1. Home
  2. Tools
  3. Expression Heatmap
  4. Results

Heatmap: Cluster_146 (Brassica rapa (Bra) Coexpression Clusters (HCCA Algorithm))

View as: (view zlog-transformed or row-normalized)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Showing raw values)

 Transpose table  Download table
Gene
Light: 268 uE m-2 s-1
Light: 202.5 uE m-2 s-1 (Control)
Light: 135 uE m-2 s-1
Light: 67.5 uE m-2 s-1
Photoperiod: L24
Photoperiod: L20D4 (Control)
Photoperiod: L12D12
Photoperiod: L8D16
RBW: 4:1:1 (Control)
RBW: 4:1:0
RBW: 3:1:1
RBW: 3:1:0
Nitrogen: 0%
Nitrogen: 25%
Nitrogen: 50%
Nitrogen: 100% (Control)
Nitrogen: 150%
Phosphorous: 0%
Phosphorous: 25%
Phosphorous: 50%
Phosphorous: 100% (Control)
Phosphorous: 150%
Potassium: 0%
Potassium: 25%
Potassium: 50%
Potassium: 100% (Control)
Potassium: 150%
Temperature: 20°C
Temperature: 25°C (Control)
Temperature: 30°C
Temperature: 35°C
Bra001199 (ELO1)
 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.09 0.0 0.0 0.0 0.0 0.22 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
0.36 0.27 0.37 0.28 0.63 0.42 0.6 0.69 0.69 0.82 0.68 0.73 4.18 0.58 0.47 1.29 1.04 10.41 0.97 0.92 0.64 0.85 1.53 1.03 1.11 1.14 0.8 0.87 0.68 0.57 0.9
Bra001637 (TCTP1)
 233.72 305.25 324.78 291.33 262.81 229.0 226.51 340.28 245.11 273.16 235.61 264.61 491.87 442.97 459.78 369.37 394.52 1403.5 423.91 290.43 297.15 309.06 493.99 170.64 189.38 238.54 181.13 135.4 150.79 187.6 341.03
Bra002041 (GPAT5)
 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.17 0.0 0.0 0.0 0.0 0.44 0.0 0.0 0.0 0.0 0.12 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01
Bra003309 (AFO)
 0.07 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.08 0.0 0.0 0.0 0.0 0.03 1.06 0.0 0.0 0.07 0.02 1.12 0.0 0.0 0.0 0.11 0.33 0.0 0.0 0.0 0.02 0.0 0.0 0.0 0.12
Bra004162 (PAP2)
 0.0 0.0 0.0 0.0 0.59 0.85 0.18 0.0 0.17 0.03 0.04 0.16 1.24 1.82 1.46 0.3 0.12 20.9 0.42 0.28 0.13 0.29 6.83 0.5 0.82 0.1 0.4 0.44 0.25 0.27 0.33
Bra004204 (TRM22)
 0.07 0.01 0.03 0.08 0.18 0.13 0.09 0.12 0.03 0.07 0.1 0.07 0.78 0.27 0.19 0.14 0.11 1.68 0.19 0.06 0.02 0.01 0.37 0.12 0.05 0.09 0.08 0.13 0.03 0.06 0.21
Bra004617 (BOP2)
 0.07 0.18 0.04 0.03 0.08 0.18 0.0 0.15 0.0 0.14 0.06 0.09 1.46 0.01 0.21 0.04 0.05 1.58 0.03 0.07 0.02 0.0 0.56 0.06 0.02 0.08 0.08 0.04 0.07 0.13 0.15
Bra004719 (RLP29)
 0.01 0.0 0.01 0.0 0.16 0.06 0.1 0.04 0.14 0.17 0.03 0.08 1.76 0.18 0.21 0.17 0.06 2.48 0.15 0.17 0.03 0.15 0.73 0.31 0.21 0.1 0.15 0.17 0.1 0.16 0.23
Bra005137 (GPAT6)
 0.12 0.22 0.07 0.07 1.27 0.59 1.3 0.68 1.69 2.5 1.18 1.54 8.7 2.3 1.44 2.98 5.78 17.69 2.02 1.2 0.94 1.25 4.05 1.07 0.94 0.65 0.63 1.25 1.26 1.38 1.65
Bra005917 (PGIP2)
