1. Home
  2. Tools
  3. Expression Heatmap
  4. Results

Heatmap: Cluster_224 (Brassica rapa (Bra) Coexpression Clusters (HCCA Algorithm))

View as: (view zlog-transformed or row-normalized)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Showing raw values)

 Transpose table  Download table
Gene
Light: 268 uE m-2 s-1
Light: 202.5 uE m-2 s-1 (Control)
Light: 135 uE m-2 s-1
Light: 67.5 uE m-2 s-1
Photoperiod: L24
Photoperiod: L20D4 (Control)
Photoperiod: L12D12
Photoperiod: L8D16
RBW: 4:1:1 (Control)
RBW: 4:1:0
RBW: 3:1:1
RBW: 3:1:0
Nitrogen: 0%
Nitrogen: 25%
Nitrogen: 50%
Nitrogen: 100% (Control)
Nitrogen: 150%
Phosphorous: 0%
Phosphorous: 25%
Phosphorous: 50%
Phosphorous: 100% (Control)
Phosphorous: 150%
Potassium: 0%
Potassium: 25%
Potassium: 50%
Potassium: 100% (Control)
Potassium: 150%
Temperature: 20°C
Temperature: 25°C (Control)
Temperature: 30°C
Temperature: 35°C
Bra000591 (AtAVT3B)
 0.18 0.01 0.04 0.06 0.35 0.43 0.19 0.04 0.7 0.43 0.39 0.29 0.35 1.17 1.06 0.43 0.25 0.24 0.78 0.46 0.22 0.48 0.17 0.74 0.65 0.44 0.49 0.57 0.63 0.26 0.47
Bra000848 (AOP3)
 4.78 0.48 0.81 0.95 29.69 78.85 18.11 10.07 108.0 39.42 61.81 47.63 51.97 220.46 190.46 120.4 49.31 71.69 119.81 74.87 56.23 89.86 102.73 213.51 187.43 137.98 147.33 151.56 178.68 66.98 126.37
2.03 0.75 1.74 1.81 24.31 23.34 18.61 12.95 28.47 25.49 28.2 20.94 16.42 45.52 46.59 30.27 29.32 25.33 34.53 24.42 24.7 20.77 9.88 33.09 27.23 13.99 24.58 21.4 20.01 13.56 13.76
Bra003062 (PMEPCRF)
 6.15 4.0 4.92 6.69 62.27 52.38 23.3 17.84 45.95 52.21 39.15 45.85 23.22 79.18 73.35 53.09 45.82 46.03 53.17 44.56 35.05 40.33 28.39 39.82 39.87 35.14 39.51 26.62 28.11 22.85 17.83
1.62 1.49 1.86 1.07 4.7 4.16 2.62 2.84 3.4 2.9 2.51 2.56 2.96 4.72 5.68 3.57 3.01 3.55 3.35 3.55 2.84 2.65 2.75 3.4 3.86 2.14 3.27 3.48 4.85 3.58 2.75
Bra004446 (ATL64)
 0.49 0.23 0.35 0.48 3.05 2.38 1.16 0.86 3.07 2.03 2.01 1.89 1.41 6.62 5.76 2.73 1.9 0.58 2.4 1.97 2.55 1.8 2.63 2.95 3.46 1.17 1.79 2.14 4.38 1.63 1.63
Bra004519 (TAC1)
 13.27 6.43 11.13 10.57 29.18 24.65 23.47 24.23 22.78 19.63 25.08 21.77 17.28 35.2 39.71 30.76 22.52 31.26 26.6 29.75 22.51 21.34 10.11 31.7 33.76 27.1 25.35 23.59 28.45 17.89 15.43
Bra004737 (PAO2)
 11.24 8.94 7.94 8.01 20.75 34.9 22.14 20.18 32.29 26.34 25.54 26.2 24.17 43.37 45.65 36.46 27.51 25.61 33.16 28.57 27.7 30.72 16.86 23.61 23.03 16.87 22.96 26.45 24.78 17.23 18.01
