1. Home
  2. Tools
  3. Expression Heatmap
  4. Results

Heatmap: Cluster_272 (Brassica rapa (Bra) Coexpression Clusters (HCCA Algorithm))

View as: (view zlog-transformed or row-normalized)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Showing raw values)

 Transpose table  Download table
Gene
Light: 268 uE m-2 s-1
Light: 202.5 uE m-2 s-1 (Control)
Light: 135 uE m-2 s-1
Light: 67.5 uE m-2 s-1
Photoperiod: L24
Photoperiod: L20D4 (Control)
Photoperiod: L12D12
Photoperiod: L8D16
RBW: 4:1:1 (Control)
RBW: 4:1:0
RBW: 3:1:1
RBW: 3:1:0
Nitrogen: 0%
Nitrogen: 25%
Nitrogen: 50%
Nitrogen: 100% (Control)
Nitrogen: 150%
Phosphorous: 0%
Phosphorous: 25%
Phosphorous: 50%
Phosphorous: 100% (Control)
Phosphorous: 150%
Potassium: 0%
Potassium: 25%
Potassium: 50%
Potassium: 100% (Control)
Potassium: 150%
Temperature: 20°C
Temperature: 25°C (Control)
Temperature: 30°C
Temperature: 35°C
Bra000011 (LL2)
 8.34 8.08 9.6 5.14 14.81 11.6 6.71 6.53 5.92 8.69 6.57 5.19 22.92 15.59 16.24 14.42 12.73 18.15 9.1 9.67 8.45 9.12 13.04 8.05 8.75 4.35 7.15 9.14 6.39 5.66 9.46
Bra000429 (DAG2)
 1.04 0.63 0.58 0.62 2.57 1.6 0.94 0.83 1.33 1.23 1.18 0.98 4.32 3.34 2.18 1.84 1.7 3.6 1.4 1.24 1.55 1.15 2.14 1.45 1.5 2.65 0.93 1.56 1.26 1.43 2.0
3.3 1.65 3.61 1.98 3.73 4.81 5.35 5.12 8.28 5.55 6.37 4.2 11.92 9.79 9.58 10.12 6.11 6.12 6.68 4.17 5.66 4.46 13.0 7.42 6.7 5.34 4.8 3.72 5.4 3.24 6.17
1.25 0.92 0.49 0.46 1.2 1.98 0.99 0.62 0.68 0.97 0.69 0.95 3.4 3.3 2.15 1.1 1.45 3.92 1.08 0.58 0.92 0.87 2.57 0.71 1.1 2.07 0.79 0.7 0.59 0.53 0.77
Bra005398 (PHB)
 0.72 0.52 0.94 0.76 1.67 1.46 1.5 1.39 1.45 1.57 1.82 1.55 3.46 2.7 2.53 2.06 1.47 2.52 1.99 1.44 1.18 1.2 2.9 1.42 1.68 1.43 1.21 1.17 1.0 1.08 1.33
Bra006140 (MSL10)
 1.09 0.54 0.59 0.71 4.52 3.89 3.47 3.11 4.49 3.16 3.17 3.12 5.43 5.36 6.01 5.44 3.39 4.58 3.36 3.47 3.39 3.81 2.78 2.28 2.69 1.68 2.3 2.44 2.79 1.95 3.24
Bra006557 (Phox3)
 2.29 1.54 2.21 2.38 4.43 5.32 4.97 4.67 3.58 3.96 3.53 3.31 6.05 5.63 5.79 7.24 6.94 5.38 4.54 5.72 4.98 4.69 6.45 4.75 4.81 3.73 4.8 4.15 4.59 3.83 5.32
11.81 12.67 12.37 10.89 21.25 21.59 16.15 13.78 16.6 17.33 17.51 17.27 24.6 26.64 24.35 22.36 20.35 29.88 20.51 20.77 18.04 18.69 20.98 19.56 20.13 16.43 19.05 19.41 20.04 15.95 20.69
Bra007742 (TRM5)
 0.02 0.14 0.05 0.06 0.3 0.36 0.23 0.19 0.36 0.17 0.17 0.26 1.33 0.9 0.76 0.51 0.4 1.12 0.29 0.33 0.25 0.29 0.51 0.22 0.25 0.29 0.22 0.23 0.22 0.19 0.17
