1. Home
  2. Tools
  3. Expression Heatmap
  4. Results

Heatmap: Cluster_60 (Brassica rapa (Bra) Coexpression Clusters (HCCA Algorithm))

View as: (view raw or zlog-transformed)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Values are normalized against highest expression of the row)

 Transpose table  Download table
Gene
Light: 268 uE m-2 s-1
Light: 202.5 uE m-2 s-1 (Control)
Light: 135 uE m-2 s-1
Light: 67.5 uE m-2 s-1
Photoperiod: L24
Photoperiod: L20D4 (Control)
Photoperiod: L12D12
Photoperiod: L8D16
RBW: 4:1:1 (Control)
RBW: 4:1:0
RBW: 3:1:1
RBW: 3:1:0
Nitrogen: 0%
Nitrogen: 25%
Nitrogen: 50%
Nitrogen: 100% (Control)
Nitrogen: 150%
Phosphorous: 0%
Phosphorous: 25%
Phosphorous: 50%
Phosphorous: 100% (Control)
Phosphorous: 150%
Potassium: 0%
Potassium: 25%
Potassium: 50%
Potassium: 100% (Control)
Potassium: 150%
Temperature: 20°C
Temperature: 25°C (Control)
Temperature: 30°C
Temperature: 35°C
Bra000539 (SPX2)
 0.18 0.16 0.13 0.12 0.13 0.18 0.19 0.12 0.14 0.13 0.11 0.12 0.09 0.09 0.15 0.19 0.14 1.0 0.52 0.2 0.13 0.16 0.09 0.11 0.11 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1
Bra002239 (MED19B)
 0.12 0.1 0.12 0.13 0.25 0.24 0.13 0.11 0.16 0.13 0.16 0.13 0.15 0.24 0.24 0.17 0.17 1.0 0.53 0.17 0.14 0.14 0.23 0.16 0.14 0.12 0.14 0.16 0.16 0.13 0.16
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.03 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.01 0.0 0.06 0.05 1.0 0.39 0.07 0.04 0.02 0.0 0.01 0.02 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.01
Bra003426 (TKL1)
 0.03 0.04 0.06 0.03 0.02 0.02 0.1 0.1 0.07 0.11 0.1 0.1 0.13 0.04 0.04 0.16 0.19 1.0 0.41 0.08 0.08 0.09 0.04 0.05 0.07 0.16 0.07 0.04 0.05 0.07 0.09
Bra005694 (SQD2)
 0.16 0.08 0.07 0.08 0.29 0.16 0.13 0.2 0.22 0.13 0.13 0.18 0.08 0.13 0.14 0.1 0.1 1.0 0.54 0.13 0.1 0.12 0.04 0.12 0.11 0.12 0.12 0.25 0.24 0.22 0.13
Bra006022 (DIC3)
 0.01 0.01 0.02 0.0 0.04 0.01 0.03 0.03 0.04 0.05 0.04 0.04 0.01 0.01 0.01 0.05 0.03 1.0 0.69 0.12 0.08 0.04 0.05 0.02 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.0 0.0
Bra006543 (SPX1)
 0.04 0.02 0.02 0.01 0.05 0.06 0.09 0.06 0.05 0.06 0.04 0.06 0.04 0.02 0.03 0.06 0.1 1.0 0.88 0.11 0.06 0.06 0.03 0.05 0.05 0.06 0.05 0.05 0.06 0.07 0.05
0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.11 0.11 0.1 0.14 0.1 0.09 0.1 0.1 0.08 0.06 0.14 0.12 1.0 0.65 0.18 0.15 0.13 0.03 0.09 0.09 0.04 0.08 0.08 0.08 0.06 0.1
Bra007210 (UGP3)
 0.24 0.18 0.2 0.19 0.14 0.17 0.26 0.22 0.28 0.26 0.26 0.27 0.2 0.14 0.14 0.25 0.32 0.99 1.0 0.26 0.2 0.24 0.04 0.18 0.2 0.18 0.19 0.21 0.25 0.23 0.21