Bra004878 (ERF34)
 0.92 0.27 0.81 0.8 5.9 6.62 5.23 6.12 8.11 5.44 6.01 5.77 4.09 11.79 15.49 7.54 5.45 6.06 8.71 6.58 4.42 5.23 3.33 8.93 8.49 1.42 7.91 5.95 8.67 5.93 9.59
Bra005751 (LCL1)
 2.68 1.99 3.05 5.17 9.29 22.44 18.4 11.89 17.88 15.34 19.32 12.33 16.3 37.44 35.04 26.49 22.37 21.55 25.73 23.24 26.72 22.76 7.88 21.08 20.85 15.7 18.53 13.63 14.92 8.59 15.28
Bra006782 (NPL1)
 5.9 2.78 3.22 4.44 16.27 20.79 9.7 7.63 16.33 12.42 13.1 11.63 8.66 21.79 26.05 15.82 14.25 10.65 17.94 13.56 11.34 12.81 4.86 15.53 16.35 12.22 12.57 16.92 18.25 10.59 12.07
18.58 10.71 12.36 11.95 45.8 44.69 34.11 26.84 32.63 31.57 34.5 28.91 35.93 51.0 46.15 37.64 33.67 35.49 42.09 36.72 32.16 32.84 23.87 47.25 44.59 25.76 40.05 32.27 36.73 27.62 34.15
Bra011758 (CYP81F3)
 3.12 1.93 1.66 0.95 11.8 17.56 6.35 3.09 9.32 6.36 6.93 6.73 3.09 16.02 16.16 13.56 11.55 9.04 17.65 11.62 9.21 8.7 4.37 13.43 13.45 6.8 9.02 9.68 12.47 6.91 4.54
2.44 1.31 1.22 2.75 14.06 11.29 10.41 6.24 9.56 8.01 11.49 8.95 7.06 20.89 21.7 16.95 10.32 13.3 10.39 9.43 6.52 7.06 7.18 10.6 10.16 8.12 7.36 12.62 12.81 8.04 11.24
Bra012961 (HAG1)
 4.28 0.76 0.23 0.78 8.34 9.15 5.91 3.81 22.62 15.18 14.54 13.97 12.53 24.93 31.92 19.38 12.91 12.26 18.88 19.69 10.89 15.63 6.45 15.68 18.71 13.81 15.06 13.01 13.53 11.22 15.57
Bra013049 (UBC29)
 27.4 18.73 14.08 8.75 67.75 100.74 60.01 30.63 64.65 53.65 64.77 61.22 43.18 136.62 121.15 101.74 61.35 55.01 108.42 75.0 91.25 69.84 39.78 78.87 67.89 65.04 57.96 64.97 53.8 34.59 24.03
Bra013324 (IPGA1)
 2.62 2.51 2.8 3.3 10.16 8.5 6.82 8.76 8.5 6.8 7.78 7.15 8.98 12.25 11.24 7.71 5.6 7.49 7.22 6.27 6.32 6.21 2.45 5.42 5.15 4.79 5.32 4.63 5.79 5.06 4.97
Bra014127 (DHNAT1)
 9.15 8.6 11.44 6.14 27.33 22.04 11.47 9.06 26.85 14.65 12.82 12.55 12.53 27.07 29.64 17.6 10.68 11.53 15.4 16.16 6.42 17.57 31.66 24.45 25.89 18.84 22.01 20.48 25.09 18.46 14.15
Bra016517 (IAA22)
 1.88 1.31 1.47 2.05 2.59 5.7 3.13 2.72 4.77 3.14 4.1 3.64 2.06 6.71 8.51 3.77 2.64 3.31 5.09 4.29 3.23 2.74 0.97 3.08 3.38 2.28 2.9 3.89 5.14 2.49 2.46
Bra017191 (NAKR2)
 4.74 2.12 2.46 4.07 9.15 17.3 7.32 7.66 8.23 6.16 7.57 7.38 9.02 17.84 22.54 10.06 6.92 8.66 13.34 9.59 8.78 9.18 3.01 10.84 10.95 6.22 9.13 10.35 12.7 6.76 10.0
