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Heatmap: Cluster_273 (Brassica rapa (Bra) Coexpression Clusters (HCCA Algorithm))

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(Values are log2 transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

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Gene
Light: 268 uE m-2 s-1
Light: 202.5 uE m-2 s-1 (Control)
Light: 135 uE m-2 s-1
Light: 67.5 uE m-2 s-1
Photoperiod: L24
Photoperiod: L20D4 (Control)
Photoperiod: L12D12
Photoperiod: L8D16
RBW: 4:1:1 (Control)
RBW: 4:1:0
RBW: 3:1:1
RBW: 3:1:0
Nitrogen: 0%
Nitrogen: 25%
Nitrogen: 50%
Nitrogen: 100% (Control)
Nitrogen: 150%
Phosphorous: 0%
Phosphorous: 25%
Phosphorous: 50%
Phosphorous: 100% (Control)
Phosphorous: 150%
Potassium: 0%
Potassium: 25%
Potassium: 50%
Potassium: 100% (Control)
Potassium: 150%
Temperature: 20°C
Temperature: 25°C (Control)
Temperature: 30°C
Temperature: 35°C
Bra001139 (ATL6)
 -0.01 -1.17 -0.73 -0.66 0.47 1.81 -0.49 -1.81 -0.01 -0.3 -1.14 -0.42 -2.01 0.91 1.43 -0.15 0.22 0.09 -0.31 -0.9 0.11 -0.43 1.2 -0.4 -0.74 -0.1 -1.29 0.07 0.34 -0.6 -1.53
-0.82 -2.03 -0.18 -1.98 0.69 0.34 -0.77 -0.5 -0.11 -0.38 -0.17 -0.5 0.13 0.75 1.15 0.05 -0.01 1.18 0.12 -0.22 -0.43 -0.43 0.48 -0.25 -0.02 -0.63 -0.18 -0.22 -0.05 -0.22 0.53
Bra001806 (NF-YA9)
 0.3 0.35 -0.32 -0.21 1.14 0.91 -2.12 -2.45 -0.07 -0.93 -0.91 -1.07 -1.56 1.09 1.85 -0.31 -0.78 1.17 -0.13 -0.71 -1.23 -1.05 1.14 -0.82 -1.31 -0.27 -1.61 -0.91 -0.36 0.05 0.02
-0.39 0.07 -0.33 -0.86 1.0 0.73 -1.05 -1.02 -0.39 -0.4 -0.64 -0.55 -0.86 0.99 1.27 0.06 -0.22 1.25 -0.05 -0.4 -0.51 -0.39 0.5 -0.25 -0.28 -0.49 -0.29 -0.01 -0.14 -0.17 -0.82
-0.64 -0.35 0.02 -1.65 1.03 0.43 -0.54 -0.27 0.36 -0.34 -0.43 -0.25 -0.14 1.23 0.89 -0.26 -0.41 1.42 -0.91 -0.43 -0.29 -0.35 0.87 -0.57 -1.08 -1.38 -0.84 -0.72 -0.24 -0.42 0.42
-0.1 -0.17 -0.17 -0.74 0.76 0.62 -0.37 -0.52 -0.25 -0.09 -0.05 -0.27 -0.55 0.6 0.91 -0.25 -0.18 0.59 -0.24 -0.11 -0.18 -0.2 0.67 -0.18 -0.17 -0.23 -0.35 -0.06 -0.01 -0.16 -0.45
Bra004550 (GBF3)