Bra007235 (AGAL3)
 0.07 0.12 0.07 0.08 0.18 0.23 0.2 0.14 0.2 0.2 0.21 0.21 0.19 0.26 0.28 0.23 0.25 1.0 0.54 0.25 0.19 0.23 0.38 0.19 0.18 0.15 0.18 0.15 0.16 0.15 0.25
0.29 0.24 0.24 0.25 0.24 0.27 0.27 0.23 0.36 0.38 0.33 0.38 0.19 0.21 0.2 0.29 0.31 1.0 0.94 0.38 0.32 0.37 0.07 0.18 0.19 0.15 0.2 0.21 0.21 0.2 0.17
Bra007963 (CRF8)
 0.04 0.04 0.05 0.04 0.09 0.12 0.1 0.08 0.09 0.09 0.09 0.07 0.08 0.1 0.12 0.09 0.13 1.0 0.59 0.16 0.09 0.1 0.06 0.07 0.07 0.04 0.07 0.07 0.08 0.06 0.07
Bra008171 (KJC1)
 0.11 0.12 0.1 0.1 0.15 0.1 0.07 0.08 0.07 0.09 0.09 0.1 0.1 0.1 0.11 0.14 0.14 1.0 0.51 0.09 0.08 0.11 0.15 0.06 0.08 0.06 0.07 0.1 0.08 0.09 0.08
Bra008855 (G6PD2)
 0.04 0.01 0.01 0.0 0.07 0.01 0.01 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 1.0 0.36 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.05 0.02 0.01 0.01
0.06 0.11 0.04 0.03 0.05 0.09 0.08 0.08 0.13 0.07 0.1 0.09 0.2 0.11 0.17 0.17 0.16 1.0 0.79 0.17 0.07 0.1 0.06 0.14 0.13 0.09 0.11 0.06 0.12 0.12 0.31
Bra009633 (SQD2)
 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.04 0.04 1.0 0.53 0.05 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.02 0.03 0.03 0.04 0.03 0.04
Bra011407 (SQD1)
 0.09 0.07 0.09 0.1 0.07 0.07 0.18 0.18 0.1 0.17 0.13 0.16 0.18 0.07 0.08 0.22 0.2 1.0 0.68 0.19 0.15 0.14 0.1 0.18 0.18 0.16 0.18 0.17 0.13 0.14 0.19
0.01 0.0 0.0 0.0 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 1.0 0.45 0.02 0.01 0.01 0.0 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01
0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.05 0.03 0.04 0.05 0.02 0.02 0.02 0.04 0.04 1.0 0.48 0.05 0.03 0.05 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03
Bra012665 (KUA1)
 0.26 0.18 0.21 0.24 0.23 0.19 0.11 0.17 0.16 0.15 0.15 0.14 0.13 0.21 0.21 0.13 0.15 1.0 0.51 0.12 0.14 0.15 0.1 0.14 0.16 0.21 0.16 0.21 0.22 0.18 0.16
Bra013819 (PGI)
 0.06 0.04 0.02 0.04 0.08 0.09 0.19 0.3 0.1 0.12 0.12 0.12 0.17 0.08 0.09 0.14 0.15 1.0 0.6 0.11 0.09 0.1 0.06 0.12 0.12 0.1 0.13 0.15 0.12 0.13 0.17
Bra014262 (SPP1)
 0.01 0.01 0.01 0.0 0.07 0.01 0.01 0.0 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 1.0 0.58 0.02 0.01 0.01 0.0 0.02 0.02 0.01 0.03 0.04 0.04 0.03 0.02
0.11 0.11 0.1 0.08 0.17 0.25 0.24 0.16 0.17 0.16 0.18 0.15 0.14 0.16 0.18 0.16 0.19 1.0 0.77 0.23 0.14 0.18 0.2 0.22 0.22 0.13 0.22 0.17 0.23 0.17 0.19
Bra015928 (GDPD5)
