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Heatmap: Cluster_227 (Brassica rapa (Bra) Coexpression Clusters (HCCA Algorithm))

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(Values are log2 transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

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Gene
Light: 268 uE m-2 s-1
Light: 202.5 uE m-2 s-1 (Control)
Light: 135 uE m-2 s-1
Light: 67.5 uE m-2 s-1
Photoperiod: L24
Photoperiod: L20D4 (Control)
Photoperiod: L12D12
Photoperiod: L8D16
RBW: 4:1:1 (Control)
RBW: 4:1:0
RBW: 3:1:1
RBW: 3:1:0
Nitrogen: 0%
Nitrogen: 25%
Nitrogen: 50%
Nitrogen: 100% (Control)
Nitrogen: 150%
Phosphorous: 0%
Phosphorous: 25%
Phosphorous: 50%
Phosphorous: 100% (Control)
Phosphorous: 150%
Potassium: 0%
Potassium: 25%
Potassium: 50%
Potassium: 100% (Control)
Potassium: 150%
Temperature: 20°C
Temperature: 25°C (Control)
Temperature: 30°C
Temperature: 35°C
-0.22 -0.31 -0.37 -0.11 0.61 0.25 -0.38 -0.48 -0.22 -0.46 -0.37 -0.48 -0.41 0.56 0.46 -0.35 -0.26 -0.15 -0.23 -0.5 -0.51 -0.34 1.39 -0.05 -0.06 0.53 -0.16 0.07 0.24 0.06 0.03
Bra001249 (AIR12)
 0.12 0.04 0.48 -0.53 0.37 -1.76 -2.28 -0.53 -1.01 -0.35 -1.43 -0.49 -0.47 -1.84 -1.18 -0.28 -0.79 1.27 -1.26 -1.19 -1.46 -0.35 2.89 -1.77 -1.86 0.49 -1.49 -0.27 -0.7 1.49 -0.5
Bra002233 (SMG7)
 -0.15 -0.04 -0.41 -0.48 0.59 0.68 -0.49 -0.66 -0.15 -0.23 -0.32 -0.46 -0.51 0.64 0.66 0.04 -0.15 0.1 -0.09 -0.2 -0.35 -0.25 1.34 -0.2 -0.2 -0.32 -0.32 -0.08 0.08 -0.17 -0.21
-0.94 -0.68 -1.17 -3.75 1.75 0.96 -0.46 -1.96 -0.12 -0.53 -1.16 -1.39 -0.3 -0.0 1.19 -0.14 -1.69 0.21 0.17 -0.71 -1.26 -0.98 2.62 -0.54 -1.81 -1.69 -1.92 -0.12 0.2 -0.0 -0.44
Bra003695 (TOL4)
 -0.41 -0.48 -0.42 -0.9 1.39 0.97 -0.3 -0.75 0.25 -0.56 -0.45 -0.38 -0.98 0.52 1.14 -0.38 -0.52 -0.04 -0.36 -0.48 -0.73 -0.35 1.76 -0.23 -0.48 -1.57 -0.7 -0.29 0.23 -0.32 -0.42
Bra005847 (EDR4)
 -0.06 -0.2 -0.22 -0.21 0.7 0.38 -0.39 -0.43 0.01 -0.22 -0.37 -0.1 -0.9 0.48 0.41 -0.13 -0.51 -0.44 -0.43 -0.05 -0.56 -0.29 1.47 -0.55 -0.42 0.62 -0.28 -0.24 0.31 0.28 -0.42
