1. Home
  2. Tools
  3. Expression Heatmap
  4. Results

Heatmap: Cluster_227 (Brassica rapa (Bra) Coexpression Clusters (HCCA Algorithm))

View as: (view zlog-transformed or row-normalized)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Showing raw values)

 Transpose table  Download table
Gene
Light: 268 uE m-2 s-1
Light: 202.5 uE m-2 s-1 (Control)
Light: 135 uE m-2 s-1
Light: 67.5 uE m-2 s-1
Photoperiod: L24
Photoperiod: L20D4 (Control)
Photoperiod: L12D12
Photoperiod: L8D16
RBW: 4:1:1 (Control)
RBW: 4:1:0
RBW: 3:1:1
RBW: 3:1:0
Nitrogen: 0%
Nitrogen: 25%
Nitrogen: 50%
Nitrogen: 100% (Control)
Nitrogen: 150%
Phosphorous: 0%
Phosphorous: 25%
Phosphorous: 50%
Phosphorous: 100% (Control)
Phosphorous: 150%
Potassium: 0%
Potassium: 25%
Potassium: 50%
Potassium: 100% (Control)
Potassium: 150%
Temperature: 20°C
Temperature: 25°C (Control)
Temperature: 30°C
Temperature: 35°C
5.13 4.84 4.64 5.53 9.14 7.11 4.59 4.27 5.12 4.36 4.63 4.29 4.48 8.81 8.21 4.68 4.98 5.38 5.09 4.23 4.21 4.71 15.68 5.78 5.74 8.65 5.34 6.27 7.04 6.21 6.12
Bra001249 (AIR12)
 30.84 29.11 39.67 19.66 36.72 8.41 5.84 19.64 14.11 22.31 10.51 20.19 20.48 7.94 12.51 23.31 16.4 68.55 11.81 12.42 10.29 22.2 210.02 8.34 7.8 39.87 10.12 23.57 17.48 79.83 20.02
Bra002233 (SMG7)
 7.15 7.73 5.97 5.66 11.96 12.7 5.62 5.01 7.15 6.74 6.34 5.75 5.56 12.38 12.56 8.16 7.15 8.49 7.44 6.89 6.19 6.66 19.99 6.92 6.91 6.33 6.34 7.52 8.38 7.02 6.86
0.69 0.82 0.59 0.1 4.42 2.57 0.96 0.34 1.21 0.92 0.59 0.5 1.07 1.32 3.0 1.2 0.41 1.52 1.48 0.8 0.55 0.67 8.11 0.9 0.38 0.41 0.35 1.21 1.51 1.32 0.97
Bra003695 (TOL4)
 1.16 1.1 1.15 0.83 4.02 3.01 1.25 0.92 1.83 1.04 1.12 1.18 0.78 2.2 3.4 1.18 1.07 1.49 1.2 1.1 0.93 1.2 5.21 1.31 1.1 0.52 0.94 1.25 1.8 1.23 1.15
Bra005847 (EDR4)
 2.92 2.65 2.61 2.63 4.93 3.96 2.31 2.25 3.06 2.6 2.35 2.84 1.62 4.22 4.03 2.77 2.13 2.23 2.25 2.92 2.05 2.48 8.43 2.07 2.26 4.68 2.5 2.57 3.75 3.68 2.27
3.44 2.22 4.18 2.24 8.61 7.06 2.38 1.64 4.17 2.42 2.74 4.58 1.62 5.7 5.49 3.03 2.76 3.6 2.53 3.07 2.85 2.71 20.22 2.05 2.53 8.77 3.56 4.3 4.17 4.38 1.25
Bra009037 (ATL55)
 5.33 6.43 14.85 6.05 13.06 12.11 3.39 1.88 4.84 5.99 4.12 7.01 2.58 19.79 20.3 7.61 7.52 25.69 5.97 5.28 3.93 8.96 71.71 6.68 4.47 14.3 5.41 6.17 8.9 16.11 2.99
Bra010885 (MVQ1)
