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Heatmap: Cluster_260 (Brassica rapa (Bra) Coexpression Clusters (HCCA Algorithm))

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(Values are log2 transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

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Gene
Light: 268 uE m-2 s-1
Light: 202.5 uE m-2 s-1 (Control)
Light: 135 uE m-2 s-1
Light: 67.5 uE m-2 s-1
Photoperiod: L24
Photoperiod: L20D4 (Control)
Photoperiod: L12D12
Photoperiod: L8D16
RBW: 4:1:1 (Control)
RBW: 4:1:0
RBW: 3:1:1
RBW: 3:1:0
Nitrogen: 0%
Nitrogen: 25%
Nitrogen: 50%
Nitrogen: 100% (Control)
Nitrogen: 150%
Phosphorous: 0%
Phosphorous: 25%
Phosphorous: 50%
Phosphorous: 100% (Control)
Phosphorous: 150%
Potassium: 0%
Potassium: 25%
Potassium: 50%
Potassium: 100% (Control)
Potassium: 150%
Temperature: 20°C
Temperature: 25°C (Control)
Temperature: 30°C
Temperature: 35°C
Bra000654 (SAH7)
 -0.53 -0.78 -0.63 -0.84 -0.05 -0.15 -0.54 -0.35 0.33 0.56 0.47 0.2 0.18 0.68 0.51 0.18 0.22 0.69 0.51 0.59 -0.0 0.14 -0.93 -0.08 0.02 -0.23 -0.19 -0.48 -0.47 -0.79 -0.76
0.13 0.3 -0.03 0.25 0.56 0.17 -0.17 -0.17 0.52 0.44 0.16 0.34 0.25 0.5 0.23 0.37 0.3 0.43 -0.15 0.3 0.37 0.13 -0.81 -1.12 -0.85 -1.2 -0.91 -0.81 -0.86 -0.81 -0.84
Bra001636 (RALF23)
 -0.5 -0.47 -0.75 0.2 0.16 0.06 -0.38 -0.8 -0.05 0.24 0.03 0.04 -0.17 0.9 0.46 0.08 0.19 -0.07 0.15 0.34 0.46 0.34 0.05 -0.31 -0.22 0.77 -0.25 -0.3 -0.27 -0.92 -1.2
Bra001642 (PGF5)
 -0.5 -0.64 -0.21 0.08 0.62 -0.01 -0.01 0.22 0.27 0.51 0.54 0.43 -0.27 0.78 0.35 0.33 0.33 0.23 0.41 0.65 0.39 0.24 -1.73 -0.7 -0.67 -0.42 -0.54 -0.89 -0.9 -1.3 -1.96
-0.67 -1.12 -0.81 -0.59 0.44 0.17 -0.04 -0.04 -0.1 0.18 -0.01 -0.27 0.13 0.42 0.33 0.52 0.28 0.31 0.34 -0.01 -0.21 0.15 0.35 -0.19 -0.25 -0.44 -0.1 0.2 0.14 -0.25 -0.32
-0.29 -0.22 -0.06 -0.42 -0.09 -0.33 -0.01 0.17 0.08 0.17 0.12 0.37 0.37 0.03 0.25 0.46 0.43 0.21 0.3 0.45 0.25 0.19 -0.78 0.01 -0.03 -0.82 0.03 -0.73 -0.66 -0.75 -0.16
-0.93 -1.05 -0.63 0.42 0.33 0.11 0.01 -0.38 0.43 0.34 -0.01 -0.29 0.37 0.71 0.85 0.8 0.45 0.32 0.11 0.47 -0.01 -0.09 -1.08 -0.17 0.07 -0.01 -0.47 -0.63 -0.77 -1.61 -1.79
Bra005136 (AUX1)
