1. Home
  2. Tools
  3. Expression Heatmap
  4. Results

Heatmap: Cluster_132 (Brassica rapa (Bra) Coexpression Clusters (HCCA Algorithm))

View as: (view raw or zlog-transformed)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Values are normalized against highest expression of the row)

 Transpose table  Download table
Gene
Light: 268 uE m-2 s-1
Light: 202.5 uE m-2 s-1 (Control)
Light: 135 uE m-2 s-1
Light: 67.5 uE m-2 s-1
Photoperiod: L24
Photoperiod: L20D4 (Control)
Photoperiod: L12D12
Photoperiod: L8D16
RBW: 4:1:1 (Control)
RBW: 4:1:0
RBW: 3:1:1
RBW: 3:1:0
Nitrogen: 0%
Nitrogen: 25%
Nitrogen: 50%
Nitrogen: 100% (Control)
Nitrogen: 150%
Phosphorous: 0%
Phosphorous: 25%
Phosphorous: 50%
Phosphorous: 100% (Control)
Phosphorous: 150%
Potassium: 0%
Potassium: 25%
Potassium: 50%
Potassium: 100% (Control)
Potassium: 150%
Temperature: 20°C
Temperature: 25°C (Control)
Temperature: 30°C
Temperature: 35°C
0.21 0.18 0.19 0.19 0.57 0.64 0.32 0.34 0.36 0.33 0.32 0.3 0.34 0.94 1.0 0.45 0.4 0.6 0.44 0.38 0.33 0.33 0.3 0.34 0.36 0.3 0.3 0.38 0.36 0.26 0.3
0.07 0.06 0.05 0.04 0.5 0.62 0.16 0.11 0.16 0.12 0.09 0.08 0.09 0.93 1.0 0.22 0.18 0.25 0.3 0.16 0.19 0.15 0.16 0.23 0.2 0.11 0.18 0.26 0.28 0.12 0.12
Bra003162 (PTRE1)
 0.46 0.5 0.38 0.3 0.82 0.85 0.49 0.52 0.51 0.51 0.47 0.55 0.46 0.99 1.0 0.51 0.51 0.57 0.6 0.55 0.43 0.49 0.59 0.55 0.52 0.45 0.52 0.55 0.58 0.42 0.61
Bra003382 (NLP9)
 0.06 0.02 0.01 0.02 0.59 0.78 0.17 0.15 0.27 0.22 0.16 0.18 0.15 0.98 1.0 0.27 0.44 0.36 0.23 0.19 0.19 0.17 0.11 0.2 0.17 0.14 0.12 0.28 0.31 0.13 0.18
Bra003692 (SKP2B)
 0.11 0.09 0.09 0.09 0.54 0.71 0.21 0.11 0.35 0.18 0.18 0.15 0.15 0.89 1.0 0.33 0.21 0.26 0.31 0.22 0.16 0.19 0.29 0.29 0.22 0.17 0.2 0.19 0.28 0.14 0.2
0.2 0.1 0.05 0.08 0.59 0.65 0.33 0.19 0.33 0.23 0.23 0.2 0.33 0.82 1.0 0.43 0.33 0.52 0.38 0.29 0.27 0.25 0.26 0.34 0.34 0.26 0.34 0.35 0.37 0.26 0.47
0.06 0.07 0.1 0.11 0.36 0.68 0.23 0.13 0.23 0.21 0.19 0.2 0.14 0.89 1.0 0.37 0.3 0.44 0.36 0.32 0.3 0.26 0.39 0.25 0.28 0.26 0.22 0.2 0.32 0.21 0.24
0.3 0.32 0.21 0.22 0.61 0.75 0.31 0.24 0.46 0.38 0.4 0.34 0.32 0.9 1.0 0.5 0.44 0.45 0.48 0.38 0.33 0.35 0.33 0.36 0.4 0.28 0.37 0.42 0.59 0.38 0.43
0.06 0.04 0.05 0.02 0.71 0.93 0.04 0.02 0.22 0.04 0.07 0.05 0.01 1.0 1.0 0.07 0.03 0.11 0.13 0.05 0.08 0.07 0.24 0.11 0.06 0.03 0.05 0.24 0.32 0.12 0.09
Bra007860 (STYK)
