1. Home
  2. Tools
  3. Expression Heatmap
  4. Results

Heatmap: Cluster_259 (Brassica rapa (Bra) Coexpression Clusters (HCCA Algorithm))

View as: (view zlog-transformed or row-normalized)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Showing raw values)

 Transpose table  Download table
Gene
Light: 268 uE m-2 s-1
Light: 202.5 uE m-2 s-1 (Control)
Light: 135 uE m-2 s-1
Light: 67.5 uE m-2 s-1
Photoperiod: L24
Photoperiod: L20D4 (Control)
Photoperiod: L12D12
Photoperiod: L8D16
RBW: 4:1:1 (Control)
RBW: 4:1:0
RBW: 3:1:1
RBW: 3:1:0
Nitrogen: 0%
Nitrogen: 25%
Nitrogen: 50%
Nitrogen: 100% (Control)
Nitrogen: 150%
Phosphorous: 0%
Phosphorous: 25%
Phosphorous: 50%
Phosphorous: 100% (Control)
Phosphorous: 150%
Potassium: 0%
Potassium: 25%
Potassium: 50%
Potassium: 100% (Control)
Potassium: 150%
Temperature: 20°C
Temperature: 25°C (Control)
Temperature: 30°C
Temperature: 35°C
14.92 12.55 11.81 14.81 13.41 13.14 17.05 18.44 13.94 15.94 15.14 16.64 18.94 12.58 11.63 13.57 15.61 9.08 12.35 15.24 18.38 16.55 10.35 15.29 13.63 13.88 14.88 13.82 11.72 13.56 21.24
Bra003913 (CSTF64)
 3.89 3.91 3.85 3.03 5.15 3.85 2.2 2.46 2.45 2.29 1.82 2.22 3.36 3.29 3.39 3.17 2.4 3.71 2.0 2.39 1.89 2.2 3.62 2.16 2.52 2.3 2.52 2.16 2.53 2.34 2.69
32.55 32.16 33.4 42.91 50.37 57.72 21.59 46.29 18.78 10.52 22.41 11.78 56.75 68.46 82.13 52.89 36.65 28.89 17.99 30.73 25.9 26.86 75.75 27.06 27.54 25.45 22.98 29.45 22.04 11.07 21.65
Bra005573 (PRORP1)
 21.43 18.02 14.9 19.99 20.44 21.68 19.2 27.7 19.18 21.24 19.51 21.66 24.25 15.35 16.03 18.28 20.8 17.7 14.64 16.25 18.23 17.33 12.01 15.88 16.69 17.35 16.99 19.33 14.9 13.69 23.33
Bra005690 (SFC1)
 28.41 32.18 29.49 35.37 42.21 39.31 40.1 37.31 21.21 25.74 23.13 25.18 36.72 35.02 33.52 30.87 32.96 34.22 26.58 28.59 28.78 28.46 29.21 28.71 30.77 22.68 29.23 27.05 26.04 22.14 31.68
Bra006694 (MYB59)
 47.92 55.33 45.69 34.71 36.33 86.72 35.09 32.16 30.88 25.59 26.6 20.5 43.96 74.59 79.8 32.96 29.96 17.35 24.32 30.57 36.31 30.98 23.01 38.04 45.39 22.89 44.08 35.06 48.4 32.48 52.05
15.0 23.79 26.04 20.72 22.27 25.76 21.8 21.9 13.12 18.9 13.71 16.76 29.86 40.54 27.94 21.23 27.12 36.03 25.04 18.67 17.96 17.69 21.45 19.28 19.38 19.36 17.1 16.96 14.65 14.79 20.28
Bra008480 (GA4H)
 0.74 0.48 0.4 0.49 0.58 0.87 1.01 0.8 0.34 0.33 0.57 0.56 1.22 0.75 0.66 0.88 0.54 0.28 0.45 0.61 0.76 0.67 0.15 0.4 0.29 0.14 0.25 0.22 0.04 0.13 0.06
Bra009435 (DAP2)
 9.88 8.82 7.35 9.29 12.55 11.09 9.99 11.09 6.98 8.77 7.38 6.66 9.92 10.13 8.48 9.36 9.4 11.29 7.71 8.03 7.19 6.91 4.02 6.0 6.09 6.42 6.28 6.92 6.55 6.72 7.11
Bra009782 (Tric2)
 49.86 58.46 49.89 55.9 59.02 62.5 52.29 64.57 38.21 43.34 44.12 41.23 71.58 54.37 55.44 55.29 51.04 57.61 39.09 42.2 51.16 41.28 54.82 44.87 47.76 50.19 47.94 60.54 44.69 36.15 55.87