 -0.39 -0.12 0.42 -0.07 0.76 0.31 -0.6 -0.35 0.57 0.31 0.52 0.45 -0.53 0.28 0.53 0.06 0.13 0.01 -0.61 0.36 0.34 0.15 -0.82 -0.59 -0.5 -0.56 -0.43 -0.41 -0.13 -0.56 -0.7
Bra006136 (COG8)
 -0.41 -0.26 -0.06 -1.47 -0.05 -0.42 -0.65 -0.55 0.16 0.06 -0.11 -0.06 -0.13 0.86 1.17 0.62 0.04 0.27 0.39 0.09 -0.45 0.12 -0.19 0.16 0.25 -0.46 0.1 -0.46 -0.39 -0.46 -0.23
Bra006247 (CXE16)
 -0.99 -0.4 -0.09 -0.03 -0.14 -0.15 -0.25 -0.05 -0.25 0.22 0.06 0.03 0.12 0.53 0.65 0.49 0.3 0.37 0.11 0.57 0.08 0.27 -0.13 -0.66 -0.58 0.3 -0.36 -0.63 -0.36 -0.3 -0.29
Bra006551 (HHP1)
 -1.14 -1.94 -0.7 -0.68 0.58 -0.15 -0.11 0.15 0.03 -0.04 -0.36 0.04 0.37 1.12 0.45 0.43 0.49 0.72 -0.18 -0.39 -0.16 -0.33 -1.1 -0.2 -0.14 0.56 -0.21 -0.07 -0.2 -0.17 -0.09
0.07 -1.22 -1.26 -0.15 -0.61 -0.43 0.06 0.26 0.33 0.21 0.54 0.22 0.17 0.72 0.53 0.19 0.52 -0.04 0.39 0.23 0.59 0.46 -1.5 -0.57 -0.31 -0.49 -0.22 -0.75 -0.12 -0.69 -0.19
-2.57 -1.96 -2.26 -5.14 0.27 0.19 -0.54 -0.41 0.49 0.37 0.49 0.5 0.6 1.44 0.98 0.84 -0.32 1.7 0.71 0.53 0.08 0.61 -1.14 -1.33 -0.84 -0.7 -1.46 -1.44 -1.44 -4.4 -2.86
-0.58 -0.73 -1.0 -0.72 0.72 0.19 0.0 0.09 -0.01 0.04 -0.05 -0.12 0.44 0.37 0.7 0.1 0.02 0.19 0.03 0.05 -0.08 0.03 0.58 -0.19 -0.2 -0.73 -0.16 -0.1 -0.3 -0.04 -0.19
Bra009667 (TCP7)
 -0.47 -0.43 -0.62 -0.52 0.15 -0.3 -0.3 0.04 0.22 0.25 0.38 0.17 0.49 0.54 0.35 0.37 0.14 0.44 0.19 0.16 0.27 0.09 -1.55 -0.23 -0.08 0.22 0.02 -0.57 -0.4 -0.48 -0.35
-2.32 -4.42 -1.56 -2.09 -0.58 -0.99 0.24 0.15 0.69 0.76 0.27 0.93 0.51 1.37 1.39 0.46 0.89 0.04 0.71 1.11 1.32 -0.39 -2.18 - -1.68 -1.61 - -0.94 -1.65 -1.94 -1.37
Bra011049 (TYDC)
 -2.14 -3.91 -2.48 -2.44 0.94 0.34 0.2 -1.03 -0.1 0.44 0.66 1.07 -0.59 0.81 0.68 1.37 0.41 -0.87 0.11 0.66 0.45 0.23 -2.03 -0.03 -0.05 -0.65 -0.2 -0.87 -0.86 -1.19 -0.69
Bra011470 (G7)
 -0.8 -1.2 -1.06 -0.4 1.12 0.04 0.29 -0.08 0.66 0.86 0.74 0.32 -0.25 0.82 0.53 0.46 0.54 -1.72 0.1 0.37 0.09 -0.1 -3.27 -0.3 -0.24 0.07 -0.57 -0.31 -0.8 -1.32 -2.05
Bra011538 (CAP1)
 -0.3 -0.38 -0.47 -0.25 0.25 0.25 0.26 0.11 -0.38 0.12 -0.0 -0.23 0.45 0.11 0.25 0.56 0.49 -0.04 -0.07 0.35 0.23 0.2 -0.67 -0.34 -0.24 -0.41 -0.11 -0.47 -0.52 -0.04 0.14
-1.35 -0.99 -1.24 -1.75 0.29 0.18 0.01 0.3 0.02 0.77 0.05 -0.04 0.99 0.69 0.63 0.59 0.02 1.42 0.26 0.07 -0.15 0.6 -0.95 -0.56 -0.85 -0.8 -1.25 -0.59 -0.78 -0.9 -0.94
