64 4.85 11.06 11.37 7.64 6.14 7.58 6.42 6.17 5.09 6.69 6.92 5.92 5.53 7.7 5.43 5.98 7.54 7.17 6.31
Bra003467 (ATX3)
 3.01 3.35 3.24 2.5 4.13 4.7 2.23 1.97 2.78 2.22 2.59 2.19 2.51 4.66 4.55 2.87 2.2 2.5 2.75 2.58 2.22 2.09 2.62 2.22 2.58 2.63 2.3 3.0 3.51 2.74 2.86
Bra003867 (HAP2C)
 2.52 2.49 2.84 1.96 3.59 3.77 1.06 0.65 1.95 1.44 1.83 1.39 1.09 3.99 3.82 1.34 1.43 2.16 1.73 1.8 1.76 1.73 1.38 1.48 1.79 1.5 1.75 1.81 2.33 1.54 1.36
29.06 39.76 38.54 20.28 61.44 64.17 8.02 5.09 14.25 14.28 8.89 11.82 2.11 38.82 56.87 14.47 14.22 24.68 32.14 15.34 15.37 16.01 5.93 7.7 7.77 11.89 8.23 24.95 18.26 18.8 2.5
7.19 8.06 8.17 6.02 11.68 10.36 5.2 4.66 6.65 5.96 6.46 6.12 5.99 11.3 10.52 6.83 5.92 7.05 6.25 7.02 5.92 7.09 8.15 6.85 6.39 7.59 6.3 7.34 8.27 7.72 6.59
Bra005900 (UBP12)
 7.81 8.22 7.65 5.24 12.08 9.62 4.91 5.56 6.66 6.86 5.93 6.42 5.4 10.28 11.76 7.91 6.1 7.91 7.18 5.84 5.27 6.16 10.72 5.92 6.08 5.29 5.95 7.39 7.39 7.87 6.95
6.17 5.4 5.32 5.58 9.04 9.66 4.6 3.72 4.79 3.51 4.72 4.11 3.85 8.38 8.8 4.94 4.12 5.61 4.4 3.82 4.28 4.75 5.97 4.12 4.88 2.79 4.5 4.71 5.84 4.84 5.41
Bra006083 (CAF1i)
 35.17 38.4 41.88 30.09 67.78 59.3 20.86 16.84 35.17 27.65 26.27 27.38 27.28 54.18 58.32 31.74 30.49 35.84 31.64 28.65 25.61 28.47 42.68 26.13 23.37 21.04 24.66 28.81 32.61 28.27 25.92
1.78 2.4 2.08 1.44 3.74 3.54 1.44 1.33 1.91 1.46 1.68 1.44 1.17 3.2 3.36 1.98 1.63 2.17 1.79 1.75 1.39 1.67 2.88 1.55 1.34 1.25 1.53 1.54 1.61 1.27 1.47
5.7 7.53 7.59 3.58 11.46 7.76 3.4 2.87 5.71 4.5 4.72 4.96 3.1 10.3 11.3 4.65 4.28 6.19 6.17 4.55 3.98 4.92 8.97 5.89 4.97 3.99 5.03 6.04 6.75 7.03 7.32
15.5 16.66 17.82 13.89 18.53 19.44 11.31 11.57 13.36 11.26 11.68 12.03 10.3 19.38 20.91 13.47 11.8 14.21 13.74 12.2 10.86 12.43 15.33 12.92 13.03 12.51 12.15 15.65 15.55 13.16 14.58
Bra009770 (TTG)
 16.43 26.72 31.13 21.54 35.17 43.16 11.71 6.68 19.27 14.64 14.13 13.36 12.02 38.26 45.89 19.7 14.85 27.67 24.28 16.57 15.67 16.69 20.66 16.18 16.42 13.14 17.88 20.14 23.16 23.36 21.53
