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Heatmap: Cluster_226 (Brassica rapa (Bra) Coexpression Clusters (HCCA Algorithm))

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(Values are log2 transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

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Gene
Light: 268 uE m-2 s-1
Light: 202.5 uE m-2 s-1 (Control)
Light: 135 uE m-2 s-1
Light: 67.5 uE m-2 s-1
Photoperiod: L24
Photoperiod: L20D4 (Control)
Photoperiod: L12D12
Photoperiod: L8D16
RBW: 4:1:1 (Control)
RBW: 4:1:0
RBW: 3:1:1
RBW: 3:1:0
Nitrogen: 0%
Nitrogen: 25%
Nitrogen: 50%
Nitrogen: 100% (Control)
Nitrogen: 150%
Phosphorous: 0%
Phosphorous: 25%
Phosphorous: 50%
Phosphorous: 100% (Control)
Phosphorous: 150%
Potassium: 0%
Potassium: 25%
Potassium: 50%
Potassium: 100% (Control)
Potassium: 150%
Temperature: 20°C
Temperature: 25°C (Control)
Temperature: 30°C
Temperature: 35°C
Bra000954 (STE24)
 -0.06 0.56 0.3 -0.32 0.89 0.88 -1.02 -1.32 -0.49 -0.33 -0.56 -0.94 -0.22 0.69 0.72 0.19 -0.14 -0.21 -0.81 -0.37 -1.04 -0.77 1.73 -0.46 -0.41 -0.51 -0.17 -0.37 -0.13 -0.24 -0.22
Bra002054 (AP19)
 0.17 0.39 0.13 0.13 0.83 0.5 -0.13 -0.22 -0.18 -0.02 -0.31 -0.25 0.11 0.49 0.32 -0.21 -0.44 -0.26 -0.44 -0.16 -0.23 -0.07 0.66 -0.23 -0.32 -0.33 -0.32 0.01 -0.16 -0.39 -0.36
-0.56 -0.0 -0.23 -1.07 1.69 1.33 -1.35 -2.79 -0.41 0.32 -0.59 -0.75 -1.99 0.54 1.0 -0.67 -0.18 0.57 -0.16 -0.63 -0.68 0.45 1.69 -0.14 -0.53 -0.84 -0.52 -0.95 -0.46 -0.84 -1.53
-0.13 -0.07 -0.65 -0.91 0.98 0.89 -1.02 -1.01 -0.87 -0.21 -0.69 -0.93 -0.4 0.52 0.16 0.17 -0.32 -0.23 -0.46 -0.48 -0.58 -0.49 1.74 0.03 0.07 -0.08 0.05 -0.15 0.34 0.21 -0.05
-0.3 -0.02 -0.11 -0.18 0.66 0.56 -0.44 -0.46 -0.36 -0.25 -0.36 -0.41 -0.25 0.38 0.69 0.23 -0.04 -0.16 -0.04 -0.06 -0.29 0.07 0.95 -0.25 -0.17 0.12 -0.07 -0.19 -0.15 -0.21 -0.38
Bra004761 (FPA)
 -0.01 0.03 0.08 0.13 0.4 0.53 -0.02 -0.13 -0.33 -0.26 -0.21 -0.24 -0.21 0.37 0.38 0.13 0.05 -0.88 -0.28 -0.12 -0.02 -0.25 1.0 -0.08 -0.19 0.09 -0.22 -0.25 -0.2 -0.31 -0.21
Bra007911 (ENT1)
