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Heatmap: Cluster_152 (Brassica rapa (Bra) Coexpression Clusters (HCCA Algorithm))

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(Values are log2 transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

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Gene
Light: 268 uE m-2 s-1
Light: 202.5 uE m-2 s-1 (Control)
Light: 135 uE m-2 s-1
Light: 67.5 uE m-2 s-1
Photoperiod: L24
Photoperiod: L20D4 (Control)
Photoperiod: L12D12
Photoperiod: L8D16
RBW: 4:1:1 (Control)
RBW: 4:1:0
RBW: 3:1:1
RBW: 3:1:0
Nitrogen: 0%
Nitrogen: 25%
Nitrogen: 50%
Nitrogen: 100% (Control)
Nitrogen: 150%
Phosphorous: 0%
Phosphorous: 25%
Phosphorous: 50%
Phosphorous: 100% (Control)
Phosphorous: 150%
Potassium: 0%
Potassium: 25%
Potassium: 50%
Potassium: 100% (Control)
Potassium: 150%
Temperature: 20°C
Temperature: 25°C (Control)
Temperature: 30°C
Temperature: 35°C
Bra001976 (BLH7)
 0.04 -0.06 -0.23 -0.17 1.06 1.19 -0.02 -0.32 0.24 0.17 0.38 0.11 0.06 0.46 1.05 -0.06 -0.46 0.29 0.36 -0.29 -0.12 -0.1 -1.56 -1.02 -0.79 -1.34 -1.02 -0.72 -0.28 -1.03 -0.22
Bra002130 (SAUR21)
 0.41 0.09 0.82 0.22 0.3 0.31 -0.1 -0.22 -0.13 -0.14 0.59 0.83 0.07 0.69 0.29 0.3 0.31 0.04 0.63 0.66 0.45 0.75 -4.07 -1.9 -1.9 -0.89 -2.36 -1.4 -1.51 -1.06 -2.4
Bra002590 (PPO)
 0.29 0.38 0.07 0.28 0.53 0.67 -0.04 -0.25 0.31 0.04 0.11 0.13 0.01 0.68 0.8 0.18 0.14 -0.16 -0.02 0.18 0.07 0.13 -0.7 -0.94 -0.96 -0.58 -0.96 -0.44 -0.7 -0.93 -1.08
Bra002717 (GEM1)
 -0.38 -0.56 0.56 -0.47 0.22 0.27 0.33 0.36 0.51 0.28 1.06 1.13 0.71 0.62 -0.48 0.26 0.43 0.56 0.98 1.1 0.64 0.96 -8.08 - -10.18 - -10.17 -9.86 - -8.44 -9.93
0.02 0.24 0.2 0.22 0.6 0.58 0.33 0.37 -0.15 0.75 0.26 0.08 0.61 0.44 0.0 0.29 0.41 0.26 0.28 -0.03 0.44 0.62 -1.87 -1.27 -1.56 -1.86 -1.62 -0.88 -1.22 -1.38 -1.33
Bra005276 (AGC1-9)
 0.52 -0.27 0.55 -0.42 0.43 0.16 0.1 0.49 0.32 0.89 0.34 0.53 0.31 0.14 0.63 1.02 0.62 0.18 0.24 0.45 0.79 0.92 -2.99 -2.8 -2.79 -4.72 -2.2 -7.04 -4.64 -2.54 -3.13
Bra005998 (CI51)
 -0.03 0.17 -0.06 -0.19 0.4 0.16 0.43 0.09 0.17 0.19 0.22 0.23 0.47 0.57 0.71 0.46 0.42 0.49 0.43 0.43 -0.12 0.56 -0.81 -1.43 -1.48 -1.36 -1.36 -1.41 -1.25 -1.14 -0.82
Bra006230 (KNU)
 1.88 1.36 -3.37 -1.78 -1.41 0.8 -0.66 0.01 0.4 -0.07 -0.24 0.55 -1.79 1.94 1.81 0.74 -0.12 -0.13 1.08 0.8 -1.05 -0.87 - - - - - - - - -
