1. Home
  2. Tools
  3. Expression Heatmap
  4. Results

Heatmap: Cluster_37 (Brassica rapa (Bra) Coexpression Clusters (HCCA Algorithm))

View as: (view zlog-transformed or row-normalized)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Showing raw values)

 Transpose table  Download table
Gene
Light: 268 uE m-2 s-1
Light: 202.5 uE m-2 s-1 (Control)
Light: 135 uE m-2 s-1
Light: 67.5 uE m-2 s-1
Photoperiod: L24
Photoperiod: L20D4 (Control)
Photoperiod: L12D12
Photoperiod: L8D16
RBW: 4:1:1 (Control)
RBW: 4:1:0
RBW: 3:1:1
RBW: 3:1:0
Nitrogen: 0%
Nitrogen: 25%
Nitrogen: 50%
Nitrogen: 100% (Control)
Nitrogen: 150%
Phosphorous: 0%
Phosphorous: 25%
Phosphorous: 50%
Phosphorous: 100% (Control)
Phosphorous: 150%
Potassium: 0%
Potassium: 25%
Potassium: 50%
Potassium: 100% (Control)
Potassium: 150%
Temperature: 20°C
Temperature: 25°C (Control)
Temperature: 30°C
Temperature: 35°C
Bra000034 (ARRS1)
 3.12 4.31 4.28 3.18 4.75 5.23 5.46 6.92 2.1 2.08 1.38 2.02 5.28 5.03 6.41 6.0 4.51 6.03 3.45 4.28 3.4 3.33 12.11 2.08 2.24 2.5 2.57 1.91 1.98 2.38 4.37
80.39 95.63 85.86 83.67 157.15 177.31 168.86 249.98 86.58 87.4 102.06 90.44 212.72 241.65 300.51 192.22 126.76 284.4 161.48 150.22 170.04 141.43 441.07 133.64 146.28 114.64 111.96 101.36 85.22 61.99 99.56
3.15 5.17 3.98 6.41 6.64 6.15 7.21 14.61 1.81 3.0 3.37 3.01 7.87 4.63 9.81 8.28 8.15 6.96 2.83 3.75 4.75 5.19 14.5 3.48 3.02 3.64 3.03 2.86 1.29 2.4 4.63
Bra002683 (UBP23)
 3.99 3.7 3.43 3.19 5.78 7.15 5.66 6.77 3.44 3.82 4.07 3.12 6.5 8.44 10.68 7.37 6.58 6.86 5.19 5.23 5.18 5.16 16.62 4.16 4.55 3.37 4.61 3.58 4.11 4.01 6.5
Bra002778 (NFA3)
 16.7 20.98 26.07 22.23 19.91 21.3 31.78 52.42 12.39 16.98 16.71 14.01 38.6 27.99 30.83 28.69 33.45 33.95 17.36 22.97 24.72 22.57 56.65 19.47 20.61 20.84 20.12 15.92 12.57 12.38 23.66
Bra003455 (RTN6)
 8.97 11.88 9.32 9.32 14.97 15.89 16.01 25.84 6.66 11.08 8.97 7.32 24.55 15.7 17.77 19.98 16.9 19.21 11.46 11.33 11.83 12.1 28.71 10.85 10.08 9.24 9.37 9.56 7.45 6.33 8.55
Bra003809 (PUR4)
 3.41 3.73 3.02 4.51 3.19 6.15 5.53 10.31 1.92 3.02 2.48 2.31 6.57 7.48 8.05 6.75 7.66 4.96 3.22 4.42 4.83 3.96 12.1 4.32 5.14 4.99 5.32 4.39 3.13 2.83 6.41
