1. Home
  2. Tools
  3. Expression Heatmap
  4. Results

Heatmap: Cluster_86 (Brassica rapa (Bra) Coexpression Clusters (HCCA Algorithm))

View as: (view zlog-transformed or row-normalized)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Showing raw values)

 Transpose table  Download table
Gene
Light: 268 uE m-2 s-1
Light: 202.5 uE m-2 s-1 (Control)
Light: 135 uE m-2 s-1
Light: 67.5 uE m-2 s-1
Photoperiod: L24
Photoperiod: L20D4 (Control)
Photoperiod: L12D12
Photoperiod: L8D16
RBW: 4:1:1 (Control)
RBW: 4:1:0
RBW: 3:1:1
RBW: 3:1:0
Nitrogen: 0%
Nitrogen: 25%
Nitrogen: 50%
Nitrogen: 100% (Control)
Nitrogen: 150%
Phosphorous: 0%
Phosphorous: 25%
Phosphorous: 50%
Phosphorous: 100% (Control)
Phosphorous: 150%
Potassium: 0%
Potassium: 25%
Potassium: 50%
Potassium: 100% (Control)
Potassium: 150%
Temperature: 20°C
Temperature: 25°C (Control)
Temperature: 30°C
Temperature: 35°C
Bra000625 (CPI1)
 8.01 8.37 14.34 10.55 4.88 4.89 6.49 6.68 3.75 5.76 3.87 5.75 10.38 4.67 5.34 7.31 5.81 8.48 3.59 3.64 5.32 5.26 14.12 6.92 7.08 7.63 6.5 5.68 5.59 5.83 6.61
15.38 20.7 27.91 21.82 6.97 9.9 9.99 10.87 6.06 10.19 7.3 7.15 9.2 6.28 7.16 7.98 9.37 11.82 7.19 9.21 8.29 11.5 26.4 5.02 5.17 9.56 5.78 5.68 8.71 7.05 4.87
Bra001567 (LIK1)
 0.05 0.03 0.37 0.1 0.04 0.04 0.02 0.06 0.02 0.0 0.05 0.03 0.05 0.0 0.01 0.01 0.03 0.06 0.08 0.0 0.01 0.04 0.19 0.02 0.0 0.01 0.02 0.0 0.01 0.03 0.05
Bra001638 (SWEET16)
 0.0 0.0 0.04 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
0.1 0.36 1.53 1.18 0.15 0.03 0.14 0.12 0.09 0.46 0.35 0.19 0.57 0.07 0.04 0.55 0.53 0.55 0.1 0.1 0.21 0.15 0.35 0.05 0.0 0.2 0.03 0.04 0.0 0.09 0.05
0.22 0.07 0.82 0.19 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.03 0.0 0.0 0.0 0.07 0.0 0.0 0.0 0.03 0.0 0.0 0.0 0.03 0.06 0.0 0.0 0.1 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
18.41 54.03 124.19 132.07 2.5 1.0 23.07 46.65 4.88 15.24 5.65 9.94 17.75 0.69 2.43 2.63 3.11 9.42 4.35 1.26 1.4 7.22 93.89 3.28 2.44 0.68 5.22 0.66 2.25 15.82 1.53
0.88 1.26 3.77 2.67 0.91 1.19 0.41 0.5 0.5 0.87 0.88 0.78 0.99 1.12 1.25 0.98 0.77 1.56 0.6 0.76 0.73 0.89 3.38 0.75 0.58 0.86 0.79 0.62 0.75 0.98 2.36
Bra004712 (HLH1)
 14.47 19.28 38.06 11.29 1.53 0.8 3.09 4.43 8.4 9.08 10.69 8.32 4.76 2.19 2.36 4.22 5.22 4.52 2.41 5.04 7.15 4.6 5.93 5.98 4.77 8.47 6.22 3.43 1.66 6.13 3.23
