1. Home
  2. Tools
  3. Expression Heatmap
  4. Results

Heatmap: Cluster_189 (Brassica rapa (Bra) Coexpression Clusters (HCCA Algorithm))

View as: (view zlog-transformed or row-normalized)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Showing raw values)

 Transpose table  Download table
Gene
Light: 268 uE m-2 s-1
Light: 202.5 uE m-2 s-1 (Control)
Light: 135 uE m-2 s-1
Light: 67.5 uE m-2 s-1
Photoperiod: L24
Photoperiod: L20D4 (Control)
Photoperiod: L12D12
Photoperiod: L8D16
RBW: 4:1:1 (Control)
RBW: 4:1:0
RBW: 3:1:1
RBW: 3:1:0
Nitrogen: 0%
Nitrogen: 25%
Nitrogen: 50%
Nitrogen: 100% (Control)
Nitrogen: 150%
Phosphorous: 0%
Phosphorous: 25%
Phosphorous: 50%
Phosphorous: 100% (Control)
Phosphorous: 150%
Potassium: 0%
Potassium: 25%
Potassium: 50%
Potassium: 100% (Control)
Potassium: 150%
Temperature: 20°C
Temperature: 25°C (Control)
Temperature: 30°C
Temperature: 35°C
Bra000520 (CYL2)
 0.36 0.66 1.18 0.95 0.55 0.36 0.51 0.82 0.55 0.9 1.2 1.06 3.96 0.3 0.45 1.32 1.04 1.42 0.81 0.85 1.38 1.1 1.97 1.01 1.0 1.29 1.15 0.97 0.68 0.88 1.49
Bra002523 (HTA6)
 9.73 12.27 18.91 20.26 15.8 6.3 14.46 11.86 18.24 28.89 20.18 17.29 104.37 8.33 7.48 29.38 30.45 39.85 10.65 16.77 23.57 26.43 94.27 36.77 27.71 35.2 27.52 24.54 13.5 18.56 24.72
Bra003096 (ATIM)
 0.64 0.74 0.85 0.89 0.86 1.1 1.75 1.36 0.78 1.22 1.51 1.15 2.89 0.72 1.04 2.19 1.51 1.94 1.04 1.76 1.76 1.59 3.15 1.2 1.37 1.26 1.26 1.42 0.69 0.84 1.94
Bra003150 (HTB6)
 3.8 2.15 5.18 5.51 5.51 5.73 8.29 6.71 5.52 11.18 9.83 13.52 34.87 5.11 5.54 13.31 7.96 9.33 5.02 7.2 12.79 9.16 16.63 7.71 7.81 5.86 8.15 7.59 4.49 6.73 6.29
Bra004213 (DDR3)
 0.86 0.8 0.75 0.59 1.19 1.17 0.91 0.71 0.58 1.07 0.85 0.84 3.72 0.83 0.71 1.35 0.98 1.63 0.5 0.84 0.92 1.4 2.03 1.11 1.02 0.95 1.09 0.97 0.87 0.82 1.09
Bra005184 (ORC2)
 0.12 0.38 0.76 0.44 0.23 0.18 0.42 0.43 0.19 0.47 0.66 0.5 2.11 0.11 0.17 0.89 0.87 0.98 0.22 0.22 0.6 0.78 1.16 0.52 0.37 0.5 0.48 0.59 0.2 0.32 0.77
Bra005880 (CYCB1;2)
 0.26 0.19 0.56 0.22 0.49 0.19 0.39 0.48 0.63 0.75 0.5 0.35 5.13 0.52 0.65 1.35 0.64 2.13 0.34 0.53 0.47 0.36 3.26 1.11 1.03 0.63 0.95 1.11 0.71 0.92 1.34
Bra006688 (HTA6)
 17.36 19.44 37.59 28.9 23.05 13.84 20.82 14.59 19.28 30.16 25.11 26.54 111.85 12.12 11.18 38.04 27.89 52.57 14.33 21.28 31.64 39.27 63.78 35.11 28.33 46.67 31.29 34.93 20.06 24.29 25.61
