1. Home
  2. Tools
  3. Expression Heatmap
  4. Results

Heatmap: Cluster_126 (Brassica rapa (Bra) Coexpression Clusters (HCCA Algorithm))

View as: (view zlog-transformed or row-normalized)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Showing raw values)

 Transpose table  Download table
Gene
Light: 268 uE m-2 s-1
Light: 202.5 uE m-2 s-1 (Control)
Light: 135 uE m-2 s-1
Light: 67.5 uE m-2 s-1
Photoperiod: L24
Photoperiod: L20D4 (Control)
Photoperiod: L12D12
Photoperiod: L8D16
RBW: 4:1:1 (Control)
RBW: 4:1:0
RBW: 3:1:1
RBW: 3:1:0
Nitrogen: 0%
Nitrogen: 25%
Nitrogen: 50%
Nitrogen: 100% (Control)
Nitrogen: 150%
Phosphorous: 0%
Phosphorous: 25%
Phosphorous: 50%
Phosphorous: 100% (Control)
Phosphorous: 150%
Potassium: 0%
Potassium: 25%
Potassium: 50%
Potassium: 100% (Control)
Potassium: 150%
Temperature: 20°C
Temperature: 25°C (Control)
Temperature: 30°C
Temperature: 35°C
1.7 0.05 0.67 1.2 2.88 3.09 2.63 1.67 2.43 2.09 1.91 1.97 4.2 2.32 0.9 3.84 2.82 2.2 2.07 4.09 3.54 1.7 4.62 2.58 2.14 2.07 1.93 1.17 3.07 2.97 4.63
Bra002384 (UBP8)
 5.53 4.31 4.71 4.88 7.72 7.53 5.92 5.02 4.09 4.26 4.46 4.49 4.89 5.9 6.11 6.01 5.5 6.33 5.2 4.91 4.3 4.93 6.26 6.49 6.53 5.91 6.47 6.69 6.46 5.97 7.22
1.86 2.2 3.08 3.35 4.33 3.31 3.36 4.23 2.82 3.15 3.09 2.76 4.23 3.63 3.45 4.04 3.57 4.63 3.18 3.05 2.93 2.74 3.85 3.21 3.66 3.82 3.9 4.19 3.91 4.71 4.57
Bra003683 (RFC5)
 6.63 7.4 6.7 7.17 6.52 6.91 5.19 5.15 4.83 4.23 4.64 4.4 7.42 5.62 9.01 5.4 5.09 5.97 4.41 5.18 3.83 4.13 6.97 4.44 6.2 5.14 5.48 6.85 6.53 6.22 6.61
5.03 2.17 3.15 3.59 14.57 7.41 7.21 11.03 9.75 7.68 11.16 8.14 7.88 6.37 3.31 8.29 6.21 10.88 9.73 8.77 7.31 8.85 4.67 10.91 10.4 8.68 11.11 12.43 12.08 10.54 9.17
5.73 2.65 2.69 3.22 13.43 9.36 8.74 7.16 7.57 7.23 7.89 9.37 6.56 9.21 7.38 10.18 7.09 6.85 6.77 7.22 7.06 8.14 5.53 8.15 8.41 7.71 8.76 9.74 10.4 9.79 8.45
3.49 2.58 3.06 2.69 6.64 5.77 4.42 3.78 4.24 3.55 4.18 4.13 4.25 5.15 5.77 5.28 4.68 5.81 4.57 4.4 3.89 3.37 4.18 4.75 5.16 3.22 4.72 5.01 6.21 6.37 7.19
Bra005988 (AGAL2)