4.16 9.59 11.62 10.69 7.69 7.02 6.48 7.02 1.97 5.07 1.81 3.04 13.37 2.5 3.89 5.87 4.74 8.16 2.76 4.22 3.54 3.51 13.38 5.62 5.43 4.55 5.75 3.51 2.47 3.44 7.42
Bra006236 (ROXY2)
 0.0 1.18 4.24 4.15 0.15 0.0 0.09 0.31 0.13 0.05 0.09 0.0 0.4 0.12 0.0 0.18 0.2 0.0 0.04 0.46 0.05 0.27 0.7 0.05 0.24 0.0 0.15 0.05 0.0 0.23 0.35
Bra006324 (bZIP3)
 0.3 3.03 2.94 0.62 0.38 0.08 0.13 0.19 0.09 0.43 0.35 0.4 0.37 0.0 0.0 0.24 0.38 0.08 0.0 0.38 0.3 0.38 1.48 0.74 0.64 2.68 0.72 0.15 0.53 2.61 1.33
25.91 28.44 43.52 36.08 18.34 18.71 36.45 36.03 11.96 16.6 17.46 12.59 44.99 10.83 14.97 29.35 29.34 67.19 26.6 20.68 22.7 23.08 50.42 35.82 40.53 37.2 41.08 27.78 28.63 36.03 58.58
0.51 1.05 2.54 1.28 0.87 0.4 0.25 0.32 0.17 0.24 0.24 0.12 0.15 0.46 0.46 0.41 0.11 0.49 0.36 0.22 0.24 0.14 0.61 0.27 0.26 0.41 0.15 0.08 0.24 0.38 0.32
16.43 31.02 104.92 64.7 15.15 10.64 22.93 38.04 29.76 34.68 29.68 26.91 30.83 18.11 22.16 25.17 27.85 26.02 18.42 27.61 23.63 36.0 45.37 19.49 24.0 17.74 18.84 13.07 10.46 10.71 10.94
Bra007890 (GSTU11)
 0.0 0.0 1.23 0.0 0.04 0.05 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.05 0.04 0.0 0.0 0.0 0.06 0.0 0.0 0.02 0.0 0.05 2.74 0.2 0.0 0.0 0.02 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra008754 (GALK2)
 0.0 0.0 0.52 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.07 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.78 0.03 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
0.04 0.15 0.2 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.0 0.01 0.07 0.03 0.01 0.05 0.02 0.0 0.03 0.0 0.14 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.02 0.02 0.03
Bra010234 (beta1-COP)
 10.1 11.73 9.77 10.58 9.86 7.18 8.11 10.31 7.91 9.34 8.17 8.4 10.32 8.7 8.23 9.24 8.79 11.15 8.15 7.35 7.01 8.24 10.91 8.89 8.49 9.27 9.09 8.74 8.02 9.37 10.61
Bra010639 (AGP3)
 0.56 1.53 3.59 1.99 0.27 0.0 0.0 0.11 0.0 0.32 0.12 0.05 0.0 0.05 0.0 0.0 0.14 0.0 0.04 0.14 0.0 0.0 0.31 0.0 0.0 0.0 0.0 0.18 0.0 0.43 0.0
241.98 296.98 281.62 351.06 321.17 319.5 371.29 439.41 181.74 263.72 222.77 257.23 462.15 233.39 257.58 264.51 374.06 663.84 257.19 244.56 324.94 300.23 468.14 435.2 409.67 502.61 407.07 266.37 320.98 401.9 459.37
Bra011562 (DEG4)
 1.73 2.81 10.5 8.21 0.65 0.19 0.16 0.09 0.37 0.94 1.04 0.72 0.26 0.26 0.0 0.34 0.32 0.31 0.0 0.0 0.21 0.39 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
3.69 3.6 5.85 7.41 3.64 4.18 3.45 2.86 2.74 2.82 3.08 3.02 4.94 3.46 3.99 3.65 2.84 4.86 3.07 3.45 3.61 3.02 6.0 3.71 2.87 3.11 2.7 3.06 2.99 3.18 5.44
