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Heatmap: Cluster_132 (Brassica rapa (Bra) Coexpression Clusters (HCCA Algorithm))

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(Values are log2 transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

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Gene
Light: 268 uE m-2 s-1
Light: 202.5 uE m-2 s-1 (Control)
Light: 135 uE m-2 s-1
Light: 67.5 uE m-2 s-1
Photoperiod: L24
Photoperiod: L20D4 (Control)
Photoperiod: L12D12
Photoperiod: L8D16
RBW: 4:1:1 (Control)
RBW: 4:1:0
RBW: 3:1:1
RBW: 3:1:0
Nitrogen: 0%
Nitrogen: 25%
Nitrogen: 50%
Nitrogen: 100% (Control)
Nitrogen: 150%
Phosphorous: 0%
Phosphorous: 25%
Phosphorous: 50%
Phosphorous: 100% (Control)
Phosphorous: 150%
Potassium: 0%
Potassium: 25%
Potassium: 50%
Potassium: 100% (Control)
Potassium: 150%
Temperature: 20°C
Temperature: 25°C (Control)
Temperature: 30°C
Temperature: 35°C
-0.87 -1.09 -1.04 -1.03 0.56 0.73 -0.26 -0.2 -0.13 -0.26 -0.28 -0.37 -0.2 1.28 1.36 0.2 0.03 0.63 0.17 -0.03 -0.23 -0.25 -0.39 -0.2 -0.12 -0.4 -0.36 -0.02 -0.1 -0.58 -0.39
-1.65 -1.99 -2.2 -2.65 1.11 1.42 -0.57 -1.11 -0.54 -0.93 -1.32 -1.52 -1.37 2.01 2.12 -0.1 -0.39 0.13 0.36 -0.55 -0.31 -0.63 -0.53 -0.02 -0.21 -1.1 -0.39 0.18 0.27 -0.97 -0.89
Bra003162 (PTRE1)
 -0.28 -0.17 -0.55 -0.87 0.56 0.6 -0.18 -0.11 -0.12 -0.12 -0.25 -0.03 -0.29 0.84 0.84 -0.14 -0.12 0.04 0.11 -0.03 -0.36 -0.18 0.09 -0.01 -0.09 -0.29 -0.1 -0.03 0.06 -0.41 0.13
Bra003382 (NLP9)
 -2.2 -3.73 -4.42 -3.56 1.14 1.55 -0.66 -0.87 0.02 -0.26 -0.72 -0.56 -0.85 1.88 1.91 0.05 0.74 0.44 -0.23 -0.52 -0.5 -0.63 -1.25 -0.38 -0.61 -0.97 -1.18 0.08 0.2 -1.05 -0.55
Bra003692 (SKP2B)
 -1.37 -1.55 -1.66 -1.55 0.97 1.38 -0.38 -1.3 0.34 -0.6 -0.58 -0.87 -0.89 1.69 1.87 0.26 -0.39 -0.08 0.16 -0.28 -0.79 -0.56 0.06 0.1 -0.33 -0.65 -0.48 -0.51 0.01 -0.99 -0.45
-0.83 -1.77 -2.74 -2.1 0.76 0.9 -0.09 -0.89 -0.09 -0.62 -0.57 -0.83 -0.08 1.24 1.52 0.31 -0.07 0.59 0.13 -0.24 -0.35 -0.49 -0.4 -0.02 -0.04 -0.45 -0.05 0.01 0.09 -0.43 0.45
-2.4 -2.02 -1.66 -1.5 0.25 1.18 -0.36 -1.16 -0.42 -0.52 -0.7 -0.6 -1.12 1.56 1.73 0.31 -0.0 0.55 0.27 0.11 -0.02 -0.22 0.38 -0.25 -0.08 -0.21 -0.47 -0.58 0.1 -0.54 -0.31
