1. Home
  2. Tools
  3. Expression Heatmap
  4. Results

Heatmap: Cluster_191 (Brassica rapa (Bra) Coexpression Clusters (HCCA Algorithm))

View as: (view zlog-transformed or row-normalized)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Showing raw values)

 Transpose table  Download table
Gene
Light: 268 uE m-2 s-1
Light: 202.5 uE m-2 s-1 (Control)
Light: 135 uE m-2 s-1
Light: 67.5 uE m-2 s-1
Photoperiod: L24
Photoperiod: L20D4 (Control)
Photoperiod: L12D12
Photoperiod: L8D16
RBW: 4:1:1 (Control)
RBW: 4:1:0
RBW: 3:1:1
RBW: 3:1:0
Nitrogen: 0%
Nitrogen: 25%
Nitrogen: 50%
Nitrogen: 100% (Control)
Nitrogen: 150%
Phosphorous: 0%
Phosphorous: 25%
Phosphorous: 50%
Phosphorous: 100% (Control)
Phosphorous: 150%
Potassium: 0%
Potassium: 25%
Potassium: 50%
Potassium: 100% (Control)
Potassium: 150%
Temperature: 20°C
Temperature: 25°C (Control)
Temperature: 30°C
Temperature: 35°C
Bra000941 (ETC3)
 5.97 4.11 2.28 1.7 11.09 10.57 4.29 2.29 7.11 0.84 2.95 2.95 15.38 28.32 16.87 3.98 2.65 115.41 44.13 4.27 2.58 4.32 6.43 1.41 0.26 0.0 0.29 0.27 1.0 0.24 0.0
Bra001454 (PR3)
 0.61 0.54 1.16 1.78 0.31 0.48 6.81 4.19 5.22 7.29 1.28 4.6 3.52 0.21 1.34 3.97 6.46 85.57 6.96 3.64 1.33 1.63 0.78 1.5 1.06 0.64 1.64 0.15 0.28 0.75 4.02
0.11 0.07 0.6 0.26 0.31 0.16 0.83 1.16 0.37 0.39 0.33 0.39 1.75 0.17 0.2 0.91 0.85 8.29 0.33 0.26 0.35 0.36 0.88 0.73 0.75 0.6 0.68 0.37 0.77 0.59 3.81
Bra002062 (ALMT6)
 0.08 0.27 0.3 0.27 0.84 0.6 0.1 0.23 0.21 0.52 0.43 0.3 0.56 1.9 1.31 0.45 0.5 5.74 0.55 0.5 0.26 0.4 0.02 0.1 0.07 0.05 0.1 0.2 0.07 0.17 0.2
Bra003719 (PHT1;9)
 0.0 0.01 0.01 0.0 0.0 0.01 0.0 0.01 0.01 0.03 0.0 0.0 0.01 0.0 0.02 0.0 0.0 1.86 0.07 0.01 0.0 0.05 0.02 0.0 0.0 0.01 0.03 0.0 0.0 0.0 0.03
Bra004724 (AGAP1)
 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.37 0.02 0.0 0.0 0.0 0.0 0.03 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
0.26 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.3 0.0 0.0 0.0 0.14 4.46 0.0 0.0 0.0 0.0 0.51 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra005070 (ATPT2)
 0.17 0.37 0.43 0.11 0.41 0.96 0.37 0.16 0.25 0.4 0.16 0.22 0.54 0.45 1.53 1.13 0.97 22.85 2.52 0.44 0.36 0.95 1.57 0.33 0.1 0.12 0.14 0.27 0.3 0.32 0.1
0.02 0.0 0.08 0.02 0.0 0.0 0.0 0.0 0.03 0.0 0.0 0.0 0.14 0.0 0.0 0.04 0.0 1.59 0.18 0.0 0.0 0.0 0.08 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra005390 (AtBBE16)
 2.32 2.38 2.35 4.56 3.35 10.52 25.04 20.1 20.15 24.44 12.99 21.47 45.59 11.74 15.35 19.98 20.86 243.09 19.37 7.56 12.17 17.86 29.82 15.07 15.11 11.69 14.66 8.6 16.58 25.9 68.04