Bra007133 (ARF17)
 0.51 0.67 0.11 -0.79 1.55 1.05 -0.3 -1.06 0.37 0.12 0.41 0.47 0.78 0.78 1.41 0.33 0.72 0.88 -0.28 0.01 0.22 0.16 - - - - - - - - -
0.46 0.4 0.27 0.34 0.86 0.68 0.11 -0.37 0.43 -0.46 0.48 0.2 0.12 0.76 0.98 0.23 0.23 0.28 0.05 -0.0 0.02 0.22 -2.21 -1.59 -1.29 -1.88 -1.4 -1.01 -0.99 -1.29 -1.33
Bra007964 (DTX14)
 0.18 0.45 0.23 0.25 1.11 1.35 0.31 0.15 0.21 0.09 0.05 0.08 0.26 0.77 1.02 0.77 -0.14 0.0 -0.02 0.13 0.06 0.18 -1.05 -2.85 -2.89 -2.89 -2.37 -2.4 -2.84 -1.95 -1.8
0.71 -0.34 -0.09 0.15 1.67 1.75 0.12 -0.69 -1.34 0.54 0.09 -0.66 0.57 1.24 1.45 -0.27 -2.51 -0.58 -1.19 -0.02 -0.05 0.49 -1.18 -1.69 -2.58 -1.3 -1.77 -1.8 -1.85 -3.07 -1.49
0.78 0.29 0.44 0.06 1.1 0.99 -0.06 -0.63 -0.77 -0.02 -0.35 -0.62 0.24 0.49 0.81 -0.22 -0.99 0.61 -0.29 -0.15 0.23 0.18 0.07 -0.69 -0.69 -0.74 -1.13 -0.68 -0.52 -1.24 -0.82
0.17 0.03 -0.38 -0.75 0.27 0.14 0.43 0.44 -0.01 0.2 -0.06 0.24 0.73 1.04 1.35 0.54 0.61 0.78 0.68 0.3 0.22 0.25 -0.94 -2.26 -1.96 -2.79 -2.29 -2.66 -2.09 -3.13 -2.42
Bra011478 (SSN2)
 -0.07 -0.17 0.05 -0.17 0.59 0.64 -0.06 0.14 0.28 0.31 0.27 -0.37 0.45 0.64 0.36 0.39 0.02 0.01 0.23 0.17 0.09 0.18 -0.4 -0.54 -1.13 -0.95 -0.7 -0.85 -0.56 -0.52 -0.57
0.74 0.42 0.82 1.29 0.29 0.54 0.06 0.24 -0.15 0.17 0.3 -0.2 0.21 -0.22 0.44 0.44 0.35 0.66 -0.58 -0.6 -0.63 -0.12 0.08 -1.16 -2.05 -2.18 -1.13 -1.84 -1.83 -0.89 -0.44
Bra012389 (SPDS1)
 1.63 0.94 1.44 1.48 1.38 1.03 1.16 -0.06 -1.07 -1.64 0.24 -0.12 -0.47 -0.27 0.19 0.86 0.5 -3.42 -1.78 -0.5 -0.87 -1.47 -1.41 -2.55 -3.1 -3.44 -2.92 -2.12 -2.76 -3.18 -1.19
1.11 0.64 1.08 0.88 1.52 1.08 0.27 -0.13 0.19 -0.14 -0.02 0.6 0.1 1.1 0.73 -0.4 -0.14 0.32 -0.22 0.12 0.23 -0.39 -7.4 -5.33 -8.38 -8.08 - - - -8.49 -
Bra013255 (UBC37)
 0.11 0.39 0.14 0.52 0.81 0.2 0.46 0.46 0.26 0.3 0.48 -0.02 0.57 0.16 0.04 0.07 -0.1 -0.27 0.0 0.13 0.35 0.22 -0.4 -0.58 -1.15 -1.55 -0.93 -0.48 -1.11 -1.55 -1.45
Bra013370 (CMT2)
 0.31 -0.19 0.22 -0.06 0.21 0.1 0.59 0.25 -0.16 0.05 0.5 -0.09 0.7 0.78 0.95 0.61 0.46 0.43 -0.22 -0.0 0.16 -0.09 -1.15 -1.49 -1.31 -1.13 -1.29 -1.21 -1.5 -1.0 -0.41
Bra014057 (RD21)
 1.44 -0.08 -0.11 0.23 0.21 0.35 0.13 -0.66 1.02 0.27 0.52 0.94 -0.85 0.77 1.01 -0.05 -0.75 -0.24 0.9 0.58 -0.26 0.79 -2.08 -2.54 -2.4 -2.62 -2.36 -2.0 -1.88 -2.26 -2.51