-0.29 -0.92 -0.01 -0.91 1.03 0.75 -0.82 -1.35 -0.01 -0.8 -0.62 0.12 -1.38 0.44 0.39 -0.47 -0.61 -0.22 -0.73 -0.45 -0.56 -0.64 2.27 -1.03 -0.73 1.06 -0.24 0.03 -0.01 0.06 -1.75
Bra009037 (ATL55)
 -1.0 -0.73 0.48 -0.81 0.3 0.19 -1.65 -2.5 -1.13 -0.83 -1.37 -0.6 -2.04 0.9 0.93 -0.48 -0.5 1.27 -0.83 -1.01 -1.43 -0.25 2.75 -0.67 -1.25 0.43 -0.97 -0.78 -0.26 0.6 -1.83
Bra010885 (MVQ1)
 -0.08 -0.1 0.15 -1.1 0.52 0.0 -0.74 -1.31 -0.33 -0.2 -0.73 -0.36 -0.63 0.11 0.78 -0.47 -0.47 0.23 -0.42 -0.23 -0.78 -0.21 2.03 0.14 0.08 0.27 -0.05 -0.34 0.12 -0.02 -0.59
Bra010985 (TLP10)
 -0.11 -0.31 -0.1 -0.45 0.61 0.54 -0.44 -0.87 -0.13 -0.29 -0.24 -0.04 -0.45 0.52 0.52 -0.06 -0.47 0.25 -0.35 -0.38 -0.41 -0.07 1.38 -0.19 -0.28 0.43 -0.41 -0.09 0.13 -0.17 -0.44
Bra011185 (SMXL2)
 -0.77 -0.52 -0.46 -0.49 0.69 0.54 -0.63 -0.63 -0.87 -0.13 -0.8 -0.28 -0.64 0.63 0.72 0.25 0.38 -0.01 -0.58 -0.56 -0.48 -0.26 1.82 -0.43 -0.42 0.34 -0.28 -0.34 -0.02 0.07 -0.16
-0.52 -0.09 0.62 0.24 0.25 0.36 -0.6 -0.74 -0.3 -0.36 -0.19 -0.5 -0.6 0.88 0.79 -0.37 -0.58 0.15 -0.43 -0.7 -0.52 -0.68 1.47 -0.32 -0.73 0.48 -0.35 -0.09 0.38 -0.18 -0.28
Bra012581 (SK21)
 -0.22 -0.27 -0.13 -0.41 0.56 0.19 -0.63 -0.53 -0.24 -0.37 -0.17 -0.26 -0.34 0.42 0.54 -0.39 -0.29 0.25 -0.03 -0.09 -0.24 -0.44 1.5 -0.06 -0.28 0.1 -0.09 -0.14 0.01 -0.06 -0.02
Bra013150 (NUB1)
 0.07 0.16 0.06 -0.6 0.73 0.57 -0.9 -0.99 -0.13 -0.54 -0.53 -0.36 -0.79 0.7 0.72 -0.19 -0.43 0.42 -0.06 -0.54 -0.63 -0.35 1.47 -0.32 -0.35 -0.52 -0.43 0.12 0.22 0.13 -0.22
Bra013433 (KT9)
 -0.97 -0.72 -1.61 -1.26 1.81 0.97 -1.78 -1.66 -0.55 -0.85 -1.08 0.25 -0.48 1.14 0.84 -0.07 -0.54 0.34 -0.7 -0.8 -0.19 -0.41 2.57 -1.38 -1.89 -0.85 -1.28 -1.11 -0.62 -1.08 -0.81
Bra013536 (VPS28)
 -0.23 0.09 0.16 -0.34 0.37 0.12 -0.72 -0.73 -0.2 -0.45 -0.51 -0.27 -0.22 0.37 0.25 -0.2 -0.09 0.39 -0.4 -0.36 -0.48 -0.15 1.57 -0.27 -0.22 0.53 -0.28 -0.07 0.28 -0.19 -0.21
