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Heatmap: Cluster_265 (Brassica rapa (Bra) Coexpression Clusters (HCCA Algorithm))

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(Values are log2 transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

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Gene
Light: 268 uE m-2 s-1
Light: 202.5 uE m-2 s-1 (Control)
Light: 135 uE m-2 s-1
Light: 67.5 uE m-2 s-1
Photoperiod: L24
Photoperiod: L20D4 (Control)
Photoperiod: L12D12
Photoperiod: L8D16
RBW: 4:1:1 (Control)
RBW: 4:1:0
RBW: 3:1:1
RBW: 3:1:0
Nitrogen: 0%
Nitrogen: 25%
Nitrogen: 50%
Nitrogen: 100% (Control)
Nitrogen: 150%
Phosphorous: 0%
Phosphorous: 25%
Phosphorous: 50%
Phosphorous: 100% (Control)
Phosphorous: 150%
Potassium: 0%
Potassium: 25%
Potassium: 50%
Potassium: 100% (Control)
Potassium: 150%
Temperature: 20°C
Temperature: 25°C (Control)
Temperature: 30°C
Temperature: 35°C
Bra000090 (AtANN4)
 -3.25 -4.93 -2.8 -3.26 -0.56 -1.3 0.86 0.71 -0.1 0.55 0.38 -0.06 1.45 -0.99 -1.7 0.4 0.62 0.93 -0.89 -0.5 -0.35 -0.03 0.37 0.17 0.33 0.28 -0.05 -0.53 -0.04 -0.19 0.77
Bra000091 (ANN3)
 -1.11 -2.08 -1.21 -0.46 0.15 -0.71 0.55 0.27 -0.08 0.29 0.21 -0.16 1.08 -0.53 -1.37 0.07 0.09 0.5 -1.25 -0.69 -0.63 -0.49 -0.02 0.32 0.38 0.38 0.36 -0.23 0.59 0.27 0.79
Bra000942 (GT72B1)
 -1.17 -2.25 -1.73 -1.7 -0.79 -0.18 0.5 0.55 -0.14 0.23 0.12 -0.16 0.89 -0.84 -0.26 1.01 0.53 0.15 -0.54 0.39 0.12 0.28 -0.32 -0.02 0.21 -0.84 0.25 -0.59 -0.34 -0.25 1.14
-2.81 -3.32 -2.98 -2.83 -0.2 0.27 0.54 0.28 -0.37 -0.19 -0.35 -0.38 0.45 0.55 0.46 0.69 0.55 0.88 0.27 0.2 -0.07 -0.02 -1.23 0.22 0.33 -0.06 0.18 -0.1 -0.23 -0.17 0.6
- -0.69 -2.81 -1.09 -1.41 - 0.35 -0.41 0.05 0.03 1.17 1.68 2.22 -1.19 -0.54 0.13 0.05 2.15 0.68 -1.02 0.83 -0.91 -1.44 -1.61 -1.54 -2.74 - - -0.29 -3.04 -0.09
- - - - -3.71 - -0.2 0.06 -1.93 -0.46 -0.15 -0.51 2.24 -1.15 -1.55 0.31 -1.45 0.74 0.13 -0.26 0.87 -0.61 1.98 1.2 0.36 -0.03 1.09 -2.99 -0.91 -0.09 -0.04
- - -2.74 -2.64 -0.91 -1.64 -0.55 -2.87 -1.48 -0.68 -1.19 -1.96 2.09 0.18 -1.62 -2.1 -0.42 0.84 -1.49 -1.31 -0.27 -1.08 1.82 1.36 0.61 0.36 0.75 0.4 0.61 0.6 0.88