Bra014359 (FLL3)
 0.31 0.08 0.43 0.01 0.67 0.56 0.13 -0.24 0.27 0.26 0.17 0.31 0.04 0.29 0.51 0.16 0.15 -0.02 -0.13 0.23 0.05 -0.02 -0.6 -0.78 -0.9 -1.0 -0.71 -0.57 -0.28 -0.64 -0.82
Bra014415 (NGA2)
 0.51 -1.0 -0.84 -0.49 0.67 1.17 0.48 0.18 0.57 0.31 0.75 -0.06 0.64 1.15 0.55 0.57 0.69 0.26 0.36 -0.14 0.27 0.01 -1.1 -1.98 -2.36 -1.97 -2.96 -1.43 -2.29 -2.68 -3.18
Bra014428 (PML4)
 0.38 -0.31 0.07 -0.49 1.15 1.15 -0.45 -0.41 -0.01 0.2 -0.36 0.32 0.74 1.73 1.35 0.8 0.36 0.99 0.22 0.38 0.26 -0.43 -4.98 - -6.65 - -5.63 - -6.57 - -6.54
Bra014520 (MAP2B)
 0.55 0.44 0.16 0.33 0.85 0.66 0.73 0.9 0.35 0.53 0.17 0.31 0.18 0.65 0.65 0.55 0.47 0.12 0.3 0.56 0.54 0.52 -6.83 - - - - - - - -
Bra015554 (SIRANBP)
 -0.15 0.01 -0.11 0.16 0.26 0.48 0.53 0.76 0.07 0.13 -0.05 0.32 1.17 0.92 0.33 0.45 0.61 0.25 -0.17 -0.09 0.38 -0.12 -0.93 -1.69 -1.6 -1.56 -1.76 -1.51 -1.32 -1.35 -1.09
0.12 -0.54 -0.3 -0.84 0.95 0.62 0.73 0.66 0.58 0.57 0.4 0.24 1.26 0.31 0.91 0.69 0.79 0.52 0.39 0.47 0.33 0.5 - - - - -7.14 - - - -
0.08 0.01 0.49 0.82 1.0 1.63 0.37 0.23 0.81 -0.2 0.0 0.6 0.02 1.05 1.21 -0.71 0.1 -0.59 -0.05 0.38 0.5 0.66 -9.36 -6.66 -7.58 -8.41 -7.83 -5.81 -5.38 -9.29 -9.18
0.25 0.29 0.12 0.31 0.64 0.38 0.24 0.14 -0.42 0.07 0.34 0.15 0.9 0.73 -0.01 0.37 0.54 0.66 0.02 0.06 0.36 0.62 -0.88 -1.71 -1.42 -1.57 -1.14 -1.62 -2.12 -1.76 -1.5
Bra016276 (BGLU40)
 0.59 0.11 0.09 -0.09 0.8 0.91 0.4 -0.2 -0.15 0.31 0.31 0.65 0.12 0.67 0.87 1.12 0.6 0.11 0.06 0.63 0.55 -0.01 -2.18 -3.74 -3.45 -3.38 -2.92 -3.05 -2.73 -2.91 -1.68
Bra016768 (CCS)
 0.26 0.39 0.69 0.26 0.65 0.03 0.23 -0.11 0.12 -0.4 0.51 0.13 0.6 0.51 0.43 0.57 -0.28 0.21 0.13 0.48 0.29 0.32 0.08 -1.45 -1.23 -1.95 -1.47 -3.18 -1.51 -2.09 -0.44
Bra017968 (LACS8)
 0.47 0.02 0.47 -0.39 0.12 -0.13 0.11 0.51 0.41 0.27 0.78 0.26 0.18 0.43 0.99 0.52 0.3 0.66 0.53 0.5 0.88 1.08 -3.08 -5.2 -2.51 -3.94 -1.86 -7.58 -4.29 -2.56 -3.35
Bra019088 (VHA-e2)
 0.06 0.27 0.42 0.37 -0.03 -0.19 -0.17 -0.19 0.06 0.29 0.23 0.06 -0.05 0.44 0.33 0.14 0.33 0.61 0.39 0.49 0.21 0.25 -1.33 -0.81 -0.85 -0.62 -0.58 -0.77 -0.72 -0.43 -0.48
Bra019384 (MPC3)
 0.13 0.05 0.08 -0.0 0.42 0.3 -0.02 -0.02 0.04 0.22 -0.06 0.21 0.37 0.27 0.33 0.47 0.28 0.53 0.17 0.26 0.17 0.19 -0.24 -0.65 -0.43 -0.79 -0.6 -0.61 -1.15 -1.17 -0.87
