1. Home
  2. Tools
  3. Expression Heatmap
  4. Results

Heatmap: Cluster_264 (Brassica rapa (Bra) Coexpression Clusters (HCCA Algorithm))

View as: (view raw or zlog-transformed)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Values are normalized against highest expression of the row)

 Transpose table  Download table
Gene
Light: 268 uE m-2 s-1
Light: 202.5 uE m-2 s-1 (Control)
Light: 135 uE m-2 s-1
Light: 67.5 uE m-2 s-1
Photoperiod: L24
Photoperiod: L20D4 (Control)
Photoperiod: L12D12
Photoperiod: L8D16
RBW: 4:1:1 (Control)
RBW: 4:1:0
RBW: 3:1:1
RBW: 3:1:0
Nitrogen: 0%
Nitrogen: 25%
Nitrogen: 50%
Nitrogen: 100% (Control)
Nitrogen: 150%
Phosphorous: 0%
Phosphorous: 25%
Phosphorous: 50%
Phosphorous: 100% (Control)
Phosphorous: 150%
Potassium: 0%
Potassium: 25%
Potassium: 50%
Potassium: 100% (Control)
Potassium: 150%
Temperature: 20°C
Temperature: 25°C (Control)
Temperature: 30°C
Temperature: 35°C
Bra000100 (GBPL2)
 0.7 0.82 1.0 0.73 0.71 0.62 0.47 0.43 0.48 0.45 0.44 0.43 0.49 0.61 0.55 0.54 0.52 0.45 0.45 0.42 0.38 0.43 0.69 0.54 0.45 0.37 0.57 0.44 0.51 0.48 0.44
Bra000236 (ABCA1)
 1.0 0.88 0.56 0.37 0.29 0.32 0.14 0.1 0.16 0.16 0.17 0.15 0.14 0.23 0.25 0.17 0.15 0.14 0.18 0.17 0.16 0.18 0.29 0.14 0.18 0.17 0.19 0.21 0.26 0.2 0.17
Bra000813 (WIP2)
 0.78 0.72 1.0 0.41 0.03 0.0 0.0 0.01 0.01 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.01 0.08 0.0 0.0 0.02 0.01 0.01 0.0 0.14 0.02
Bra002566 (TRP1)
 0.74 0.91 0.94 1.0 0.51 0.57 0.29 0.26 0.39 0.33 0.39 0.37 0.24 0.34 0.56 0.38 0.41 0.24 0.31 0.32 0.3 0.35 0.56 0.29 0.3 0.45 0.32 0.35 0.4 0.34 0.34
Bra002856 (DDR1)
 0.9 1.0 0.9 0.44 0.17 0.2 0.07 0.09 0.2 0.08 0.17 0.12 0.05 0.13 0.12 0.05 0.06 0.14 0.13 0.06 0.06 0.05 0.36 0.08 0.15 0.08 0.09 0.1 0.23 0.2 0.12
1.0 0.89 0.54 0.68 0.42 0.32 0.07 0.13 0.14 0.15 0.11 0.13 0.16 0.27 0.13 0.17 0.18 0.17 0.28 0.1 0.19 0.19 0.09 0.19 0.13 0.41 0.16 0.25 0.2 0.22 0.17
Bra003883 (HRE1)
 0.52 1.0 0.58 0.42 0.13 0.15 0.05 0.04 0.07 0.04 0.07 0.14 0.08 0.1 0.05 0.06 0.05 0.03 0.03 0.05 0.05 0.07 0.33 0.05 0.05 0.1 0.04 0.13 0.06 0.07 0.01
Bra005207 (PDR5)
 0.36 0.55 1.0 0.4 0.35 0.27 0.13 0.09 0.15 0.25 0.18 0.17 0.14 0.56 0.47 0.23 0.23 0.13 0.25 0.19 0.2 0.2 0.25 0.17 0.18 0.21 0.18 0.15 0.23 0.23 0.24
Bra008936 (KEA6)
 0.91 1.0 0.8 0.68 0.49 0.49 0.43 0.49 0.38 0.51 0.49 0.39 0.44 0.53 0.5 0.44 0.4 0.52 0.42 0.48 0.36 0.49 0.47 0.53 0.49 0.58 0.48 0.51 0.53 0.46 0.4