-0.5 -0.42 -1.0 -0.96 0.51 0.8 -0.45 -0.82 0.1 -0.17 -0.1 -0.33 -0.42 1.08 1.23 0.23 0.04 0.08 0.18 -0.18 -0.39 -0.29 -0.37 -0.24 -0.09 -0.62 -0.2 -0.04 0.45 -0.17 0.0
-1.73 -2.38 -2.03 -2.97 1.85 2.25 -2.37 -3.28 0.2 -2.26 -1.47 -1.93 -3.89 2.35 2.35 -1.49 -2.65 -0.82 -0.59 -1.87 -1.33 -1.57 0.27 -0.82 -1.6 -2.53 -2.06 0.28 0.71 -0.75 -1.08
Bra007860 (STYK)
 -0.11 -0.27 -0.24 -0.49 0.79 0.82 -0.42 -0.71 -0.22 -0.14 -0.51 -0.28 -0.37 1.12 1.28 -0.14 -0.26 -0.39 0.04 -0.45 -0.48 -0.32 -0.16 -0.09 -0.25 -0.1 -0.26 0.12 0.18 -0.17 -0.3
Bra007892 (MYBD)
 -5.54 -3.62 -2.9 -5.05 0.78 1.03 -2.28 -1.32 -0.16 -1.78 -1.25 -0.7 -1.09 2.05 2.59 -0.3 -1.64 -1.33 -0.26 -1.81 -0.54 -2.06 0.3 0.23 -0.03 -0.97 -0.15 1.07 1.08 -0.75 -1.6
-0.58 -0.35 -0.55 -0.51 0.84 1.5 -0.47 -0.47 -0.11 -0.21 -0.43 -0.75 -0.41 1.28 1.81 -0.7 -0.13 0.12 -0.28 -0.36 -1.23 -0.03 0.61 -0.22 -0.76 -0.98 -0.89 -0.89 -0.39 -0.5 -0.71
-0.34 -0.56 -0.58 -1.06 0.84 1.08 -0.41 -0.6 -0.23 -0.35 -0.52 -0.46 -0.72 1.19 1.26 0.15 0.04 -0.29 0.06 -0.2 -0.31 -0.38 -0.15 -0.13 -0.21 -0.47 -0.34 0.1 0.28 -0.34 0.04
Bra008698 (APG6)
 -1.0 0.41 -2.19 -1.77 0.51 1.09 -0.22 -0.59 -0.09 -0.63 -0.47 -0.71 -0.63 1.3 1.41 -0.05 -0.02 0.0 0.37 -0.23 -0.23 -0.45 -0.01 -0.03 -0.13 -0.54 -0.3 0.11 0.36 -0.78 -0.18
Bra008878 (HAP2A)
 -0.9 -0.73 -0.6 -0.49 0.47 0.95 -0.23 -0.59 -0.4 -0.42 -0.21 -0.56 -0.15 1.38 1.47 0.17 0.14 0.28 0.19 -0.1 -0.23 -0.06 0.39 -0.42 -0.49 -0.49 -0.51 -0.5 -0.22 -0.89 -0.51
Bra009203 (ABCG22)
 -0.42 -0.84 -1.12 -1.69 0.85 1.2 -0.4 -0.93 -0.2 -0.25 -0.52 -0.6 -0.8 1.57 1.69 0.33 -0.16 0.15 -0.03 -0.31 -0.49 -0.43 0.0 -0.54 -0.51 -0.4 -0.49 -0.56 -0.21 -0.53 0.14
Bra011485 (ABF3)
 -1.22 -1.31 -1.41 -1.27 0.99 1.15 -0.36 -0.93 0.16 -1.02 -0.71 -1.0 -1.3 1.53 2.22 -0.14 -0.59 -0.6 -0.11 -0.53 -1.2 -0.77 0.88 -0.08 -0.37 -2.05 -0.62 0.04 0.42 -0.39 -0.46
-0.13 -0.57 -0.46 -0.95 1.01 1.16 -0.99 -1.06 0.04 -0.82 -0.41 -0.67 -0.58 1.21 1.58 -0.2 -0.58 -0.42 -0.13 -0.27 -0.47 -0.51 0.15 -0.04 -0.32 -0.82 -0.45 0.0 0.48 0.05 -0.11
Bra012642 (TPS5)
