Heatmap: Cluster_254 (Brassica rapa (Bra) Coexpression Clusters (HCCA Algorithm))

View as: (view raw or row-normalized)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Values are log2 transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

Gene
Light: 268 uE m-2 s-1
Light: 202.5 uE m-2 s-1 (Control)
Light: 135 uE m-2 s-1
Light: 67.5 uE m-2 s-1
Photoperiod: L24
Photoperiod: L20D4 (Control)
Photoperiod: L12D12
Photoperiod: L8D16
RBW: 4:1:1 (Control)
RBW: 4:1:0
RBW: 3:1:1
RBW: 3:1:0
Nitrogen: 0%
Nitrogen: 25%
Nitrogen: 50%
Nitrogen: 100% (Control)
Nitrogen: 150%
Phosphorous: 0%
Phosphorous: 25%
Phosphorous: 50%
Phosphorous: 100% (Control)
Phosphorous: 150%
Potassium: 0%
Potassium: 25%
Potassium: 50%
Potassium: 100% (Control)
Potassium: 150%
Temperature: 20°C
Temperature: 25°C (Control)
Temperature: 30°C
Temperature: 35°C
-0.42 0.08 0.06 -0.95 0.74 0.17 -0.65 -0.05 -0.1 -0.27 -0.44 -0.62 -0.12 0.55 0.93 -0.11 0.17 1.4 -0.22 -0.89 -0.24 -0.74 0.48 -0.14 -0.62 -0.34 0.06 -0.27 -0.49 0.13 -0.29
Bra000807 (PDF2)
-0.43 -0.1 0.1 -0.01 0.44 0.04 -0.37 -0.62 0.09 -0.1 -0.08 -0.32 -0.45 0.61 0.34 0.13 -0.16 0.24 -0.02 -0.05 -0.36 -0.31 -0.67 0.32 0.1 0.2 0.06 0.21 0.38 -0.1 -0.07
Bra000962 (BSK3)
-0.57 -0.69 -0.83 -1.25 0.41 0.29 -0.56 -0.63 -0.12 -0.38 -0.13 -0.27 -0.41 0.51 0.49 0.03 0.15 1.23 0.46 0.04 -0.08 -0.17 -0.16 0.11 0.07 -0.16 -0.06 0.24 0.14 -0.16 0.07
Bra001038 (RRT2)
-2.46 -2.98 -2.99 -2.08 0.09 0.39 -0.05 -0.64 -0.07 -0.28 -0.38 -0.18 -0.21 0.94 0.51 0.37 0.18 1.77 1.0 0.15 -0.38 -0.18 -1.27 0.06 0.05 -0.47 -0.07 0.26 0.02 -0.32 -0.11
Bra003021 (UF3GT)
- - - - -1.43 0.4 -3.36 -7.31 -1.25 -5.28 - -3.28 0.42 2.77 2.47 -4.46 - 3.79 -0.34 -2.75 - -3.34 - - - - - - -5.18 -7.21 -
Bra003126 (PAL2)
-1.13 -1.27 -0.5 0.14 -0.31 0.24 0.75 0.16 -1.07 -0.6 -0.91 -1.15 0.06 0.51 0.57 0.21 0.06 2.14 1.08 0.28 0.11 -0.21 0.76 -0.78 -0.88 -0.92 -0.87 -0.9 -1.06 -1.61 -1.57
Bra003209 (CHI)
