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Heatmap: Cluster_35 (Brassica rapa (Bra) Coexpression Clusters (HCCA Algorithm))

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(Values are log2 transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

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Gene
Light: 268 uE m-2 s-1
Light: 202.5 uE m-2 s-1 (Control)
Light: 135 uE m-2 s-1
Light: 67.5 uE m-2 s-1
Photoperiod: L24
Photoperiod: L20D4 (Control)
Photoperiod: L12D12
Photoperiod: L8D16
RBW: 4:1:1 (Control)
RBW: 4:1:0
RBW: 3:1:1
RBW: 3:1:0
Nitrogen: 0%
Nitrogen: 25%
Nitrogen: 50%
Nitrogen: 100% (Control)
Nitrogen: 150%
Phosphorous: 0%
Phosphorous: 25%
Phosphorous: 50%
Phosphorous: 100% (Control)
Phosphorous: 150%
Potassium: 0%
Potassium: 25%
Potassium: 50%
Potassium: 100% (Control)
Potassium: 150%
Temperature: 20°C
Temperature: 25°C (Control)
Temperature: 30°C
Temperature: 35°C
Bra000084 (PECT1)
 -0.19 0.15 -0.26 -0.16 -0.02 -0.37 0.17 0.4 -0.57 -0.54 -0.55 -0.37 0.55 -0.17 -0.03 0.09 -0.02 1.17 0.14 -0.05 -0.01 -0.23 0.37 0.03 -0.06 -0.13 0.13 -0.13 -0.52 -0.16 -0.07
Bra000498 (SLP)
 -1.52 -1.02 -0.64 -0.33 -1.52 -0.96 -0.06 -0.02 -1.77 -0.13 -0.62 -0.66 1.18 -1.19 -0.92 0.32 0.47 1.99 0.69 -0.27 0.04 -0.49 1.1 -0.03 -0.11 0.02 -0.12 -0.11 -1.7 -0.7 0.63
Bra002954 (TRP2)
 -0.32 -0.38 0.04 -0.08 -0.39 -0.16 0.26 0.61 -0.89 -0.29 -0.62 -0.5 0.34 -0.21 -0.28 0.03 0.08 1.33 -0.15 -0.15 -0.24 -0.3 0.38 0.1 0.23 -0.1 0.18 -0.19 -0.52 -0.09 0.3
-0.46 0.38 0.07 -0.23 -0.93 -0.21 0.19 0.39 -0.72 0.05 -0.19 -0.06 0.16 -0.28 -0.22 0.03 0.24 1.37 0.49 -0.17 -0.24 0.1 0.44 -0.4 -0.46 -0.48 -0.4 -1.49 -0.97 0.16 0.73
Bra003485 (PLY)
 -0.9 -0.7 0.16 -0.67 -0.22 -1.3 -0.51 0.06 -0.29 0.31 0.13 -0.41 0.78 -0.27 -0.26 0.36 0.26 2.54 0.66 -0.13 -0.15 -0.2 -0.04 -0.68 -0.55 -0.6 -0.65 -1.17 -1.22 -1.52 -1.16
-0.6 -1.18 -1.35 -0.59 -0.58 -0.84 0.08 0.03 -0.75 -0.06 0.49 0.06 0.53 -0.01 -0.0 0.25 0.65 2.13 0.29 -0.06 0.18 0.01 -0.66 -0.17 -0.47 0.16 -0.29 -0.74 -1.35 -0.82 -0.16
0.17 -0.16 -0.1 -0.08 -1.39 -1.19 -0.23 -0.44 -0.1 0.25 -0.08 0.11 -0.67 -1.64 -2.48 -0.06 0.17 1.72 1.26 0.4 0.29 0.23 -3.83 -0.0 0.07 0.3 0.04 -0.87 -0.69 0.09 0.39
Bra004628 (GPDHC1)
 -2.43 -2.11 -1.89 -1.14 -0.49 -0.41 -0.38 -0.79 -0.1 -0.25 -0.64 -0.69 1.23 0.21 -0.17 0.29 0.3 2.39 0.34 0.6 -0.16 0.39 0.53 -0.45 -0.0 -0.34 -0.35 -1.12 -1.02 -1.11 -0.39