0.75 1.21 1.42 1.12 0.04 0.04 0.04 0.07 0.1 0.0 0.04 0.18 0.0 0.0 0.05 0.0 0.0 0.15 0.0 0.0 0.0 0.07 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra012016 (NF-YB11)
 6.89 7.6 9.6 8.96 7.13 5.01 5.18 8.03 3.01 5.26 4.55 3.18 10.47 4.56 5.61 7.17 4.65 7.18 4.33 5.26 6.38 4.89 11.2 6.2 7.21 6.58 7.39 7.37 4.77 5.0 7.38
Bra012129 (RPP5)
 0.0 0.35 3.37 0.0 0.0 0.49 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.62 0.0 0.0 0.0
Bra012993 (COBL5)
 0.6 1.54 5.02 1.54 0.6 0.1 0.31 0.77 0.42 0.67 0.39 0.87 1.23 0.1 0.42 0.34 1.24 1.67 0.33 0.2 0.4 0.62 3.71 0.12 0.51 0.71 0.56 0.29 0.88 1.12 0.4
6.33 11.19 29.81 6.61 7.94 2.82 1.93 4.94 1.98 2.74 0.0 1.95 0.0 3.16 0.0 0.28 3.84 0.89 0.61 4.42 0.93 1.42 1.28 1.73 0.0 1.47 1.84 1.49 0.64 5.85 1.95
0.55 0.29 0.87 1.05 0.86 0.68 0.47 0.26 0.46 0.37 0.49 0.36 0.7 0.51 0.56 0.44 0.43 0.89 0.52 0.22 0.51 0.41 1.4 0.33 0.48 0.33 0.34 0.43 0.49 0.51 0.62
Bra014789 (ARP1)
 0.44 0.62 2.45 0.13 0.0 0.0 0.26 0.0 0.05 0.05 0.26 0.29 0.06 0.07 0.0 0.44 0.12 0.0 0.0 0.11 0.16 0.15 1.35 0.0 0.11 0.46 0.11 0.28 0.06 0.0 0.17
0.0 0.0 0.16 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.07 0.0 0.0 0.05 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.03 0.0 0.02 0.01 0.02 0.04 0.0 0.0 0.04
1.53 2.96 2.35 1.79 0.45 0.21 0.24 0.82 0.39 0.65 0.46 0.47 0.77 0.12 0.44 0.41 0.73 2.72 0.58 0.4 0.23 0.49 2.78 0.96 1.25 2.13 1.44 0.69 0.69 2.22 2.01
Bra018160 (DIN6)
 0.9 4.05 14.75 2.66 0.05 0.0 0.03 0.09 0.01 0.07 0.0 0.04 0.12 0.02 0.04 0.03 0.07 0.15 0.03 0.0 0.03 0.13 31.66 0.03 0.01 0.48 0.06 0.02 0.01 0.17 0.78
Bra018710 (STMP6)
 15.67 63.06 63.51 16.95 21.41 45.12 10.3 10.3 3.5 16.56 5.22 10.22 21.27 8.91 44.17 25.58 53.12 113.32 19.62 7.4 8.75 52.72 386.3 21.29 7.88 10.74 13.82 2.57 2.21 22.78 15.87
0.89 1.46 2.24 0.9 0.76 0.4 0.33 0.44 0.19 0.31 0.29 0.24 0.46 0.53 0.58 0.33 0.33 0.38 0.22 0.35 0.38 0.22 3.33 0.47 0.39 1.07 0.57 0.63 0.84 0.69 0.3
Bra019905 (PRS3)
 7.75 8.28 8.04 7.27 4.18 3.85 5.47 7.84 3.0 4.71 4.28 4.65 7.06 4.92 5.01 5.32 5.74 9.26 4.94 4.04 4.42 5.18 9.19 5.38 5.62 6.85 5.7 4.25 4.51 6.65 8.06
Bra021292 (BGLU44)
 22.16 21.93 33.91 12.34 12.85 6.88 20.76 19.34 10.94 20.29 17.48 16.61 27.6 4.55 5.45 24.13 23.88 53.19 22.1 15.52 17.52 21.25 42.88 27.44 32.42 27.2 33.77 24.25 21.67 35.0 33.27
