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Heatmap: Cluster_216 (Brassica rapa (Bra) Coexpression Clusters (HCCA Algorithm))

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(Values are log2 transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

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Gene
Light: 268 uE m-2 s-1
Light: 202.5 uE m-2 s-1 (Control)
Light: 135 uE m-2 s-1
Light: 67.5 uE m-2 s-1
Photoperiod: L24
Photoperiod: L20D4 (Control)
Photoperiod: L12D12
Photoperiod: L8D16
RBW: 4:1:1 (Control)
RBW: 4:1:0
RBW: 3:1:1
RBW: 3:1:0
Nitrogen: 0%
Nitrogen: 25%
Nitrogen: 50%
Nitrogen: 100% (Control)
Nitrogen: 150%
Phosphorous: 0%
Phosphorous: 25%
Phosphorous: 50%
Phosphorous: 100% (Control)
Phosphorous: 150%
Potassium: 0%
Potassium: 25%
Potassium: 50%
Potassium: 100% (Control)
Potassium: 150%
Temperature: 20°C
Temperature: 25°C (Control)
Temperature: 30°C
Temperature: 35°C
-0.7 -0.2 0.35 -0.9 -0.37 0.16 0.07 0.59 -0.1 -0.18 -0.05 -0.13 0.71 0.44 0.64 0.66 0.69 0.46 0.0 0.38 0.35 0.08 0.26 -0.92 -1.01 -0.91 -0.82 -0.64 -0.84 -0.68 -0.63
Bra000950 (MGP4)
 -0.84 0.06 -0.39 -0.27 0.29 0.34 -0.11 0.62 0.03 0.5 0.14 0.29 0.54 0.85 0.71 0.5 0.73 1.15 0.21 0.51 0.24 0.28 -0.85 -2.25 -1.35 -1.44 -2.06 -2.09 -1.71 -1.69 -1.62
Bra001040 (GAUT9)
 -0.4 0.02 -0.08 -0.42 -0.07 0.01 0.22 0.33 -0.26 0.16 0.25 0.05 0.11 0.32 0.43 0.38 0.51 0.6 0.03 0.2 0.16 0.25 0.16 -0.51 -0.42 -0.47 -0.43 -0.89 -0.78 -0.55 -0.39
-0.01 -0.22 -0.15 -0.18 0.23 0.34 0.05 0.13 -0.1 0.19 0.18 0.11 0.17 0.3 0.18 0.45 0.29 0.01 -0.2 0.06 0.04 0.21 -0.07 -0.31 -0.44 -0.42 -0.34 -0.21 -0.33 -0.28 -0.33
- - - - 0.18 0.71 0.39 -3.38 1.09 0.9 -1.1 1.19 1.03 1.35 1.94 2.02 -0.76 1.2 0.31 -0.36 -1.21 0.53 -1.68 - - - -3.09 - - - -1.45
-2.18 -4.43 -2.92 - -0.0 0.1 0.81 1.3 0.36 -0.47 -1.26 -0.56 1.2 1.14 1.1 1.29 1.1 1.42 0.81 0.68 0.82 0.23 -2.56 -2.36 -3.03 -5.48 -4.41 -4.49 -2.08 - -2.45
Bra003710 (COG0212)
 0.01 -0.05 0.02 0.13 0.38 0.65 0.23 0.25 0.01 0.31 0.24 0.01 0.36 0.15 0.15 0.51 0.52 -0.09 0.41 0.52 0.42 0.3 -1.67 -0.81 -0.8 -1.01 -0.78 -1.06 -1.06 -1.2 -0.5
-0.71 -0.6 -0.32 -0.8 0.22 -0.03 -0.24 0.32 -0.27 -0.21 -0.07 -0.24 0.65 0.5 0.25 0.39 0.31 1.28 0.43 -0.01 -0.11 -0.07 -0.11 -0.18 -0.1 -0.18 -0.25 -0.75 -0.77 -0.67 -0.08
-0.99 -1.54 -0.65 -0.73 0.3 0.71 0.76 0.15 -0.36 0.09 -0.17 -0.48 0.79 0.36 0.44 0.96 0.67 -0.38 0.38 0.29 0.43 0.5 -0.37 -0.36 -0.16 -0.4 -0.76 -0.72 -0.82 -1.45 -1.06