8.22 28.01 24.3 23.71 34.97 8.24 26.47 22.93 36.05 42.73 31.64 48.03 189.45 5.14 11.9 55.42 49.86 89.08 20.2 53.72 65.23 53.5 178.59 90.59 85.32 70.96 76.37 58.54 54.91 71.66 57.51
Bra007080 (HTA11)
 1.69 3.3 3.28 1.87 3.09 2.13 2.98 1.88 2.6 3.51 3.23 3.4 26.34 2.31 1.95 4.72 4.72 10.83 2.03 3.94 3.43 5.17 21.21 7.73 6.5 9.28 6.38 8.65 5.7 5.99 9.97
1.32 3.21 4.38 2.64 1.24 0.89 0.78 2.03 1.49 2.5 2.51 2.42 7.04 1.03 1.26 1.33 1.87 4.16 0.89 2.19 2.14 2.61 9.93 2.23 2.45 2.89 1.6 1.64 0.81 2.37 3.12
Bra008604 (ORC3)
 0.13 0.21 0.31 0.22 0.16 0.08 0.15 0.27 0.16 0.39 0.25 0.26 1.22 0.11 0.08 0.44 0.29 0.58 0.13 0.15 0.28 0.24 1.21 0.27 0.22 0.33 0.22 0.23 0.08 0.23 0.42
Bra008860 (ABAP1)
 0.12 0.38 0.49 0.42 0.24 0.19 0.28 0.2 0.32 0.54 0.37 0.39 1.88 0.28 0.25 0.54 0.62 0.54 0.26 0.23 0.39 0.39 0.71 0.34 0.21 0.32 0.3 0.33 0.11 0.24 0.45
Bra010689 (R1)
 2.85 4.5 4.78 5.86 2.25 1.35 3.18 2.85 1.93 3.69 2.8 3.44 13.47 1.51 2.33 4.62 4.33 5.96 1.66 2.27 3.45 3.11 11.96 3.76 3.97 5.49 4.64 4.88 1.97 3.13 4.83
26.38 50.8 48.3 37.96 66.29 45.24 73.41 70.32 42.9 69.34 59.54 57.24 296.21 57.33 61.12 95.25 80.88 166.72 53.59 62.54 73.56 83.08 224.69 91.38 78.31 53.07 76.27 45.62 46.18 69.44 84.63
Bra012132 (ICU2)
 0.59 0.91 1.06 1.12 0.57 0.33 0.81 0.68 0.55 1.06 0.89 1.04 3.56 0.29 0.32 1.08 1.18 1.85 0.45 0.66 0.83 1.04 2.28 0.99 0.84 1.11 1.09 0.86 0.41 0.83 1.62
Bra013169 (MCM5)
 1.13 2.8 3.82 2.87 0.81 0.53 2.01 1.56 1.38 2.09 2.99 2.38 7.52 0.49 0.46 3.35 3.11 3.88 1.09 1.51 1.87 2.26 4.99 2.34 2.17 2.74 2.46 2.22 0.76 1.93 3.64
Bra013232 (CDC45)
 0.12 0.27 0.46 0.25 0.23 0.22 0.21 0.15 0.26 0.29 0.22 0.28 0.99 0.16 0.17 0.32 0.22 0.73 0.13 0.2 0.28 0.25 1.15 0.34 0.33 0.35 0.31 0.2 0.22 0.38 0.43
Bra014835 (CDC2B)
 0.8 0.42 1.13 0.75 0.68 0.17 0.64 0.6 0.76 1.21 0.94 0.63 6.16 0.59 0.85 1.13 1.29 1.86 0.57 0.98 0.71 0.98 3.36 0.91 1.65 1.15 1.19 1.22 0.9 1.43 1.34
0.95 1.5 2.81 2.02 0.39 0.17 0.78 0.73 0.62 1.3 0.88 1.15 4.95 0.24 0.11 1.48 1.46 1.96 0.35 0.55 0.88 1.03 2.3 1.45 1.48 2.98 1.72 1.39 0.43 1.2 2.13
0.2 0.56 0.78 0.48 0.15 0.08 0.34 0.32 0.27 0.6 0.32 0.47 1.72 0.12 0.12 0.65 0.65 0.6 0.19 0.36 0.32 0.38 0.77 0.26 0.44 0.34 0.34 0.33 0.2 0.3 0.45
Bra016985 (ETG1)
 0.61 1.33 1.79 1.6 0.44 0.28 0.95 0.95 0.69 1.31 1.32 1.15 5.52 0.21 0.22 1.68 1.46 1.88 0.49 0.85 1.25 1.46 3.17 0.89 1.49 1.52 1.11 0.79 0.33 0.86 2.03
Bra018272 (CDT1)
