1. Home
  2. Tools
  3. Expression Heatmap
  4. Results

Heatmap: Cluster_235 (Brassica rapa (Bra) Coexpression Clusters (HCCA Algorithm))

View as: (view raw or zlog-transformed)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Values are normalized against highest expression of the row)

 Transpose table  Download table
Gene
Light: 268 uE m-2 s-1
Light: 202.5 uE m-2 s-1 (Control)
Light: 135 uE m-2 s-1
Light: 67.5 uE m-2 s-1
Photoperiod: L24
Photoperiod: L20D4 (Control)
Photoperiod: L12D12
Photoperiod: L8D16
RBW: 4:1:1 (Control)
RBW: 4:1:0
RBW: 3:1:1
RBW: 3:1:0
Nitrogen: 0%
Nitrogen: 25%
Nitrogen: 50%
Nitrogen: 100% (Control)
Nitrogen: 150%
Phosphorous: 0%
Phosphorous: 25%
Phosphorous: 50%
Phosphorous: 100% (Control)
Phosphorous: 150%
Potassium: 0%
Potassium: 25%
Potassium: 50%
Potassium: 100% (Control)
Potassium: 150%
Temperature: 20°C
Temperature: 25°C (Control)
Temperature: 30°C
Temperature: 35°C
0.14 0.2 0.21 0.2 0.18 0.16 0.13 0.23 0.08 0.09 0.08 0.07 0.26 0.16 0.22 0.14 0.15 0.15 0.08 0.1 0.09 0.07 1.0 0.1 0.14 0.12 0.13 0.15 0.1 0.09 0.14
0.13 0.17 0.17 0.24 0.1 0.11 0.15 0.27 0.08 0.15 0.11 0.14 0.37 0.09 0.13 0.19 0.16 0.23 0.12 0.13 0.15 0.1 1.0 0.3 0.29 0.31 0.28 0.32 0.06 0.14 0.38
Bra000507 (FD3)
 0.03 0.03 0.03 0.06 0.0 0.01 0.05 0.13 0.02 0.02 0.03 0.02 0.18 0.03 0.09 0.04 0.03 0.05 0.01 0.02 0.03 0.02 1.0 0.11 0.11 0.13 0.11 0.1 0.04 0.07 0.1
Bra000929 (RPP1B)
 0.02 0.05 0.04 0.06 0.02 0.04 0.07 0.32 0.02 0.06 0.03 0.03 0.19 0.07 0.09 0.1 0.14 0.16 0.03 0.04 0.08 0.05 1.0 0.11 0.11 0.1 0.11 0.07 0.03 0.03 0.14
0.09 0.07 0.09 0.1 0.1 0.1 0.2 0.25 0.06 0.12 0.1 0.1 0.32 0.07 0.08 0.19 0.19 0.24 0.13 0.13 0.14 0.13 1.0 0.21 0.22 0.19 0.22 0.15 0.1 0.12 0.2
Bra001232 (NSN1)
 0.03 0.04 0.04 0.05 0.04 0.05 0.08 0.2 0.01 0.02 0.02 0.02 0.14 0.07 0.11 0.08 0.09 0.12 0.03 0.04 0.05 0.04 1.0 0.08 0.09 0.09 0.09 0.07 0.04 0.05 0.15
Bra001302 (SAC56)
 0.02 0.0 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.01 0.19 0.04 0.05 0.04 0.06 0.07 0.02 0.01 0.01 0.01 1.0 0.06 0.05 0.06 0.06 0.05 0.02 0.03 0.13
Bra002067 (PGIP1)
 0.01 0.0 0.04 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.0 0.08 0.02 0.0 0.01 0.0 0.04 0.02 0.01 0.06 0.0 0.02 0.0 0.02 1.0 0.0 0.0 0.01 0.01 0.0 0.0 0.06 0.04
0.19 0.21 0.23 0.19 0.23 0.23 0.16 0.25 0.15 0.13 0.13 0.13 0.29 0.28 0.3 0.23 0.2 0.22 0.16 0.15 0.17 0.15 1.0 0.21 0.23 0.21 0.24 0.23 0.2 0.18 0.31
Bra002429 (RER1)