-0.9 -1.95 -2.96 -1.92 -1.23 -0.68 0.67 0.48 0.24 0.36 0.15 0.36 0.66 -0.85 -0.85 0.28 0.33 0.13 -0.5 0.27 -0.17 0.16 -0.77 0.55 0.49 0.49 0.29 -0.09 -0.11 0.09 0.79
Bra003397 (MTHFR1)
 -0.18 -0.15 -0.29 -0.08 0.12 0.08 0.39 0.26 -0.32 -0.02 -0.43 -0.42 0.39 0.1 0.16 0.39 0.22 0.11 -0.19 0.08 -0.07 -0.1 -0.16 0.16 0.19 0.03 0.02 0.13 -0.05 -0.63 -0.41
Bra004319 (XYL1)
 -1.29 -1.72 -1.25 -2.78 -0.59 -0.75 -0.29 -0.3 -1.17 0.2 -0.23 -0.81 0.65 -0.23 -0.32 0.9 0.93 1.21 -0.55 -0.65 -0.1 -0.3 0.63 0.33 0.51 0.08 0.61 -0.37 -0.75 0.14 1.12
Bra004945 (GEF4)
 -4.16 -5.46 -6.2 -4.79 -3.49 -0.84 -1.07 0.38 -0.27 0.18 -3.7 -1.37 1.05 -1.46 -1.04 0.75 -0.04 -0.32 -0.66 -0.14 0.02 -0.64 -2.5 1.03 0.89 0.46 0.94 0.59 0.86 0.46 2.13
Bra005238 (XTH32)
 -2.18 -2.74 -4.01 -3.58 -1.45 -1.99 -0.12 1.02 -0.39 -0.43 -0.54 -0.26 1.75 -0.3 -0.43 -0.16 0.15 0.86 -0.28 -0.72 -0.45 -0.6 0.78 0.54 0.64 -0.47 0.63 0.05 -0.53 0.26 1.26
Bra006942 (CAH1)
 -1.54 -1.88 -2.42 -3.34 -1.39 -0.28 0.53 0.24 -0.26 -0.35 -0.03 0.01 0.54 -0.13 -0.15 0.32 0.24 0.97 0.37 0.32 0.03 0.15 -1.65 0.64 0.64 0.25 0.5 -0.45 0.06 -0.26 0.76
Bra007609 (PGF9)
 -0.44 -0.83 -1.52 -1.61 -1.28 -0.67 0.82 0.38 -0.25 -0.31 0.17 0.12 0.7 -0.93 -0.51 0.03 -0.13 0.72 0.29 -0.1 -0.49 -0.44 0.04 0.77 0.69 0.02 0.4 -0.17 -0.32 -0.24 0.83
Bra009052 (AST68)
 -1.67 -1.99 -2.44 -2.02 -2.32 -0.52 0.88 1.06 -0.54 -0.13 -0.48 0.02 0.74 -0.93 -0.3 0.73 0.52 0.87 0.08 0.77 0.1 0.18 -2.23 0.18 0.48 -0.37 0.38 -0.79 -0.5 -0.75 1.17
Bra009396 (PPa6)
 -1.21 -1.22 -1.17 -0.3 -1.36 -0.97 0.55 0.74 -0.84 0.15 -0.15 -0.21 1.0 -0.65 -1.35 0.43 0.73 0.47 0.08 0.71 0.39 -0.15 -0.61 0.42 0.48 0.42 0.39 -0.27 -0.88 -0.77 0.1
Bra009536 (ADK2)
 -0.38 -0.49 -0.44 0.27 0.41 0.08 1.03 0.48 -0.63 -0.2 -0.11 -0.61 0.68 -0.07 -0.18 0.37 0.57 0.51 -0.11 -0.36 -0.24 -0.28 0.29 -0.05 0.04 -0.12 0.03 -0.44 -0.98 -0.88 -0.48
-0.65 -0.99 -0.22 -0.82 -0.23 -0.41 0.31 0.4 -0.32 0.04 -0.15 -0.37 0.19 -0.6 -0.77 0.63 0.83 -0.52 -0.53 0.1 -0.15 -0.24 -1.09 0.47 0.52 0.32 0.42 0.27 0.19 -0.1 0.75
Bra011132 (PAO5)
