1. Home
  2. Tools
  3. Expression Heatmap
  4. Results

Heatmap: Cluster_166 (Brassica rapa (Bra) Coexpression Clusters (HCCA Algorithm))

View as: (view raw or zlog-transformed)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Values are normalized against highest expression of the row)

 Transpose table  Download table
Gene
Light: 268 uE m-2 s-1
Light: 202.5 uE m-2 s-1 (Control)
Light: 135 uE m-2 s-1
Light: 67.5 uE m-2 s-1
Photoperiod: L24
Photoperiod: L20D4 (Control)
Photoperiod: L12D12
Photoperiod: L8D16
RBW: 4:1:1 (Control)
RBW: 4:1:0
RBW: 3:1:1
RBW: 3:1:0
Nitrogen: 0%
Nitrogen: 25%
Nitrogen: 50%
Nitrogen: 100% (Control)
Nitrogen: 150%
Phosphorous: 0%
Phosphorous: 25%
Phosphorous: 50%
Phosphorous: 100% (Control)
Phosphorous: 150%
Potassium: 0%
Potassium: 25%
Potassium: 50%
Potassium: 100% (Control)
Potassium: 150%
Temperature: 20°C
Temperature: 25°C (Control)
Temperature: 30°C
Temperature: 35°C
Bra000383 (CHIQ1)
 0.16 0.15 0.15 0.15 0.3 0.22 0.19 0.19 0.17 0.21 0.19 0.2 0.27 0.32 0.27 0.3 0.25 1.0 0.64 0.25 0.2 0.24 0.21 0.2 0.21 0.21 0.21 0.19 0.2 0.19 0.2
0.04 0.06 0.01 0.02 0.05 0.06 0.02 0.02 0.04 0.01 0.01 0.03 0.02 0.06 0.03 0.03 0.04 1.0 0.24 0.02 0.04 0.02 0.13 0.06 0.06 0.03 0.04 0.05 0.07 0.04 0.02
0.03 0.05 0.07 0.05 0.15 0.08 0.06 0.06 0.07 0.09 0.07 0.08 0.12 0.08 0.06 0.1 0.09 1.0 0.33 0.08 0.04 0.05 0.1 0.1 0.08 0.07 0.07 0.13 0.09 0.07 0.05
0.07 0.03 0.03 0.02 0.13 0.09 0.04 0.03 0.06 0.04 0.03 0.03 0.06 0.08 0.09 0.06 0.07 1.0 0.5 0.07 0.03 0.04 0.2 0.06 0.03 0.07 0.04 0.06 0.08 0.04 0.03
Bra001807 (AtSEC62)
 0.14 0.08 0.13 0.06 0.19 0.12 0.06 0.07 0.07 0.1 0.09 0.16 0.11 0.13 0.17 0.15 0.1 1.0 0.42 0.12 0.05 0.11 0.11 0.05 0.04 0.04 0.06 0.06 0.06 0.07 0.05
0.01 0.0 0.01 0.0 0.06 0.08 0.03 0.02 0.03 0.03 0.02 0.02 0.08 0.08 0.09 0.05 0.05 1.0 0.15 0.02 0.03 0.03 0.1 0.05 0.03 0.03 0.03 0.06 0.02 0.02 0.03
0.02 0.01 0.01 0.0 0.12 0.11 0.01 0.01 0.03 0.0 0.02 0.01 0.02 0.23 0.32 0.01 0.03 1.0 0.42 0.02 0.0 0.02 0.06 0.02 0.02 0.0 0.02 0.04 0.02 0.01 0.01
Bra004294 (ENDO2)
 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.02 0.0 0.01 0.0 0.0 1.0 0.09 0.0 0.0 0.0 0.12 0.0 0.01 0.0 0.0 0.01 0.0 0.01 0.01
Bra004404 (SBH1)
 0.09 0.13 0.12 0.08 0.2 0.17 0.09 0.11 0.12 0.12 0.12 0.14 0.1 0.18 0.23 0.13 0.12 1.0 0.32 0.12 0.09 0.12 0.22 0.14 0.14 0.11 0.16 0.16 0.16 0.21 0.2
Bra005526 (FBP)
 0.03 0.02 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 1.0 0.24 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.0 0.01 0.01 0.01 0.02
Bra005800 (SGO2)