 0.38 0.34 0.35 0.29 0.71 0.73 0.31 0.25 0.35 0.37 0.29 0.34 0.32 0.89 1.0 0.37 0.34 0.31 0.42 0.3 0.29 0.33 0.37 0.39 0.35 0.38 0.34 0.45 0.47 0.37 0.33
Bra007892 (MYBD)
 0.0 0.01 0.02 0.01 0.29 0.34 0.03 0.07 0.15 0.05 0.07 0.1 0.08 0.69 1.0 0.13 0.05 0.07 0.14 0.05 0.11 0.04 0.2 0.19 0.16 0.08 0.15 0.35 0.35 0.1 0.05
0.19 0.22 0.19 0.2 0.51 0.81 0.21 0.21 0.26 0.25 0.21 0.17 0.21 0.69 1.0 0.17 0.26 0.31 0.23 0.22 0.12 0.28 0.44 0.24 0.17 0.14 0.15 0.15 0.22 0.2 0.17
0.33 0.28 0.28 0.2 0.75 0.88 0.31 0.27 0.36 0.33 0.29 0.3 0.25 0.95 1.0 0.46 0.43 0.34 0.44 0.36 0.34 0.32 0.38 0.38 0.36 0.3 0.33 0.45 0.51 0.33 0.43
Bra008698 (APG6)
 0.19 0.5 0.08 0.11 0.53 0.8 0.32 0.25 0.35 0.24 0.27 0.23 0.24 0.93 1.0 0.36 0.37 0.38 0.49 0.32 0.32 0.28 0.37 0.37 0.35 0.26 0.31 0.41 0.48 0.22 0.33
Bra008878 (HAP2A)
 0.19 0.22 0.24 0.26 0.5 0.7 0.31 0.24 0.27 0.27 0.31 0.25 0.33 0.94 1.0 0.41 0.4 0.44 0.41 0.34 0.31 0.35 0.47 0.27 0.26 0.26 0.25 0.26 0.31 0.2 0.25
Bra009203 (ABCG22)
 0.23 0.17 0.14 0.1 0.56 0.71 0.23 0.16 0.27 0.26 0.22 0.21 0.18 0.92 1.0 0.39 0.28 0.34 0.3 0.25 0.22 0.23 0.31 0.21 0.22 0.24 0.22 0.21 0.27 0.21 0.34
Bra011485 (ABF3)
 0.09 0.09 0.08 0.09 0.43 0.48 0.17 0.11 0.24 0.11 0.13 0.11 0.09 0.62 1.0 0.19 0.14 0.14 0.2 0.15 0.09 0.13 0.4 0.2 0.17 0.05 0.14 0.22 0.29 0.16 0.16
0.31 0.23 0.24 0.17 0.67 0.75 0.17 0.16 0.34 0.19 0.25 0.21 0.22 0.78 1.0 0.29 0.22 0.25 0.31 0.28 0.24 0.24 0.37 0.33 0.27 0.19 0.24 0.34 0.47 0.35 0.31
Bra012642 (TPS5)
 0.07 0.04 0.04 0.03 0.53 0.5 0.11 0.1 0.21 0.16 0.16 0.13 0.15 0.8 1.0 0.24 0.17 0.3 0.32 0.22 0.17 0.18 0.13 0.33 0.25 0.15 0.22 0.37 0.33 0.15 0.13
Bra013717 (BTI1)
 0.22 0.19 0.16 0.2 0.76 0.55 0.29 0.24 0.34 0.2 0.17 0.2 0.16 0.59 1.0 0.24 0.18 0.35 0.35 0.19 0.18 0.18 0.36 0.19 0.17 0.12 0.16 0.27 0.26 0.24 0.25
0.0 0.05 0.0 0.0 0.4 0.69 0.06 0.03 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.7 1.0 0.09 0.21 0.21 0.14 0.04 0.03 0.02 0.06 0.14 0.11 0.04 0.05 0.14 0.09 0.02 0.06
Bra016034 (HAB1)
 0.12 0.09 0.09 0.12 0.44 0.61 0.32 0.2 0.37 0.24 0.27 0.23 0.2 0.87 1.0 0.39 0.28 0.37 0.39 0.33 0.27 0.32 0.23 0.29 0.26 0.18 0.22 0.25 0.33 0.18 0.23
Bra016809 (E2-OGDH2)
 0.15 0.12 0.18 0.17 0.63 0.8 0.21 0.14 0.29 0.28 0.29 0.24 0.24 0.91 1.0 0.42 0.28 0.44 0.57 0.3 0.28 0.34 0.35 0.33 0.31 0.24 0.29 0.39 0.4 0.18 0.19
Bra016948 (GLU2)
 0.18 0.09 0.1 0.07 0.68 0.6 0.2 0.17 0.37 0.23 0.26 0.24 0.22 1.0 0.95 0.33 0.25 0.26 0.29 0.23 0.22 0.25 0.35 0.23 0.21 0.17 0.18 0.22 0.35 0.27 0.21