0.0 0.0 0.0 0.06 0.02 0.16 0.04 0.02 0.0 0.0 0.03 0.35 0.2 0.1 0.77 0.24 0.15 4.94 0.02 0.03 0.06 0.08 1.24 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra009033 (AtDTX28)
 0.0 0.0 0.0 0.0 0.02 0.01 0.0 0.02 0.01 0.01 0.05 0.0 0.27 0.1 0.05 0.02 0.0 10.01 0.07 0.13 0.02 0.0 0.26 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra009746 (MEB2)
 0.11 0.02 0.1 0.29 0.25 0.15 0.17 0.12 0.14 0.49 0.06 0.24 0.19 0.1 0.05 0.23 0.12 3.22 0.26 0.14 0.08 0.33 0.39 0.16 0.2 0.35 0.15 0.15 0.29 0.21 0.27
0.39 0.09 0.42 1.54 1.55 0.27 9.59 30.55 4.88 11.06 1.88 4.1 2.71 0.43 0.28 1.83 0.85 111.25 1.56 1.03 1.33 2.2 1.14 6.77 4.99 3.61 6.84 4.61 3.61 24.67 15.44
Bra010423 (MAPKKK16)
 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.04 0.03 0.02 0.03 0.01 0.0 1.61 0.41 0.01 0.03 0.04 0.02 0.0 0.0 0.08 0.01 0.0 0.0 0.0 0.02
Bra010543 (CHX17)
 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.55 0.01 0.0 0.0 0.0 0.02 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra011191 (UMAMIT34)
 0.17 0.0 0.0 0.0 0.0 0.03 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 20.86 1.03 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra011817 (TRM4A)
 0.0 0.0 0.0 0.0 0.04 0.0 0.0 0.0 0.03 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.04 0.0 0.55 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.03 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.07 0.0
Bra012416 (CSLA10)
 0.12 0.0 0.15 0.17 0.52 0.15 0.81 1.0 0.77 0.5 1.14 0.62 5.4 0.98 1.28 1.16 0.87 18.29 0.6 0.71 0.78 0.66 1.9 0.23 0.19 0.21 0.13 0.42 0.36 0.35 0.56
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 1.44 0.05 0.0 0.0 0.03 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.02 0.01 0.01
Bra014890 (AtBBE-like 13)
 0.03 0.0 0.0 0.0 0.09 0.03 0.01 0.0 0.04 0.02 0.01 0.02 0.48 0.06 0.11 0.08 0.06 7.24 2.56 0.11 0.04 0.03 0.42 0.02 0.01 0.04 0.0 0.03 0.05 0.01 0.0
Bra015929 (RLP14)
 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.02 0.01 0.0 0.0 0.01 0.01 0.73 0.05 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.02 0.01 0.04
Bra015937 (RSH)
 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.03 0.0 0.0 0.03 0.04 0.0 0.87 0.0 0.02 0.02 0.0 8.73 0.0 0.0 0.0 0.0 0.14 0.0 0.0 0.0 0.0 0.02 0.02 0.0 0.0
Bra015981 (ZW9)
 15.43 20.67 29.89 36.28 1.67 1.05 15.29 12.17 21.21 3.36 5.0 22.9 35.46 0.29 1.04 3.95 4.06 189.37 1.49 0.38 2.35 9.98 34.01 5.05 4.37 3.08 6.41 1.13 2.89 17.23 44.34
Bra018785 (USPL1)
 0.35 1.24 1.73 0.62 0.27 0.09 0.26 0.53 0.27 0.4 0.2 0.24 1.29 0.18 0.06 0.29 0.35 13.92 0.27 0.15 0.39 0.25 1.45 0.43 0.55 0.27 0.23 0.22 0.21 0.77 1.13