Bra011829 (TRAPPC12)
 -0.85 -0.94 0.37 -0.79 -0.09 -0.23 0.33 0.02 0.75 0.89 0.53 0.85 0.53 1.15 1.15 0.61 0.72 -0.28 0.85 0.93 1.01 0.62 - - - - -4.05 - -5.69 - -
Bra012794 (BIA1)
 -5.57 -3.75 -5.22 -5.23 -1.25 -0.69 -1.63 -0.61 0.92 1.46 1.35 0.41 1.02 1.55 1.25 0.47 0.57 1.22 0.95 0.47 0.21 1.08 -0.21 -4.48 -4.61 -5.62 -3.52 -5.05 -3.32 -6.9 -6.79
Bra013556 (ATML1)
 -0.62 -0.25 0.01 -0.8 0.15 0.33 0.22 0.44 0.38 0.3 0.57 0.36 0.03 0.19 0.28 0.44 0.54 0.75 0.43 0.6 0.16 0.34 -1.53 -0.86 -0.94 -0.68 -0.95 -0.76 -0.5 -1.17 -1.66
-0.55 -1.16 -1.46 -1.79 -0.88 -0.41 0.5 0.09 0.82 1.04 0.89 0.34 0.32 0.93 1.33 0.36 0.58 0.06 0.91 0.83 -0.04 0.43 -1.63 -1.07 -0.93 -1.72 -1.33 -2.7 -2.18 -1.44 -1.83
Bra015457 (ELP)
 -0.35 -0.11 0.15 -0.14 0.31 -0.26 -0.35 -0.2 0.42 0.57 0.42 0.45 -0.29 0.47 0.58 0.51 0.38 0.64 0.39 0.22 -0.03 -0.02 -1.54 -0.54 -0.5 -0.39 -0.6 -0.51 -0.84 -0.78 -0.77
-2.32 -4.42 -1.56 -2.09 -0.58 -0.99 0.24 0.15 0.69 0.76 0.27 0.93 0.51 1.37 1.39 0.46 0.89 0.04 0.71 1.11 1.32 -0.39 -2.18 - -1.68 -1.61 - -0.94 -1.65 -1.94 -1.37
Bra017439 (PICALM1a)
 -0.56 -0.36 -0.02 -0.08 -0.1 0.12 -0.03 0.11 -0.09 -0.35 0.15 -0.1 0.58 0.7 0.97 0.65 0.37 0.21 0.06 0.28 0.07 -0.0 0.1 -0.66 -0.61 -0.02 -0.69 -0.8 -0.62 -0.88 -0.6
-1.47 -0.55 -1.05 -1.14 -0.21 0.79 -0.02 -0.69 0.33 0.33 0.23 -0.11 0.05 0.91 0.95 0.69 -0.0 0.27 0.15 0.83 0.12 0.39 0.13 -0.35 -0.71 -0.53 -0.75 -0.7 -0.5 -0.72 -0.88
-0.76 -1.01 -0.67 -0.82 0.33 0.33 -0.29 0.06 -0.18 -0.04 -0.55 -0.39 0.07 0.51 0.6 0.45 0.12 0.31 0.43 0.21 -0.16 -0.01 0.57 -0.13 -0.0 -0.51 -0.2 0.15 0.14 -0.38 0.04
-0.74 -0.35 -0.44 -0.82 0.39 0.36 0.22 0.21 -0.05 0.16 -0.09 0.11 0.46 0.35 0.25 0.23 0.32 0.69 0.38 0.14 -0.06 0.32 -0.04 -0.38 -0.62 -0.76 -0.2 -0.67 -0.55 -0.38 -0.22
Bra021925 (ABR)
 - -2.7 -5.07 - 1.14 0.34 -1.35 -2.54 -0.02 -0.7 -0.99 0.32 1.08 1.15 1.02 0.37 0.17 1.13 1.05 0.77 0.24 -0.35 1.46 -0.93 -0.45 -2.4 -0.44 -1.68 -0.35 -1.28 -1.8
Bra022182 (PGF5)
 -1.36 -1.38 -0.82 -0.36 0.55 -0.14 -0.2 -0.09 0.04 0.4 0.25 0.06 0.25 0.84 0.57 0.55 0.47 0.55 0.26 0.54 0.29 0.11 -0.68 -0.81 -0.49 0.12 -0.41 -0.49 -0.55 -0.43 -0.95
Bra022515 (DSA1)