-2.21 -3.35 -2.71 -2.63 -0.35 0.04 0.67 -0.28 -1.2 -0.78 -0.71 -1.39 0.43 1.2 0.92 0.88 0.18 1.81 1.26 0.56 0.12 0.05 -0.33 -0.09 -0.32 -0.87 -0.51 -0.27 -0.71 -1.08 -1.16
-2.01 -5.13 -3.94 -2.33 0.2 0.64 -1.14 -2.07 -0.17 -0.8 -1.15 -0.66 -0.65 1.37 1.12 -0.17 0.06 1.65 0.74 -0.07 0.09 -0.9 -0.81 0.61 0.37 0.14 -0.04 0.54 0.69 -1.0 -0.37
Bra005370 (KUP11)
-1.27 -1.3 -1.17 -0.99 -0.4 0.13 0.2 -0.2 -0.26 -0.17 -0.42 -0.26 0.38 0.22 0.24 0.02 0.11 1.24 0.85 0.21 -0.4 -0.07 -0.69 0.16 0.13 -0.28 0.12 0.19 0.52 -0.2 0.12
Bra006118 (NDL2)
-1.68 -1.39 -1.81 -0.49 0.52 0.29 0.21 0.18 0.06 0.11 -0.06 -0.12 -0.34 0.75 0.82 0.52 0.3 1.51 0.36 0.17 -0.15 -0.19 -1.68 -0.18 -0.22 -0.3 -0.43 -0.15 -0.24 -0.86 -0.92
Bra006224 (CHS)
-7.11 -7.63 - -3.77 -0.26 0.14 0.79 -1.81 -2.74 -1.51 -1.86 -2.99 0.32 1.15 0.71 1.29 0.71 2.82 1.24 0.78 0.01 -0.42 -1.01 -0.56 -0.85 -1.42 -1.69 0.28 -1.81 -4.17 -5.16
Bra006361 (PIN5)
- - - -3.23 -1.61 -0.51 -0.37 -0.33 0.7 -0.16 -0.33 - -0.33 1.68 1.55 0.01 1.29 2.96 -0.52 0.85 1.37 0.79 - - - - - - - - -
-2.62 -3.35 -3.71 -2.92 -0.99 -0.08 0.58 0.17 -0.69 -0.44 -0.38 -0.68 0.49 0.55 0.47 0.43 -0.05 1.43 0.79 0.13 0.33 -0.1 1.09 0.35 -0.13 0.19 0.31 -0.61 -0.33 -1.4 -0.16
-0.11 -0.24 -0.43 -0.5 0.01 0.15 0.32 0.23 -0.58 -0.27 -0.56 -0.46 0.41 0.25 0.15 -0.0 0.1 1.01 0.54 -0.05 -0.17 0.03 -0.44 0.09 0.1 -0.36 0.06 0.15 -0.24 -0.51 -0.09
Bra007744 (ASAT1)
-0.24 -1.86 -3.59 -3.48 0.24 -0.11 -1.14 -1.77 0.34 -1.1 -0.23 -0.4 0.19 1.05 1.01 -0.22 -1.1 1.22 0.15 -0.59 -0.24 -0.29 0.19 0.76 0.56 -0.33 0.25 0.66 0.78 -0.74 -0.03
Bra008421 (PGK)
-1.19 -1.31 -1.75 -1.15 -0.19 -0.15 0.2 -0.09 -0.84 -0.06 -0.31 -0.34 0.21 -0.14 0.26 0.49 0.57 1.39 0.69 0.32 0.13 0.21 0.69 0.06 0.11 -0.23 0.2 -0.42 -0.83 -0.65 -0.21
Bra010189 (GBSS1)
-0.63 -1.27 -1.77 -1.15 -0.02 0.81 -0.02 -0.73 -0.03 -0.34 -0.25 -0.33 -0.77 1.11 0.99 0.08 -0.03 0.83 1.14 0.03 0.07 -0.18 -1.91 0.01 -0.02 -0.29 -0.18 0.24 0.24 -0.65 -0.33