17.98 18.91 16.7 14.59 21.75 20.89 15.68 19.02 14.87 15.28 13.4 14.23 18.47 19.76 19.68 14.73 14.52 13.72 14.2 14.14 13.94 14.49 11.61 12.29 12.73 11.61 13.34 13.54 15.85 14.36 18.57
Bra011962 (LOG1)
 86.25 72.99 61.64 60.39 107.85 138.4 106.69 126.77 78.19 60.76 62.32 58.4 83.89 105.51 89.5 65.83 52.17 70.2 86.28 75.0 77.38 70.37 37.29 73.34 66.75 67.52 61.39 105.71 108.49 69.26 67.82
Bra012872 (TRX1)
 9.46 10.4 6.18 7.67 16.67 13.96 12.43 12.75 6.76 11.79 8.92 6.43 21.79 14.97 11.29 8.63 7.89 13.28 8.93 9.44 7.86 11.11 3.37 8.3 4.98 8.91 4.97 6.39 6.75 6.04 9.25
9.45 8.82 8.99 8.2 13.88 12.53 10.03 11.53 6.84 6.33 5.74 5.83 7.63 9.27 8.19 6.66 7.07 4.15 6.3 6.29 6.22 6.5 5.33 7.22 6.51 5.72 6.08 9.33 10.37 7.66 9.07
Bra013511 (emb1417)
 18.67 17.8 16.29 17.91 19.6 23.68 19.46 21.88 14.75 13.6 14.83 17.35 18.21 19.01 21.41 16.6 17.15 16.24 16.39 18.74 16.48 16.38 16.4 13.63 13.74 11.79 12.57 15.9 13.78 13.44 16.54
Bra014662 (CRD1)
 21.35 17.36 13.69 18.4 9.41 12.29 15.47 17.91 7.25 10.21 9.04 12.18 9.58 6.28 5.63 12.47 12.15 4.72 10.1 8.21 7.89 7.52 1.57 7.55 5.99 7.14 7.84 15.82 17.05 11.96 14.57
6.52 6.07 5.54 5.72 5.41 6.35 4.35 4.27 5.32 4.83 4.5 4.55 3.84 5.44 5.58 4.01 4.52 3.84 3.6 4.08 3.82 4.46 3.83 3.87 4.26 4.68 4.19 4.77 5.31 5.18 5.72
Bra015367 (TIC20)
 68.05 55.23 59.38 66.24 77.36 72.12 64.26 61.86 56.64 65.41 64.91 44.67 83.1 58.92 56.08 57.23 56.09 41.13 47.94 54.85 62.88 62.67 40.92 53.55 53.22 45.09 53.24 55.83 44.03 40.94 67.43
Bra016410 (RFC4)
 2.14 1.7 2.17 2.5 2.35 2.64 1.48 1.47 0.81 0.88 0.84 0.67 2.21 1.68 2.55 1.44 1.56 2.07 1.39 0.66 1.42 0.98 1.51 0.91 0.75 0.66 0.58 0.88 0.35 0.63 0.98
Bra016629 (SHOU4L)
 11.9 12.04 12.14 14.43 12.66 9.14 12.0 15.04 11.18 11.14 8.66 11.25 13.18 10.91 9.98 10.76 10.9 10.42 8.21 9.77 9.53 10.22 5.15 6.99 7.18 8.1 7.15 8.71 9.05 11.24 9.09
29.17 23.98 25.15 32.04 34.43 24.85 34.32 30.96 24.73 33.98 35.65 35.57 39.6 18.96 17.88 32.21 33.57 29.44 23.86 31.46 24.78 23.78 15.06 21.86 20.65 22.22 19.2 23.2 13.02 18.03 26.77
27.47 29.5 24.7 24.28 32.64 33.48 27.32 23.27 24.35 21.73 22.17 22.33 24.1 30.8 30.64 27.6 26.97 18.18 22.69 23.37 21.29 22.31 22.36 24.7 21.42 18.76 21.1 26.75 27.23 20.84 25.67
Bra019040 (NARA5)
 57.98 53.75 56.44 68.52 51.32 49.01 60.22 70.55 31.75 38.47 42.46 36.62 54.17 47.95 43.37 51.7 58.31 33.21 30.04 49.44 50.75 48.87 28.06 36.19 40.24 43.83 40.61 43.38 39.83 32.7 50.87
Bra019099 (CBL3)
 38.84 39.2 41.41 33.82 50.18 47.96 32.56 34.94 33.04 34.51 31.22 29.08 28.57 46.21 43.61 26.1 26.08 23.14 26.45 30.45 27.18 28.69 17.44 27.21 28.8 27.08 27.78 34.92 45.05 34.11 31.45
Bra022262 (DAC)