Bra009303 (PATROL1)
 1.0 0.84 0.73 0.75 0.45 0.37 0.31 0.34 0.4 0.36 0.37 0.38 0.34 0.46 0.44 0.29 0.31 0.31 0.35 0.27 0.29 0.29 0.28 0.32 0.35 0.41 0.35 0.44 0.43 0.41 0.38
1.0 0.93 0.6 0.52 0.15 0.29 0.21 0.23 0.46 0.37 0.46 0.37 0.55 0.33 0.27 0.21 0.24 0.31 0.39 0.3 0.31 0.32 0.38 0.39 0.44 0.49 0.57 0.27 0.54 0.49 0.63
0.79 1.0 0.82 0.5 0.65 0.28 0.04 0.06 0.09 0.14 0.1 0.11 0.05 0.21 0.23 0.11 0.09 0.08 0.15 0.12 0.1 0.12 0.11 0.07 0.08 0.05 0.09 0.16 0.16 0.35 0.28
1.0 0.49 0.27 0.13 0.14 0.06 0.09 0.14 0.09 0.08 0.14 0.17 0.18 0.03 0.04 0.03 0.05 0.06 0.03 0.06 0.08 0.06 0.13 0.09 0.16 0.16 0.11 0.22 0.4 0.13 0.14
0.96 1.0 0.79 0.64 0.59 0.51 0.31 0.39 0.37 0.42 0.42 0.41 0.37 0.47 0.48 0.36 0.38 0.45 0.36 0.33 0.35 0.4 0.36 0.25 0.29 0.31 0.27 0.35 0.34 0.38 0.33
Bra011688 (AUXILIN-LIKE4)
 0.63 0.85 1.0 0.65 0.52 0.48 0.18 0.19 0.25 0.3 0.32 0.24 0.29 0.35 0.44 0.3 0.26 0.34 0.27 0.27 0.22 0.31 0.6 0.3 0.28 0.23 0.24 0.28 0.31 0.29 0.25
0.58 1.0 0.72 0.43 0.39 0.34 0.06 0.05 0.07 0.07 0.07 0.04 0.05 0.15 0.22 0.08 0.13 0.07 0.03 0.03 0.04 0.09 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra011772 (LBD39)
 0.45 1.0 0.94 0.57 0.0 0.0 0.01 0.08 0.01 0.04 0.02 0.03 0.07 0.0 0.0 0.02 0.04 0.14 0.01 0.02 0.01 0.06 0.07 0.01 0.02 0.09 0.04 0.0 0.01 0.44 0.16
Bra012183 (RL5)
 0.64 1.0 0.56 0.53 0.04 0.06 0.06 0.06 0.05 0.05 0.05 0.06 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.0 0.01 0.04 0.06 0.05 0.0 0.03 0.06 0.11 0.06 0.05 0.08 0.05 0.02
Bra012256 (ESC)
 0.54 1.0 0.79 0.38 0.01 0.0 0.01 0.0 0.01 0.0 0.02 0.0 0.04 0.0 0.0 0.02 0.01 0.07 0.0 0.01 0.05 0.02 0.08 0.01 0.03 0.04 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02
Bra012472 (PML4)
 0.91 1.0 0.71 0.5 0.18 0.38 0.03 0.03 0.04 0.04 0.09 0.06 0.06 0.07 0.13 0.08 0.04 0.03 0.09 0.03 0.18 0.07 0.18 0.08 0.11 0.11 0.11 0.16 0.23 0.11 0.04
0.86 1.0 0.68 0.57 0.32 0.48 0.25 0.18 0.2 0.23 0.24 0.2 0.21 0.31 0.32 0.2 0.18 0.18 0.22 0.32 0.3 0.25 0.07 0.27 0.24 0.56 0.25 0.21 0.32 0.26 0.22
0.42 1.0 0.7 0.46 0.12 0.18 0.03 0.04 0.06 0.13 0.05 0.15 0.03 0.07 0.09 0.08 0.1 0.03 0.04 0.04 0.06 0.17 0.12 0.11 0.1 0.08 0.11 0.09 0.12 0.13 0.09
Bra014461 (CYP76C4)
 0.71 0.92 1.0 0.82 0.22 0.22 0.02 0.02 0.02 0.14 0.03 0.1 0.05 0.13 0.24 0.03 0.03 0.27 0.05 0.03 0.01 0.2 0.34 0.01 0.01 0.0 0.0 0.01 0.01 0.0 0.0