-0.05 -0.32 -0.37 0.2 0.15 0.37 0.79 0.7 -0.32 0.25 0.05 -0.02 0.7 0.27 0.4 0.72 0.7 0.06 0.2 0.54 0.43 0.36 -1.07 -1.18 -1.07 -1.24 -0.96 -1.55 -1.8 -1.8 -0.77
Bra004938 (PMM)
 -0.33 0.03 -0.01 0.03 -0.05 -0.32 0.59 0.84 -0.46 0.52 -0.05 -0.13 0.81 -0.18 -0.54 0.6 0.63 -0.04 -0.07 0.45 0.5 0.36 -0.9 -0.58 -0.29 -0.35 -0.26 -0.81 -1.24 -1.15 -0.79
Bra005488 (scpl46)
 -0.98 -1.01 -0.67 -0.39 0.01 0.88 0.46 -0.24 -0.41 0.31 0.24 -0.29 0.61 -0.17 0.03 0.77 0.75 0.96 0.63 0.56 0.5 0.32 -0.74 -0.64 -0.36 -0.91 -0.85 -0.87 -0.94 -1.75 -0.69
-3.24 -1.61 -0.71 0.57 -1.88 -0.26 1.18 0.82 0.18 0.49 0.77 -0.19 1.48 0.71 0.68 1.38 1.05 - -0.08 1.68 0.35 1.01 - - - - -3.59 - - - -
Bra005864 (TRP5)
 -0.18 0.31 0.37 -0.19 -0.01 0.49 0.66 0.4 -0.58 0.24 -0.3 -0.18 0.31 0.01 0.12 0.61 0.73 -0.08 -0.07 0.09 0.15 -0.02 -0.08 -0.23 -0.32 -0.34 -0.43 -0.55 -1.0 -1.26 -0.93
Bra006007 (SPT4-1)
 0.12 -0.0 0.37 -0.39 0.14 -0.71 0.37 0.51 -0.37 -0.22 0.09 0.12 0.95 -0.16 0.1 0.21 0.41 1.48 0.69 0.18 -0.12 0.08 -0.14 -1.04 -0.93 -1.13 -0.82 -1.09 -1.88 -1.15 -0.68
Bra007092 (SD3)
 0.44 0.19 -0.14 0.56 1.1 1.1 0.85 0.9 -0.82 0.17 -0.11 -0.05 0.72 -0.13 0.48 0.45 1.07 -0.69 0.24 -0.99 0.75 0.7 -2.67 -2.25 -3.26 -2.52 -3.05 -2.64 -2.98 -2.9 -1.5
Bra007445 (UTR6)
 -0.65 -0.25 -0.13 -0.07 0.18 0.17 -0.02 0.09 -0.03 0.06 -0.18 -0.44 0.44 0.55 0.41 0.48 0.47 0.87 0.03 0.08 0.02 0.27 0.36 -0.41 -0.58 -0.8 -0.56 -0.59 -0.67 -0.76 -0.29
Bra007657 (PAE6)
 -0.79 -0.45 -0.49 -0.83 -0.15 -0.06 0.08 -0.1 -0.02 0.62 0.05 0.11 -0.06 0.23 0.38 0.41 0.76 1.3 0.53 0.32 0.28 -0.23 0.06 -0.7 -0.62 -0.91 -0.5 -0.68 -0.95 -0.61 -0.12
Bra007993 (ENOR3L4)
 0.19 0.12 0.07 0.2 0.19 0.14 -0.01 -0.13 -0.05 0.06 0.11 -0.04 0.16 0.43 0.32 0.1 0.11 -0.34 -0.27 0.01 0.07 -0.05 0.13 -0.28 -0.26 -0.26 -0.09 -0.2 -0.26 -0.4 -0.2
Bra008784 (MPT3)
 -1.24 -1.5 -1.85 -1.71 0.53 0.49 0.32 0.71 -0.26 -0.29 -0.39 -0.44 0.78 0.5 0.58 0.76 0.64 1.27 0.57 0.14 0.27 0.2 -0.2 -0.56 -0.63 -0.99 -0.74 -0.58 -0.6 -1.26 -1.0
Bra008894 (PANS2)
 -0.04 -1.97 0.54 -0.04 -0.51 -0.95 0.12 1.91 -0.58 1.21 0.3 0.93 1.64 -0.47 -0.34 0.92 1.22 -0.75 -0.46 -0.04 -0.05 -0.5 -0.6 - -2.52 -0.64 -1.46 -3.46 -3.52 -2.58 -2.43
-0.48 -0.21 -0.29 -0.3 0.26 0.18 0.33 0.4 -0.44 0.29 -0.07 -0.03 0.51 0.31 0.63 0.88 0.44 1.05 0.53 0.04 0.37 0.27 0.3 -1.2 -1.3 -1.41 -1.12 -1.28 -1.65 -1.4 -0.97
Bra009603 (RNR1)
 0.25 0.19 0.04 0.16 0.3 0.33 0.1 0.32 -0.16 0.05 -0.09 -0.08 0.2 0.3 0.24 0.17 0.27 -0.39 -0.24 0.06 -0.04 0.1 -0.08 -0.62 -0.38 -0.33 -0.33 -0.31 -0.2 -0.41 -0.11
