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Heatmap: Cluster_272 (Brassica rapa (Bra) Coexpression Clusters (HCCA Algorithm))

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(Values are log2 transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

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Gene
Light: 268 uE m-2 s-1
Light: 202.5 uE m-2 s-1 (Control)
Light: 135 uE m-2 s-1
Light: 67.5 uE m-2 s-1
Photoperiod: L24
Photoperiod: L20D4 (Control)
Photoperiod: L12D12
Photoperiod: L8D16
RBW: 4:1:1 (Control)
RBW: 4:1:0
RBW: 3:1:1
RBW: 3:1:0
Nitrogen: 0%
Nitrogen: 25%
Nitrogen: 50%
Nitrogen: 100% (Control)
Nitrogen: 150%
Phosphorous: 0%
Phosphorous: 25%
Phosphorous: 50%
Phosphorous: 100% (Control)
Phosphorous: 150%
Potassium: 0%
Potassium: 25%
Potassium: 50%
Potassium: 100% (Control)
Potassium: 150%
Temperature: 20°C
Temperature: 25°C (Control)
Temperature: 30°C
Temperature: 35°C
Bra000011 (LL2)
 -0.24 -0.29 -0.04 -0.94 0.59 0.23 -0.55 -0.59 -0.74 -0.18 -0.59 -0.92 1.22 0.66 0.72 0.55 0.37 0.88 -0.12 -0.03 -0.22 -0.11 0.4 -0.29 -0.17 -1.18 -0.46 -0.11 -0.63 -0.8 -0.06
Bra000429 (DAG2)
 -0.66 -1.38 -1.5 -1.4 0.65 -0.04 -0.81 -0.98 -0.3 -0.42 -0.47 -0.73 1.4 1.03 0.41 0.17 0.05 1.13 -0.23 -0.4 -0.08 -0.51 0.39 -0.18 -0.12 0.7 -0.82 -0.07 -0.38 -0.2 0.29
-0.85 -1.85 -0.72 -1.59 -0.67 -0.31 -0.15 -0.21 0.48 -0.1 0.1 -0.5 1.0 0.72 0.69 0.77 0.04 0.04 0.17 -0.51 -0.07 -0.42 1.13 0.32 0.17 -0.15 -0.31 -0.68 -0.14 -0.88 0.05
-0.04 -0.48 -1.4 -1.48 -0.1 0.63 -0.37 -1.04 -0.92 -0.4 -0.9 -0.44 1.4 1.36 0.74 -0.23 0.17 1.61 -0.25 -1.15 -0.48 -0.56 1.0 -0.86 -0.23 0.69 -0.71 -0.88 -1.11 -1.26 -0.73
Bra005398 (PHB)
 -1.13 -1.6 -0.76 -1.06 0.08 -0.12 -0.08 -0.19 -0.13 -0.01 0.2 -0.03 1.13 0.77 0.67 0.38 -0.11 0.67 0.33 -0.14 -0.43 -0.4 0.87 -0.16 0.09 -0.15 -0.39 -0.44 -0.66 -0.55 -0.25
Bra006140 (MSL10)
 -1.54 -2.57 -2.43 -2.15 0.51 0.3 0.13 -0.03 0.5 -0.0 0.0 -0.02 0.78 0.76 0.92 0.78 0.1 0.53 0.08 0.13 0.1 0.27 -0.19 -0.47 -0.24 -0.91 -0.46 -0.38 -0.19 -0.7 0.03
Bra006557 (Phox3)