 -3.87 -4.39 -4.22 -4.35 0.52 0.97 -0.52 -2.4 -0.93 -1.98 -1.14 -1.74 -0.0 2.15 2.58 -0.3 -0.37 1.48 0.09 -0.69 -1.24 -1.22 1.92 -0.63 -1.63 -1.94 -2.19 -1.32 -0.74 -2.79 -1.92
Bra004784 (MPK6)
 -0.14 0.37 0.17 -0.15 0.4 0.46 -0.56 -0.79 -0.08 -0.09 -0.19 -0.28 -0.29 0.5 0.69 -0.05 -0.27 0.31 -0.05 -0.34 -0.2 -0.18 0.41 -0.1 -0.16 -0.27 -0.2 0.09 0.14 -0.02 -0.25
Bra006148 (MED19A)
 0.05 -0.05 -0.01 -0.24 0.67 0.47 -0.34 -0.24 -0.0 -0.29 -0.28 -0.43 0.13 0.6 0.61 -0.13 -0.22 0.49 -0.14 -0.21 -0.32 -0.09 0.58 -0.29 -0.32 -0.29 -0.26 -0.22 -0.09 -0.26 -0.08
Bra006205 (KEG)
 -0.11 -0.11 0.0 -0.35 0.53 0.45 -0.56 -0.45 -0.16 -0.25 -0.28 -0.22 -0.43 0.74 0.66 0.07 -0.2 0.49 -0.08 -0.19 -0.44 -0.26 0.15 -0.19 -0.1 -0.17 -0.14 0.11 0.12 0.02 0.15
Bra008447 (RAE1)
 -0.23 -0.39 -0.31 -0.68 0.66 0.47 -0.37 -0.47 -0.0 -0.19 -0.24 -0.21 -0.09 0.5 0.77 0.09 -0.02 0.36 0.17 -0.17 -0.17 -0.11 0.2 -0.12 -0.09 -0.18 -0.0 0.03 0.09 -0.28 -0.17
-0.03 0.23 -0.15 -0.47 0.56 0.38 -0.44 -0.66 -0.04 -0.33 -0.35 -0.33 -0.27 0.65 0.88 -0.16 -0.35 0.29 -0.14 -0.13 -0.22 -0.23 0.77 -0.19 -0.1 -0.38 -0.28 -0.11 0.04 -0.11 0.08
-0.63 -0.16 -0.49 -0.82 0.61 0.58 -0.88 -0.65 -0.15 -0.24 -0.32 -0.29 -0.2 0.35 1.05 0.12 -0.21 0.86 0.21 -0.29 -0.38 -0.5 1.13 -0.17 0.16 -0.82 -0.17 -0.03 -0.22 -0.38 -0.11
0.32 0.34 0.47 -0.07 0.59 0.38 -0.67 -0.44 -0.15 -0.41 -0.41 -0.39 -0.36 0.61 0.72 -0.29 -0.28 0.37 0.0 -0.26 -0.28 -0.42 0.5 -0.36 -0.41 -0.31 -0.47 -0.07 0.06 -0.03 0.09
-0.13 -0.11 0.18 -0.29 0.55 0.66 -0.51 -0.54 -0.14 -0.33 -0.1 -0.17 -0.3 0.91 0.94 -0.13 -0.49 0.38 -0.01 -0.46 -0.24 -0.23 0.3 -0.26 -0.22 -0.62 -0.26 -0.15 0.23 -0.03 -0.28
0.1 0.22 0.11 -0.18 0.53 0.33 -0.67 -0.57 -0.19 -0.4 -0.37 -0.46 -0.38 0.82 0.93 -0.06 -0.05 0.5 -0.13 -0.25 -0.44 -0.08 0.25 -0.11 -0.01 -0.61 -0.28 0.01 0.15 -0.19 -0.25
Bra011333 (CAP1)
 0.04 0.26 -0.08 -0.15 0.52 0.37 -0.21 -0.22 -0.4 -0.18 -0.44 -0.4 -0.42 0.48 0.63 0.18 -0.08 0.6 0.02 -0.3 -0.15 -0.13 0.22 -0.12 -0.09 -0.13 -0.04 -0.2 -0.23 -0.09 -0.25
Bra012833 (CAX3)
 -1.24 -0.92 -1.25 -0.73 0.26 0.46 -1.55 -1.22 -0.53 -0.69 -0.91 -0.99 -1.06 1.29 1.55 -0.55 -0.33 1.58 -0.38 -0.87 -0.94 -0.29 1.52 0.37 -0.25 -0.28 -0.6 0.21 0.39 -0.72 -0.35
