Heatmap: Cluster_17 (Lactuca sativa (Lsa) Coexpression Clusters (HCCA Algorithm))

View as: (view raw or row-normalized)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Values are log2 transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

Gene
Light: 268 uE m-2 s-1
Light: 202.5 uE m-2 s-1 (Control)
Light: 135 uE m-2 s-1
Light: 67.5 uE m-2 s-1
Photoperiod: L24
Photoperiod: L20D4 (Control)
Photoperiod: L12D12
Photoperiod: L8D16
RBW: 4:1:1 (Control)
RBW: 4:1:0
RBW: 3:1:1
RBW: 3:1:0
Nitrogen: 0%
Nitrogen: 25%
Nitrogen: 50%
Nitrogen: 100% (Control)
Nitrogen: 150%
Phosphorous: 0%
Phosphorous: 25%
Phosphorous: 50%
Phosphorous: 100% (Control)
Phosphorous: 150%
Potassium: 0%
Potassium: 25%
Potassium: 50%
Potassium: 100% (Control)
Potassium: 150%
Temperature: 20°C
Temperature: 25°C (Control)
Temperature: 30°C
Temperature: 35°C
- - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - 2.89 - 4.56 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - 2.23 0.43 - - - 2.96 - 0.47 0.73 - - - 2.55 - - - - 3.05 - - - - - - - -
- - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - 2.83 - 4.03 - - - - - - 2.93 - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - 1.82 - - 4.23 - - - - - - - - 3.11 - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - 2.83 1.38 1.3 - - - - 2.72 - - - - 3.61 - - - - - - - -
- - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - 2.13 - 2.99 0.65 - 1.02 - - - 2.55 - - - - - - 0.66 - - - - - 2.93
- - - - - - - - - - 3.44 - - - - - - - - - - - - 3.28 - - - - - - 3.38
- - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - 4.35 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.4
- - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - 4.0 - - - - - - 3.9 - - - - - - - - - - - - -
- - - - 1.77 - - - 1.58 1.73 3.19 - - - - - - - - 1.51 1.56 1.69 - - - 1.65 - - - - -
- - - - - - - 2.64 - - 2.89 - - 2.02 - - 2.07 - - - - - - - - - 2.01 - - - 2.34
- - - - 1.02 -1.31 -1.08 - - -0.2 2.42 -1.32 - -1.01 1.62 1.21 - - 1.66 -0.39 - 1.44 -0.17 - -1.25 -1.5 1.24 -0.12 0.76 -0.27 0.54
- - - - - - - - - - 3.27 - - - - - - 3.57 - - - - 3.24 - - - - - - - -
- - - - - - - - -0.25 - 3.11 - - - - - - 1.23 3.08 - 2.82 - - - - - - - -0.09 - 1.45
- - - - - - - - - - 4.04 1.7 - - - - - - - - - - - - - - 3.5 - - - -
- 2.0 - - - - 0.29 - - - 2.72 - 2.77 - - - - 2.8 - - 2.44 - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - 3.34 - - - - - - - - - 1.75 - 3.67 - - - - - - 2.24 -
- - - - - - - - - - 4.18 - - - - - - - - - - - 3.69 - - - - - - - -
1.92 - - - - - -1.23 - - -1.86 3.18 - - - 1.17 1.69 - - - - - - - 1.17 0.41 - 0.02 1.2 0.73 -0.08 1.29
-1.12 - - - 0.53 -0.19 0.61 -0.74 -0.12 -0.99 1.44 -0.87 1.01 0.06 -0.36 1.79 0.03 -0.1 0.21 -0.36 -2.58 -0.79 - 0.01 -0.02 0.6 -1.12 -0.99 -1.46 0.04 1.85
- 0.92 - - 0.38 1.49 - - -0.63 - 1.83 - - 2.54 1.66 0.78 - - 1.42 - 0.26 - - - 1.01 1.18 -0.71 0.42 - - -
- - - 0.81 - 0.09 - - - - 2.02 - - 1.73 - - 0.19 0.54 2.37 - 2.19 - - - - - - - - 2.45 1.58
- - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - -0.25 - - -0.33 -0.34 0.75 2.2 - 2.43 1.65 - 2.25 -0.12 0.72 -0.39 1.3 1.69 - - - - - - - - - -
- - 2.43 - - 2.7 - - - - 3.66 - - - - - - - - 1.13 1.05 - - - - - - - - 1.16 -
- - - - -0.17 0.45 1.17 - 0.08 -0.16 2.5 0.35 -0.08 0.67 -0.97 - 1.65 - 0.26 - 0.26 -0.82 - - - 1.21 1.9 -0.2 -0.02 -0.86 -
- -1.09 - - 1.34 - - - - -1.2 1.42 -1.42 0.69 1.16 -0.29 0.47 1.35 1.96 -1.63 0.99 -1.64 - - -1.49 0.19 - - 0.99 0.09 -1.18 2.15
- - - - 2.04 - - - - - 3.99 - - - - - - 3.46 - - - - - - - - - - - - -
-2.39 -2.42 -1.87 -1.84 -0.01 -1.17 0.35 -0.55 0.51 0.56 0.82 0.24 1.56 0.54 0.92 0.52 -0.55 -0.67 0.26 0.34 0.05 -0.64 -0.04 -0.69 -1.84 -0.48 -1.1 -1.31 0.73 0.17 0.49
- - - - - - - - - - 4.61 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.71
- - - - -0.1 - - - - 2.58 2.8 2.07 - - - 2.71 - - -0.09 0.85 - - - - -0.13 -0.03 0.77 - - - -
- -0.06 -1.08 -1.07 - -0.79 0.3 -0.58 - -1.24 1.77 - -2.24 -2.16 -1.14 -0.16 -1.14 2.39 2.17 0.97 -0.98 -0.8 -0.64 0.16 -0.38 0.2 -0.56 - -2.34 0.16 1.06
- - - - - - - - - - 4.55 - - 1.12 - - 0.87 - 1.87 - - - - - - - - - - - -
2.18 - - - -0.39 1.44 - - - - 3.0 - - 1.5 - 0.33 0.17 - 1.23 - - 1.37 1.86 0.27 - - - - - - -
- - - - - - - - 0.97 - 3.61 - 2.03 - - 3.18 - 0.9 - - - - - - - 0.83 - - - - -
- - - - - - - - - - 3.78 - - - - - - - - - - - 4.11 - - - - - - - -
-0.21 -0.45 -0.43 -1.1 -0.06 0.19 -0.43 0.11 -0.12 -0.89 0.54 -0.3 -0.15 0.15 0.8 0.26 -0.1 0.0 0.72 -0.09 -0.44 0.05 -0.31 -0.09 -0.12 -0.19 -0.0 -0.37 0.39 0.14 0.66
- - - - 2.02 - - - - - 4.5 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.1
- - - - -0.28 -0.29 -1.15 -1.1 0.19 -1.07 1.91 - -1.2 0.61 2.35 -1.14 -1.1 0.63 0.07 0.51 0.16 - 2.0 - - 1.38 -1.48 - -1.18 -1.34 1.12
- - - - - - - - 4.03 - 3.87 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.