 4.26 3.4 4.92 3.04 9.91 7.02 5.31 4.13 6.22 6.19 6.51 6.48 4.5 5.88 5.41 5.54 5.17 6.34 5.57 5.14 5.44 4.65 3.36 6.09 5.68 4.43 5.41 6.72 7.4 5.57 6.36
Bra006017 (E1A2)
 0.99 1.0 0.8 0.57 6.15 4.71 6.01 6.17 4.85 4.81 5.07 4.32 5.79 7.54 4.26 5.98 4.67 4.03 4.83 3.14 5.03 4.68 3.38 5.89 4.63 4.45 4.83 9.02 8.48 3.91 3.63
Bra006413 (BolA4)
 21.39 19.6 22.69 19.28 38.57 28.83 32.16 32.25 32.26 24.6 23.73 27.14 41.87 27.68 30.5 29.93 29.68 27.48 26.23 28.24 32.52 25.89 46.11 33.5 29.17 31.15 34.56 41.62 38.92 32.57 36.24
34.55 36.68 38.63 27.99 64.36 44.36 44.48 33.39 42.05 41.81 41.62 42.2 71.29 64.13 51.04 52.43 31.67 50.98 47.56 38.53 44.35 51.61 54.69 55.02 47.06 46.23 45.97 51.65 44.36 40.31 44.75
Bra007153 (HHP1)
 5.36 4.92 3.76 4.1 9.35 6.04 7.97 6.53 5.67 5.64 5.17 6.41 5.62 6.63 6.11 6.14 5.59 6.54 5.28 4.74 4.52 4.75 4.09 6.68 5.22 3.96 5.35 9.61 8.23 8.46 5.48
Bra007248 (SCAB3)
 1.58 1.6 2.02 1.08 6.79 4.96 4.25 3.26 3.38 4.48 4.71 4.09 6.91 4.24 3.76 7.18 5.96 2.19 2.82 5.1 5.56 5.18 5.03 6.07 6.13 4.23 5.6 5.1 5.38 3.83 4.12
6.48 7.99 6.25 6.97 7.46 5.33 4.92 6.28 4.79 4.86 4.14 4.52 7.42 7.12 6.58 5.32 4.47 7.74 4.17 4.19 3.74 3.73 6.38 5.48 6.06 5.96 5.39 7.04 7.26 7.05 6.89
1.22 1.92 2.63 0.75 6.57 3.47 2.61 2.0 6.12 6.22 6.0 3.1 3.1 6.01 4.91 6.15 4.83 5.23 7.32 3.74 5.27 4.41 8.33 6.11 6.85 4.04 6.24 4.67 4.06 4.28 3.83
Bra009121 (AL1)
 5.81 3.51 6.94 5.64 9.63 7.02 7.1 8.92 5.66 6.58 6.75 6.7 8.75 11.0 9.2 7.96 8.87 6.25 6.89 7.95 7.64 6.53 9.8 10.2 8.63 7.39 9.44 8.11 7.34 7.57 11.8
Bra009208 (d-LDH)
 14.81 11.91 12.77 10.09 15.9 14.24 11.21 10.62 10.48 10.03 10.2 10.62 13.39 13.47 13.85 11.09 9.88 13.84 12.62 10.67 9.42 10.63 11.49 11.92 12.7 12.06 12.72 14.81 15.47 13.6 15.53
Bra009385 (SACL1)
 8.49 6.98 8.2 8.21 42.06 16.88 12.9 13.95 15.75 15.75 15.77 14.81 28.35 34.1 26.64 21.14 18.73 27.8 17.6 18.1 16.78 15.87 12.61 15.61 17.22 11.13 15.05 12.26 15.46 15.79 22.22
79.01 47.41 54.69 60.5 272.04 102.17 85.01 86.1 80.2 94.9 100.45 97.07 133.18 214.4 179.1 119.94 98.96 181.32 92.02 107.64 98.96 91.0 66.62 88.63 118.14 58.13 95.5 87.46 103.97 104.34 167.76