 0.21 0.4 0.51 -0.03 0.63 0.37 -0.89 -0.92 0.08 -0.01 -0.16 -0.1 -0.49 0.41 0.55 -0.3 -0.47 0.19 -0.25 -0.45 -0.15 -0.15 0.54 -0.41 -0.49 -0.02 -0.26 0.09 0.28 0.08 -0.5
Bra008389 (HAC1)
 0.1 -0.12 -0.27 -0.38 0.67 0.71 -0.61 -0.91 0.02 -0.57 -0.24 -0.34 -0.86 0.46 0.36 -0.3 -0.43 -0.37 -0.31 0.04 -0.45 -0.11 0.69 -0.19 -0.08 -0.14 0.19 0.25 0.57 0.38 0.24
-0.17 -0.22 -0.13 0.11 0.42 0.51 -0.58 -0.59 -0.18 -0.27 -0.08 -0.06 -0.38 0.29 0.28 -0.04 -0.36 -0.19 -0.22 0.0 -0.12 -0.41 1.12 -0.33 -0.13 0.14 -0.21 0.03 0.26 0.04 0.13
-0.02 -0.14 -0.33 -0.12 0.45 0.59 -0.14 -0.28 -0.17 -0.2 -0.28 -0.37 -0.29 0.34 0.53 0.15 0.01 -0.54 -0.21 -0.04 -0.07 -0.19 0.78 -0.05 -0.05 -0.21 -0.1 0.16 0.16 -0.29 -0.08
-1.27 -1.39 -0.47 -1.26 0.81 0.56 -0.46 -0.3 -0.14 -0.05 -0.17 0.0 0.32 1.08 0.9 0.27 -0.2 0.02 -0.14 0.28 0.15 0.22 0.93 -0.31 -0.36 -0.23 -0.53 -0.13 -0.31 -0.96 -0.88
0.14 0.08 0.36 0.15 0.45 0.52 -0.46 -0.61 -0.21 -0.26 -0.35 -0.32 -0.55 0.21 0.33 -0.12 -0.33 -0.56 -0.38 -0.3 -0.49 -0.27 0.82 -0.07 -0.05 -0.14 -0.09 0.2 0.43 0.28 0.18
Bra011204 (INB2A)
 -0.63 -0.52 -0.07 -0.77 0.96 1.04 -0.23 -0.97 -0.24 -0.28 -0.27 -0.77 -0.61 0.5 0.8 0.21 0.08 -0.46 0.02 0.33 -0.03 0.26 1.08 -0.3 -0.13 -1.14 -0.32 -0.41 0.0 -0.27 -0.35
Bra011320 (Phox4)
 -0.21 -0.29 0.12 0.38 0.7 0.82 -0.09 -0.21 -0.51 -0.19 -0.43 -0.68 0.13 0.27 0.31 0.11 0.16 -0.06 -0.36 -0.31 -0.34 -0.17 0.76 -0.4 -0.33 0.23 -0.48 -0.33 0.07 -0.14 -0.08
Bra013358 (HSF A4A)
 0.02 0.1 -0.04 -0.72 0.96 1.26 -0.4 -0.66 0.1 -0.55 -0.99 -0.17 -2.98 0.64 0.62 -0.71 -1.18 -0.37 -0.19 -0.6 -0.59 -0.48 1.47 -0.45 -0.64 -1.16 -0.73 0.48 0.71 0.78 -0.81
Bra016120 (HGPT)
 0.38 0.78 0.42 0.27 1.22 0.99 -0.64 -1.09 -0.83 -0.36 -0.95 -0.44 -0.61 0.19 0.65 -0.17 -0.45 -0.21 -1.39 -0.34 -0.99 -0.22 1.54 -0.35 -0.06 -0.36 -0.47 -0.3 -0.02 -1.01 -0.81
-0.47 -0.76 -1.21 -1.42 0.71 0.72 -0.39 -0.65 0.02 0.06 -0.03 -0.18 0.42 0.79 0.75 0.23 0.08 -0.32 -0.32 -0.12 0.06 0.19 0.77 -0.25 -0.11 -0.42 -0.1 -0.01 -0.14 -0.34 -0.37
0.0 -0.18 -0.16 0.01 0.39 0.37 -0.06 0.03 -0.27 -0.18 -0.25 -0.29 -0.07 0.22 0.3 0.08 -0.09 -0.2 -0.08 -0.15 -0.14 -0.27 0.44 -0.04 0.01 -0.08 -0.03 0.23 0.11 -0.09 0.02