8.15 7.61 7.19 6.02 9.35 8.91 4.79 4.62 6.34 5.34 5.53 5.46 4.76 8.95 9.38 5.34 5.24 7.35 5.69 6.03 4.99 5.94 7.16 5.24 6.32 6.06 6.44 6.52 6.9 6.52 6.34
Bra010152 (NHL8)
 6.93 6.38 6.29 4.67 7.76 6.51 2.67 2.0 5.45 4.09 4.48 3.27 2.15 8.99 8.97 4.64 3.38 5.06 5.27 4.46 3.68 3.77 6.56 5.33 4.93 4.85 4.3 6.16 7.18 4.77 4.01
Bra010916 (BPP5)
 2.92 3.21 3.84 2.77 4.29 3.96 1.77 1.74 2.22 2.24 2.59 2.26 1.89 4.3 4.36 2.79 2.93 3.21 2.42 2.59 2.45 2.41 2.4 2.48 2.6 2.84 2.64 2.82 3.12 2.57 2.83
Bra011524 (ARI1)
 12.16 11.02 11.19 7.74 15.15 15.32 5.98 4.74 8.2 5.94 6.67 6.63 5.54 12.37 13.82 8.07 6.72 9.92 8.1 7.86 6.06 7.74 8.65 7.16 6.74 6.26 7.21 7.73 9.87 7.01 7.06
Bra013015 (TGH)
 4.31 4.28 4.36 2.82 5.13 5.0 2.75 2.87 3.75 2.89 3.15 2.96 3.16 5.1 5.27 3.34 2.92 3.88 3.45 3.03 2.76 3.38 3.02 2.75 2.88 2.34 2.58 3.23 3.48 3.2 3.6
Bra013665 (ESP)
 0.97 1.25 1.35 1.04 2.03 1.97 0.7 0.55 0.68 0.68 0.92 0.62 0.72 1.72 1.7 1.02 0.78 1.43 1.07 1.04 0.76 0.65 0.8 0.54 0.63 0.56 0.7 0.8 1.02 0.81 0.99
Bra014351 (RDM2)
 34.95 36.56 36.7 21.14 56.3 59.18 25.93 25.54 36.2 30.05 32.25 27.98 28.68 54.61 50.89 29.26 27.48 31.34 31.2 29.63 28.08 31.68 29.07 29.85 26.48 25.87 27.75 33.55 38.88 24.9 26.06
Bra015289 (IAA10)
 8.22 10.81 9.3 5.72 12.03 11.23 4.5 2.81 5.45 4.41 5.22 4.58 2.94 8.84 9.8 3.78 3.8 4.41 5.75 4.37 4.16 4.15 3.84 5.5 4.8 4.24 4.41 5.67 6.85 4.34 4.04
4.5 4.23 3.79 3.73 7.18 6.69 3.25 2.67 2.74 2.29 2.99 2.93 2.84 6.31 8.11 3.23 3.06 4.25 2.88 3.01 3.16 2.65 4.16 2.5 2.4 2.13 2.46 2.53 2.89 2.6 2.94
Bra017087 (TAC14)
 5.55 5.78 6.53 5.89 10.77 9.7 4.19 4.36 5.67 5.13 5.1 3.84 4.65 9.79 10.27 6.14 4.45 4.2 5.18 5.77 4.01 5.92 5.19 4.99 6.16 3.22 5.65 5.07 6.59 5.91 7.03
Bra017929 (SOP1)
 8.95 8.82 9.23 7.41 11.25 11.12 5.33 6.1 6.86 6.32 6.2 6.23 5.34 11.68 13.07 7.14 7.78 8.49 6.67 7.0 5.83 7.02 7.47 7.64 7.9 7.15 7.43 7.61 8.97 8.18 8.48
Bra018674 (RNL)
 1.43 1.73 1.8 1.26 2.93 2.24 1.1 1.04 1.41 1.18 1.41 1.14 1.06 2.8 3.03 1.51 1.03 1.57 1.79 1.55 1.04 1.33 3.3 1.45 1.21 1.47 1.46 1.64 1.78 1.46 1.62
Bra019456 (DCL3)
