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Heatmap: Cluster_243 (Brassica rapa (Bra) Coexpression Clusters (HCCA Algorithm))

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(Values are log2 transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

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Gene
Light: 268 uE m-2 s-1
Light: 202.5 uE m-2 s-1 (Control)
Light: 135 uE m-2 s-1
Light: 67.5 uE m-2 s-1
Photoperiod: L24
Photoperiod: L20D4 (Control)
Photoperiod: L12D12
Photoperiod: L8D16
RBW: 4:1:1 (Control)
RBW: 4:1:0
RBW: 3:1:1
RBW: 3:1:0
Nitrogen: 0%
Nitrogen: 25%
Nitrogen: 50%
Nitrogen: 100% (Control)
Nitrogen: 150%
Phosphorous: 0%
Phosphorous: 25%
Phosphorous: 50%
Phosphorous: 100% (Control)
Phosphorous: 150%
Potassium: 0%
Potassium: 25%
Potassium: 50%
Potassium: 100% (Control)
Potassium: 150%
Temperature: 20°C
Temperature: 25°C (Control)
Temperature: 30°C
Temperature: 35°C
1.77 1.82 0.84 1.19 -0.02 -1.13 -0.86 0.04 -0.78 -0.41 -0.46 -0.34 -0.99 -2.63 -2.15 -1.54 -1.04 -2.2 -1.02 -0.74 -1.02 -1.09 -1.79 0.11 0.35 0.97 0.26 -0.36 -0.03 0.82 -0.25
Bra001043 (BBX3)
 1.19 1.4 1.46 2.26 -1.34 -0.62 0.46 0.56 -0.77 -0.07 0.0 -0.78 -1.38 -1.21 -1.72 0.89 0.89 -2.42 -0.68 0.47 0.34 0.49 -4.73 -1.55 -1.85 -2.06 -1.31 -2.52 -2.28 -3.75 -4.01
Bra001182 (TBL10)
 0.81 0.79 0.77 1.08 0.37 0.11 0.11 0.24 -0.26 -0.18 -0.26 -0.24 -0.52 -0.19 -0.17 -0.42 -0.41 -1.21 -0.89 -0.26 -0.37 -0.24 -1.86 -0.3 -0.29 0.64 -0.38 0.08 0.27 -0.06 -0.32
Bra002374 (PAA2)
 0.5 0.67 0.67 0.67 -0.38 0.01 0.06 -0.09 -0.31 -0.12 -0.07 -0.09 -0.23 -0.22 -0.37 0.13 0.13 -0.71 -0.2 -0.02 -0.1 -0.12 -0.84 -0.16 -0.08 0.21 -0.04 -0.15 -0.18 -0.18 0.31
Bra002510 (TOE2)
 1.32 1.21 1.15 1.27 -0.37 -0.46 -1.0 -0.71 -0.49 0.08 -0.32 0.23 -0.04 -0.76 -0.67 -1.22 -0.88 -0.55 -0.99 -1.07 -1.03 -0.56 -0.38 -0.2 -0.36 0.04 -0.22 0.37 -0.06 0.7 0.03
Bra004045 (BBX27)
 1.54 1.3 1.3 1.31 -0.45 -0.79 -0.5 -0.05 0.21 -0.12 0.24 0.33 -0.74 -1.57 -1.63 -0.93 -0.78 -1.79 -0.93 -0.66 -0.58 -0.38 -2.62 -0.34 -0.38 0.22 -0.32 0.11 0.37 0.14 -0.32