 226.48 208.15 201.11 242.65 220.32 275.27 257.43 277.39 178.44 173.51 184.56 181.75 206.2 221.55 215.75 188.53 194.34 159.3 182.02 202.73 207.1 209.31 144.69 187.5 186.07 171.17 186.93 208.84 184.47 174.45 220.1
8.02 8.93 8.47 7.06 10.43 11.72 8.07 9.13 7.31 6.24 6.16 6.27 7.23 9.98 12.33 7.82 8.16 5.19 6.94 6.87 7.03 7.06 5.19 6.48 6.46 5.84 6.52 6.97 7.48 6.42 10.26
15.04 13.52 13.03 12.99 13.98 13.55 10.93 13.93 7.67 7.48 7.54 7.55 11.67 12.3 11.66 9.59 9.17 8.61 8.3 8.01 8.15 8.61 10.69 8.11 9.45 8.62 8.01 9.64 9.7 7.78 9.37
Bra022946 (AHL10)
 5.72 3.85 6.37 4.19 8.32 4.78 4.42 2.89 3.87 2.98 3.6 2.77 5.33 4.69 4.99 5.04 3.3 4.93 3.45 4.03 3.29 3.52 4.5 1.55 2.14 2.56 1.92 3.96 4.64 2.04 2.89
9.34 11.39 7.8 8.42 8.92 17.43 9.21 10.13 5.78 7.22 5.82 7.21 4.02 6.51 10.3 4.8 4.86 5.37 9.66 6.41 7.91 6.8 2.55 4.3 5.34 4.25 4.8 7.09 6.56 4.0 1.7
Bra023954 (APX6)
 19.25 15.19 14.05 14.49 25.49 27.64 16.6 18.17 12.8 15.41 14.48 11.63 18.83 20.21 19.85 17.7 17.34 14.95 15.56 15.97 13.75 12.75 11.5 11.37 10.76 10.49 13.15 13.7 15.22 13.08 18.58
Bra024097 (VIL2)
 7.74 7.12 8.62 8.58 8.04 8.4 7.71 7.64 6.0 7.23 7.09 5.99 8.08 7.33 7.19 7.97 7.21 7.06 5.87 6.45 7.64 7.49 5.85 7.2 7.09 8.78 6.57 6.9 6.73 5.55 6.84
Bra025613 (SOS2)
 20.76 16.82 18.32 16.53 19.15 21.06 14.37 11.14 17.23 12.86 16.23 14.16 13.7 20.15 19.69 11.48 13.32 11.98 15.15 16.22 13.61 16.66 16.34 15.58 16.34 16.73 15.09 17.72 21.04 15.67 15.35
2.16 4.28 3.78 2.71 4.81 4.58 3.11 3.37 2.56 3.13 2.02 2.32 4.47 4.84 4.03 3.8 3.61 4.3 2.58 2.81 2.94 2.49 2.99 3.07 2.17 1.67 1.93 1.97 1.54 2.32 2.31
5.46 6.09 6.7 6.66 8.83 6.98 6.98 8.56 5.29 5.66 5.48 5.42 6.72 8.18 7.24 5.69 6.25 5.35 5.68 5.67 5.33 5.41 6.72 6.76 6.09 5.49 5.51 7.2 6.14 5.32 6.11
55.33 62.55 69.93 54.17 75.02 90.14 75.74 80.85 47.63 52.22 46.21 48.7 63.08 53.7 57.35 59.33 61.77 43.32 49.56 56.72 57.37 52.87 55.84 55.27 56.77 53.45 65.16 64.14 68.17 73.91 71.12
19.76 19.04 18.26 19.57 25.14 23.93 29.28 28.26 18.83 20.91 22.11 23.29 23.24 20.54 19.38 20.37 19.56 16.68 18.81 21.84 19.71 20.74 11.79 19.64 19.74 18.53 22.05 24.95 18.26 13.9 24.11
23.25 24.61 27.33 22.59 23.3 29.22 29.31 34.48 21.38 26.03 24.58 25.06 29.86 24.8 19.21 26.29 28.46 16.57 22.44 23.28 23.34 23.94 15.24 19.84 22.58 21.52 21.84 24.8 23.67 21.04 24.27
Bra029139 (CCB2)
 14.53 15.22 16.01 16.72 15.9 12.49 14.84 15.8 11.4 14.69 12.4 13.81 18.46 10.97 9.31 15.78 15.69 11.79 10.96 14.81 14.83 15.8 7.88 13.47 14.07 13.27 13.52 14.23 10.49 11.29 16.64
22.11 24.21 24.67 27.03 23.59 25.15 22.02 20.52 16.18 18.33 19.87 16.14 19.57 19.45 20.51 18.98 19.01 11.25 15.62 17.47 16.61 20.6 12.62 19.71 20.31 20.48 21.09 23.39 20.14 14.95 14.78
Bra029828 (GYRB1)
 15.11 13.33 11.96 16.72 17.27 16.79 12.17 15.44 9.81 10.83 9.52 9.45 14.09 10.95 12.12 10.63 11.6 9.7 10.14 10.6 11.77 10.02 10.49 10.43 11.05 10.39 11.35 13.54 11.35 9.8 11.81