Bra010960 (PUB6)
-1.37 -2.13 -2.03 -1.37 0.16 0.64 -0.09 -0.74 0.06 -0.28 -0.02 -0.48 -0.56 1.18 1.11 0.36 -0.02 0.82 0.65 0.24 -0.05 -0.23 -1.03 0.0 0.02 -0.27 0.08 0.11 0.26 -0.67 -0.07
Bra011841 (MIC60)
-3.79 -1.56 -1.05 -1.88 0.08 0.37 -1.02 0.2 0.54 -0.09 0.29 0.56 0.6 1.76 1.68 -0.09 0.03 1.6 -0.1 0.6 -1.5 1.1 -0.14 -1.06 -2.28 -4.72 -1.62 -3.92 -1.62 -2.21 -2.58
-1.3 - - - - -0.0 -1.82 1.77 - 1.39 -0.77 -0.03 1.05 2.55 2.57 -1.34 - 1.4 -0.05 1.51 - -1.53 - - -1.59 - -1.58 - - - -
Bra013009 (GSM1)
-2.83 -5.13 -5.78 -5.12 -0.72 -0.12 -2.45 -3.09 0.79 -0.38 0.07 -0.21 -0.86 0.63 1.2 -0.04 -0.94 1.1 0.69 0.35 -0.09 -0.08 0.11 0.57 0.64 0.04 0.2 0.9 0.97 -0.58 -0.09
Bra013265 (AGD8)
-1.13 -1.15 -1.43 -1.47 -0.12 -0.07 0.1 0.0 -0.19 0.3 -0.31 -0.39 1.05 0.67 0.79 0.68 0.64 1.74 0.72 -0.09 0.13 0.04 -0.51 -0.48 -0.59 -1.13 -0.49 -0.74 -1.2 -1.39 -1.09
Bra015976 (SIS8)
-0.84 -0.8 -0.54 -1.1 -0.19 0.65 -0.01 -0.39 -0.35 -0.16 0.04 -0.43 -0.15 0.82 0.64 0.39 0.4 1.4 0.48 0.49 0.28 0.27 0.08 -0.56 -0.39 -0.63 -0.53 -0.65 -0.27 -1.26 -0.65
Bra016081 (CEPR2)
-0.72 -1.03 -0.89 -0.92 0.78 0.45 -1.2 -0.8 -0.57 -0.77 -0.92 -0.78 -0.48 0.59 0.95 -0.46 -0.82 1.6 0.62 0.12 -0.24 -0.13 -0.77 0.26 0.14 0.44 0.01 -0.01 0.2 0.08 0.08
-0.43 -1.39 -1.32 -0.28 0.4 0.25 -0.32 -0.74 0.0 -0.24 -0.19 -0.33 -0.33 0.54 0.37 0.04 0.02 1.82 1.61 0.05 -0.46 -0.21 -0.67 -0.41 -0.64 0.32 -0.64 -0.47 -0.46 -0.85 -0.97
Bra017788 (ELO4)
-3.96 -2.71 -2.89 -6.48 0.15 0.15 -1.68 -1.57 -0.21 -0.72 -0.83 -0.78 -1.29 1.46 1.49 0.48 0.03 1.94 1.13 -0.04 0.15 -0.35 -2.19 0.37 -0.61 -0.71 -0.11 0.74 0.61 -0.93 -1.26
-0.6 -0.17 -0.69 -0.75 1.17 1.18 -0.48 -0.03 -0.94 -0.94 -0.07 0.1 0.17 1.35 1.24 -0.75 -1.19 1.59 0.0 -0.1 -0.55 -0.1 -0.49 -0.13 -1.55 -1.04 -1.04 -0.47 -0.43 -1.06 -1.16
-1.66 -1.3 -1.16 -1.02 1.14 0.24 -0.61 -1.03 0.29 0.34 -0.18 -0.19 -0.53 1.63 1.66 0.11 -0.43 1.76 -0.04 0.33 -0.58 -0.28 -2.19 -1.31 -1.48 -0.53 -0.45 -0.61 -0.38 -1.22 -1.21