Bra010847 (SCAR3)
 2.09 1.88 2.07 1.27 4.63 3.78 3.31 4.09 3.79 3.35 3.41 3.56 3.54 5.27 4.9 3.37 2.78 4.15 3.17 3.15 2.61 2.91 2.65 3.63 4.34 3.29 4.21 4.81 5.1 3.98 3.54
0.29 0.25 0.9 0.28 3.65 1.65 1.81 1.22 1.56 2.45 2.71 1.89 3.46 3.3 2.53 2.9 2.18 2.11 1.71 1.62 2.55 1.42 3.59 2.82 3.09 2.1 2.92 2.95 2.17 1.98 2.1
Bra011219 (AUG8)
 0.82 0.6 0.68 0.95 2.61 1.31 0.69 1.04 0.92 0.91 0.82 0.9 1.08 1.68 1.66 1.28 1.13 1.68 1.12 1.03 1.01 0.75 0.91 0.97 0.94 0.91 0.81 1.29 1.21 1.98 2.32
Bra011335 (KIX9)
 2.18 0.83 1.36 0.74 3.67 1.65 0.94 2.21 2.02 1.11 1.86 1.7 1.69 1.48 2.13 0.99 0.7 2.73 1.83 0.78 1.05 1.21 2.25 1.11 1.07 0.43 1.11 1.89 1.5 3.03 3.39
Bra012800 (SMXL3)
 1.31 0.8 0.88 0.72 2.1 1.19 0.52 0.39 0.85 0.94 0.5 0.72 1.21 1.47 1.19 1.35 1.07 1.09 1.41 0.77 1.1 0.86 1.2 1.11 1.14 1.13 1.05 0.91 1.01 1.58 2.08
Bra013852 (TPD1)
 5.42 1.86 3.24 1.47 24.57 18.03 17.56 13.75 14.95 10.28 13.31 12.3 12.3 13.96 16.99 12.9 12.76 10.04 16.52 16.64 12.38 12.49 10.16 15.98 16.05 4.6 14.01 15.36 13.51 16.17 11.52
Bra014419 (ARF18)
 4.04 1.73 2.92 1.96 16.73 9.35 6.85 9.07 10.53 5.98 7.41 6.53 8.24 8.89 8.38 7.47 4.56 13.27 11.12 6.49 5.6 4.5 3.87 10.54 9.54 6.35 7.15 15.61 12.14 9.71 7.41
0.31 0.14 0.31 0.23 0.61 0.26 0.51 0.88 0.43 0.35 0.49 0.54 0.96 0.28 0.53 0.27 0.57 0.92 0.41 0.42 0.31 0.2 0.43 0.48 0.46 0.6 0.44 0.75 0.58 0.66 0.77
3.51 2.41 3.07 4.24 8.25 5.07 4.2 4.69 6.41 4.94 5.03 4.05 4.44 7.1 7.7 6.08 4.87 5.84 8.12 6.63 5.11 4.9 2.85 5.38 5.27 7.19 5.02 5.93 6.25 5.48 4.64
1.07 0.66 0.8 1.09 3.64 2.71 2.26 2.3 1.72 1.7 1.92 1.57 1.46 2.5 2.67 2.17 2.38 1.93 2.63 1.98 1.5 1.67 2.13 2.57 2.59 1.53 2.6 3.08 2.6 2.48 2.68
1.15 0.89 0.92 0.62 1.44 1.15 1.32 1.37 1.22 1.25 1.13 1.49 1.66 1.53 1.47 1.6 1.34 1.65 1.53 1.39 0.92 1.04 1.63 1.65 1.66 1.26 1.63 1.77 1.67 1.98 1.61
2.19 2.24 2.89 1.34 4.24 2.89 1.73 1.71 2.73 2.33 2.09 2.69 2.75 4.15 3.77 2.72 2.61 3.81 2.49 2.13 2.06 2.94 2.97 2.35 2.76 1.71 2.51 2.65 2.8 3.09 3.55
Bra018665 (GATA11)