2.99 2.61 1.32 2.9 9.88 13.41 8.82 8.39 10.77 7.67 7.36 8.78 10.73 15.91 18.22 10.22 9.15 13.26 11.63 7.95 6.73 9.49 3.93 9.86 9.39 6.52 8.22 7.14 7.56 6.42 9.95
26.64 32.69 41.32 32.2 42.47 54.02 36.64 33.84 42.04 41.05 41.77 39.04 40.83 67.82 68.56 47.26 39.71 47.13 45.69 44.38 38.24 45.15 26.19 48.6 47.34 42.69 48.54 44.82 51.32 41.79 46.47
2.15 2.38 2.61 2.35 6.94 7.08 4.23 3.83 4.56 4.7 4.81 4.22 4.4 7.69 8.34 6.61 6.06 6.64 6.65 5.32 4.98 4.27 3.55 6.15 6.19 3.03 6.98 5.75 6.28 5.11 5.91
3.01 2.65 2.61 3.5 16.17 14.91 9.78 9.6 16.65 11.58 12.85 11.62 7.61 20.36 17.5 11.39 10.55 13.32 11.68 11.52 10.2 9.85 5.52 12.42 12.7 9.5 11.97 14.13 16.89 10.57 10.68
Bra020032 (MAGL16)
 2.64 2.69 4.47 3.56 8.71 7.97 6.63 6.28 8.94 10.76 6.46 8.43 6.96 14.05 11.95 9.82 9.67 6.07 9.79 8.38 9.31 6.51 3.27 7.02 6.95 4.59 7.12 8.72 9.26 6.79 7.85
51.38 52.07 47.67 36.31 129.31 135.74 105.12 84.44 102.14 109.37 94.01 102.87 121.45 172.83 194.0 107.72 98.09 129.99 137.43 131.74 123.64 132.12 109.36 142.22 116.96 88.59 126.94 87.18 88.96 64.52 76.0
Bra022325 (ASPG1)
 25.55 30.76 29.69 20.96 106.86 88.47 55.95 46.37 102.61 78.55 64.23 79.66 37.22 136.87 101.3 76.98 62.21 55.34 92.96 71.56 68.03 59.63 39.25 73.15 64.81 37.96 68.45 68.8 74.14 63.04 37.86
1.84 0.76 1.11 0.95 9.54 9.06 7.18 6.4 7.08 6.26 5.98 5.79 6.39 13.54 14.01 8.96 6.37 9.08 8.86 8.01 6.22 5.61 5.38 10.57 10.56 5.55 8.33 10.5 9.32 6.56 7.08
Bra023087 (PGP1)
 6.2 5.65 5.74 4.68 18.74 14.29 8.88 9.58 13.39 10.79 12.64 13.5 11.27 18.91 18.55 13.42 9.81 14.42 13.73 13.76 12.79 12.18 8.04 10.87 12.15 9.37 12.36 10.78 11.39 10.99 12.39
Bra023169 (AK-HSDH)
 47.41 35.16 30.78 26.41 39.64 53.92 24.74 21.55 43.64 38.19 38.04 34.08 25.87 64.34 74.31 43.09 33.32 25.17 49.95 38.15 37.29 43.31 12.87 51.71 52.07 42.73 46.53 40.5 46.81 32.66 35.23
Bra024150 (VSP3)
 9.49 4.06 5.69 6.6 25.81 27.51 18.06 13.96 32.05 23.5 26.19 21.04 21.82 36.95 29.77 21.04 14.89 8.9 15.32 19.85 20.62 17.33 12.2 16.67 14.63 15.53 17.03 21.23 23.52 14.82 13.32
Bra024749 (KCS5)
 15.51 18.2 22.2 20.49 74.31 62.14 46.81 35.73 72.64 66.57 67.95 66.22 48.42 98.81 96.26 61.55 66.63 43.81 53.58 56.33 56.6 56.58 14.1 58.55 54.85 41.93 57.03 43.72 52.58 39.62 40.61
Bra025523 (DRB5)
 1.69 1.94 2.15 1.43 6.04 12.47 4.61 4.03 5.69 4.51 4.47 4.03 5.63 14.22 15.02 7.65 5.35 5.08 10.28 7.67 8.41 6.3 4.4 7.78 6.9 4.5 5.67 6.62 6.4 4.32 3.74