 -0.95 -1.72 -1.23 -0.75 -0.27 -0.16 0.38 0.28 -0.57 -0.4 -0.41 -0.57 0.96 0.22 -0.05 0.43 0.34 0.66 -0.18 0.12 0.14 -0.45 0.11 0.11 0.27 0.46 0.04 0.09 0.03 -0.25 0.36
Bra011235 (FADC)
 -0.78 -1.44 -0.85 -0.4 -0.57 -0.33 0.03 0.5 -0.11 -0.09 0.04 -0.15 0.98 -0.17 -0.59 0.48 0.21 0.1 -0.15 0.24 -0.08 -0.14 -0.53 0.19 0.23 0.06 0.14 0.23 0.14 -0.05 0.64
Bra011971 (CSD2)
 -1.93 -1.67 -1.44 -1.22 -4.2 -2.72 0.23 1.1 -0.42 0.6 0.05 0.28 1.54 -2.31 -2.08 0.67 0.32 -1.96 -0.64 0.63 0.0 0.06 0.39 0.49 0.58 0.76 0.6 -0.02 -0.68 -0.53 0.26
Bra012052 (NPF6.2)
 -1.14 -1.17 -0.94 -1.17 -1.21 -0.31 0.48 -0.03 -0.09 0.07 0.21 0.17 0.29 -0.54 -0.72 0.48 0.3 -0.08 -0.06 0.52 0.29 0.23 0.15 0.42 0.57 0.08 0.34 -0.5 -0.23 -0.19 0.73
-2.07 -1.8 -2.28 -1.24 -0.75 -1.46 0.98 0.76 0.09 -0.23 -0.01 -1.26 1.68 -0.31 -0.52 0.66 -0.04 0.92 0.3 -0.69 -0.29 -0.34 1.15 -0.09 0.31 -0.15 -0.55 0.08 -0.67 -0.8 0.04
-1.27 -0.63 -0.76 -0.29 -1.55 -0.97 0.9 0.63 0.34 0.01 0.55 -0.17 1.49 -0.34 -1.31 0.48 -0.27 0.08 -0.16 0.02 0.04 0.05 0.19 -0.02 0.28 0.18 -0.33 -0.55 -0.37 -1.11 0.26
-1.24 -2.5 -1.74 -1.98 -0.2 -0.61 -0.43 -0.68 -0.5 -0.2 -0.84 -0.29 0.6 0.56 -0.23 0.06 0.38 -0.46 -0.74 0.19 -0.43 -0.13 -0.53 0.5 0.6 0.39 0.74 0.37 0.54 0.6 1.49
-0.69 -1.16 -0.99 -0.21 -0.45 -0.32 0.47 0.45 -0.85 -0.33 -0.29 -0.53 1.11 0.23 -0.11 0.67 0.85 0.28 -0.31 0.05 -0.01 0.06 -0.15 0.01 0.29 0.48 0.11 -0.38 -0.55 -0.8 0.08
Bra014831 (F3H)
 -3.28 -4.14 -3.66 -4.39 -3.2 -2.81 1.44 2.0 -1.18 -0.42 -1.8 -0.94 2.39 - -2.17 -1.57 -1.79 2.13 -1.96 -2.73 -2.15 -2.33 0.0 -1.08 0.18 -0.78 -0.45 -1.02 0.39 0.3 1.81
Bra015404 (PER3)
 -2.8 -3.56 -3.97 -2.08 -1.27 -1.63 0.05 -0.04 0.1 0.55 0.29 0.6 0.86 -0.68 -1.39 0.44 0.82 0.49 -0.1 0.5 0.26 0.2 -0.8 0.06 0.12 0.9 0.31 -0.61 -0.35 0.44 0.84
-0.84 -0.33 -0.11 0.01 -2.34 -1.79 0.58 0.16 -0.66 -0.25 -0.06 -0.42 0.77 -1.41 -0.57 0.53 0.75 1.54 -0.01 0.23 -0.24 -0.04 0.44 0.37 0.42 0.34 0.17 -0.84 -0.8 -1.33 -0.41
Bra015788 (PETE1)
 -0.88 -0.64 -0.49 -0.39 -1.18 -0.45 0.62 0.47 -0.23 0.56 0.23 0.5 0.45 -1.11 -1.24 0.23 0.6 -0.26 -0.28 0.4 0.71 0.61 -0.19 -0.12 -0.04 -0.1 0.15 -0.82 -0.81 0.16 0.23