Bra018581 (SR30)
 0.12 0.23 0.04 0.04 0.37 0.68 0.18 0.1 0.26 0.2 0.15 0.19 0.27 0.78 1.0 0.31 0.4 0.33 0.29 0.21 0.2 0.17 0.23 0.16 0.15 0.12 0.14 0.12 0.23 0.12 0.19
Bra018589 (HAP5C)
 0.08 0.05 0.04 0.06 0.44 0.43 0.12 0.15 0.27 0.13 0.14 0.11 0.22 0.84 1.0 0.22 0.17 0.21 0.22 0.16 0.16 0.13 0.32 0.19 0.15 0.12 0.13 0.22 0.23 0.13 0.15
Bra018662 (MOM)
 0.32 0.28 0.27 0.23 0.66 0.7 0.3 0.31 0.42 0.36 0.36 0.33 0.31 0.79 1.0 0.46 0.36 0.43 0.43 0.38 0.32 0.33 0.37 0.35 0.36 0.3 0.39 0.43 0.49 0.39 0.42
0.04 0.03 0.01 0.02 0.36 0.43 0.11 0.08 0.16 0.07 0.06 0.05 0.04 0.81 1.0 0.14 0.1 0.16 0.19 0.09 0.11 0.1 0.02 0.11 0.09 0.02 0.08 0.08 0.13 0.04 0.06
Bra020567 (TPR3)
 0.21 0.21 0.17 0.14 0.6 0.6 0.2 0.18 0.35 0.22 0.24 0.22 0.21 0.9 1.0 0.28 0.21 0.31 0.28 0.26 0.24 0.23 0.3 0.19 0.18 0.22 0.19 0.25 0.3 0.2 0.22
0.04 0.03 0.01 0.02 0.39 0.82 0.08 0.04 0.21 0.12 0.09 0.08 0.1 1.0 0.79 0.25 0.18 0.47 0.32 0.19 0.15 0.27 0.25 0.32 0.28 0.09 0.24 0.22 0.36 0.13 0.15
Bra022409 (ABF4)
 0.27 0.25 0.23 0.26 0.58 0.89 0.39 0.36 0.41 0.36 0.43 0.41 0.34 0.97 1.0 0.6 0.44 0.48 0.46 0.5 0.44 0.38 0.56 0.45 0.51 0.35 0.46 0.49 0.6 0.35 0.52
Bra023077 (PP2-A15)
 0.07 0.06 0.06 0.04 0.39 0.57 0.13 0.07 0.25 0.13 0.15 0.13 0.07 0.9 1.0 0.22 0.14 0.21 0.26 0.18 0.15 0.18 0.09 0.18 0.15 0.07 0.14 0.15 0.25 0.13 0.17
0.03 0.0 0.0 0.01 0.49 0.5 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.59 1.0 0.03 0.01 0.07 0.13 0.02 0.02 0.01 0.03 0.05 0.05 0.02 0.05 0.19 0.07 0.13 0.12
Bra024068 (GGP1)
 0.24 0.26 0.32 0.16 0.38 0.75 0.37 0.32 0.21 0.17 0.18 0.18 0.21 0.98 1.0 0.31 0.22 0.44 0.34 0.15 0.22 0.21 0.22 0.39 0.32 0.36 0.27 0.31 0.25 0.24 0.31
0.12 0.04 0.04 0.04 0.58 0.59 0.13 0.09 0.22 0.11 0.14 0.13 0.07 0.68 1.0 0.16 0.1 0.09 0.17 0.15 0.14 0.13 0.09 0.17 0.14 0.09 0.12 0.32 0.31 0.16 0.13
Bra024875 (RGA)
 0.3 0.32 0.31 0.28 0.67 0.66 0.34 0.37 0.4 0.35 0.33 0.34 0.36 0.78 1.0 0.45 0.34 0.29 0.36 0.4 0.37 0.36 0.47 0.48 0.44 0.33 0.43 0.4 0.49 0.41 0.4
0.36 0.33 0.38 0.29 0.78 0.73 0.23 0.16 0.42 0.29 0.29 0.31 0.27 0.88 1.0 0.3 0.26 0.32 0.3 0.29 0.27 0.36 0.44 0.32 0.33 0.28 0.3 0.37 0.44 0.27 0.31
Bra027261 (PPI2)
 0.19 0.21 0.19 0.18 0.5 0.81 0.13 0.11 0.19 0.1 0.13 0.1 0.09 0.72 1.0 0.14 0.16 0.1 0.19 0.12 0.1 0.12 0.21 0.17 0.12 0.09 0.15 0.24 0.23 0.2 0.18
Bra028939 (WRKY2)