 14.16 10.93 10.16 7.69 13.8 15.11 6.07 6.08 8.58 6.23 7.7 7.01 5.54 14.24 16.4 7.72 7.47 8.66 8.27 7.55 7.61 7.07 9.44 8.75 8.73 8.81 8.69 10.58 11.52 9.41 10.26
Bra019564 (SPT1)
 34.43 29.34 35.31 22.86 35.39 37.72 15.69 17.97 26.87 19.55 24.09 22.88 18.67 39.73 42.56 20.83 17.58 31.95 21.96 21.17 17.44 21.31 24.52 22.22 22.16 18.66 21.74 30.47 31.29 27.74 23.08
4.15 4.6 4.27 2.86 7.31 6.25 2.3 2.66 3.63 3.39 2.85 3.68 2.81 7.31 7.25 3.52 3.21 4.16 3.88 3.46 2.64 3.34 4.23 3.65 3.9 3.19 4.02 5.2 5.66 4.89 4.12
Bra020402 (CNGC5)
 16.37 15.98 18.46 10.98 21.21 21.27 5.09 4.33 9.7 8.93 9.3 8.11 6.81 20.07 23.09 10.62 10.17 14.63 9.87 9.64 8.56 10.47 9.3 8.19 7.47 8.76 8.36 9.62 11.12 8.51 9.51
3.7 3.66 4.32 3.33 4.45 4.03 2.12 2.37 2.96 3.04 2.32 2.44 2.0 4.16 5.09 2.67 3.0 3.56 2.58 2.64 2.42 2.16 3.43 2.59 2.87 2.16 2.48 3.09 3.28 3.08 3.26
11.83 9.94 10.31 4.3 22.39 16.33 4.81 3.71 8.63 8.95 7.95 7.49 4.68 21.13 21.95 9.37 7.48 11.67 8.7 7.2 6.87 8.94 15.44 9.03 9.3 8.64 9.35 11.17 14.26 14.01 12.47
Bra022151 (PDS5)
 13.75 13.45 13.07 8.5 17.4 18.45 9.87 8.91 10.35 9.09 9.43 8.87 9.0 16.12 17.71 11.72 9.62 10.98 10.46 10.71 9.04 9.73 9.98 9.69 9.96 9.45 9.52 10.77 11.79 9.11 11.36
Bra022624 (SHI1)
 6.4 7.18 8.68 6.82 12.0 10.86 4.19 4.06 5.52 5.97 5.82 5.35 4.59 11.34 12.12 5.86 6.07 5.6 5.29 5.66 5.11 5.27 5.86 6.45 7.35 6.63 7.05 7.73 9.2 7.48 8.34
Bra024543 (VPS3)
 7.13 7.83 8.16 5.8 8.89 8.42 4.15 3.62 5.8 4.91 4.52 4.33 3.88 8.93 9.12 5.32 5.53 6.97 4.77 4.08 3.46 4.9 5.82 5.0 4.65 4.15 4.66 5.84 6.11 5.51 5.71
Bra026231 (RAB2A)
 57.29 59.91 68.26 51.06 107.53 97.36 34.89 29.4 53.9 42.94 45.71 38.97 37.91 104.1 104.22 47.15 40.92 48.86 50.71 46.48 47.48 51.08 85.31 43.07 38.98 37.55 38.79 50.62 57.74 41.75 28.66
Bra026751 (TPL)
 9.26 8.86 8.0 6.63 18.52 15.44 4.58 4.25 5.22 4.98 4.88 3.82 7.73 15.71 18.11 6.88 5.5 7.3 5.57 6.19 6.74 6.06 4.12 4.59 4.79 5.07 5.29 6.31 6.85 4.55 5.28
12.67 14.1 13.9 11.2 15.46 15.45 7.29 7.31 11.37 9.92 10.29 9.79 8.19 16.05 18.2 10.74 10.83 13.49 9.42 9.0 9.14 10.01 13.57 8.91 8.91 8.48 8.11 10.07 11.71 10.27 9.99