Bra017436 (VAC1)
 -0.09 -0.2 -0.34 -0.55 0.55 0.51 -0.13 -0.63 0.08 0.08 0.01 -0.1 -0.34 0.28 0.44 0.18 0.02 -0.18 -0.06 0.04 -0.18 0.13 0.21 -0.04 0.11 -0.44 0.08 0.01 0.02 -0.16 -0.06
-0.11 0.28 0.27 0.01 0.56 0.36 -0.68 -0.61 -0.22 -0.31 -0.43 -0.33 -0.34 0.44 0.72 -0.18 -0.52 -0.19 -0.29 -0.58 -0.54 -0.43 0.93 -0.05 -0.17 -0.21 -0.04 0.03 0.37 0.24 0.2
Bra017505 (AAD5)
 0.19 0.95 0.54 -0.87 1.53 1.78 -0.74 -2.74 -0.44 -0.22 -0.95 -0.21 -1.2 0.11 0.99 -0.49 -0.34 -0.52 -0.58 -1.16 -1.08 0.72 2.1 -1.11 -1.85 -3.67 -1.62 -1.5 -1.14 -0.9 -2.67
Bra017506 (AAD5)
 0.19 0.95 0.54 -0.87 1.53 1.78 -0.74 -2.74 -0.44 -0.22 -0.95 -0.21 -1.2 0.11 0.99 -0.49 -0.34 -0.52 -0.58 -1.16 -1.08 0.72 2.1 -1.11 -1.85 -3.67 -1.62 -1.5 -1.14 -0.9 -2.67
Bra017507 (AAD5)
 0.19 0.95 0.54 -0.87 1.53 1.78 -0.74 -2.74 -0.44 -0.22 -0.95 -0.21 -1.2 0.11 0.99 -0.49 -0.34 -0.52 -0.58 -1.16 -1.08 0.72 2.1 -1.11 -1.85 -3.67 -1.62 -1.5 -1.14 -0.9 -2.67
Bra017841 (ACA2)
 -1.25 -0.32 0.29 -1.65 0.97 0.99 -0.65 -1.2 -0.68 -0.07 -0.68 -0.8 0.19 0.17 0.71 0.97 0.46 -0.0 -0.14 -0.14 -0.47 0.03 1.71 -0.23 -0.35 -0.86 -0.74 -0.43 -0.55 -0.66 -0.92
Bra018709 (MAIL3)
 0.24 0.53 0.43 -0.38 0.84 0.83 -0.88 -0.67 -0.57 -0.9 -0.95 -0.97 -0.37 0.52 0.75 -0.07 -0.67 -0.28 -0.28 -0.68 -0.8 -0.53 1.25 -0.43 -0.33 -0.01 -0.31 0.29 0.38 0.17 -0.12
0.42 0.77 0.13 0.14 0.58 0.39 -0.34 -0.14 -0.03 -0.38 -0.29 -0.26 -0.15 0.57 0.36 -0.36 -0.38 -0.13 -0.24 -0.58 -0.36 -0.24 0.94 -0.22 -0.33 -0.45 -0.35 -0.23 0.07 -0.38 -0.3
Bra019147 (FFT)
 -0.69 0.0 -0.08 -0.37 0.83 0.98 -0.1 -0.4 -0.17 -0.06 -0.23 -0.35 -0.63 0.65 0.85 0.47 0.05 -0.47 -0.12 -0.11 -0.27 0.14 1.22 -0.6 -0.61 -1.02 -0.58 -0.3 -0.19 -0.29 -1.06
-0.63 0.3 0.24 -0.52 1.54 0.83 -1.36 -1.56 -0.74 -0.49 -0.73 -0.5 -1.57 0.92 0.98 -0.44 -0.73 0.05 -0.17 -0.35 -0.51 -0.47 1.3 -0.58 -1.01 0.04 -0.75 -0.49 0.15 0.83 -0.53
Bra020905 (CPL1)
 -0.29 -0.45 -0.27 -0.63 0.97 1.02 -0.17 0.34 -0.54 -0.31 -1.08 -0.91 -0.02 0.73 0.8 0.37 -0.09 -0.03 -0.29 0.01 -0.27 -0.29 0.88 -0.33 -0.66 -0.29 -0.29 -0.24 -0.13 -0.36 -0.28