 0.16 0.12 0.08 0.08 0.16 0.13 0.04 0.04 0.06 0.06 0.09 0.06 0.06 0.11 0.14 0.08 0.07 1.0 0.32 0.06 0.06 0.07 0.2 0.15 0.11 0.12 0.11 0.15 0.16 0.14 0.16
Bra006201 (IQD11)
 0.16 0.19 0.24 0.15 0.49 0.21 0.21 0.27 0.25 0.21 0.26 0.23 0.28 0.32 0.24 0.19 0.17 1.0 0.37 0.21 0.16 0.2 0.33 0.27 0.24 0.24 0.21 0.34 0.32 0.28 0.19
Bra006315 (MUR5)
 0.04 0.05 0.03 0.04 0.11 0.09 0.04 0.06 0.04 0.11 0.05 0.05 0.14 0.07 0.09 0.12 0.15 1.0 0.21 0.05 0.06 0.07 0.11 0.04 0.04 0.05 0.05 0.04 0.02 0.06 0.05
Bra006505 (C3HC4)
 0.18 0.12 0.14 0.15 0.24 0.27 0.15 0.11 0.13 0.17 0.12 0.14 0.13 0.22 0.26 0.12 0.14 1.0 0.57 0.23 0.14 0.16 0.18 0.15 0.14 0.1 0.14 0.15 0.15 0.13 0.13
Bra006864 (PFK7)
 0.07 0.07 0.04 0.03 0.25 0.35 0.1 0.02 0.11 0.1 0.08 0.08 0.05 0.23 0.23 0.12 0.1 1.0 0.42 0.12 0.09 0.14 0.3 0.11 0.09 0.06 0.1 0.13 0.12 0.07 0.08
Bra006952 (GFS1)
 0.15 0.1 0.12 0.1 0.26 0.2 0.13 0.1 0.2 0.28 0.2 0.23 0.16 0.27 0.28 0.21 0.19 1.0 0.34 0.19 0.15 0.22 0.29 0.19 0.2 0.15 0.2 0.18 0.16 0.2 0.25
0.1 0.13 0.08 0.07 0.18 0.13 0.04 0.04 0.11 0.08 0.11 0.08 0.04 0.18 0.13 0.07 0.07 1.0 0.11 0.06 0.05 0.06 0.2 0.06 0.04 0.06 0.04 0.09 0.1 0.14 0.12
Bra007797 (USP)
 0.28 0.26 0.21 0.23 0.32 0.26 0.16 0.18 0.21 0.21 0.2 0.21 0.26 0.34 0.31 0.23 0.21 1.0 0.54 0.22 0.19 0.23 0.25 0.22 0.22 0.24 0.2 0.25 0.26 0.21 0.21
Bra008066 (PS2)
 0.0 0.0 0.0 0.0 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.02 1.0 0.26 0.03 0.02 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.02 0.04 0.02 0.03 0.01
Bra009316 (GDPD6)
 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.01 0.0 0.0 0.01 1.0 0.26 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra009837 (SHN3)
 0.0 0.0 0.0 0.0 0.06 0.01 0.02 0.0 0.03 0.05 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.02 1.0 0.16 0.04 0.04 0.04 0.04 0.0 0.02 0.01 0.01 0.01 0.0 0.0 0.01
0.14 0.16 0.2 0.11 0.1 0.07 0.05 0.04 0.05 0.09 0.06 0.08 0.06 0.03 0.07 0.06 0.09 1.0 0.32 0.09 0.06 0.08 0.11 0.07 0.06 0.07 0.07 0.05 0.04 0.11 0.09
Bra010728 (ROC1)
 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.05 0.02 0.04 0.04 0.05 1.0 0.22 0.04 0.03 0.03 0.03 0.05 0.05 0.04 0.05 0.02 0.02 0.04 0.08
Bra011187 (IDF1)
 0.04 0.05 0.05 0.04 0.11 0.11 0.06 0.06 0.07 0.04 0.05 0.07 0.06 0.16 0.15 0.07 0.09 1.0 0.35 0.12 0.07 0.07 0.08 0.07 0.08 0.05 0.1 0.06 0.08 0.06 0.07
0.05 0.16 0.12 0.08 0.1 0.05 0.06 0.05 0.08 0.07 0.09 0.07 0.11 0.08 0.05 0.09 0.08 1.0 0.23 0.09 0.1 0.12 0.21 0.06 0.05 0.04 0.04 0.04 0.04 0.03 0.04
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 0.24 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra013829 (FC2)