 -1.73 -2.78 -2.58 -2.83 1.1 1.01 -1.19 -1.26 -0.26 -0.63 -0.67 -0.97 -0.73 1.69 2.01 -0.05 -0.52 0.27 0.38 -0.15 -0.56 -0.43 -0.91 0.4 -0.01 -0.71 -0.16 0.56 0.42 -0.78 -0.95
Bra013717 (BTI1)
 -0.41 -0.64 -0.87 -0.51 1.39 0.94 0.02 -0.27 0.23 -0.5 -0.73 -0.51 -0.88 1.04 1.79 -0.28 -0.67 0.26 0.29 -0.61 -0.68 -0.65 0.3 -0.61 -0.75 -1.24 -0.83 -0.11 -0.17 -0.27 -0.23
-5.21 -1.66 -6.75 - 1.48 2.25 -1.2 -2.22 -2.45 -3.42 -3.12 -3.42 -2.17 2.28 2.79 -0.64 0.56 0.52 -0.02 -1.96 -2.46 -2.85 -1.27 -0.03 -0.41 -1.8 -1.5 -0.04 -0.69 -3.08 -1.38
Bra016034 (HAB1)
 -1.42 -1.87 -1.84 -1.38 0.51 0.97 0.02 -0.64 0.25 -0.36 -0.19 -0.47 -0.66 1.48 1.68 0.31 -0.13 0.26 0.31 0.1 -0.2 0.02 -0.45 -0.13 -0.24 -0.82 -0.51 -0.35 0.09 -0.81 -0.44
Bra016809 (E2-OGDH2)
 -1.19 -1.58 -0.96 -1.04 0.82 1.17 -0.74 -1.36 -0.27 -0.33 -0.28 -0.56 -0.57 1.36 1.5 0.24 -0.32 0.32 0.67 -0.23 -0.34 -0.04 -0.01 -0.09 -0.17 -0.53 -0.3 0.15 0.17 -0.99 -0.89
Bra016948 (GLU2)
 -0.77 -1.73 -1.54 -2.02 1.17 0.99 -0.59 -0.85 0.3 -0.4 -0.23 -0.33 -0.45 1.72 1.64 0.12 -0.29 -0.21 -0.07 -0.38 -0.46 -0.26 0.2 -0.38 -0.51 -0.84 -0.72 -0.47 0.2 -0.18 -0.56
Bra018581 (SR30)
 -1.05 -0.18 -2.56 -2.73 0.52 1.41 -0.48 -1.32 0.0 -0.33 -0.75 -0.43 0.05 1.59 1.96 0.24 0.62 0.37 0.15 -0.27 -0.38 -0.61 -0.14 -0.66 -0.75 -1.15 -0.9 -1.13 -0.17 -1.05 -0.47
Bra018589 (HAP5C)
 -1.5 -2.28 -2.53 -1.82 0.98 0.93 -0.95 -0.61 0.26 -0.77 -0.66 -1.01 -0.07 1.9 2.14 -0.02 -0.39 -0.1 -0.06 -0.5 -0.52 -0.76 0.52 -0.27 -0.56 -0.86 -0.83 -0.01 0.02 -0.82 -0.59
Bra018662 (MOM)
 -0.37 -0.58 -0.62 -0.85 0.67 0.76 -0.45 -0.43 0.01 -0.19 -0.19 -0.35 -0.41 0.94 1.27 0.14 -0.2 0.05 0.07 -0.13 -0.36 -0.32 -0.16 -0.26 -0.22 -0.44 -0.08 0.05 0.25 -0.1 0.0
-1.85 -2.4 -4.12 -3.32 1.21 1.48 -0.47 -0.98 0.06 -1.24 -1.32 -1.73 -1.83 2.39 2.7 -0.13 -0.6 0.09 0.32 -0.71 -0.47 -0.65 -3.03 -0.54 -0.83 -2.99 -1.02 -0.9 -0.29 -1.96 -1.3
Bra020567 (TPR3)
 -0.54 -0.5 -0.82 -1.1 1.0 1.01 -0.61 -0.73 0.23 -0.43 -0.34 -0.45 -0.51 1.59 1.74 -0.09 -0.5 0.03 -0.08 -0.2 -0.31 -0.38 -0.02 -0.68 -0.72 -0.47 -0.69 -0.26 -0.02 -0.62 -0.46
-2.62 -3.05 -4.08 -3.64 0.64 1.73 -1.59 -2.7 -0.25 -1.03 -1.51 -1.7 -1.36 2.01 1.67 -0.01 -0.47 0.93 0.37 -0.41 -0.68 0.13 0.03 0.39 0.17 -1.41 -0.06 -0.18 0.54 -0.89 -0.77