 -0.99 -1.57 -1.05 -0.94 -0.04 0.22 0.12 0.03 -0.35 -0.21 -0.37 -0.46 0.4 0.3 0.34 0.66 0.6 0.24 -0.01 0.33 0.12 0.04 0.5 0.06 0.07 -0.29 0.07 -0.14 0.01 -0.25 0.22
-0.68 -0.58 -0.62 -0.8 0.16 0.19 -0.23 -0.46 -0.19 -0.13 -0.11 -0.13 0.38 0.49 0.36 0.24 0.1 0.66 0.11 0.13 -0.07 -0.02 0.15 0.05 0.09 -0.21 0.01 0.03 0.08 -0.25 0.13
Bra007742 (TRM5)
 -4.51 -1.33 -2.85 -2.59 -0.2 0.05 -0.58 -0.85 0.06 -1.04 -1.06 -0.4 1.93 1.37 1.13 0.54 0.19 1.68 -0.27 -0.06 -0.49 -0.28 0.55 -0.65 -0.48 -0.25 -0.68 -0.57 -0.66 -0.87 -1.04
Bra008185 (HB33)
 -0.99 -1.95 -0.58 -2.04 0.02 0.01 -0.32 -0.14 0.26 -0.39 -0.25 -0.42 1.68 0.89 0.84 1.07 -0.09 1.71 -0.13 -0.21 -0.43 -0.54 0.79 -0.89 -1.36 -1.48 -1.17 -1.12 -0.8 -1.09 -0.46
Bra008386 (VP2)
 -0.32 -0.3 -0.38 -0.53 0.38 0.27 -0.28 -0.17 -0.27 -0.06 -0.29 -0.37 0.25 0.43 0.37 0.31 0.24 0.67 0.01 0.04 -0.28 0.08 0.24 -0.16 -0.14 -0.26 0.01 -0.28 -0.14 -0.1 0.14
Bra008638 (CSLA11)
 -1.65 -2.48 -3.26 -2.36 0.21 0.53 -0.41 -0.35 -0.0 0.19 0.15 -0.53 1.33 0.64 1.14 0.78 0.41 0.95 0.32 0.4 -0.23 0.14 0.44 -0.48 -0.45 -0.64 -0.91 -0.78 -0.98 -0.73 -0.58
Bra009655 (HSK)
 -0.53 -0.47 -0.31 -0.22 0.21 0.23 0.18 0.04 -0.15 -0.23 -0.28 -0.14 0.42 0.38 0.47 0.53 0.24 0.31 0.01 0.24 0.09 0.2 0.64 -0.21 -0.1 -0.88 -0.35 -0.67 -0.57 -0.41 -0.09
-0.48 -0.48 -0.42 -0.79 0.07 0.2 -0.36 -0.12 -0.06 -0.14 -0.2 -0.21 -0.11 0.7 0.55 0.29 0.43 0.44 -0.12 -0.12 -0.27 -0.11 0.52 0.02 -0.31 -0.55 -0.05 -0.11 0.11 0.04 0.33
-1.28 -1.3 -1.17 -1.32 -0.1 0.66 0.04 -0.58 -0.62 -0.26 -0.37 -0.82 0.84 0.51 0.85 0.91 0.84 0.15 -0.21 0.58 0.3 -0.01 0.09 0.2 0.11 -0.35 -0.08 -0.43 -0.63 -1.07 0.04
Bra010485 (HB22)
 -2.44 -1.87 -1.82 -2.6 0.5 0.86 0.21 -0.05 -0.75 -0.49 -0.56 -0.58 1.16 1.11 1.13 0.87 0.58 0.32 0.12 0.29 0.45 -0.28 -1.57 -0.02 -0.31 -1.64 -0.36 -0.79 -0.55 -1.09 0.55
Bra010668 (ACINUS)
 -0.27 -0.45 -0.44 -0.61 0.13 0.2 -0.04 -0.08 -0.24 -0.14 -0.11 -0.17 0.33 0.46 0.67 0.44 0.29 0.49 -0.03 0.1 -0.07 -0.02 0.19 -0.33 -0.2 -0.27 -0.14 -0.27 -0.28 -0.24 0.11