Bra016223 (CA4)
 -0.66 -0.41 -0.85 -0.48 -1.12 -0.6 0.41 0.39 -0.28 0.11 0.25 0.01 0.76 -0.25 -0.18 0.47 0.44 -0.22 0.02 0.37 0.18 0.04 -0.99 0.09 0.16 0.25 0.18 0.05 -0.06 -0.39 0.28
-1.74 -0.96 -1.2 -0.6 -1.35 -1.84 -0.14 1.29 -0.83 0.29 -0.13 -0.38 1.57 -1.07 -0.86 0.49 0.18 0.67 -0.49 0.17 0.06 -0.57 0.54 0.26 0.32 0.34 0.39 -0.48 -0.93 -0.05 0.33
Bra016614 (CASPL2A1)
 -1.5 -1.65 -1.36 -1.04 -0.48 -0.55 0.25 -0.22 0.02 0.17 0.44 0.22 1.37 -0.8 -0.69 0.58 0.1 0.57 -0.58 0.01 0.23 0.26 -0.2 0.27 0.04 -0.07 0.41 -0.17 0.15 -0.35 0.38
Bra017017 (JAL22)
 - -7.47 -6.96 -4.88 -7.98 -0.67 0.76 2.07 -0.08 -0.23 -0.03 0.19 2.61 -1.08 -1.54 0.01 1.27 2.36 -0.31 -0.68 0.74 0.01 -1.69 -7.93 -5.58 - -6.25 -7.6 -7.81 -4.8 -0.94
Bra017083 (JAL22)
 -5.72 -2.38 -1.47 -0.95 -4.31 -1.22 0.6 1.47 -0.99 0.34 -0.17 -0.41 1.66 -1.41 -1.6 -0.01 0.49 1.82 -1.06 -1.3 0.74 -0.36 -2.5 -0.19 0.05 -0.1 0.16 -2.09 -1.0 -0.13 1.49
Bra017222 (TIP1;1)
 -1.58 -1.69 -1.39 -0.51 -1.66 -1.03 0.91 1.04 -0.11 0.63 0.75 0.42 1.06 -0.88 -1.31 0.76 0.89 -0.43 -0.78 0.42 0.48 0.31 -1.1 -0.04 0.09 0.09 -0.02 -1.41 -1.28 -0.8 0.34
Bra017666 (BLH6)
 -0.89 -1.48 -1.21 -0.63 -0.53 -0.24 0.45 0.36 0.14 0.19 -0.33 -0.19 0.58 -0.37 -0.43 0.53 0.53 0.05 -0.02 0.46 0.17 0.27 -0.97 0.26 0.31 0.38 0.18 0.14 0.18 -0.34 -0.17
Bra020115 (GER3)
 -3.63 -7.38 -7.0 -6.83 -2.74 -1.65 0.64 0.58 -1.82 -0.28 -0.64 -0.27 2.23 -4.89 -3.55 -1.25 0.36 1.02 -0.23 -0.86 -0.11 -1.32 1.78 0.1 0.62 -0.13 0.02 0.13 -0.35 0.07 1.38
-0.68 -2.31 -1.3 -0.55 -0.58 -0.18 0.34 0.35 -0.65 0.11 0.19 -0.44 0.4 0.02 0.23 0.53 0.16 0.4 -0.14 0.47 0.18 0.23 -0.15 0.13 0.42 -0.13 0.08 0.12 0.04 -0.67 0.46
Bra024992 (MYC5)
 -1.34 -2.11 -3.24 -1.93 -0.91 0.27 0.76 0.83 0.38 -0.23 -0.37 0.43 1.22 0.34 -0.01 0.32 -0.25 1.11 0.41 -0.31 -0.19 -0.14 -1.24 -0.22 -0.29 -1.49 -0.38 0.08 -0.0 -0.06 0.58
Bra025601 (SCPL13)
 -1.27 -1.2 -1.16 -0.23 -1.11 -1.97 0.64 0.09 -0.52 0.28 -0.23 -0.1 1.03 -3.18 -3.15 0.84 0.72 1.02 -0.05 0.43 0.11 0.3 -0.11 0.08 0.07 0.14 0.16 -1.0 -1.05 0.13 1.09
