Heatmap: Cluster_1 (Lactuca sativa (Lsa) Coexpression Clusters (HCCA Algorithm))

View as: (view raw or row-normalized)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Values are log₂ transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

Gene	Light: 268 uE m-2 s-1	Light: 202.5 uE m-2 s-1 (Control)	Light: 135 uE m-2 s-1	Light: 67.5 uE m-2 s-1	Photoperiod: L24	Photoperiod: L20D4 (Control)	Photoperiod: L12D12	Photoperiod: L8D16	RBW: 4:1:1 (Control)	RBW: 4:1:0	RBW: 3:1:1	RBW: 3:1:0	Nitrogen: 0%	Nitrogen: 25%	Nitrogen: 50%	Nitrogen: 100% (Control)	Nitrogen: 150%	Phosphorous: 0%	Phosphorous: 25%	Phosphorous: 50%	Phosphorous: 100% (Control)	Phosphorous: 150%	Potassium: 0%	Potassium: 25%	Potassium: 50%	Potassium: 100% (Control)	Potassium: 150%	Temperature: 20°C	Temperature: 25°C (Control)	Temperature: 30°C	Temperature: 35°C
Lsat_1_v5_gn_0_11880.1 (SDHAF1)	-0.36	-	-	-0.54	-1.12	-	1.28	0.33	0.61	-	1.56	-	-	2.28	-	-	-	1.73	-	0.61	1.26	-0.6	-	0.06	0.04	-	-	0.69	-0.86	0.64	1.24
Lsat_1_v5_gn_0_22380.1 (EXO70B1)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_0_27401.1 (AT-IE)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.85	-	4.11	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.71	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_1_116380.1 (QWRF2)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_1_119941.1	-	-	-0.62	-0.51	0.17	1.71	-	-0.68	0.19	1.32	1.63	1.27	-	1.67	0.17	-0.85	0.6	1.33	-	-	-1.0	-	0.32	-	-1.15	-1.2	-1.18	0.04	0.08	-0.09	-1.08
Lsat_1_v5_gn_1_3360.1 (WAKL1)	-	-	-	2.57	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.37	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.15	-	-
Lsat_1_v5_gn_1_34700.1	-1.58	-1.22	-1.66	-3.37	1.75	0.95	-1.44	-0.59	-0.57	-1.52	-0.36	-1.54	-0.19	2.06	1.33	-1.82	-0.84	1.08	0.74	-2.12	0.28	-0.15	-0.64	-0.7	-0.42	0.09	-0.53	-0.85	-0.01	-0.89	-0.02
Lsat_1_v5_gn_1_40741.1	-0.62	-0.62	-	-	-1.0	1.27	-	0.18	-	-	-	-0.19	-	2.59	-0.83	-	0.9	2.5	1.75	-	0.45	-	-	-0.13	-1.08	0.99	-	-	-0.91	-0.78	0.53
Lsat_1_v5_gn_1_67660.1 (PFK3)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_1_87081.1 (ASG7)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.41	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.29	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_1_8860.1 (DAG2)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.72	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.22
Lsat_1_v5_gn_2_111921.1 (AGL40)	-	-	-	-	-	2.37	-0.2	0.02	-	0.83	-	2.01	-	3.18	1.0	-0.01	-	0.76	-	-	-	-	-	-	-	-0.32	-	-0.08	-0.16	-	0.8
Lsat_1_v5_gn_2_115621.1 (bHLH010)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.32	-	-	-	-	-	-	2.54	-	-	-	-	-	-	2.38	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_2_131621.1 (RH11)	-	-	-	-	-	-	2.94	-	-	-	-	-	-	3.5	-	-	-	3.58	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_2_44960.1 (TCU1)	-	-	-	-	-	-	-	2.76	-	-	-	-	-	4.09	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.85