 0.09 0.1 0.07 0.08 0.52 0.64 0.12 0.1 0.24 0.17 0.14 0.16 0.16 0.7 1.0 0.28 0.15 0.32 0.26 0.16 0.2 0.14 0.25 0.19 0.2 0.18 0.12 0.14 0.28 0.13 0.17
Bra031242 (NF-YA9)
 0.36 0.29 0.26 0.22 0.59 0.7 0.28 0.19 0.46 0.3 0.34 0.33 0.19 0.75 1.0 0.38 0.31 0.26 0.39 0.37 0.34 0.39 0.36 0.32 0.34 0.27 0.33 0.37 0.42 0.32 0.28
0.19 0.17 0.14 0.08 0.35 0.71 0.16 0.15 0.37 0.17 0.19 0.2 0.1 0.78 1.0 0.21 0.15 0.33 0.36 0.16 0.23 0.23 0.13 0.24 0.19 0.09 0.22 0.35 0.28 0.24 0.28
Bra032136 (TPR1)
 0.45 0.56 0.25 0.3 0.73 0.9 0.44 0.44 0.49 0.41 0.43 0.4 0.59 0.98 1.0 0.48 0.5 0.43 0.4 0.39 0.37 0.37 0.45 0.48 0.5 0.47 0.46 0.59 0.67 0.41 0.62
0.13 0.08 0.06 0.03 0.59 0.8 0.1 0.05 0.19 0.14 0.16 0.12 0.06 0.93 1.0 0.11 0.09 0.12 0.22 0.14 0.19 0.19 0.21 0.11 0.11 0.1 0.08 0.16 0.22 0.11 0.05
Bra033604 (APL3)
 0.03 0.02 0.01 0.01 0.4 0.5 0.07 0.03 0.1 0.05 0.04 0.04 0.03 0.69 1.0 0.08 0.09 0.18 0.21 0.07 0.08 0.06 0.03 0.1 0.07 0.04 0.06 0.16 0.14 0.06 0.06
Bra034002 (SRP1)
 0.03 0.02 0.01 0.01 0.31 0.37 0.09 0.06 0.17 0.09 0.09 0.1 0.07 0.88 1.0 0.12 0.09 0.21 0.18 0.1 0.11 0.11 0.1 0.12 0.11 0.06 0.07 0.11 0.16 0.05 0.07
Bra036233 (ALKBH10B)
 0.12 0.1 0.11 0.1 0.53 0.73 0.27 0.19 0.24 0.21 0.23 0.23 0.2 1.0 0.99 0.42 0.33 0.65 0.52 0.33 0.3 0.27 0.27 0.31 0.27 0.16 0.26 0.3 0.33 0.18 0.26
Bra036395 (GORK)
 0.41 0.32 0.29 0.2 0.83 0.81 0.34 0.41 0.44 0.38 0.37 0.35 0.36 1.0 0.87 0.47 0.45 0.62 0.54 0.39 0.33 0.34 0.6 0.4 0.37 0.32 0.38 0.47 0.51 0.49 0.58
Bra037344 (BMY9)
 0.04 0.04 0.02 0.02 0.4 0.51 0.1 0.14 0.14 0.18 0.12 0.1 0.17 0.8 1.0 0.25 0.17 0.38 0.26 0.2 0.14 0.13 0.08 0.19 0.16 0.1 0.15 0.22 0.2 0.12 0.13
Bra037365 (RVE5)
 0.23 0.26 0.22 0.29 0.57 0.74 0.33 0.25 0.36 0.37 0.32 0.3 0.27 1.0 0.97 0.48 0.38 0.37 0.41 0.44 0.35 0.34 0.52 0.42 0.4 0.42 0.41 0.29 0.43 0.33 0.47
0.12 0.09 0.11 0.1 0.56 0.72 0.3 0.24 0.37 0.3 0.31 0.28 0.24 0.98 1.0 0.51 0.36 0.56 0.44 0.36 0.32 0.3 0.11 0.34 0.34 0.24 0.33 0.31 0.32 0.2 0.23
Bra039354 (BRG3)
 0.07 0.07 0.08 0.1 0.47 0.54 0.14 0.09 0.17 0.2 0.13 0.14 0.25 0.83 1.0 0.25 0.29 0.19 0.28 0.17 0.22 0.22 0.31 0.22 0.21 0.07 0.16 0.19 0.17 0.09 0.11
Bra040260 (ABF2)
 0.19 0.16 0.14 0.15 0.71 0.74 0.27 0.14 0.35 0.28 0.27 0.21 0.22 0.81 1.0 0.37 0.3 0.4 0.44 0.33 0.29 0.32 0.39 0.35 0.31 0.22 0.25 0.27 0.34 0.25 0.3

Details

Expression values normalized per gene (using the maximum value, Green cells indicate low expression and red high. (Dark gray cells indicate missing values)