0.45 0.19 0.25 0.31 0.9 0.37 0.78 0.72 0.59 0.44 0.43 0.32 1.12 0.5 0.59 0.53 0.24 5.34 0.56 0.23 0.17 0.32 0.17 0.23 0.18 0.1 0.16 0.22 0.66 0.53 2.05
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.21 0.0 0.08 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 66.0 3.67 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra022275 (PP7L)
 0.19 0.0 0.0 0.0 0.03 0.15 0.0 0.0 0.16 0.0 0.0 0.14 0.04 0.0 0.0 0.07 0.0 6.59 2.01 0.26 0.03 0.0 0.06 0.03 0.12 0.09 0.0 0.14 0.17 0.28 0.1
0.02 0.04 0.07 0.08 0.05 0.05 0.33 0.02 0.0 0.06 0.04 0.0 0.24 0.0 0.0 0.12 0.07 16.64 4.8 0.24 0.01 0.01 0.04 0.09 0.0 0.02 0.0 0.03 0.03 0.02 0.04
Bra026303 (MEB1)
 0.0 0.0 0.04 0.03 0.55 0.42 0.06 0.06 0.38 0.21 0.1 0.07 0.8 0.61 0.85 0.37 0.13 10.24 0.32 0.12 0.13 0.29 0.24 0.38 0.19 0.18 0.17 0.07 0.2 0.29 0.45
Bra027987 (GGL25)
 0.0 0.0 0.0 0.02 0.07 0.04 0.38 0.09 0.07 0.37 0.03 0.01 0.25 0.0 1.18 0.12 0.04 28.72 0.11 0.06 0.0 0.22 0.39 0.1 0.2 0.02 5.36 0.01 0.13 0.21 0.72
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.02 0.0 0.0 0.08 0.02 0.0 14.52 0.02 0.0 0.05 0.06 44.79 0.06 0.0 0.0 0.06 3.62 0.14 0.31 0.41 0.42 0.21 0.25 0.32 0.17
Bra028829 (EXO70A1)
 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.02 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.51 0.12 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.06 0.0 0.0 0.0 0.0 1.44 0.09 0.04 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
0.28 0.16 0.12 0.16 0.47 0.47 0.34 0.16 0.14 0.12 0.24 0.15 0.04 0.27 0.52 0.0 0.14 17.43 1.73 0.07 0.0 0.03 0.19 0.36 0.32 0.1 0.13 0.03 0.1 0.29 0.2
0.61 0.61 0.89 0.37 2.0 4.61 0.52 0.08 0.22 0.61 0.41 0.12 0.08 2.55 4.82 0.51 0.82 32.63 1.8 0.18 0.02 0.47 0.32 1.24 0.75 0.42 1.24 1.26 0.73 0.69 1.15
0.19 0.15 0.0 0.0 0.09 0.08 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.04 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.32 0.14 0.0 0.0 0.13 0.0 0.04 0.12 0.0 0.2 0.0 0.0 0.04 0.0
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.53 0.01 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.07 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01
Bra030385 (TSA1)
 0.5 0.42 0.47 0.43 2.67 1.96 1.38 1.07 2.14 0.97 0.42 1.4 6.93 1.54 1.35 2.33 1.26 90.39 2.59 0.52 1.11 0.74 8.06 4.56 4.63 2.96 4.37 2.43 3.86 4.77 15.86
0.0 0.0 0.0 0.0 0.86 3.4 0.67 0.12 1.23 0.06 0.06 0.49 4.24 29.98 10.31 0.14 0.1 51.74 3.71 0.09 0.21 0.57 0.12 0.01 0.0 0.0 0.01 0.03 0.02 0.01 0.66