Bra008185 (HB33)
 1.45 0.75 1.93 0.7 2.94 2.91 2.32 2.62 3.46 2.2 2.43 2.16 9.24 5.37 5.19 6.06 2.71 9.44 2.65 2.5 2.14 1.99 5.0 1.56 1.13 1.04 1.28 1.33 1.66 1.36 2.11
Bra008386 (VP2)
 6.91 7.01 6.62 5.99 11.22 10.4 7.09 7.66 7.15 8.3 7.08 6.67 10.26 11.61 11.12 10.73 10.18 13.69 8.68 8.87 7.1 9.11 10.16 7.71 7.85 7.22 8.69 7.11 7.82 8.07 9.51
Bra008638 (CSLA11)
 0.74 0.42 0.24 0.45 2.7 3.36 1.76 1.83 2.33 2.67 2.58 1.61 5.84 3.64 5.13 4.0 3.11 4.51 2.92 3.07 1.98 2.57 3.17 1.67 1.7 1.5 1.24 1.36 1.19 1.4 1.56
Bra009655 (HSK)
 5.78 6.04 6.74 7.21 9.67 9.81 9.51 8.6 7.54 7.12 6.88 7.61 11.16 10.9 11.56 12.09 9.85 10.36 8.41 9.85 8.91 9.6 13.02 7.24 7.79 4.56 6.54 5.25 5.66 6.28 7.84
2.55 2.54 2.64 2.05 3.72 4.08 2.77 3.25 3.4 3.21 3.07 3.07 3.28 5.77 5.18 4.34 4.77 4.81 3.25 3.27 2.94 3.29 5.09 3.59 2.85 2.41 3.42 3.29 3.83 3.63 4.45
3.42 3.35 3.66 3.31 7.71 13.09 8.49 5.54 5.37 6.91 6.42 4.68 14.82 11.77 14.94 15.56 14.82 9.18 7.14 12.34 10.15 8.23 8.78 9.53 8.93 6.51 7.85 6.13 5.34 3.93 8.51
Bra010485 (HB22)
 4.53 6.72 6.99 4.07 34.88 44.67 28.45 23.84 14.69 17.52 16.67 16.49 54.93 53.3 53.83 45.09 36.92 30.78 26.75 30.14 33.59 20.29 8.29 24.22 19.83 7.92 19.23 14.26 16.87 11.59 36.15
Bra010668 (ACINUS)
 19.8 17.53 17.6 15.66 26.08 27.35 23.31 22.65 20.29 21.6 22.15 21.22 29.97 32.95 37.99 32.3 29.18 33.63 23.33 25.67 22.71 23.56 27.22 19.04 20.72 19.86 21.7 19.81 19.69 20.16 25.73
4.1 4.1 4.09 3.09 5.26 3.81 3.91 4.18 4.87 5.03 4.53 4.88 5.45 6.08 5.86 5.97 5.19 8.81 6.66 5.11 4.48 4.4 5.99 5.29 4.76 3.9 5.49 4.77 4.73 5.34 5.56
Bra011082 (PAP2)
 8.74 6.34 9.76 6.46 31.55 30.5 17.06 11.87 23.11 24.33 21.61 15.34 48.33 36.18 43.67 37.49 25.14 37.99 27.87 27.3 25.81 20.6 33.3 21.56 21.23 17.37 17.15 15.4 20.45 12.23 14.99
Bra013167 (CAS1)
 5.87 5.52 6.15 6.46 11.55 12.13 9.77 11.05 11.49 11.32 11.16 10.54 12.56 15.58 14.25 14.25 12.05 11.59 13.21 10.9 10.41 12.43 6.47 9.66 9.93 8.84 9.99 9.53 8.83 9.19 11.41
Bra013207 (mTERF32)
 1.71 1.84 1.34 1.25 3.7 4.27 3.26 3.7 2.11 2.01 2.04 2.42 4.15 5.59 5.24 3.45 3.79 5.05 2.65 3.62 2.98 3.16 2.09 2.27 2.1 1.54 1.74 1.73 2.14 1.72 2.48
Bra016172 (WDL7)
 0.47 0.37 0.74 0.63 1.66 1.08 0.95 0.42 1.37 1.4 1.33 1.48 4.09 3.29 2.42 2.01 1.37 3.81 1.07 1.25 1.41 1.56 3.42 1.4 1.55 1.43 1.14 1.19 0.92 0.67 0.76