-0.29 -0.29 -0.3 -0.7 0.07 -0.4 -0.36 -0.26 -0.04 0.0 -0.15 -0.04 0.12 0.27 0.22 0.25 0.05 0.81 0.41 0.02 -0.16 -0.19 0.25 0.07 -0.08 -0.37 0.13 -0.07 -0.09 0.09 0.15
Bra011082 (PAP2)
 -1.39 -1.85 -1.23 -1.83 0.46 0.41 -0.43 -0.95 0.01 0.09 -0.09 -0.58 1.08 0.66 0.93 0.71 0.13 0.73 0.28 0.25 0.17 -0.15 0.54 -0.09 -0.11 -0.4 -0.42 -0.57 -0.17 -0.91 -0.61
Bra013167 (CAS1)
 -0.83 -0.92 -0.77 -0.69 0.14 0.21 -0.1 0.08 0.14 0.11 0.09 0.01 0.26 0.58 0.45 0.45 0.2 0.15 0.34 0.06 -0.01 0.25 -0.69 -0.11 -0.07 -0.24 -0.07 -0.13 -0.24 -0.19 0.13
Bra013207 (mTERF32)
 -0.72 -0.61 -1.07 -1.17 0.4 0.6 0.21 0.4 -0.42 -0.48 -0.46 -0.22 0.56 0.99 0.9 0.3 0.43 0.84 -0.09 0.37 0.08 0.17 -0.43 -0.31 -0.42 -0.86 -0.69 -0.7 -0.39 -0.71 -0.18
Bra016172 (WDL7)
 -1.67 -2.04 -1.02 -1.25 0.14 -0.48 -0.67 -1.83 -0.13 -0.11 -0.18 -0.03 1.44 1.13 0.69 0.42 -0.14 1.34 -0.49 -0.26 -0.1 0.05 1.18 -0.11 0.04 -0.08 -0.41 -0.34 -0.71 -1.16 -0.98
-0.15 -0.05 -0.31 -0.57 0.62 0.37 -0.26 -0.15 -0.39 -0.22 -0.38 -0.31 0.33 0.28 0.47 0.19 0.13 0.87 -0.1 -0.13 -0.2 -0.21 -0.05 -0.48 -0.33 -0.16 -0.09 -0.21 -0.2 0.17 0.27
Bra016865 (LSH10)
 -3.03 -2.13 -1.75 -2.14 -0.86 -0.75 -0.51 -2.1 0.59 0.37 0.73 -0.15 1.33 1.19 1.0 0.85 0.05 1.12 0.38 0.39 0.08 -0.34 0.89 -0.54 -0.15 -0.88 -0.88 -1.1 -0.74 -1.35 -1.16
Bra016916 (PXC3)
 -0.37 -0.89 -0.66 -1.11 0.22 -0.19 -0.57 -0.69 -0.29 0.04 -0.01 -0.2 0.9 0.68 1.34 0.8 0.54 0.88 0.55 0.36 -0.01 -0.08 0.15 -0.47 -0.63 -1.22 -0.55 -0.82 -0.88 -1.21 -0.53
Bra017140 (OPL2)
 -1.39 -2.14 -2.02 -2.57 0.36 -0.29 -1.07 -1.38 -0.23 -0.42 -0.43 -0.01 1.47 1.25 1.01 0.43 -0.36 1.32 -0.95 -0.64 -0.76 -0.19 1.03 -0.74 -0.11 -0.46 -0.08 -0.41 -0.39 0.23 0.43
Bra017384 (QUL2)
 -0.64 -0.48 -0.76 -0.68 0.35 0.03 -0.26 -0.21 -0.45 0.46 -0.02 0.01 0.61 -0.04 0.38 0.44 0.35 1.02 0.02 -0.07 -0.06 -0.26 0.29 -0.12 -0.18 -0.23 -0.37 -0.06 -0.31 -0.19 -0.28
Bra018677 (CS1)
 -1.82 -1.75 -2.55 -2.4 0.42 0.52 0.05 0.42 -0.34 -0.53 -0.64 -0.7 0.98 0.6 0.94 0.87 0.56 0.35 0.09 -0.01 -0.03 -0.46 0.51 0.07 0.01 -0.28 -0.19 -0.65 -0.36 -0.28 -0.0
Bra020116 (AGG3)
