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Heatmap: Cluster_215 (Brassica rapa (Bra) Coexpression Clusters (HCCA Algorithm))

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Gene
Light: 268 uE m-2 s-1
Light: 202.5 uE m-2 s-1 (Control)
Light: 135 uE m-2 s-1
Light: 67.5 uE m-2 s-1
Photoperiod: L24
Photoperiod: L20D4 (Control)
Photoperiod: L12D12
Photoperiod: L8D16
RBW: 4:1:1 (Control)
RBW: 4:1:0
RBW: 3:1:1
RBW: 3:1:0
Nitrogen: 0%
Nitrogen: 25%
Nitrogen: 50%
Nitrogen: 100% (Control)
Nitrogen: 150%
Phosphorous: 0%
Phosphorous: 25%
Phosphorous: 50%
Phosphorous: 100% (Control)
Phosphorous: 150%
Potassium: 0%
Potassium: 25%
Potassium: 50%
Potassium: 100% (Control)
Potassium: 150%
Temperature: 20°C
Temperature: 25°C (Control)
Temperature: 30°C
Temperature: 35°C
Bra000119 (CCR2)
 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.02 0.01 0.08 0.11 0.06 0.07 0.12 0.01 0.03 0.13 0.07 0.18 0.02 0.08 0.02 0.02 0.25 0.0 0.03 0.12 0.02 0.01 0.0 0.01 0.04
4.26 3.54 4.44 4.17 8.1 8.67 5.67 8.08 5.7 6.16 6.05 6.39 12.45 8.94 7.44 8.67 6.48 10.79 7.41 6.17 6.46 5.33 9.14 7.8 8.23 8.02 7.5 5.88 6.18 7.12 9.77
Bra003135 (LOG4)
 0.19 0.23 0.21 0.17 1.12 0.67 0.37 0.23 0.27 0.36 0.14 0.28 1.68 1.71 2.61 0.52 0.16 3.63 0.37 0.16 0.06 0.03 0.57 0.3 0.26 0.19 0.19 0.46 0.17 0.06 0.14
Bra003606 (GAPCP-1)
 0.79 0.54 0.59 0.27 1.12 1.39 0.59 0.57 1.55 1.68 1.83 0.95 4.37 1.38 2.53 2.15 1.53 3.7 2.21 0.9 1.88 1.09 3.24 1.63 1.19 1.3 0.86 1.48 0.73 1.04 1.4
1.05 0.26 1.74 0.37 7.87 2.22 4.12 3.26 5.71 8.83 7.77 6.22 15.2 10.18 7.89 15.14 7.59 24.87 8.42 12.09 7.86 4.67 8.32 4.71 4.8 2.17 3.68 4.05 2.4 1.71 2.11
0.1 0.16 0.23 0.14 0.48 0.41 0.23 0.45 1.37 0.92 1.08 1.29 2.96 1.22 1.49 0.87 0.52 3.14 1.73 0.94 0.95 0.69 1.86 1.03 0.73 0.73 0.49 0.45 0.45 0.56 0.31
Bra004623 (ATS3A)
 4.94 4.99 6.8 4.33 11.63 7.98 12.69 13.37 13.16 11.93 13.64 10.48 17.76 13.33 12.03 20.13 18.4 30.34 13.37 12.85 11.78 12.78 11.77 11.14 11.3 10.99 10.86 7.99 7.93 5.69 9.08
Bra004857 (ROP8)
 0.28 0.72 1.16 0.84 1.45 1.09 1.15 1.14 1.68 1.97 1.71 1.42 3.29 1.27 1.45 1.88 1.93 3.3 0.96 1.38 0.96 1.31 3.29 1.46 1.55 1.16 1.13 1.46 1.24 0.99 1.39
5.27 4.02 4.3 3.37 16.93 8.94 6.8 6.99 8.08 9.95 7.62 6.92 16.56 21.73 21.13 13.03 9.89 39.44 10.09 6.95 7.16 5.88 17.47 13.05 13.36 13.37 12.41 16.67 16.8 13.31 12.39
0.31 0.46 0.38 0.14 1.21 1.13 0.72 0.74 1.16 1.51 1.26 0.85 2.33 2.25 1.86 2.17 0.67 3.28 1.43 0.98 1.44 1.15 1.66 1.41 2.08 1.42 1.25 1.39 1.29 2.05 2.47
Bra007448 (CR4)
 1.26 1.08 1.63 1.92 2.84 2.58 1.98 2.26 2.76 2.45 2.18 2.13 2.49 3.69 3.78 3.19 2.66 4.18 2.69 2.37 2.08 2.2 1.4 2.64 2.32 2.48 2.48 2.6 2.94 2.5 2.76