9.85 15.57 17.45 11.75 10.26 8.55 6.34 7.04 8.63 10.26 7.92 9.58 6.02 6.36 9.25 8.24 7.69 9.8 8.05 6.21 5.87 7.16 25.53 11.02 9.1 12.69 10.98 9.64 10.18 13.16 6.0
Bra022957 (FES1)
 0.04 0.18 0.4 0.03 0.03 0.02 0.0 0.02 0.05 0.03 0.03 0.01 0.0 0.0 0.05 0.01 0.02 0.01 0.0 0.01 0.0 0.02 0.12 0.01 0.01 0.0 0.0 0.01 0.0 0.01 0.01
Bra023336 (NADP-ME2)
 4.77 8.54 18.44 4.22 8.01 7.48 3.9 4.55 3.87 7.67 4.3 5.21 6.35 5.09 5.63 7.7 8.32 17.21 8.31 4.64 3.99 6.65 48.15 5.79 5.33 5.6 5.39 4.73 4.05 7.17 3.89
0.03 0.04 0.04 0.06 0.0 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.0 0.0 0.01 0.03 0.01 0.0 0.0 0.01 0.01 0.0 0.01 0.0 0.03 0.0 0.0 0.01 0.01 0.0 0.0 0.0 0.01
69.78 50.77 143.94 39.4 52.52 53.8 22.1 22.8 65.51 67.72 74.0 80.51 21.6 26.89 34.64 28.4 32.88 37.46 35.36 31.18 29.92 50.4 39.04 41.97 41.77 61.19 45.86 50.32 66.09 80.78 49.02
0.89 1.13 0.98 1.05 1.13 0.75 0.53 0.52 0.26 0.38 0.38 0.49 1.05 0.29 0.39 0.45 0.49 0.78 0.26 0.42 0.71 0.41 0.96 0.35 0.25 0.5 0.65 0.75 0.36 0.45 0.51
20.8 41.29 57.3 25.02 1.51 2.25 2.74 3.24 3.88 11.2 8.38 11.71 7.33 0.63 0.68 3.06 7.84 34.19 6.77 3.58 4.11 4.96 47.02 7.86 9.27 35.62 13.82 4.76 6.65 28.24 22.47
Bra028281 (TRM24)
 0.09 0.2 1.36 0.41 0.13 0.08 0.02 0.05 0.05 0.01 0.09 0.02 0.19 0.06 0.11 0.05 0.06 0.38 0.1 0.05 0.05 0.02 0.24 0.03 0.01 0.1 0.06 0.08 0.04 0.07 0.02
Bra028865 (APD7)
 2.17 3.6 5.01 1.95 0.66 0.07 0.53 0.69 0.39 1.04 0.65 0.86 0.49 0.1 0.12 0.46 0.69 0.46 0.47 1.38 1.03 0.92 0.26 0.47 0.25 0.77 0.48 0.18 0.29 0.81 0.35
0.0 0.0 0.42 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.62 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
0.0 0.02 0.1 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.03 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.02 0.02
2.04 1.54 2.65 1.99 2.25 1.03 0.88 0.4 0.46 0.74 0.66 0.58 2.72 0.57 0.31 0.62 0.59 1.3 0.34 0.3 0.29 0.53 2.45 0.85 0.69 1.0 0.78 1.1 0.38 0.63 0.77
0.09 0.36 1.24 0.59 0.14 0.17 0.08 0.08 0.05 0.04 0.03 0.01 0.38 0.1 0.07 0.12 0.05 0.29 0.03 0.07 0.11 0.05 0.79 0.08 0.06 0.15 0.09 0.1 0.03 0.09 0.04
Bra031072 (FMO1)
 0.57 0.41 0.79 0.95 0.04 0.02 0.04 0.19 0.06 0.09 0.03 0.16 0.01 0.0 0.0 0.0 0.02 0.0 0.02 0.0 0.01 0.11 0.0 0.02 0.01 0.1 0.01 0.0 0.05 0.24 0.05
10.88 15.42 23.93 6.29 13.1 1.26 2.4 5.31 3.28 9.35 5.24 4.6 4.25 0.58 0.81 5.23 6.66 12.28 2.8 4.17 3.02 7.99 17.76 4.47 3.5 3.4 5.91 8.43 2.34 9.36 1.61