 5.92 5.86 6.95 2.92 9.01 6.28 3.75 2.53 4.99 5.46 3.77 4.88 4.06 6.75 10.78 4.53 4.52 7.35 4.7 5.36 3.66 5.43 25.67 6.9 6.63 7.57 6.06 4.94 6.81 6.17 4.17
Bra010985 (TLP10)
 5.14 4.48 5.19 4.06 8.49 8.11 4.11 3.04 5.1 4.54 4.72 5.4 4.08 7.97 7.96 5.33 4.03 6.64 4.37 4.28 4.17 5.29 14.5 4.87 4.57 7.49 4.18 5.21 6.07 4.96 4.1
Bra011185 (SMXL2)
 2.35 2.78 2.9 2.86 6.46 5.81 2.58 2.59 2.2 3.66 2.29 3.3 2.56 6.21 6.58 4.77 5.2 3.98 2.68 2.71 2.87 3.34 14.16 2.96 2.99 5.08 3.29 3.16 3.96 4.21 3.58
3.34 4.49 7.34 5.64 5.7 6.12 3.15 2.86 3.87 3.73 4.18 3.39 3.15 8.83 8.24 3.7 3.2 5.31 3.56 2.94 3.33 2.98 13.22 3.82 2.88 6.65 3.74 4.48 6.22 4.22 3.94
Bra012581 (SK21)
 5.85 5.65 6.23 5.13 10.01 7.76 4.4 4.7 5.77 5.25 6.04 5.68 5.38 9.11 9.85 5.18 5.55 8.07 6.68 6.37 5.77 5.0 19.27 6.51 5.61 7.31 6.4 6.19 6.83 6.52 6.71
Bra013150 (NUB1)
 7.66 8.13 7.56 4.8 12.03 10.82 3.89 3.66 6.64 5.01 5.02 5.65 4.2 11.82 11.93 6.37 5.41 9.7 6.97 5.01 4.71 5.71 20.14 5.84 5.69 5.06 5.4 7.88 8.46 7.93 6.23
Bra013433 (KT9)
 0.29 0.34 0.19 0.24 1.99 1.11 0.17 0.18 0.39 0.31 0.27 0.68 0.41 1.25 1.02 0.54 0.39 0.72 0.35 0.33 0.5 0.43 3.37 0.22 0.15 0.31 0.23 0.26 0.37 0.27 0.32
Bra013536 (VPS28)
 15.91 19.98 20.94 14.78 24.25 20.34 11.38 11.31 16.3 13.67 13.11 15.54 16.1 24.23 22.28 16.27 17.64 24.54 14.23 14.56 13.4 16.85 55.46 15.55 16.04 27.09 15.46 17.84 22.71 16.44 16.15
Bra014848 (AtIPCS1)
 6.39 6.87 5.1 6.79 17.62 12.03 3.71 4.24 7.27 6.59 6.01 7.45 6.51 12.88 13.81 6.9 6.64 10.48 6.84 6.06 6.22 7.26 27.36 5.2 6.05 7.73 5.19 6.84 9.21 5.96 3.13
Bra015368 (TAF6)
 5.51 5.37 4.84 4.0 6.83 6.08 3.81 3.62 5.16 4.06 4.47 3.93 4.59 6.41 7.13 4.44 4.38 4.84 4.16 4.4 4.14 4.15 9.0 4.34 4.4 4.72 4.34 4.27 4.7 4.05 4.61
5.73 6.18 6.21 5.7 9.27 9.36 3.62 3.24 5.19 4.76 4.68 4.2 4.36 12.69 12.09 6.33 4.38 9.07 7.94 4.54 4.82 5.05 29.21 6.74 6.6 12.75 7.07 8.75 9.8 7.16 6.09
Bra017497 (RAB1A)
 17.45 20.45 17.92 20.42 43.26 33.59 12.84 10.88 16.16 14.52 11.62 13.29 22.84 36.5 38.5 13.91 14.06 21.08 13.35 13.31 13.36 14.19 77.15 16.78 15.6 21.29 15.6 22.08 20.72 15.29 14.29
Bra017910 (TOL3)
 10.09 9.88 8.92 8.48 15.16 15.08 6.42 6.47 9.11 7.82 7.72 9.2 5.77 15.14 15.85 8.21 7.05 13.23 8.31 8.7 7.94 8.72 22.78 8.26 8.03 10.01 7.84 8.34 9.63 10.25 7.13
Bra018108 (PUB39)
 1.13 1.2 1.77 1.32 3.31 2.34 0.73 1.23 1.02 0.89 1.05 1.02 0.86 1.48 2.14 0.93 1.01 0.88 0.8 0.63 1.05 1.02 10.27 1.11 1.07 1.86 1.37 1.44 1.59 2.53 1.64