0.25 0.0 0.05 0.0 0.47 0.22 0.99 0.18 0.87 0.73 1.09 0.51 3.05 0.72 0.79 1.62 0.71 2.35 0.81 1.13 0.7 0.76 1.18 0.37 0.36 0.43 0.41 0.22 0.21 0.35 0.38
Bra008105 (PIN1)
 0.52 0.43 0.71 0.36 0.92 0.54 0.48 0.56 0.67 0.41 0.5 0.52 2.15 0.86 1.1 0.81 0.46 1.74 0.65 0.5 0.49 0.48 1.09 0.7 0.67 0.6 0.56 0.65 0.63 0.39 0.46
9.87 4.93 8.92 13.82 62.15 47.59 57.78 58.84 48.08 61.21 63.92 57.15 177.07 117.79 131.42 123.0 100.6 186.93 100.13 82.31 53.11 48.53 94.06 120.99 114.96 124.63 91.58 51.6 43.73 49.51 117.29
Bra009091 (RUL1)
 1.59 0.74 1.85 0.77 3.57 3.12 1.96 1.95 2.99 2.43 2.3 1.54 5.02 4.36 4.2 3.47 2.39 7.18 2.9 2.32 2.19 1.84 4.0 3.39 3.54 2.56 2.58 2.71 2.99 2.69 3.31
2.13 2.04 3.42 2.28 3.76 2.93 2.1 2.24 2.51 2.2 2.21 1.9 4.89 5.04 5.21 3.42 2.7 5.52 3.65 2.59 2.48 1.73 4.64 2.79 3.15 2.93 2.64 3.08 2.69 2.82 3.65
Bra009994 (GT2L)
 1.05 0.67 1.13 0.98 2.14 0.84 0.78 1.18 1.56 1.65 1.45 1.65 2.22 2.59 2.47 1.56 1.41 7.43 1.51 1.66 1.05 1.25 3.22 1.22 1.25 2.68 1.37 2.03 1.8 2.4 1.8
0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.01 0.0 0.0 0.81 0.68 0.51 1.28 0.14 0.09 0.46 0.47 1.26 1.97 2.47 1.16 0.5 1.05 4.14 0.37 0.02 0.03 0.08 0.0 0.0 0.0 0.12
Bra012143 (IRX15-L)
 0.63 0.27 0.56 0.47 3.08 1.64 2.08 0.67 2.13 1.82 1.26 1.72 4.22 3.06 2.95 2.75 2.77 6.82 2.09 1.78 1.19 0.85 2.69 1.29 1.31 1.22 0.94 1.58 1.24 0.48 0.57
Bra012952 (TDR)
 2.85 1.67 2.25 2.95 4.99 3.33 5.05 5.78 4.5 5.64 5.04 4.43 11.36 7.02 6.86 7.76 6.4 11.27 5.32 4.95 3.58 3.96 3.56 4.71 5.77 5.5 4.62 4.29 4.66 4.77 7.35
Bra015983 (PIN1)
 0.87 0.52 0.74 0.8 2.34 1.88 0.93 1.32 1.74 0.94 1.24 0.78 4.09 2.78 3.73 1.49 1.43 6.14 1.86 1.24 0.98 0.78 2.81 1.86 1.9 1.18 1.33 2.21 1.75 1.15 1.38
0.52 0.2 0.56 0.47 1.64 1.67 0.54 0.5 0.77 0.56 0.68 0.52 1.68 2.09 1.47 1.05 0.53 3.4 1.36 0.78 0.4 0.77 1.62 0.84 0.82 0.6 0.7 0.66 0.91 0.75 1.16
Bra016492 (MP)
 0.55 0.16 0.42 0.26 1.06 0.66 0.69 0.64 0.98 0.9 0.78 0.85 2.28 1.29 1.93 1.46 1.13 2.78 1.28 1.18 0.95 0.93 1.5 1.07 1.06 0.93 0.87 1.07 1.11 1.0 1.57
Bra017220 (XTH32)
 0.11 0.14 0.44 0.0 4.16 1.72 1.26 1.41 2.1 3.11 1.77 1.67 8.93 4.12 3.27 3.75 4.51 12.81 2.22 1.45 1.89 0.64 4.62 1.97 2.42 0.96 1.14 1.92 0.68 0.5 0.95
Bra018259 (PARP1)
 1.69 1.78 1.82 1.34 2.48 2.22 1.61 2.22 1.46 1.81 1.79 1.6 3.29 2.01 2.75 2.12 1.92 5.57 2.29 1.89 1.42 1.76 3.17 1.27 1.27 1.26 1.02 1.43 1.44 1.21 1.63
Bra018920 (MSR2)
 3.24 4.97 4.18 6.48 9.74 5.11 8.7 11.92 8.49 9.98 8.98 7.17 16.57 9.06 7.84 14.81 12.66 22.62 8.27 11.61 9.6 8.76 9.07 7.02 7.88 6.78 6.65 7.4 5.33 5.62 8.94
