Heatmap: Cluster_186 (Brassica rapa (Bra) Coexpression Clusters (HCCA Algorithm))

View as: (view raw or zlog-transformed)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Values are normalized against highest expression of the row)

Gene	Light: 268 uE m-2 s-1	Light: 202.5 uE m-2 s-1 (Control)	Light: 135 uE m-2 s-1	Light: 67.5 uE m-2 s-1	Photoperiod: L24	Photoperiod: L20D4 (Control)	Photoperiod: L12D12	Photoperiod: L8D16	RBW: 4:1:1 (Control)	RBW: 4:1:0	RBW: 3:1:1	RBW: 3:1:0	Nitrogen: 0%	Nitrogen: 25%	Nitrogen: 50%	Nitrogen: 100% (Control)	Nitrogen: 150%	Phosphorous: 0%	Phosphorous: 25%	Phosphorous: 50%	Phosphorous: 100% (Control)	Phosphorous: 150%	Potassium: 0%	Potassium: 25%	Potassium: 50%	Potassium: 100% (Control)	Potassium: 150%	Temperature: 20°C	Temperature: 25°C (Control)	Temperature: 30°C	Temperature: 35°C
Bra000272 (MBF1A)	0.07	0.06	0.08	0.03	0.16	0.15	0.05	0.03	0.09	0.06	0.07	0.08	0.05	0.15	0.18	0.07	0.07	0.11	0.09	0.07	0.07	0.07	1.0	0.07	0.07	0.07	0.07	0.07	0.1	0.08	0.07
Bra000311	0.0	0.0	0.0	0.0	0.05	0.06	0.01	0.01	0.01	0.05	0.02	0.04	0.03	0.01	0.01	0.02	0.02	0.12	0.03	0.02	0.02	0.05	1.0	0.04	0.05	0.04	0.05	0.02	0.01	0.01	0.01
Bra000488 (AtDOB11)	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.01	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.01	0.0	0.02	0.03	0.01	0.01	0.06	0.0	0.01	0.0	0.0	1.0	0.01	0.01	0.0	0.0	0.0	0.01	0.0	0.01
Bra000489 (AtDOB14)	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.01	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.01	0.01	0.02	0.03	0.02	0.02	0.07	0.0	0.01	0.01	0.01	1.0	0.01	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.01
Bra001386 (DREB2)	0.09	0.1	0.1	0.09	0.08	0.11	0.07	0.04	0.16	0.06	0.09	0.1	0.11	0.11	0.11	0.09	0.09	0.19	0.1	0.08	0.07	0.09	1.0	0.06	0.04	0.05	0.06	0.06	0.1	0.14	0.1
Bra001488 (MRP3)	0.01	0.06	0.09	0.01	0.05	0.07	0.01	0.0	0.01	0.01	0.0	0.01	0.0	0.02	0.04	0.02	0.02	0.05	0.01	0.01	0.01	0.02	1.0	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.02	0.0
Bra002450 (HIPP3)	0.02	0.04	0.06	0.01	0.07	0.04	0.02	0.01	0.04	0.05	0.04	0.05	0.01	0.12	0.08	0.07	0.04	0.1	0.07	0.04	0.04	0.06	1.0	0.05	0.03	0.03	0.03	0.04	0.04	0.04	0.02
Bra003462 (CRF6)	0.03	0.02	0.01	0.01	0.02	0.05	0.01	0.01	0.01	0.01	0.0	0.01	0.02	0.07	0.1	0.01	0.01	0.03	0.02	0.01	0.01	0.01	1.0	0.01	0.0	0.0	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01
Bra003486 (ProRS-Cyt)	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.01	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	1.0	0.0	0.0	0.01	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
Bra004772	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.01	0.0	0.0	0.0	0.0	0.04	0.0	0.0	0.0	0.04	1.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
Bra004793 (HOL3)	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	1.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
Bra004816	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.06	0.0	0.06	0.0	0.0	0.0	0.0	1.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.06
