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Heatmap: Cluster_259 (Brassica rapa (Bra) Coexpression Clusters (HCCA Algorithm))

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(Values are log2 transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

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Gene
Light: 268 uE m-2 s-1
Light: 202.5 uE m-2 s-1 (Control)
Light: 135 uE m-2 s-1
Light: 67.5 uE m-2 s-1
Photoperiod: L24
Photoperiod: L20D4 (Control)
Photoperiod: L12D12
Photoperiod: L8D16
RBW: 4:1:1 (Control)
RBW: 4:1:0
RBW: 3:1:1
RBW: 3:1:0
Nitrogen: 0%
Nitrogen: 25%
Nitrogen: 50%
Nitrogen: 100% (Control)
Nitrogen: 150%
Phosphorous: 0%
Phosphorous: 25%
Phosphorous: 50%
Phosphorous: 100% (Control)
Phosphorous: 150%
Potassium: 0%
Potassium: 25%
Potassium: 50%
Potassium: 100% (Control)
Potassium: 150%
Temperature: 20°C
Temperature: 25°C (Control)
Temperature: 30°C
Temperature: 35°C
0.04 -0.21 -0.3 0.03 -0.11 -0.14 0.23 0.35 -0.06 0.13 0.06 0.2 0.38 -0.21 -0.32 -0.1 0.1 -0.68 -0.23 0.07 0.34 0.19 -0.49 0.07 -0.09 -0.07 0.04 -0.07 -0.31 -0.1 0.55
Bra003913 (CSTF64)
 0.46 0.47 0.44 0.1 0.86 0.44 -0.36 -0.21 -0.21 -0.31 -0.64 -0.35 0.25 0.22 0.26 0.16 -0.24 0.39 -0.5 -0.25 -0.58 -0.36 0.36 -0.39 -0.17 -0.3 -0.17 -0.39 -0.16 -0.27 -0.07
-0.09 -0.1 -0.05 0.31 0.54 0.74 -0.68 0.42 -0.88 -1.72 -0.62 -1.55 0.72 0.99 1.25 0.61 0.09 -0.26 -0.94 -0.17 -0.42 -0.36 1.13 -0.35 -0.33 -0.44 -0.59 -0.23 -0.65 -1.64 -0.67
Bra005573 (PRORP1)
 0.21 -0.04 -0.31 0.11 0.14 0.23 0.05 0.58 0.05 0.2 0.08 0.23 0.39 -0.27 -0.21 -0.02 0.17 -0.07 -0.34 -0.19 -0.02 -0.1 -0.62 -0.22 -0.15 -0.09 -0.12 0.06 -0.31 -0.44 0.33
Bra005690 (SFC1)
 -0.1 0.08 -0.04 0.22 0.47 0.37 0.4 0.29 -0.52 -0.24 -0.4 -0.27 0.27 0.2 0.14 0.02 0.12 0.17 -0.19 -0.09 -0.08 -0.1 -0.06 -0.08 0.02 -0.42 -0.06 -0.17 -0.22 -0.46 0.06
Bra006694 (MYB59)
 0.28 0.49 0.22 -0.18 -0.11 1.14 -0.17 -0.29 -0.35 -0.62 -0.56 -0.94 0.16 0.92 1.02 -0.26 -0.39 -1.18 -0.69 -0.36 -0.12 -0.34 -0.77 -0.05 0.21 -0.78 0.16 -0.17 0.3 -0.28 0.4
-0.52 0.15 0.28 -0.05 0.05 0.26 0.02 0.03 -0.71 -0.18 -0.65 -0.36 0.48 0.92 0.38 -0.02 0.34 0.75 0.22 -0.2 -0.26 -0.28 0.0 -0.15 -0.15 -0.15 -0.33 -0.34 -0.55 -0.54 -0.08