4.33 4.37 4.38 2.64 7.22 5.99 1.79 1.45 3.98 2.97 2.73 2.81 1.95 6.06 6.45 3.17 2.65 3.09 3.45 3.0 2.37 3.26 4.5 2.35 2.25 2.02 2.39 3.06 3.59 2.67 2.46
Bra029653 (ATG10)
 6.07 9.11 8.36 4.46 16.5 14.71 2.32 2.18 5.26 6.8 5.06 4.21 1.97 14.98 14.58 5.88 3.93 8.26 6.82 4.73 4.45 6.2 9.13 4.09 3.49 3.16 4.11 5.59 7.39 5.28 3.96
Bra029827 (RTNLB8)
 7.9 10.16 9.62 6.63 18.45 14.95 3.41 2.79 5.13 5.57 5.38 3.08 5.0 12.43 14.78 6.54 4.51 3.63 3.98 4.91 5.11 4.27 3.39 3.62 3.63 3.61 3.89 4.66 6.18 4.0 3.14
12.49 12.97 11.93 10.88 18.17 15.54 5.99 6.38 10.79 9.09 8.92 8.27 8.42 16.41 16.91 8.51 8.76 8.94 10.86 8.66 8.53 8.85 12.66 7.16 7.28 6.94 7.19 8.58 9.8 8.73 6.46
Bra032565 (PEX6)
 9.79 9.39 8.72 6.44 10.49 9.89 5.73 5.65 7.33 6.41 6.61 6.47 5.59 9.65 10.61 6.72 6.72 8.47 7.31 7.0 6.29 6.68 6.47 6.38 6.64 5.78 6.59 7.42 8.26 6.71 8.14
4.41 4.28 5.01 3.75 4.21 5.17 2.89 2.31 4.56 3.54 3.55 2.95 2.7 5.78 6.68 3.55 3.4 4.04 3.45 3.65 3.05 3.16 5.25 3.83 3.82 3.59 3.36 4.13 4.6 3.76 3.68
Bra034331 (LSG1-1)
 7.39 6.95 8.57 4.98 10.43 10.99 4.83 4.91 5.7 5.35 4.67 5.2 5.21 10.43 11.03 5.92 4.95 6.43 6.11 4.58 5.33 5.46 6.8 4.35 3.37 3.72 3.9 5.76 5.79 4.83 4.73
Bra034332 (BSL3)
 7.76 7.61 8.87 5.51 9.02 8.4 4.46 4.43 5.48 5.15 5.29 4.61 5.24 9.45 9.63 6.29 5.5 6.14 5.22 5.18 5.2 4.6 5.17 4.24 4.72 4.79 5.14 5.06 6.19 5.85 7.1
4.24 4.7 4.58 3.86 6.59 5.93 2.5 2.79 4.28 3.07 3.41 3.25 2.65 6.62 6.29 3.59 2.95 3.26 3.55 3.25 3.16 3.37 3.77 2.9 2.27 2.15 2.46 2.97 3.84 3.14 3.29
Bra038259 (EHD1)
 12.92 13.92 14.79 11.26 19.27 16.84 8.41 8.16 12.16 11.3 10.41 11.18 8.28 19.53 19.42 10.75 9.59 11.47 10.86 10.03 9.28 12.12 13.19 10.23 9.49 8.3 8.33 10.45 11.55 10.88 10.82
Bra039380 (RBGD3)
 13.84 11.41 11.0 10.34 18.22 18.43 6.91 7.41 9.98 8.36 7.09 7.6 7.83 15.73 17.16 9.94 7.91 14.05 10.0 8.46 8.13 9.32 10.32 7.68 7.59 4.98 7.68 8.95 11.3 9.4 9.67

Details

Raw expression values (TPM normalized), Green cells indicate low expression and red high. (Dark gray cells indicate missing values)