Bra004077 (HHL1)
 0.55 0.62 0.59 0.56 -0.38 -0.13 0.27 0.12 -0.15 0.12 0.17 0.12 -0.01 -0.57 -0.58 0.24 0.25 -0.85 -0.17 0.36 0.29 0.17 -1.33 -0.3 -0.26 -0.14 -0.23 -0.27 -0.47 -0.38 -0.08
Bra005302 (OFP15)
 1.56 2.03 2.21 1.81 -1.62 -5.39 -2.05 -0.26 -2.39 -1.63 -1.29 -0.36 -0.49 -4.46 -4.98 -2.25 -1.55 -1.19 -2.54 -2.03 -2.02 -2.37 -0.96 -0.55 -0.71 1.45 0.25 -0.7 -0.45 0.78 0.37
1.32 1.28 1.57 1.6 -0.55 -1.11 -0.61 -0.32 -0.31 -0.27 0.0 -0.22 0.03 -1.56 -1.44 -0.98 -1.06 -2.46 -1.24 -0.2 -0.31 -0.2 -0.07 -0.54 -0.18 0.1 -0.12 -0.61 -0.19 0.28 -0.23
1.5 1.59 1.55 1.72 -1.81 -2.1 0.08 -0.3 0.12 -0.51 0.44 0.13 -1.27 -3.73 -3.97 -0.73 -0.82 -4.15 -2.43 -0.82 -0.71 -0.07 -1.62 -0.34 0.05 0.11 0.07 -0.5 0.24 0.33 -0.32
Bra006470 (MIEL1)
 0.81 0.95 1.12 0.54 0.62 0.29 -0.25 -0.38 0.01 0.04 0.31 -0.13 -0.06 -0.43 -0.63 -0.38 -0.01 -1.21 -0.55 -0.17 -0.58 -0.04 -0.51 -0.57 -0.17 -0.22 -0.21 -0.46 0.05 -0.34 -0.24
Bra006851 (GNC)
 0.61 1.5 1.74 0.68 0.14 0.31 -0.28 -0.69 -1.32 -0.1 0.05 0.06 -0.52 -2.69 -1.07 -0.93 0.11 -1.87 -0.39 -0.18 -0.28 0.19 0.15 -0.5 -0.42 -1.62 0.0 -1.55 -0.38 0.18 0.65
1.19 1.55 1.03 1.88 -1.82 -1.57 0.03 0.12 -0.68 0.44 0.69 0.72 0.07 -2.67 -2.29 -0.12 0.2 -3.23 -0.81 0.13 0.28 0.84 -4.19 -1.64 -0.91 -0.44 -0.49 -2.29 -1.94 -0.92 -1.09
Bra007819 (GPX1)
 0.86 1.3 1.33 0.82 -0.87 -0.59 -0.23 0.0 -0.36 -0.23 -0.18 -0.01 -0.07 -1.05 -1.14 -0.22 -0.39 -1.61 -0.87 -0.5 -0.19 -0.52 -0.87 -0.08 0.07 0.38 0.14 -0.31 -0.39 0.39 0.45
Bra007937 (JAZ9)
 1.53 1.78 1.71 1.73 -2.04 -3.24 -0.29 0.11 -1.45 -0.5 -0.7 -0.16 -1.01 -4.09 -3.55 -0.75 -0.36 0.19 -0.89 -1.21 -1.19 -0.83 -1.36 -0.43 -0.4 0.15 -0.18 -0.52 -1.28 0.76 0.51
Bra008769 (SAFE1)
 1.03 0.81 0.92 0.8 0.25 -0.37 -0.28 0.17 0.21 -0.15 0.08 0.34 -0.34 -0.93 -0.84 -1.01 -0.91 -0.38 -0.48 -0.72 -0.72 -0.48 -0.6 -0.46 -0.39 -0.24 -0.11 0.3 0.09 0.54 0.36
1.67 1.88 1.73 1.45 -0.03 -0.96 -2.02 -1.69 -0.31 0.1 0.26 0.27 -0.47 -1.74 -1.44 -1.26 -1.01 -0.25 -0.85 -1.26 -0.22 -0.63 -1.71 -1.6 -1.41 -0.54 -0.81 -1.0 -0.95 0.24 0.73