Bra025819 (LTI45)
 39.16 23.4 40.25 74.8 264.8 279.35 136.86 110.34 196.76 195.38 200.51 178.68 131.5 393.38 443.03 236.95 165.79 106.91 204.27 198.28 181.25 171.57 240.18 286.53 251.73 245.11 177.43 148.43 156.13 92.19 96.61
Bra025904 (PPRT3)
 2.36 1.34 1.97 1.18 5.39 6.55 2.86 2.6 6.18 4.18 3.86 4.26 3.77 8.38 8.97 4.06 2.91 6.3 5.29 4.23 3.04 4.94 2.82 3.73 3.99 3.33 4.39 4.52 5.53 4.28 4.5
5.58 5.42 6.08 5.32 10.89 13.48 12.91 11.98 14.37 12.38 13.03 12.46 9.7 16.54 20.09 15.03 13.76 14.64 17.76 16.66 12.94 12.99 8.64 14.24 15.76 11.93 14.8 14.17 12.57 8.89 9.47
15.01 12.74 14.89 15.38 32.44 37.43 25.33 18.74 24.69 25.01 25.48 23.44 21.85 37.95 46.94 36.23 26.91 25.92 31.87 33.18 24.93 30.37 30.58 28.39 28.55 23.92 27.57 31.54 35.31 25.92 24.45
Bra028599 (FLC)
 51.95 36.41 33.61 26.37 67.98 91.54 64.99 57.47 113.34 82.88 92.72 75.64 66.89 125.92 145.16 96.21 82.2 67.36 103.18 92.45 83.63 93.94 50.06 87.19 88.0 72.38 85.8 77.74 98.21 73.34 83.71
Bra028971 (WRKY20)
 0.86 0.41 1.12 0.47 3.06 2.63 2.08 1.73 2.19 2.19 1.98 2.14 1.85 4.58 4.44 3.04 2.25 2.58 2.37 2.32 2.15 2.67 1.81 1.93 2.52 1.27 1.69 2.71 2.71 1.82 1.69
Bra029288 (BAG2)
 1.47 1.04 0.77 1.23 12.12 10.54 7.57 6.11 10.75 9.05 9.43 9.21 7.49 15.71 15.07 10.01 7.65 11.54 9.59 9.8 7.62 8.42 1.87 9.84 7.75 4.01 7.17 6.69 9.87 6.61 10.14
Bra030028 (PUB6)
 1.41 1.35 1.17 1.22 3.62 5.37 3.4 2.11 3.85 3.35 3.01 2.76 2.46 6.13 6.79 4.87 3.97 4.14 4.02 4.31 3.15 3.53 2.92 3.71 3.41 2.09 3.32 3.52 4.79 2.76 3.16
0.41 0.23 0.6 0.19 2.23 2.01 1.48 1.01 1.42 1.26 1.89 1.34 1.1 2.69 2.75 2.01 1.75 1.1 1.7 1.72 1.42 1.37 1.11 1.98 2.26 1.67 1.65 1.23 1.5 0.91 1.04
Bra032708 (IIL1)
 46.04 45.07 35.72 39.54 98.36 125.04 68.29 69.57 116.02 93.88 100.98 90.95 69.44 180.31 181.12 132.23 97.18 94.4 115.38 104.73 104.42 130.71 103.29 150.01 143.76 120.17 135.24 111.46 109.37 69.83 89.74
22.39 17.68 20.4 17.87 34.69 41.3 29.07 26.24 28.04 26.44 26.29 23.78 28.9 36.32 41.74 33.29 30.46 29.46 33.94 33.1 31.15 33.57 26.64 31.74 33.67 23.34 28.66 31.37 29.95 23.28 24.63
235.63 167.96 159.11 123.04 516.45 424.66 275.26 183.34 413.75 339.93 381.72 354.18 338.4 469.55 548.09 397.76 331.33 369.09 484.86 386.79 373.13 416.06 517.09 509.05 478.9 381.52 445.02 399.61 408.11 282.49 220.21
