1. Home
  2. Tools
  3. Expression Heatmap
  4. Results

Heatmap: Cluster_227 (Brassica rapa (Bra) Coexpression Clusters (HCCA Algorithm))

View as: (view raw or zlog-transformed)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Values are normalized against highest expression of the row)

 Transpose table  Download table
Gene
Light: 268 uE m-2 s-1
Light: 202.5 uE m-2 s-1 (Control)
Light: 135 uE m-2 s-1
Light: 67.5 uE m-2 s-1
Photoperiod: L24
Photoperiod: L20D4 (Control)
Photoperiod: L12D12
Photoperiod: L8D16
RBW: 4:1:1 (Control)
RBW: 4:1:0
RBW: 3:1:1
RBW: 3:1:0
Nitrogen: 0%
Nitrogen: 25%
Nitrogen: 50%
Nitrogen: 100% (Control)
Nitrogen: 150%
Phosphorous: 0%
Phosphorous: 25%
Phosphorous: 50%
Phosphorous: 100% (Control)
Phosphorous: 150%
Potassium: 0%
Potassium: 25%
Potassium: 50%
Potassium: 100% (Control)
Potassium: 150%
Temperature: 20°C
Temperature: 25°C (Control)
Temperature: 30°C
Temperature: 35°C
0.33 0.31 0.3 0.35 0.58 0.45 0.29 0.27 0.33 0.28 0.3 0.27 0.29 0.56 0.52 0.3 0.32 0.34 0.32 0.27 0.27 0.3 1.0 0.37 0.37 0.55 0.34 0.4 0.45 0.4 0.39
Bra001249 (AIR12)
 0.15 0.14 0.19 0.09 0.17 0.04 0.03 0.09 0.07 0.11 0.05 0.1 0.1 0.04 0.06 0.11 0.08 0.33 0.06 0.06 0.05 0.11 1.0 0.04 0.04 0.19 0.05 0.11 0.08 0.38 0.1
Bra002233 (SMG7)
 0.36 0.39 0.3 0.28 0.6 0.64 0.28 0.25 0.36 0.34 0.32 0.29 0.28 0.62 0.63 0.41 0.36 0.42 0.37 0.34 0.31 0.33 1.0 0.35 0.35 0.32 0.32 0.38 0.42 0.35 0.34
0.08 0.1 0.07 0.01 0.55 0.32 0.12 0.04 0.15 0.11 0.07 0.06 0.13 0.16 0.37 0.15 0.05 0.19 0.18 0.1 0.07 0.08 1.0 0.11 0.05 0.05 0.04 0.15 0.19 0.16 0.12
Bra003695 (TOL4)
 0.22 0.21 0.22 0.16 0.77 0.58 0.24 0.18 0.35 0.2 0.22 0.23 0.15 0.42 0.65 0.23 0.21 0.29 0.23 0.21 0.18 0.23 1.0 0.25 0.21 0.1 0.18 0.24 0.35 0.24 0.22
Bra005847 (EDR4)
 0.35 0.31 0.31 0.31 0.58 0.47 0.27 0.27 0.36 0.31 0.28 0.34 0.19 0.5 0.48 0.33 0.25 0.26 0.27 0.35 0.24 0.29 1.0 0.25 0.27 0.55 0.3 0.31 0.45 0.44 0.27
0.17 0.11 0.21 0.11 0.43 0.35 0.12 0.08 0.21 0.12 0.14 0.23 0.08 0.28 0.27 0.15 0.14 0.18 0.13 0.15 0.14 0.13 1.0 0.1 0.13 0.43 0.18 0.21 0.21 0.22 0.06
Bra009037 (ATL55)
 0.07 0.09 0.21 0.08 0.18 0.17 0.05 0.03 0.07 0.08 0.06 0.1 0.04 0.28 0.28 0.11 0.1 0.36 0.08 0.07 0.05 0.12 1.0 0.09 0.06 0.2 0.08 0.09 0.12 0.22 0.04