 0.35 0.59 1.01 0.67 2.56 0.8 1.03 0.79 1.72 2.06 1.86 1.98 1.79 1.81 1.95 2.27 1.67 2.57 1.72 2.12 1.75 1.5 3.53 2.5 1.83 1.25 1.55 1.99 1.38 2.22 2.63
Bra018937 (LYK3)
 1.41 1.36 1.08 1.2 2.96 1.77 0.65 1.85 1.24 1.48 1.22 1.12 1.14 1.61 1.45 0.87 1.43 2.35 1.72 0.77 0.89 1.36 1.49 0.76 0.91 1.07 1.17 1.29 1.11 1.52 2.12
Bra021248 (NPSN13)
 12.94 12.6 13.06 12.94 14.76 9.91 10.31 8.32 7.45 7.07 7.18 6.87 12.59 13.03 15.33 5.93 5.24 14.07 7.81 10.17 8.21 7.36 15.2 10.86 10.91 12.04 9.73 9.85 9.27 9.12 11.13
Bra021277 (RLK902)
 4.24 3.16 4.61 5.3 10.85 4.77 7.4 9.22 2.06 3.68 3.4 6.27 9.94 6.47 5.58 5.87 7.13 9.4 4.52 2.8 2.48 3.74 10.97 6.48 6.25 9.85 7.06 9.44 9.44 10.76 9.76
Bra021392 (CER8)
 2.36 1.42 1.84 0.57 5.6 1.86 1.46 2.94 4.91 3.54 2.86 3.27 3.17 4.08 3.08 2.38 1.85 4.3 2.77 1.45 1.4 1.39 2.5 1.79 1.94 1.4 1.58 3.28 3.87 3.92 4.66
0.09 0.03 0.23 0.14 2.28 1.83 0.89 1.1 1.57 1.33 1.07 0.74 1.11 1.9 1.5 0.81 0.94 1.27 1.83 1.63 1.23 1.14 1.68 1.34 0.91 1.08 1.15 1.92 2.05 0.86 1.44
3.75 3.74 4.06 2.77 11.12 7.8 4.54 4.49 4.88 5.78 4.39 4.88 6.23 8.93 7.54 6.21 5.08 9.01 6.12 5.8 5.55 5.14 3.48 6.99 6.26 4.81 5.67 6.23 6.08 5.8 8.49
Bra022547 (EYE)
 2.56 2.84 4.18 3.68 3.78 1.81 1.99 3.14 2.25 2.58 1.91 2.42 4.23 3.19 3.11 2.45 2.76 4.04 2.57 1.72 1.89 2.09 3.54 3.06 2.55 3.32 2.61 3.55 3.25 4.58 3.93
Bra022766 (SPL13)
 1.23 0.42 0.66 0.8 5.96 3.02 2.06 2.46 1.77 2.21 2.09 1.93 3.6 3.03 3.05 3.35 2.97 2.58 3.02 3.18 2.99 2.58 2.63 3.37 2.92 2.61 3.04 3.54 2.71 2.78 2.93
Bra024383 (CYCD4;1)
 1.01 0.92 0.9 0.47 2.39 1.79 1.06 0.76 1.14 1.7 1.32 1.51 2.65 1.99 1.77 1.59 0.81 2.03 2.06 0.95 2.01 1.53 2.26 2.02 1.7 1.91 1.93 1.61 1.77 1.72 1.8
Bra025152 (ABCG21)
 0.9 0.43 0.56 0.45 2.91 1.37 0.49 0.47 0.89 0.45 0.42 0.54 1.06 1.29 1.05 1.01 0.63 1.72 1.33 0.68 0.59 0.36 0.73 0.87 0.88 1.13 0.98 1.15 1.33 1.07 1.29
Bra026184 (MAP70-4)
 7.07 7.45 6.47 7.23 18.21 13.31 12.04 17.7 12.22 9.75 10.79 10.59 12.38 19.95 18.74 11.53 10.34 9.69 11.8 10.68 11.1 10.31 11.88 13.56 12.35 10.07 12.33 14.22 15.02 11.65 12.49
1.67 0.7 0.92 0.87 5.17 3.34 2.32 3.09 4.23 2.8 4.14 4.15 2.67 3.71 2.29 2.3 2.09 1.94 2.99 2.92 3.19 2.88 1.57 2.86 3.25 2.85 3.02 3.98 4.7 3.51 2.64