Bra019599 (NTL6)
 2.45 2.67 2.79 1.76 7.16 4.62 1.32 0.81 2.49 2.84 2.18 2.5 2.08 4.54 5.47 2.87 2.23 8.17 3.25 2.22 1.85 2.22 16.71 3.74 3.1 5.16 2.87 3.35 5.28 3.42 2.45
Bra020039 (SMG7)
 7.32 7.88 6.84 6.72 11.57 11.7 5.64 4.73 7.27 6.2 6.56 5.95 5.19 12.47 11.95 8.69 6.66 7.71 6.87 7.05 6.5 6.94 20.84 6.42 6.56 7.18 7.01 6.96 8.24 7.23 6.48
Bra020731 (ERD5)
 3.29 3.74 9.26 10.38 20.5 17.45 0.49 0.48 1.27 1.7 1.2 0.87 1.81 25.62 18.76 0.93 2.1 2.21 1.31 1.29 1.78 2.16 45.1 3.6 3.51 24.98 1.95 6.75 6.92 1.86 1.22
5.42 6.87 8.13 5.17 13.75 12.46 3.6 3.05 7.64 5.79 5.42 6.72 5.46 13.96 16.11 6.74 5.1 11.45 6.63 5.31 4.13 5.93 37.47 6.08 4.86 11.35 5.04 6.01 7.26 8.05 5.93
Bra021063 (SCL13)
 2.57 2.78 3.87 3.26 10.51 10.34 1.75 1.01 2.53 3.48 2.7 2.25 2.48 10.21 11.73 4.16 4.63 6.12 3.38 2.95 3.1 3.94 24.31 3.08 2.67 7.54 2.61 3.0 3.95 3.26 2.88
Bra021698 (TAX1)
 35.01 33.93 34.37 22.64 64.74 75.99 24.41 13.36 41.45 31.27 27.5 38.22 19.58 83.44 77.38 31.28 28.55 78.69 60.67 34.78 40.17 42.22 244.42 57.09 57.45 72.61 46.38 43.1 46.26 42.29 23.13
Bra022897 (ICK7)
 4.1 3.75 3.35 2.95 12.76 11.69 2.49 1.88 3.4 3.26 3.36 2.36 4.83 10.08 14.97 4.8 3.99 4.76 3.8 3.62 2.88 3.39 20.75 3.49 4.05 5.93 2.97 3.79 4.25 2.85 3.91
18.81 20.42 19.62 17.62 28.63 26.92 12.81 14.38 17.0 16.95 15.68 16.7 20.15 30.38 31.56 17.2 17.7 22.62 17.01 21.42 17.2 18.68 50.57 19.92 16.15 23.84 18.96 16.77 19.5 17.83 13.14
7.67 7.29 6.7 12.73 22.16 26.73 10.58 7.92 8.69 10.31 6.97 8.11 11.88 30.67 22.35 13.47 11.67 19.84 12.58 10.88 11.45 8.44 51.33 12.71 11.6 17.16 10.91 13.85 13.94 9.7 9.11
Bra024084 (SMXL2)
 1.81 1.86 3.19 1.93 6.8 5.87 2.25 1.3 2.44 3.66 2.61 2.09 2.81 5.08 6.27 5.8 5.82 4.29 3.27 3.96 2.78 3.6 12.3 2.15 2.35 3.02 2.77 2.69 2.96 2.88 3.3
44.02 45.85 30.28 22.26 54.25 122.9 27.14 21.57 50.18 42.4 54.33 54.1 47.79 94.83 112.92 35.88 44.17 60.0 52.83 51.68 48.26 70.3 325.19 53.5 58.94 98.35 53.52 46.41 64.62 39.56 31.44
Bra025334 (BIR2)
 2.99 3.94 4.67 3.34 5.11 4.71 2.96 2.77 2.53 2.94 2.65 3.0 2.66 5.17 5.2 3.69 3.72 4.53 2.57 2.59 2.6 3.01 10.86 3.11 3.27 4.09 3.02 2.55 3.45 4.76 3.85
Bra025450 (NRP)
 11.42 22.26 27.2 13.49 34.73 42.22 19.13 14.22 22.08 16.95 15.82 20.21 13.04 35.89 45.37 20.33 19.79 71.57 21.82 16.66 13.44 18.59 161.71 22.51 16.26 32.52 16.43 20.76 31.46 37.11 17.18