Bra006273 (GASA14)
 -1.61 -2.19 -0.88 -2.07 -0.78 -2.03 -3.24 -2.03 -0.67 0.85 0.68 -0.05 1.23 -0.07 0.14 1.41 -0.12 2.96 1.36 0.43 0.13 -1.08 -0.95 -2.63 -2.36 -0.4 -2.96 -2.94 -3.89 -2.3 -3.53
Bra006813 (BIO3)
 -1.65 -2.07 -0.72 -1.46 -1.19 -2.34 0.39 1.16 -1.14 -2.52 -0.04 -0.9 1.9 -1.1 -0.7 -0.38 -0.88 2.43 -1.61 -0.59 -1.65 -1.39 0.98 -0.09 0.14 0.56 -0.64 -0.12 -0.76 -0.88 0.79
Bra007218 (BLP3)
 -1.07 -0.94 -0.51 -0.45 -0.68 -0.93 0.19 0.37 -1.11 -0.29 -0.55 -0.92 0.79 -0.55 -0.79 0.22 0.28 2.17 0.14 -0.16 -0.11 -0.1 0.32 0.18 0.18 0.19 0.16 -0.33 -0.82 -0.71 0.04
Bra007569 (FLA10)
 -3.08 -3.1 -2.05 -2.84 -0.72 -1.81 -0.06 0.33 0.25 0.02 -0.02 -0.17 1.43 0.23 0.16 0.86 0.6 2.18 0.49 0.02 -0.33 -0.35 0.31 -0.28 -0.47 -0.52 -0.75 -1.21 -0.85 -0.93 -0.35
Bra009035 (AtDTX28)
 -5.43 -7.73 -5.49 -3.97 -3.4 -0.97 0.73 -0.15 -0.34 -1.13 -1.33 -0.91 1.41 -0.86 -0.52 1.42 0.65 2.72 0.33 -0.95 -0.39 -0.7 0.54 -0.63 -1.09 -1.12 -0.88 -0.61 0.12 -0.99 0.86
Bra009130 (TRP5)
 -0.46 -0.77 0.07 -1.41 -1.48 -0.93 0.77 0.93 -0.73 -0.28 -0.57 -0.47 0.53 -0.35 -0.44 0.28 0.04 1.73 0.4 0.02 -0.12 -0.55 0.23 0.11 0.03 -0.11 -0.04 -0.72 -0.21 -0.32 0.04
Bra009148 (CYP71B11)
 - -4.37 - - -4.79 -1.14 -3.56 -4.21 -1.89 0.59 -2.65 -2.43 1.86 -0.67 1.02 0.08 -0.08 2.86 -0.68 -2.05 -2.1 0.44 1.62 0.81 0.75 -0.04 0.41 -2.4 -0.91 -6.69 -0.58
Bra009413 (KCS11)
 -1.22 -1.17 -0.72 -0.92 -0.93 -0.25 0.37 0.47 -0.67 -0.23 -0.37 -0.44 0.67 -0.11 -0.25 0.6 0.41 1.6 0.36 0.2 -0.01 0.09 0.63 -0.06 0.01 -0.42 -0.09 -0.66 -0.44 -0.48 -0.12
- - -5.08 -2.19 -0.29 -0.52 0.78 0.59 -0.77 0.08 -0.66 -0.94 1.63 0.34 0.34 1.21 0.68 2.22 0.19 -0.09 -0.04 -0.69 -0.52 -0.44 -0.86 -0.3 -0.28 -1.62 -1.1 -1.75 -0.72
Bra011449 (DHS2)
 -0.17 -0.07 0.07 0.07 0.08 0.03 -0.46 -0.53 -0.82 0.08 -0.33 -0.39 0.07 -0.42 -0.12 0.27 0.3 1.15 0.46 -0.02 -0.02 -0.01 0.56 -0.25 -0.22 -0.26 -0.13 -0.3 -0.78 0.03 0.42
-0.26 -0.32 -0.48 -0.07 -0.27 -0.52 -0.11 -0.38 -0.53 0.3 0.08 -0.01 -0.02 -1.5 -1.25 0.12 0.52 1.35 1.28 0.14 0.09 -0.05 -0.94 -0.03 0.01 -0.06 0.01 0.39 -0.6 -0.29 -0.26
Bra012130 (RALF34)
 -2.68 -2.22 -1.51 -1.77 -0.8 -2.42 -0.79 0.46 -0.05 -0.62 0.18 -0.72 1.29 -0.34 -0.86 0.08 -0.51 2.06 0.45 0.08 -0.2 -0.76 0.43 0.42 0.49 0.25 0.25 0.13 -0.41 -0.41 0.29
Bra015719 (IGMT5)