 -1.64 0.19 -1.11 -1.16 -0.23 -0.54 -0.34 -2.75 -0.37 -0.25 -0.45 -0.47 1.78 0.99 0.6 0.36 -0.91 1.34 -0.59 -1.07 -0.32 -0.54 1.29 0.44 -0.86 -0.18 -0.48 -0.32 -0.35 -0.37 -0.19
Bra020928 (BAM3)
 -0.22 -0.33 -0.36 -0.74 0.41 0.01 -0.4 -0.59 -0.25 -0.15 -0.28 -0.2 0.65 0.59 0.29 0.61 0.41 1.1 0.24 -0.31 -0.19 -0.55 0.17 -0.31 -0.24 -0.86 -0.41 -0.17 -0.18 -0.05 0.14
Bra021619 (MCAT)
 -0.51 -0.51 0.08 -0.55 0.19 0.13 0.11 0.23 -0.12 -0.14 -0.19 -0.31 0.44 0.44 0.42 0.39 0.38 0.62 0.2 -0.09 0.19 0.07 -0.34 -0.44 -0.31 -0.33 -0.08 -0.31 -0.44 -0.36 -0.01
Bra024245 (HDH)
 -0.58 -0.45 -0.51 -0.37 -0.24 0.26 0.12 0.13 -0.23 0.04 -0.16 -0.05 0.07 0.13 0.37 0.19 0.25 0.17 0.27 -0.03 -0.03 0.1 0.31 0.04 0.1 -0.2 -0.0 -0.02 -0.22 -0.12 0.08
-0.8 -0.92 -0.81 -0.86 0.09 0.19 0.11 0.17 -0.14 -0.08 -0.21 -0.08 0.57 0.48 0.41 0.52 0.45 0.4 -0.13 0.16 0.03 0.17 0.13 -0.06 -0.06 -0.35 -0.11 -0.36 -0.17 -0.39 0.05
-0.62 -0.69 0.12 -0.43 0.36 -0.07 -1.0 -0.59 -0.23 0.06 -0.79 -0.7 1.51 0.77 0.81 0.56 0.1 0.91 -0.46 -0.32 -0.57 -0.19 0.53 -0.34 -0.41 0.41 -0.38 -1.09 -0.48 -0.62 -0.54
Bra025114 (QUL2)
 -0.19 -0.1 -0.09 -0.43 0.72 0.31 -0.42 -0.32 -0.09 -0.62 -0.52 -0.31 0.58 0.56 0.49 0.19 -0.01 0.5 -0.02 -0.12 -0.29 -0.19 0.29 -0.18 -0.05 -0.08 -0.23 -0.07 -0.26 -0.19 -0.12
Bra025711 (COQ9)
 -0.72 -1.21 -1.09 -1.31 0.26 0.74 0.05 -0.25 -0.0 -0.14 0.02 -0.21 0.52 0.9 0.91 0.56 0.34 0.36 0.33 0.32 0.26 0.26 0.29 -0.34 -0.33 -0.62 -0.56 -0.67 -0.67 -1.22 -0.64
Bra026522 (LAG1)
 -0.7 -0.94 -0.76 -0.89 0.28 0.16 0.22 0.49 -0.4 -0.26 -0.28 -0.15 0.64 0.26 0.22 0.31 0.26 0.27 -0.31 -0.08 0.01 0.18 0.66 0.02 0.04 -0.45 0.02 -0.26 -0.17 -0.27 0.21
Bra026577 (ARPN)
 -4.09 -3.03 -3.6 -6.56 -0.1 -1.74 -2.21 -3.69 -0.29 -0.06 -0.1 -0.67 2.47 1.76 0.64 0.73 -0.02 2.27 -0.47 -1.05 -0.75 -1.2 1.73 -1.81 -1.36 -2.55 -2.3 -1.67 -2.13 -1.96 -1.04
-2.15 -4.15 0.46 -0.01 -0.2 -0.59 -1.07 -0.11 -0.7 0.09 -0.26 -0.09 2.13 1.37 0.51 0.48 0.72 1.93 -0.18 -0.56 -0.93 -0.58 0.84 -2.15 -2.59 -2.41 -3.2 -2.09 -1.74 -1.39 -0.83