Bra022409 (ABF4)
 -0.84 -0.95 -1.07 -0.86 0.29 0.91 -0.28 -0.41 -0.21 -0.4 -0.15 -0.23 -0.47 1.03 1.07 0.35 -0.12 0.02 -0.05 0.08 -0.12 -0.34 0.24 -0.06 0.11 -0.44 -0.06 0.03 0.34 -0.44 0.12
Bra023077 (PP2-A15)
 -1.59 -1.96 -1.81 -2.39 0.84 1.4 -0.74 -1.69 0.22 -0.73 -0.53 -0.77 -1.54 2.07 2.22 0.06 -0.65 -0.05 0.25 -0.26 -0.56 -0.28 -1.27 -0.27 -0.55 -1.66 -0.6 -0.55 0.24 -0.71 -0.31
-2.14 -5.41 -6.42 -3.48 2.03 2.07 -3.24 -3.95 -2.84 -3.82 -4.14 -3.83 -3.22 2.32 3.07 -2.03 -3.2 -0.83 0.17 -2.4 -2.51 -3.32 -2.21 -1.31 -1.35 -2.56 -1.24 0.64 -0.74 0.09 -0.04
Bra024068 (GGP1)
 -0.46 -0.36 -0.05 -1.04 0.18 1.18 0.17 -0.07 -0.67 -0.94 -0.86 -0.89 -0.68 1.57 1.59 -0.11 -0.57 0.4 0.02 -1.11 -0.61 -0.66 -0.57 0.22 -0.06 0.13 -0.32 -0.08 -0.4 -0.48 -0.09
-0.8 -2.21 -2.53 -2.48 1.47 1.5 -0.71 -1.23 0.11 -0.89 -0.6 -0.68 -1.58 1.71 2.27 -0.38 -1.05 -1.15 -0.3 -0.5 -0.62 -0.63 -1.29 -0.26 -0.56 -1.23 -0.75 0.63 0.56 -0.33 -0.73
Bra024875 (RGA)
 -0.52 -0.39 -0.48 -0.61 0.65 0.63 -0.32 -0.2 -0.1 -0.27 -0.37 -0.33 -0.25 0.86 1.23 0.08 -0.34 -0.57 -0.26 -0.11 -0.22 -0.23 0.15 0.16 0.04 -0.38 0.02 -0.08 0.21 -0.07 -0.08
-0.08 -0.22 -0.01 -0.41 1.03 0.92 -0.71 -1.27 0.13 -0.4 -0.41 -0.33 -0.51 1.2 1.38 -0.37 -0.55 -0.25 -0.36 -0.41 -0.5 -0.09 0.21 -0.26 -0.2 -0.45 -0.36 -0.04 0.2 -0.49 -0.32
Bra027261 (PPI2)
 -0.28 -0.14 -0.25 -0.37 1.11 1.81 -0.83 -1.08 -0.29 -1.18 -0.81 -1.29 -1.35 1.63 2.11 -0.68 -0.54 -1.24 -0.28 -0.9 -1.25 -0.93 -0.12 -0.45 -0.89 -1.38 -0.62 0.06 0.01 -0.25 -0.39
Bra028939 (WRKY2)
 -1.38 -1.28 -1.73 -1.59 1.11 1.41 -1.05 -1.32 0.02 -0.46 -0.73 -0.56 -0.6 1.54 2.06 0.21 -0.64 0.39 0.1 -0.55 -0.26 -0.77 0.03 -0.36 -0.28 -0.42 -1.06 -0.82 0.2 -0.84 -0.51
Bra031242 (NF-YA9)
 -0.08 -0.37 -0.56 -0.76 0.63 0.89 -0.41 -0.97 0.29 -0.35 -0.14 -0.19 -0.97 0.99 1.4 -0.01 -0.3 -0.52 0.05 -0.04 -0.17 0.05 -0.07 -0.24 -0.16 -0.47 -0.18 -0.03 0.15 -0.24 -0.43
-0.53 -0.66 -0.92 -1.85 0.36 1.39 -0.76 -0.87 0.44 -0.65 -0.52 -0.45 -1.51 1.52 1.87 -0.39 -0.86 0.27 0.39 -0.73 -0.23 -0.22 -1.11 -0.17 -0.55 -1.58 -0.3 0.35 0.02 -0.2 0.04
Bra032136 (TPR1)