 -1.33 -1.53 -1.72 -1.55 -1.3 -1.92 -0.12 0.85 -0.72 0.63 -0.84 -0.64 1.3 -0.24 -0.66 0.92 0.75 2.13 0.43 0.13 0.19 0.15 -0.49 -0.12 -0.24 -0.74 -0.23 -0.97 -0.86 -1.32 -0.18
Bra016653 (AVP1)
 -0.31 -0.28 -0.34 0.01 -0.27 -0.31 0.25 0.53 -0.74 -0.04 -0.39 -0.36 0.47 -0.04 0.02 0.39 0.41 1.34 0.55 -0.1 -0.13 -0.05 -0.56 -0.38 -0.18 -0.11 -0.0 -0.35 -0.59 -0.44 -0.13
-1.0 -0.67 -0.6 -1.02 -0.18 -0.46 0.19 0.95 -1.08 -0.77 -1.02 -0.63 0.47 -0.6 -0.06 0.36 0.54 1.9 1.39 0.12 -0.38 -0.4 0.96 -0.51 -0.66 -1.02 -0.25 -1.04 -0.84 -0.61 -0.29
Bra019044 (ENODL2)
 -2.6 -2.6 -1.64 -2.32 -1.2 -1.63 -0.31 -0.33 -0.92 0.38 -0.15 -0.13 0.2 -0.41 0.04 0.97 0.89 2.43 0.69 0.34 0.15 0.31 -0.67 0.1 0.28 0.13 0.28 -1.39 -1.74 -1.45 -0.96
-1.48 -1.23 -0.36 -0.53 -0.43 -0.44 0.3 0.25 -0.38 -0.25 -0.0 -0.31 0.64 0.25 0.18 0.22 0.12 1.45 -0.13 0.09 -0.17 -0.23 0.25 0.2 0.18 0.15 -0.08 -0.52 -0.26 -0.63 0.2
Bra023111 (ADK)
 -0.74 -0.78 -0.89 -0.65 0.09 0.16 0.12 0.85 -1.01 -0.61 -0.96 -0.57 0.58 -0.26 -0.01 0.17 0.08 2.09 0.91 -0.35 -0.13 -0.53 0.76 -0.71 -0.37 -0.56 -0.52 -0.51 -0.92 -0.56 -0.24
Bra024137 (PAO5)
 -2.09 -3.2 -2.05 -2.67 -0.44 -0.62 0.01 0.29 -0.38 0.16 -0.46 -0.28 0.81 0.45 0.74 0.94 0.36 2.32 0.84 0.04 0.36 -0.42 -0.04 -0.53 -0.37 -0.7 -0.81 -0.97 -1.05 -1.7 -1.17
Bra024751 (CLE43)
 -3.97 -2.75 -1.58 -1.42 -1.49 -2.28 -0.36 0.11 -0.08 0.34 0.24 0.17 1.27 -0.41 -0.05 -0.22 0.02 2.69 1.02 -0.0 -0.63 0.28 -0.56 0.09 0.07 -1.26 0.11 -1.81 -2.09 -1.75 -0.54
-2.23 -3.27 -2.64 -2.35 0.11 -0.84 -1.25 -0.54 -0.62 -0.56 -0.88 -0.44 1.26 0.24 0.25 1.02 0.12 2.03 0.11 0.02 -1.19 -0.91 0.99 0.32 0.49 -0.0 -0.16 -0.43 -0.61 -0.35 0.29
-1.27 -1.17 -0.99 -0.99 -0.29 0.11 0.47 0.25 -0.48 -0.29 -0.39 -0.31 0.5 0.07 -0.29 0.5 0.36 1.5 0.35 0.12 0.15 -0.02 0.23 0.09 0.23 -0.3 -0.13 -0.18 -0.46 -0.79 -0.06
-0.47 -0.58 -0.49 -1.41 -0.06 -0.16 0.12 0.67 -0.71 -0.16 -0.62 -0.63 0.54 -0.03 -0.15 0.14 0.71 1.49 0.37 -0.05 -0.28 -0.06 0.63 -0.35 -0.01 -0.86 -0.02 -0.87 -0.53 -0.16 0.37
Bra029297 (ML1)
 -0.74 -1.06 -0.76 -1.61 -0.37 -0.2 0.29 0.55 -0.34 -0.23 -0.31 -0.41 0.28 -0.02 0.08 0.35 0.51 1.37 0.72 0.17 -0.24 0.0 0.51 -0.01 0.1 -0.89 0.2 -0.7 -0.46 -0.4 0.05
Bra029831 (PAL4)
 -1.75 -1.92 -1.29 -1.15 -0.99 -0.39 0.71 0.68 -0.67 -0.26 -0.27 -0.46 0.88 -0.48 0.46 1.0 0.68 2.22 0.12 0.57 -0.16 -0.32 0.15 -0.45 -0.48 -1.17 -0.69 -1.43 -1.01 -1.23 -0.6
Bra029968 (RLP44)