 -0.18 -0.2 -0.18 -0.7 0.39 -0.17 0.34 0.21 -0.08 0.13 0.04 -0.04 0.44 0.19 0.25 0.51 0.48 0.33 0.02 0.26 0.15 0.3 -1.4 -0.23 -0.22 -0.42 -0.19 -0.58 -0.58 -0.32 -0.14
-0.35 -0.51 -0.92 -0.64 0.31 0.47 0.38 0.4 0.77 0.85 0.75 0.6 0.06 0.15 -0.14 0.22 0.24 0.39 0.81 0.61 0.23 0.44 -0.05 -1.16 -1.42 -2.54 -1.7 -0.98 -1.37 -1.31 -1.73
Bra023386 (CALS3)
 -0.42 -0.8 -0.59 -0.56 0.76 0.41 0.05 0.18 0.04 0.36 0.18 0.05 0.61 0.44 0.49 0.49 0.52 0.6 0.33 0.25 -0.06 0.02 -0.72 -0.68 -0.67 -0.62 -0.76 -0.45 -0.83 -1.08 -0.45
Bra023993 (CSLC5)
 -0.97 -0.51 0.32 -1.21 0.49 -0.16 -0.27 -0.27 -0.15 -0.21 0.29 0.04 0.48 0.82 0.32 0.62 0.1 0.86 0.45 0.33 0.37 0.04 -0.31 -0.25 -0.17 -0.34 -0.48 -0.36 -0.8 -1.12 -0.98
Bra024734 (LLR1)
 -0.21 -0.19 -0.22 -0.1 0.48 0.3 0.21 0.1 -0.24 -0.09 -0.08 -0.22 0.47 0.3 0.42 0.29 0.34 0.56 0.01 -0.02 -0.04 -0.06 -0.59 -0.33 -0.3 0.15 -0.32 -0.32 -0.35 -0.49 -0.49
Bra025124 (SKU6)
 -0.89 -1.14 -1.01 -0.99 0.01 -0.24 -0.54 -0.48 0.24 0.48 0.4 0.07 0.66 0.69 0.85 0.49 0.05 0.75 0.07 0.44 0.45 0.54 -0.08 -0.26 -0.28 -0.63 -0.27 -0.58 -0.56 -0.98 -0.95
-0.67 -0.71 -1.01 -0.53 1.01 0.43 0.23 0.22 -0.29 0.13 0.03 -0.17 0.47 1.11 0.44 0.41 0.57 0.71 -0.02 -0.13 -0.04 -0.27 -1.51 -0.83 -0.48 -0.24 -0.57 -0.2 -0.46 -0.86 -0.51
-0.25 -0.37 -0.38 -0.09 0.18 0.32 0.41 0.3 -0.45 -0.22 -0.44 -0.45 0.09 0.73 0.73 0.56 0.33 -0.37 -0.01 0.28 0.14 0.0 -0.22 -0.13 -0.15 -0.06 -0.21 -0.29 -0.3 -0.54 -0.63
-0.87 -1.32 -1.04 0.24 0.76 0.62 -0.1 0.02 0.44 0.23 0.35 -0.24 -0.25 1.25 0.86 0.94 0.74 -0.22 0.86 0.74 0.72 0.55 -2.14 -1.61 -1.45 -2.26 -2.48 -1.4 -1.25 -3.16 -1.89
-3.45 -1.52 -1.11 -1.59 -0.93 -1.86 -1.06 -1.57 -0.03 0.68 0.38 0.32 0.87 1.7 1.27 0.6 0.43 1.53 0.08 0.77 0.34 -0.13 0.06 -0.02 -0.63 -0.44 -1.25 -0.75 -2.23 -4.42 -2.57
Bra032521 (SHY2)
 -1.5 -1.73 -0.65 0.54 -0.31 0.08 0.04 0.02 0.03 0.21 0.18 -0.17 0.21 1.06 0.87 0.43 0.39 0.4 0.23 0.41 0.2 -0.1 -1.18 -0.78 -0.5 1.22 -0.8 -0.79 -0.76 -1.25 -1.67
-0.66 -0.96 -1.1 -1.31 0.14 0.65 -0.11 -0.12 0.59 0.33 0.22 -0.52 0.25 0.57 0.5 0.8 0.48 0.16 0.73 0.95 0.08 0.33 -0.09 -0.66 -0.83 -1.25 -0.82 -0.69 -0.5 -0.95 -0.67
-0.18 -0.44 -0.33 -0.14 0.36 -0.32 -0.28 -0.26 1.05 0.76 0.84 0.45 0.18 0.64 0.27 0.22 0.11 -0.14 0.15 0.79 0.47 0.4 -2.66 -1.15 -1.13 -0.96 -1.03 -0.88 -0.34 -0.91 -1.09