21.0 22.47 18.69 15.6 35.79 30.08 19.39 20.89 17.7 19.93 17.79 18.76 29.18 28.25 32.23 26.57 25.35 42.44 21.68 21.25 20.27 20.04 22.48 16.64 18.54 20.8 21.78 20.09 20.27 26.19 27.92
Bra016865 (LSH10)
 0.58 1.08 1.41 1.07 2.6 2.8 3.32 1.1 7.09 6.12 7.81 4.24 11.85 10.78 9.44 8.5 4.89 10.26 6.13 6.17 5.01 3.74 8.74 3.25 4.27 2.56 2.56 2.2 2.83 1.85 2.11
Bra016916 (PXC3)
 1.22 0.85 1.0 0.73 1.84 1.39 1.06 0.98 1.29 1.62 1.57 1.38 2.94 2.53 4.0 2.76 2.3 2.9 2.31 2.03 1.57 1.49 1.75 1.14 1.02 0.68 1.08 0.89 0.86 0.68 1.09
Bra017140 (OPL2)
 0.25 0.15 0.16 0.11 0.84 0.54 0.31 0.25 0.56 0.49 0.49 0.65 1.82 1.56 1.32 0.88 0.51 1.64 0.34 0.42 0.39 0.58 1.34 0.39 0.61 0.48 0.62 0.49 0.5 0.77 0.88
Bra017384 (QUL2)
 2.07 2.31 1.91 2.01 4.11 3.28 2.69 2.79 2.37 4.43 3.19 3.25 4.91 3.13 4.18 4.36 4.12 6.53 3.28 3.08 3.09 2.7 3.93 2.98 2.84 2.76 2.49 3.1 2.6 2.82 2.66
Bra018677 (CS1)
 43.65 45.73 26.23 29.21 206.08 220.11 159.81 205.43 121.88 106.6 99.0 94.99 303.24 232.92 296.29 281.4 227.21 196.79 164.1 152.49 151.12 111.92 219.74 161.85 155.23 126.46 135.09 98.4 119.85 126.54 153.73
Bra020116 (AGG3)
 1.74 6.21 2.52 2.44 4.64 3.73 4.3 0.81 4.22 4.56 3.98 3.92 18.65 10.84 8.22 6.98 2.89 13.73 3.62 2.58 4.37 3.73 13.31 7.41 2.99 4.79 3.91 4.35 4.28 4.2 4.79
Bra020928 (BAM3)
 1.67 1.55 1.51 1.16 2.58 1.96 1.47 1.29 1.63 1.75 1.6 1.69 3.06 2.93 2.37 2.97 2.59 4.18 2.31 1.57 1.7 1.33 2.19 1.57 1.65 1.08 1.46 1.73 1.71 1.88 2.15
Bra021619 (MCAT)
 6.21 6.17 9.28 6.01 10.04 9.65 9.54 10.31 8.12 8.0 7.72 7.1 11.99 11.98 11.81 11.53 11.47 13.51 10.09 8.27 10.02 9.24 6.96 6.5 7.1 6.99 8.32 7.09 6.47 6.89 8.72
Bra024245 (HDH)
 11.8 12.91 12.46 13.71 14.93 21.13 19.2 19.29 15.11 18.2 15.78 17.1 18.58 19.35 22.89 20.25 21.07 19.85 21.31 17.36 17.33 18.99 21.9 18.17 18.94 15.43 17.68 17.41 15.23 16.32 18.73
7.11 6.53 7.05 6.81 13.15 14.09 13.28 13.93 11.2 11.69 10.64 11.67 18.38 17.27 16.38 17.68 16.91 16.28 11.27 13.75 12.64 13.87 13.49 11.88 11.85 9.71 11.46 9.63 10.99 9.4 12.75
0.5 0.48 0.84 0.57 0.99 0.74 0.39 0.52 0.66 0.81 0.45 0.48 2.21 1.32 1.36 1.14 0.83 1.46 0.56 0.62 0.52 0.68 1.12 0.61 0.58 1.03 0.6 0.36 0.56 0.5 0.54
Bra025114 (QUL2)
 2.54 2.72 2.74 2.16 4.78 3.6 2.17 2.33 2.72 1.89 2.03 2.34 4.35 4.28 4.09 3.32 2.89 4.1 2.88 2.67 2.38 2.54 3.56 2.57 2.8 2.75 2.47 2.76 2.42 2.55 2.68