Bra010885 (MVQ1)
 0.23 0.23 0.27 0.11 0.35 0.24 0.15 0.1 0.19 0.21 0.15 0.19 0.16 0.26 0.42 0.18 0.18 0.29 0.18 0.21 0.14 0.21 1.0 0.27 0.26 0.29 0.24 0.19 0.27 0.24 0.16
Bra010985 (TLP10)
 0.35 0.31 0.36 0.28 0.59 0.56 0.28 0.21 0.35 0.31 0.33 0.37 0.28 0.55 0.55 0.37 0.28 0.46 0.3 0.29 0.29 0.36 1.0 0.34 0.32 0.52 0.29 0.36 0.42 0.34 0.28
Bra011185 (SMXL2)
 0.17 0.2 0.2 0.2 0.46 0.41 0.18 0.18 0.16 0.26 0.16 0.23 0.18 0.44 0.46 0.34 0.37 0.28 0.19 0.19 0.2 0.24 1.0 0.21 0.21 0.36 0.23 0.22 0.28 0.3 0.25
0.25 0.34 0.56 0.43 0.43 0.46 0.24 0.22 0.29 0.28 0.32 0.26 0.24 0.67 0.62 0.28 0.24 0.4 0.27 0.22 0.25 0.23 1.0 0.29 0.22 0.5 0.28 0.34 0.47 0.32 0.3
Bra012581 (SK21)
 0.3 0.29 0.32 0.27 0.52 0.4 0.23 0.24 0.3 0.27 0.31 0.29 0.28 0.47 0.51 0.27 0.29 0.42 0.35 0.33 0.3 0.26 1.0 0.34 0.29 0.38 0.33 0.32 0.35 0.34 0.35
Bra013150 (NUB1)
 0.38 0.4 0.38 0.24 0.6 0.54 0.19 0.18 0.33 0.25 0.25 0.28 0.21 0.59 0.59 0.32 0.27 0.48 0.35 0.25 0.23 0.28 1.0 0.29 0.28 0.25 0.27 0.39 0.42 0.39 0.31
Bra013433 (KT9)
 0.09 0.1 0.06 0.07 0.59 0.33 0.05 0.05 0.11 0.09 0.08 0.2 0.12 0.37 0.3 0.16 0.12 0.21 0.1 0.1 0.15 0.13 1.0 0.06 0.05 0.09 0.07 0.08 0.11 0.08 0.1
Bra013536 (VPS28)
 0.29 0.36 0.38 0.27 0.44 0.37 0.21 0.2 0.29 0.25 0.24 0.28 0.29 0.44 0.4 0.29 0.32 0.44 0.26 0.26 0.24 0.3 1.0 0.28 0.29 0.49 0.28 0.32 0.41 0.3 0.29
Bra014848 (AtIPCS1)
 0.23 0.25 0.19 0.25 0.64 0.44 0.14 0.16 0.27 0.24 0.22 0.27 0.24 0.47 0.5 0.25 0.24 0.38 0.25 0.22 0.23 0.27 1.0 0.19 0.22 0.28 0.19 0.25 0.34 0.22 0.11
Bra015368 (TAF6)
 0.61 0.6 0.54 0.44 0.76 0.68 0.42 0.4 0.57 0.45 0.5 0.44 0.51 0.71 0.79 0.49 0.49 0.54 0.46 0.49 0.46 0.46 1.0 0.48 0.49 0.53 0.48 0.47 0.52 0.45 0.51
0.2 0.21 0.21 0.2 0.32 0.32 0.12 0.11 0.18 0.16 0.16 0.14 0.15 0.43 0.41 0.22 0.15 0.31 0.27 0.16 0.17 0.17 1.0 0.23 0.23 0.44 0.24 0.3 0.34 0.25 0.21
Bra017497 (RAB1A)
 0.23 0.27 0.23 0.26 0.56 0.44 0.17 0.14 0.21 0.19 0.15 0.17 0.3 0.47 0.5 0.18 0.18 0.27 0.17 0.17 0.17 0.18 1.0 0.22 0.2 0.28 0.2 0.29 0.27 0.2 0.19
Bra017910 (TOL3)
 0.44 0.43 0.39 0.37 0.67 0.66 0.28 0.28 0.4 0.34 0.34 0.4 0.25 0.66 0.7 0.36 0.31 0.58 0.36 0.38 0.35 0.38 1.0 0.36 0.35 0.44 0.34 0.37 0.42 0.45 0.31
Bra018108 (PUB39)