Bra008480 (GA4H)
 0.56 -0.07 -0.33 -0.06 0.2 0.78 1.0 0.65 -0.59 -0.6 0.18 0.15 1.27 0.57 0.38 0.8 0.11 -0.83 -0.16 0.26 0.58 0.41 -1.73 -0.35 -0.8 -1.88 -1.04 -1.18 -3.57 -1.93 -3.0
Bra009435 (DAP2)
 0.27 0.1 -0.16 0.18 0.61 0.44 0.28 0.43 -0.23 0.1 -0.15 -0.3 0.27 0.3 0.05 0.19 0.2 0.46 -0.09 -0.03 -0.19 -0.25 -1.03 -0.45 -0.43 -0.35 -0.39 -0.24 -0.33 -0.29 -0.21
Bra009782 (Tric2)
 -0.03 0.2 -0.03 0.13 0.21 0.29 0.04 0.34 -0.42 -0.23 -0.21 -0.31 0.49 0.09 0.12 0.12 0.0 0.18 -0.38 -0.27 0.0 -0.31 0.1 -0.19 -0.09 -0.02 -0.09 0.25 -0.19 -0.5 0.13
0.2 0.27 0.09 -0.1 0.48 0.42 0.0 0.28 -0.07 -0.03 -0.22 -0.14 0.24 0.34 0.33 -0.09 -0.11 -0.19 -0.14 -0.15 -0.17 -0.11 -0.43 -0.35 -0.3 -0.43 -0.23 -0.21 0.02 -0.12 0.25
Bra011962 (LOG1)
 0.12 -0.12 -0.36 -0.39 0.45 0.81 0.43 0.68 -0.02 -0.38 -0.35 -0.44 0.08 0.41 0.18 -0.27 -0.6 -0.17 0.12 -0.08 -0.03 -0.17 -1.09 -0.11 -0.25 -0.23 -0.37 0.42 0.45 -0.19 -0.22
Bra012872 (TRX1)
 -0.02 0.12 -0.63 -0.32 0.8 0.54 0.37 0.41 -0.51 0.3 -0.11 -0.58 1.18 0.64 0.23 -0.15 -0.28 0.47 -0.1 -0.02 -0.29 0.21 -1.51 -0.21 -0.95 -0.11 -0.95 -0.59 -0.51 -0.67 -0.05
0.27 0.17 0.19 0.06 0.82 0.67 0.35 0.55 -0.2 -0.31 -0.45 -0.43 -0.04 0.24 0.06 -0.24 -0.15 -0.92 -0.32 -0.32 -0.34 -0.27 -0.56 -0.12 -0.27 -0.46 -0.37 0.25 0.4 -0.04 0.21
Bra013511 (emb1417)
 0.15 0.09 -0.04 0.09 0.22 0.5 0.21 0.38 -0.19 -0.3 -0.18 0.05 0.12 0.18 0.35 -0.02 0.03 -0.05 -0.03 0.16 -0.03 -0.04 -0.03 -0.3 -0.29 -0.51 -0.42 -0.08 -0.28 -0.32 -0.02
Bra014662 (CRD1)
 0.97 0.67 0.33 0.75 -0.21 0.17 0.5 0.71 -0.59 -0.1 -0.27 0.16 -0.19 -0.8 -0.96 0.19 0.15 -1.21 -0.11 -0.41 -0.47 -0.54 -2.8 -0.53 -0.87 -0.61 -0.48 0.53 0.64 0.13 0.42
0.45 0.34 0.21 0.26 0.18 0.41 -0.14 -0.17 0.15 0.01 -0.09 -0.07 -0.32 0.18 0.22 -0.25 -0.08 -0.32 -0.41 -0.23 -0.33 -0.1 -0.32 -0.31 -0.17 -0.03 -0.19 -0.01 0.15 0.11 0.26
Bra015367 (TIC20)
 0.24 -0.07 0.04 0.2 0.42 0.32 0.15 0.1 -0.03 0.18 0.17 -0.37 0.52 0.03 -0.04 -0.01 -0.04 -0.49 -0.27 -0.08 0.12 0.12 -0.5 -0.11 -0.12 -0.36 -0.12 -0.05 -0.39 -0.5 0.22
Bra016410 (RFC4)