Bra025711 (COQ9)
 10.37 7.4 8.02 6.88 20.51 28.53 17.75 14.37 17.06 15.49 17.33 14.77 24.57 31.96 32.14 25.26 21.74 21.99 21.45 21.43 20.49 20.43 20.93 13.54 13.58 11.11 11.63 10.79 10.73 7.35 10.98
Bra026522 (LAG1)
 12.38 10.45 11.85 10.86 24.36 22.44 23.4 28.17 15.27 16.83 16.5 18.1 31.3 23.98 23.37 24.84 24.09 24.16 16.18 19.05 20.21 22.73 31.8 20.42 20.62 14.76 20.31 16.81 17.82 16.72 23.24
Bra026577 (ARPN)
 0.62 1.3 0.88 0.11 9.92 3.18 2.29 0.82 8.64 10.14 9.91 6.64 58.75 36.01 16.5 17.64 10.42 51.2 7.68 5.11 6.3 4.61 35.18 3.01 4.14 1.8 2.15 3.34 2.42 2.73 5.17
0.12 0.03 0.74 0.54 0.47 0.36 0.26 0.5 0.33 0.58 0.45 0.51 2.37 1.39 0.77 0.75 0.89 2.06 0.47 0.37 0.28 0.36 0.97 0.12 0.09 0.1 0.06 0.13 0.16 0.21 0.3
Bra027374 (LSM1B)
 45.49 37.73 22.07 24.05 47.88 60.56 34.73 38.42 61.61 45.83 47.21 47.39 73.15 79.72 76.62 54.91 50.68 62.7 49.28 52.4 49.97 59.62 64.29 36.19 39.2 29.16 39.22 35.22 37.69 38.77 46.54
38.14 46.4 33.21 35.81 54.72 61.01 57.55 57.19 46.69 52.42 48.58 46.59 64.36 58.79 70.12 72.95 71.91 52.1 57.88 58.18 53.36 54.65 56.48 58.39 56.28 47.86 59.51 54.13 49.97 52.97 65.46
Bra028313 (OVA6)
 0.0 0.0 0.0 0.0 0.05 0.05 0.05 0.05 0.13 0.2 0.2 0.1 0.27 0.28 0.24 0.25 0.02 0.2 0.17 0.08 0.11 0.07 0.38 0.13 0.17 0.1 0.09 0.07 0.13 0.07 0.08
Bra029309 (TSN2)
 5.34 4.75 4.45 3.65 8.4 8.67 6.38 8.12 7.43 6.72 6.59 6.39 8.88 10.56 10.12 9.13 8.86 9.23 7.4 6.97 7.06 7.46 8.6 7.51 6.94 5.04 7.21 6.01 6.02 6.05 8.64
Bra030023 (CLM)
 3.92 2.16 2.12 2.28 6.39 5.43 6.34 6.51 5.27 4.8 4.96 4.08 12.0 10.11 10.92 7.72 7.39 13.08 6.03 5.81 4.96 5.69 8.52 5.0 4.43 4.16 4.19 3.94 4.54 5.01 7.61
Bra030745 (HTA5)
 13.91 22.52 23.9 22.93 109.73 127.32 101.52 100.03 69.56 77.12 76.2 56.78 171.42 147.35 206.38 109.55 103.11 117.1 117.58 87.97 105.04 92.39 154.12 85.01 79.96 40.75 63.37 58.23 47.44 24.57 42.17
2.63 2.2 2.2 2.32 6.41 5.39 5.63 5.53 5.98 5.83 5.34 5.32 8.71 9.27 8.54 8.13 6.53 7.94 6.71 7.01 4.88 7.0 6.4 4.8 5.11 2.92 4.53 4.22 4.03 3.85 3.78
0.98 0.68 0.96 0.88 6.34 5.61 4.91 4.09 4.42 5.31 4.8 3.58 7.14 7.57 7.16 8.53 6.01 4.56 4.9 5.53 4.83 4.75 2.75 3.76 3.43 2.27 3.03 2.65 2.97 2.44 3.85
Bra032006 (EXP13)
 1.25 1.02 1.31 0.48 2.55 2.62 2.51 2.86 2.95 3.7 3.29 3.51 4.95 5.02 4.88 4.53 3.87 6.11 4.28 3.84 3.33 2.92 7.62 3.48 3.47 3.1 3.26 1.92 1.91 1.49 2.23