Bra019395 (EBS)
 3.48 4.72 4.69 3.59 5.86 5.45 4.86 4.9 3.4 4.95 4.12 4.31 8.84 7.14 6.18 6.38 4.65 9.76 5.27 5.12 5.33 5.34 9.05 6.53 6.32 5.33 6.23 4.96 5.37 5.96 7.12
0.06 0.04 0.08 0.05 0.35 0.1 0.27 0.29 0.33 0.43 0.36 0.3 0.93 0.37 0.32 0.54 0.47 0.69 0.39 0.41 0.25 0.2 0.4 0.25 0.32 0.32 0.13 0.16 0.15 0.19 0.21
Bra020212 (CSLA2)
 1.38 1.0 1.82 1.03 3.34 2.06 2.98 3.42 2.97 3.23 3.52 2.62 6.31 4.17 5.03 5.02 3.58 7.93 3.36 3.39 3.39 3.07 3.77 2.51 3.86 3.32 2.68 3.06 2.41 3.02 4.73
0.36 0.22 0.52 0.51 1.29 0.36 1.74 2.15 1.52 1.9 2.5 1.66 3.5 1.99 1.75 2.49 2.33 3.91 2.34 2.08 2.2 1.03 1.25 1.31 2.21 0.99 1.01 2.06 1.5 0.84 0.64
0.33 0.07 0.28 0.56 0.52 0.5 2.05 1.12 0.3 0.53 0.44 0.32 2.88 1.43 1.17 1.31 0.97 3.46 0.97 0.98 0.73 0.6 1.09 0.63 0.6 0.21 0.28 0.51 0.2 0.24 0.2
Bra020581 (HTA7)
 8.47 6.85 10.94 4.92 25.46 18.59 9.78 11.3 19.73 15.79 14.56 19.5 37.73 24.98 26.64 13.01 16.18 53.56 22.19 15.64 15.74 17.11 25.88 12.86 10.87 8.41 9.86 14.93 14.3 15.72 12.04
0.02 0.17 0.3 0.0 1.23 0.18 0.15 0.36 0.42 0.51 0.3 0.57 1.78 1.27 0.85 0.67 0.63 3.87 0.6 0.16 0.05 0.23 1.56 0.32 0.52 0.18 0.36 0.35 0.29 0.72 1.03
0.21 0.13 0.34 0.07 0.43 0.3 0.67 0.5 1.65 2.2 2.83 1.76 2.64 1.27 0.38 1.97 1.45 2.89 1.19 1.0 1.42 0.79 3.1 0.93 1.14 1.45 1.05 0.99 0.69 0.87 0.66
1.31 1.85 1.44 1.27 5.72 4.03 5.08 3.85 5.66 8.7 6.73 7.22 16.72 12.73 8.95 10.33 8.1 15.86 7.67 5.9 5.11 5.76 7.92 5.56 7.49 8.41 5.25 3.95 3.73 4.25 5.35
Bra021433 (LBD41)
 0.74 0.9 0.6 0.91 0.33 0.73 0.81 0.67 1.29 2.85 1.56 1.29 2.65 1.28 1.92 1.45 2.89 4.72 2.05 2.42 1.43 1.47 6.21 0.86 1.31 2.34 1.13 0.43 0.45 1.23 0.68
Bra021473 (RGP1)
 1.65 1.39 1.23 1.98 2.89 2.22 2.81 4.73 1.83 2.93 2.52 2.16 7.58 2.69 2.16 3.49 4.43 7.6 2.21 3.19 2.92 2.89 5.35 1.75 2.03 1.71 1.93 1.36 1.23 1.0 1.72
Bra022803 (C4H)
 0.64 1.03 0.95 1.1 1.76 4.68 8.88 7.34 3.68 4.96 4.1 4.21 12.54 10.38 8.71 10.33 9.94 18.61 5.87 3.95 4.65 3.74 8.8 7.05 6.44 4.83 5.43 7.33 4.99 2.77 4.83
Bra023348 (EMB3135)
 1.27 1.01 1.88 1.35 1.76 1.08 1.35 1.53 1.59 1.78 1.84 1.47 2.92 2.73 2.66 2.02 1.72 3.0 1.62 2.07 1.81 1.34 1.98 1.99 2.08 1.49 1.75 1.73 1.72 1.75 1.53
Bra023402 (CRN)
 1.03 0.7 0.86 0.41 0.93 0.77 0.57 0.44 0.58 0.54 0.37 0.49 2.12 1.64 1.87 0.72 0.97 3.73 0.69 0.48 0.4 0.42 1.32 0.45 0.37 0.55 0.48 0.4 0.71 0.69 0.59
Bra024204 (RSA1)
 0.5 0.12 0.43 0.12 18.17 5.1 2.98 1.49 3.66 3.34 4.13 1.74 15.44 13.75 8.44 6.24 5.35 37.08 7.22 4.61 2.34 2.22 13.41 6.69 6.82 4.61 4.39 9.76 10.67 4.32 11.23
Bra024897 (ZAR1)