3.54 4.67 2.8 4.02 6.88 8.27 5.7 8.88 2.2 3.51 3.44 2.41 7.13 8.13 12.12 6.28 7.06 7.84 3.72 5.33 5.49 4.33 16.0 3.78 3.61 3.51 3.42 2.76 2.28 2.61 5.92
0.33 0.39 0.36 0.63 0.68 1.14 1.19 2.51 0.33 0.43 0.37 0.26 1.57 1.67 2.14 1.24 0.95 1.59 0.74 0.69 0.62 0.59 3.27 0.33 0.3 0.34 0.33 0.34 0.19 0.3 0.63
Bra006053 (ASN3)
 7.67 9.03 8.32 9.51 10.22 8.87 9.59 17.57 6.99 7.51 6.87 6.1 17.89 14.53 17.24 12.67 12.78 11.59 6.49 7.04 8.14 7.82 28.31 8.29 8.13 8.53 8.17 9.97 7.11 5.76 11.35
Bra007052 (FIP37)
 3.47 4.52 2.97 2.8 5.18 4.79 5.77 9.39 3.17 4.6 4.81 3.86 8.15 5.13 9.02 8.22 7.83 7.79 5.66 5.81 5.08 5.46 13.1 5.46 4.64 3.7 4.88 4.19 3.57 3.76 5.91
Bra007126 (PUR5)
 8.35 11.11 9.0 9.6 8.08 8.15 9.66 13.64 4.93 6.28 5.48 5.96 15.39 8.24 12.16 13.68 12.37 11.13 7.21 7.69 10.55 8.57 19.56 8.36 8.36 7.74 9.28 7.28 3.71 5.06 10.58
Bra007217 (TRM5a)
 5.6 5.71 4.79 5.42 8.46 7.52 5.85 8.36 5.05 4.77 4.94 4.36 9.29 9.14 9.91 6.94 6.83 7.22 4.82 5.16 5.13 5.04 11.69 5.09 5.27 4.65 4.64 4.88 4.79 5.0 5.4
1.25 1.43 1.36 0.82 2.83 3.26 2.41 4.09 1.57 1.78 1.5 1.42 3.73 3.53 5.33 3.52 2.97 3.2 2.66 2.3 2.65 2.0 8.46 1.86 1.9 2.08 2.15 1.55 1.54 1.58 2.68
2.13 4.6 3.57 2.84 4.84 5.19 5.22 10.84 2.74 2.79 2.62 2.46 10.58 7.98 9.28 6.45 6.18 5.86 3.87 4.53 4.24 3.2 18.33 2.84 3.38 3.0 3.5 2.96 2.35 2.09 6.07
Bra007399 (RH11)
 5.84 7.18 5.78 5.97 8.04 9.01 10.51 15.48 4.92 6.55 5.46 5.56 12.25 9.3 10.28 12.1 10.24 8.89 7.82 9.28 7.9 7.55 18.21 6.67 7.24 6.0 7.16 6.92 6.01 6.21 8.84
0.41 0.33 0.42 0.61 2.31 3.94 2.25 7.18 0.5 0.67 0.93 0.66 3.88 3.9 6.15 3.31 3.33 3.86 1.27 1.63 1.0 1.48 6.54 1.54 1.57 1.4 1.56 1.34 0.88 1.0 2.4
Bra007540 (G3)
 1.29 1.14 1.15 1.34 1.1 2.25 2.01 4.26 1.05 0.88 1.25 0.81 4.43 4.15 5.24 2.48 2.55 3.96 1.63 1.56 1.51 1.53 7.6 0.94 1.28 1.12 0.87 1.05 1.12 1.22 2.17
Bra009356 (STRS2)
 1.16 2.2 1.63 3.05 1.03 1.66 2.03 4.47 0.32 0.76 0.4 0.32 3.71 2.16 3.53 2.46 2.08 2.59 0.69 1.0 1.1 1.22 7.83 0.64 0.77 1.0 0.92 0.87 0.33 0.36 1.4
Bra010568 (RPPR7)