 0.11 0.12 0.17 0.13 0.32 0.23 0.07 0.12 0.1 0.09 0.1 0.1 0.08 0.14 0.21 0.09 0.1 0.09 0.08 0.06 0.1 0.1 1.0 0.11 0.1 0.18 0.13 0.14 0.16 0.25 0.16
Bra019599 (NTL6)
 0.15 0.16 0.17 0.11 0.43 0.28 0.08 0.05 0.15 0.17 0.13 0.15 0.12 0.27 0.33 0.17 0.13 0.49 0.19 0.13 0.11 0.13 1.0 0.22 0.19 0.31 0.17 0.2 0.32 0.2 0.15
Bra020039 (SMG7)
 0.35 0.38 0.33 0.32 0.56 0.56 0.27 0.23 0.35 0.3 0.31 0.29 0.25 0.6 0.57 0.42 0.32 0.37 0.33 0.34 0.31 0.33 1.0 0.31 0.31 0.34 0.34 0.33 0.4 0.35 0.31
Bra020731 (ERD5)
 0.07 0.08 0.21 0.23 0.45 0.39 0.01 0.01 0.03 0.04 0.03 0.02 0.04 0.57 0.42 0.02 0.05 0.05 0.03 0.03 0.04 0.05 1.0 0.08 0.08 0.55 0.04 0.15 0.15 0.04 0.03
0.14 0.18 0.22 0.14 0.37 0.33 0.1 0.08 0.2 0.15 0.14 0.18 0.15 0.37 0.43 0.18 0.14 0.31 0.18 0.14 0.11 0.16 1.0 0.16 0.13 0.3 0.13 0.16 0.19 0.21 0.16
Bra021063 (SCL13)
 0.11 0.11 0.16 0.13 0.43 0.43 0.07 0.04 0.1 0.14 0.11 0.09 0.1 0.42 0.48 0.17 0.19 0.25 0.14 0.12 0.13 0.16 1.0 0.13 0.11 0.31 0.11 0.12 0.16 0.13 0.12
Bra021698 (TAX1)
 0.14 0.14 0.14 0.09 0.26 0.31 0.1 0.05 0.17 0.13 0.11 0.16 0.08 0.34 0.32 0.13 0.12 0.32 0.25 0.14 0.16 0.17 1.0 0.23 0.24 0.3 0.19 0.18 0.19 0.17 0.09
Bra022897 (ICK7)
 0.2 0.18 0.16 0.14 0.61 0.56 0.12 0.09 0.16 0.16 0.16 0.11 0.23 0.49 0.72 0.23 0.19 0.23 0.18 0.17 0.14 0.16 1.0 0.17 0.2 0.29 0.14 0.18 0.2 0.14 0.19
0.37 0.4 0.39 0.35 0.57 0.53 0.25 0.28 0.34 0.34 0.31 0.33 0.4 0.6 0.62 0.34 0.35 0.45 0.34 0.42 0.34 0.37 1.0 0.39 0.32 0.47 0.37 0.33 0.39 0.35 0.26
0.15 0.14 0.13 0.25 0.43 0.52 0.21 0.15 0.17 0.2 0.14 0.16 0.23 0.6 0.44 0.26 0.23 0.39 0.25 0.21 0.22 0.16 1.0 0.25 0.23 0.33 0.21 0.27 0.27 0.19 0.18
Bra024084 (SMXL2)
 0.15 0.15 0.26 0.16 0.55 0.48 0.18 0.11 0.2 0.3 0.21 0.17 0.23 0.41 0.51 0.47 0.47 0.35 0.27 0.32 0.23 0.29 1.0 0.17 0.19 0.25 0.23 0.22 0.24 0.23 0.27
0.14 0.14 0.09 0.07 0.17 0.38 0.08 0.07 0.15 0.13 0.17 0.17 0.15 0.29 0.35 0.11 0.14 0.18 0.16 0.16 0.15 0.22 1.0 0.16 0.18 0.3 0.16 0.14 0.2 0.12 0.1
Bra025334 (BIR2)
 0.28 0.36 0.43 0.31 0.47 0.43 0.27 0.25 0.23 0.27 0.24 0.28 0.24 0.48 0.48 0.34 0.34 0.42 0.24 0.24 0.24 0.28 1.0 0.29 0.3 0.38 0.28 0.24 0.32 0.44 0.35
Bra025450 (NRP)