2.27 2.26 2.21 1.55 -0.07 -0.39 -2.12 -2.16 -1.28 -1.02 -0.07 0.08 - -1.91 -2.31 -2.39 -3.46 -1.75 -2.17 -2.94 -0.25 -0.16 -3.07 -1.49 -1.23 -0.34 -1.2 -2.71 -1.06 0.31 0.72
0.98 0.84 1.06 0.73 0.57 0.02 -0.12 -0.16 -0.42 -0.07 -0.01 -0.61 -0.1 -0.45 -0.37 -0.05 -0.2 -1.07 -0.67 -0.36 -0.44 -0.12 -1.15 -0.3 -0.11 -0.07 -0.09 -0.11 -0.15 -0.18 0.3
Bra010558 (BEE2)
 0.82 0.78 0.38 0.86 0.24 0.08 -0.26 -0.07 -0.38 -0.11 0.05 -0.11 -0.46 -0.72 -1.3 0.0 0.25 -1.43 -0.71 -0.21 0.33 0.2 -1.42 0.05 0.21 0.1 0.01 0.0 -0.17 -0.16 0.12
Bra011243 (DLDG1)
 0.98 1.06 0.97 0.51 -0.08 -0.64 -0.19 -0.09 -0.14 -0.12 0.11 -0.09 0.04 -1.07 -0.4 0.33 0.19 -0.66 -0.57 -0.56 -0.22 -0.13 -1.13 -0.71 -0.59 -0.12 -0.35 -0.19 -0.27 0.45 0.49
Bra011656 (J11)
 1.39 1.65 1.7 1.53 -1.75 -1.24 -0.44 -0.86 0.02 -0.21 0.15 0.1 -1.27 -1.92 -1.69 -0.32 -1.4 -2.63 -0.8 0.07 -0.73 -0.07 -2.46 -0.83 -0.67 0.61 -0.4 -0.31 0.04 0.06 0.01
Bra013532 (FBS2)
 1.13 1.28 1.22 1.2 0.15 -0.34 -0.31 -0.03 -0.15 -0.15 -0.12 -0.2 -0.83 -0.88 -0.59 -1.39 -0.84 -0.47 -0.68 -0.31 -0.61 -0.54 -1.01 -0.17 -0.18 0.22 -0.19 -0.09 0.09 0.05 -0.12
Bra014973 (SRRP1)
 0.57 0.59 0.63 0.76 -0.07 -0.09 0.21 0.03 -0.29 0.18 0.29 0.05 -0.25 -0.78 -0.74 0.05 0.0 -1.35 -0.44 0.15 0.12 0.07 -1.13 -0.18 -0.07 0.1 -0.04 0.05 -0.07 -0.35 -0.08
Bra015552 (F2KP)
 0.45 0.52 0.74 0.42 0.11 -0.09 -0.1 -0.29 -0.02 -0.04 0.1 0.08 -0.11 -0.32 -0.3 0.07 0.2 -0.48 -0.25 -0.09 -0.1 -0.11 -0.48 -0.15 -0.23 -0.15 -0.15 -0.19 -0.17 -0.03 0.29
1.83 1.97 1.28 1.2 0.38 -0.72 -1.61 -0.36 -0.81 -0.66 -0.54 0.65 -1.13 -2.77 -3.99 -1.5 -1.38 -2.54 -3.22 -1.5 -0.78 -0.74 -1.3 -0.94 -1.07 0.1 -0.39 -0.31 -0.35 1.15 1.04
Bra015879 (FAB1)
 1.18 0.98 0.87 0.75 -0.64 -0.9 -0.23 0.29 -0.64 -0.33 -0.37 0.14 -0.15 -1.6 -1.3 -0.49 -0.37 -0.54 -0.82 -0.42 -0.19 -0.35 -0.13 -0.17 -0.03 0.04 0.19 0.11 -0.38 0.72 0.52
Bra016096 (SPI-1)
 1.37 2.12 1.59 1.11 -0.45 0.14 -0.39 -1.03 -0.49 -0.14 0.04 0.03 -0.13 -0.12 -1.78 -0.46 -0.45 -3.88 -0.97 -0.52 -0.41 -0.36 -2.01 -0.49 -0.59 -0.02 -0.71 -1.41 -0.69 -0.33 -0.44