 -1.91 -1.63 -0.51 -0.98 -0.56 -0.74 -0.39 -0.53 -0.34 -0.52 -0.65 -0.14 1.09 0.12 -0.0 0.13 -0.32 1.83 0.31 -0.01 -0.1 -0.39 0.39 0.73 0.39 0.45 0.23 -0.39 -0.28 -0.57 -0.41
Bra030799 (iPGAM1)
 -1.16 -1.23 -1.12 -1.18 -0.64 -0.36 0.33 0.68 -1.07 -0.31 -0.55 -0.51 0.82 -0.72 -0.22 -0.08 0.09 1.53 0.13 0.04 -0.09 -0.06 0.93 0.09 0.28 -0.08 0.43 -0.16 -0.49 0.1 -0.03
Bra031329 (CWLP)
 -2.92 -3.54 -1.67 -3.24 -0.59 -1.91 -0.35 0.2 -1.2 -0.04 -0.91 -0.55 0.88 -0.97 -0.28 0.54 0.72 2.92 -0.32 -0.51 -0.37 0.0 0.87 -0.21 -0.07 -0.26 -0.02 0.32 -1.17 -1.61 -1.88
-1.02 -0.89 -0.67 -0.36 -0.96 -0.8 0.58 0.94 -1.05 -0.44 -0.38 -0.72 0.73 -0.36 0.01 0.47 0.43 1.81 0.55 0.09 -0.13 -0.44 0.6 -0.56 -0.37 -0.36 -0.4 -0.48 -1.0 -0.52 0.23
-1.27 -0.91 -1.71 -0.89 -1.33 -0.3 0.28 -0.06 0.14 -0.14 0.48 0.22 -0.44 -0.88 -0.77 0.52 0.56 2.19 1.15 0.64 0.32 0.26 -3.04 -0.44 -0.44 -0.67 -0.5 -0.48 -0.35 -0.86 -0.48
Bra032872 (AtDTX28)
 -6.83 -4.82 -4.6 -4.06 -3.14 -0.21 0.73 -0.08 -0.44 -0.85 -1.46 -0.73 1.36 -1.0 -1.45 1.21 0.59 2.69 0.41 -0.65 -0.7 -0.41 0.6 -0.06 -0.51 -1.03 -1.14 -0.74 0.13 -1.27 0.82
-0.67 -0.31 0.1 0.13 -1.89 -0.83 0.58 0.44 -0.93 -0.39 -0.5 -0.87 0.17 -1.55 -1.02 -0.3 0.02 2.06 1.07 -0.14 -0.25 -0.72 -1.0 -0.14 0.29 0.39 0.3 -0.8 -0.56 -0.2 0.56
Bra033526 (HCT)
 -2.14 -0.62 0.49 -0.76 -1.31 -2.2 -1.04 -0.63 -0.77 -0.76 -0.15 -0.64 1.65 -0.57 -0.35 0.53 0.37 2.29 -0.35 -0.93 -0.68 -0.47 0.63 0.21 0.38 -0.15 -0.36 -1.81 -0.45 -0.48 0.4
- - - - - -1.33 0.38 0.48 0.39 -0.13 0.27 0.6 0.58 0.21 0.43 0.41 0.77 2.88 1.27 1.3 1.01 0.74 -5.89 - - - - - - - -
-2.41 -2.63 -3.02 -3.93 -0.7 -1.03 0.13 -0.77 -0.73 -0.04 -0.66 -1.12 0.9 0.27 0.43 0.83 0.76 2.13 0.3 -0.05 -0.11 -0.0 0.29 0.19 0.21 -0.12 0.29 -0.23 -0.71 -0.69 -0.17
Bra036802 (RALF34)
 -1.82 -2.72 -1.89 -3.12 -2.15 -4.57 -0.6 0.56 0.04 -0.32 -2.17 -0.53 1.6 -1.04 -1.45 0.38 0.7 2.63 -0.24 -0.67 0.5 -0.75 1.13 -0.31 0.03 -0.33 0.33 -0.92 -1.09 -0.65 -0.24
Bra040136 (RAF1)
 -0.01 -0.01 -0.18 0.05 -0.4 -0.62 -0.01 0.27 -1.85 -0.35 -0.99 -0.62 0.38 -1.63 -1.3 0.32 0.62 1.65 0.76 -0.02 0.16 -0.11 -0.21 -0.13 0.0 -0.11 0.21 -0.05 -1.11 -0.03 0.41
Bra040479 (PPa3)
 - - - -1.75 -3.36 -1.63 -0.27 - 0.1 1.34 0.37 -0.03 -1.65 -0.74 -0.72 1.28 0.85 3.28 1.55 0.73 -0.13 1.1 - -2.2 - -3.08 - - - - -3.2

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.