Bra012879 (LPPepsilon1)
 -0.03 0.1 0.06 0.0 0.52 0.7 -0.65 -1.07 0.07 -0.05 -0.25 -0.01 -0.83 0.62 0.98 -0.18 -0.34 0.39 -0.01 -0.03 0.02 0.19 1.18 -0.37 -1.32 -1.03 -1.03 -0.45 -0.04 -0.01 -0.74
Bra013187 (ZAP1)
 -0.2 -0.41 -0.59 -0.69 0.58 0.71 -0.36 -0.58 -0.09 -0.15 -0.33 -0.12 -0.43 0.74 0.77 0.23 0.02 0.35 -0.03 0.02 -0.21 0.01 0.3 -0.07 -0.09 -0.42 -0.18 -0.07 0.12 -0.18 -0.24
-0.91 0.06 0.3 -0.63 1.46 1.13 -0.94 -1.29 -0.49 -0.5 -0.89 -0.57 -1.56 1.12 1.79 -0.36 -0.46 0.7 0.08 -0.2 -0.59 -0.13 1.52 -0.81 -1.71 -1.54 -1.49 -1.46 -0.61 -0.52 -1.83
Bra014601 (FTIP3)
 -0.57 -0.52 -0.41 -0.5 0.71 0.29 -0.71 -0.73 -0.16 -0.36 -0.39 -0.23 -0.07 0.84 1.02 -0.14 -0.6 1.19 0.17 -0.73 -0.87 -0.64 0.74 -0.1 -0.07 -0.11 -0.24 0.06 0.13 -0.13 -0.17
-0.1 0.08 0.03 -0.58 0.31 0.1 -0.66 -0.59 -0.14 -0.39 -0.1 -0.11 -0.46 0.36 0.78 -0.07 -0.44 0.39 0.15 -0.1 -0.04 -0.24 0.72 -0.06 -0.15 -0.28 -0.02 -0.24 0.19 0.22 0.15
-1.86 -1.2 -1.41 -2.64 0.91 1.35 -2.99 -2.43 -0.62 -0.33 -1.04 -0.81 0.66 1.11 1.77 -0.01 0.29 1.27 0.13 -0.26 -0.93 -0.65 1.8 -1.02 -1.14 -1.66 -1.37 -0.57 -1.88 -1.21 0.19
Bra015433 (AtDOA1)
 -1.18 -2.11 -0.84 -2.43 1.13 1.24 -0.73 -1.8 0.15 -0.86 -0.59 -0.71 0.88 0.9 1.16 0.05 -0.44 1.71 0.24 -0.16 -0.08 -0.12 1.67 -1.64 -1.23 -1.89 -1.65 -3.09 -1.47 -1.28 -0.25
-0.41 0.19 -0.02 -0.94 0.65 0.5 -1.39 -0.72 -0.39 0.29 -0.42 -0.36 0.6 0.6 0.89 0.12 -0.4 1.03 0.1 -0.25 0.11 -0.9 1.28 -0.11 -0.26 -1.21 -0.63 -0.51 -1.01 -0.92 -0.26
Bra016409 (CHB4)
 0.13 -0.07 -0.08 -0.22 0.37 0.38 -0.31 -0.45 -0.19 -0.09 -0.09 -0.12 0.08 0.5 0.59 0.19 0.0 0.17 -0.05 -0.21 -0.18 -0.24 0.36 -0.15 -0.3 -0.39 -0.24 -0.16 0.06 -0.18 0.16
Bra017134 (RCI4)
 -1.2 -0.58 0.31 -0.88 -0.91 0.75 -0.99 -1.86 -0.46 -0.9 -0.76 -0.88 -1.45 1.27 1.5 -0.46 -0.26 0.72 -0.39 -0.53 -0.28 0.01 1.82 0.58 0.03 -0.19 -0.56 0.4 -0.08 -1.68 -1.19
-0.57 -0.39 -0.62 -0.89 0.63 0.75 -1.63 -1.71 0.16 -0.37 -0.01 -0.36 -1.05 1.17 1.6 -0.0 -0.38 0.06 0.31 0.21 -0.1 0.34 1.28 -0.7 -1.04 -0.79 -0.89 -0.63 -0.06 -0.43 -0.54
Bra017221 (ACR10)