Bra027374 (LSM1B)
 -0.08 -0.35 -1.12 -1.0 -0.0 0.34 -0.47 -0.32 0.36 -0.07 -0.02 -0.02 0.61 0.73 0.67 0.19 0.08 0.39 0.04 0.13 0.06 0.31 0.42 -0.41 -0.29 -0.72 -0.29 -0.45 -0.35 -0.31 -0.04
-0.52 -0.24 -0.72 -0.61 0.0 0.16 0.08 0.07 -0.23 -0.06 -0.17 -0.23 0.24 0.11 0.36 0.42 0.4 -0.07 0.08 0.09 -0.03 0.0 0.05 0.1 0.04 -0.19 0.12 -0.01 -0.13 -0.04 0.26
Bra028313 (OVA6)
 - - - - -1.21 -1.35 -1.16 -1.21 0.11 0.71 0.7 -0.21 1.16 1.19 0.96 1.06 -2.3 0.72 0.51 -0.55 -0.09 -0.83 1.64 0.14 0.52 -0.22 -0.41 -0.84 0.07 -0.81 -0.58
Bra029309 (TSN2)
 -0.44 -0.61 -0.7 -0.99 0.21 0.26 -0.18 0.17 0.04 -0.11 -0.14 -0.18 0.29 0.54 0.48 0.33 0.29 0.35 0.03 -0.06 -0.04 0.04 0.25 0.05 -0.06 -0.52 -0.01 -0.27 -0.27 -0.26 0.25
Bra030023 (CLM)
 -0.61 -1.47 -1.49 -1.39 0.1 -0.14 0.09 0.12 -0.18 -0.32 -0.27 -0.55 1.01 0.76 0.87 0.37 0.31 1.13 0.01 -0.04 -0.27 -0.07 0.51 -0.26 -0.43 -0.52 -0.51 -0.6 -0.4 -0.25 0.35
Bra030745 (HTA5)
 -2.62 -1.93 -1.84 -1.9 0.36 0.57 0.25 0.22 -0.3 -0.15 -0.17 -0.59 1.0 0.78 1.27 0.36 0.27 0.45 0.46 0.04 0.29 0.11 0.85 -0.01 -0.1 -1.07 -0.43 -0.56 -0.85 -1.8 -1.02
-1.05 -1.31 -1.31 -1.23 0.23 -0.02 0.04 0.02 0.13 0.1 -0.03 -0.04 0.68 0.76 0.65 0.58 0.26 0.54 0.3 0.36 -0.16 0.36 0.23 -0.18 -0.09 -0.9 -0.27 -0.37 -0.44 -0.5 -0.53
-2.1 -2.63 -2.14 -2.25 0.59 0.41 0.22 -0.04 0.07 0.33 0.19 -0.24 0.76 0.84 0.76 1.02 0.51 0.11 0.22 0.39 0.19 0.17 -0.62 -0.16 -0.3 -0.89 -0.48 -0.67 -0.51 -0.79 -0.13
Bra032006 (EXP13)
 -1.38 -1.66 -1.31 -2.74 -0.34 -0.31 -0.37 -0.18 -0.13 0.19 0.02 0.12 0.61 0.63 0.59 0.49 0.26 0.92 0.4 0.25 0.04 -0.15 1.24 0.1 0.1 -0.06 0.01 -0.75 -0.76 -1.11 -0.54
Bra032687 (FATA2)
 -0.68 -0.6 -0.54 -0.86 0.28 0.43 -0.16 0.24 -0.59 -0.25 -0.31 -0.48 0.76 0.72 0.67 0.59 0.4 0.6 -0.38 0.18 0.07 -0.03 0.11 -0.27 -0.31 -0.39 -0.25 -0.51 -0.43 -0.45 0.16
Bra033741 (PHT4;6)
 -1.15 -1.23 -0.58 -1.02 0.23 -0.03 -0.21 -0.04 -0.58 0.12 -0.5 -0.24 0.44 0.68 0.52 0.62 0.3 0.74 0.01 0.04 -0.13 -0.29 0.81 -0.25 0.06 -0.61 0.08 -0.28 -0.01 -0.13 -0.03
Bra034531 (MYB3R1)