0.79 0.65 0.58 0.75 0.47 -0.09 0.19 0.63 -0.24 -0.26 -0.39 -0.11 -0.18 -0.33 -0.78 -0.78 -0.58 -0.3 -0.51 -0.5 -0.55 -0.39 -1.41 -0.15 -0.06 0.23 -0.03 0.22 0.11 0.28 0.14
Bra017435 (CP5)
 0.96 1.19 1.63 1.34 -0.96 -0.45 -0.24 -0.11 -0.19 -0.3 -0.04 -0.13 -0.61 -0.95 -1.18 -0.59 -0.48 -1.08 -0.79 -0.38 -0.41 -0.45 -1.47 -0.35 -0.15 0.47 -0.19 -0.29 0.0 -0.07 0.2
1.27 1.06 0.93 0.93 0.16 -0.2 -0.25 0.2 0.24 -0.11 0.04 0.4 -0.7 -1.05 -1.03 -0.86 -0.67 -1.26 -0.54 -0.59 -0.64 -0.34 -2.05 -0.47 -0.34 -0.11 -0.08 0.14 0.18 0.54 -0.02
Bra020293 (RIBA3)
 0.85 1.0 1.01 0.74 -1.07 -0.76 0.15 0.05 -0.3 0.1 0.44 0.46 0.1 -1.29 -1.8 -0.03 0.24 -0.79 -0.04 0.31 0.16 0.27 -0.97 -0.63 -0.31 0.21 -0.2 -1.38 -0.84 -0.42 -0.07
Bra021733 (GUN1)
 0.41 0.54 0.72 0.52 -0.18 -0.22 -0.19 -0.16 -0.17 0.04 0.02 -0.01 -0.04 -0.33 -0.21 0.09 0.05 -0.37 -0.31 -0.1 -0.2 -0.15 -0.64 -0.2 -0.09 -0.02 -0.01 -0.03 0.11 0.07 0.19
Bra022354 (ATL77)
 1.13 1.12 1.19 0.77 -0.74 -0.32 -0.11 0.41 -0.17 0.21 0.46 0.54 -0.63 -1.62 -1.37 -0.27 -0.01 -1.83 -0.77 0.16 -0.32 0.17 -1.6 -0.95 -0.15 0.74 -0.09 -1.0 -0.89 0.15 -1.0
1.23 2.28 2.49 2.12 -2.15 -2.25 -1.77 -2.21 -2.52 -0.46 -1.03 -1.83 -1.22 -5.41 -1.69 -0.38 -0.16 -0.23 -0.9 -0.35 -0.5 0.54 -1.59 -2.14 -1.82 0.97 -1.81 -3.28 -2.89 -0.56 -1.11
1.04 0.47 1.56 0.95 -0.72 -0.93 -0.54 -0.45 0.18 0.13 0.24 0.03 -0.35 -0.62 -0.45 -0.2 0.08 -0.53 -0.43 0.02 -0.26 -0.24 -1.2 -0.65 -0.61 -0.09 -0.43 -1.24 -0.45 0.39 0.69
Bra023908 (RBL)
 0.87 1.15 1.23 1.26 0.13 -0.38 -0.61 -0.01 0.06 -0.21 -0.11 -0.01 -0.46 -0.63 -0.72 -0.58 -0.66 -0.64 -0.6 -0.49 -0.52 -0.49 -0.87 -0.49 -0.55 -0.12 -0.4 -0.14 -0.12 0.45 0.43
0.66 0.72 1.32 0.59 0.05 -0.27 0.15 0.31 -0.3 -0.0 0.02 0.01 -0.06 -0.73 -0.5 -0.24 -0.16 -0.88 -0.52 -0.02 -0.04 -0.01 -1.13 -0.29 -0.23 -0.22 -0.17 -0.01 -0.26 -0.04 -0.21
Bra024968 (LON2)
 1.23 1.25 1.18 1.48 -0.21 -0.47 -0.22 -0.36 0.28 0.03 0.27 0.34 -0.43 -0.86 -1.1 -0.39 -0.37 -2.07 -0.73 -0.16 -0.31 -0.13 -1.79 -0.69 -0.53 -0.11 -0.46 -0.42 -0.12 -0.24 -0.37
Bra026029 (HCF173)
