1. Home
  2. Tools
  3. Expression Heatmap
  4. Results

Heatmap: Cluster_56 (Brassica rapa (Bra) Coexpression Clusters (HCCA Algorithm))

View as: (view zlog-transformed or row-normalized)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Showing raw values)

 Transpose table  Download table
Gene
Light: 268 uE m-2 s-1
Light: 202.5 uE m-2 s-1 (Control)
Light: 135 uE m-2 s-1
Light: 67.5 uE m-2 s-1
Photoperiod: L24
Photoperiod: L20D4 (Control)
Photoperiod: L12D12
Photoperiod: L8D16
RBW: 4:1:1 (Control)
RBW: 4:1:0
RBW: 3:1:1
RBW: 3:1:0
Nitrogen: 0%
Nitrogen: 25%
Nitrogen: 50%
Nitrogen: 100% (Control)
Nitrogen: 150%
Phosphorous: 0%
Phosphorous: 25%
Phosphorous: 50%
Phosphorous: 100% (Control)
Phosphorous: 150%
Potassium: 0%
Potassium: 25%
Potassium: 50%
Potassium: 100% (Control)
Potassium: 150%
Temperature: 20°C
Temperature: 25°C (Control)
Temperature: 30°C
Temperature: 35°C
0.0 8.0 8.76 4.89 1.09 9.16 1.2 0.0 0.86 0.0 0.97 0.0 0.57 0.0 0.79 0.0 0.0 0.0 0.8 0.34 0.0 0.31 0.97 0.32 0.4 0.64 2.9 0.34 2.54 0.34 1.1
Bra001568 (LIK1)
 0.66 0.0 2.21 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.15 0.0 0.0 0.0 0.0 0.24 0.0 0.0 0.0 0.0 0.69 0.0 0.0 0.0 0.0 0.12 0.0 0.0 0.52
Bra003156 (ACT3)
 0.0 0.0 0.04 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.02 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
0.0 0.01 0.05 0.0 0.0 0.0 0.02 0.01 0.0 0.01 0.01 0.0 0.01 0.02 0.0 0.03 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.02 0.0 0.01 0.0 0.0 0.01 0.01 0.0 0.01 0.0
0.0 0.0 0.04 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.03
0.0 0.08 0.24 0.08 0.04 0.1 0.08 0.1 0.05 0.09 0.1 0.02 0.08 0.09 0.04 0.03 0.06 0.11 0.0 0.02 0.03 0.0 0.13 0.04 0.01 0.01 0.07 0.08 0.01 0.05 0.0
0.0 1.06 3.32 0.0 1.29 0.21 0.17 0.58 0.0 0.82 0.0 0.66 1.05 3.56 0.0 0.26 1.04 0.0 0.42 0.51 0.0 0.23 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra006910 (LTA3)
 0.36 4.49 4.38 3.82 0.43 5.25 0.04 0.08 0.01 0.15 0.02 0.17 0.07 0.49 0.14 0.06 0.02 0.29 0.29 0.2 0.11 0.07 0.44 0.39 0.41 1.58 0.49 0.74 0.54 0.51 0.34
Bra006936 (SYT3)
 0.0 7.78 7.24 1.83 0.0 8.87 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra006971 (UGT73D1)
 0.06 0.54 0.65 0.16 0.62 0.09 0.0 0.0 0.01 0.24 0.05 0.08 0.04 0.06 0.08 0.01 0.05 0.01 0.01 0.04 0.0 0.07 0.0 0.0 0.0 0.0 0.07 0.02 0.04 0.05 0.02
0.16 0.32 0.56 0.77 0.15 0.07 0.09 0.18 0.13 0.11 0.13 0.23 0.89 0.33 0.16 0.06 0.19 0.09 0.01 0.1 0.06 0.01 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.05 0.07 0.06
Bra008173 (FAB1)
 0.0 0.0 0.03 0.0 0.0 0.01 0.02 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.01 0.01 0.0 0.0 0.01 0.0
Bra010650 (AtDOB4)
 0.0 0.0 0.23 0.0 0.04 0.02 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra010872 (PG45)
 0.08 0.02 0.12 0.03 0.09 0.03 0.03 0.07 0.03 0.0 0.04 0.0 0.04 0.07 0.08 0.08 0.02 0.04 0.03 0.0 0.05 0.01 0.0 0.1 0.02 0.01 0.04 0.06 0.04 0.01 0.04
Bra010962 (KR)
 0.21 0.15 0.28 0.28 0.13 0.09 0.06 0.07 0.04 0.06 0.01 0.06 0.05 0.0 0.02 0.05 0.03 0.04 0.04 0.02 0.08 0.09 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra011065 (TIE1)