2.5 2.66 3.09 3.93 5.19 6.27 4.91 2.89 9.06 6.7 6.81 6.86 5.75 16.32 16.79 7.89 5.47 3.55 7.44 7.27 8.35 6.75 5.55 10.17 8.46 7.89 8.51 8.23 10.64 4.96 7.49
6.78 5.88 6.42 6.03 11.92 13.74 10.08 10.36 11.78 11.47 11.38 11.1 12.21 16.88 21.03 14.32 13.63 13.84 13.26 13.69 10.75 12.84 8.74 12.29 13.41 9.83 13.2 10.87 11.89 8.4 10.0
Bra034718 (BRG3)
 14.17 15.01 10.08 9.87 15.66 31.75 17.2 6.67 21.1 18.28 18.91 16.99 12.01 34.96 39.83 25.57 18.54 11.01 25.17 19.64 17.06 21.16 4.38 24.02 22.45 9.52 20.68 12.3 16.44 10.44 15.14
Bra034752 (FDM3)
 2.56 2.83 2.45 2.36 6.96 7.3 4.54 4.11 6.5 5.78 5.46 5.23 4.8 8.95 8.96 6.52 5.54 5.44 5.66 6.39 5.15 5.85 4.09 5.7 5.23 3.33 4.43 5.61 6.5 4.73 6.55
Bra035446 (NAT2)
 12.42 9.18 11.64 16.26 56.47 85.26 41.49 37.81 57.25 43.81 48.91 47.9 37.37 75.86 79.93 50.44 37.19 58.69 52.93 45.73 50.06 45.27 39.98 58.24 54.05 43.36 50.82 72.94 71.82 46.7 55.14
Bra036647 (ASP4)
 3.33 3.56 3.05 2.96 13.4 13.81 9.85 13.31 16.66 12.42 14.04 14.56 12.26 26.03 23.85 11.98 11.84 10.5 15.44 12.32 13.63 13.72 6.76 10.22 11.45 8.38 9.92 9.97 10.97 8.42 9.5
1.81 1.92 2.04 1.39 3.69 4.48 1.84 1.61 4.56 4.27 3.99 4.19 2.54 7.38 7.51 3.29 3.43 2.97 3.38 3.61 3.69 3.72 2.12 4.04 4.32 3.66 3.83 3.73 4.62 4.48 4.65
Bra037972 (BG3)
 2.01 1.3 1.9 1.99 2.47 2.76 1.8 1.82 4.42 3.36 5.57 5.17 2.47 4.82 6.23 6.63 3.23 3.89 4.71 4.69 4.03 3.4 2.45 4.16 3.98 2.98 3.79 3.5 4.14 3.45 3.52
Bra038946 (PUP3)
 53.63 52.28 59.15 47.21 66.73 73.62 51.66 51.82 69.94 60.44 70.3 67.49 63.64 98.38 107.63 70.4 58.0 70.43 73.23 73.26 56.3 67.26 54.19 62.26 63.9 57.56 63.43 61.34 70.84 70.46 83.78
Bra039142 (NOK)
 0.11 0.01 0.1 0.11 3.84 2.71 1.32 0.66 2.75 2.36 2.72 2.18 1.44 4.98 6.22 2.89 3.02 2.42 3.03 3.14 2.13 2.47 1.21 1.78 1.55 0.81 1.68 1.39 2.01 1.19 1.26
Bra039237 (LAP1)
 12.55 9.35 11.11 9.35 35.13 28.1 16.53 15.61 25.88 28.48 24.56 24.15 20.45 39.08 40.17 25.61 22.13 28.92 30.67 21.85 19.95 26.47 21.53 21.23 20.06 15.19 19.32 22.62 22.28 24.69 26.85
3.46 4.64 5.99 7.92 15.64 32.72 11.77 11.49 18.57 13.2 16.02 18.19 14.15 36.43 34.37 13.95 13.65 17.49 20.58 14.38 14.93 14.31 9.49 16.44 18.34 14.86 15.35 20.79 23.04 9.34 13.1

Details

Raw expression values (TPM normalized), Green cells indicate low expression and red high. (Dark gray cells indicate missing values)