Bra020782 (PRXIIF)
-0.32 -0.16 -0.52 -0.57 0.22 -0.06 -0.54 -0.67 -0.14 -0.22 -0.23 -0.14 0.06 0.42 0.42 0.08 -0.26 0.57 0.18 -0.11 -0.13 0.0 -0.05 0.27 0.19 0.02 0.25 0.01 0.11 0.12 0.27
Bra021354 (ATL51)
-0.81 -1.18 -0.5 -0.99 0.33 0.67 -0.09 -0.51 -0.12 -0.35 -0.37 -0.11 -0.6 0.47 0.55 0.32 0.08 2.0 0.83 0.3 -0.03 0.25 -1.36 -0.24 -0.33 -0.51 -0.82 -0.67 -0.37 -0.61 -0.9
-4.44 -4.57 -4.59 -3.87 -0.19 0.2 -0.01 -0.43 -0.01 -0.08 -0.36 -0.27 -0.38 0.7 0.7 0.31 0.49 1.9 1.12 0.15 0.05 -0.18 -0.89 0.53 0.39 -0.82 0.03 0.16 -0.11 -0.75 -1.29
Bra022816 (ERD13)
-1.78 -1.4 -0.75 -1.55 1.07 -0.04 0.07 -0.2 -0.63 -0.09 -0.7 -0.61 -0.59 0.42 -0.34 0.43 0.4 2.43 0.88 -0.27 -0.06 0.53 -0.28 -0.47 -0.45 -0.81 -0.61 -0.27 -0.6 -1.28 -2.15
Bra023084 (MAT3)
-1.77 -1.8 -1.76 -1.64 0.09 0.66 0.07 0.47 -0.71 -0.66 -0.69 -0.67 0.42 0.83 0.76 0.43 0.17 1.49 0.16 -0.07 -0.28 -0.32 0.48 -0.09 -0.15 -0.55 -0.29 -0.15 -0.0 -0.23 -0.07
Bra023594 (UGT78D2)
-0.87 -0.62 -0.55 -0.31 -0.09 0.24 0.37 -0.01 -0.47 -0.24 -0.5 -0.43 0.01 0.68 0.43 0.75 0.3 1.12 0.22 0.65 0.24 0.23 -1.0 -0.21 -0.1 -0.54 -0.22 -0.17 -0.47 -0.76 -0.5
Bra023602 (TT19)
-6.68 -6.93 -6.73 -3.44 0.03 0.21 0.56 -0.74 -1.46 -0.85 -1.4 -1.72 0.61 1.86 1.14 0.88 0.8 2.55 0.49 -0.11 -0.1 -0.41 -1.17 -0.51 -0.85 -2.0 -1.47 -0.01 -1.24 -2.52 -1.56
Bra023893 (MRP6)
-0.87 -1.78 -1.73 -1.59 1.22 -1.09 -0.15 0.27 -0.07 -0.15 -1.01 -0.01 0.83 1.37 0.9 -0.12 -0.79 1.98 0.32 -0.73 -0.44 -0.29 -2.02 -1.21 -0.5 -1.22 -0.81 0.18 0.42 -0.2 -1.01
Bra024265 (XYP1)
-2.11 -1.85 -2.08 -1.64 -0.32 -0.29 0.02 -0.24 -0.42 0.02 -0.07 -0.17 0.33 0.41 0.61 0.76 0.52 0.89 0.59 0.22 0.18 0.15 0.94 0.21 0.15 -0.1 0.02 -0.51 -0.8 -0.74 -0.26
Bra024285 (NPH3)
-1.41 -2.37 -1.05 -2.1 0.54 0.02 -0.39 -0.38 0.25 -0.06 0.22 -0.01 0.31 0.67 0.48 -0.13 -0.27 0.75 0.42 -0.03 -0.06 -0.18 -0.06 0.33 0.25 -0.2 -0.03 0.39 0.24 -0.07 -0.17
Bra024568 (PGM3)