Bra032687 (FATA2)
 5.12 5.4 5.63 4.53 9.96 11.06 7.36 9.71 5.44 6.88 6.64 5.9 13.86 13.54 13.06 12.37 10.8 12.44 6.31 9.33 8.65 8.02 8.83 6.82 6.6 6.27 6.89 5.78 6.1 5.99 9.17
Bra033741 (PHT4;6)
 1.07 1.02 1.6 1.18 2.8 2.34 2.05 2.31 1.59 2.58 1.69 2.02 3.23 3.81 3.41 3.65 2.94 3.99 2.4 2.45 2.18 1.95 4.17 2.0 2.48 1.56 2.52 1.97 2.36 2.18 2.33
Bra034531 (MYB3R1)
 0.85 1.06 1.0 0.75 2.32 2.51 2.62 2.87 1.46 2.07 1.82 1.71 2.62 2.75 2.94 3.37 3.2 2.05 1.86 2.28 2.09 2.64 1.67 1.59 1.71 1.44 1.89 1.38 1.32 1.55 1.72
5.05 6.51 7.05 4.86 9.7 8.69 7.0 9.69 6.2 5.82 6.58 6.69 8.32 11.22 11.29 8.2 7.31 11.87 6.4 7.28 6.99 7.04 4.96 6.83 6.72 5.67 6.2 6.21 6.32 5.26 6.83
Bra036313 (AtSEC23A)
 5.87 6.75 6.52 6.07 9.04 8.82 6.43 6.76 6.72 7.77 7.01 7.45 7.96 9.66 10.36 9.16 8.91 9.44 7.34 7.21 6.65 7.47 8.87 7.17 7.3 6.42 7.4 5.84 7.52 8.2 8.79
Bra036319 (ABC1)
 3.09 3.87 4.52 3.01 6.16 7.17 8.19 7.97 3.69 4.83 4.46 4.52 8.11 8.35 8.49 8.41 7.03 9.47 5.48 6.47 5.79 6.18 9.16 4.82 5.57 4.98 5.56 4.95 4.11 4.09 7.33
Bra037631 (PAX)
 0.26 0.2 0.28 0.23 1.11 0.76 0.34 0.26 0.4 0.64 0.51 0.33 1.81 1.56 1.24 1.21 0.88 1.58 0.93 0.98 0.68 0.65 1.02 0.5 0.51 0.49 0.68 0.41 0.42 0.32 0.45
Bra038518 (CYCD2;1)
 2.18 2.82 2.66 1.92 5.36 6.24 6.1 6.73 4.37 4.48 4.65 3.42 7.22 7.57 7.79 6.38 6.16 5.77 4.46 4.96 6.37 5.58 9.12 5.9 5.38 3.86 5.3 2.99 3.57 3.68 4.46
0.07 0.18 0.43 0.08 1.28 0.97 0.75 0.58 0.98 0.99 0.96 0.97 1.51 1.66 2.06 1.69 1.24 1.58 0.93 1.28 1.01 0.75 2.4 1.13 1.05 1.1 1.09 0.84 0.95 0.62 0.7
Bra039089 (Cyc1-1)
 12.28 14.66 12.19 13.73 24.09 26.67 27.32 25.31 16.56 17.63 17.18 16.19 22.85 27.15 31.07 24.58 24.57 23.83 19.84 20.52 20.36 16.56 33.14 17.24 16.22 14.05 16.16 15.58 15.98 12.89 15.03
Bra039263 (CRK3)
 1.74 2.42 2.15 1.53 3.28 3.12 2.27 2.79 2.26 2.43 1.93 2.17 2.97 3.5 3.87 2.76 2.52 4.47 2.24 2.08 2.05 2.02 3.04 2.45 2.62 3.2 2.79 2.61 2.42 2.29 3.12
0.36 0.2 0.21 0.2 1.26 1.27 0.5 0.67 0.67 0.61 0.61 0.44 1.42 2.15 2.2 1.01 0.81 1.46 0.91 0.69 0.96 0.75 1.9 0.98 0.64 0.54 0.31 0.67 0.51 0.46 0.61
4.66 4.47 5.25 4.13 7.6 9.84 8.42 8.06 4.96 6.0 5.88 5.56 8.86 9.35 8.93 10.37 9.73 7.02 6.19 8.69 8.5 9.27 6.91 6.5 6.1 5.16 6.86 5.7 5.65 5.26 5.96

Details

Raw expression values (TPM normalized), Green cells indicate low expression and red high. (Dark gray cells indicate missing values)