 0.33 0.28 0.31 0.28 0.46 0.43 0.3 0.31 0.35 0.32 0.32 0.31 0.31 0.49 0.53 0.37 0.34 1.0 0.72 0.38 0.31 0.35 0.38 0.3 0.29 0.25 0.26 0.25 0.29 0.26 0.29
0.03 0.02 0.03 0.0 0.09 0.19 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.06 0.06 0.07 0.05 1.0 0.42 0.03 0.03 0.05 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.0 0.01
0.06 0.08 0.07 0.04 0.16 0.19 0.11 0.13 0.12 0.11 0.09 0.13 0.15 0.29 0.33 0.19 0.16 1.0 0.53 0.17 0.15 0.14 0.04 0.07 0.05 0.06 0.07 0.03 0.07 0.04 0.06
Bra015637 (PGM)
 0.04 0.03 0.03 0.03 0.09 0.07 0.04 0.03 0.04 0.04 0.03 0.02 0.09 0.11 0.15 0.07 0.05 1.0 0.34 0.05 0.04 0.05 0.07 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01
0.05 0.06 0.07 0.07 0.08 0.05 0.1 0.06 0.11 0.16 0.12 0.13 0.17 0.08 0.11 0.18 0.21 1.0 0.26 0.13 0.1 0.12 0.08 0.08 0.08 0.06 0.06 0.03 0.02 0.04 0.05
0.02 0.01 0.02 0.01 0.13 0.1 0.02 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.07 0.08 0.14 0.11 0.08 1.0 0.27 0.08 0.05 0.05 0.02 0.01 0.01 0.0 0.01 0.01 0.0 0.01 0.01
Bra016448 (TMT1)
 0.21 0.21 0.22 0.17 0.42 0.21 0.13 0.17 0.15 0.18 0.15 0.15 0.23 0.3 0.31 0.24 0.17 1.0 0.49 0.17 0.15 0.16 0.34 0.17 0.16 0.17 0.17 0.26 0.19 0.22 0.17
0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 1.0 0.24 0.06 0.04 0.03 0.06 0.02 0.03 0.01 0.02 0.0 0.0 0.01 0.02
Bra017104 (Sgpp)
 0.03 0.02 0.02 0.02 0.06 0.08 0.04 0.01 0.03 0.03 0.03 0.03 0.04 0.08 0.08 0.05 0.03 1.0 0.21 0.02 0.03 0.03 0.06 0.07 0.06 0.06 0.06 0.08 0.04 0.02 0.01
Bra017200 (ADK)
 0.12 0.14 0.14 0.17 0.25 0.23 0.12 0.16 0.1 0.13 0.14 0.12 0.19 0.23 0.24 0.2 0.17 1.0 0.33 0.19 0.14 0.15 0.22 0.06 0.06 0.09 0.05 0.07 0.06 0.04 0.05
Bra018299 (MUG3)
 0.07 0.12 0.1 0.07 0.14 0.18 0.05 0.04 0.12 0.09 0.05 0.09 0.07 0.08 0.16 0.05 0.07 1.0 0.42 0.14 0.06 0.07 0.16 0.09 0.1 0.04 0.08 0.12 0.11 0.12 0.05
Bra019139 (GPP1)
 0.19 0.15 0.16 0.14 0.27 0.23 0.14 0.16 0.22 0.2 0.18 0.3 0.2 0.3 0.26 0.24 0.22 1.0 0.48 0.14 0.16 0.21 0.28 0.18 0.15 0.18 0.14 0.19 0.17 0.16 0.15
Bra020066 (HDG8)
 0.01 0.01 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 0.27 0.01 0.0 0.0 0.01 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra020088 (SPX1)
 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.01 0.01 1.0 0.27 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra020104 (MGD2)
 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 0.11 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra021665 (HVT1)
 0.12 0.11 0.1 0.09 0.17 0.21 0.15 0.16 0.16 0.16 0.15 0.14 0.17 0.23 0.22 0.22 0.18 1.0 0.48 0.21 0.17 0.16 0.23 0.13 0.13 0.09 0.11 0.12 0.11 0.09 0.11
Bra022244 (PAP17)