 0.07 0.09 0.1 0.19 0.08 0.04 0.14 0.01 0.03 0.16 0.08 0.12 1.02 0.06 0.06 0.26 0.25 9.16 0.1 0.08 0.04 0.1 0.84 0.21 0.36 0.35 0.36 0.13 0.08 0.36 0.76
1.93 0.71 1.08 1.48 3.15 1.68 1.28 1.15 1.98 2.0 2.0 1.8 7.4 3.96 2.48 3.09 2.92 17.88 2.06 1.25 1.5 1.22 5.02 2.45 1.73 3.71 1.87 2.32 2.3 2.41 2.61
0.0 0.0 0.0 0.0 0.02 0.0 0.01 0.0 0.01 0.0 0.01 0.0 1.89 0.0 0.0 0.0 0.01 4.79 0.01 0.0 0.02 0.01 0.53 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01
2.48 3.09 4.6 2.38 3.04 1.71 1.19 1.1 1.61 4.1 2.15 1.97 5.0 1.22 1.17 1.89 1.23 73.16 2.47 1.37 0.95 2.2 24.86 0.9 1.01 0.7 0.42 0.67 0.62 0.63 0.83
Bra007961 (RSW10)
 5.82 8.89 13.79 4.17 2.89 3.71 3.77 6.64 4.14 4.3 4.6 4.03 5.94 3.65 4.42 3.24 5.2 48.33 11.36 3.66 3.57 3.12 15.09 6.53 3.84 6.05 3.01 4.31 4.98 6.5 8.23
0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.25 0.04 0.03 0.0 0.0 0.51 0.01 0.0 0.0 0.0 0.11 0.0 0.0 0.02 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
3.1 1.57 1.57 1.95 4.98 2.03 8.99 9.34 8.19 8.47 10.28 7.82 44.0 8.33 7.12 11.51 7.67 127.57 12.88 8.67 5.4 4.45 17.39 5.52 6.1 5.5 5.44 6.8 4.94 4.55 9.52
Bra010306 (CDEF1)
 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 19.95 0.0 0.0 0.0 0.0 61.36 0.0 0.0 0.0 0.0 7.66 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01
3.55 2.9 5.13 2.19 29.51 11.16 23.16 13.37 16.28 24.89 25.98 22.95 132.15 56.99 26.76 48.24 39.71 269.96 20.94 20.47 20.32 19.65 61.35 39.44 38.98 44.58 33.02 52.15 30.03 36.83 41.94
Bra011506 (EDA9)
 0.31 0.17 0.29 0.11 0.77 0.83 1.0 2.63 1.07 2.85 1.36 1.13 6.13 1.95 1.78 3.0 2.11 29.51 3.02 1.39 1.41 1.69 7.89 2.94 2.72 2.28 1.84 1.41 0.91 0.77 1.19
Bra012067 (GMD1)
 0.0 0.02 0.03 0.01 0.14 0.03 0.02 0.0 0.05 0.0 0.03 0.02 1.09 0.08 0.08 0.02 0.02 1.46 0.04 0.05 0.05 0.0 0.28 0.07 0.01 0.05 0.0 0.02 0.03 0.0 0.07
Bra012131 (MKK19)
 0.04 0.07 0.02 0.0 0.09 0.17 0.01 0.1 0.02 0.04 0.05 0.01 0.07 0.02 0.16 0.04 0.01 5.06 0.66 0.1 0.02 0.05 1.19 0.05 0.0 0.05 0.01 0.05 0.07 0.14 0.06
Bra012274 (RSH)
 0.0 0.01 0.0 0.0 0.02 0.0 0.04 0.01 0.02 0.07 0.0 0.02 23.18 0.06 0.03 0.07 0.0 276.24 0.15 0.0 0.06 0.05 68.49 0.1 0.01 0.1 0.06 0.03 0.08 0.02 0.09
Bra012901 (OBP1)
 0.19 0.24 0.29 0.17 0.22 0.21 0.1 0.08 0.08 0.24 0.04 0.16 1.29 0.22 0.14 0.32 0.28 1.43 0.18 0.22 0.07 0.3 0.64 0.08 0.07 0.34 0.08 0.0 0.13 0.05 0.2
Bra013422 (IRT1)
 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.77 0.0 0.0 0.0 0.0 1.58 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 57.57 0.0 0.0 0.0 0.0 230.31 0.0 0.0 0.0 0.0 19.62 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra014794 (PT)
 1.13 0.29 0.29 0.56 1.04 2.11 1.53 1.87 1.25 1.18 1.66 1.39 3.73 2.09 1.84 1.76 2.05 13.55 3.11 1.15 1.28 0.86 2.34 1.28 1.19 0.91 1.29 1.04 0.85 1.04 2.44