 0.07 0.06 0.05 0.06 0.08 0.09 0.11 0.17 0.05 0.05 0.05 0.06 0.22 0.11 0.12 0.14 0.12 0.2 0.04 0.1 0.06 0.06 1.0 0.17 0.1 0.1 0.15 0.15 0.09 0.11 0.2
Bra002460 (RPL12C)
 0.01 0.0 0.0 0.01 0.01 0.02 0.06 0.1 0.02 0.02 0.02 0.02 0.24 0.04 0.05 0.08 0.08 0.12 0.02 0.03 0.03 0.04 1.0 0.03 0.04 0.03 0.03 0.03 0.01 0.02 0.09
0.02 0.02 0.02 0.03 0.04 0.06 0.06 0.12 0.04 0.05 0.04 0.04 0.24 0.08 0.12 0.11 0.08 0.16 0.05 0.06 0.09 0.06 1.0 0.08 0.06 0.07 0.06 0.05 0.03 0.04 0.08
0.02 0.06 0.05 0.08 0.02 0.04 0.1 0.18 0.02 0.04 0.02 0.03 0.46 0.07 0.13 0.19 0.15 0.36 0.06 0.06 0.07 0.07 1.0 0.1 0.11 0.14 0.12 0.08 0.02 0.04 0.19
0.06 0.04 0.04 0.03 0.09 0.09 0.07 0.14 0.02 0.03 0.02 0.03 0.14 0.11 0.13 0.1 0.09 0.18 0.03 0.05 0.06 0.06 1.0 0.06 0.05 0.04 0.06 0.04 0.03 0.03 0.11
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.02 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 0.11 0.08 0.07 0.09 0.06 0.05 0.04 0.11
Bra004376 (CM3)
 0.05 0.04 0.06 0.1 0.03 0.05 0.05 0.07 0.02 0.06 0.05 0.06 0.12 0.04 0.05 0.06 0.11 0.15 0.09 0.04 0.08 0.04 1.0 0.07 0.11 0.09 0.12 0.09 0.05 0.09 0.16
Bra004458 (DIM1A)
 0.14 0.16 0.16 0.18 0.1 0.15 0.18 0.39 0.06 0.07 0.05 0.04 0.32 0.14 0.17 0.14 0.14 0.12 0.04 0.1 0.07 0.1 1.0 0.13 0.11 0.17 0.11 0.13 0.11 0.14 0.2
Bra006661 (ELONGATION FACTOR-TU FAMILY)
 0.09 0.15 0.12 0.19 0.08 0.12 0.17 0.31 0.08 0.12 0.11 0.12 0.44 0.16 0.18 0.33 0.24 0.25 0.11 0.18 0.23 0.16 1.0 0.22 0.28 0.21 0.22 0.22 0.12 0.14 0.26
0.06 0.11 0.11 0.14 0.1 0.09 0.12 0.14 0.03 0.04 0.04 0.03 0.25 0.07 0.09 0.14 0.12 0.14 0.05 0.06 0.08 0.06 1.0 0.13 0.09 0.14 0.13 0.08 0.04 0.06 0.21
0.08 0.1 0.07 0.17 0.08 0.12 0.16 0.21 0.04 0.04 0.03 0.05 0.24 0.14 0.2 0.16 0.12 0.2 0.06 0.1 0.08 0.07 1.0 0.17 0.2 0.22 0.16 0.15 0.06 0.08 0.21
Bra008463 (IMD2)
 0.26 0.37 0.38 0.34 0.28 0.3 0.32 0.42 0.23 0.35 0.34 0.34 0.64 0.27 0.39 0.45 0.43 0.46 0.29 0.35 0.38 0.36 1.0 0.47 0.48 0.47 0.47 0.49 0.27 0.32 0.45
0.06 0.09 0.13 0.14 0.07 0.09 0.1 0.21 0.04 0.06 0.04 0.05 0.29 0.08 0.14 0.17 0.17 0.11 0.05 0.08 0.09 0.07 1.0 0.16 0.18 0.19 0.18 0.13 0.06 0.08 0.22
0.03 0.05 0.07 0.08 0.06 0.07 0.15 0.19 0.03 0.08 0.04 0.06 0.41 0.06 0.13 0.15 0.16 0.18 0.06 0.08 0.15 0.08 1.0 0.15 0.14 0.18 0.17 0.11 0.04 0.06 0.18
0.14 0.17 0.2 0.12 0.13 0.16 0.17 0.36 0.11 0.08 0.08 0.08 0.26 0.2 0.35 0.18 0.13 0.25 0.1 0.17 0.12 0.08 1.0 0.2 0.2 0.22 0.2 0.27 0.14 0.23 0.33
Bra010435 (emb1027)
 0.03 0.04 0.03 0.03 0.06 0.05 0.02 0.05 0.02 0.01 0.01 0.02 0.1 0.11 0.1 0.04 0.04 0.04 0.02 0.02 0.03 0.02 1.0 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.06