-0.82 -0.58 -0.81 -0.0 0.22 0.38 0.62 0.14 0.27 0.52 0.69 0.11 0.67 -0.06 0.0 0.57 0.24 0.57 0.23 0.45 0.22 0.73 -0.0 -1.08 -1.27 -1.81 -1.51 -1.78 -1.48 -0.51 -0.27
Bra010712 (VHA-A3)
 -0.55 -0.2 -0.21 -0.26 0.06 -0.1 -0.02 0.19 -0.16 0.32 0.14 0.2 0.04 0.33 0.11 0.44 0.35 0.48 0.08 0.15 0.21 0.19 -0.09 -0.41 -0.29 -0.34 -0.22 -0.36 -0.56 -0.29 -0.08
Bra010787 (EF1Bb)
 -1.17 -0.38 -0.58 -0.3 -0.33 0.27 0.9 1.03 -1.67 -0.13 -0.97 -0.26 0.22 0.47 0.64 1.03 1.06 1.21 0.28 0.13 0.16 0.11 0.63 -1.11 -1.06 -1.1 -1.05 -1.42 -2.26 -1.91 -1.1
Bra011616 (AFT)
 -0.11 -0.05 -0.23 -0.08 -0.18 0.27 0.2 0.19 -0.2 -0.03 0.02 -0.16 0.13 0.29 0.26 0.25 0.28 -0.37 -0.13 -0.04 0.06 -0.01 -0.09 -0.13 -0.08 -0.02 -0.04 0.04 -0.0 -0.27 -0.08
-2.47 -3.59 -3.12 -1.74 0.4 0.34 0.08 -0.48 -0.55 0.32 0.3 0.13 -0.56 -0.14 -0.12 1.23 1.43 1.98 1.3 0.63 0.12 0.51 -1.9 -1.12 -1.08 -1.85 -1.43 -1.09 -0.92 -1.23 -1.18
Bra014780 (RK3)
 -1.28 -1.48 -1.44 -1.31 -0.09 -0.04 0.44 0.62 -0.4 -0.06 0.33 0.24 0.19 0.45 0.63 0.87 -0.01 1.54 0.67 0.62 0.31 0.66 -0.25 -0.87 -0.87 -1.66 -0.64 -1.06 -0.95 -1.16 -1.23
-0.54 -0.12 -0.3 -0.46 0.4 -0.09 0.19 -0.54 0.09 0.38 0.29 0.06 1.07 -0.31 0.18 0.24 0.34 1.33 0.74 0.32 0.28 0.09 -0.59 -0.84 -0.79 -0.82 -0.91 -0.76 -1.26 -1.09 -0.85
Bra015007 (PMP)
 -0.22 -0.02 -0.17 0.08 0.36 0.35 0.25 -0.13 -0.31 0.08 -0.06 -0.08 -0.03 0.38 0.45 0.01 0.24 0.27 0.13 0.21 0.07 0.16 -0.01 -0.32 -0.21 -0.23 -0.23 -0.36 -0.61 -0.54 -0.29
0.07 0.58 0.63 0.41 0.28 0.26 0.32 0.24 -0.51 0.18 -0.34 0.3 0.33 0.69 0.47 0.35 0.31 -0.44 -0.09 -0.1 0.1 0.07 -0.24 -1.11 -0.93 -0.87 -0.65 -1.08 -1.32 -0.54 -0.38
Bra015394 (KAO1)
 -1.32 -3.63 -1.76 -3.2 0.56 0.08 1.03 0.59 -0.44 0.07 0.33 -2.77 0.45 0.53 0.78 1.69 0.59 0.32 0.87 1.07 0.57 -0.22 -0.88 -1.01 -1.69 -1.31 -1.09 -1.51 -1.15 -1.88 -0.4
-1.01 -0.14 -1.15 -1.03 -0.43 0.41 0.6 0.51 -0.64 -0.27 -0.59 -0.06 0.85 0.44 0.71 0.85 0.86 0.92 0.33 0.2 0.75 -0.48 0.85 -0.82 -0.95 -1.06 -1.33 -1.8 -1.68 -1.34 -0.53
Bra015733 (CP12-3)
 0.18 1.59 1.59 0.93 -0.24 -0.89 0.4 -0.49 -0.32 -0.2 0.24 0.15 0.69 -0.02 0.05 0.01 1.16 -0.19 -1.27 0.17 0.1 -0.38 -0.57 -2.38 -1.85 -0.68 -2.98 -2.72 -2.1 -1.55 -0.36
Bra016329 (SPDS1)
 0.67 1.02 1.29 1.12 -0.09 -0.17 -0.07 0.51 -1.0 0.18 -0.42 -0.05 0.16 0.38 0.28 0.41 0.33 -0.12 -1.03 -0.11 -0.01 -0.25 -0.53 -0.97 -1.01 -0.69 -0.9 -1.5 -1.19 -0.86 -0.69