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.38 0.0 0.0 0.0 0.0 2.17 0.0 0.0 0.0 0.0 0.08 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.03 0.01 0.14 0.14 0.03 0.01 1.48 0.0 0.0 0.05 0.04 2.84 0.02 0.05 0.02 0.03 0.33 0.02 0.01 0.03 0.05 0.04 0.04 0.05 0.01
Bra017988 (iqd15)
 0.01 0.06 0.19 0.05 0.29 0.18 0.09 0.1 0.15 0.06 0.34 0.08 1.56 0.28 0.35 0.22 0.17 2.09 0.37 0.17 0.1 0.05 0.66 0.12 0.33 0.05 0.13 0.05 0.21 0.06 0.27
Bra019257 (UGE2)
 0.2 0.12 0.08 0.05 0.08 0.1 0.03 0.0 0.01 0.09 0.0 0.06 0.69 0.06 0.14 0.01 0.05 5.11 0.09 0.04 0.05 0.07 0.49 0.03 0.0 0.0 0.02 0.0 0.02 0.02 0.0
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.19 0.0 0.0 0.0 0.0 0.66 0.0 0.0 0.0 0.0 0.12 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
0.14 4.07 2.6 1.8 0.0 0.06 0.0 0.23 0.68 0.0 0.0 0.0 70.71 0.14 0.38 0.14 0.0 152.33 0.0 0.27 0.07 0.24 12.93 2.67 4.46 5.11 1.85 3.39 3.5 6.47 4.94
Bra019619 (LFY)
 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.05 0.0 0.0 0.0 0.0 0.1 0.01 0.0 0.0 0.0 0.02 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra019823 (MKD1)
 0.07 0.49 0.37 0.14 0.12 0.0 0.05 0.6 0.0 0.06 0.17 0.0 0.69 0.0 0.31 0.0 0.0 30.56 0.7 0.13 0.13 0.12 5.62 0.0 0.12 0.0 0.0 0.07 0.0 0.12 0.0
0.16 0.0 0.1 0.0 0.19 0.22 0.45 0.32 0.26 1.2 0.35 0.03 4.94 0.51 0.45 0.41 0.49 28.66 0.68 0.65 0.06 0.33 4.22 0.6 0.66 1.04 0.57 0.7 0.69 0.8 1.05
0.08 0.4 1.37 1.15 0.46 0.21 0.06 0.7 0.15 0.66 0.2 0.59 96.8 0.0 0.0 0.26 0.95 193.87 0.0 0.16 0.0 0.0 57.96 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.3 0.07 0.0
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.02 0.0 0.0 36.63 0.0 0.0 0.0 0.04 65.29 0.0 0.0 0.02 0.0 7.53 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra021934 (MEE24)
 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.28 0.0 0.0 0.0 0.0 0.52 0.0 0.0 0.0 0.0 0.07 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra022381 (POK2)
 0.44 0.24 0.5 0.31 0.65 0.41 0.42 0.26 0.33 0.36 0.37 0.31 1.7 0.41 0.38 0.6 0.54 2.62 0.53 0.4 0.37 0.4 0.81 0.39 0.36 0.44 0.27 0.42 0.36 0.46 0.68
Bra023112 (TTG2)
 0.0 0.0 0.0 0.0 0.06 0.08 0.01 0.02 0.0 0.01 0.01 0.02 0.31 0.11 0.0 0.0 0.0 2.37 0.09 0.0 0.02 0.0 0.09 0.0 0.0 0.01 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0
0.96 6.25 11.53 3.04 0.12 0.05 0.25 0.65 0.37 0.53 0.72 0.51 0.49 0.06 0.25 0.31 1.04 39.42 1.91 0.2 0.03 0.59 11.65 0.23 0.32 0.85 0.26 0.15 0.19 0.92 1.57
1.43 1.49 1.34 1.83 2.49 1.02 1.48 1.63 1.71 2.07 1.58 1.68 3.16 2.09 1.83 1.67 1.8 9.67 2.41 1.54 1.31 1.55 4.23 1.35 1.4 1.72 1.68 1.5 1.29 1.33 1.99