 0.07 0.14 0.17 0.08 0.21 0.26 0.12 0.09 0.14 0.1 0.1 0.12 0.08 0.22 0.28 0.13 0.12 0.44 0.13 0.1 0.08 0.11 1.0 0.14 0.1 0.2 0.1 0.13 0.19 0.23 0.11
0.13 0.15 0.17 0.16 0.29 0.27 0.14 0.08 0.14 0.1 0.12 0.14 0.12 0.22 0.26 0.15 0.12 0.14 0.16 0.15 0.11 0.12 1.0 0.19 0.17 0.29 0.15 0.23 0.31 0.25 0.13
Bra027800 (BSK7)
 0.27 0.35 0.31 0.44 0.64 0.47 0.18 0.18 0.24 0.25 0.21 0.22 0.22 0.56 0.57 0.29 0.28 0.41 0.27 0.26 0.25 0.25 1.0 0.24 0.23 0.66 0.23 0.25 0.32 0.28 0.23
Bra028650 (PSI3)
 0.49 0.51 0.54 0.41 0.72 0.76 0.27 0.22 0.43 0.33 0.34 0.33 0.25 0.77 0.76 0.41 0.35 0.59 0.41 0.33 0.31 0.34 1.0 0.35 0.37 0.33 0.32 0.51 0.56 0.42 0.33
Bra029715 (ATSIK)
 0.21 0.21 0.31 0.22 0.4 0.33 0.06 0.06 0.16 0.13 0.12 0.16 0.08 0.43 0.41 0.13 0.1 0.25 0.14 0.1 0.1 0.15 1.0 0.16 0.14 0.32 0.13 0.21 0.24 0.33 0.17
0.08 0.11 0.07 0.02 0.4 0.39 0.03 0.01 0.14 0.09 0.04 0.09 0.03 0.46 0.53 0.2 0.06 0.21 0.14 0.06 0.09 0.18 1.0 0.09 0.06 0.07 0.07 0.11 0.19 0.18 0.14
Bra036520 (TIP)
 0.28 0.3 0.27 0.29 0.62 0.59 0.23 0.2 0.37 0.29 0.26 0.26 0.24 0.55 0.64 0.31 0.29 0.38 0.3 0.29 0.26 0.3 1.0 0.37 0.29 0.6 0.26 0.34 0.41 0.36 0.32
Bra036722 (TAG1)
 0.19 0.24 0.22 0.16 0.58 0.5 0.15 0.15 0.22 0.2 0.21 0.22 0.15 0.37 0.45 0.2 0.19 0.19 0.17 0.17 0.18 0.2 1.0 0.24 0.21 0.21 0.2 0.27 0.26 0.29 0.26
0.34 0.34 0.22 0.34 0.6 0.59 0.3 0.24 0.35 0.37 0.29 0.3 0.31 0.59 0.6 0.41 0.35 0.53 0.32 0.28 0.28 0.39 1.0 0.38 0.34 0.41 0.29 0.39 0.39 0.29 0.28
Bra038082 (LFG5)
 0.27 0.36 0.4 0.29 0.34 0.26 0.17 0.22 0.27 0.3 0.26 0.32 0.22 0.35 0.42 0.26 0.26 0.43 0.29 0.23 0.23 0.28 1.0 0.31 0.29 0.45 0.31 0.35 0.33 0.44 0.26
Bra038663 (NAC102)
 0.07 0.1 0.1 0.02 0.27 0.23 0.04 0.03 0.1 0.06 0.05 0.1 0.05 0.27 0.35 0.12 0.07 0.07 0.13 0.07 0.05 0.07 1.0 0.12 0.07 0.04 0.05 0.22 0.39 0.17 0.1
0.44 0.45 0.53 0.47 0.55 0.53 0.33 0.37 0.37 0.34 0.32 0.29 0.37 0.63 0.7 0.4 0.32 0.4 0.37 0.38 0.3 0.4 1.0 0.36 0.33 0.58 0.34 0.36 0.43 0.45 0.37
Bra040688 (VPS37-1)
 0.23 0.23 0.19 0.22 0.34 0.31 0.22 0.18 0.21 0.23 0.17 0.21 0.23 0.38 0.42 0.27 0.23 0.25 0.19 0.2 0.22 0.18 1.0 0.3 0.3 0.32 0.3 0.32 0.34 0.32 0.3

Details

Expression values normalized per gene (using the maximum value, Green cells indicate low expression and red high. (Dark gray cells indicate missing values)