 -0.04 0.15 0.07 -0.94 0.77 0.7 -0.62 -0.86 -0.09 -0.53 -0.44 -0.63 -0.34 1.08 1.36 -0.47 -0.49 0.89 -0.25 -0.01 -0.51 -0.24 0.56 -0.8 -0.59 -0.43 -0.78 -0.16 -0.07 -0.45 0.05
Bra017317 (SRO1)
 -0.3 -0.03 -0.14 -0.58 0.56 0.81 -0.13 -0.43 -0.05 -0.24 -0.24 -0.29 -0.39 0.58 0.86 0.08 -0.18 0.34 0.04 0.01 -0.2 -0.13 0.52 -0.3 -0.35 -0.38 -0.25 -0.02 0.13 -0.43 -0.51
Bra020607 (GT2L)
 -0.86 -2.6 -1.24 -2.86 1.2 0.01 -1.06 -0.96 -0.38 -0.7 -0.47 -1.06 0.32 1.38 1.5 0.38 -0.45 1.66 0.62 -0.32 -0.28 -0.6 1.03 -0.66 -0.62 -0.87 -0.94 -0.26 -0.52 -0.88 -0.59
Bra020988 (HSF A4A)
 -0.32 -0.02 -0.33 -1.63 1.17 1.3 -2.57 -1.46 -0.83 -0.66 -1.5 -0.65 -1.92 1.22 1.51 -1.02 -0.74 1.03 0.01 -0.58 -1.14 0.2 1.12 -0.84 -1.2 0.1 -1.23 -0.14 0.01 0.61 -0.55
Bra021245 (GPK1)
 -0.76 -0.99 -0.52 -0.95 0.87 0.15 -0.76 -1.01 -0.22 -0.56 -0.12 -0.18 0.21 1.21 1.26 -0.65 -0.5 1.2 0.31 -0.14 -0.54 -0.81 0.72 -0.14 -0.24 -0.6 -0.54 -0.26 -0.27 -0.78 0.49
Bra022501 (GTG1)
 0.02 0.07 -0.02 -0.16 0.54 0.44 -0.34 -0.17 -0.22 -0.2 -0.31 -0.38 0.07 0.61 0.79 0.05 0.02 0.52 -0.26 -0.23 -0.42 -0.18 0.5 -0.32 -0.34 -0.57 -0.39 -0.31 -0.16 -0.08 0.1
-0.36 -0.16 -0.02 -1.26 0.91 0.62 -0.86 -1.02 -0.46 -0.67 -0.5 -0.28 0.44 0.83 0.94 0.04 -0.47 1.29 0.09 -0.49 -0.25 -0.66 1.07 -0.7 -0.56 -1.37 -0.84 -0.12 -0.6 0.0 0.23
0.33 0.56 0.64 0.33 0.78 0.5 -0.92 -0.63 -0.35 -0.49 -0.48 -0.72 0.16 0.83 0.97 0.02 -0.31 0.14 -0.42 -0.4 -0.75 -0.55 0.97 -0.4 -0.51 -0.77 -0.8 -0.54 -0.15 -0.43 -0.23
-0.06 -0.0 0.14 -0.3 0.63 0.51 -0.35 -0.52 -0.01 -0.43 -0.29 -0.27 0.04 0.52 0.75 -0.15 -0.39 0.43 -0.14 -0.16 -0.22 -0.04 0.74 -0.19 -0.27 -0.29 -0.31 -0.23 -0.0 -0.29 -0.24
Bra026003 (UBP15)
 -0.41 -0.71 -0.45 -0.84 0.66 0.49 -0.53 -0.59 -0.19 -0.41 -0.36 -0.24 0.04 0.94 0.92 -0.02 -0.1 1.0 0.27 -0.28 -0.51 -0.4 0.48 -0.3 -0.33 -0.42 -0.22 -0.05 0.06 -0.18 -0.01
-0.28 -0.6 -0.63 -1.22 0.99 1.01 -0.69 -1.28 0.05 -0.34 -0.27 -0.62 -0.78 1.05 1.2 -0.01 -0.25 1.16 0.44 -0.15 -0.39 -0.41 0.9 -0.56 -0.99 -1.41 -1.09 -0.06 0.02 -0.47 -0.44
Bra027886 (TCP8)
 -0.06 0.55 0.53 0.0 0.92 0.62 -1.08 -0.96 -0.92 -0.55 -0.9 -0.85 0.05 0.75 1.01 -0.15 0.05 0.87 -0.45 -0.38 -0.48 -0.59 0.61 -0.75 -0.3 -0.09 -0.55 -0.11 -0.22 -0.11 -0.39