 0.63 0.3 0.65 0.86 0.76 0.93 0.1 0.09 -0.77 -0.66 -0.71 -1.04 0.67 0.28 0.88 0.06 0.17 0.58 0.01 -1.06 0.04 -0.49 0.13 -0.6 -0.88 -1.07 -1.24 -0.66 -1.99 -1.14 -0.49
Bra016629 (SHOU4L)
 0.21 0.23 0.24 0.49 0.3 -0.17 0.23 0.55 0.12 0.12 -0.24 0.13 0.36 0.09 -0.04 0.07 0.09 0.02 -0.32 -0.07 -0.11 -0.01 -1.0 -0.55 -0.51 -0.34 -0.52 -0.24 -0.18 0.13 -0.17
0.14 -0.14 -0.07 0.28 0.38 -0.09 0.38 0.23 -0.1 0.36 0.43 0.43 0.58 -0.48 -0.57 0.28 0.34 0.15 -0.15 0.25 -0.09 -0.15 -0.81 -0.28 -0.36 -0.25 -0.46 -0.19 -1.02 -0.55 0.02
0.15 0.25 -0.01 -0.03 0.39 0.43 0.14 -0.09 -0.03 -0.19 -0.16 -0.15 -0.04 0.31 0.3 0.15 0.12 -0.45 -0.13 -0.09 -0.22 -0.15 -0.15 -0.01 -0.21 -0.41 -0.24 0.11 0.13 -0.25 0.05
Bra019040 (NARA5)
 0.32 0.21 0.28 0.56 0.14 0.08 0.37 0.6 -0.55 -0.27 -0.13 -0.34 0.22 0.05 -0.1 0.15 0.33 -0.48 -0.63 0.09 0.13 0.07 -0.73 -0.36 -0.21 -0.08 -0.19 -0.1 -0.22 -0.51 0.13
Bra019099 (CBL3)
 0.23 0.24 0.32 0.03 0.6 0.53 -0.02 0.08 -0.0 0.06 -0.09 -0.19 -0.21 0.48 0.4 -0.34 -0.35 -0.52 -0.32 -0.12 -0.29 -0.21 -0.93 -0.28 -0.2 -0.29 -0.25 0.08 0.44 0.04 -0.08
Bra022262 (DAC)
 0.16 0.04 -0.01 0.26 0.12 0.44 0.35 0.45 -0.18 -0.22 -0.13 -0.16 0.03 0.13 0.09 -0.1 -0.06 -0.35 -0.15 0.0 0.03 0.05 -0.49 -0.11 -0.12 -0.24 -0.12 0.04 -0.13 -0.22 0.12
0.06 0.22 0.14 -0.12 0.44 0.61 0.07 0.25 -0.07 -0.3 -0.32 -0.29 -0.09 0.38 0.68 0.03 0.09 -0.57 -0.15 -0.16 -0.13 -0.12 -0.56 -0.25 -0.25 -0.39 -0.24 -0.14 -0.04 -0.26 0.42
0.57 0.41 0.36 0.36 0.46 0.42 0.11 0.46 -0.4 -0.44 -0.43 -0.43 0.2 0.28 0.2 -0.08 -0.15 -0.24 -0.29 -0.34 -0.32 -0.24 0.08 -0.32 -0.1 -0.24 -0.34 -0.07 -0.07 -0.38 -0.12
Bra022946 (AHL10)
 0.53 -0.04 0.69 0.09 1.07 0.28 0.16 -0.45 -0.03 -0.41 -0.13 -0.51 0.43 0.25 0.34 0.35 -0.26 0.32 -0.2 0.03 -0.26 -0.17 0.19 -1.35 -0.88 -0.63 -1.04 0.0 0.23 -0.95 -0.45
0.42 0.71 0.16 0.27 0.36 1.32 0.4 0.54 -0.27 0.05 -0.26 0.05 -0.79 -0.1 0.56 -0.54 -0.52 -0.38 0.47 -0.12 0.18 -0.03 -1.45 -0.7 -0.38 -0.71 -0.54 0.03 -0.09 -0.8 -2.04
Bra023954 (APX6)
 0.28 -0.06 -0.17 -0.12 0.69 0.81 0.07 0.2 -0.3 -0.04 -0.13 -0.44 0.25 0.35 0.33 0.16 0.13 -0.08 -0.02 0.01 -0.2 -0.31 -0.46 -0.48 -0.56 -0.59 -0.27 -0.21 -0.05 -0.27 0.23
Bra024097 (VIL2)