Bra014848 (AtIPCS1)
 -0.34 -0.23 -0.66 -0.25 1.13 0.58 -1.12 -0.93 -0.15 -0.29 -0.43 -0.12 -0.31 0.67 0.77 -0.23 -0.28 0.38 -0.24 -0.41 -0.38 -0.15 1.76 -0.63 -0.42 -0.06 -0.64 -0.24 0.19 -0.44 -1.37
Bra015368 (TAF6)
 0.18 0.14 -0.01 -0.28 0.49 0.32 -0.35 -0.43 0.09 -0.26 -0.12 -0.31 -0.08 0.4 0.55 -0.13 -0.15 -0.01 -0.22 -0.14 -0.23 -0.23 0.89 -0.16 -0.14 -0.04 -0.16 -0.19 -0.05 -0.26 -0.08
-0.39 -0.29 -0.28 -0.4 0.3 0.31 -1.06 -1.22 -0.54 -0.66 -0.69 -0.84 -0.79 0.75 0.68 -0.25 -0.78 0.27 0.08 -0.73 -0.64 -0.58 1.96 -0.16 -0.19 0.76 -0.09 0.22 0.38 -0.07 -0.31
Bra017497 (RAB1A)
 -0.27 -0.04 -0.23 -0.04 1.04 0.67 -0.71 -0.95 -0.38 -0.54 -0.86 -0.66 0.12 0.79 0.87 -0.6 -0.58 0.0 -0.66 -0.66 -0.66 -0.57 1.87 -0.33 -0.43 0.02 -0.43 0.07 -0.02 -0.46 -0.56
Bra017910 (TOL3)
 0.03 0.0 -0.14 -0.22 0.62 0.61 -0.62 -0.61 -0.11 -0.33 -0.35 -0.1 -0.77 0.62 0.69 -0.26 -0.48 0.42 -0.25 -0.18 -0.31 -0.18 1.21 -0.26 -0.3 0.02 -0.33 -0.24 -0.03 0.06 -0.47
Bra018108 (PUB39)
 -0.53 -0.45 0.11 -0.31 1.02 0.52 -1.15 -0.41 -0.69 -0.88 -0.64 -0.68 -0.93 -0.14 0.39 -0.81 -0.7 -0.9 -1.03 -1.37 -0.64 -0.68 2.65 -0.55 -0.6 0.18 -0.26 -0.18 -0.04 0.63 0.0
Bra019599 (NTL6)
 -0.6 -0.47 -0.4 -1.07 0.95 0.32 -1.49 -2.19 -0.57 -0.38 -0.76 -0.57 -0.83 0.3 0.56 -0.36 -0.73 1.14 -0.19 -0.73 -1.0 -0.73 2.18 0.02 -0.25 0.48 -0.36 -0.14 0.51 -0.11 -0.59
Bra020039 (SMG7)
 -0.11 -0.01 -0.21 -0.24 0.55 0.56 -0.49 -0.74 -0.12 -0.35 -0.27 -0.41 -0.61 0.66 0.59 0.13 -0.25 -0.04 -0.2 -0.17 -0.28 -0.19 1.4 -0.3 -0.27 -0.14 -0.18 -0.19 0.06 -0.13 -0.29
Bra020731 (ERD5)
 -1.14 -0.95 0.35 0.52 1.5 1.27 -3.89 -3.92 -2.51 -2.09 -2.59 -3.06 -2.0 1.82 1.37 -2.96 -1.79 -1.71 -2.47 -2.49 -2.03 -1.74 2.64 -1.01 -1.05 1.79 -1.9 -0.1 -0.06 -1.96 -2.57
-0.61 -0.27 -0.03 -0.68 0.73 0.59 -1.2 -1.44 -0.12 -0.52 -0.61 -0.3 -0.6 0.75 0.96 -0.3 -0.7 0.47 -0.32 -0.64 -1.0 -0.48 2.18 -0.45 -0.77 0.45 -0.72 -0.46 -0.19 -0.04 -0.48
Bra021063 (SCL13)