 -1.22 -0.89 -0.99 -1.39 0.23 0.35 0.41 0.54 -0.43 0.07 -0.11 -0.21 0.41 0.48 0.58 0.78 0.7 0.06 -0.08 0.21 0.08 0.42 -0.24 -0.31 -0.21 -0.46 -0.06 -0.52 -0.57 -0.35 -0.19
-0.52 -0.16 -0.04 -0.58 0.42 0.26 -0.05 0.42 -0.23 -0.32 -0.14 -0.12 0.2 0.63 0.64 0.18 0.01 0.71 -0.18 0.01 -0.05 -0.04 -0.55 -0.09 -0.11 -0.35 -0.23 -0.22 -0.2 -0.46 -0.09
Bra036313 (AtSEC23A)
 -0.38 -0.18 -0.23 -0.33 0.24 0.21 -0.25 -0.18 -0.19 0.02 -0.12 -0.04 0.06 0.34 0.44 0.26 0.22 0.31 -0.06 -0.08 -0.2 -0.03 0.21 -0.09 -0.07 -0.25 -0.05 -0.39 -0.02 0.1 0.2
Bra036319 (ABC1)
 -0.95 -0.63 -0.41 -1.0 0.04 0.26 0.45 0.41 -0.7 -0.31 -0.43 -0.41 0.44 0.48 0.5 0.49 0.23 0.66 -0.13 0.11 -0.05 0.04 0.61 -0.32 -0.11 -0.27 -0.11 -0.28 -0.55 -0.55 0.29
Bra037631 (PAX)
 -1.45 -1.84 -1.33 -1.6 0.67 0.12 -1.04 -1.4 -0.81 -0.12 -0.44 -1.09 1.38 1.16 0.82 0.79 0.33 1.18 0.41 0.48 -0.04 -0.09 0.55 -0.48 -0.45 -0.51 -0.04 -0.76 -0.74 -1.11 -0.63
Bra038518 (CYCD2;1)
 -1.22 -0.85 -0.93 -1.4 0.08 0.3 0.26 0.41 -0.22 -0.18 -0.13 -0.57 0.51 0.58 0.62 0.33 0.28 0.18 -0.19 -0.03 0.33 0.14 0.84 0.22 0.08 -0.4 0.06 -0.76 -0.51 -0.47 -0.19
-3.81 -2.55 -1.25 -3.65 0.31 -0.08 -0.45 -0.83 -0.06 -0.06 -0.1 -0.08 0.56 0.69 1.01 0.72 0.27 0.62 -0.14 0.32 -0.03 -0.46 1.22 0.14 0.03 0.11 0.09 -0.29 -0.11 -0.73 -0.56
Bra039089 (Cyc1-1)
 -0.68 -0.43 -0.69 -0.52 0.29 0.44 0.47 0.36 -0.25 -0.16 -0.2 -0.28 0.21 0.46 0.66 0.32 0.32 0.27 0.01 0.06 0.05 -0.25 0.75 -0.19 -0.28 -0.49 -0.29 -0.34 -0.3 -0.61 -0.39
Bra039263 (CRK3)
 -0.59 -0.11 -0.28 -0.77 0.33 0.26 -0.21 0.09 -0.21 -0.11 -0.44 -0.27 0.18 0.42 0.56 0.08 -0.05 0.77 -0.22 -0.33 -0.35 -0.37 0.22 -0.1 0.0 0.29 0.09 -0.0 -0.11 -0.19 0.25
-1.2 -2.05 -1.98 -2.1 0.59 0.6 -0.74 -0.32 -0.31 -0.45 -0.45 -0.94 0.76 1.36 1.39 0.27 -0.05 0.8 0.12 -0.28 0.19 -0.17 1.18 0.22 -0.39 -0.65 -1.44 -0.33 -0.72 -0.88 -0.45
-0.58 -0.64 -0.41 -0.76 0.13 0.5 0.27 0.21 -0.49 -0.22 -0.24 -0.32 0.35 0.42 0.36 0.57 0.48 0.01 -0.17 0.32 0.29 0.41 -0.01 -0.1 -0.19 -0.43 -0.02 -0.29 -0.3 -0.4 -0.23

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.