Bra012012 (PGY1)
 0.2 0.25 0.31 0.25 0.17 0.15 0.17 0.28 0.08 0.11 0.11 0.09 0.35 0.19 0.22 0.2 0.19 0.23 0.1 0.13 0.14 0.15 1.0 0.2 0.2 0.22 0.24 0.22 0.15 0.16 0.25
Bra012013 (FD3)
 0.06 0.07 0.1 0.06 0.05 0.05 0.06 0.11 0.07 0.05 0.07 0.05 0.35 0.07 0.15 0.11 0.07 0.25 0.08 0.06 0.05 0.06 1.0 0.1 0.14 0.13 0.14 0.09 0.11 0.16 0.16
0.02 0.03 0.06 0.06 0.08 0.08 0.1 0.21 0.05 0.06 0.06 0.03 0.29 0.15 0.21 0.13 0.14 0.21 0.13 0.09 0.09 0.12 1.0 0.07 0.1 0.11 0.07 0.08 0.04 0.04 0.13
Bra014187 (TOM6)
 0.11 0.14 0.11 0.15 0.11 0.11 0.15 0.21 0.04 0.07 0.07 0.07 0.2 0.12 0.17 0.14 0.16 0.24 0.13 0.13 0.17 0.14 1.0 0.14 0.14 0.13 0.12 0.08 0.05 0.06 0.12
Bra014334 (RPL7B)
 0.06 0.13 0.13 0.14 0.08 0.1 0.14 0.26 0.03 0.07 0.06 0.05 0.3 0.1 0.14 0.18 0.17 0.15 0.05 0.11 0.13 0.1 1.0 0.19 0.23 0.22 0.2 0.18 0.05 0.08 0.27
0.04 0.08 0.07 0.08 0.05 0.05 0.07 0.13 0.01 0.03 0.03 0.03 0.15 0.04 0.05 0.07 0.08 0.09 0.04 0.04 0.05 0.03 1.0 0.08 0.08 0.1 0.1 0.07 0.03 0.04 0.11
0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.04 0.05 0.09 0.02 0.03 0.01 0.01 0.11 0.06 0.06 0.04 0.06 0.11 0.03 0.03 0.04 0.03 1.0 0.03 0.04 0.04 0.05 0.03 0.01 0.01 0.05
Bra018669 (ELONGATION FACTOR-TU FAMILY)
 0.07 0.09 0.05 0.08 0.08 0.08 0.08 0.1 0.05 0.05 0.05 0.05 0.13 0.08 0.11 0.12 0.12 0.06 0.05 0.06 0.09 0.05 1.0 0.06 0.06 0.06 0.06 0.05 0.04 0.04 0.07
Bra018702 (GK)
 0.03 0.03 0.05 0.03 0.0 0.03 0.01 0.06 0.02 0.15 0.01 0.05 0.25 0.06 0.1 0.03 0.08 0.09 0.03 0.08 0.06 0.01 1.0 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.05
Bra019148 (FIB2)
 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.07 0.16 0.0 0.01 0.03 0.03 0.22 0.03 0.1 0.06 0.07 0.14 0.03 0.04 0.03 0.02 1.0 0.05 0.04 0.01 0.02 0.03 0.04 0.07 0.1
Bra022753 (CKG)
 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.02 0.09 0.09 0.03 0.06 0.04 0.05 0.16 0.06 0.08 0.09 0.1 0.1 0.04 0.07 0.05 0.07 1.0 0.12 0.1 0.14 0.06 0.06 0.04 0.03 0.12
0.0 0.0 0.01 0.01 0.02 0.06 0.05 0.1 0.03 0.01 0.01 0.02 0.12 0.09 0.19 0.05 0.04 0.16 0.03 0.02 0.02 0.02 1.0 0.04 0.04 0.03 0.05 0.03 0.03 0.02 0.09
0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.04 0.12 0.02 0.0 0.01 0.01 0.2 0.05 0.05 0.04 0.05 0.03 0.03 0.04 0.02 0.02 1.0 0.07 0.06 0.06 0.04 0.05 0.01 0.02 0.07
Bra024895 (RPL7B)
 0.03 0.04 0.04 0.06 0.05 0.07 0.15 0.23 0.02 0.05 0.04 0.04 0.3 0.07 0.08 0.24 0.12 0.12 0.04 0.08 0.08 0.05 1.0 0.15 0.17 0.17 0.19 0.13 0.07 0.09 0.26