-0.91 -0.94 -1.37 -0.9 0.05 0.17 0.01 -0.02 -0.28 0.1 -0.27 -0.28 0.08 0.31 0.37 0.19 0.37 1.29 0.77 0.27 0.16 0.13 0.22 -0.22 -0.13 -0.29 -0.14 -0.26 -0.56 -0.55 -0.21
-2.79 -2.54 -4.21 -2.18 -0.14 1.16 -0.32 -0.47 -0.05 -0.9 -0.91 -0.73 0.21 0.77 0.46 0.07 -0.24 1.46 0.94 -0.1 -0.5 -0.56 -0.22 0.87 0.56 -1.18 0.23 0.41 0.53 -1.24 0.05
Bra025288 (ATPK7)
-3.54 -3.37 -3.23 -2.96 0.12 0.18 -0.31 -0.43 0.16 -0.76 -0.28 -0.12 -0.31 0.99 0.26 -0.08 -0.48 1.79 0.73 0.14 -0.46 -0.71 -0.22 0.64 0.42 -0.7 0.1 0.19 0.64 -0.26 0.23
Bra026773 (MBD10)
-0.98 -1.56 -1.23 -1.2 0.22 0.44 -0.52 -0.84 0.29 -0.48 -0.38 -0.61 0.06 0.69 0.8 0.68 -0.07 1.88 1.52 0.32 -0.45 -0.31 -1.39 -0.54 -0.48 -0.43 -0.92 -0.92 -0.24 -0.79 -0.23
Bra029482 (MEE51)
-2.46 -1.06 -2.02 -2.15 -1.26 0.06 -0.17 -0.84 -0.81 -0.17 -0.32 0.02 -0.39 -0.15 0.33 -0.03 0.4 1.77 1.46 -0.2 -0.85 0.11 -0.18 -0.01 -0.0 -0.26 -0.01 0.18 0.23 0.26 0.66
Bra029836 (CPY)
-0.13 -0.94 -0.42 -0.69 0.17 0.21 -0.69 -1.07 -0.14 -0.34 -0.19 -0.46 -0.55 0.56 0.81 -0.05 -0.74 1.94 0.37 -0.46 -0.63 -0.63 -1.73 0.06 0.33 -0.15 -0.0 0.41 0.13 -0.07 0.04
Bra029875 (MES17)
-1.53 -2.94 -1.49 -5.12 0.02 -0.26 -1.24 -2.37 -0.02 -0.51 -0.59 -0.78 0.01 1.14 1.28 0.27 -1.29 1.32 0.89 -0.74 0.2 -0.53 0.49 0.74 0.41 0.33 -0.25 0.47 0.53 -1.19 -0.15
Bra030461 (GA2OX7)
-1.77 -0.98 -0.68 -1.25 0.97 0.53 -0.34 -0.28 0.17 0.02 -0.25 -0.31 0.05 1.25 1.31 0.23 -0.81 1.86 0.32 0.48 -0.36 -0.28 -1.49 -1.14 -1.09 -0.75 -0.78 -0.5 -0.46 -1.26 -0.84
Bra032651 (KEA1)
-0.55 -0.94 -0.99 -0.58 0.0 0.14 0.16 0.06 -0.27 -0.11 -0.14 -0.1 0.07 0.38 0.33 0.29 0.11 1.01 0.51 0.12 -0.21 -0.05 0.25 -0.3 -0.22 -0.19 -0.15 0.0 0.13 -0.23 -0.12
Bra033574 (ROC1)
-0.44 -0.85 -2.88 -2.4 0.29 0.4 -0.33 -0.47 0.23 -0.7 -0.2 -0.4 -0.73 0.5 0.71 -0.27 -0.41 1.61 0.68 -0.16 -0.01 -0.4 -3.41 0.3 0.21 0.04 0.15 0.47 0.63 0.05 -0.34