 0.05 0.08 0.09 0.05 0.13 0.14 0.11 0.07 0.11 0.12 0.1 0.15 0.09 0.08 0.11 0.13 0.17 1.0 0.51 0.15 0.11 0.14 0.14 0.17 0.15 0.12 0.15 0.12 0.15 0.17 0.18
Bra016591 (PEPC1)
 0.02 0.01 0.0 0.0 0.01 0.01 0.02 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.01 1.0 0.6 0.03 0.01 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra017108 (PECT1)
 0.05 0.06 0.03 0.03 0.18 0.15 0.09 0.05 0.13 0.09 0.09 0.09 0.1 0.13 0.16 0.14 0.12 1.0 0.52 0.1 0.11 0.12 0.14 0.1 0.1 0.08 0.1 0.15 0.15 0.05 0.04
0.04 0.03 0.0 0.02 0.05 0.07 0.03 0.01 0.02 0.05 0.01 0.03 0.03 0.03 0.05 0.02 0.01 1.0 0.32 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.06
Bra018150 (PS3)
 0.09 0.08 0.07 0.04 0.06 0.19 0.16 0.09 0.14 0.16 0.18 0.15 0.1 0.08 0.08 0.21 0.21 1.0 0.75 0.27 0.2 0.19 0.3 0.19 0.22 0.13 0.22 0.16 0.14 0.09 0.11
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.01 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.02 1.0 0.44 0.02 0.0 0.01 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra021274 (PAP17)
 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.01 0.04 0.04 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.0 0.0 0.05 0.05 1.0 0.38 0.07 0.03 0.04 0.01 0.03 0.03 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01
0.16 0.19 0.19 0.21 0.13 0.1 0.18 0.24 0.09 0.15 0.11 0.15 0.21 0.11 0.12 0.22 0.22 1.0 0.7 0.19 0.2 0.15 0.11 0.23 0.24 0.22 0.25 0.2 0.13 0.15 0.26
0.06 0.04 0.05 0.04 0.16 0.15 0.11 0.07 0.09 0.1 0.09 0.1 0.1 0.17 0.12 0.09 0.15 1.0 0.64 0.12 0.1 0.11 0.16 0.17 0.14 0.09 0.13 0.14 0.14 0.09 0.09
0.0 0.05 0.08 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.0 0.01 0.01 0.05 0.01 0.02 0.1 0.02 0.02 1.0 0.72 0.05 0.03 0.04 0.29 0.01 0.08 0.02 0.05 0.02 0.06 0.16 0.28
Bra026890 (PAP1)
 0.07 0.06 0.04 0.06 0.06 0.1 0.09 0.08 0.07 0.09 0.05 0.11 0.06 0.05 0.06 0.13 0.14 1.0 0.62 0.12 0.08 0.12 0.07 0.05 0.04 0.05 0.06 0.06 0.05 0.06 0.04
Bra028485 (GDPD2)
 0.01 0.01 0.15 0.1 0.0 0.0 0.03 0.07 0.0 0.04 0.02 0.04 0.04 0.0 0.0 0.02 0.06 1.0 0.38 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.04 0.01 0.01 0.0 0.03 0.01
0.13 0.27 0.19 0.23 0.1 0.14 0.1 0.09 0.16 0.12 0.12 0.12 0.1 0.18 0.13 0.1 0.13 1.0 0.74 0.14 0.1 0.14 0.28 0.12 0.14 0.14 0.12 0.16 0.15 0.15 0.15
Bra029480 (PFA-DSP4)
 0.11 0.06 0.11 0.09 0.12 0.12 0.12 0.11 0.19 0.2 0.2 0.15 0.18 0.08 0.1 0.22 0.15 1.0 0.76 0.23 0.19 0.24 0.05 0.1 0.1 0.11 0.11 0.11 0.08 0.08 0.11
0.06 0.07 0.0 0.09 0.03 0.06 0.0 0.01 0.06 0.04 0.05 0.01 0.02 0.08 0.03 0.08 0.08 1.0 0.98 0.03 0.04 0.06 0.0 0.03 0.0 0.02 0.01 0.02 0.02 0.0 0.0