13.61 14.08 10.42 12.05 20.28 18.35 15.25 17.08 10.71 14.15 15.29 11.77 13.35 18.23 17.29 13.96 17.67 11.65 10.54 13.29 14.52 13.55 10.12 11.95 12.58 13.34 11.23 11.53 12.16 9.85 12.04
Bra032460 (HEXO2)
 24.16 21.5 22.14 21.67 19.0 24.74 14.45 16.2 18.51 15.16 17.58 15.84 15.5 26.24 21.47 16.53 16.11 14.04 14.87 17.16 15.77 17.63 13.27 19.13 18.73 16.57 18.38 19.79 21.8 17.44 23.03
Bra033215 (CCR16)
 37.93 33.0 30.42 38.73 36.54 43.62 38.91 35.98 34.87 40.55 38.8 38.2 37.72 38.4 36.76 42.83 38.16 32.49 31.47 34.36 36.11 30.83 16.36 28.83 27.96 26.34 29.18 38.91 32.04 27.15 34.43
3.46 3.39 3.32 3.66 4.33 3.87 2.88 3.68 2.04 2.24 2.13 2.48 3.1 3.87 3.59 2.75 3.34 2.7 2.64 2.69 2.69 2.79 2.39 2.76 2.84 2.22 2.4 2.54 2.83 2.57 3.71
Bra033475 (CPK18)
 19.84 19.09 13.21 17.18 24.58 21.95 21.86 21.7 7.97 11.46 9.42 9.09 23.02 23.13 23.3 16.69 15.52 13.32 11.75 12.16 12.52 11.82 23.64 12.47 11.74 11.1 12.33 11.87 11.51 11.13 13.56
12.63 12.4 11.53 11.22 10.67 14.45 13.85 17.08 13.1 12.71 11.3 12.55 12.87 13.94 10.94 12.3 13.24 8.97 10.65 12.33 11.34 13.07 4.36 10.39 10.61 7.61 10.81 11.5 12.91 10.48 12.16
Bra034829 (TBL8)
 4.49 5.03 4.87 6.19 4.42 4.75 4.79 4.52 4.82 4.04 4.0 3.29 3.91 5.04 4.35 4.13 3.99 2.61 3.99 4.41 3.87 4.92 3.03 4.5 4.02 4.04 4.37 5.16 4.71 3.39 3.88
22.62 22.55 20.78 24.73 21.72 25.8 23.36 21.56 20.62 19.01 19.35 17.94 16.58 23.35 21.63 18.32 18.0 13.08 19.53 19.55 19.74 21.8 10.46 18.95 18.75 18.76 18.96 21.76 19.83 15.13 15.91
2.08 2.91 2.93 2.31 5.2 5.41 4.53 4.32 2.96 3.67 3.6 3.55 5.44 4.37 5.32 4.11 3.56 4.5 3.59 4.27 3.93 3.37 3.21 2.72 2.3 1.73 2.5 2.09 2.37 2.76 4.72
1.75 1.96 1.92 1.66 2.68 2.86 2.0 2.88 1.32 1.21 1.35 1.32 2.21 2.26 2.34 1.98 2.3 1.66 1.73 1.52 1.73 1.58 1.91 1.53 1.47 1.53 1.49 1.77 1.44 1.11 1.24
Bra039482 (EVR3)
 41.47 35.63 35.6 41.78 41.78 35.78 37.51 40.21 33.31 46.47 36.29 45.12 57.74 22.56 26.73 42.68 46.37 32.0 34.66 41.44 39.9 33.62 13.17 30.63 30.64 35.36 33.78 30.46 24.4 33.44 58.01
Bra040299 (TGD4)
 7.64 7.28 8.27 6.88 7.72 6.12 5.89 7.66 4.5 5.19 5.6 5.16 7.11 7.55 7.65 5.58 5.96 5.92 4.44 4.86 5.87 4.06 5.55 4.88 5.49 5.82 5.46 6.07 5.42 5.79 7.16
Bra040469 (FD2)
 24.89 25.43 23.71 39.11 10.63 13.83 28.33 32.09 5.26 8.81 7.6 6.26 11.1 7.26 5.33 20.43 20.62 5.91 8.12 12.16 12.03 8.7 5.51 10.35 12.92 13.72 10.09 20.68 17.62 16.11 19.26
4.54 2.31 2.45 5.35 10.75 8.32 10.57 9.92 5.34 6.65 7.52 5.1 15.59 7.37 5.15 9.79 5.92 9.71 5.48 8.17 8.03 5.75 6.73 4.81 5.22 4.59 4.46 5.12 5.94 3.16 5.13

Details

Raw expression values (TPM normalized), Green cells indicate low expression and red high. (Dark gray cells indicate missing values)