Bra033083 (PME31)
 -0.64 -0.04 0.55 -1.25 -0.09 -0.56 -0.48 -1.17 0.13 0.19 0.52 -0.05 -0.57 1.06 1.28 0.62 -0.12 0.39 0.91 0.51 -0.03 0.28 -1.01 -0.63 -0.53 0.51 -0.69 -0.87 -1.11 -1.14 -1.84
-0.86 -0.29 0.01 -0.56 0.53 0.47 -0.5 -0.52 0.2 0.06 -0.18 -0.31 0.43 0.45 0.42 0.31 0.32 0.73 0.22 0.11 0.1 0.16 -0.8 -0.17 -0.54 0.05 -0.19 -0.12 -0.24 -0.47 -0.63
-2.97 -1.73 -2.1 -2.06 0.96 0.2 0.3 -0.4 0.26 0.5 -0.04 -0.0 0.76 0.87 0.3 0.93 1.05 0.33 0.07 0.25 -0.33 0.01 -0.68 -0.69 -0.73 -0.8 -0.58 -0.55 -0.24 -0.58 0.14
Bra035101 (ST1)
 -0.67 -0.8 0.0 -0.09 -0.8 -0.37 0.18 0.07 0.58 0.57 0.39 0.41 0.42 0.4 0.7 0.24 0.2 -0.28 0.05 0.18 0.32 0.45 -0.76 -0.59 -0.56 -0.34 -0.6 -0.12 -0.23 -0.46 -0.72
-0.13 -0.11 0.15 -0.37 0.5 0.19 -0.23 -0.21 0.2 0.18 0.13 0.03 -0.24 0.37 0.41 0.17 -0.0 -0.01 0.01 0.02 0.09 0.07 -0.45 -0.32 -0.04 -0.66 -0.29 -0.01 0.02 -0.07 -0.03
0.07 -0.06 0.11 -0.27 0.8 -0.04 -0.32 -0.08 0.41 0.5 0.41 0.25 0.46 0.38 0.19 0.66 0.24 0.5 -0.11 0.11 0.02 0.01 -0.24 -0.9 -0.85 -0.23 -0.88 -0.78 -1.25 -0.92 -1.02
Bra037988 (LTPG6)
 -0.58 -0.87 -0.15 -0.57 0.78 0.38 -0.28 -0.48 -0.07 0.15 0.46 -0.5 0.54 0.69 0.22 0.57 0.67 -0.06 0.04 -0.18 0.13 0.05 -1.3 -0.3 -0.45 -0.76 -0.09 -0.09 0.05 -0.27 -0.15
Bra038093 (LigB)
 -1.12 -0.68 -0.95 -1.16 0.18 0.32 -0.72 -0.55 0.4 0.34 0.57 0.0 0.64 1.14 1.05 0.87 0.64 0.05 0.43 -0.01 -0.21 0.12 -0.91 -0.38 -0.05 -0.19 -0.81 -1.0 -0.63 -1.22 -1.35
-0.43 -0.53 -0.45 -0.62 0.67 0.15 -0.29 -0.29 -0.07 0.21 -0.03 -0.1 0.33 0.47 0.48 0.22 0.04 0.32 0.23 -0.03 -0.2 -0.11 0.51 -0.05 -0.12 -0.22 -0.1 -0.07 -0.26 -0.4 -0.4
Bra038451 (AtHMP35)
 -0.74 -0.31 0.07 0.27 0.24 0.09 0.18 0.1 -0.14 0.03 0.08 -0.01 0.62 0.92 0.84 0.33 0.22 -0.49 -0.15 0.19 0.12 -0.02 -0.08 -0.73 -0.45 -0.43 -0.45 -0.87 -0.24 -0.7 -0.53
Bra038795 (TUB9)
 -1.77 -1.5 -0.89 -0.57 0.01 -0.44 -1.06 -0.65 0.31 0.6 0.69 0.19 0.98 1.23 0.7 0.95 -0.17 0.86 0.56 0.76 0.08 0.17 -0.77 -0.44 -0.47 -0.52 -1.26 -0.5 -1.04 -2.38 -1.8
Bra039226 (QWRF4)
 -2.27 -2.62 -1.38 -1.78 -0.4 -0.6 -1.03 -0.35 0.51 0.54 0.98 0.13 0.27 1.15 0.56 0.71 0.13 0.99 0.35 0.23 -0.03 0.11 -0.71 -0.31 -0.27 -0.32 -0.49 -0.43 -0.31 -0.31 0.13

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.