-0.82 -0.35 -0.46 -0.2 -0.37 -0.39 -0.14 0.11 -0.22 0.17 0.01 0.01 0.02 0.37 0.74 0.28 0.48 0.7 0.25 -0.11 0.21 -0.29 0.62 -0.19 -0.07 -0.2 -0.06 -0.45 -0.52 -0.41 -0.24
Bra017680 (SAUR4)
 -0.54 -2.04 -0.5 0.18 0.73 0.49 -0.78 -0.08 -0.6 0.78 0.3 0.36 1.27 -1.1 -0.83 1.01 1.83 0.98 -0.6 1.4 0.81 0.42 -2.58 -3.1 -3.43 -1.79 - -2.46 -2.16 -3.62 -2.2
0.08 0.83 0.93 0.6 0.38 0.36 -0.31 -0.19 -0.69 0.04 -0.12 -0.16 0.09 0.09 0.18 0.14 0.45 -0.36 -0.41 -0.13 -0.02 -0.02 0.05 -0.81 -0.33 -0.08 -0.31 -0.83 -0.7 -0.49 -0.29
Bra017817 (CYP81D5)
 -1.95 -1.33 -1.5 -4.24 -3.44 -1.61 -0.47 0.51 -0.51 1.21 0.96 0.19 1.85 -0.32 0.0 1.1 1.4 1.49 0.47 0.89 0.8 0.73 -0.8 - - -4.05 -4.38 -5.65 - -2.71 -0.37
Bra018028 (MSBP2)
 -0.49 -0.11 -0.01 -0.14 0.48 0.41 0.32 0.24 -0.42 -0.09 -0.08 -0.35 -0.21 0.16 0.41 0.06 0.24 0.55 0.11 0.09 -0.02 0.23 -0.05 0.06 -0.04 -0.21 -0.07 -0.63 -0.53 -0.61 -0.3
Bra018100 (GLDH)
 -0.73 -0.1 -0.39 -0.41 -0.32 -0.29 -0.1 0.17 -0.46 0.22 0.09 0.05 0.39 0.21 0.38 0.52 0.45 0.53 0.19 0.13 0.26 0.01 0.18 -0.31 -0.21 -0.31 -0.18 -0.5 -0.81 -0.32 0.32
Bra018357 (QED1)
 -1.33 -1.42 -1.12 -0.51 -0.09 0.33 0.8 1.12 -0.32 0.37 -0.26 -0.16 0.93 0.13 0.2 0.72 0.77 0.97 0.06 0.37 0.59 0.32 -0.56 -1.36 -1.15 -0.81 -1.05 -0.98 -1.85 -2.1 -0.02
Bra018435 (emb2004)
 -0.07 0.27 0.25 0.33 0.12 -0.04 0.29 0.32 -0.51 -0.18 -0.5 -0.03 0.61 -0.14 0.04 0.17 0.68 0.39 -0.14 0.03 0.14 0.02 -0.21 -0.51 -0.24 -0.33 -0.26 -0.67 -0.83 -0.4 0.07
Bra018639 (GALT29A)
 -0.16 0.82 0.61 0.04 0.59 0.18 0.01 0.34 -0.51 0.46 -0.37 0.22 0.38 -0.32 -0.41 0.45 0.34 0.58 0.13 -0.13 0.2 0.11 -0.69 -0.65 -0.28 -0.98 -0.47 -0.65 -0.85 -0.75 -0.95
Bra018856 (CYP705A27)
 -0.59 -0.14 -0.54 -0.54 0.57 -0.25 -0.2 0.79 -0.14 0.57 0.32 0.08 0.68 0.93 0.73 0.4 0.46 1.74 0.53 0.53 -0.09 0.36 -0.78 -2.08 -4.24 -2.72 -2.72 -2.29 -2.87 -2.49 -1.29
-0.7 -1.14 -2.57 -1.87 0.02 -0.59 -1.9 -0.29 0.62 0.4 1.37 0.91 1.25 1.35 1.57 0.63 -0.04 -1.13 0.66 1.04 0.91 0.0 -2.9 -2.82 -1.8 -2.72 -2.2 -2.02 -1.76 -1.72 -2.04
Bra019089 (HCR1)
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Bra019412 (BURNOUT1)
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Bra019830 (ADT1)
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Bra020291 (PUM19)
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0.06 0.91 0.73 -0.0 0.55 -0.37 0.29 -0.52 -0.13 0.29 -1.31 0.59 -0.2 0.83 -0.08 1.28 0.09 1.29 -0.42 -0.73 -0.18 0.22 0.08 -1.84 -1.54 -1.23 -1.42 -1.41 -1.35 -1.12 -0.77