Bra028145 (DIP2)
 0.07 0.03 0.21 -0.19 0.49 0.49 -0.27 -0.23 -0.21 -0.29 -0.37 -0.24 -0.25 0.68 0.76 0.05 -0.18 0.25 -0.22 -0.23 -0.35 -0.29 0.33 -0.18 -0.28 -0.31 -0.48 -0.14 0.12 -0.03 0.13
-1.96 -0.75 -0.98 -1.07 0.26 0.95 -0.75 -1.2 -0.31 -0.17 -0.88 -1.44 -0.08 0.7 1.56 0.3 0.23 0.73 0.18 0.37 0.39 -0.13 1.6 -0.72 -0.31 -0.36 -0.21 -0.95 -1.99 -1.39 -0.09
Bra029624 (PAP15)
 -0.3 -0.11 -0.08 -1.15 0.86 0.37 -1.24 -0.38 -0.56 -0.26 -0.44 -0.03 -0.98 0.79 1.16 -0.49 -0.41 0.95 0.04 -0.18 -0.52 -0.42 0.97 -0.78 -0.38 -0.81 -0.63 -0.24 -0.19 0.54 0.5
-0.32 -0.27 -0.88 -0.58 0.53 0.44 -0.38 -0.22 0.0 -0.32 -0.07 -0.37 0.09 0.81 0.7 0.38 -0.03 0.61 0.1 0.05 -0.11 -0.13 0.5 -0.15 -0.19 -0.73 -0.26 -0.21 -0.22 -0.38 -0.18
-0.37 -0.07 0.17 -1.05 0.75 0.69 -1.3 -1.46 -0.07 -0.55 -0.51 -0.45 -0.97 0.92 1.27 -0.26 -0.58 0.91 -0.07 -0.36 -0.6 -0.36 1.08 0.1 -0.21 -0.36 -0.44 -0.12 0.08 -0.26 -0.33
Bra031225 (RKP)
 -0.02 -0.15 -0.16 -0.44 0.61 0.79 -0.19 -0.44 -0.18 -0.4 -0.4 -0.43 -0.74 0.59 0.92 0.13 -0.09 0.45 0.07 -0.02 -0.22 -0.16 0.41 -0.4 -0.34 -0.49 -0.29 0.08 0.26 -0.25 -0.32
-0.26 -0.0 0.22 -0.71 0.77 0.85 -0.78 -0.67 -0.2 -0.6 -0.66 0.01 -0.74 0.58 0.95 0.0 -0.31 0.34 -0.09 -0.25 -0.27 -0.02 1.07 -0.24 -0.43 -0.39 -0.35 -0.02 0.07 -0.2 -0.55
Bra033254 (BPS1)
 0.04 -0.04 -0.25 -0.27 0.39 0.84 -0.33 -0.81 -0.01 -0.24 -0.11 -0.16 -0.77 0.59 0.89 0.06 -0.23 -0.17 0.0 -0.11 -0.1 -0.01 0.77 -0.19 -0.24 -0.08 -0.32 -0.13 0.1 -0.32 -0.6
-1.43 -1.19 -0.77 -1.34 1.04 0.68 -0.92 -1.28 -0.61 -1.11 -0.61 -0.72 0.16 1.17 1.48 0.06 -0.61 1.07 0.39 -0.41 -0.29 -0.65 0.6 0.13 -0.13 -1.04 -0.62 0.38 0.39 -0.64 -0.26
-0.11 -0.24 -0.54 -0.35 0.73 0.92 -0.3 -0.51 0.1 -0.46 -0.23 -0.45 -0.42 0.98 1.24 -0.32 -0.62 0.56 0.37 -0.28 -0.28 -0.12 0.52 -0.58 -0.64 -1.81 -0.72 -0.32 -0.17 0.08 0.11
Bra035320 (AOS)
 -0.69 -1.28 -0.05 -1.31 0.57 0.46 -0.66 -0.81 -0.13 -0.15 -0.68 -0.7 -0.31 1.14 1.23 0.05 -0.37 1.04 0.2 -0.39 -0.31 -0.36 0.37 0.18 -0.12 -0.45 -0.44 -0.39 -0.08 -0.23 0.47
Bra036289 (XDH1)