0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.02 0.03 0.09 0.18 0.02 0.06 0.05 0.35 0.14 0.17 0.08 0.1 12.15 0.06 0.03 0.04 0.03 0.91 0.21 0.15 0.15 0.08 0.11 0.1 0.12 0.78
Bra032563 (GRXS1)
 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.39 0.28 0.0 0.0 0.0 0.0 2.78 0.0 0.49 0.0 1.08 156.21 5.45 0.0 0.0 0.0 0.94 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.31 0.41
Bra035004 (UF3GT)
 0.0 0.0 0.0 0.0 1.18 5.58 1.08 0.12 2.52 0.21 0.07 0.81 6.03 51.16 18.53 0.34 0.17 99.63 6.5 0.04 0.79 0.77 0.41 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.11 0.01 0.45
0.0 0.0 0.12 0.0 0.0 0.0 0.09 0.06 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.12 0.0 0.0 1.28 0.11 0.21 0.0 0.0 0.0 0.0 0.32 0.0 0.0 0.11 0.0 0.0 0.0
Bra035920 (PUB52)
 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.02 0.0 0.76 0.03 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.02
Bra035924 (PUB52)
 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.02 0.0 0.0 0.02 0.02 0.0 0.02 0.0 0.02 2.23 0.11 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.02
Bra037625 (NRT2.6)
 0.02 0.07 0.03 0.01 0.05 0.0 0.02 0.05 0.06 0.02 0.06 0.06 0.3 0.27 0.0 0.06 0.07 14.0 0.09 0.03 0.01 0.07 0.23 0.0 0.01 0.05 0.02 0.01 0.02 0.03 0.16
Bra037887 (TT8)
 0.0 0.0 0.0 0.0 0.07 0.49 0.3 0.44 0.44 0.15 0.32 0.1 0.5 2.94 0.89 0.53 0.33 8.82 1.3 0.26 0.16 0.44 0.33 0.0 0.0 0.03 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01
2.56 5.27 3.47 3.02 1.71 4.39 0.99 0.63 1.04 0.55 0.26 0.88 5.85 24.12 13.23 0.31 0.31 85.41 5.23 0.34 0.49 1.04 0.6 0.25 0.19 0.26 0.23 0.32 0.3 0.29 0.73
Bra038999 (PUB34)
 0.02 0.1 0.08 0.06 0.12 0.09 0.04 0.01 0.17 0.15 0.14 0.1 0.15 0.24 0.22 0.12 0.13 24.91 3.02 0.3 0.11 0.1 0.7 0.18 0.11 0.18 0.07 0.12 0.04 0.04 0.01
2.26 1.54 1.59 1.08 2.49 3.43 1.19 0.83 1.71 1.07 1.13 1.45 1.11 3.04 3.07 1.07 1.32 25.34 6.76 1.46 1.16 1.5 3.36 2.24 1.49 0.92 1.63 1.71 3.39 1.81 2.06
Bra040055 (TH9)
 0.17 0.06 0.16 0.09 0.4 0.75 1.13 0.18 0.29 0.85 0.45 0.44 0.12 0.84 0.6 0.62 0.62 25.09 11.05 0.6 0.52 0.63 0.65 0.17 0.15 0.15 0.28 0.31 0.15 0.29 0.0
Bra040186 (PPCK2)
 0.27 0.05 0.03 0.0 0.36 0.26 0.25 0.0 0.12 0.01 0.18 0.06 0.24 0.15 0.16 0.17 0.53 19.11 1.97 0.84 0.08 0.15 0.45 0.41 0.23 0.09 0.21 0.17 0.13 0.17 0.03
Bra040489 (RPG2)
 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.04 0.07 0.01 0.07 0.0 0.04 0.43 0.1 0.03 0.04 0.01 1.89 0.2 0.0 0.01 0.0 0.26 0.06 0.13 0.0 0.17 0.09 0.03 0.04 0.1

Details

Raw expression values (TPM normalized), Green cells indicate low expression and red high. (Dark gray cells indicate missing values)