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Heatmap: Cluster_224 (Brassica rapa (Bra) Coexpression Clusters (HCCA Algorithm))

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(Values are log2 transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

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Gene
Light: 268 uE m-2 s-1
Light: 202.5 uE m-2 s-1 (Control)
Light: 135 uE m-2 s-1
Light: 67.5 uE m-2 s-1
Photoperiod: L24
Photoperiod: L20D4 (Control)
Photoperiod: L12D12
Photoperiod: L8D16
RBW: 4:1:1 (Control)
RBW: 4:1:0
RBW: 3:1:1
RBW: 3:1:0
Nitrogen: 0%
Nitrogen: 25%
Nitrogen: 50%
Nitrogen: 100% (Control)
Nitrogen: 150%
Phosphorous: 0%
Phosphorous: 25%
Phosphorous: 50%
Phosphorous: 100% (Control)
Phosphorous: 150%
Potassium: 0%
Potassium: 25%
Potassium: 50%
Potassium: 100% (Control)
Potassium: 150%
Temperature: 20°C
Temperature: 25°C (Control)
Temperature: 30°C
Temperature: 35°C
Bra000591 (AtAVT3B)
 -1.2 -5.33 -3.32 -2.87 -0.25 0.05 -1.12 -3.23 0.73 0.04 -0.09 -0.53 -0.27 1.48 1.34 0.02 -0.77 -0.8 0.89 0.13 -0.91 0.2 -1.27 0.81 0.63 0.07 0.23 0.44 0.6 -0.67 0.17
Bra000848 (AOP3)
 -4.22 -7.53 -6.78 -6.55 -1.58 -0.17 -2.3 -3.14 0.28 -1.17 -0.53 -0.9 -0.78 1.31 1.1 0.44 -0.85 -0.31 0.43 -0.25 -0.66 0.01 0.21 1.26 1.07 0.63 0.73 0.77 1.01 -0.41 0.51
-3.4 -4.83 -3.63 -3.56 0.18 0.12 -0.2 -0.73 0.41 0.25 0.4 -0.03 -0.38 1.09 1.12 0.5 0.45 0.24 0.69 0.19 0.21 -0.04 -1.12 0.63 0.35 -0.61 0.2 -0.0 -0.1 -0.66 -0.64
Bra003062 (PMEPCRF)
 -2.57 -3.19 -2.89 -2.45 0.77 0.52 -0.65 -1.03 0.33 0.52 0.1 0.33 -0.65 1.12 1.01 0.54 0.33 0.33 0.54 0.29 -0.06 0.14 -0.36 0.12 0.13 -0.06 0.11 -0.46 -0.38 -0.68 -1.03
-0.96 -1.08 -0.76 -1.56 0.58 0.4 -0.27 -0.15 0.11 -0.12 -0.33 -0.3 -0.09 0.58 0.85 0.18 -0.07 0.17 0.09 0.17 -0.15 -0.25 -0.2 0.11 0.29 -0.56 0.05 0.14 0.62 0.18 -0.19
Bra004446 (ATL64)
 -2.14 -3.23 -2.63 -2.19 0.48 0.13 -0.91 -1.34 0.5 -0.1 -0.12 -0.2 -0.63 1.6 1.4 0.32 -0.2 -1.9 0.14 -0.14 0.23 -0.27 0.27 0.44 0.67 -0.9 -0.29 -0.02 1.01 -0.41 -0.42
Bra004519 (TAC1)
 -0.81 -1.86 -1.07 -1.14 0.32 0.08 0.01 0.06 -0.03 -0.25 0.11 -0.1 -0.43 0.59 0.77 0.4 -0.05 0.42 0.19 0.35 -0.05 -0.13 -1.2 0.44 0.53 0.22 0.12 0.02 0.29 -0.38 -0.59
Bra004737 (PAO2)