 0.84 0.77 1.12 1.01 -0.74 -0.3 0.09 -0.22 -0.29 -0.04 0.32 -0.0 -0.18 -0.91 -0.95 0.09 -0.03 -1.31 -0.49 0.2 0.11 0.12 -1.15 -0.27 0.03 0.19 0.07 -0.53 -0.18 -0.46 -0.4
1.63 1.9 1.58 1.69 -1.95 -2.48 -0.15 0.09 -0.5 0.02 0.61 0.62 -0.53 -2.86 -2.7 -0.98 -0.77 -2.81 -2.25 -0.32 -0.49 -0.19 -2.68 -1.01 -0.74 -0.09 -0.26 -0.97 -0.78 -0.13 -0.16
0.96 1.06 1.95 1.11 -0.62 -0.92 -0.38 -0.02 -0.56 -0.08 -0.25 -0.06 -0.68 -1.28 -1.23 -0.27 -0.18 -1.1 -0.97 0.03 0.03 0.0 -1.57 -0.39 -0.29 -0.31 -0.36 -0.01 -0.19 -0.15 0.15
1.09 1.25 1.39 1.09 -0.23 -1.02 -0.75 0.2 -0.49 -0.39 -0.23 0.23 -0.6 -1.59 -1.12 -1.45 -1.0 -1.04 -1.36 -1.09 -0.75 -1.06 -0.47 -0.19 -0.14 0.2 0.17 0.47 0.15 0.6 0.69
Bra026893 (PGL1)
 1.43 1.85 1.43 1.62 -2.44 -2.99 -0.49 0.1 -0.73 -0.17 0.1 -0.0 0.29 -4.38 -3.35 -0.29 -0.45 -2.06 -2.32 -0.79 -0.74 -0.73 -1.54 -0.47 -0.3 0.82 -0.07 -1.24 -0.99 0.43 0.37
Bra027604 (UMAMIT1)
 1.13 1.28 1.06 1.08 0.06 -0.29 -0.21 -0.28 -0.14 -0.25 0.17 -0.48 -0.44 -0.72 -1.26 -0.76 -0.2 -0.98 -0.15 -0.16 -0.39 -0.55 0.01 0.04 -0.19 -0.26 -0.14 -0.39 -0.41 -0.07 -0.08
Bra027685 (PGD1)
 1.06 1.14 1.62 0.82 -0.55 -1.06 -0.75 0.64 -0.41 -0.34 -0.23 0.06 -0.2 -1.41 -0.46 -0.97 -1.2 0.12 -0.7 -0.81 -0.71 -0.63 -0.1 -0.64 -0.35 -0.06 -0.22 -0.07 -0.53 0.82 0.14
1.58 1.71 1.94 1.66 -0.53 -0.82 -0.86 -0.72 -0.38 -0.28 0.12 -0.16 -0.07 -1.32 -1.74 -0.86 -0.64 -0.89 -1.9 -0.91 -0.97 -0.78 -0.88 -1.45 -1.08 0.76 -0.82 -0.76 -0.7 -0.33 -0.25
Bra028288 (ATSDH)
 0.76 1.4 1.28 1.05 -0.41 -0.14 -0.26 -0.65 0.04 -0.49 0.27 -0.01 -0.6 -0.34 -0.44 -0.28 -0.59 -1.76 -0.65 -0.23 -0.23 -0.03 -1.68 -0.38 -0.24 -0.05 -0.12 -0.79 0.13 -0.09 0.48
Bra028478 (CLCA)
 1.29 2.17 1.64 1.78 -3.93 -4.37 -0.74 -0.97 -2.09 -0.2 -0.35 -0.52 0.06 -5.5 -5.29 -0.43 -0.0 -0.03 -1.34 -0.51 -0.5 -0.01 -0.24 -1.3 -0.51 1.34 -0.34 -3.05 -2.45 -0.75 -0.14
0.63 0.75 1.16 0.74 -0.01 -0.15 -0.22 0.13 -0.24 -0.13 -0.09 -0.21 -0.07 -0.4 -0.55 -0.21 -0.08 -0.66 -0.48 -0.06 -0.06 -0.2 -1.14 -0.37 -0.12 -0.02 -0.01 -0.16 -0.09 -0.1 0.29
Bra029488 (RbcX1)