Bra021759 (EVR)
 -0.31 0.19 0.61 -0.81 1.58 1.36 -1.49 -2.18 0.07 -0.49 -0.85 -0.38 -2.77 0.08 0.79 -0.22 -0.62 -0.83 -0.72 -0.86 -1.09 -0.27 1.78 -0.63 -0.92 -0.82 -0.72 0.06 0.34 0.89 -1.46
Bra022100 (PBL19)
 0.43 0.7 1.04 -0.11 1.07 1.16 -0.17 -0.91 -0.9 -0.66 -2.04 -0.03 -0.05 0.67 1.29 -0.56 0.64 0.42 -0.64 -1.94 -0.62 0.03 1.91 -1.45 -3.34 -2.01 -2.11 -2.64 -1.91 -1.37 -2.14
Bra022827 (TBL40)
 0.8 0.2 0.92 0.14 2.2 1.86 -1.87 -2.31 -0.46 0.01 0.04 -1.17 -1.44 0.88 0.63 -0.76 -0.36 -1.8 -0.77 -2.09 -0.54 -0.55 1.96 -2.02 -2.24 -2.56 -2.23 -1.61 -1.78 -2.71 -3.46
Bra023258 (HSFA1D)
 -0.01 0.24 0.18 0.4 0.72 0.59 -0.66 -1.06 -1.01 -0.25 -0.31 -0.49 0.25 0.18 0.96 0.16 0.36 0.01 -0.64 -0.62 -0.62 -0.27 1.21 -0.1 -0.18 -0.36 -0.25 -0.59 -0.32 -0.58 -0.12
Bra024058 (INB2A)
 -0.73 -1.04 0.23 -0.83 0.69 0.73 -0.27 -0.54 -0.16 -0.14 0.07 -0.19 -0.4 0.64 0.97 0.55 -0.05 -0.38 -0.02 0.05 -0.1 0.2 1.21 -0.26 -0.64 -1.24 -0.52 -0.49 -0.1 -0.17 -0.65
0.08 0.39 0.23 -0.51 0.62 0.56 -0.17 -0.3 -0.07 -0.15 -0.12 -0.62 0.09 0.83 0.69 0.05 -0.19 0.31 -0.19 -0.09 -0.18 -0.23 1.02 -0.68 -0.44 -1.11 -0.71 -0.32 -0.41 -0.46 -0.51
-0.05 -0.7 -0.38 -0.76 0.56 0.5 -0.22 0.03 -0.32 -0.13 -0.21 -0.79 0.22 0.53 0.48 0.27 0.09 -0.06 -0.11 -0.11 -0.32 -0.06 0.79 -0.18 -0.12 -0.39 -0.06 0.13 0.05 -0.09 -0.06
-0.42 -0.31 -0.47 -0.38 0.65 0.84 -0.51 -0.9 0.07 -0.39 -0.19 -0.18 -0.84 0.32 0.46 -0.06 -0.18 -0.44 -0.02 0.12 -0.02 0.15 0.59 0.15 -0.01 0.07 0.08 0.1 0.32 -0.16 -0.1
0.19 0.2 0.35 -0.03 0.8 0.8 -0.5 -0.45 -0.01 -0.28 -0.36 -0.28 -0.21 0.69 0.64 -0.16 -0.26 0.25 0.12 -0.0 -0.18 0.12 0.73 -0.47 -0.92 -0.9 -0.68 -0.61 -0.21 -0.35 -0.47
Bra026001 (CWC16b)
 0.01 0.13 -0.25 -0.16 0.61 0.62 -0.18 -0.18 -0.18 -0.34 -0.35 -0.51 -0.37 0.24 0.5 -0.12 -0.12 -0.36 0.01 -0.05 -0.25 -0.1 0.71 0.07 0.06 -0.03 -0.19 0.13 0.13 -0.26 -0.25
0.1 0.43 0.27 0.04 0.66 0.34 -0.47 -0.53 0.09 0.14 -0.28 -0.19 -0.02 0.54 0.53 -0.2 -0.47 -0.05 -0.22 -0.38 -0.34 -0.14 0.57 -0.29 -0.32 -0.5 -0.36 0.1 0.18 -0.3 -0.27
Bra028840 (PCRK2)