 0.27 0.23 0.33 0.16 0.9 0.44 0.32 0.3 0.44 0.28 0.3 0.31 1.6 1.07 0.8 0.67 0.58 2.18 0.56 0.39 0.36 0.38 0.75 0.34 0.35 0.42 0.34 0.29 0.38 0.37 0.63
Bra025145 (NIK2)
 0.64 0.27 0.41 0.58 1.5 0.99 0.72 0.73 1.23 0.85 1.15 1.03 3.22 2.15 1.99 1.34 1.12 4.6 1.51 1.09 0.89 0.85 2.84 1.09 1.58 1.11 0.83 0.97 1.21 1.1 1.22
1.06 1.09 1.4 1.55 2.44 0.96 1.84 2.56 2.39 3.39 2.98 3.06 6.37 5.53 4.85 4.71 3.98 8.27 3.21 3.43 3.17 2.83 3.35 4.84 5.37 5.58 5.11 3.78 4.89 4.18 5.6
Bra025775 (MP)
 0.14 0.03 0.14 0.06 0.32 0.45 0.14 0.16 0.26 0.31 0.24 0.1 0.84 0.64 0.64 0.33 0.14 1.19 0.36 0.2 0.16 0.18 0.92 0.46 0.41 0.39 0.39 0.29 0.38 0.45 0.88
0.71 1.05 1.49 1.32 2.09 1.75 2.42 2.99 1.7 1.44 1.33 1.62 5.9 2.44 2.44 3.22 2.51 4.08 1.83 1.89 2.38 2.93 2.37 0.81 1.27 0.95 1.09 0.49 0.96 0.76 0.92
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Bra027460 (CC2)
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Bra028002 (NPF4.4)
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Bra028916 (PXC2)
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Bra031068 (NPF5.1)
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Bra034170 (GGL17)
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Bra036191 (ODB2)
 1.81 2.68 2.93 3.81 3.21 1.96 7.62 10.75 3.89 5.23 4.33 3.61 13.46 6.25 4.56 7.39 6.8 12.55 4.35 5.38 4.09 6.81 3.33 3.07 2.85 3.25 2.92 2.56 1.41 2.27 1.95
Bra036493 (MAN2)
 1.55 1.14 1.21 1.21 2.55 1.92 1.73 1.41 1.6 1.79 1.32 1.55 2.21 2.37 3.13 3.1 1.92 5.51 2.57 2.13 1.54 1.73 3.14 2.44 2.78 2.37 2.27 2.47 2.3 2.28 2.8
Bra036562 (LOG8)
 0.33 0.21 0.56 0.76 1.1 1.22 1.14 2.26 4.72 5.86 6.02 4.4 13.15 1.96 3.95 5.05 2.8 8.19 3.82 5.09 5.2 2.46 7.3 3.12 4.99 4.01 3.7 2.11 1.56 1.3 0.92
Bra036728 (SLP3)
 0.83 0.38 0.62 0.4 2.21 1.03 0.89 1.28 1.65 1.5 1.56 1.63 2.61 1.9 2.17 2.14 1.69 4.7 2.33 1.65 1.42 1.46 1.82 1.78 1.86 1.54 1.72 2.13 1.93 1.44 1.69
Bra037938 (LOTR1)
 5.78 2.21 3.01 2.38 12.09 8.7 6.07 7.82 9.29 8.75 8.72 7.8 11.6 14.79 16.01 12.08 9.51 19.6 12.78 9.57 8.24 7.77 4.72 10.83 11.3 9.26 9.11 9.78 11.2 9.23 11.52
1.6 1.43 3.06 1.51 4.65 1.92 2.92 6.53 8.92 8.46 7.42 6.68 18.86 9.98 6.87 8.57 5.47 19.53 6.55 6.2 7.11 3.66 18.22 5.88 7.27 6.23 4.97 4.56 1.85 4.11 3.62
Bra038405 (GLCNA.UT1)
 0.19 0.13 0.19 0.08 0.46 0.34 0.55 0.45 0.52 0.66 0.89 0.58 0.97 0.72 0.53 0.97 0.88 1.26 0.72 0.41 0.43 0.3 0.55 0.49 0.69 0.6 0.49 0.42 0.36 0.16 0.39
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Details

Raw expression values (TPM normalized), Green cells indicate low expression and red high. (Dark gray cells indicate missing values)