 1.14 1.05 0.99 0.64 0.61 -0.29 -1.06 -0.41 0.25 0.1 0.16 0.5 -1.25 -1.26 -0.86 -1.08 -0.95 -1.04 -0.42 -0.55 -0.59 -0.15 -1.72 -0.4 -0.63 -0.39 -0.17 0.26 0.24 0.95 0.36
1.39 1.31 1.73 1.65 -0.34 0.41 -0.32 -0.87 -0.68 -0.04 0.22 -0.01 -0.72 -0.77 -0.87 -0.11 -0.26 -1.64 -0.54 0.41 0.24 0.55 -2.5 -1.2 -1.63 0.27 -1.12 -2.34 -1.12 -1.87 -2.32
0.86 1.29 1.55 0.88 -0.53 -0.6 -0.17 -0.82 -0.82 -0.41 -0.73 -0.41 -0.93 -0.62 -1.01 -0.78 -0.41 -1.3 -0.56 -0.4 -0.77 -0.64 -1.18 0.23 0.3 0.24 0.36 0.12 0.33 0.53 0.39
Bra034141 (ARAF)
 1.07 1.2 1.0 0.84 0.12 -0.11 -0.6 -0.89 0.0 -0.08 0.33 0.15 -0.98 -0.4 -0.23 -0.4 -0.53 -0.89 -0.73 -0.4 -0.72 -0.19 -1.1 -0.37 -0.12 -0.25 -0.1 -0.17 0.04 0.29 0.34
1.03 1.08 1.45 1.19 0.39 0.12 -0.74 0.06 -0.51 -0.69 -0.41 -0.31 -0.49 -0.09 -0.47 -0.13 -0.63 -1.13 -0.17 -0.67 -0.61 -0.36 -2.09 -0.19 -0.22 -0.01 -0.45 -0.24 -0.06 -0.06 0.16
1.02 1.26 1.51 1.55 0.19 -0.32 -0.69 -0.78 -0.15 -0.37 -0.2 -0.05 -0.17 -0.97 -1.18 -0.89 -0.81 -0.86 -0.65 -0.7 -0.68 -0.46 -1.4 -0.48 -0.35 0.67 -0.28 -0.89 -0.12 0.03 0.31
2.03 1.66 1.61 1.23 0.15 -0.43 0.06 -0.22 -0.62 -0.73 -0.38 -0.65 -0.56 -2.46 -2.86 -0.83 -0.56 -2.95 -2.17 -0.84 -0.9 -0.88 -2.34 -0.63 -0.28 0.03 -0.37 -0.63 -0.11 -0.12 0.82
Bra037880 (HY4)
 1.26 1.34 1.29 1.27 -0.27 -0.08 -0.6 -0.55 0.04 -0.44 0.02 -0.22 -0.77 -0.45 -0.54 -0.49 -0.58 -1.1 -0.52 -0.5 -0.5 -0.44 -1.56 -0.54 -0.4 0.16 -0.33 -0.12 0.2 -0.02 0.02
Bra038340 (PHYLLO)
 0.8 0.64 0.55 0.65 0.11 0.1 0.07 0.11 -0.33 -0.21 -0.24 -0.05 -0.16 -0.2 -0.27 -0.04 -0.04 -0.99 -0.57 -0.15 -0.25 -0.43 -0.77 -0.29 -0.11 0.21 0.13 -0.06 -0.06 -0.01 0.3
Bra039048 (VHA-d2)
 1.16 1.37 1.58 1.02 0.11 -0.45 -0.19 -0.4 -0.8 -0.89 -0.41 -0.42 -0.86 -0.97 -1.47 -0.91 -0.93 -0.87 -0.99 -1.08 -1.06 -1.12 -1.07 0.08 0.14 0.3 0.28 0.33 0.13 0.64 0.24
Bra040483 (MYC70)
 1.27 0.89 2.37 0.82 -2.64 -5.38 -0.97 -0.6 0.38 0.33 0.55 -0.23 -1.23 -3.41 -4.12 -0.58 -0.03 -0.77 -0.64 -0.14 -0.49 0.17 -0.33 -2.14 -1.33 -0.74 -1.21 -3.44 -1.86 0.67 1.57

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.