 -0.19 0.11 0.09 -0.29 0.67 0.82 -1.55 -1.37 -0.12 0.2 -0.15 -0.76 -1.08 0.92 1.5 0.45 -0.23 0.41 -0.39 -0.17 -0.67 0.12 1.33 -1.05 -1.0 -1.16 -0.74 -0.8 -0.6 -0.25 -0.37
Bra036899 (NET1B)
 -0.58 -1.23 -1.02 -1.26 0.7 0.42 -0.34 -0.42 0.12 -0.32 -0.25 -0.5 0.44 1.14 0.91 -0.11 -0.33 1.34 0.17 -0.35 -0.55 -0.63 0.45 -0.07 -0.12 -0.5 -0.28 -0.19 -0.06 -0.46 -0.33
Bra037533 (ABF4)
 0.07 -0.1 -0.05 0.0 0.65 0.5 -0.81 -0.77 -0.06 -0.4 -0.31 -0.32 -0.7 0.93 1.05 0.11 -0.41 0.72 0.09 -0.16 -0.19 -0.03 0.35 -0.32 -0.37 -0.47 -0.51 -0.17 -0.21 -0.28 -0.23
Bra038355 (NUDX1)
 -0.13 -0.11 0.04 -0.38 0.91 1.02 -0.8 -1.4 -0.05 -0.36 -0.18 -0.33 0.03 1.09 0.88 -0.17 -0.34 0.59 -0.59 -0.91 -0.33 -0.11 0.76 -0.32 -0.49 -1.16 -1.07 -0.17 0.31 -0.04 -0.38
Bra038698 (EML1)
 0.24 0.18 0.14 -0.27 0.6 0.71 -0.63 -0.82 0.11 -0.21 -0.12 -0.2 -0.35 0.57 1.07 -0.05 -0.22 0.37 -0.06 -0.04 -0.4 0.05 0.4 -0.36 -0.37 -0.22 -0.5 -0.43 -0.26 -0.53 -0.42
Bra038807 (CTPS4)
 -2.33 -2.28 -2.62 -2.48 1.1 0.32 -0.46 -1.08 -0.39 -0.23 -0.35 -0.63 0.35 1.9 1.68 0.61 0.24 1.17 0.18 -0.54 -0.07 -1.06 1.37 -1.29 -1.92 -2.15 -1.41 -0.69 -1.7 -1.53 0.05
-1.0 -1.1 -0.93 -0.75 0.62 0.63 -1.01 -1.86 -0.21 -0.75 -0.88 -1.03 -0.94 1.39 1.78 -0.26 -0.47 1.72 0.52 -0.63 -0.73 -0.93 1.09 -0.14 -0.52 -0.88 -0.86 0.04 -0.0 -0.95 -0.81
Bra039460 (GID1A)
 0.16 0.29 0.18 -1.08 1.42 0.48 -1.71 -1.86 -0.5 -0.71 -1.7 -1.02 -0.73 0.84 1.84 -1.16 -1.31 0.84 -0.23 -1.36 -1.77 -1.31 1.21 -0.8 -1.01 -0.12 -0.94 -0.07 0.11 0.57 0.47
-0.39 -0.54 0.18 -0.35 0.75 1.13 -0.24 -1.04 -0.12 -0.35 -0.3 -0.32 -0.8 0.77 1.02 -0.16 -0.38 0.05 -0.09 -0.13 -0.33 -0.39 1.03 -0.23 -0.45 -0.28 -0.48 0.11 0.17 -0.6 -0.63
Bra040271 (GALT3)
 -0.68 -0.78 -0.47 -1.16 0.42 0.37 -0.47 -0.41 -0.2 -0.24 -0.25 -0.48 -0.19 0.76 0.76 0.14 0.13 0.75 0.33 0.02 -0.35 -0.0 0.11 -0.03 0.0 -0.4 0.07 -0.14 -0.03 0.04 0.34
Bra040786 (LAZ1)
 -0.11 0.01 -0.01 -0.43 0.43 0.5 -0.5 -0.63 -0.15 -0.15 -0.25 -0.07 -0.62 0.57 0.81 -0.2 -0.1 0.03 -0.04 -0.09 -0.12 0.2 0.54 0.01 -0.07 -0.17 -0.02 -0.27 0.02 -0.12 -0.19

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.