1. Home
  2. Tools
  3. Expression Heatmap
  4. Results

Heatmap: Cluster_42 (Brassica rapa (Bra) Coexpression Clusters (HCCA Algorithm))

View as: (view zlog-transformed or row-normalized)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Showing raw values)

 Transpose table  Download table
Gene
Light: 268 uE m-2 s-1
Light: 202.5 uE m-2 s-1 (Control)
Light: 135 uE m-2 s-1
Light: 67.5 uE m-2 s-1
Photoperiod: L24
Photoperiod: L20D4 (Control)
Photoperiod: L12D12
Photoperiod: L8D16
RBW: 4:1:1 (Control)
RBW: 4:1:0
RBW: 3:1:1
RBW: 3:1:0
Nitrogen: 0%
Nitrogen: 25%
Nitrogen: 50%
Nitrogen: 100% (Control)
Nitrogen: 150%
Phosphorous: 0%
Phosphorous: 25%
Phosphorous: 50%
Phosphorous: 100% (Control)
Phosphorous: 150%
Potassium: 0%
Potassium: 25%
Potassium: 50%
Potassium: 100% (Control)
Potassium: 150%
Temperature: 20°C
Temperature: 25°C (Control)
Temperature: 30°C
Temperature: 35°C
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0
Bra001609 (FADB)
 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.02 0.01 0.02 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0
Bra003780 (ORA47)
 1.05 1.11 1.03 0.31 0.82 0.3 0.08 0.15 0.83 0.21 0.4 0.64 0.33 0.71 0.86 0.29 0.17 0.31 0.18 0.29 0.11 0.29 2.19 0.49 0.59 0.87 0.88 0.48 5.95 2.99 2.23
0.3 3.55 2.64 1.51 0.56 0.26 1.31 1.59 1.34 1.28 2.36 2.25 7.85 0.51 0.16 1.38 2.4 2.03 0.57 1.36 0.29 1.22 9.75 2.59 2.18 2.22 2.04 2.77 3.29 5.95 3.32
Bra005129 (APD1)
 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.02 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.02 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
0.0 0.0 0.02 0.0 0.02 0.0 0.01 0.02 0.0 0.0 0.0 0.01 0.03 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.04 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0
Bra006041 (PROPEP4)
 0.0 0.0 0.0 0.0 0.18 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.19 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.2 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.18 0.0 0.0
Bra006356 (SEIPIN1)
 0.0 0.0 0.0 0.02 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.03 0.03 0.0 0.0 0.0 0.05 0.03 0.02
0.0 0.0 0.0 0.0 0.3 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.3 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.34 0.0 0.0
0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.04 0.0 0.0
Bra007486 (SK9)
 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.03 0.03 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.04 0.03 0.0
Bra007586 (PLIM2c)
 0.0 0.0 0.0 0.07 0.06 0.0 0.0 0.02 0.0 0.0 0.0 0.0 0.07 0.0 0.03 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.02 0.04 0.08 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.07 0.0 0.0
0.0 0.0 0.0 0.0 0.1 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.05 0.0 0.1 0.0 0.0 0.05 0.22 0.0 0.05
0.0 0.0 0.07 0.0 0.0 0.0 0.0 0.36 0.61 0.2 0.35 0.32 0.0 0.64 0.0 0.34 0.0 0.39 0.0 0.32 0.3 1.13 1.13 1.17 0.62 0.57 0.1 0.57 1.92 0.74 0.87
Bra009737 (SQP2)
 0.02 0.05 0.01 0.02 0.15 0.01 0.06 0.15 0.13 0.27 0.06 0.09 0.38 0.05 0.04 0.06 0.06 0.22 0.01 0.07 0.03 0.09 0.36 0.02 0.14 0.05 0.05 0.06 0.03 0.16 0.46
Bra010488 (REN1)
 0.05 0.05 0.04 0.01 0.03 0.1 0.02 0.05 0.0 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.0 0.03 0.01 0.03 0.04 0.03 0.0 0.05 0.03 0.02 0.02 0.0 0.02 0.1 0.03 0.02
0.04 0.0 0.0 0.0 0.0 0.02 0.01 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.01 0.0 0.04 0.01 0.0
Bra010947 (RIC2)
 0.46 0.92 0.92 1.06 1.71 1.32 1.19 0.12 0.8 1.2 1.33 1.91 2.62 3.41 5.16 1.31 0.15 0.0 2.12 0.95 0.9 2.74 0.3 2.74 3.68 1.11 1.83 2.41 3.12 2.02 2.1
6.37 5.93 24.5 12.57 10.35 7.4 10.14 7.99 6.65 9.16 10.09 10.44 12.68 12.56 11.53 16.93 12.87 16.92 13.02 20.01 12.22 9.72 59.78 6.87 7.09 31.38 7.47 10.9 89.64 72.56 13.29
Bra011529 (RRTF1)
 0.0 0.02 0.21 0.13 0.03 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.01 0.07 0.0 0.0 0.0 0.07 0.04 0.0 0.08 0.09 0.04 0.0 0.33 0.01 0.0 0.32 0.0 0.0 2.42 0.6 0.02
Bra011732 (PLP4)
 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.02 0.01 0.0 0.03 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.02 0.0 0.01
Bra013128 (NAI1)
 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.03 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.08 0.0 0.03 0.02 0.0 0.06 0.0 0.0 0.0 0.0 0.03 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.08
Bra015492 (ACX6)
 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.12 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.13 0.03 0.08 0.09 0.03 0.02 0.0 0.01 0.0
Bra015882 (ORA47)
 0.12 0.0 0.29 0.0 0.6 0.12 0.02 0.07 0.29 0.0 0.05 0.13 0.0 0.09 0.09 0.12 0.05 0.27 0.04 0.18 0.05 0.47 2.06 0.16 0.0 0.0 0.06 0.14 3.64 0.24 0.11
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.02 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.04 0.0 0.02 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.03 0.01 0.01 0.0 0.04 0.02 0.0