-0.4 -0.54 -0.9 -0.02 1.29 1.06 0.58 0.11 -0.35 0.58 0.17 -0.19 -0.03 0.38 1.47 0.03 0.24 0.57 0.65 0.7 0.35 1.06 -1.47 -2.33 -2.5 -3.1 -4.12 -3.41 -3.49 -3.36 -2.79
0.72 0.77 0.63 0.44 0.56 0.75 0.6 0.92 -0.37 0.21 -0.06 0.07 0.64 0.77 0.82 0.75 0.75 0.4 0.3 0.38 -0.16 0.12 - - - - - - - -8.44 -8.34
-0.27 -0.49 0.36 -0.25 0.02 0.12 0.4 0.55 -0.01 0.13 0.34 0.31 0.4 0.09 0.15 0.61 0.22 -0.17 -0.0 0.36 0.28 0.27 -1.07 -0.69 -0.48 -0.35 -0.45 -0.21 -0.4 -0.98 -0.69
0.23 0.16 0.37 0.57 0.72 0.66 0.66 0.05 0.17 0.33 0.2 0.16 -0.09 0.76 0.37 0.49 0.33 -0.26 -0.32 0.37 0.18 0.26 -0.4 -1.2 -1.83 -1.33 -1.78 -0.97 -1.41 -1.72 -2.04
Bra021993 (MDIS1)
 -0.83 -0.12 -0.46 -0.78 1.32 0.95 0.53 0.85 0.35 -0.27 0.14 -0.15 1.43 0.38 0.53 0.62 0.75 0.41 0.64 0.46 0.45 -0.36 -2.2 -2.65 -2.76 -2.47 -3.05 -2.99 -2.27 -4.11 -2.73
-0.46 0.35 0.18 -0.48 1.22 0.7 0.17 0.1 0.18 -0.17 0.23 -0.11 0.27 0.64 0.87 0.49 0.42 0.74 0.39 0.31 0.47 0.36 -1.93 -1.95 -2.19 -2.1 -1.96 -2.63 -1.01 -1.27 -1.55
Bra022949 (REN1)
 0.04 0.2 0.04 -0.18 0.5 0.33 0.4 0.41 -0.07 -0.08 -0.01 -0.04 0.54 0.08 0.38 0.44 0.4 0.08 -0.01 0.18 0.07 0.08 -0.34 -0.56 -0.76 -0.78 -0.61 -0.74 -0.67 -0.58 -0.39
Bra023413 (ATP5)
 0.12 0.01 -0.32 -0.41 0.79 0.35 0.0 0.07 0.19 0.21 -0.45 -0.04 0.32 0.64 0.94 0.59 0.22 0.6 0.38 -0.03 0.32 0.38 0.05 -1.05 -0.83 -1.4 -0.92 -1.1 -1.46 -1.43 -1.42
Bra024904 (ORC4)
 -0.12 0.56 0.79 0.4 0.74 1.12 0.17 0.32 0.2 0.08 0.38 0.1 0.41 0.58 0.78 0.48 0.26 -0.03 0.59 0.06 0.38 0.54 -1.11 -3.23 -2.93 -3.05 -3.71 -3.26 -3.77 -3.32 -2.46
Bra027507 (ARD4)
 0.4 0.41 -0.32 -0.3 0.02 0.62 -0.48 -0.08 0.32 -0.21 0.44 0.42 -0.27 0.96 0.59 -0.05 -0.07 -0.77 0.27 0.31 0.27 0.4 -1.44 -0.41 -0.56 -0.71 -0.68 -0.6 -0.28 -0.61 -0.36
-0.01 -0.21 0.26 0.01 0.57 0.76 0.07 -0.35 -0.09 0.23 0.39 0.3 0.35 0.59 0.55 0.23 0.36 -0.08 0.35 0.37 -0.03 0.21 -1.32 -0.47 -1.16 -0.91 -0.81 -0.76 -0.62 -1.19 -0.8
0.29 0.39 -0.12 -0.33 0.32 0.13 -0.1 0.03 -0.0 0.11 0.01 0.23 0.12 0.31 0.33 0.25 0.17 0.3 0.14 0.06 0.23 0.17 -0.42 -0.6 -0.42 -0.77 -0.27 -0.53 -0.33 -0.28 -0.4
0.75 1.01 1.04 0.95 1.26 1.07 0.14 -0.44 0.16 0.44 -0.19 0.32 -0.24 0.9 0.5 0.17 -0.06 0.52 0.13 0.37 -0.15 0.55 - - - - - - - - -
Bra030948 (ABCG10)
