1. Home
  2. Tools
  3. Expression Heatmap
  4. Results

Heatmap: Cluster_189 (Brassica rapa (Bra) Coexpression Clusters (HCCA Algorithm))

View as: (view raw or zlog-transformed)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Values are normalized against highest expression of the row)

 Transpose table  Download table
Gene
Light: 268 uE m-2 s-1
Light: 202.5 uE m-2 s-1 (Control)
Light: 135 uE m-2 s-1
Light: 67.5 uE m-2 s-1
Photoperiod: L24
Photoperiod: L20D4 (Control)
Photoperiod: L12D12
Photoperiod: L8D16
RBW: 4:1:1 (Control)
RBW: 4:1:0
RBW: 3:1:1
RBW: 3:1:0
Nitrogen: 0%
Nitrogen: 25%
Nitrogen: 50%
Nitrogen: 100% (Control)
Nitrogen: 150%
Phosphorous: 0%
Phosphorous: 25%
Phosphorous: 50%
Phosphorous: 100% (Control)
Phosphorous: 150%
Potassium: 0%
Potassium: 25%
Potassium: 50%
Potassium: 100% (Control)
Potassium: 150%
Temperature: 20°C
Temperature: 25°C (Control)
Temperature: 30°C
Temperature: 35°C
Bra000520 (CYL2)
 0.09 0.17 0.3 0.24 0.14 0.09 0.13 0.21 0.14 0.23 0.3 0.27 1.0 0.08 0.11 0.33 0.26 0.36 0.21 0.21 0.35 0.28 0.5 0.26 0.25 0.32 0.29 0.25 0.17 0.22 0.38
Bra002523 (HTA6)
 0.09 0.12 0.18 0.19 0.15 0.06 0.14 0.11 0.17 0.28 0.19 0.17 1.0 0.08 0.07 0.28 0.29 0.38 0.1 0.16 0.23 0.25 0.9 0.35 0.27 0.34 0.26 0.24 0.13 0.18 0.24
Bra003096 (ATIM)
 0.2 0.24 0.27 0.28 0.27 0.35 0.55 0.43 0.25 0.39 0.48 0.36 0.92 0.23 0.33 0.7 0.48 0.62 0.33 0.56 0.56 0.51 1.0 0.38 0.43 0.4 0.4 0.45 0.22 0.27 0.62
Bra003150 (HTB6)
 0.11 0.06 0.15 0.16 0.16 0.16 0.24 0.19 0.16 0.32 0.28 0.39 1.0 0.15 0.16 0.38 0.23 0.27 0.14 0.21 0.37 0.26 0.48 0.22 0.22 0.17 0.23 0.22 0.13 0.19 0.18
Bra004213 (DDR3)
 0.23 0.22 0.2 0.16 0.32 0.31 0.25 0.19 0.16 0.29 0.23 0.23 1.0 0.22 0.19 0.36 0.26 0.44 0.14 0.23 0.25 0.38 0.55 0.3 0.28 0.26 0.29 0.26 0.24 0.22 0.29
Bra005184 (ORC2)
 0.06 0.18 0.36 0.21 0.11 0.09 0.2 0.2 0.09 0.22 0.31 0.24 1.0 0.05 0.08 0.42 0.41 0.46 0.1 0.11 0.29 0.37 0.55 0.24 0.17 0.24 0.23 0.28 0.1 0.15 0.36
Bra005880 (CYCB1;2)
 0.05 0.04 0.11 0.04 0.09 0.04 0.08 0.09 0.12 0.15 0.1 0.07 1.0 0.1 0.13 0.26 0.12 0.42 0.07 0.1 0.09 0.07 0.64 0.22 0.2 0.12 0.19 0.22 0.14 0.18 0.26
Bra006688 (HTA6)
 0.16 0.17 0.34 0.26 0.21 0.12 0.19 0.13 0.17 0.27 0.22 0.24 1.0 0.11 0.1 0.34 0.25 0.47 0.13 0.19 0.28 0.35 0.57 0.31 0.25 0.42 0.28 0.31 0.18 0.22 0.23