-1.25 -1.4 -0.75 -0.57 -1.89 -1.73 0.76 0.61 -0.11 0.4 0.6 0.44 0.97 -1.32 -1.7 0.6 0.87 -1.01 -0.67 0.62 0.34 0.42 0.31 0.06 0.03 -0.27 0.09 -0.82 -0.38 -0.53 0.6
-1.59 -1.42 -0.81 -1.24 -0.37 0.14 -0.01 0.36 -0.6 -0.52 -0.68 -1.19 0.26 -0.52 -0.23 0.34 0.5 0.57 -0.76 -0.18 -0.12 -0.56 -0.19 1.0 0.35 0.33 0.54 0.35 0.44 0.22 1.06
Bra028191 (TSBtype2)
 -3.43 -2.66 -3.5 -2.81 -1.59 -1.15 0.01 0.45 -0.38 0.28 0.25 0.21 1.65 -0.13 -0.48 0.27 0.1 0.98 -0.08 -0.6 -0.47 -0.26 1.35 -0.06 0.12 0.13 0.44 -0.2 -0.61 -0.06 0.38
-0.38 -0.39 -0.47 -0.23 -0.85 -0.72 0.77 0.83 -0.92 0.01 -0.61 -0.52 0.5 -1.64 -2.64 0.42 0.68 0.54 -0.1 0.2 -0.23 0.35 -0.05 -0.06 0.53 -0.4 0.6 -1.03 -1.13 0.15 1.11
Bra029515 (IF1)
 -1.15 -1.6 -3.09 -1.61 -0.98 -0.18 0.34 0.84 0.23 -0.36 0.38 -0.22 0.7 0.5 0.09 0.16 -0.41 1.39 0.13 0.01 -0.17 -0.47 -0.54 0.14 0.14 0.04 0.02 -0.07 -0.06 -0.29 0.32
Bra030459 (bHLH115)
 -1.67 -1.05 -1.07 -1.62 -2.03 -1.47 0.47 0.27 -0.42 -0.16 -0.13 0.02 0.89 -1.42 -0.92 0.6 0.15 1.31 0.55 0.61 0.06 0.6 -0.17 0.39 0.46 0.04 0.08 -0.16 -0.46 -0.58 0.35
Bra031496 (ABC4)
 -0.29 -0.24 -0.48 -0.23 -0.06 -0.53 0.47 0.71 -0.15 0.35 0.3 0.31 1.02 -0.8 -0.85 0.45 0.31 -0.48 -0.57 0.07 0.23 -0.18 -0.54 -0.11 0.04 -0.22 -0.05 -0.48 -0.58 -0.22 0.55
-1.93 -1.24 -0.85 -0.7 -0.18 -0.53 -0.33 0.19 -0.87 -0.29 -0.38 -0.51 0.94 -0.74 -0.33 0.76 0.71 -0.13 -0.35 0.14 -0.36 -0.05 -0.13 0.16 0.3 0.32 0.32 0.29 0.62 -0.05 1.08
Bra034205 (DFL2)
 -1.68 -3.27 -2.9 -2.17 -0.25 -0.01 0.32 0.71 -0.22 -0.31 -0.3 -0.08 0.58 0.07 0.15 0.51 0.21 1.12 0.38 -0.3 0.03 -0.2 -1.0 0.19 0.12 -0.25 0.18 -0.05 0.22 0.09 0.82
Bra034242 (ORF02)
 -1.1 -1.23 -1.1 -0.51 -1.12 -0.3 0.25 0.37 -0.33 0.05 -0.01 -0.15 0.62 -0.27 -0.23 0.67 0.48 -0.12 -0.13 0.32 0.23 0.36 -0.09 0.39 0.48 0.19 0.39 -0.32 -0.15 -0.33 0.19
Bra034629 (CAP1)
 -0.98 -0.86 -0.82 -0.49 -0.17 -0.36 0.26 0.11 -0.52 0.14 -0.27 -0.17 0.76 0.01 -0.07 0.7 0.47 0.11 -0.05 0.09 -0.32 0.09 -0.05 0.1 0.2 0.22 0.27 -0.28 -0.25 0.09 0.36
Bra035201 (DJA7)
 -0.37 -0.32 -0.64 -0.25 -0.73 -0.66 0.38 0.38 -0.11 0.22 0.09 0.04 0.47 -0.23 -0.29 0.14 0.22 -0.44 -0.32 -0.01 -0.28 0.17 -0.78 0.16 0.24 0.28 0.39 0.01 -0.08 0.08 0.75