0.05 0.01 0.05 0.05 0.04 0.03 0.12 0.13 0.05 0.06 0.06 0.09 0.17 0.05 0.06 0.13 0.16 1.0 0.6 0.14 0.07 0.05 0.07 0.12 0.08 0.06 0.1 0.11 0.06 0.08 0.08
Bra031878 (PLAT3)
 0.04 0.0 0.0 0.0 0.07 0.03 0.0 0.0 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.04 0.04 0.01 1.0 0.37 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.0 0.02 0.03 0.05 0.01 0.0
Bra032470 (CCT1)
 0.09 0.08 0.07 0.05 0.17 0.14 0.09 0.06 0.06 0.07 0.07 0.07 0.14 0.05 0.12 0.14 0.13 1.0 0.63 0.11 0.06 0.1 0.05 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.03
Bra032671 (RNS2)
 0.11 0.12 0.1 0.1 0.14 0.14 0.1 0.08 0.13 0.16 0.12 0.14 0.16 0.17 0.16 0.13 0.17 1.0 0.59 0.14 0.11 0.16 0.37 0.13 0.12 0.13 0.14 0.12 0.12 0.13 0.14
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 0.36 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
0.11 0.12 0.12 0.08 0.1 0.11 0.12 0.09 0.1 0.12 0.1 0.11 0.13 0.11 0.12 0.18 0.15 1.0 0.49 0.18 0.11 0.13 0.21 0.07 0.08 0.06 0.07 0.07 0.08 0.06 0.08
Bra034304 (FAP2)
 0.01 0.01 0.01 0.0 0.14 0.07 0.03 0.02 0.03 0.03 0.02 0.03 0.04 0.04 0.04 0.03 0.04 1.0 0.57 0.05 0.02 0.04 0.05 0.03 0.04 0.02 0.04 0.07 0.04 0.03 0.03
0.04 0.03 0.02 0.04 0.08 0.12 0.13 0.1 0.09 0.09 0.08 0.08 0.1 0.09 0.09 0.14 0.13 1.0 0.51 0.13 0.1 0.1 0.05 0.09 0.1 0.06 0.08 0.09 0.08 0.05 0.05
Bra035466 (HISN1A)
 0.07 0.12 0.12 0.12 0.01 0.01 0.06 0.07 0.03 0.07 0.06 0.07 0.1 0.0 0.01 0.08 0.12 1.0 0.52 0.1 0.07 0.09 0.06 0.05 0.06 0.07 0.07 0.02 0.02 0.07 0.09
Bra037199 (MGD3)
 0.04 0.01 0.01 0.03 0.13 0.07 0.03 0.03 0.06 0.03 0.04 0.03 0.02 0.13 0.07 0.03 0.04 1.0 0.43 0.05 0.03 0.03 0.01 0.06 0.06 0.21 0.05 0.16 0.14 0.06 0.02
Bra038357 (PHO1;H1)
 0.0 0.02 0.01 0.0 0.0 0.0 0.01 0.01 0.0 0.01 0.0 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 1.0 0.55 0.01 0.0 0.01 0.04 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra039131 (VDAC1)
 0.05 0.07 0.03 0.03 0.06 0.08 0.07 0.07 0.05 0.07 0.06 0.07 0.13 0.08 0.12 0.11 0.11 1.0 0.49 0.09 0.08 0.07 0.13 0.05 0.05 0.04 0.06 0.03 0.03 0.03 0.08
0.13 0.09 0.08 0.09 0.21 0.11 0.1 0.09 0.14 0.13 0.14 0.13 0.11 0.12 0.11 0.11 0.11 1.0 0.7 0.14 0.1 0.11 0.07 0.14 0.15 0.15 0.15 0.24 0.17 0.15 0.13
Bra040531 (PDLZ2)
 0.09 0.05 0.02 0.03 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 1.0 0.41 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01

Details

Expression values normalized per gene (using the maximum value, Green cells indicate low expression and red high. (Dark gray cells indicate missing values)