1.0 0.68 0.78 0.37 0.58 0.32 0.08 0.08 0.25 0.15 0.18 0.23 0.09 0.18 0.26 0.16 0.11 0.31 0.26 0.18 0.11 0.14 0.07 0.17 0.16 0.25 0.18 0.25 0.23 0.49 0.45
0.96 1.0 0.8 0.66 0.77 0.52 0.28 0.29 0.32 0.36 0.27 0.3 0.29 0.47 0.5 0.29 0.25 0.35 0.36 0.33 0.23 0.33 0.57 0.28 0.27 0.4 0.25 0.53 0.43 0.42 0.35
Bra016320 (ARL1)
 0.98 1.0 0.86 0.6 0.21 0.17 0.1 0.14 0.13 0.17 0.17 0.13 0.08 0.11 0.06 0.09 0.09 0.12 0.08 0.12 0.02 0.15 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
0.57 0.85 1.0 0.59 0.5 0.43 0.25 0.33 0.3 0.25 0.31 0.3 0.33 0.46 0.56 0.31 0.22 0.41 0.27 0.29 0.31 0.35 0.35 0.36 0.31 0.39 0.3 0.32 0.38 0.32 0.4
Bra019252 (ATL82)
 0.34 1.0 0.6 0.34 0.27 0.17 0.03 0.08 0.04 0.06 0.08 0.1 0.05 0.07 0.15 0.04 0.07 0.14 0.07 0.08 0.06 0.07 0.1 0.03 0.09 0.33 0.07 0.08 0.15 0.13 0.13
Bra020013 (HY8)
 0.8 1.0 0.49 0.32 0.14 0.12 0.05 0.06 0.08 0.09 0.09 0.09 0.09 0.13 0.11 0.07 0.07 0.12 0.08 0.08 0.05 0.06 0.08 0.08 0.09 0.12 0.09 0.14 0.14 0.13 0.11
1.0 0.74 0.57 0.61 0.32 0.21 0.04 0.09 0.03 0.05 0.11 0.05 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.09 0.05 0.02 0.1 0.06 0.02 0.0 0.01 0.1 0.01 0.07 0.04 0.03 0.01
Bra020895 (SPHK2)
 0.46 0.68 1.0 0.39 0.54 0.48 0.27 0.2 0.36 0.27 0.25 0.31 0.18 0.54 0.54 0.34 0.32 0.23 0.32 0.24 0.28 0.29 0.52 0.28 0.27 0.25 0.24 0.27 0.37 0.39 0.3
Bra022468 (STP4)
 0.46 1.0 0.51 0.65 0.24 0.07 0.02 0.02 0.04 0.07 0.04 0.06 0.01 0.03 0.05 0.04 0.03 0.04 0.03 0.02 0.02 0.02 0.08 0.02 0.02 0.2 0.02 0.06 0.06 0.16 0.03
Bra024562 (AST91)
 0.97 1.0 0.87 0.43 0.37 0.19 0.13 0.11 0.26 0.27 0.31 0.22 0.23 0.13 0.11 0.2 0.15 0.13 0.3 0.44 0.41 0.32 0.45 0.32 0.36 0.22 0.38 0.44 0.54 0.45 0.41
Bra025083 (CYP707A3)
 0.55 1.0 0.78 0.5 0.0 0.11 0.2 0.0 0.0 0.0 0.0 0.09 0.08 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.03 0.0 0.07 0.0 0.33 0.0 0.0 0.05 0.0 0.0 0.16 0.2 0.0
Bra026044 (SAUR41)
 0.49 1.0 0.69 0.24 0.19 0.18 0.02 0.06 0.09 0.03 0.04 0.04 0.05 0.24 0.39 0.03 0.05 0.28 0.17 0.04 0.06 0.07 0.03 0.08 0.04 0.1 0.1 0.12 0.17 0.07 0.07
1.0 0.79 0.38 0.11 0.05 0.11 0.03 0.0 0.03 0.0 0.0 0.0 0.03 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.03 0.08 0.25 0.1 0.0 0.05 0.05 0.1 0.16 0.19 0.0
0.46 1.0 0.56 0.5 0.5 0.1 0.3 0.11 0.07 0.05 0.15 0.0 0.02 0.0 0.08 0.06 0.1 0.02 0.05 0.0 0.0 0.05 0.41 0.08 0.15 0.25 0.06 0.08 0.2 0.2 0.21
Bra027405 (CYP90D1)