 0.1 -0.02 0.25 0.25 0.15 0.22 0.09 0.08 -0.27 0.0 -0.03 -0.27 0.16 0.02 -0.01 0.14 -0.0 -0.03 -0.3 -0.16 0.08 0.05 -0.3 -0.0 -0.03 0.28 -0.14 -0.07 -0.1 -0.38 -0.08
Bra025613 (SOS2)
 0.36 0.06 0.18 0.03 0.25 0.38 -0.17 -0.53 0.09 -0.33 0.01 -0.19 -0.24 0.32 0.29 -0.49 -0.28 -0.43 -0.09 0.01 -0.25 0.05 0.02 -0.05 0.02 0.05 -0.1 0.13 0.38 -0.04 -0.07
-0.5 0.49 0.31 -0.17 0.65 0.58 0.03 0.14 -0.26 0.04 -0.59 -0.4 0.55 0.66 0.4 0.32 0.24 0.49 -0.24 -0.12 -0.06 -0.29 -0.03 0.01 -0.49 -0.87 -0.66 -0.63 -0.99 -0.4 -0.4
-0.2 -0.05 0.09 0.08 0.49 0.15 0.15 0.45 -0.25 -0.15 -0.2 -0.21 0.1 0.38 0.2 -0.15 -0.01 -0.23 -0.15 -0.15 -0.24 -0.22 0.1 0.1 -0.05 -0.2 -0.19 0.2 -0.03 -0.24 -0.04
-0.13 0.05 0.21 -0.16 0.31 0.57 0.32 0.42 -0.35 -0.21 -0.39 -0.31 0.06 -0.17 -0.08 -0.03 0.03 -0.48 -0.29 -0.09 -0.08 -0.2 -0.12 -0.13 -0.09 -0.18 0.11 0.08 0.17 0.29 0.23
-0.07 -0.12 -0.18 -0.08 0.28 0.21 0.5 0.45 -0.14 0.01 0.09 0.17 0.17 -0.01 -0.1 -0.02 -0.08 -0.31 -0.14 0.08 -0.07 0.0 -0.81 -0.08 -0.07 -0.16 0.09 0.27 -0.18 -0.58 0.22
-0.05 0.04 0.19 -0.09 -0.04 0.28 0.29 0.52 -0.17 0.12 0.03 0.06 0.32 0.05 -0.32 0.13 0.25 -0.54 -0.1 -0.04 -0.04 -0.0 -0.66 -0.27 -0.09 -0.16 -0.14 0.05 -0.02 -0.19 0.02
Bra029139 (CCB2)
 0.08 0.14 0.22 0.28 0.21 -0.14 0.11 0.2 -0.27 0.09 -0.15 0.0 0.42 -0.33 -0.57 0.2 0.19 -0.22 -0.33 0.1 0.11 0.2 -0.81 -0.03 0.03 -0.05 -0.03 0.05 -0.39 -0.29 0.27
0.18 0.31 0.33 0.47 0.27 0.36 0.17 0.07 -0.27 -0.09 0.02 -0.28 0.0 -0.01 0.07 -0.04 -0.04 -0.8 -0.32 -0.16 -0.24 0.07 -0.63 0.01 0.05 0.07 0.11 0.26 0.04 -0.39 -0.4
Bra029828 (GYRB1)
 0.34 0.16 0.0 0.49 0.53 0.49 0.03 0.37 -0.28 -0.14 -0.33 -0.34 0.24 -0.13 0.02 -0.17 -0.04 -0.3 -0.24 -0.17 -0.02 -0.25 -0.19 -0.2 -0.11 -0.2 -0.07 0.18 -0.07 -0.29 -0.02
0.0 0.05 -0.38 -0.18 0.58 0.43 0.16 0.33 -0.35 0.06 0.17 -0.21 -0.03 0.42 0.35 0.04 0.38 -0.22 -0.37 -0.03 0.09 -0.01 -0.43 -0.19 -0.11 -0.03 -0.28 -0.24 -0.16 -0.47 -0.18
Bra032460 (HEXO2)
 0.38 0.21 0.26 0.23 0.04 0.42 -0.36 -0.19 -0.0 -0.29 -0.08 -0.23 -0.26 0.5 0.21 -0.16 -0.2 -0.4 -0.32 -0.11 -0.23 -0.07 -0.48 0.05 0.02 -0.16 -0.01 0.09 0.23 -0.09 0.31
Bra033215 (CCR16)