 -0.94 -0.83 -0.35 -0.6 1.09 1.07 -1.49 -2.29 -0.96 -0.51 -0.87 -1.14 -1.0 1.05 1.25 -0.25 -0.09 0.31 -0.55 -0.74 -0.67 -0.33 2.3 -0.68 -0.89 0.61 -0.92 -0.72 -0.32 -0.6 -0.78
Bra021698 (TAX1)
 -0.53 -0.58 -0.56 -1.16 0.35 0.58 -1.06 -1.93 -0.29 -0.7 -0.88 -0.41 -1.37 0.72 0.61 -0.7 -0.83 0.63 0.26 -0.54 -0.34 -0.26 2.27 0.17 0.18 0.52 -0.13 -0.23 -0.13 -0.26 -1.13
Bra022897 (ICK7)
 -0.37 -0.5 -0.66 -0.85 1.27 1.14 -1.09 -1.5 -0.64 -0.7 -0.66 -1.17 -0.14 0.93 1.5 -0.14 -0.41 -0.16 -0.48 -0.55 -0.88 -0.65 1.97 -0.6 -0.39 0.16 -0.83 -0.48 -0.32 -0.9 -0.44
-0.13 -0.01 -0.06 -0.22 0.48 0.39 -0.68 -0.51 -0.27 -0.28 -0.39 -0.3 -0.03 0.57 0.62 -0.25 -0.21 0.14 -0.27 0.06 -0.25 -0.14 1.3 -0.04 -0.35 0.22 -0.11 -0.29 -0.07 -0.2 -0.64
-0.89 -0.96 -1.08 -0.16 0.64 0.92 -0.42 -0.84 -0.71 -0.46 -1.02 -0.81 -0.26 1.11 0.66 -0.07 -0.28 0.49 -0.17 -0.38 -0.31 -0.75 1.86 -0.16 -0.29 0.28 -0.38 -0.03 -0.02 -0.55 -0.64
Bra024084 (SMXL2)
 -1.02 -0.98 -0.2 -0.93 0.89 0.68 -0.71 -1.5 -0.59 -0.0 -0.49 -0.81 -0.39 0.47 0.77 0.66 0.66 0.22 -0.17 0.11 -0.4 -0.03 1.74 -0.77 -0.65 -0.28 -0.41 -0.45 -0.31 -0.35 -0.15
-0.52 -0.46 -1.06 -1.51 -0.22 0.96 -1.22 -1.55 -0.33 -0.58 -0.22 -0.22 -0.4 0.59 0.84 -0.82 -0.52 -0.08 -0.26 -0.29 -0.39 0.15 2.36 -0.24 -0.1 0.64 -0.24 -0.45 0.03 -0.68 -1.01
Bra025334 (BIR2)
 -0.33 0.07 0.32 -0.17 0.45 0.33 -0.34 -0.44 -0.57 -0.35 -0.5 -0.32 -0.5 0.46 0.47 -0.02 -0.01 0.27 -0.55 -0.54 -0.53 -0.32 1.53 -0.27 -0.2 0.13 -0.31 -0.55 -0.12 0.34 0.04
Bra025450 (NRP)
 -1.33 -0.37 -0.08 -1.09 0.27 0.55 -0.59 -1.02 -0.38 -0.76 -0.86 -0.51 -1.14 0.32 0.66 -0.5 -0.54 1.31 -0.4 -0.79 -1.1 -0.63 2.49 -0.35 -0.82 0.18 -0.81 -0.47 0.13 0.37 -0.74
-0.6 -0.41 -0.19 -0.31 0.53 0.44 -0.56 -1.34 -0.55 -0.95 -0.68 -0.54 -0.76 0.12 0.37 -0.36 -0.73 -0.47 -0.35 -0.42 -0.79 -0.79 2.33 -0.03 -0.21 0.54 -0.37 0.24 0.65 0.33 -0.63
Bra027800 (BSK7)
 -0.32 0.03 -0.14 0.38 0.9 0.45 -0.91 -0.93 -0.5 -0.47 -0.7 -0.61 -0.64 0.72 0.73 -0.21 -0.29 0.26 -0.35 -0.37 -0.47 -0.43 1.56 -0.49 -0.59 0.95 -0.58 -0.44 -0.07 -0.27 -0.54