Bra031128 (TAX2)
 0.63 12.55 31.69 5.75 11.0 1.61 1.89 6.05 2.93 11.15 2.87 15.63 8.26 2.84 2.46 3.23 4.0 31.48 6.09 1.43 7.21 5.79 67.21 3.13 4.02 6.67 5.2 5.55 0.82 6.77 2.17
Bra031221 (WRKY59)
 0.03 0.43 0.0 0.06 0.07 0.11 0.0 0.03 0.0 0.18 0.0 0.07 0.0 0.06 0.0 0.08 0.05 0.62 0.0 0.0 0.07 0.16 2.12 0.02 0.02 0.07 0.0 0.08 0.08 0.09 0.0
3.81 7.07 9.11 5.12 0.95 1.37 1.5 1.58 1.76 1.82 2.0 1.81 1.69 1.06 1.52 1.66 1.86 4.04 2.0 1.49 0.83 1.03 6.04 2.2 2.88 3.18 3.01 1.11 1.52 3.0 5.15
Bra032935 (PIRL2)
 1.1 2.14 2.33 1.47 0.31 0.69 1.0 0.62 0.25 0.27 0.13 0.14 0.16 0.05 0.27 0.17 0.29 0.87 0.77 0.23 0.09 0.33 2.24 0.64 0.64 2.04 0.56 0.26 0.61 1.29 1.62
Bra034022 (CYP735A2)
 0.0 0.0 0.21 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.16 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.28 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.14
Bra035645 (XPO2)
 0.04 0.02 0.11 0.05 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.02 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra036502 (QWRF3)
 0.34 1.03 4.34 3.5 0.08 0.0 0.15 0.0 0.02 0.03 0.01 0.0 0.02 0.0 0.0 0.29 0.01 0.52 0.07 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01
Bra036701 (MIOX2)
 1.11 2.09 32.56 13.66 0.0 0.0 0.0 0.01 0.01 0.0 0.02 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.01 0.49 0.07 0.03 0.0 0.1 37.16 0.0 0.0 0.22 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01
Bra038169 (SAR1)
 2.26 3.15 3.78 2.6 4.66 3.23 4.16 4.75 1.79 3.15 3.35 4.01 6.15 3.69 3.15 3.23 4.4 7.69 3.97 2.91 4.06 3.29 5.64 4.73 4.36 4.85 5.29 3.78 3.25 4.58 4.84
Bra038347 (PPRT1)
 0.1 0.3 1.54 0.57 0.19 0.0 0.0 0.04 0.0 0.1 0.04 0.01 0.09 0.0 0.0 0.11 0.03 0.03 0.02 0.0 0.08 0.01 0.07 0.0 0.04 0.04 0.01 0.05 0.08 0.02 0.05
Bra038577 (FBS1)
 0.17 0.33 2.38 0.59 0.63 0.07 0.0 0.0 0.06 0.0 0.07 0.04 0.8 0.04 0.05 0.16 0.11 0.63 0.08 0.04 0.0 0.06 2.46 0.2 0.81 0.17 0.17 0.51 0.74 0.35 0.55
Bra039021 (MIOX2)
 0.53 1.09 15.1 5.42 0.0 0.0 0.0 0.04 0.0 0.0 0.0 0.0 0.03 0.0 0.0 0.0 0.0 0.08 0.0 0.0 0.0 0.0 6.35 0.0 0.0 0.07 0.0 0.0 0.0 0.04 0.0
Bra041014 (MIOX4)
 0.0 0.03 0.52 0.02 0.0 0.0 0.0 0.05 0.0 0.08 0.0 0.03 0.03 0.0 0.01 0.0 0.0 0.07 0.0 0.11 0.0 0.14 1.67 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0

Details

Raw expression values (TPM normalized), Green cells indicate low expression and red high. (Dark gray cells indicate missing values)