 -0.89 0.44 1.05 -0.86 1.36 1.21 -1.24 -2.2 -0.62 -0.78 -1.42 -0.29 -2.88 1.1 0.75 -0.53 -1.26 -1.12 -0.56 -1.1 -0.86 -0.55 1.94 0.05 -0.02 -0.9 -0.49 -0.08 0.25 0.12 -1.74
Bra028877 (NAK)
 -0.35 -0.11 0.58 0.05 0.94 0.73 -0.79 -1.05 -0.18 -0.31 -0.49 -0.37 -0.89 0.98 0.9 -0.16 -0.56 -0.2 -0.48 -0.4 -0.58 -0.47 1.5 -0.63 -0.67 -0.05 -0.59 0.04 0.09 -0.02 -1.2
Bra029105 (MAKR5)
 -1.63 -1.14 -0.39 -0.74 0.43 0.77 -0.46 -1.63 -0.73 -0.98 -1.1 -0.64 -0.42 1.03 0.88 0.17 -0.07 0.62 0.48 0.16 0.17 -0.14 1.39 -0.33 -0.25 -0.05 -0.16 -0.04 -0.18 0.05 -0.42
Bra029273 (ATS3B)
 -0.01 -0.07 -0.27 -0.7 0.63 0.87 -0.85 -1.43 -0.09 -0.38 -0.46 0.22 -1.18 0.76 1.08 -0.3 -0.65 1.08 0.71 0.04 -0.57 -0.16 0.41 0.06 -0.32 -0.52 -0.72 -0.56 -0.67 -0.25 0.08
Bra029274 (ATS3B)
 -0.04 0.19 0.05 -0.44 0.99 1.37 -0.55 -1.3 0.14 -0.33 -0.35 0.13 -0.93 0.66 0.95 -0.4 -0.57 0.57 0.63 -0.18 -0.66 -0.23 0.45 -0.86 -0.74 -0.99 -0.73 -0.99 -0.54 -0.24 0.18
Bra029313 (NAC100)
 0.07 -1.05 -1.41 -2.79 0.58 1.68 0.05 -0.99 0.15 -0.2 -0.44 -0.63 -0.43 1.14 1.01 -0.19 -0.12 0.26 0.39 0.45 -0.24 0.01 0.31 -0.35 -0.35 -1.66 -0.5 -0.46 -0.18 -0.87 -0.22
-0.34 -0.07 -0.29 0.01 0.79 0.86 -0.08 0.06 -0.6 -0.71 -0.63 -0.74 -0.38 0.49 0.7 -0.17 -0.38 -0.73 -0.51 -0.17 -0.67 -0.55 1.3 -0.28 -0.08 0.2 -0.15 -0.25 0.34 -0.01 0.03
Bra030651 (TPS7)
 0.04 -0.06 -0.23 -0.17 0.44 0.47 0.12 0.12 -0.34 -0.12 -0.31 -0.27 0.03 0.25 0.21 0.22 0.12 -0.23 -0.14 -0.09 -0.21 -0.13 0.54 -0.16 -0.09 -0.27 -0.2 0.09 0.03 -0.14 -0.09
-1.46 -2.04 -1.12 -1.69 1.09 1.34 -0.95 -3.69 -1.44 0.06 -1.05 -0.99 -0.59 0.94 1.34 0.31 0.11 0.26 -0.1 -0.33 -0.72 -0.06 1.62 0.17 -0.08 -0.6 -0.12 -0.08 -0.12 -0.68 -0.29
0.26 0.43 0.39 -0.02 1.15 0.82 -0.47 -0.72 -0.02 -0.04 -0.12 -0.2 -0.52 0.54 0.55 -0.35 -0.38 -0.38 -0.4 -0.49 -0.3 -0.19 0.88 -0.46 -0.53 -0.67 -0.51 -0.14 0.14 -0.41 -0.59
-0.66 0.04 0.41 -1.28 1.15 1.02 -0.69 -1.43 -0.16 -0.33 -0.57 -0.33 -1.17 1.04 1.05 0.17 -0.31 -0.67 -0.13 -0.55 -0.48 -0.06 1.08 -0.25 -0.46 -0.18 -0.41 -0.17 -0.09 0.02 -0.63
Bra034623 (XLG2)