28.99 33.04 38.51 35.43 63.43 59.77 29.9 17.33 29.98 22.83 27.47 30.16 25.99 47.83 56.79 34.24 26.46 31.67 34.53 32.89 25.4 25.47 221.32 42.95 37.9 63.92 33.97 52.0 68.98 55.46 28.5
Bra027800 (BSK7)
 4.15 5.28 4.72 6.75 9.7 7.09 2.76 2.73 3.67 3.74 3.19 3.39 3.34 8.55 8.63 4.48 4.25 6.19 4.08 4.01 3.74 3.84 15.25 3.71 3.44 10.0 3.47 3.82 4.94 4.31 3.57
Bra028650 (PSI3)
 6.33 6.59 6.96 5.33 9.28 9.82 3.43 2.84 5.52 4.24 4.33 4.27 3.22 9.97 9.77 5.26 4.48 7.59 5.31 4.31 4.02 4.36 12.92 4.52 4.74 4.27 4.19 6.63 7.29 5.47 4.21
Bra029715 (ATSIK)
 6.81 6.73 9.92 6.85 12.81 10.36 2.01 1.9 5.07 4.11 3.78 5.24 2.6 13.78 13.1 3.99 3.19 7.96 4.39 3.13 3.2 4.64 31.81 4.96 4.43 10.27 4.25 6.76 7.7 10.64 5.54
0.87 1.3 0.75 0.22 4.63 4.46 0.31 0.17 1.55 1.02 0.44 1.07 0.35 5.24 6.06 2.24 0.73 2.37 1.63 0.64 1.04 2.1 11.46 1.01 0.72 0.83 0.78 1.26 2.14 2.09 1.58
Bra036520 (TIP)
 5.99 6.56 5.85 6.24 13.47 12.82 4.91 4.35 8.05 6.17 5.63 5.56 5.23 11.88 13.91 6.67 6.2 8.23 6.44 6.17 5.71 6.43 21.6 7.97 6.21 13.01 5.58 7.25 8.78 7.67 7.01
Bra036722 (TAG1)
 4.62 5.64 5.24 3.7 13.84 11.97 3.65 3.47 5.17 4.84 4.96 5.11 3.44 8.84 10.57 4.75 4.48 4.55 4.12 4.04 4.33 4.82 23.73 5.66 4.95 4.9 4.72 6.49 6.2 6.89 6.23
3.48 3.46 2.29 3.44 6.13 6.0 3.02 2.5 3.57 3.72 2.99 3.08 3.11 6.04 6.1 4.22 3.54 5.43 3.3 2.84 2.86 3.94 10.2 3.85 3.46 4.15 3.0 4.01 4.02 2.95 2.81
Bra038082 (LFG5)
 66.71 88.75 97.39 71.34 82.47 64.42 42.13 53.21 66.03 72.69 62.82 77.64 52.75 86.36 103.54 64.17 64.19 106.31 69.79 57.46 57.23 68.03 244.54 76.56 71.67 109.11 75.15 86.78 81.66 108.04 63.3
Bra038663 (NAC102)
 1.93 3.04 2.88 0.65 7.79 6.86 1.28 0.88 2.99 1.78 1.39 2.99 1.55 7.88 10.14 3.54 1.95 2.06 3.75 2.03 1.46 1.98 29.3 3.52 2.13 1.14 1.45 6.5 11.48 4.94 2.84
10.14 10.37 12.2 10.76 12.74 12.3 7.67 8.46 8.53 7.87 7.28 6.57 8.63 14.43 16.14 9.12 7.3 9.31 8.57 8.65 7.0 9.21 23.02 8.24 7.62 13.45 7.86 8.24 9.89 10.33 8.45
Bra040688 (VPS37-1)
 5.11 5.12 4.33 4.97 7.57 6.87 4.95 3.94 4.76 5.06 3.83 4.67 5.08 8.55 9.37 5.98 5.15 5.54 4.13 4.38 4.83 3.93 22.25 6.71 6.66 7.23 6.69 7.18 7.65 7.09 6.59

Details

Raw expression values (TPM normalized), Green cells indicate low expression and red high. (Dark gray cells indicate missing values)