0.04 0.15 0.13 0.13 0.18 0.04 0.14 0.12 0.19 0.23 0.17 0.25 1.0 0.03 0.06 0.29 0.26 0.47 0.11 0.28 0.34 0.28 0.94 0.48 0.45 0.37 0.4 0.31 0.29 0.38 0.3
Bra007080 (HTA11)
 0.06 0.13 0.12 0.07 0.12 0.08 0.11 0.07 0.1 0.13 0.12 0.13 1.0 0.09 0.07 0.18 0.18 0.41 0.08 0.15 0.13 0.2 0.8 0.29 0.25 0.35 0.24 0.33 0.22 0.23 0.38
0.13 0.32 0.44 0.27 0.13 0.09 0.08 0.2 0.15 0.25 0.25 0.24 0.71 0.1 0.13 0.13 0.19 0.42 0.09 0.22 0.22 0.26 1.0 0.22 0.25 0.29 0.16 0.17 0.08 0.24 0.31
Bra008604 (ORC3)
 0.11 0.17 0.25 0.18 0.13 0.07 0.12 0.22 0.13 0.32 0.21 0.21 1.0 0.09 0.07 0.36 0.24 0.48 0.11 0.13 0.23 0.19 0.99 0.22 0.18 0.27 0.18 0.18 0.06 0.19 0.35
Bra008860 (ABAP1)
 0.06 0.2 0.26 0.22 0.13 0.1 0.15 0.11 0.17 0.29 0.2 0.21 1.0 0.15 0.14 0.29 0.33 0.29 0.14 0.12 0.21 0.21 0.38 0.18 0.11 0.17 0.16 0.18 0.06 0.13 0.24
Bra010689 (R1)
 0.21 0.33 0.35 0.44 0.17 0.1 0.24 0.21 0.14 0.27 0.21 0.26 1.0 0.11 0.17 0.34 0.32 0.44 0.12 0.17 0.26 0.23 0.89 0.28 0.29 0.41 0.34 0.36 0.15 0.23 0.36
0.09 0.17 0.16 0.13 0.22 0.15 0.25 0.24 0.14 0.23 0.2 0.19 1.0 0.19 0.21 0.32 0.27 0.56 0.18 0.21 0.25 0.28 0.76 0.31 0.26 0.18 0.26 0.15 0.16 0.23 0.29
Bra012132 (ICU2)
 0.16 0.26 0.3 0.31 0.16 0.09 0.23 0.19 0.16 0.3 0.25 0.29 1.0 0.08 0.09 0.3 0.33 0.52 0.13 0.18 0.23 0.29 0.64 0.28 0.24 0.31 0.31 0.24 0.12 0.23 0.45
Bra013169 (MCM5)
 0.15 0.37 0.51 0.38 0.11 0.07 0.27 0.21 0.18 0.28 0.4 0.32 1.0 0.07 0.06 0.45 0.41 0.52 0.14 0.2 0.25 0.3 0.66 0.31 0.29 0.36 0.33 0.29 0.1 0.26 0.48
Bra013232 (CDC45)
 0.1 0.23 0.4 0.21 0.2 0.19 0.18 0.13 0.23 0.26 0.19 0.25 0.86 0.14 0.15 0.28 0.19 0.63 0.11 0.17 0.25 0.22 1.0 0.3 0.29 0.31 0.27 0.17 0.2 0.33 0.37
Bra014835 (CDC2B)
 0.13 0.07 0.18 0.12 0.11 0.03 0.1 0.1 0.12 0.2 0.15 0.1 1.0 0.1 0.14 0.18 0.21 0.3 0.09 0.16 0.12 0.16 0.55 0.15 0.27 0.19 0.19 0.2 0.15 0.23 0.22
0.19 0.3 0.57 0.41 0.08 0.03 0.16 0.15 0.12 0.26 0.18 0.23 1.0 0.05 0.02 0.3 0.29 0.4 0.07 0.11 0.18 0.21 0.46 0.29 0.3 0.6 0.35 0.28 0.09 0.24 0.43
0.11 0.33 0.45 0.28 0.09 0.04 0.2 0.19 0.16 0.35 0.19 0.27 1.0 0.07 0.07 0.38 0.38 0.35 0.11 0.21 0.19 0.22 0.45 0.15 0.26 0.2 0.2 0.19 0.12 0.17 0.26
Bra016985 (ETG1)
 0.11 0.24 0.32 0.29 0.08 0.05 0.17 0.17 0.12 0.24 0.24 0.21 1.0 0.04 0.04 0.3 0.27 0.34 0.09 0.15 0.23 0.26 0.57 0.16 0.27 0.27 0.2 0.14 0.06 0.15 0.37
Bra018272 (CDT1)