 0.14 0.38 0.75 0.17 0.54 0.13 0.75 0.61 0.54 0.89 0.7 0.57 3.4 0.31 0.4 1.16 0.88 2.09 0.48 0.66 0.76 0.8 1.86 1.0 0.78 0.54 0.71 0.8 0.23 0.7 0.71
Bra020275 (HTB4)
 0.78 0.89 1.59 0.57 2.31 0.9 2.48 2.15 1.27 1.79 2.0 1.82 18.64 1.4 0.42 2.41 3.72 6.54 1.72 2.35 1.98 1.98 12.89 2.58 3.36 3.17 3.55 4.02 3.11 2.87 4.19
Bra020278 (HTA6)
 6.21 17.62 18.32 27.91 20.17 9.32 22.59 17.84 42.68 48.48 23.62 22.36 134.86 16.47 30.12 46.89 51.1 53.59 21.05 21.28 29.26 32.38 78.86 42.67 36.88 34.63 36.03 37.92 25.57 24.22 26.77
5.11 6.17 9.31 5.03 8.59 4.37 11.25 11.99 16.71 30.58 11.22 9.11 86.22 7.5 13.72 22.14 28.68 34.16 10.83 12.99 10.64 22.87 67.52 34.83 30.03 23.41 26.29 22.69 13.97 14.69 24.86
Bra020707 (H3.1)
 24.66 28.19 58.95 36.02 60.09 31.04 91.76 51.4 92.74 115.77 106.7 83.72 632.5 52.55 74.86 114.23 117.67 216.01 65.95 93.14 82.51 188.92 308.32 129.67 120.27 95.75 99.66 97.76 79.88 84.95 81.31
Bra022350 (TSK)
 0.22 0.33 0.39 0.33 0.29 0.18 0.25 0.23 0.2 0.5 0.41 0.38 0.93 0.2 0.23 0.54 0.33 0.65 0.18 0.32 0.25 0.33 0.92 0.3 0.31 0.32 0.34 0.34 0.17 0.31 0.47
Bra023389 (ABAP1)
 0.12 0.18 0.6 0.38 0.12 0.04 0.18 0.12 0.26 0.36 0.29 0.36 1.55 0.04 0.09 0.37 0.36 0.43 0.19 0.21 0.3 0.34 0.76 0.22 0.27 0.45 0.19 0.34 0.09 0.14 0.42
Bra023689 (CHR17)
 0.08 0.15 0.15 0.17 0.03 0.04 0.18 0.13 0.12 0.3 0.18 0.23 0.81 0.03 0.06 0.28 0.22 0.34 0.07 0.16 0.13 0.27 0.16 0.19 0.16 0.19 0.14 0.08 0.02 0.09 0.21
Bra023937 (HTA13)
 2.56 6.36 13.11 10.63 8.68 3.49 12.57 9.43 10.53 15.87 14.27 13.57 73.19 5.03 4.41 13.75 19.51 29.37 7.92 10.53 14.17 12.79 35.0 19.6 13.51 15.37 15.96 13.25 8.17 11.36 12.78
Bra024316 (FAS2)
 0.72 0.61 1.26 0.82 1.29 0.9 1.22 1.07 1.16 1.44 1.53 1.38 4.0 1.08 1.4 2.45 1.64 2.57 1.02 1.17 1.02 1.49 2.47 1.2 1.33 1.11 1.57 1.42 0.83 1.07 1.7
0.14 0.24 0.5 0.41 0.28 0.27 0.34 0.26 0.33 0.58 0.42 0.51 2.07 0.17 0.34 0.76 0.44 0.75 0.32 0.26 0.35 0.63 0.65 0.22 0.32 0.1 0.2 0.25 0.03 0.14 0.19
Bra025458 (POLA3)
 0.66 0.88 1.06 0.87 0.4 0.21 0.77 0.95 0.75 0.74 0.75 1.09 4.01 0.21 0.39 1.03 1.14 1.65 0.31 0.59 0.89 0.81 2.17 0.71 0.55 0.92 0.58 0.73 0.26 0.51 0.87
0.15 0.11 0.3 0.07 0.39 0.19 0.16 0.14 0.17 0.21 0.22 0.21 1.53 0.24 0.19 0.39 0.37 0.62 0.16 0.22 0.1 0.13 0.68 0.36 0.49 0.42 0.29 0.32 0.34 0.37 0.39
0.55 0.48 1.03 0.9 0.64 0.62 1.13 1.46 0.91 0.86 1.6 2.07 10.25 0.4 0.17 1.85 2.37 4.05 0.71 1.44 1.95 3.09 5.6 3.43 3.21 3.37 3.59 3.49 1.33 1.01 4.85