Bra028650 (PSI3)
 0.11 0.17 0.25 -0.13 0.66 0.75 -0.77 -1.04 -0.08 -0.47 -0.44 -0.45 -0.86 0.77 0.74 -0.15 -0.39 0.37 -0.14 -0.44 -0.54 -0.43 1.14 -0.37 -0.3 -0.46 -0.48 0.18 0.32 -0.1 -0.48
Bra029715 (ATSIK)
 -0.07 -0.09 0.47 -0.06 0.84 0.53 -1.83 -1.91 -0.5 -0.8 -0.92 -0.45 -1.46 0.94 0.87 -0.84 -1.17 0.15 -0.71 -1.19 -1.16 -0.63 2.15 -0.53 -0.69 0.52 -0.75 -0.08 0.11 0.57 -0.37
-1.18 -0.6 -1.4 -3.16 1.23 1.18 -2.65 -3.56 -0.34 -0.94 -2.18 -0.88 -2.48 1.41 1.62 0.18 -1.43 0.27 -0.28 -1.62 -0.92 0.09 2.54 -0.97 -1.45 -1.25 -1.34 -0.64 0.12 0.09 -0.32
Bra036520 (TIP)
 -0.42 -0.28 -0.45 -0.36 0.75 0.68 -0.7 -0.88 0.01 -0.37 -0.5 -0.52 -0.61 0.57 0.8 -0.26 -0.37 0.04 -0.31 -0.37 -0.48 -0.31 1.44 -0.0 -0.36 0.7 -0.52 -0.14 0.14 -0.06 -0.19
Bra036722 (TAG1)
 -0.45 -0.16 -0.27 -0.77 1.13 0.92 -0.79 -0.87 -0.29 -0.38 -0.35 -0.31 -0.88 0.48 0.74 -0.41 -0.5 -0.47 -0.62 -0.65 -0.55 -0.39 1.91 -0.16 -0.35 -0.37 -0.42 0.04 -0.03 0.13 -0.02
-0.19 -0.21 -0.8 -0.21 0.62 0.59 -0.4 -0.68 -0.16 -0.1 -0.41 -0.37 -0.36 0.6 0.62 0.08 -0.17 0.45 -0.27 -0.49 -0.48 -0.02 1.36 -0.05 -0.2 0.06 -0.41 0.01 0.01 -0.44 -0.51
Bra038082 (LFG5)
 -0.27 0.14 0.28 -0.17 0.04 -0.32 -0.93 -0.6 -0.28 -0.15 -0.36 -0.05 -0.61 0.1 0.36 -0.33 -0.32 0.4 -0.2 -0.48 -0.49 -0.24 1.6 -0.07 -0.17 0.44 -0.1 0.11 0.02 0.43 -0.34
Bra038663 (NAC102)
 -1.17 -0.51 -0.59 -2.74 0.85 0.67 -1.76 -2.3 -0.53 -1.28 -1.64 -0.53 -1.48 0.86 1.23 -0.29 -1.15 -1.07 -0.21 -1.09 -1.57 -1.13 2.76 -0.3 -1.02 -1.92 -1.57 0.59 1.41 0.19 -0.61
0.02 0.05 0.29 0.1 0.35 0.3 -0.38 -0.24 -0.23 -0.35 -0.46 -0.61 -0.21 0.53 0.69 -0.13 -0.45 -0.1 -0.22 -0.21 -0.52 -0.12 1.2 -0.28 -0.39 0.43 -0.35 -0.28 -0.02 0.05 -0.25
Bra040688 (VPS37-1)
 -0.31 -0.31 -0.55 -0.35 0.26 0.12 -0.35 -0.68 -0.41 -0.32 -0.73 -0.44 -0.32 0.43 0.57 -0.08 -0.3 -0.19 -0.62 -0.53 -0.39 -0.69 1.81 0.08 0.07 0.19 0.08 0.18 0.27 0.16 0.06

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.