 -0.49 0.2 0.6 -0.09 1.02 1.31 -0.48 -1.06 -0.17 -0.41 -0.44 -0.37 -1.59 0.9 0.96 0.03 -0.19 -0.32 -0.07 -0.59 -0.7 -0.23 1.42 -0.73 -1.17 -0.5 -1.1 -0.46 -0.18 -0.04 -1.31
Bra035326 (RLK)
 -0.14 -0.06 -0.04 -1.31 0.26 0.28 -0.32 -0.21 0.26 0.12 -0.19 0.31 -1.64 0.22 0.2 -0.89 -0.8 -0.11 -0.03 -0.46 -0.46 0.02 1.49 -0.13 -0.26 -1.25 -0.36 0.35 0.54 0.76 -0.03
Bra036257 (AXR6)
 -0.04 0.0 -0.25 -0.24 0.33 0.28 -0.02 -0.14 -0.06 -0.02 -0.1 -0.12 0.04 0.38 0.39 0.12 -0.01 -0.1 -0.08 -0.02 -0.13 -0.02 0.5 -0.07 -0.05 -0.2 -0.08 -0.11 -0.14 -0.31 -0.13
Bra036450 (ELMOD_E)
 0.45 0.39 0.53 0.15 0.9 0.59 -0.32 -0.44 -0.3 -0.15 -0.24 -0.26 -0.76 0.53 0.41 -0.15 -0.47 -0.02 -0.15 -0.23 -0.13 -0.07 0.97 -0.32 -0.53 -0.59 -0.67 -0.32 -0.15 -0.43 -0.57
Bra036861 (CASPL5C2)
 -1.22 -0.14 -0.16 0.12 1.21 1.64 -0.99 -3.14 -0.89 -0.27 -0.58 -1.35 0.05 0.74 1.03 0.11 -0.17 0.52 -1.37 -0.97 -0.51 -0.63 1.55 -0.41 -0.37 0.58 -0.79 -0.69 -0.8 -1.29 -0.55
Bra037283 (NAC036)
 -0.5 0.71 0.33 -0.73 1.95 1.57 -1.74 -2.77 -1.13 -1.07 -1.11 -0.93 -2.57 1.08 1.08 -0.14 -0.56 -0.67 -0.59 -0.99 -1.71 -0.08 1.96 -0.98 -1.74 -0.94 -1.38 -0.88 -0.38 0.53 -2.45
Bra038058 (FAHD1a)
 -0.19 0.1 -0.01 -0.67 0.9 0.6 -0.31 -0.63 0.03 -0.01 -0.09 -0.08 -0.15 0.83 0.73 -0.01 -0.22 -0.03 -0.06 -0.04 -0.1 0.09 0.94 -0.67 -0.47 -0.68 -0.49 -0.08 -0.4 -0.5 -0.78
Bra038671 (NHL1)
 0.65 0.09 0.2 -0.78 1.58 1.94 -1.72 -1.24 -0.66 -0.23 0.15 -0.39 -1.11 0.15 0.79 -0.63 -0.12 -0.13 -0.31 -1.42 -0.47 -0.67 1.78 -0.63 -0.95 -1.35 -1.11 -0.57 -0.94 -1.05 -1.8
-1.3 -0.55 1.0 - 1.98 1.98 -1.86 -2.05 - 0.23 - -1.34 -1.54 -0.28 0.71 -2.05 1.02 -3.36 -0.82 -0.9 - 0.66 2.97 -1.1 - - -1.18 -0.99 -1.12 -1.54 -
Bra040073 (UGNT1)
 0.04 0.09 -0.02 -0.47 0.94 0.82 -0.35 -0.51 -0.23 -0.44 -0.48 -0.12 -0.5 0.73 0.79 0.33 -0.07 0.1 0.11 0.04 -0.5 0.17 1.01 -0.48 -0.56 -0.86 -0.82 -0.41 -0.31 -0.34 -0.68
Bra040167 (GATA26)
 -0.11 -0.11 -0.47 -0.88 0.79 1.09 -0.2 -0.85 0.07 -0.09 -0.36 -0.2 -0.63 0.43 0.6 -0.03 -0.06 -0.15 0.31 0.18 -0.17 0.37 0.59 -0.16 -0.27 -1.08 -0.31 -0.43 -0.12 -0.19 0.01

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.