2.47 6.79 7.83 8.75 5.59 4.22 8.2 7.19 8.1 12.62 11.1 11.64 45.07 3.25 6.54 12.2 11.09 15.54 7.01 12.66 15.08 20.34 19.91 6.71 7.54 10.63 7.82 8.51 2.28 5.11 6.47
Bra029471 (ORC1B)
 0.1 0.15 0.31 0.22 0.18 0.07 0.41 0.3 0.13 0.39 0.26 0.33 2.02 0.05 0.11 0.43 0.38 0.89 0.09 0.19 0.24 0.35 1.52 0.34 0.4 0.27 0.33 0.43 0.15 0.36 0.52
Bra029782 (MCM8)
 0.0 0.04 0.1 0.08 0.07 0.02 0.07 0.06 0.08 0.03 0.09 0.05 0.35 0.01 0.07 0.11 0.04 0.21 0.02 0.08 0.07 0.12 0.39 0.1 0.1 0.08 0.07 0.12 0.07 0.07 0.09
Bra032532 (ROW1)
 0.19 0.31 0.58 0.4 0.43 0.22 0.31 0.19 0.44 0.52 0.47 0.51 2.03 0.26 0.33 0.61 0.56 0.87 0.27 0.31 0.39 0.46 1.28 0.4 0.47 0.5 0.42 0.42 0.27 0.32 0.44
Bra033987 (POLA2)
 0.24 0.27 0.46 0.52 0.23 0.23 0.45 0.41 0.25 0.68 0.74 0.56 2.88 0.25 0.24 0.96 1.04 1.26 0.2 0.43 0.55 0.61 1.75 0.54 0.45 0.9 0.61 0.53 0.25 0.5 0.64
Bra034006 (EMB2813)
 0.33 0.31 0.77 0.63 0.34 0.24 0.6 0.62 0.19 0.84 0.7 0.81 3.2 0.26 0.15 0.74 0.83 1.36 0.25 0.43 0.53 0.83 2.08 0.81 0.41 1.0 0.59 0.79 0.32 0.57 0.98
Bra035055 (POLD3)
 0.48 0.42 0.66 0.48 0.65 0.63 0.7 0.68 0.41 0.67 0.57 0.61 2.65 0.25 0.56 0.63 0.75 1.26 0.53 0.41 0.59 0.71 1.52 0.78 0.48 0.76 0.37 0.71 0.31 0.56 0.63
Bra035159 (DRS1)
 0.47 1.04 1.47 0.8 0.36 0.13 0.79 0.62 0.49 0.85 0.99 0.9 3.24 0.25 0.28 1.01 0.84 1.09 0.3 0.52 0.61 0.83 1.61 0.9 1.18 0.98 1.04 0.94 0.35 1.05 1.78
Bra035755 (HTA13)
 1.34 1.72 4.48 2.57 2.98 1.05 3.22 3.33 1.61 3.21 4.05 2.4 27.61 1.36 1.15 3.28 8.17 12.13 1.06 2.44 3.13 3.2 14.92 7.44 6.44 5.54 5.96 6.75 3.72 4.98 6.59
Bra036270 (SINE1)
 0.21 0.28 0.2 0.36 0.51 0.23 0.63 0.59 0.45 0.35 0.48 0.36 4.26 0.51 0.24 0.83 0.83 1.85 0.2 0.39 0.5 0.33 2.57 1.14 1.25 1.23 1.13 1.34 1.05 0.9 1.15
Bra037813 (H3.1)
 32.48 81.07 80.47 75.09 77.39 38.08 44.19 27.39 59.53 71.67 67.94 40.73 306.2 57.75 65.35 76.94 61.91 181.54 44.31 58.46 74.6 105.59 275.16 90.77 80.02 79.15 80.84 78.07 56.19 80.84 67.23
Bra038267 (HTB4)
 5.11 11.14 12.88 16.2 15.26 6.01 20.66 14.07 18.0 28.97 16.28 27.26 91.05 18.57 14.19 26.65 19.97 35.94 12.71 14.63 19.01 26.57 38.35 16.8 15.01 14.41 15.05 14.47 10.25 12.2 13.98
Bra039939 (MET2)
 0.44 0.77 0.99 0.73 0.57 0.34 0.36 0.31 0.44 0.68 0.51 0.54 2.88 0.19 0.36 0.8 0.7 1.48 0.26 0.39 0.47 0.59 2.23 0.74 0.77 0.95 0.78 1.15 0.53 0.83 1.06

Details

Raw expression values (TPM normalized), Green cells indicate low expression and red high. (Dark gray cells indicate missing values)