Bra020861 (BURNOUT1)
 -1.45 -0.65 -0.82 -0.94 0.09 1.34 0.12 -0.59 0.5 0.23 -0.02 0.73 -0.15 1.24 0.57 0.66 0.52 -0.03 0.24 0.38 0.09 0.32 0.52 -1.37 -1.2 -1.48 -1.26 -1.37 -1.11 -1.06 -1.18
Bra020936 (BURNOUT1)
 - -1.13 - -0.39 -0.59 1.7 -0.99 -0.92 0.46 0.9 -0.68 1.15 0.03 1.46 0.97 1.16 0.64 0.14 1.26 1.08 0.32 1.06 -1.73 - - - - - - - -
Bra021232 (HS1)
 -0.27 -0.45 -0.43 -0.37 0.74 0.17 0.21 -0.24 0.23 0.37 0.29 0.18 1.04 0.58 0.91 -0.09 0.21 1.25 0.54 0.62 0.46 0.17 -1.04 -1.61 -1.65 -1.94 -1.68 -1.61 -1.96 -1.86 -1.52
Bra022425 (CAD)
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Bra022920 (GSL-OH)
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Bra023027 (CASPL2B2)
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Bra024225 (SCA3)
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Bra024458 (PCP)
 -0.25 0.38 0.18 0.14 0.34 0.15 0.36 0.83 -0.31 -0.09 -0.23 -0.26 0.94 0.53 0.61 0.66 0.46 1.05 0.18 0.34 0.61 0.42 -0.28 -2.09 -1.76 -2.73 -2.56 -1.78 -2.62 -2.42 -2.03
Bra024985 (RP1)
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Bra027008 (ACS10)
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Bra028674 (TOM5)
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Bra030468 (LTD)
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Bra037641 (RAB6)
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Bra038114 (GALT9)
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Bra038116 (TTL1)
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0.24 -0.18 -0.87 -1.8 0.8 0.84 -0.1 -0.63 0.23 0.42 0.46 -0.25 -0.5 0.25 1.18 0.09 -0.7 1.37 0.89 0.54 0.39 1.17 -1.28 -2.01 -2.37 -1.66 -1.73 -1.22 -1.18 -1.81 -1.53
Bra039118 (PQL1)
 -0.3 0.03 0.08 -0.59 0.1 0.2 0.34 0.78 0.05 0.62 0.04 -0.02 0.21 0.08 0.06 0.7 0.55 -0.05 0.36 0.47 0.46 0.44 -1.83 -0.83 -0.77 -0.84 -0.5 -1.0 -0.87 -1.0 -0.5
-0.72 -0.34 -1.09 -0.94 -0.08 0.36 0.26 0.15 -0.09 0.0 0.02 0.05 0.14 0.36 0.62 0.23 0.39 -0.25 -0.1 0.27 0.15 -0.06 -0.05 -0.1 -0.1 -0.09 -0.05 0.01 0.12 -0.38 0.06
Bra039440 (PPD7)
 0.13 -0.14 -0.23 -0.05 0.62 0.68 0.46 0.64 -0.35 -0.1 -0.34 -0.31 0.49 0.36 0.44 0.29 0.58 -0.15 -0.04 0.35 0.43 0.11 -1.62 -0.49 -0.65 -0.92 -0.63 -0.62 -0.76 -0.67 -0.45
Bra039694 (PME1)
 0.49 1.05 1.09 0.87 0.37 0.41 -0.23 0.02 -0.54 0.38 0.56 0.36 -0.55 -0.15 0.24 0.2 0.75 0.44 -0.3 -0.07 0.22 0.59 0.05 -2.35 -2.65 -0.53 -2.55 -1.95 -2.11 -2.51 -4.98

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.