 -1.12 -1.45 -1.62 -1.61 -0.24 0.51 -0.14 -0.28 0.4 0.11 0.06 0.1 -0.02 0.83 0.9 0.58 0.17 0.07 0.44 0.23 0.18 0.33 -0.53 -0.05 -0.08 -0.53 -0.09 0.12 0.02 -0.5 -0.44
Bra004878 (ERF34)
 -2.72 -4.49 -2.9 -2.93 -0.04 0.13 -0.21 0.02 0.42 -0.15 -0.01 -0.07 -0.56 0.96 1.36 0.32 -0.15 0.0 0.53 0.12 -0.45 -0.21 -0.86 0.56 0.49 -2.09 0.39 -0.02 0.52 -0.03 0.66
Bra005751 (LCL1)
 -2.68 -3.11 -2.5 -1.73 -0.89 0.38 0.1 -0.53 0.05 -0.17 0.17 -0.48 -0.08 1.12 1.02 0.62 0.38 0.32 0.58 0.43 0.63 0.4 -1.13 0.29 0.28 -0.13 0.11 -0.34 -0.21 -1.0 -0.17
Bra006782 (NPL1)
 -1.12 -2.2 -1.99 -1.53 0.35 0.7 -0.4 -0.75 0.35 -0.04 0.03 -0.14 -0.56 0.77 1.03 0.31 0.16 -0.26 0.49 0.08 -0.17 0.0 -1.4 0.28 0.35 -0.07 -0.02 0.4 0.51 -0.27 -0.08
-0.84 -1.63 -1.42 -1.47 0.47 0.43 0.04 -0.31 -0.02 -0.07 0.06 -0.2 0.11 0.62 0.48 0.18 0.02 0.1 0.34 0.15 -0.05 -0.01 -0.48 0.51 0.43 -0.37 0.27 -0.04 0.15 -0.26 0.04
Bra011758 (CYP81F3)
 -1.5 -2.19 -2.41 -3.22 0.42 1.0 -0.47 -1.51 0.08 -0.47 -0.35 -0.39 -1.51 0.86 0.88 0.62 0.39 0.04 1.0 0.4 0.06 -0.02 -1.01 0.61 0.61 -0.37 0.03 0.14 0.5 -0.35 -0.96
-1.98 -2.88 -2.98 -1.82 0.54 0.22 0.11 -0.63 -0.01 -0.27 0.25 -0.11 -0.45 1.11 1.17 0.81 0.1 0.46 0.11 -0.03 -0.57 -0.45 -0.43 0.13 0.07 -0.25 -0.39 0.39 0.41 -0.27 0.22
Bra012961 (HAG1)
 -1.6 -4.09 -5.82 -4.05 -0.64 -0.5 -1.13 -1.77 0.8 0.23 0.17 0.11 -0.05 0.94 1.3 0.58 -0.01 -0.08 0.54 0.6 -0.25 0.27 -1.01 0.28 0.53 0.09 0.22 0.01 0.06 -0.21 0.27
Bra013049 (UBC29)
 -1.18 -1.73 -2.14 -2.83 0.13 0.7 -0.05 -1.02 0.06 -0.21 0.06 -0.02 -0.52 1.14 0.97 0.71 -0.02 -0.17 0.81 0.27 0.56 0.17 -0.64 0.35 0.13 0.07 -0.1 0.07 -0.21 -0.84 -1.37
Bra013324 (IPGA1)
 -1.29 -1.35 -1.19 -0.96 0.67 0.41 0.09 0.45 0.41 0.09 0.28 0.16 0.49 0.94 0.81 0.27 -0.19 0.23 0.17 -0.03 -0.02 -0.04 -1.38 -0.24 -0.31 -0.42 -0.27 -0.47 -0.14 -0.34 -0.37
Bra014127 (DHNAT1)
 -0.92 -1.01 -0.6 -1.5 0.66 0.35 -0.6 -0.94 0.63 -0.24 -0.44 -0.47 -0.47 0.64 0.77 0.02 -0.7 -0.59 -0.17 -0.1 -1.43 0.02 0.87 0.49 0.58 0.12 0.34 0.24 0.53 0.09 -0.29
Bra016517 (IAA22)
 -0.85 -1.38 -1.21 -0.73 -0.39 0.75 -0.12 -0.32 0.49 -0.12 0.27 0.1 -0.72 0.98 1.32 0.15 -0.36 -0.04 0.58 0.33 -0.08 -0.31 -1.81 -0.14 -0.01 -0.58 -0.23 0.19 0.59 -0.45 -0.47
Bra017191 (NAKR2)
 -0.93 -2.09 -1.87 -1.15 0.02 0.94 -0.3 -0.24 -0.13 -0.55 -0.26 -0.29 -0.0 0.98 1.32 0.15 -0.38 -0.06 0.56 0.09 -0.04 0.02 -1.59 0.26 0.28 -0.54 0.02 0.2 0.49 -0.42 0.15