Bra036812 (IQD20)
 - - -1.64 -0.86 -2.18 -3.13 0.8 0.35 -0.68 0.78 0.35 -0.64 1.94 -0.7 -1.6 1.36 0.75 0.12 -0.41 0.77 0.47 0.34 0.83 -0.29 0.11 0.5 -1.85 -1.19 -2.55 -0.99 -0.33
Bra036946 (ILL6)
 -1.3 -1.08 -0.68 -0.08 -1.74 -0.89 0.56 0.9 -0.57 0.22 0.34 0.26 0.91 -1.35 -1.84 0.6 0.81 -0.5 -1.09 0.16 0.49 0.17 0.01 -0.18 0.35 0.02 0.49 -0.81 -0.42 -0.59 0.9
Bra037005 (PGF14)
 -1.52 -2.79 -1.84 -1.41 -1.02 -0.71 0.73 0.52 -1.98 -0.06 -0.34 -1.27 1.43 -1.1 -2.08 0.4 0.44 0.44 -1.27 0.83 0.18 -0.25 -0.4 0.61 0.66 -0.33 0.72 0.12 0.4 0.31 0.74
Bra037244 (AtCAP2)
 - -2.18 -3.3 -3.14 -3.55 -4.66 0.59 1.46 -0.97 0.85 0.45 -0.52 2.12 - -1.3 1.35 1.88 -0.46 -1.48 1.25 0.24 1.33 -0.76 -0.74 -1.77 - -0.2 -2.6 -2.6 -1.88 -0.51
-0.91 -1.19 -1.43 -0.16 -0.75 -0.25 0.6 0.95 -0.58 -0.06 -0.64 -0.76 0.89 -0.06 -0.57 0.7 0.44 0.13 -0.17 0.14 -0.18 -0.44 0.25 0.16 0.37 -0.12 0.36 -0.1 -0.29 0.04 0.32
-4.48 -4.77 -2.26 -2.34 -5.77 -3.7 1.03 -0.12 -0.75 -0.08 0.9 -0.79 2.13 -2.77 -7.17 1.34 1.15 0.3 -1.81 -0.15 0.47 0.18 1.0 0.4 -0.1 -0.59 -0.03 -0.5 -1.27 -0.96 0.78
Bra039274 (LAC6)
 -0.34 -0.51 -1.34 -0.02 -0.93 -0.4 -0.13 0.95 0.16 0.32 0.26 -0.78 1.5 -0.52 0.23 0.94 0.1 0.73 0.09 0.1 -0.3 0.17 -1.44 0.11 -0.32 -0.26 0.3 -0.63 -1.26 -0.7 -1.17
Bra039290 (LCBK2)
 -0.44 -0.22 -0.12 0.09 -0.44 -0.36 0.15 0.3 -0.26 -0.06 -0.04 -0.42 0.47 -0.3 -0.42 0.25 0.1 -0.29 -0.78 -0.13 0.02 -0.21 -0.08 0.07 0.22 0.13 0.24 0.22 0.13 0.37 0.73
Bra039409 (AIF1)
 -3.18 -4.03 -4.25 -2.86 -0.43 -0.06 0.09 -0.85 -0.92 0.09 -0.73 -0.92 0.99 0.79 0.05 0.82 0.29 0.52 -0.51 0.18 0.67 -0.07 0.39 -0.04 0.48 0.42 0.18 -0.14 0.17 0.08 0.86
Bra039888 (ESV1)
 -0.37 -0.11 0.13 -0.15 -0.17 -0.26 0.24 0.49 -0.58 -0.25 -0.25 -0.24 0.46 -0.14 -0.24 0.37 0.33 -0.2 -0.43 -0.07 -0.33 -0.27 -0.36 0.11 0.2 0.11 0.15 0.16 0.14 0.16 0.49
Bra040225 (MEE32)
 -0.9 -0.83 -0.55 0.18 0.04 0.03 0.53 0.48 -0.34 -0.06 -0.37 -0.75 0.74 -0.52 -0.23 0.17 0.43 0.31 -0.18 -0.33 -0.07 -0.25 -0.08 0.18 0.21 -0.02 0.4 -0.17 -0.37 -0.07 0.62

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.