 -0.2 0.12 -1.05 -0.8 0.5 0.81 -0.24 -0.24 -0.08 -0.33 -0.25 -0.37 0.2 0.93 0.96 -0.11 -0.05 -0.27 -0.36 -0.39 -0.47 -0.46 -0.21 -0.09 -0.03 -0.13 -0.16 0.2 0.37 -0.31 0.28
-0.77 -1.42 -1.77 -2.71 1.46 1.9 -1.09 -2.11 -0.18 -0.62 -0.43 -0.8 -1.95 2.12 2.22 -0.97 -1.31 -0.79 0.03 -0.58 -0.14 -0.19 -0.06 -0.9 -0.95 -1.13 -1.49 -0.39 0.01 -1.01 -2.07
Bra033604 (APL3)
 -2.36 -3.19 -3.98 -3.61 1.47 1.77 -1.12 -2.09 -0.5 -1.48 -1.73 -1.92 -2.43 2.23 2.77 -0.93 -0.68 0.32 0.54 -1.06 -0.84 -1.23 -2.13 -0.51 -0.97 -1.71 -1.29 0.14 -0.11 -1.29 -1.29
Bra034002 (SRP1)
 -2.49 -3.06 -3.66 -3.93 0.94 1.17 -0.9 -1.49 0.02 -0.9 -0.83 -0.71 -1.31 2.43 2.62 -0.48 -0.89 0.37 0.15 -0.7 -0.6 -0.56 -0.68 -0.48 -0.59 -1.55 -1.21 -0.5 -0.03 -1.67 -1.25
Bra036233 (ALKBH10B)
 -1.45 -1.74 -1.55 -1.71 0.66 1.12 -0.32 -0.85 -0.5 -0.69 -0.58 -0.55 -0.74 1.57 1.56 0.32 -0.03 0.95 0.63 -0.02 -0.17 -0.34 -0.3 -0.14 -0.33 -1.05 -0.36 -0.15 -0.01 -0.88 -0.35
Bra036395 (GORK)
 -0.2 -0.55 -0.69 -1.26 0.81 0.78 -0.48 -0.19 -0.1 -0.32 -0.35 -0.45 -0.39 1.08 0.88 -0.02 -0.06 0.4 0.19 -0.26 -0.5 -0.47 0.34 -0.24 -0.36 -0.56 -0.33 -0.01 0.11 0.06 0.29
Bra037344 (BMY9)
 -2.51 -2.44 -3.66 -3.72 0.89 1.26 -1.12 -0.6 -0.57 -0.29 -0.87 -1.12 -0.36 1.91 2.22 0.21 -0.35 0.84 0.28 -0.14 -0.58 -0.69 -1.42 -0.19 -0.38 -1.05 -0.48 0.03 -0.14 -0.87 -0.78
Bra037365 (RVE5)
 -0.89 -0.67 -0.91 -0.53 0.44 0.82 -0.34 -0.75 -0.22 -0.16 -0.39 -0.45 -0.61 1.26 1.22 0.2 -0.13 -0.17 -0.01 0.06 -0.25 -0.3 0.31 0.01 -0.07 0.02 -0.03 -0.52 0.04 -0.34 0.16
-1.61 -1.93 -1.7 -1.76 0.67 1.02 -0.24 -0.57 0.08 -0.26 -0.18 -0.35 -0.58 1.47 1.49 0.53 0.03 0.67 0.32 0.0 -0.17 -0.23 -1.73 -0.07 -0.07 -0.59 -0.09 -0.18 -0.14 -0.84 -0.62
Bra039354 (BRG3)
 -1.84 -1.87 -1.56 -1.28 0.99 1.18 -0.81 -1.46 -0.47 -0.25 -0.86 -0.77 0.06 1.8 2.07 0.04 0.29 -0.35 0.21 -0.49 -0.1 -0.13 0.36 -0.13 -0.21 -1.77 -0.56 -0.35 -0.53 -1.38 -1.16
Bra040260 (ABF2)
 -0.88 -1.15 -1.35 -1.22 1.03 1.09 -0.35 -1.34 0.02 -0.29 -0.36 -0.69 -0.67 1.22 1.53 0.09 -0.23 0.2 0.33 -0.07 -0.26 -0.12 0.16 0.03 -0.15 -0.64 -0.46 -0.37 -0.04 -0.46 -0.2

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.