 0.38 0.42 -0.6 -0.47 0.1 -0.0 -0.39 -0.55 0.5 -0.23 0.04 0.71 -0.05 1.04 0.51 0.05 0.23 -0.24 0.58 0.53 0.2 0.12 -2.0 -0.6 -0.53 -0.42 -0.43 -0.08 -0.33 -0.84 -1.09
Bra033026 (HUP53)
 0.43 0.71 0.51 -0.02 0.73 0.66 0.33 0.17 0.29 0.03 0.11 0.2 -0.11 0.51 0.55 0.06 0.01 -0.04 0.02 0.02 0.03 0.05 -0.66 -1.66 -1.17 -1.34 -1.07 -0.72 -0.82 -0.73 -0.83
Bra033052 (RASD1)
 0.16 0.68 -0.01 0.0 0.36 0.38 0.6 0.84 -0.71 0.59 -0.37 0.57 1.2 0.82 0.53 1.09 0.87 0.38 0.13 0.57 0.4 0.42 - - -5.97 - - - - - -
Bra034440 (CCT1)
 0.45 0.43 0.62 0.05 1.29 1.21 0.66 0.22 0.47 -0.19 0.08 0.6 -0.29 0.72 1.09 -0.19 0.88 0.31 -0.48 0.42 0.52 0.41 - - - - - - - - -
-0.03 -0.11 0.11 0.2 0.65 0.34 0.01 0.38 -0.01 -0.21 -0.11 0.06 0.83 0.7 0.73 0.41 0.27 0.42 0.45 0.19 0.26 0.35 -0.76 -1.01 -1.38 -1.77 -1.24 -1.46 -1.28 -1.31 -0.71
0.39 0.46 0.22 0.09 0.63 0.59 0.53 0.37 -0.14 -0.08 0.01 -0.2 -0.09 0.68 0.65 0.78 0.48 -0.78 0.45 0.33 0.09 0.1 -3.5 -0.98 -0.88 -1.27 -0.95 -1.04 -1.12 -1.42 -0.69
Bra035186 (CYCA2;4)
 0.61 0.05 1.28 0.94 1.31 0.73 0.53 0.18 0.35 0.39 0.08 -0.43 -0.25 0.52 0.33 0.29 0.73 0.75 -0.98 -0.23 -0.53 0.57 -2.02 -1.7 -3.09 -2.31 -4.37 -3.86 -3.28 -3.75 -2.4
Bra036903 (SUV3)
 0.29 0.15 0.12 -0.0 0.47 0.43 0.36 0.64 0.06 0.03 -0.0 0.16 0.54 0.62 0.72 0.46 0.55 0.21 -0.12 0.46 0.31 0.15 -0.24 -1.46 -1.75 -1.46 -1.69 -1.28 -1.39 -1.76 -1.85
Bra037089 (MMZ3)
 0.79 0.18 0.67 0.0 -0.09 -0.05 -0.07 -0.4 0.75 0.26 0.4 0.18 0.36 0.84 0.95 0.12 -0.18 0.28 0.28 0.32 0.33 0.47 -1.52 -1.44 -1.7 -1.96 -1.56 -1.28 -1.1 -1.21 -1.46
Bra038294 (APAP1)
 0.36 0.42 0.31 0.38 0.34 0.12 0.08 0.41 0.16 0.38 0.16 0.56 0.33 0.41 0.9 0.11 0.23 0.32 0.09 0.35 0.42 0.08 -2.0 -1.32 -1.21 -1.3 -1.75 -1.31 -1.35 -1.18 -1.38
Bra039767 (ORP1C)
 0.36 0.35 0.66 0.02 1.15 1.17 0.04 -0.2 0.24 0.21 0.41 -0.26 0.1 1.4 0.46 0.52 0.46 -0.25 0.21 0.42 0.32 0.57 -2.94 -5.06 -3.1 -3.76 -2.6 -2.93 -3.41 -3.14 -2.57
Bra039877 (VSR6)
 0.06 -2.02 -0.82 -1.53 0.88 0.57 0.15 -0.19 0.37 0.65 0.59 0.27 0.47 0.58 1.06 0.11 0.65 0.19 0.01 0.57 -0.32 0.78 -1.52 -0.88 -1.94 -1.0 -1.85 -1.62 -0.77 -0.97 -0.3
-0.37 1.13 1.05 0.7 0.45 -1.07 -0.87 -0.52 0.39 0.6 0.55 0.06 1.16 0.55 -0.04 0.65 0.78 1.61 0.0 0.08 -0.52 0.84 - -2.68 - - -3.27 -3.83 -4.95 - -

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.