 1.54 2.14 1.47 1.95 1.57 1.45 2.01 4.67 0.75 1.37 0.95 1.29 3.77 2.33 3.02 3.19 2.53 3.76 1.7 1.57 2.18 1.97 6.39 1.18 1.28 1.13 1.17 0.82 0.49 0.79 2.3
Bra010944 (GRP2)
 33.79 35.74 38.0 34.52 52.77 39.51 55.43 92.9 23.77 26.06 26.26 23.94 85.87 55.5 49.53 46.2 44.52 62.22 29.19 31.14 37.6 35.27 98.79 41.34 44.76 41.27 43.5 32.57 32.36 37.84 53.11
3.63 4.1 2.7 3.33 3.81 5.19 6.19 11.09 1.82 2.21 2.51 2.19 7.76 5.95 8.13 6.16 6.9 6.99 3.02 3.08 4.17 3.2 14.03 2.91 2.66 3.2 3.74 3.19 1.99 2.71 5.6
1.66 1.76 2.1 1.56 2.65 2.78 2.39 3.17 1.59 1.78 1.65 1.73 3.63 3.61 4.01 2.94 2.83 3.83 1.78 2.16 2.0 1.89 5.47 1.98 2.28 1.57 2.28 1.99 1.71 1.71 2.18
6.93 7.38 5.87 5.06 10.62 9.26 7.67 15.29 5.51 4.92 4.49 5.09 12.52 11.32 13.77 8.96 9.92 12.47 6.02 5.68 6.43 6.19 25.22 4.18 3.77 2.63 4.08 3.75 2.96 3.35 5.21
1.27 1.72 1.06 1.49 2.16 2.64 2.6 5.79 1.07 1.09 1.25 1.19 3.83 3.89 6.41 3.22 3.51 3.71 1.71 1.59 1.84 1.7 9.33 1.33 1.1 1.45 1.63 1.08 1.02 1.18 3.44
2.08 3.55 2.32 1.89 2.83 4.0 2.99 5.02 2.42 2.38 2.28 2.14 4.27 5.85 8.86 5.61 5.15 5.21 4.13 3.54 3.86 3.49 14.89 3.46 3.44 2.4 4.16 2.66 2.51 2.99 4.99
0.19 0.38 0.18 0.11 0.35 0.39 0.33 0.79 0.07 0.09 0.11 0.12 0.66 0.35 1.03 0.37 0.44 0.74 0.41 0.2 0.3 0.12 1.69 0.06 0.12 0.08 0.13 0.12 0.07 0.09 0.33
0.19 0.38 0.18 0.11 0.35 0.39 0.33 0.79 0.07 0.09 0.11 0.12 0.66 0.35 1.03 0.37 0.44 0.74 0.41 0.2 0.3 0.12 1.69 0.06 0.12 0.08 0.13 0.12 0.07 0.09 0.33
11.93 12.05 11.74 10.59 19.91 19.43 15.51 20.98 8.76 11.47 12.17 9.68 21.32 24.18 28.29 19.18 17.64 19.77 16.15 15.72 14.4 12.18 42.39 13.66 12.34 12.36 11.07 11.0 8.6 10.21 17.73
15.92 17.45 12.27 14.88 18.94 19.38 21.78 30.21 10.91 12.3 10.78 11.35 33.67 20.29 23.44 21.4 22.55 25.88 12.56 15.15 14.85 15.95 45.75 12.82 14.43 14.87 13.13 12.84 12.37 13.88 18.67
1.64 2.17 2.37 1.95 2.83 2.46 2.16 4.05 1.68 1.64 1.8 1.71 3.06 4.07 4.37 2.94 2.66 3.69 1.85 2.15 1.92 2.01 6.18 2.12 2.27 1.26 1.71 1.76 1.85 1.53 2.43
Bra018764 (NUC1)
 12.92 15.68 15.62 11.98 13.64 13.66 13.82 50.09 8.21 9.31 7.77 6.23 28.77 14.44 28.89 15.8 12.81 23.0 9.54 9.88 10.22 8.11 50.82 7.99 8.61 7.91 5.25 12.29 7.48 9.81 11.84