-0.82 -0.7 -0.78 -0.81 0.26 0.21 -0.1 0.34 -0.11 -0.05 -0.11 -0.28 0.27 0.57 0.72 0.79 0.14 1.69 0.39 0.21 -0.0 0.23 0.02 -0.9 -0.94 -0.83 -1.03 -0.69 -1.04 -1.23 -0.35
-1.44 -1.4 -2.54 -1.44 2.05 1.56 - -0.97 -1.99 - - 0.88 0.47 2.12 2.02 -0.06 1.21 1.91 0.65 -1.25 -1.98 -0.7 - - - - - -1.62 - - -
Bra036262 (XT2)
-0.31 -0.03 -0.41 -0.56 0.24 -0.06 -0.75 -0.54 -0.08 -0.19 -0.26 -0.23 -0.53 0.5 0.6 -0.02 -0.34 0.71 0.17 -0.07 -0.25 -0.16 -0.85 0.27 0.37 0.06 0.29 0.51 0.59 -0.03 -0.38
-1.62 -1.92 -1.22 -2.15 0.07 0.0 0.02 -0.25 -0.2 -0.16 -0.09 -0.24 0.77 0.17 0.32 0.66 -0.03 1.58 0.56 0.3 0.02 0.16 0.05 -0.2 -0.02 -1.52 -0.15 -0.69 -0.22 -0.25 0.48
-1.26 -2.74 -2.02 -1.9 -0.08 -0.69 -0.16 -0.29 0.12 0.08 -0.07 -0.32 -0.2 0.83 0.49 0.44 -0.02 1.86 0.93 0.08 0.22 0.28 -0.41 0.02 0.15 -0.35 -0.17 -0.08 -0.24 -0.99 -0.9
Bra037903 (PBL17)
-0.72 -0.7 -0.47 -1.0 -0.18 -0.12 -0.41 -0.37 0.1 -0.38 -0.28 -0.25 -0.43 0.61 0.51 0.16 -0.22 1.59 0.85 0.1 -0.07 0.28 -0.71 0.09 0.07 -0.81 0.01 -0.23 0.08 -0.13 -0.2
-0.58 -0.95 -1.18 -1.42 0.54 0.44 -0.24 -0.35 0.17 -0.13 -0.33 -0.18 -0.01 0.37 0.66 -0.09 0.03 0.73 0.31 -0.03 0.05 0.08 -0.13 0.19 0.16 -0.16 -0.05 0.06 0.12 -0.22 0.06
Bra039362 (CHI)
-2.72 -1.89 -3.04 -2.27 0.37 -0.14 0.77 -0.17 -1.32 -1.01 -1.02 -1.99 0.45 0.98 0.58 0.76 0.05 1.79 1.22 0.54 0.2 -0.39 -0.66 -0.03 -0.14 -0.66 -0.58 0.04 -0.11 -0.78 -0.44
Bra039936 (scpl10)
-0.71 -0.84 -0.17 0.56 -0.38 0.06 1.09 -0.07 -1.01 -0.97 -0.76 -1.18 0.33 0.92 0.18 0.66 0.22 2.36 0.05 -0.19 -0.08 -0.51 -1.12 -0.72 -0.78 -0.56 -0.85 -0.38 -1.18 -1.85 -1.18
Bra040512 (VMA10)
-0.61 -0.58 -0.56 -0.66 0.12 -0.41 0.26 0.17 -0.24 -0.23 0.41 -0.18 0.15 1.07 1.08 0.56 0.31 1.51 0.26 -0.09 -0.11 0.03 -0.79 -0.74 -0.84 -0.81 -0.65 -0.61 -0.68 -1.07 -0.72
Bra041166 (CASPL3A2)
-0.63 -0.57 -0.31 -0.85 0.59 0.21 -1.21 -1.87 0.48 -0.03 0.09 -0.05 -1.36 0.94 0.72 -0.12 -0.38 0.73 0.63 0.01 -0.17 0.15 -1.09 -0.16 0.22 0.19 0.51 0.08 0.22 -0.27 -0.92

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.