-1.53 -1.72 -2.71 -1.57 0.2 0.64 0.03 -0.04 0.32 -0.17 -0.23 0.03 0.32 0.88 1.08 0.25 0.09 0.62 0.43 -0.12 -0.36 0.14 -1.13 0.19 0.12 -0.4 -0.07 -0.27 -0.19 -0.43 0.21
-0.7 -0.41 -0.07 -0.43 -0.03 0.31 -0.25 -0.36 -0.05 -0.08 -0.06 -0.15 -0.09 0.64 0.66 0.12 -0.13 0.12 0.07 0.03 -0.18 0.06 -0.73 0.16 0.12 -0.02 0.16 0.05 0.24 -0.06 0.1
-1.26 -1.12 -0.98 -1.13 0.43 0.46 -0.28 -0.43 -0.18 -0.13 -0.1 -0.29 -0.23 0.58 0.69 0.36 0.23 0.37 0.37 0.05 -0.05 -0.27 -0.54 0.26 0.26 -0.77 0.44 0.16 0.28 -0.01 0.2
-1.88 -2.06 -2.09 -1.66 0.55 0.43 -0.18 -0.21 0.59 0.06 0.21 0.07 -0.54 0.88 0.66 0.04 -0.07 0.27 0.08 0.06 -0.12 -0.17 -1.01 0.17 0.2 -0.22 0.11 0.35 0.61 -0.07 -0.05
Bra020032 (MAGL16)
 -1.5 -1.48 -0.74 -1.07 0.22 0.09 -0.17 -0.25 0.26 0.53 -0.21 0.17 -0.1 0.91 0.68 0.39 0.37 -0.3 0.39 0.17 0.32 -0.2 -1.19 -0.09 -0.1 -0.7 -0.07 0.22 0.31 -0.14 0.07
-1.05 -1.03 -1.16 -1.55 0.28 0.35 -0.02 -0.33 -0.06 0.04 -0.18 -0.05 0.19 0.7 0.87 0.02 -0.12 0.29 0.37 0.31 0.22 0.31 0.04 0.42 0.14 -0.27 0.25 -0.29 -0.26 -0.72 -0.49
Bra022325 (ASPG1)
 -1.35 -1.08 -1.13 -1.64 0.71 0.44 -0.22 -0.49 0.66 0.27 -0.02 0.29 -0.81 1.07 0.64 0.24 -0.07 -0.24 0.51 0.14 0.06 -0.13 -0.73 0.17 -0.01 -0.78 0.07 0.08 0.19 -0.05 -0.78
-1.96 -3.24 -2.7 -2.92 0.41 0.33 -0.0 -0.17 -0.02 -0.2 -0.27 -0.31 -0.17 0.91 0.96 0.32 -0.17 0.34 0.3 0.16 -0.21 -0.36 -0.42 0.56 0.56 -0.37 0.21 0.55 0.37 -0.13 -0.02
Bra023087 (PGP1)
 -0.91 -1.04 -1.02 -1.32 0.69 0.29 -0.39 -0.28 0.2 -0.11 0.12 0.21 -0.05 0.7 0.67 0.2 -0.25 0.31 0.24 0.24 0.13 0.06 -0.54 -0.1 0.06 -0.32 0.09 -0.11 -0.03 -0.08 0.09
Bra023169 (AK-HSDH)
 0.26 -0.17 -0.37 -0.59 -0.0 0.44 -0.68 -0.88 0.14 -0.05 -0.06 -0.22 -0.62 0.7 0.91 0.12 -0.25 -0.66 0.33 -0.06 -0.09 0.13 -1.62 0.38 0.39 0.11 0.23 0.03 0.24 -0.28 -0.17
Bra024150 (VSP3)
 -0.95 -2.18 -1.69 -1.48 0.49 0.58 -0.02 -0.4 0.8 0.36 0.51 0.2 0.25 1.01 0.7 0.2 -0.3 -1.04 -0.26 0.11 0.17 -0.08 -0.59 -0.14 -0.33 -0.24 -0.11 0.21 0.36 -0.31 -0.46
Bra024749 (KCS5)
 -1.74 -1.51 -1.23 -1.34 0.52 0.26 -0.15 -0.54 0.48 0.36 0.39 0.35 -0.1 0.93 0.89 0.24 0.36 -0.25 0.04 0.12 0.12 0.12 -1.88 0.17 0.08 -0.31 0.13 -0.25 0.02 -0.39 -0.36
Bra025523 (DRB5)