 0.0 0.21 0.52 0.0 0.0 0.0 0.1 0.05 0.0 0.0 0.0 0.0 0.03 0.04 0.0 0.1 0.0 0.1 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.11 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra014444 (AHL11)
 4.04 6.7 8.56 4.33 5.18 2.27 0.58 1.94 1.92 2.62 2.92 1.59 3.94 6.55 2.28 2.23 2.82 4.4 0.8 1.4 1.63 1.71 3.09 3.5 3.73 6.17 3.86 4.46 6.18 3.71 2.67
0.0 0.0 0.78 0.0 0.09 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
0.16 0.13 0.26 0.12 0.08 0.16 0.13 0.05 0.19 0.22 0.11 0.04 0.14 0.09 0.09 0.18 0.12 0.14 0.06 0.02 0.03 0.06 0.23 0.04 0.06 0.06 0.07 0.08 0.19 0.31 0.09
Bra015751 (ATL8)
 1.36 1.06 1.94 1.59 1.0 0.16 0.8 0.79 0.96 1.02 0.93 0.93 2.7 0.35 0.45 1.01 1.2 1.82 0.45 0.62 0.36 0.51 0.88 0.04 0.35 0.62 0.89 0.24 0.4 1.12 1.51
Bra016000 (scpl5)
 0.2 0.05 1.36 0.16 0.61 0.09 0.0 0.09 0.12 0.08 0.04 0.0 0.05 0.0 0.0 0.05 0.05 0.95 0.19 0.05 0.13 0.33 0.0 0.0 0.0 0.17 0.0 0.0 0.1 0.04 0.09
1.33 1.89 4.09 2.17 1.22 0.84 0.66 0.66 1.66 1.44 1.48 1.22 0.59 0.17 0.24 0.77 0.78 0.04 1.32 1.19 0.53 1.1 0.65 0.17 0.56 0.92 0.5 0.49 0.77 0.42 0.31
Bra016403 (GONST5)
 0.0 0.0 0.1 0.02 0.06 0.07 0.0 0.01 0.0 0.0 0.01 0.06 0.0 0.01 0.02 0.04 0.04 0.02 0.03 0.07 0.01 0.0 0.1 0.05 0.0 0.0 0.01 0.01 0.03 0.03 0.03
Bra016428 (WAK1)
 0.42 0.08 2.08 0.09 0.42 0.01 0.01 0.0 0.01 0.0 0.02 0.01 0.04 0.04 0.0 0.01 0.01 0.23 0.0 0.0 0.0 0.01 0.12 0.01 0.01 0.02 0.0 0.04 0.06 0.04 0.01
Bra017260 (CASP1)
 0.0 0.0 0.02 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra017969 (DIN11)
 1.54 4.01 20.65 7.91 0.0 0.01 0.22 1.09 0.04 0.31 0.04 0.1 4.33 0.0 0.02 0.2 0.2 6.4 0.02 0.02 0.01 0.03 1.73 0.07 0.07 0.52 0.27 0.0 0.01 1.24 1.87
Bra019056 (NZZ)
 0.07 0.05 0.19 0.15 0.07 0.03 0.04 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.13 0.0 0.0 0.0 0.0 0.07 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.03
0.0 0.08 0.11 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.02 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.04 0.08 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.02 0.04
Bra019443 (TEK)
 0.0 0.0 0.02 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra019871 (FBS1)
 0.24 0.09 0.33 0.14 0.08 0.0 0.0 0.0 0.0 0.04 0.08 0.08 0.43 0.0 0.05 0.05 0.04 0.09 0.0 0.08 0.0 0.0 0.12 0.11 0.0 0.0 0.0 0.0 0.08 0.08 0.09
Bra020376 (MES18)
 41.56 20.15 59.11 41.2 23.79 8.97 29.27 8.42 3.54 16.88 12.6 14.63 10.15 4.11 5.0 7.81 7.51 47.25 11.46 5.82 6.33 8.47 3.14 15.82 14.43 15.87 19.75 22.88 35.25 58.66 53.9
Bra020432 (XTR6)
 0.15 0.15 0.27 0.29 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.06 0.0 0.0 0.0 0.04 0.0 0.0 0.0 0.03 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
0.49 4.35 3.42 2.45 1.17 4.3 0.05 0.06 0.32 0.6 0.48 0.03 0.0 0.21 0.04 0.13 0.1 0.08 0.07 0.35 0.17 0.03 0.15 0.01 0.0 0.01 0.04 0.0 0.0 0.03 0.05
12.77 0.0 18.83 12.04 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.93 0.0 1.64 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 31.68 6.66 7.79 5.63 6.26 4.5 4.1 9.3 10.24
Bra024083 (CNGC17)
 0.0 0.0 0.9 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.55 0.0 0.0 0.0 0.53 0.0 0.0 0.0 0.0 0.47 0.0 0.0 0.49 0.51 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra024464 (OFP7)