Lsat_1_v5_gn_3_107080.1 (Kin7.4)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_3_130621.1	-	-	-	-	3.61	-	-	-	-	-	-	-	-	4.23	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_3_54121.1 (NUDT22)	-	-	-	-	-	-	-	-	1.11	-	-	-	1.31	2.77	2.48	-	-	1.03	-	1.19	-	-	-	-	-	-	-	-	0.29	0.53	2.8
Lsat_1_v5_gn_3_66781.1	-	-	-	-	1.02	1.2	0.95	-	-	-	-	-	-	2.53	-	-	-	2.6	0.28	-	1.48	-	1.32	-	-	1.4	-	-	0.75	1.06	-
Lsat_1_v5_gn_3_67820.1 (STI)	-	-	-	-	-	-	-	-	3.77	-	-	-	-	4.11	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_4_128580.1	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.34	-	3.43	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_4_13281.1 (PKS11)	-	-	-	-	-	-	-	3.82	-	-	-	-	-	4.08	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_4_161140.1 (NRX2)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.98	-	-	-	-	-	-	-	-	3.93	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_4_42240.1	-	-	-	-	-	1.6	-	-	-	-	1.87	-	-	3.67	-	2.24	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.79
Lsat_1_v5_gn_4_51400.1 (EMB2758)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_4_52220.1	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.76	-	-	0.86	-	1.81	-	-	-	3.16	1.59	-	-	-	-	-	-	2.79
Lsat_1_v5_gn_4_60381.1 (RNJ)	-1.06	-2.62	-2.68	-	-3.5	-0.69	-1.01	-0.1	0.5	0.54	-	-0.14	0.03	1.41	0.91	0.37	-0.09	0.31	0.02	-0.08	-0.84	0.34	1.94	-1.23	-2.84	0.32	-	-0.9	-1.17	1.04	1.48
Lsat_1_v5_gn_4_79021.1	2.17	-	-	-	0.53	2.18	-	-	-	1.11	-	-	0.99	3.08	-	-	0.98	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.04	-	0.89	-
Lsat_1_v5_gn_4_84380.1 (LFY)	-	-	-	-	-0.96	-1.79	-0.63	0.79	-0.83	-	-	-0.86	-1.84	2.71	1.78	-1.63	-0.84	3.05	0.96	-	-	-	-	-1.93	0.46	-0.37	-	-0.76	-1.93	0.05	0.11
Lsat_1_v5_gn_4_99421.1 (PDR1)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_5_152620.1 (PSAA)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_5_166240.1	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_5_16661.1 (NLP6)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.49	-	-	-	-	-	-	-	2.35	2.41	-	-	-	-	-	-	-	3.22
Lsat_1_v5_gn_5_4000.1	-	-	-	-	2.45	2.4	-	-	-	-	-	-	-	3.6	-	-	-	1.18	-	-	-	-	-	-	-	1.45	1.66	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_5_53180.1 (LLR2)	-3.24	1.49	-1.65	0.67	-2.05	0.98	-1.61	-3.06	-2.73	-2.73	2.26	0.37	-0.88	2.73	-3.27	0.49	-4.6	-2.41	-	-3.03	-0.68	1.0	-0.4	-3.61	0.65	-	0.45	-	-2.53	-4.61	0.58
Lsat_1_v5_gn_5_84721.1	-	-	-	-	-	1.96	-	-	-	-	-	-	-	4.43	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.46	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_5_94200.1 (ALKBH6)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.44	-	1.75	3.25	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.67
Lsat_1_v5_gn_5_95200.1 (NOT3)	-	-	-	-	-	-	-	1.05	-	-	-	-	-	3.05	-	-	-	-	2.04	-	-	-	2.34	1.1	-	-	-	-	2.3	1.12	1.16
Lsat_1_v5_gn_6_29401.1	-	1.41	-	-	-	-	-	-	2.87	0.23	1.1	1.6	-	2.48	1.17	1.45	1.67	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-0.09	-
Lsat_1_v5_gn_6_36421.1 (NAP4)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.07	-	-	-	3.82	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_6_53880.1	-	0.28	-	-0.78	-	0.25	-	-	-	-	2.71	2.07	-2.41	2.96	-	1.38	-	-	-	-2.26	-	-1.0	-	-	-0.26	-	0.75	-	-1.11	-	1.6