4.26 2.32 2.8 1.78 7.99 4.13 3.97 5.57 4.26 3.07 2.68 3.59 3.18 2.98 3.78 2.75 2.94 6.77 3.29 3.28 2.51 2.53 3.02 5.87 5.28 3.91 4.98 6.95 9.34 6.03 3.18
Bra026958 (RFL2)
 0.6 0.47 0.57 0.4 1.19 0.88 0.47 0.65 0.43 0.36 0.56 0.43 0.67 1.27 0.74 0.66 0.59 0.89 0.69 0.43 0.51 0.42 0.41 0.59 0.53 0.37 0.6 0.45 0.71 0.58 0.79
Bra027014 (LDL1)
 2.88 3.22 3.08 2.91 4.58 4.6 4.03 3.93 3.21 3.5 3.23 3.03 4.3 4.77 4.76 4.68 3.73 3.55 3.63 3.51 3.31 3.26 4.58 3.79 4.16 2.45 4.14 3.89 4.62 4.28 5.6
Bra027523 (UMAMIT42)
 0.68 1.02 0.41 0.74 5.39 2.24 1.46 1.79 2.71 2.25 3.63 2.24 3.31 4.61 2.21 3.61 2.1 4.46 3.11 2.43 1.96 2.77 5.29 2.94 3.6 3.53 2.9 3.28 2.56 4.43 3.29
1.85 1.62 2.29 1.47 4.17 2.83 1.88 2.05 2.03 2.13 1.88 1.96 2.78 3.53 3.23 2.4 2.44 2.79 2.23 2.11 1.86 2.04 1.88 2.36 2.55 2.55 2.44 2.6 3.15 2.31 3.44
Bra029810 (ACIP1)
 38.52 25.21 24.58 27.9 51.54 36.76 28.34 27.92 27.6 24.7 25.08 24.31 44.45 34.88 34.33 34.83 31.62 40.05 21.62 22.62 23.88 22.54 34.25 35.12 35.99 44.83 31.39 40.69 47.99 39.48 48.69
Bra029924 (SEND1)
 0.57 0.21 0.4 0.17 1.03 0.68 0.61 0.56 0.5 0.75 0.81 0.55 0.87 0.54 0.56 0.71 1.16 0.52 0.71 1.03 0.73 0.62 0.76 0.8 0.69 0.62 0.77 0.82 0.66 0.75 0.92
1.23 0.27 0.67 0.76 3.07 2.15 1.98 1.33 2.1 3.29 3.35 3.16 2.83 2.54 3.67 4.22 2.71 2.07 2.51 3.69 2.85 2.61 1.7 2.25 3.79 2.04 3.26 1.56 1.2 1.62 2.38
Bra030803 (SK41)
 4.19 3.97 4.67 3.2 7.5 5.4 4.61 4.68 4.03 4.73 4.46 4.95 6.17 5.72 6.55 5.5 5.98 5.17 5.71 5.21 5.66 4.24 5.76 6.02 5.83 4.38 6.64 5.2 5.07 6.23 8.28
0.96 0.39 0.75 0.72 1.83 1.89 4.59 2.19 1.86 2.1 0.91 1.35 4.12 0.8 1.66 3.57 3.4 2.2 0.82 2.31 2.55 1.83 2.34 3.15 2.63 2.25 2.55 1.76 2.25 1.58 2.74
0.53 0.55 0.76 0.47 1.88 1.2 0.89 1.27 1.18 1.4 1.43 1.28 1.72 1.23 1.79 1.47 1.46 2.11 1.35 1.82 1.23 1.45 1.68 2.12 1.78 0.86 1.43 1.35 1.03 1.29 1.71
Bra031741 (ATSGS1)
 0.4 0.33 0.42 0.38 0.86 0.64 0.41 0.58 0.54 0.52 0.45 0.45 0.79 0.66 0.6 0.79 0.54 0.63 0.57 0.53 0.52 0.58 0.81 0.82 0.72 0.43 0.7 0.84 0.71 0.54 0.75