 0.57 0.2 1.3 0.15 0.88 0.16 0.67 0.0 0.85 0.0 0.79 1.49 1.82 0.0 0.21 0.62 1.02 1.35 0.37 1.19 0.0 0.35 1.31 0.7 0.19 0.0 0.0 0.91 0.89 0.87 0.86
0.88 0.85 1.65 0.7 0.09 0.3 0.2 0.45 0.3 0.17 0.21 0.35 0.99 0.29 0.18 0.11 0.14 0.1 0.01 0.06 0.07 0.16 0.9 0.09 0.01 0.04 0.11 0.04 0.19 0.1 0.15
0.0 0.0 0.1 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.04 0.0
2.02 0.16 3.51 0.47 2.0 0.68 1.1 0.46 0.0 0.0 0.57 0.72 0.34 1.51 0.17 0.16 0.45 0.87 0.0 0.49 0.16 0.0 0.0 0.14 0.15 0.72 0.0 0.15 0.0 0.0 0.29
0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra028242 (RECQSIM)
 0.0 0.28 0.89 0.0 0.0 0.0 0.02 0.02 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra028620 (HEC3)
 0.0 0.05 0.11 0.12 0.04 0.0 0.0 0.0 0.02 0.02 0.0 0.03 0.02 0.0 0.0 0.0 0.04 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.1 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra029874 (CEV1)
 0.01 0.24 0.54 0.06 0.18 0.04 0.01 0.0 0.04 0.0 0.01 0.02 0.0 0.06 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.0 0.41 0.18 0.18 0.02 0.05 0.23 0.1 0.07 0.07
Bra030078 (PUP3)
 0.0 0.0 0.05 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.02 0.02 0.0 0.02 0.0 0.0 0.01 0.0 0.04 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra030979 (MINI3)
 0.0 0.0 0.32 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra031052 (IQD30)
 0.0 0.0 0.03 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra031110 (TIE2)
 0.0 0.0 0.25 0.0 0.0 0.04 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.09 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.17 0.0 0.0 0.0 0.0 0.09 0.0 0.0 0.0
0.0 0.0 0.03 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.03 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
0.9 3.2 1.8 2.89 1.03 2.85 0.57 0.17 0.22 0.97 0.92 0.01 0.0 0.0 0.21 0.0 0.08 0.0 0.0 0.16 0.02 0.04 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra032767 (AGL84)
 0.03 0.09 0.37 0.0 0.28 0.0 0.01 0.01 0.04 0.04 0.0 0.0 0.03 0.0 0.01 0.03 0.01 0.04 0.1 0.0 0.16 0.01 0.2 0.03 0.26 0.07 0.13 0.15 0.22 0.26 0.09
Bra034655 (DEG4)
 0.0 0.37 1.26 0.37 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.61 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.79 0.0 0.0 0.0 0.19 0.18 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.55
0.44 0.44 1.3 0.35 0.48 0.31 0.0 0.0 0.85 0.5 0.0 0.17 0.41 0.0 0.0 0.19 0.17 0.46 0.22 0.0 0.17 0.15 0.96 0.0 0.16 0.0 0.36 0.16 1.02 1.14 0.64
Bra036400 (WRKY12)
 0.0 0.0 0.12 0.0 0.04 0.06 0.0 0.0 0.0 0.02 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.12 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.04 0.0 0.02
0.0 0.0 0.5 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra038954 (CDR1)
 0.0 0.0 0.05 0.04 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.02 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.02 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.01 0.0 0.0 0.01 0.0
0.0 0.0 0.5 0.17 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.07 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
0.0 0.0 0.03 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.02

Details

Raw expression values (TPM normalized), Green cells indicate low expression and red high. (Dark gray cells indicate missing values)