 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 1.0 0.27 0.02 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra022968 (SPT5-1)
 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.01 0.0 0.03 0.0 0.03 0.01 0.01 1.0 0.11 0.01 0.0 0.01 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01
Bra024565 (CAR8)
 0.01 0.01 0.01 0.0 0.04 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.05 1.0 0.34 0.03 0.02 0.02 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01
0.03 0.01 0.04 0.03 0.03 0.05 0.06 0.03 0.02 0.04 0.03 0.03 0.04 0.01 0.02 0.05 0.05 1.0 0.32 0.06 0.05 0.05 0.02 0.05 0.04 0.04 0.05 0.03 0.03 0.04 0.05
Bra026068 (GAPCP-2)
 0.03 0.06 0.07 0.03 0.13 0.07 0.04 0.03 0.04 0.04 0.05 0.03 0.12 0.07 0.09 0.06 0.09 1.0 0.37 0.07 0.07 0.04 0.26 0.08 0.09 0.06 0.06 0.06 0.07 0.06 0.09
0.09 0.12 0.1 0.1 0.14 0.11 0.08 0.06 0.09 0.13 0.07 0.11 0.05 0.1 0.12 0.1 0.08 1.0 0.37 0.08 0.06 0.11 0.25 0.07 0.06 0.07 0.05 0.08 0.1 0.06 0.04
Bra027197 (SPDT)
 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.02 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.07 0.18 0.15 0.04 0.0 1.0 0.19 0.01 0.01 0.01 0.03 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.01
0.15 0.17 0.13 0.13 0.26 0.29 0.19 0.17 0.19 0.2 0.18 0.2 0.17 0.22 0.32 0.27 0.26 1.0 0.33 0.17 0.18 0.23 0.21 0.13 0.14 0.13 0.14 0.13 0.11 0.12 0.11
0.02 0.02 0.02 0.01 0.05 0.04 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.05 0.07 1.0 0.39 0.06 0.04 0.02 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02
0.07 0.05 0.08 0.07 0.22 0.13 0.24 0.18 0.16 0.2 0.16 0.24 0.27 0.21 0.16 0.25 0.15 1.0 0.38 0.22 0.14 0.15 0.21 0.2 0.23 0.13 0.2 0.31 0.25 0.31 0.24
Bra029950 (CID10)
 0.06 0.06 0.09 0.03 0.2 0.14 0.06 0.06 0.17 0.15 0.14 0.13 0.11 0.2 0.19 0.17 0.17 1.0 0.59 0.17 0.13 0.09 0.03 0.09 0.09 0.06 0.04 0.07 0.06 0.07 0.09
Bra030945 (PPC1)
 0.16 0.18 0.12 0.12 0.32 0.21 0.09 0.1 0.16 0.16 0.13 0.16 0.13 0.21 0.23 0.16 0.12 1.0 0.31 0.12 0.12 0.13 0.26 0.12 0.12 0.11 0.12 0.15 0.14 0.17 0.14
Bra031002 (PEPC1)
 0.02 0.02 0.02 0.0 0.0 0.0 0.01 0.01 0.0 0.01 0.0 0.01 0.01 0.0 0.0 0.0 0.01 1.0 0.19 0.01 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
0.06 0.04 0.04 0.06 0.19 0.27 0.16 0.1 0.16 0.14 0.13 0.12 0.1 0.32 0.32 0.22 0.19 1.0 0.52 0.22 0.15 0.17 0.09 0.14 0.13 0.1 0.12 0.15 0.15 0.08 0.09
0.16 0.15 0.1 0.11 0.26 0.26 0.16 0.14 0.17 0.19 0.15 0.16 0.19 0.32 0.38 0.24 0.21 1.0 0.42 0.17 0.14 0.18 0.25 0.16 0.14 0.12 0.14 0.14 0.16 0.15 0.19
0.0 0.0 0.0 0.0 0.08 0.01 0.0 0.0 0.01 0.01 0.01 0.0 0.03 0.04 0.01 0.02 0.01 1.0 0.19 0.02 0.0 0.02 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