Bra019039 (IMB4)
 1.99 1.55 1.24 1.97 2.84 2.93 2.2 4.19 1.57 1.76 1.68 1.59 3.08 2.95 4.33 2.99 3.02 2.57 1.99 2.29 1.78 2.03 5.24 1.84 2.03 2.33 2.03 2.27 1.7 1.96 2.93
Bra020336 (NRPB7)
 9.49 10.43 8.24 9.18 20.75 20.25 17.46 30.59 11.07 14.23 11.26 8.47 25.49 19.03 23.88 18.86 19.81 22.02 12.7 14.87 13.61 16.69 38.96 15.41 15.36 11.65 14.37 11.77 13.51 10.87 17.74
Bra020544 (NSUN5)
 1.51 2.28 2.14 1.5 1.87 2.12 1.81 5.62 0.81 0.75 0.84 0.75 3.72 2.42 3.99 2.3 2.35 3.14 0.94 1.17 1.74 1.62 7.82 0.94 0.82 1.12 1.08 0.84 0.53 0.68 1.66
Bra021111 (atBRX1-1)
 0.17 0.56 0.33 0.81 0.21 0.68 1.62 3.46 0.28 0.12 0.46 0.25 2.46 1.73 2.12 1.73 1.78 1.94 0.38 0.33 0.67 0.21 4.16 0.25 0.16 0.11 0.13 0.23 0.05 0.14 0.73
Bra021720 (EMA1)
 3.56 4.96 3.63 2.65 6.33 7.21 6.12 8.09 3.61 3.97 3.54 3.16 5.94 8.19 9.18 7.16 6.85 5.26 4.16 4.07 3.83 4.42 14.66 3.67 3.98 4.08 4.6 3.19 3.55 3.74 5.53
3.97 5.26 5.97 6.47 3.5 4.64 4.01 7.91 1.39 1.79 1.64 1.25 6.93 5.56 6.9 4.75 4.65 5.94 2.3 2.63 3.23 2.57 16.05 2.59 2.75 4.12 2.64 2.77 1.68 1.93 3.3
Bra023109 (RPPR5)
 1.91 2.95 2.06 2.19 3.67 3.44 4.95 8.24 1.67 2.27 1.88 1.78 5.54 4.25 5.77 4.81 4.95 6.37 3.53 3.36 3.39 2.96 8.49 2.45 2.41 1.65 2.72 2.03 1.41 1.65 3.72
1.69 3.58 1.98 2.34 4.34 5.07 5.54 10.11 2.7 3.01 2.41 2.63 8.5 4.92 6.99 6.51 5.51 4.88 2.83 4.11 3.24 3.92 11.82 4.29 4.6 2.9 5.03 3.38 2.72 2.9 5.61
Bra023227 (RH5)
 7.39 9.79 10.58 9.81 10.87 17.63 13.91 23.89 5.82 5.93 6.27 5.22 22.84 27.15 33.78 18.69 17.3 31.09 8.48 9.25 9.89 9.93 39.74 7.72 9.42 9.72 9.71 9.06 6.26 7.08 15.61
1.52 1.45 0.96 1.17 1.96 2.12 1.74 3.22 0.65 0.8 0.85 0.61 2.08 2.66 3.76 2.25 2.06 2.56 1.17 1.29 1.2 0.99 6.11 0.99 1.15 1.25 1.37 0.92 0.85 1.04 3.07
Bra025105 (MORF4)
 1.26 1.52 2.02 1.06 1.39 1.85 1.82 3.35 0.9 1.02 1.12 1.29 2.84 2.55 3.87 2.07 2.24 3.08 1.25 1.6 1.36 1.34 7.59 1.29 0.88 0.77 1.01 0.72 0.55 1.03 2.52
Bra025360 (THADA)
 0.68 0.98 0.64 0.62 0.98 1.26 1.16 2.14 0.4 0.55 0.5 0.44 1.69 1.32 1.84 1.26 1.38 1.29 0.7 0.68 0.68 0.75 3.26 0.61 0.79 0.55 0.79 0.6 0.49 0.64 1.27