 -1.85 -1.65 -1.5 -2.09 -0.01 1.03 -0.4 -0.6 -0.1 -0.44 -0.45 -0.6 -0.12 1.22 1.3 0.33 -0.19 -0.26 0.75 0.33 0.46 0.05 -0.47 0.35 0.18 -0.44 -0.1 0.12 0.07 -0.5 -0.7
Bra025819 (LTI45)
 -2.22 -2.97 -2.18 -1.29 0.53 0.61 -0.42 -0.73 0.11 0.1 0.13 -0.03 -0.48 1.11 1.28 0.37 -0.14 -0.77 0.16 0.12 -0.01 -0.09 0.39 0.65 0.46 0.42 -0.04 -0.3 -0.23 -0.99 -0.92
Bra025904 (PPRT3)
 -0.85 -1.67 -1.11 -1.85 0.34 0.62 -0.57 -0.71 0.54 -0.02 -0.14 0.0 -0.17 0.98 1.08 -0.07 -0.55 0.57 0.32 -0.01 -0.48 0.22 -0.59 -0.19 -0.09 -0.35 0.05 0.09 0.38 0.01 0.08
-1.15 -1.19 -1.03 -1.22 -0.19 0.12 0.06 -0.05 0.21 -0.0 0.07 0.01 -0.35 0.42 0.7 0.28 0.15 0.24 0.52 0.43 0.06 0.07 -0.52 0.2 0.35 -0.06 0.25 0.19 0.02 -0.48 -0.39
-0.86 -1.09 -0.87 -0.82 0.25 0.46 -0.1 -0.54 -0.14 -0.12 -0.09 -0.21 -0.32 0.48 0.79 0.41 -0.02 -0.07 0.23 0.29 -0.13 0.16 0.17 0.06 0.07 -0.19 0.02 0.21 0.38 -0.07 -0.15
Bra028599 (FLC)
 -0.62 -1.13 -1.24 -1.59 -0.23 0.2 -0.29 -0.47 0.51 0.06 0.22 -0.07 -0.25 0.66 0.87 0.27 0.05 -0.24 0.37 0.22 0.07 0.24 -0.67 0.13 0.14 -0.14 0.11 -0.03 0.3 -0.12 0.07
Bra028971 (WRKY20)
 -1.33 -2.42 -0.95 -2.22 0.5 0.28 -0.06 -0.33 0.02 0.02 -0.13 -0.02 -0.23 1.08 1.03 0.48 0.05 0.25 0.13 0.1 -0.01 0.3 -0.26 -0.17 0.21 -0.77 -0.36 0.32 0.32 -0.26 -0.36
Bra029288 (BAG2)
 -2.43 -2.94 -3.37 -2.69 0.61 0.41 -0.07 -0.38 0.44 0.19 0.25 0.21 -0.08 0.98 0.92 0.33 -0.05 0.54 0.27 0.3 -0.06 0.08 -2.08 0.31 -0.04 -0.99 -0.15 -0.25 0.31 -0.26 0.35
Bra030028 (PUB6)
 -1.28 -1.34 -1.55 -1.49 0.08 0.66 -0.01 -0.69 0.18 -0.02 -0.18 -0.3 -0.47 0.85 0.99 0.52 0.22 0.28 0.24 0.34 -0.11 0.05 -0.22 0.12 0.0 -0.7 -0.04 0.05 0.49 -0.31 -0.11
-1.84 -2.68 -1.28 -2.9 0.62 0.47 0.03 -0.52 -0.03 -0.21 0.38 -0.11 -0.41 0.89 0.92 0.47 0.27 -0.4 0.22 0.24 -0.03 -0.09 -0.39 0.45 0.63 0.2 0.18 -0.24 0.04 -0.67 -0.48
Bra032708 (IIL1)
 -1.15 -1.18 -1.52 -1.37 -0.06 0.29 -0.58 -0.56 0.18 -0.12 -0.02 -0.17 -0.56 0.82 0.82 0.37 -0.07 -0.12 0.17 0.03 0.03 0.35 0.01 0.55 0.49 0.23 0.4 0.12 0.1 -0.55 -0.19
-0.37 -0.71 -0.51 -0.7 0.26 0.51 0.0 -0.14 -0.05 -0.13 -0.14 -0.29 -0.01 0.32 0.52 0.2 0.07 0.02 0.23 0.19 0.1 0.21 -0.12 0.13 0.21 -0.31 -0.02 0.11 0.05 -0.32 -0.24
-0.63 -1.12 -1.2 -1.57 0.5 0.22 -0.41 -1.0 0.18 -0.1 0.06 -0.05 -0.11 0.36 0.58 0.12 -0.14 0.01 0.41 0.08 0.03 0.19 0.5 0.48 0.39 0.06 0.28 0.13 0.16 -0.37 -0.73