Lsat_1_v5_gn_6_67241.1 (HGL1)	-1.09	-	-	-0.6	-0.85	1.21	-	-2.18	-2.17	0.57	-0.24	-1.48	1.63	1.87	0.98	-0.39	-	-	-1.42	-2.45	0.43	0.96	2.19	-0.85	-1.41	0.41	-	-0.88	-1.31	-0.34	0.97
Lsat_1_v5_gn_6_72441.1 (BBX30)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.86	0.94	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_6_93061.1 (PAT1)	-	-	-	-	0.92	0.84	-	-	-	-	-	0.42	-	4.12	1.59	-	-1.11	-	-	-0.33	0.24	-	-0.06	-	-	-1.18	-	-1.2	-1.09	-0.24	-
Lsat_1_v5_gn_7_17941.1 (PetM)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-0.98	0.42	-	3.5	1.81	-	-	0.34	1.79	-0.27	-1.38	-	-	1.05	-1.14	-	0.74	-	0.95	0.73	-0.69
Lsat_1_v5_gn_7_18700.1 (SEH)	-	-	-	-	-	-	-	1.81	-	-	-	-	-	3.34	1.74	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.88	-	-	-	2.73
Lsat_1_v5_gn_7_38040.1	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.94	3.97	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_7_75721.1 (IMPA-2)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_7_85660.1	-	-	-	-	1.55	-	-	-	0.34	-	-	-	-	3.26	-	0.77	0.54	-	1.9	-	-	-	2.29	-	0.44	-	-	-	2.03	-	-
Lsat_1_v5_gn_8_113721.1	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.81	-	4.04	-	-	-	-	-	-	-	-	2.92	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_8_142981.1 (CTR1)	-	-	-	-	1.9	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.81	-	-	2.52	-	-	-	-	3.15	-	1.47	-	-	-	-	-	1.51
Lsat_1_v5_gn_8_26780.1 (MEE32)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.45	-	-	-	3.2	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_8_48460.1 (SMG7)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_8_54540.1 (ACO1)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.08	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.87	1.62	-	-	-	-	1.89
Lsat_1_v5_gn_8_59300.1	-	-	-3.4	-	1.74	0.73	-1.23	-3.37	0.02	-0.49	0.03	-1.17	-0.14	2.43	-0.12	-1.55	-0.82	1.5	-0.38	-0.31	0.34	0.98	-0.02	-0.19	-0.35	0.19	-0.58	-1.38	-1.37	-1.86	-0.12
Lsat_1_v5_gn_8_67001.1 (AXR6)	-	-	-	-	-	-	-	3.48	-	-	-	-	-	3.54	-	-	-	3.04	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_8_89261.1	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.13	-	3.74	-	-3.44	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_8_95521.1 (PFK5)	-	-	-	-	2.42	2.05	-	-	-	-	0.11	-	0.35	3.06	0.28	-	-	-	0.02	-	-	-	1.35	-	-	-	-	-	2.01	-0.03	0.04
Lsat_1_v5_gn_9_3120.1 (SYD)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.14	3.8	-	-	-	-	-	-	-	-	3.1	-	-	-	-	-	2.04	-	-
Lsat_1_v5_gn_9_53001.1 (OXR2)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.85	-	-	-	2.74	-	-	-	-	3.29	-	-	-	-	-	-	-	2.87
Lsat_1_v5_gn_9_58161.1 (AHG3)	-	-	1.64	-	0.75	-0.32	0.14	-	-	-0.34	1.93	-	-	2.53	-	-0.1	1.18	-	-	-	1.55	-	1.34	-	-	-	-	-	-	0.99	1.71
Lsat_1_v5_gn_9_9820.1 (MAP18)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.67	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.46

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.