0.28 0.26 0.26 0.24 0.44 0.42 0.23 0.21 0.31 0.25 0.26 0.23 0.27 0.38 0.43 0.29 0.29 1.0 0.67 0.26 0.26 0.27 0.4 0.33 0.25 0.27 0.26 0.33 0.33 0.25 0.27
Bra033535 (AMSH3)
 0.11 0.02 0.02 0.05 0.07 0.21 0.08 0.09 0.05 0.06 0.08 0.01 0.05 0.02 0.04 0.1 0.15 1.0 0.55 0.1 0.09 0.03 0.01 0.0 0.01 0.0 0.0 0.02 0.01 0.01 0.01
0.01 0.02 0.0 0.0 0.02 0.02 0.0 0.0 0.01 0.0 0.01 0.0 0.01 0.01 0.05 0.0 0.0 1.0 0.29 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.0 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01
Bra034073 (PAH1)
 0.14 0.11 0.11 0.09 0.22 0.22 0.13 0.1 0.16 0.13 0.13 0.13 0.09 0.23 0.23 0.18 0.15 1.0 0.31 0.15 0.14 0.16 0.17 0.16 0.16 0.13 0.15 0.19 0.21 0.15 0.17
Bra034307 (PAP12)
 0.05 0.07 0.09 0.06 0.09 0.04 0.05 0.07 0.05 0.08 0.04 0.06 0.08 0.04 0.07 0.08 0.09 1.0 0.37 0.06 0.06 0.06 0.04 0.03 0.04 0.04 0.03 0.04 0.04 0.05 0.06
Bra035722 (APC2)
 0.12 0.1 0.12 0.09 0.33 0.27 0.13 0.12 0.18 0.22 0.18 0.18 0.18 0.25 0.28 0.28 0.25 1.0 0.45 0.22 0.16 0.19 0.18 0.19 0.19 0.15 0.18 0.21 0.2 0.25 0.23
0.01 0.0 0.02 0.0 0.07 0.13 0.08 0.03 0.07 0.07 0.04 0.06 0.05 0.1 0.12 0.05 0.08 1.0 0.41 0.14 0.09 0.08 0.27 0.13 0.1 0.05 0.08 0.13 0.19 0.07 0.06
Bra035967 (GDPD3)
 0.0 0.01 0.0 0.0 0.01 0.01 0.01 0.0 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 1.0 0.12 0.01 0.0 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02
Bra036978 (ITPK2)
 0.1 0.05 0.05 0.11 0.24 0.33 0.06 0.04 0.13 0.05 0.15 0.08 0.07 0.09 0.07 0.09 0.07 1.0 0.65 0.06 0.13 0.06 0.12 0.18 0.12 0.07 0.07 0.16 0.18 0.06 0.06
Bra037192 (IBS2)
 0.1 0.11 0.1 0.09 0.25 0.2 0.1 0.07 0.04 0.08 0.09 0.04 0.1 0.14 0.21 0.11 0.07 1.0 0.37 0.08 0.06 0.05 0.13 0.08 0.1 0.09 0.04 0.09 0.06 0.05 0.06
Bra037791 (UMAMIT21)
 0.07 0.05 0.09 0.05 0.3 0.21 0.07 0.08 0.12 0.07 0.07 0.11 0.18 0.18 0.18 0.18 0.16 1.0 0.43 0.12 0.14 0.12 0.18 0.2 0.2 0.17 0.2 0.23 0.13 0.17 0.18
0.09 0.09 0.09 0.08 0.17 0.16 0.07 0.04 0.09 0.06 0.05 0.08 0.06 0.13 0.13 0.1 0.09 1.0 0.42 0.13 0.1 0.09 0.04 0.06 0.06 0.07 0.03 0.08 0.09 0.05 0.05
Bra039305 (PUB33)
 0.1 0.11 0.18 0.07 0.21 0.27 0.09 0.07 0.1 0.09 0.08 0.09 0.05 0.24 0.32 0.13 0.12 1.0 0.49 0.12 0.09 0.11 0.29 0.08 0.08 0.08 0.07 0.08 0.12 0.08 0.06
Bra040704 (SRG3)
 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.01 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.01 0.01 1.0 0.31 0.02 0.0 0.0 0.01 0.0 0.01 0.01 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0

Details

Expression values normalized per gene (using the maximum value, Green cells indicate low expression and red high. (Dark gray cells indicate missing values)