-1.5 -1.41 -1.19 -0.84 -0.44 -0.17 -0.52 -1.29 0.36 -0.07 -0.05 -0.04 -0.29 1.21 1.25 0.16 -0.36 -0.99 0.08 0.05 0.25 -0.06 -0.34 0.53 0.26 0.16 0.27 0.22 0.59 -0.51 0.09
-0.77 -0.97 -0.85 -0.94 0.05 0.25 -0.2 -0.16 0.03 -0.01 -0.02 -0.06 0.08 0.55 0.86 0.31 0.24 0.26 0.2 0.25 -0.1 0.15 -0.4 0.09 0.22 -0.23 0.19 -0.09 0.04 -0.46 -0.21
Bra034718 (BRG3)
 -0.34 -0.26 -0.83 -0.86 -0.2 0.82 -0.06 -1.43 0.23 0.03 0.08 -0.08 -0.58 0.96 1.15 0.51 0.05 -0.7 0.49 0.13 -0.07 0.24 -2.03 0.42 0.32 -0.91 0.21 -0.54 -0.13 -0.78 -0.24
Bra034752 (FDM3)
 -1.06 -0.91 -1.12 -1.18 0.38 0.45 -0.24 -0.38 0.28 0.11 0.03 -0.03 -0.15 0.75 0.75 0.29 0.05 0.03 0.08 0.26 -0.05 0.13 -0.38 0.09 -0.03 -0.68 -0.27 0.07 0.28 -0.17 0.29
Bra035446 (NAT2)
 -1.96 -2.39 -2.05 -1.57 0.23 0.82 -0.22 -0.35 0.25 -0.14 0.02 -0.01 -0.37 0.65 0.73 0.06 -0.37 0.28 0.13 -0.08 0.05 -0.09 -0.27 0.27 0.16 -0.15 0.08 0.6 0.57 -0.05 0.19
Bra036647 (ASP4)
 -1.8 -1.7 -1.92 -1.96 0.21 0.26 -0.23 0.2 0.53 0.1 0.28 0.33 0.09 1.17 1.05 0.05 0.04 -0.14 0.42 0.09 0.24 0.25 -0.77 -0.18 -0.01 -0.46 -0.22 -0.21 -0.07 -0.46 -0.28
-1.01 -0.93 -0.83 -1.39 0.02 0.3 -0.99 -1.18 0.33 0.23 0.13 0.2 -0.52 1.02 1.05 -0.14 -0.08 -0.29 -0.1 -0.01 0.02 0.03 -0.78 0.15 0.25 0.01 0.08 0.03 0.35 0.3 0.35
Bra037972 (BG3)
 -0.83 -1.46 -0.91 -0.84 -0.53 -0.37 -0.99 -0.97 0.31 -0.09 0.64 0.54 -0.53 0.43 0.8 0.89 -0.15 0.12 0.4 0.4 0.18 -0.07 -0.54 0.22 0.16 -0.26 0.09 -0.03 0.21 -0.05 -0.02
Bra038946 (PUP3)
 -0.3 -0.34 -0.16 -0.49 0.01 0.15 -0.36 -0.35 0.08 -0.13 0.09 0.03 -0.06 0.57 0.7 0.09 -0.19 0.09 0.15 0.15 -0.23 0.02 -0.29 -0.09 -0.05 -0.2 -0.06 -0.11 0.1 0.09 0.34
Bra039142 (NOK)
 -4.16 -7.18 -4.39 -4.27 0.91 0.4 -0.63 -1.63 0.42 0.21 0.41 0.09 -0.51 1.28 1.6 0.49 0.56 0.24 0.57 0.62 0.05 0.27 -0.76 -0.2 -0.4 -1.34 -0.29 -0.56 -0.03 -0.78 -0.7
Bra039237 (LAP1)
 -0.87 -1.29 -1.04 -1.29 0.62 0.3 -0.47 -0.55 0.18 0.31 0.1 0.08 -0.16 0.77 0.81 0.16 -0.05 0.34 0.42 -0.07 -0.2 0.21 -0.09 -0.11 -0.19 -0.59 -0.25 -0.02 -0.04 0.11 0.23
-2.2 -1.78 -1.41 -1.01 -0.03 1.04 -0.44 -0.47 0.22 -0.27 0.01 0.19 -0.17 1.19 1.11 -0.19 -0.22 0.13 0.37 -0.15 -0.1 -0.16 -0.75 0.04 0.2 -0.1 -0.06 0.38 0.53 -0.77 -0.28

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.