 0.58 1.0 0.88 0.47 0.25 0.3 0.11 0.09 0.05 0.12 0.12 0.14 0.11 0.14 0.19 0.1 0.18 0.11 0.11 0.1 0.16 0.15 0.05 0.09 0.16 0.13 0.11 0.16 0.12 0.23 0.19
0.46 1.0 0.62 0.47 0.2 0.24 0.06 0.08 0.1 0.08 0.1 0.09 0.13 0.19 0.19 0.11 0.13 0.15 0.1 0.12 0.06 0.08 0.06 0.07 0.09 0.2 0.09 0.07 0.12 0.12 0.11
Bra029666 (COL9)
 0.9 1.0 0.83 0.85 0.58 0.36 0.09 0.04 0.09 0.22 0.14 0.11 0.12 0.16 0.28 0.21 0.2 0.12 0.13 0.14 0.16 0.21 0.24 0.07 0.1 0.12 0.1 0.1 0.09 0.11 0.12
Bra030238 (HB6)
 0.62 0.63 1.0 0.5 0.51 0.25 0.11 0.13 0.25 0.15 0.16 0.17 0.1 0.29 0.29 0.11 0.12 0.11 0.16 0.19 0.13 0.18 0.17 0.13 0.13 0.18 0.12 0.17 0.21 0.3 0.16
0.1 1.0 0.54 0.21 0.11 0.07 0.0 0.02 0.01 0.01 0.03 0.04 0.02 0.08 0.21 0.01 0.02 0.1 0.02 0.01 0.01 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
0.81 1.0 0.95 0.55 0.73 0.34 0.06 0.09 0.23 0.18 0.18 0.16 0.04 0.24 0.38 0.08 0.09 0.2 0.13 0.19 0.13 0.18 0.44 0.11 0.11 0.1 0.11 0.14 0.28 0.29 0.2
Bra031977 (CAT4)
 0.86 0.56 1.0 0.53 0.78 0.28 0.06 0.1 0.16 0.11 0.13 0.13 0.17 0.24 0.28 0.08 0.09 0.06 0.08 0.1 0.11 0.09 0.41 0.11 0.07 0.07 0.1 0.23 0.22 0.24 0.31
0.66 0.96 1.0 0.44 0.23 0.08 0.01 0.02 0.08 0.07 0.05 0.05 0.03 0.03 0.13 0.05 0.05 0.08 0.05 0.04 0.03 0.04 0.06 0.02 0.02 0.09 0.03 0.03 0.05 0.3 0.26
Bra034156 (AZG1)
 0.77 1.0 0.84 0.5 0.97 0.32 0.03 0.02 0.14 0.06 0.05 0.12 0.03 0.24 0.34 0.07 0.05 0.03 0.07 0.03 0.02 0.05 0.24 0.07 0.05 0.13 0.05 0.16 0.22 0.32 0.05
Bra034713 (NAC1L)
 0.71 1.0 0.81 0.17 0.21 0.18 0.01 0.01 0.05 0.04 0.11 0.06 0.02 0.04 0.14 0.02 0.01 0.07 0.03 0.05 0.03 0.09 0.06 0.03 0.02 0.01 0.04 0.06 0.08 0.11 0.02
Bra035554 (VTC5)
 0.49 1.0 0.98 0.47 0.59 0.44 0.17 0.16 0.12 0.13 0.08 0.12 0.14 0.16 0.2 0.24 0.06 0.35 0.15 0.14 0.07 0.17 0.46 0.12 0.13 0.05 0.1 0.09 0.11 0.14 0.17
0.99 1.0 0.65 0.74 0.09 0.21 0.17 0.22 0.25 0.25 0.32 0.29 0.32 0.23 0.21 0.16 0.25 0.23 0.26 0.29 0.26 0.23 0.22 0.29 0.32 0.38 0.31 0.23 0.38 0.34 0.43
0.89 0.86 0.98 1.0 0.65 0.39 0.15 0.2 0.32 0.32 0.33 0.35 0.28 0.33 0.36 0.28 0.28 0.4 0.33 0.3 0.31 0.24 0.56 0.25 0.24 0.35 0.26 0.34 0.29 0.36 0.28
Bra039006 (ACO1)
 1.0 0.84 0.41 0.32 0.04 0.03 0.11 0.24 0.11 0.18 0.11 0.09 0.08 0.08 0.05 0.09 0.07 0.19 0.11 0.2 0.17 0.07 0.18 0.11 0.07 0.13 0.09 0.07 0.09 0.15 0.08

Details

Expression values normalized per gene (using the maximum value, Green cells indicate low expression and red high. (Dark gray cells indicate missing values)