1. Home
  2. Tools
  3. Expression Heatmap
  4. Results

Heatmap: Cluster_64 (Lactuca sativa (Lsa) Coexpression Clusters (HCCA Algorithm))

View as: (view raw or row-normalized)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Values are log2 transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

 Transpose table  Download table
Gene
Light: 268 uE m-2 s-1
Light: 202.5 uE m-2 s-1 (Control)
Light: 135 uE m-2 s-1
Light: 67.5 uE m-2 s-1
Photoperiod: L24
Photoperiod: L20D4 (Control)
Photoperiod: L12D12
Photoperiod: L8D16
RBW: 4:1:1 (Control)
RBW: 4:1:0
RBW: 3:1:1
RBW: 3:1:0
Nitrogen: 0%
Nitrogen: 25%
Nitrogen: 50%
Nitrogen: 100% (Control)
Nitrogen: 150%
Phosphorous: 0%
Phosphorous: 25%
Phosphorous: 50%
Phosphorous: 100% (Control)
Phosphorous: 150%
Potassium: 0%
Potassium: 25%
Potassium: 50%
Potassium: 100% (Control)
Potassium: 150%
Temperature: 20°C
Temperature: 25°C (Control)
Temperature: 30°C
Temperature: 35°C
- - - 4.95 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - 1.44 0.95 0.28 - 0.33 2.06 3.37 - - - - - - - - 1.33 2.69 - - -1.23 - - - - - -
- - - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
-1.85 -1.93 - -0.88 0.32 -0.22 0.47 - -2.39 0.1 - - 0.93 2.05 0.31 -1.95 -0.77 1.7 -0.38 0.48 -2.28 0.07 -0.44 -1.29 0.33 0.49 -1.99 0.28 0.7 0.75 0.83
- - - 3.63 - - - - - - 2.76 - - - - - 1.04 - - - - - - - - 3.29 - - - - -
-2.55 -2.62 -1.75 - 0.42 0.16 -0.46 -0.28 0.32 1.16 -0.45 -1.6 -0.15 1.88 0.26 -2.64 -0.63 0.64 0.36 -0.42 0.61 0.7 - -1.14 0.56 -1.78 1.0 -0.03 0.23 0.94 -2.59
-2.54 -2.59 2.0 2.73 -0.87 - -2.74 -1.1 -1.95 -0.44 -0.82 - 2.85 - - -1.59 -0.74 0.39 - 0.04 -2.08 - 0.41 0.1 -2.85 - - - -2.76 -2.97 1.92
- - - - - - 1.39 - 1.13 - 2.01 - - 2.74 - - - 2.49 - - - - - - 1.92 - - - 2.09 0.88 -
- - - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - 4.95 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - 2.23 4.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.85 - - - - - - - - -
- 2.62 - - 2.35 - 1.32 - - - - 3.41 - - 2.73 - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - 0.7 - - - 1.02 - 1.93 2.99 - - - 3.07 - - - 1.92 - - - 0.81 - - - - 0.76
- - - 3.66 - - - - - 2.82 - - - - - - 3.21 - - - - - - - 1.04 - - - - - -
- - 2.77 3.27 - - - - - - - - - 0.55 - - - 1.29 - - - - - - - 2.39 - - 0.48 2.0 -
- - - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - 2.08 3.01 - - - - 1.89 - - 2.91 - - - - - - - - - - 2.11 - - - - 1.67 - - -
- - - 1.77 0.92 - -0.11 -1.17 - 0.47 - - 1.91 - - 1.92 -0.99 -0.21 0.32 - - - 1.02 1.23 1.51 - 0.46 - 1.49 -1.15 -0.09
- - - 4.05 - - - 2.46 - - - - - - - - - - 1.06 - - - - - - - - - - 1.16 2.22
- - - 2.71 - 2.15 - - - 1.73 3.19 - - - - - - - - - 0.4 - 0.38 - 0.3 0.5 0.22 - - - 0.21
- - - 1.94 2.53 0.76 1.92 1.6 - - - - - 1.24 - - - - 1.24 - - 1.53 - - 0.76 - 1.07 0.55 - - -
1.29 - - - 1.41 1.4 0.77 - - - 0.72 2.4 0.88 - 0.85 - 2.09 - - - 0.66 - - - - - - - 1.77 - 0.81
-2.45 - -0.51 1.47 -1.23 -2.88 0.36 -0.62 0.23 -1.01 -0.29 0.26 1.05 - -1.61 0.48 -0.69 0.84 -1.28 0.23 -1.01 -0.53 -0.49 1.04 1.3 0.12 0.37 1.27 -2.89 -0.57 0.46
2.41 - 0.77 0.81 - - - - - - 0.65 - 2.72 1.9 2.24 0.62 0.49 - - - - - - 0.33 - - - - 0.53 - -