Bra016638 (OCT3)
 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0
Bra017656 (RRTF1)
 0.0 0.0 0.09 0.04 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.04 0.0 0.0 0.0 0.16 0.0 0.0 0.02 0.0 0.0 0.44 0.24 0.0
Bra019162 (CBF1)
 0.0 0.03 0.14 0.21 0.27 0.02 0.02 0.14 0.02 0.0 0.02 0.04 0.02 0.0 0.08 0.16 0.04 0.17 0.02 0.06 0.02 0.0 0.55 0.06 0.1 0.13 0.04 0.32 1.21 0.99 0.07
Bra019404 (TH1)
 0.0 0.0 0.14 0.02 0.02 0.05 0.0 0.03 0.06 0.07 0.03 0.04 0.47 0.0 0.09 0.0 0.04 0.15 0.07 0.0 0.02 0.0 0.09 0.23 0.16 0.58 0.13 0.2 0.1 0.28 0.15
Bra020802 (LHT7)
 0.02 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.02 0.0 0.0
Bra021479 (MUB1)
 0.0 0.0 0.0 0.0 0.15 0.07 0.0 0.0 0.0 0.0 0.14 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.14 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.07 0.0 0.0 0.0 0.0 0.08 0.0 0.0
Bra022319 (NAC058)
 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.03 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.06 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra023044 (PUB23)
 0.25 0.31 1.5 1.2 0.85 1.73 0.6 1.31 0.17 0.99 1.01 0.51 0.94 0.73 1.08 1.55 0.77 0.47 1.44 0.83 1.06 1.6 1.97 0.31 0.74 0.92 0.6 0.38 2.73 2.11 0.58
Bra023149 (PER7)
 0.0 0.01 0.0 0.0 0.01 0.05 0.04 0.01 0.04 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.02 0.01 0.03 0.01 0.0 0.0 0.07 0.0 0.14 0.11 0.03
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.02 0.0 0.0
Bra024890 (At17.1)
 0.77 1.08 1.18 1.09 0.81 0.46 0.32 0.81 0.42 0.56 0.31 0.35 0.47 0.63 0.42 0.52 0.72 0.49 0.58 0.75 0.54 0.35 2.46 0.33 0.16 0.85 0.57 0.54 1.16 0.72 0.57
Bra025829 (RANGAP2)
 0.02 0.0 0.0 0.0 0.0 0.03 0.01 0.01 0.0 0.0 0.0 0.02 0.01 0.09 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.01 0.03 0.09 0.01 0.01 0.01 0.03 0.08 0.03 0.01
Bra028201 (ALC)
 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.05 0.05 0.0 0.0 0.0 0.0 0.16 0.0 0.0
Bra029045 (UGT79B6)
 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.03 0.0 0.01 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.01 0.0 0.01
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.11 0.0 0.11 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.09 0.06 0.0 0.0 0.0 0.1 0.0 0.07
Bra032154 (sks16)
 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.01 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.02 0.0 0.0 0.0 0.0 0.03 0.01 0.01
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.02 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.02 0.0 0.0
Bra032468 (PICL)
 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.04 0.0 0.0 0.0 0.01 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.04 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.01
Bra032610 (RSF1)
 0.12 0.11 0.2 0.1 0.08 0.08 0.01 0.17 0.14 0.22 0.1 0.12 0.17 0.02 0.0 0.25 0.1 0.26 0.1 0.16 0.1 0.11 0.45 0.08 0.14 0.25 0.14 0.05 0.24 0.22 0.59
0.0 0.0 0.0 0.0 0.05 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.03 0.0 0.0 0.0 0.05 0.0 0.0 0.0 0.02 0.0 0.24 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra033307 (RSL4)
 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0
Bra033791 (ADR2)
 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.07 0.0 0.0
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.04 0.0 0.0
Bra034624 (RRTF1)
 0.0 0.0 1.18 0.59 0.12 0.12 0.0 0.0 0.0 0.06 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.23 0.0 0.25 0.0 0.03 0.43 0.0 0.0 0.31 0.0 0.14 5.16 3.53 0.03
0.0 0.0 0.0 0.0 0.03 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.09 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra034743 (AGC1.5)
 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
0.0 0.21 0.0 0.54 1.18 0.35 0.33 0.0 0.0 0.34 0.0 0.0 1.86 0.25 0.28 0.42 0.45 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.44 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.82 0.38 0.0
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0
Bra036868 (CIPK4)
 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra037759 (AGL57)
 0.0 0.0 0.0 0.0 0.03 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.45 0.0 0.0 0.0 0.03 0.11 0.02 0.0 0.0 0.0 0.48 0.05 0.0 0.0 0.0 0.22 0.13 0.2 0.49
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.02 0.0 0.0
Bra038741 (FLA14)
 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.03 0.0 0.0 0.0 0.0 0.05 0.02 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.03 0.04 0.03 0.0 0.03 0.0 0.13 0.02 0.03
0.89 2.15 2.75 1.82 1.92 1.22 0.63 0.9 0.75 0.7 0.48 1.21 2.71 4.12 1.72 0.54 0.92 1.32 0.4 0.91 0.86 1.17 2.97 1.6 0.82 1.55 1.45 2.73 2.85 1.73 1.52
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0
Bra041162 (SUP32)
 0.0 0.0 0.0 0.0 0.03 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.08 0.0 0.0

Details

Raw expression values (TPM normalized), Green cells indicate low expression and red high. (Dark gray cells indicate missing values)