Bra025513 (NOB1)
 6.83 7.48 5.04 5.46 5.34 6.81 6.99 11.44 2.96 4.17 3.04 3.5 12.13 8.3 10.18 7.73 7.0 8.03 4.47 3.77 4.77 3.92 20.61 3.95 3.81 3.9 4.1 3.63 3.13 3.86 6.62
3.6 3.79 3.06 3.32 7.51 8.28 6.54 13.21 3.84 4.11 4.22 3.94 11.49 12.13 13.25 7.16 7.95 9.0 5.1 6.09 5.34 6.49 16.58 3.48 3.8 2.79 3.14 3.58 3.15 2.68 4.04
0.91 2.12 0.8 0.95 1.17 1.5 1.46 3.05 0.4 0.9 0.66 0.75 2.53 1.38 1.9 1.63 1.72 1.88 0.98 1.22 0.94 0.83 4.79 0.9 0.59 0.94 0.74 0.64 0.5 0.66 1.2
Bra026329 (IMB4)
 2.62 2.52 2.08 2.89 2.9 3.27 3.42 7.89 1.19 1.38 1.8 1.64 4.61 4.67 5.82 4.54 3.52 4.63 2.42 2.47 2.34 2.75 9.6 1.53 1.6 1.75 1.75 1.41 1.35 1.6 3.56
3.92 4.9 3.65 3.47 3.96 4.45 4.63 6.9 2.44 2.39 2.14 1.56 7.28 5.2 7.52 4.84 5.26 5.3 2.97 3.08 3.28 2.5 13.19 2.47 2.11 2.46 2.7 2.16 1.72 1.97 4.09
Bra027728 (ABCF3)
 7.73 8.95 7.15 8.03 7.33 7.96 8.67 11.33 5.19 6.55 5.85 5.52 11.52 9.1 10.68 10.0 9.19 9.11 6.21 6.53 6.97 6.34 17.92 6.3 6.67 6.83 6.64 7.19 5.4 5.7 8.25
2.1 2.22 1.34 1.91 3.42 3.42 2.78 5.93 1.22 1.31 1.74 1.49 3.68 3.55 4.46 3.17 3.47 3.45 2.12 2.71 2.72 1.93 7.93 1.69 1.53 1.86 1.88 1.63 1.49 1.31 3.39
Bra028461 (RPL24C)
 4.84 5.16 6.43 3.63 6.32 11.49 10.3 21.39 4.13 4.97 5.24 5.09 19.65 13.13 19.32 12.79 13.71 13.83 7.16 6.57 7.46 7.56 39.9 6.11 6.09 6.45 7.12 4.11 3.99 6.28 12.84
Bra028490 (NOB1)
 0.8 0.66 0.54 0.41 0.72 0.96 1.13 1.73 0.33 0.41 0.45 0.56 1.57 1.1 1.52 0.94 1.18 1.41 0.72 0.56 0.69 0.66 3.52 0.74 0.54 0.64 0.58 0.34 0.41 0.64 1.26
16.08 25.59 15.21 16.72 13.51 16.77 19.65 29.44 9.35 12.8 10.37 11.47 33.69 20.14 26.59 20.44 22.56 23.23 12.81 12.12 14.3 12.72 47.99 11.64 11.1 13.44 13.27 9.5 8.15 9.54 20.02
5.88 7.5 11.06 8.62 9.73 9.75 9.05 18.28 4.67 6.55 3.91 4.68 12.84 11.89 14.51 9.12 8.94 11.15 6.58 7.24 7.31 5.96 21.65 7.02 8.44 7.09 7.3 5.58 5.42 5.39 9.72
Bra029275 (AtRH7)
 11.25 10.99 9.67 9.44 10.58 11.18 16.19 30.28 5.98 6.43 6.46 5.58 25.26 15.83 21.78 16.28 16.35 20.37 8.16 9.65 10.11 8.45 39.71 6.42 6.97 7.96 7.38 6.91 4.95 6.39 11.81
Bra029944 (NUWA)