 0.04 0.11 0.22 0.05 0.16 0.04 0.22 0.18 0.16 0.26 0.21 0.17 1.0 0.09 0.12 0.34 0.26 0.61 0.14 0.19 0.22 0.24 0.55 0.29 0.23 0.16 0.21 0.23 0.07 0.2 0.21
Bra020275 (HTB4)
 0.04 0.05 0.09 0.03 0.12 0.05 0.13 0.12 0.07 0.1 0.11 0.1 1.0 0.08 0.02 0.13 0.2 0.35 0.09 0.13 0.11 0.11 0.69 0.14 0.18 0.17 0.19 0.22 0.17 0.15 0.22
Bra020278 (HTA6)
 0.05 0.13 0.14 0.21 0.15 0.07 0.17 0.13 0.32 0.36 0.18 0.17 1.0 0.12 0.22 0.35 0.38 0.4 0.16 0.16 0.22 0.24 0.58 0.32 0.27 0.26 0.27 0.28 0.19 0.18 0.2
0.06 0.07 0.11 0.06 0.1 0.05 0.13 0.14 0.19 0.35 0.13 0.11 1.0 0.09 0.16 0.26 0.33 0.4 0.13 0.15 0.12 0.27 0.78 0.4 0.35 0.27 0.3 0.26 0.16 0.17 0.29
Bra020707 (H3.1)
 0.04 0.04 0.09 0.06 0.1 0.05 0.15 0.08 0.15 0.18 0.17 0.13 1.0 0.08 0.12 0.18 0.19 0.34 0.1 0.15 0.13 0.3 0.49 0.21 0.19 0.15 0.16 0.15 0.13 0.13 0.13
Bra022350 (TSK)
 0.24 0.35 0.42 0.36 0.31 0.19 0.27 0.25 0.21 0.54 0.44 0.41 1.0 0.22 0.25 0.58 0.35 0.7 0.2 0.35 0.27 0.36 0.99 0.32 0.33 0.35 0.37 0.37 0.19 0.34 0.51
Bra023389 (ABAP1)
 0.08 0.12 0.39 0.25 0.08 0.02 0.12 0.08 0.17 0.23 0.19 0.23 1.0 0.03 0.06 0.24 0.23 0.28 0.12 0.14 0.19 0.22 0.49 0.15 0.18 0.29 0.13 0.22 0.06 0.09 0.27
Bra023689 (CHR17)
 0.1 0.19 0.19 0.21 0.04 0.05 0.23 0.16 0.15 0.37 0.23 0.28 1.0 0.03 0.07 0.35 0.27 0.42 0.09 0.2 0.16 0.34 0.19 0.23 0.19 0.24 0.17 0.1 0.02 0.11 0.26
Bra023937 (HTA13)
 0.04 0.09 0.18 0.15 0.12 0.05 0.17 0.13 0.14 0.22 0.19 0.19 1.0 0.07 0.06 0.19 0.27 0.4 0.11 0.14 0.19 0.17 0.48 0.27 0.18 0.21 0.22 0.18 0.11 0.16 0.17
Bra024316 (FAS2)
 0.18 0.15 0.31 0.21 0.32 0.23 0.31 0.27 0.29 0.36 0.38 0.35 1.0 0.27 0.35 0.61 0.41 0.64 0.26 0.29 0.25 0.37 0.62 0.3 0.33 0.28 0.39 0.36 0.21 0.27 0.43
0.07 0.12 0.24 0.2 0.13 0.13 0.17 0.13 0.16 0.28 0.2 0.25 1.0 0.08 0.17 0.37 0.21 0.36 0.15 0.13 0.17 0.31 0.31 0.1 0.15 0.05 0.1 0.12 0.01 0.07 0.09
Bra025458 (POLA3)
 0.16 0.22 0.26 0.22 0.1 0.05 0.19 0.24 0.19 0.19 0.19 0.27 1.0 0.05 0.1 0.26 0.28 0.41 0.08 0.15 0.22 0.2 0.54 0.18 0.14 0.23 0.14 0.18 0.07 0.13 0.22
0.1 0.07 0.19 0.05 0.26 0.12 0.11 0.09 0.11 0.14 0.15 0.14 1.0 0.16 0.13 0.26 0.24 0.4 0.11 0.14 0.07 0.08 0.44 0.24 0.32 0.28 0.19 0.21 0.22 0.24 0.26
0.05 0.05 0.1 0.09 0.06 0.06 0.11 0.14 0.09 0.08 0.16 0.2 1.0 0.04 0.02 0.18 0.23 0.4 0.07 0.14 0.19 0.3 0.55 0.34 0.31 0.33 0.35 0.34 0.13 0.1 0.47