 0.14 -0.06 -0.18 0.17 0.08 0.34 0.18 0.06 0.02 0.24 0.17 0.15 0.13 0.16 0.09 0.31 0.15 -0.08 -0.13 -0.0 0.07 -0.16 -1.07 -0.26 -0.3 -0.39 -0.24 0.18 -0.1 -0.34 -0.0
0.22 0.19 0.16 0.3 0.55 0.38 -0.04 0.31 -0.54 -0.4 -0.48 -0.26 0.07 0.38 0.28 -0.11 0.17 -0.13 -0.17 -0.14 -0.14 -0.09 -0.31 -0.1 -0.06 -0.42 -0.3 -0.22 -0.07 -0.21 0.32
Bra033475 (CPK18)
 0.36 0.3 -0.23 0.15 0.67 0.5 0.5 0.49 -0.96 -0.43 -0.72 -0.77 0.57 0.58 0.59 0.11 0.0 -0.22 -0.4 -0.35 -0.31 -0.39 0.61 -0.31 -0.4 -0.48 -0.33 -0.38 -0.43 -0.48 -0.19
0.11 0.08 -0.03 -0.07 -0.14 0.3 0.24 0.54 0.16 0.11 -0.05 0.1 0.13 0.25 -0.1 0.07 0.17 -0.39 -0.14 0.07 -0.05 0.15 -1.43 -0.18 -0.15 -0.63 -0.12 -0.03 0.14 -0.16 0.05
Bra034829 (TBL8)
 0.06 0.22 0.18 0.52 0.04 0.14 0.15 0.07 0.16 -0.09 -0.11 -0.39 -0.14 0.23 0.01 -0.06 -0.11 -0.72 -0.11 0.03 -0.16 0.19 -0.51 0.06 -0.1 -0.09 0.02 0.26 0.13 -0.35 -0.15
0.2 0.2 0.08 0.33 0.14 0.39 0.25 0.13 0.07 -0.05 -0.02 -0.13 -0.25 0.25 0.14 -0.1 -0.13 -0.59 -0.01 -0.01 0.0 0.15 -0.91 -0.05 -0.07 -0.07 -0.05 0.14 0.01 -0.38 -0.31
-0.77 -0.29 -0.28 -0.63 0.55 0.6 0.35 0.28 -0.27 0.04 0.02 -0.0 0.61 0.3 0.58 0.21 -0.0 0.34 0.01 0.26 0.14 -0.08 -0.15 -0.39 -0.63 -1.04 -0.51 -0.77 -0.59 -0.37 0.41
-0.04 0.13 0.09 -0.11 0.58 0.67 0.15 0.68 -0.44 -0.57 -0.41 -0.45 0.3 0.33 0.38 0.14 0.36 -0.11 -0.05 -0.24 -0.06 -0.19 0.09 -0.23 -0.29 -0.23 -0.27 -0.02 -0.32 -0.69 -0.54
Bra039482 (EVR3)
 0.18 -0.04 -0.05 0.19 0.19 -0.04 0.03 0.13 -0.14 0.34 -0.02 0.3 0.65 -0.7 -0.46 0.22 0.34 -0.2 -0.08 0.17 0.12 -0.13 -1.48 -0.26 -0.26 -0.05 -0.12 -0.27 -0.59 -0.14 0.66
Bra040299 (TGD4)
 0.33 0.26 0.44 0.18 0.34 0.01 -0.05 0.33 -0.43 -0.23 -0.12 -0.24 0.23 0.31 0.33 -0.12 -0.03 -0.04 -0.45 -0.32 -0.05 -0.58 -0.13 -0.32 -0.15 -0.06 -0.16 -0.0 -0.17 -0.07 0.23
Bra040469 (FD2)
 0.73 0.76 0.66 1.39 -0.49 -0.11 0.92 1.1 -1.51 -0.76 -0.98 -1.26 -0.43 -1.04 -1.49 0.45 0.46 -1.34 -0.88 -0.3 -0.31 -0.78 -1.44 -0.53 -0.21 -0.12 -0.57 0.47 0.24 0.11 0.36
-0.54 -1.52 -1.43 -0.3 0.7 0.33 0.68 0.59 -0.31 0.01 0.19 -0.37 1.24 0.16 -0.36 0.57 -0.16 0.55 -0.27 0.3 0.28 -0.2 0.03 -0.46 -0.34 -0.53 -0.57 -0.37 -0.15 -1.06 -0.37

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.