Bra033063 (PRE5)
 2.1 3.57 5.87 5.86 18.42 10.8 12.83 11.65 18.97 17.1 22.8 20.29 21.65 10.96 19.6 29.33 12.44 14.53 14.55 18.95 20.02 12.29 17.77 24.32 15.48 8.83 8.88 3.31 7.78 10.73 24.18
Bra033427 (SMXL3)
 0.95 0.73 0.86 0.79 1.76 1.4 0.65 0.59 1.0 0.76 0.67 0.63 0.95 1.77 1.14 1.15 0.87 1.41 0.82 0.94 0.79 0.82 1.84 1.11 1.37 0.81 0.85 1.15 1.11 1.64 1.77
13.21 9.69 12.76 12.04 21.83 15.1 13.85 17.41 13.76 14.25 15.59 14.71 18.65 19.74 17.08 16.6 14.17 18.19 14.42 13.36 13.53 14.09 15.78 17.94 19.61 17.72 18.33 18.52 18.93 20.92 18.88
Bra035381 (HK2)
 2.95 1.81 2.78 1.82 7.83 5.24 1.54 1.18 2.82 2.46 2.24 2.78 3.53 5.74 6.08 3.33 3.56 3.44 2.94 3.11 2.38 2.07 3.26 3.45 3.46 3.11 3.3 3.6 4.67 3.32 4.6
Bra035821 (HKL2)
 2.79 2.73 2.12 2.14 2.56 1.63 1.23 1.44 1.33 1.74 1.65 1.61 1.96 1.92 1.85 1.83 1.81 2.15 1.33 1.38 1.33 1.5 2.03 1.84 2.19 2.1 2.0 2.51 2.31 2.34 2.68
Bra035849 (HEMN1)
 3.63 3.47 4.24 3.8 8.21 8.74 6.14 6.34 4.44 4.88 3.95 3.94 4.51 6.41 6.75 6.18 6.51 4.98 4.68 5.1 6.16 4.83 5.51 6.9 6.31 5.46 6.31 7.34 7.82 5.76 7.42
1.41 0.66 0.58 0.85 1.28 0.86 1.47 1.53 1.23 1.71 0.91 1.7 1.63 1.33 1.8 1.72 1.46 1.69 1.52 1.09 1.07 1.29 1.29 1.29 1.83 1.68 1.28 1.83 1.97 2.49 2.16
Bra038125 (PLA2-ALPHA)
 31.16 19.59 30.15 21.9 51.13 41.53 32.74 31.37 42.95 41.51 41.84 40.49 47.2 54.78 46.47 46.5 37.41 47.5 40.42 42.75 41.43 45.37 46.05 42.67 41.84 38.96 42.13 40.56 39.12 36.35 45.82
Bra038233 (DIM)
 10.2 6.28 8.69 6.24 43.37 26.37 26.04 33.86 30.64 29.5 26.01 28.14 37.13 33.76 27.57 36.09 32.15 20.23 23.98 27.5 26.33 26.0 40.14 29.33 32.56 27.68 27.18 33.74 35.59 31.93 22.16
3.99 3.68 3.98 5.32 6.74 8.55 8.35 7.43 4.97 7.67 5.24 5.17 10.38 6.65 7.17 9.06 10.66 4.51 4.74 7.23 6.9 8.28 6.62 7.54 7.44 5.32 6.39 6.67 7.28 5.1 6.18
0.95 0.92 1.61 0.63 2.55 2.05 0.71 0.99 1.13 1.06 1.04 0.87 2.36 2.57 2.29 1.61 0.98 1.84 1.23 1.54 1.82 0.96 5.33 1.34 1.61 1.59 1.83 2.3 1.83 3.68 3.26

Details

Raw expression values (TPM normalized), Green cells indicate low expression and red high. (Dark gray cells indicate missing values)