- - - - - - - - - - 3.07 4.25 1.85 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - 4.95 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - 3.4 - 3.03 - - - - - - - - - - - 2.97 - - - - - - - - - 2.15 - - -
- - - - 0.34 - -0.35 - -0.58 0.65 -0.4 0.45 - 2.56 1.39 1.43 -0.19 2.22 - -0.53 - 0.88 - -0.49 - - 1.68 - - -0.54 -0.48
- - - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - 4.95 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
-0.33 -0.38 1.27 1.98 -1.22 -2.52 -1.28 -0.69 -0.41 0.5 0.06 -0.1 1.91 -1.78 -0.79 -1.38 -0.91 0.28 -0.89 -0.48 -1.56 -1.53 - -0.64 -1.18 -0.88 -0.65 -0.63 -1.45 0.62 1.92
- - - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - 3.14 - 1.8 - - 2.1 - - - - 2.07 - - - - - 2.75 - - - - 1.79 - - - - - -
- - - 4.95 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - 3.5 - - - - - - - - 3.26 - 2.36 2.32 - - - - - - - - - - - - - - -
Lsat_1_v5_gn_6_23561.1 (PDH-E1 ALPHA)
 - - - 2.77 - - - - - 2.7 - - 2.51 - - - - 2.41 - - - - - - - - - - - 2.74 -
- - 3.02 3.51 3.06 - - - - 1.66 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
-2.27 -2.32 0.5 1.69 - -2.68 -0.14 0.05 -0.33 - -0.19 -0.89 -1.56 -0.84 -0.48 -0.84 -0.68 -0.23 1.13 -1.75 -2.87 0.32 1.8 0.99 0.12 -0.31 0.47 -0.43 0.19 1.15 0.32
- - - 2.16 - - 1.03 - 2.78 - 1.03 - - 2.27 - - - 2.14 - - - - - 1.13 - - 1.0 - - - 1.13
- - - 1.81 1.9 2.13 -0.23 -1.08 -1.45 0.3 - 1.45 - - -1.15 0.17 -1.08 0.11 - 0.13 -1.5 -0.15 -0.79 - -1.37 - -0.13 1.02 - 0.24 1.66
- - - 3.53 - - - - - - - - - - - - 3.19 3.37 - - - - - - - - - - - - -
- - - 4.05 - - 2.75 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.94 - - - -
- - - 2.41 1.42 - - - - - - - - 0.73 2.33 - - 0.47 - - - - - - 2.04 - 2.31 2.15 - - 0.51
- - - 2.63 - 1.72 - - 1.66 - 0.78 3.24 2.41 - - - - - - - - 0.89 - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - 2.41 3.82 - - - - - - - - - 2.66 2.39 - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - 4.16 1.93 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.28 - 2.15
- - - 3.58 4.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - 4.95 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - 3.02 0.8 - - 1.05 - - - - 0.99 - - - - - - 0.83 0.82 - - 2.48 1.92 - - - - 1.22 0.91
- - - 4.07 - - - - - - - - 2.88 - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.76
-2.7 - - - -0.24 -0.42 -0.92 - -1.94 0.66 -0.38 -0.65 0.28 2.2 0.42 -1.65 0.38 0.56 -0.05 -0.46 -0.87 1.35 -2.96 -0.1 0.96 -0.38 - 0.65 -1.04 1.68 0.48
- 2.82 - - - - - - - - - 3.41 - 2.93 - - - - - - - - - - - - - - - - 2.52
- - 2.14 - - - 1.82 - - 1.72 - 3.35 - - - - - - - - - - - - 2.72 - - 1.59 - - -
- - - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 2.7 - 3.06 - - - 1.86 - - - - - - 2.07 - - - - - 0.74 - - 1.78 - - - 1.69 - - -
- - - 4.95 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
-0.67 -1.09 1.68 2.35 -1.84 -0.54 -1.25 - - -1.59 -1.77 1.24 0.65 0.3 - 0.47 -2.03 -0.73 -0.21 0.77 - 1.12 - - 0.28 -0.84 1.56 0.28 0.62 - -
-2.36 -0.05 - - 0.4 1.1 -1.45 -1.54 0.39 0.44 -0.04 1.68 -2.51 -0.19 0.42 -0.48 -0.32 -0.51 -1.59 0.56 0.25 1.3 1.32 -1.83 1.62 -0.2 0.52 -0.73 - - -
- - - 1.39 - - - - - - - - - 1.24 - - 2.11 2.59 - - 1.86 2.36 - - - - 1.31 1.11 1.19 - -
- - - 3.99 - - - - - - - - - 3.92 - - - - - - - - - - - - - - - - -

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.