 4.22 4.84 3.39 3.04 7.82 8.11 7.4 10.58 3.28 4.08 3.84 3.3 8.6 8.31 12.01 8.6 8.23 8.12 5.56 5.47 5.81 4.72 18.36 5.81 5.21 4.03 5.82 4.39 4.0 3.99 7.32
2.73 3.2 2.09 1.46 4.73 4.99 3.6 5.15 2.1 2.38 2.32 2.47 5.34 5.7 7.35 4.7 4.88 4.44 3.28 3.1 3.31 2.99 12.22 3.4 3.39 1.96 3.14 2.86 2.39 2.96 4.07
Bra031026 (MEE67)
 4.82 7.14 5.85 4.28 6.52 6.71 7.48 12.6 3.27 4.85 5.05 4.56 11.04 7.14 10.43 9.09 9.97 14.34 6.68 7.43 5.6 5.25 17.84 6.48 4.91 5.66 5.29 3.35 3.05 3.92 8.13
1.38 2.25 2.21 2.06 1.36 1.73 2.14 4.73 0.44 0.99 0.68 0.59 2.51 2.0 3.27 2.08 2.19 2.14 1.21 0.97 1.21 1.02 5.22 1.28 1.37 1.68 1.6 1.26 0.73 1.0 2.94
Bra034795 (RRP5)
 0.71 1.15 0.52 0.66 1.27 1.6 1.48 3.92 0.37 0.59 0.44 0.34 1.59 1.45 2.93 1.74 1.66 2.17 0.82 0.84 0.92 0.78 4.91 0.48 0.65 0.65 0.77 0.55 0.43 0.5 1.75
Bra035425 (MTR4)
 0.85 0.76 0.94 0.86 1.44 2.04 1.72 3.34 0.58 0.47 0.83 0.4 2.21 2.27 2.79 1.81 1.82 1.43 1.05 1.21 0.9 0.7 2.85 1.07 1.03 1.14 1.67 1.37 0.8 0.51 0.81
Bra035426 (MTR4)
 1.31 1.41 1.0 1.11 1.94 2.25 2.12 4.02 0.79 0.81 0.93 0.79 3.07 2.87 3.23 2.26 2.86 2.02 1.35 1.15 1.31 1.4 3.89 1.21 1.69 1.72 1.49 1.52 0.74 0.69 1.07
8.99 15.28 18.59 13.33 9.26 13.23 12.75 23.05 6.99 8.84 8.07 8.17 26.31 20.97 24.24 16.35 15.58 17.87 9.05 10.72 10.68 13.69 45.9 10.67 9.73 10.98 10.21 8.22 6.51 8.1 11.01
Bra036713 (ASHR2)
 3.41 5.43 5.24 4.07 3.68 3.64 4.0 8.48 1.89 2.49 2.33 2.13 7.11 5.06 7.15 5.29 5.43 6.64 2.69 3.19 3.11 3.48 10.37 2.75 2.9 2.91 3.89 2.1 1.5 2.15 5.84
Bra037538 (RBP47B)
 1.66 1.95 1.64 1.31 1.89 2.08 2.22 4.25 0.94 1.26 1.17 1.23 4.47 3.93 4.81 2.33 2.42 4.29 1.29 1.23 1.56 1.19 6.52 1.32 1.26 1.1 1.06 1.25 1.31 1.25 2.39
5.83 8.16 6.76 4.51 10.06 7.25 10.34 12.73 4.82 5.51 4.24 4.96 15.58 9.54 8.83 11.05 8.68 10.3 6.21 7.42 6.23 7.11 20.87 3.17 2.29 2.18 3.45 2.17 1.69 2.37 5.46
Bra040168 (TRM3)
 0.71 0.99 0.69 0.72 0.95 0.76 0.9 1.37 0.27 0.41 0.41 0.39 1.13 0.77 1.43 1.1 1.01 1.36 0.62 0.81 0.59 0.68 2.32 0.36 0.38 0.55 0.48 0.44 0.33 0.45 1.1

Details

Raw expression values (TPM normalized), Green cells indicate low expression and red high. (Dark gray cells indicate missing values)