0.07 0.14 0.18 0.2 0.12 0.1 0.1 0.2 0.05 0.1 0.1 0.07 0.28 0.17 0.22 0.19 0.17 0.15 0.04 0.11 0.07 0.09 1.0 0.21 0.21 0.2 0.2 0.17 0.08 0.09 0.29
Bra030495 (RPP1C)
 0.05 0.06 0.07 0.09 0.12 0.12 0.14 0.09 0.06 0.06 0.04 0.04 0.12 0.13 0.16 0.11 0.07 0.11 0.08 0.11 0.11 0.06 1.0 0.16 0.15 0.14 0.16 0.1 0.08 0.09 0.14
Bra030546 (PHB2)
 0.1 0.16 0.13 0.13 0.11 0.14 0.13 0.15 0.06 0.12 0.1 0.08 0.2 0.13 0.19 0.2 0.18 0.2 0.11 0.12 0.16 0.14 1.0 0.16 0.17 0.15 0.17 0.12 0.06 0.08 0.15
Bra031602 (ELONGATION FACTOR-TU FAMILY)
 0.05 0.11 0.07 0.09 0.07 0.11 0.11 0.1 0.05 0.1 0.08 0.08 0.22 0.12 0.19 0.15 0.14 0.19 0.06 0.1 0.09 0.12 1.0 0.1 0.11 0.1 0.11 0.08 0.05 0.06 0.12
Bra031605 (ELONGATION FACTOR-TU FAMILY)
 0.06 0.09 0.06 0.06 0.09 0.12 0.08 0.08 0.06 0.07 0.07 0.06 0.13 0.15 0.19 0.1 0.1 0.1 0.05 0.07 0.07 0.08 1.0 0.07 0.07 0.06 0.07 0.06 0.05 0.05 0.07
0.1 0.11 0.11 0.1 0.18 0.14 0.22 0.23 0.06 0.06 0.07 0.08 0.22 0.18 0.25 0.12 0.11 0.14 0.07 0.11 0.1 0.1 1.0 0.21 0.17 0.2 0.18 0.24 0.16 0.12 0.23
0.04 0.03 0.06 0.08 0.02 0.03 0.06 0.2 0.03 0.04 0.04 0.03 0.14 0.12 0.1 0.06 0.04 0.09 0.05 0.07 0.05 0.03 1.0 0.11 0.11 0.14 0.12 0.1 0.05 0.05 0.17
Bra033149 (CBF5)
 0.0 0.01 0.01 0.03 0.02 0.06 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.17 0.03 0.09 0.05 0.03 0.12 0.01 0.02 0.05 0.02 1.0 0.06 0.06 0.04 0.04 0.05 0.02 0.03 0.09
0.01 0.02 0.01 0.05 0.02 0.02 0.07 0.3 0.04 0.02 0.03 0.02 0.22 0.01 0.02 0.06 0.08 0.06 0.03 0.03 0.07 0.04 1.0 0.07 0.06 0.05 0.05 0.07 0.02 0.04 0.09
Bra036475 (NOP10)
 0.02 0.04 0.03 0.02 0.02 0.08 0.03 0.07 0.03 0.03 0.02 0.01 0.12 0.05 0.09 0.06 0.06 0.18 0.03 0.04 0.05 0.02 1.0 0.01 0.03 0.04 0.04 0.02 0.02 0.04 0.08
0.04 0.13 0.13 0.16 0.07 0.11 0.17 0.25 0.01 0.05 0.06 0.06 0.41 0.07 0.1 0.22 0.19 0.19 0.07 0.08 0.17 0.14 1.0 0.16 0.2 0.2 0.18 0.12 0.05 0.06 0.19
Bra038742 (CTPS2)
 0.03 0.03 0.04 0.04 0.05 0.05 0.06 0.17 0.02 0.03 0.05 0.02 0.17 0.08 0.06 0.09 0.07 0.13 0.04 0.05 0.06 0.06 1.0 0.04 0.05 0.04 0.06 0.07 0.03 0.03 0.08
0.03 0.01 0.03 0.03 0.05 0.04 0.02 0.04 0.03 0.04 0.02 0.03 0.08 0.05 0.03 0.07 0.06 0.07 0.03 0.04 0.05 0.04 1.0 0.09 0.07 0.08 0.06 0.09 0.08 0.06 0.11
Bra040138 (RPL23)
 0.0 0.01 0.02 0.04 0.0 0.01 0.0 0.05 0.01 0.03 0.01 0.01 0.14 0.06 0.1 0.03 0.12 0.09 0.04 0.06 0.04 0.02 1.0 0.12 0.12 0.17 0.11 0.08 0.03 0.05 0.21

Details

Expression values normalized per gene (using the maximum value, Green cells indicate low expression and red high. (Dark gray cells indicate missing values)