Bra026570 (RNS1)
 0.16 0.25 1.15 0.13 0.94 1.02 0.71 0.67 1.88 2.01 0.85 1.69 2.39 1.14 0.8 1.0 2.24 93.09 2.04 0.64 0.89 1.45 19.59 0.17 0.8 0.38 0.6 0.31 0.49 0.23 0.49
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.06 0.0 0.0 0.0 0.0 0.16 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.04 0.0
Bra027549 (AtBBE25)
 0.02 0.19 0.23 0.04 0.4 0.28 0.36 0.25 0.08 0.11 0.12 0.21 2.39 0.04 0.08 0.14 0.23 3.8 0.08 0.17 0.16 0.1 1.44 0.16 0.15 0.18 0.19 0.18 0.17 0.14 0.17
Bra028786 (KCS19)
 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.02 0.0 0.01 5.11 0.0 0.0 0.03 0.0 7.24 0.0 0.0 0.0 0.0 1.86 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.05 0.09
Bra029305 (LFY)
 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.02 0.0 0.0 0.0 0.0 0.1 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra030763 (CRT2)
 2.74 2.64 2.72 3.59 6.12 9.85 8.96 9.33 9.6 11.04 7.41 6.68 24.35 5.36 8.12 9.13 10.39 64.85 21.08 10.92 7.39 15.58 15.28 13.43 12.16 11.6 11.48 11.62 10.26 9.19 10.71
Bra031793 (GAL2)
 0.0 0.01 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.29 0.0 0.0 0.0 0.0 0.06 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0
Bra032889 (AGP31)
 1.52 1.23 2.98 1.85 3.16 3.19 2.14 2.14 4.94 4.75 4.41 3.12 25.28 6.15 10.88 8.83 6.33 87.17 11.31 8.42 4.28 3.33 26.15 3.54 4.04 3.39 2.39 1.94 2.82 2.69 2.92
Bra033366 (GRXS1)
 0.0 0.72 0.0 0.0 0.0 0.0 0.19 0.0 0.0 0.3 0.0 0.14 1.19 0.0 0.0 0.0 0.75 18.75 0.0 0.0 0.0 0.0 7.49 0.0 0.0 0.97 0.23 0.0 0.0 0.72 1.16
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.34 0.13 0.0 0.14 0.0 0.0 29.66 0.69 0.1 0.0 0.17 42.49 0.0 0.0 0.08 0.0 4.58 0.0 0.0 0.0 0.0 0.08 0.0 0.0 0.0
Bra034774 (FLR1)
 2.94 1.02 1.55 1.46 3.96 1.17 3.73 3.37 1.87 4.95 2.92 2.3 16.99 3.03 1.96 3.28 7.06 34.93 3.97 3.33 2.57 2.01 7.59 4.16 3.47 5.85 3.6 2.96 3.22 4.75 5.31
0.0 0.0 0.0 0.0 4.12 2.11 0.0 0.0 0.32 0.0 0.75 0.2 12.91 4.95 3.76 0.42 0.89 30.47 2.07 0.0 0.22 0.66 1.68 0.0 0.0 1.17 0.0 1.21 0.19 0.0 0.4
Bra037302 (PUP1)
 5.14 9.31 14.15 10.91 8.04 8.86 5.7 12.93 5.25 9.02 5.89 8.83 5.54 5.21 5.17 8.91 13.82 119.72 15.72 8.67 7.69 5.76 47.04 5.79 7.4 14.18 7.0 5.36 5.67 5.99 3.31
Bra038700 (FLR1)
 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.4 1.01 0.86 3.12 1.11 0.73 1.0 25.98 1.69 1.27 3.63 5.05 79.41 1.64 2.53 2.04 1.7 12.01 1.5 1.7 1.85 1.52 1.02 1.07 1.53 3.42
Bra040525 (DEG28)
 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 552.91 0.0 0.0 0.0 0.0 2203.53 0.0 0.0 0.0 0.0 431.23 0.0 0.0 0.0 0.27 0.0 0.0 0.0 0.0

Details

Raw expression values (TPM normalized), Green cells indicate low expression and red high. (Dark gray cells indicate missing values)