0.05 0.15 0.17 0.19 0.12 0.09 0.18 0.16 0.18 0.28 0.25 0.26 1.0 0.07 0.15 0.27 0.25 0.34 0.16 0.28 0.33 0.45 0.44 0.15 0.17 0.24 0.17 0.19 0.05 0.11 0.14
Bra029471 (ORC1B)
 0.05 0.08 0.15 0.11 0.09 0.03 0.2 0.15 0.07 0.19 0.13 0.16 1.0 0.03 0.05 0.21 0.19 0.44 0.05 0.09 0.12 0.17 0.75 0.17 0.2 0.14 0.16 0.21 0.07 0.18 0.26
Bra029782 (MCM8)
 0.0 0.1 0.25 0.2 0.17 0.05 0.17 0.16 0.2 0.08 0.24 0.13 0.89 0.03 0.17 0.29 0.09 0.53 0.05 0.19 0.19 0.3 1.0 0.27 0.25 0.22 0.18 0.3 0.18 0.18 0.24
Bra032532 (ROW1)
 0.09 0.15 0.29 0.2 0.21 0.11 0.15 0.09 0.22 0.26 0.23 0.25 1.0 0.13 0.16 0.3 0.27 0.43 0.13 0.15 0.19 0.22 0.63 0.2 0.23 0.24 0.21 0.21 0.13 0.16 0.21
Bra033987 (POLA2)
 0.08 0.09 0.16 0.18 0.08 0.08 0.16 0.14 0.09 0.24 0.26 0.2 1.0 0.09 0.08 0.33 0.36 0.44 0.07 0.15 0.19 0.21 0.61 0.19 0.16 0.31 0.21 0.18 0.09 0.17 0.22
Bra034006 (EMB2813)
 0.1 0.1 0.24 0.2 0.11 0.08 0.19 0.19 0.06 0.26 0.22 0.25 1.0 0.08 0.05 0.23 0.26 0.42 0.08 0.14 0.16 0.26 0.65 0.25 0.13 0.31 0.18 0.25 0.1 0.18 0.3
Bra035055 (POLD3)
 0.18 0.16 0.25 0.18 0.24 0.24 0.26 0.26 0.15 0.25 0.22 0.23 1.0 0.09 0.21 0.24 0.28 0.47 0.2 0.15 0.22 0.27 0.57 0.29 0.18 0.29 0.14 0.27 0.12 0.21 0.24
Bra035159 (DRS1)
 0.15 0.32 0.46 0.25 0.11 0.04 0.24 0.19 0.15 0.26 0.31 0.28 1.0 0.08 0.09 0.31 0.26 0.34 0.09 0.16 0.19 0.26 0.5 0.28 0.36 0.3 0.32 0.29 0.11 0.33 0.55
Bra035755 (HTA13)
 0.05 0.06 0.16 0.09 0.11 0.04 0.12 0.12 0.06 0.12 0.15 0.09 1.0 0.05 0.04 0.12 0.3 0.44 0.04 0.09 0.11 0.12 0.54 0.27 0.23 0.2 0.22 0.24 0.13 0.18 0.24
Bra036270 (SINE1)
 0.05 0.07 0.05 0.08 0.12 0.05 0.15 0.14 0.11 0.08 0.11 0.08 1.0 0.12 0.06 0.19 0.2 0.43 0.05 0.09 0.12 0.08 0.6 0.27 0.29 0.29 0.27 0.31 0.25 0.21 0.27
Bra037813 (H3.1)
 0.11 0.26 0.26 0.25 0.25 0.12 0.14 0.09 0.19 0.23 0.22 0.13 1.0 0.19 0.21 0.25 0.2 0.59 0.14 0.19 0.24 0.34 0.9 0.3 0.26 0.26 0.26 0.25 0.18 0.26 0.22
Bra038267 (HTB4)
 0.06 0.12 0.14 0.18 0.17 0.07 0.23 0.15 0.2 0.32 0.18 0.3 1.0 0.2 0.16 0.29 0.22 0.39 0.14 0.16 0.21 0.29 0.42 0.18 0.16 0.16 0.17 0.16 0.11 0.13 0.15
Bra039939 (MET2)
 0.15 0.27 0.35 0.26 0.2 0.12 0.12 0.11 0.15 0.24 0.18 0.19 1.0 0.06 0.12 0.28 0.24 0.52 0.09 0.14 0.16 0.21 0.77 0.26 0.27 0.33 0.27 0.4 0.18 0.29 0.37

Details

Expression values normalized per gene (using the maximum value, Green cells indicate low expression and red high. (Dark gray cells indicate missing values)