Bra006791 (RPB5C)	0.01	0.0	0.01	0.0	0.0	0.0	0.0	0.01	0.0	0.0	0.0	0.0	0.02	0.04	0.01	0.0	0.0	0.02	0.0	0.0	0.0	0.0	1.0	0.02	0.0	0.01	0.0	0.02	0.01	0.01	0.05
Bra007279	0.02	0.02	0.03	0.03	0.05	0.03	0.01	0.01	0.01	0.02	0.01	0.02	0.03	0.06	0.04	0.03	0.02	0.08	0.02	0.02	0.01	0.01	1.0	0.04	0.03	0.11	0.03	0.04	0.09	0.13	0.03
Bra007621 (CRF6)	0.15	0.16	0.13	0.16	0.06	0.08	0.02	0.05	0.04	0.02	0.05	0.05	0.03	0.1	0.11	0.02	0.05	0.11	0.05	0.03	0.04	0.03	1.0	0.04	0.05	0.04	0.03	0.07	0.07	0.08	0.04
Bra007721	0.07	0.02	0.04	0.03	0.0	0.0	0.02	0.01	0.0	0.01	0.01	0.01	0.03	0.0	0.0	0.01	0.0	0.07	0.0	0.04	0.0	0.02	1.0	0.05	0.03	0.03	0.02	0.0	0.01	0.0	0.05
Bra009193 (ATKRS-1)	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.01	0.0	0.0	0.0	0.0	1.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
Bra009272 (ERF115)	0.02	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.04	0.0	0.0	0.0	0.0	0.02	0.0	0.0	0.0	0.0	1.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
Bra011035 (PHB1)	0.06	0.09	0.06	0.07	0.1	0.13	0.06	0.05	0.03	0.07	0.05	0.05	0.11	0.08	0.2	0.16	0.11	0.2	0.09	0.1	0.13	0.09	1.0	0.11	0.09	0.08	0.09	0.06	0.03	0.03	0.11
Bra011662 (SAUR9)	0.01	0.01	0.05	0.01	0.0	0.0	0.03	0.0	0.02	0.02	0.02	0.03	0.05	0.01	0.01	0.04	0.03	0.03	0.02	0.01	0.03	0.03	1.0	0.03	0.03	0.0	0.01	0.02	0.01	0.02	0.05
Bra012311	0.0	0.01	0.01	0.0	0.04	0.08	0.0	0.01	0.01	0.02	0.01	0.02	0.06	0.11	0.09	0.05	0.03	0.05	0.02	0.01	0.06	0.04	1.0	0.02	0.01	0.0	0.01	0.01	0.02	0.01	0.01
Bra013214	0.0	0.0	0.0	0.0	0.04	0.06	0.0	0.0	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.06	0.06	0.02	0.01	0.11	0.01	0.01	0.01	0.01	1.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.01	0.01	0.0	0.0
Bra014731 (eIF6A)	0.05	0.07	0.06	0.06	0.07	0.09	0.07	0.14	0.03	0.05	0.04	0.04	0.11	0.12	0.16	0.1	0.08	0.21	0.06	0.07	0.07	0.06	1.0	0.04	0.04	0.04	0.04	0.04	0.03	0.03	0.04
Bra015133	0.0	0.02	0.02	0.01	0.0	0.01	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.01	0.0	0.0	0.0	0.03	0.0	0.0	0.0	0.0	1.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
Bra015310 (ERF97)	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	1.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
Bra015361	0.02	0.01	0.05	0.01	0.03	0.02	0.03	0.01	0.05	0.01	0.01	0.01	0.05	0.1	0.03	0.02	0.11	0.01	0.0	0.03	0.04	0.02	1.0	0.03	0.0	0.05	0.02	0.02	0.02	0.04	0.02
Bra016823	0.01	0.0	0.0	0.03	0.02	0.0	0.01	0.04	0.03	0.06	0.02	0.04	0.11	0.08	0.03	0.04	0.03	0.13	0.02	0.05	0.02	0.03	1.0	0.02	0.02	0.02	0.01	0.01	0.0	0.01	0.0
Bra017098	0.02	0.0	0.03	0.02	0.0	0.0	0.0	0.02	0.0	0.04	0.01	0.03	0.03	0.0	0.03	0.02	0.01	0.08	0.02	0.0	0.02	0.05	1.0	0.0	0.01	0.06	0.01	0.01	0.01	0.02	0.0
Bra017531 (PLATZ11)	0.03	0.04	0.05	0.02	0.02	0.02	0.01	0.01	0.01	0.01	0.02	0.01	0.02	0.01	0.01	0.01	0.02	0.03	0.01	0.01	0.02	0.01	1.0	0.01	0.01	0.01	0.02	0.02	0.01	0.01	0.01
Bra017651 (TFS1)	0.0	0.0	0.0	0.0	0.01	0.01	0.0	0.01	0.0	0.01	0.01	0.0	0.03	0.0	0.1	0.01	0.01	0.07	0.02	0.0	0.0	0.01	1.0	0.0	0.01	0.0	0.02	0.0	0.0	0.01	0.0
Bra017922	0.0	0.0	0.04	0.02	0.06	0.05	0.01	0.03	0.0	0.0	0.0	0.03	0.0	0.04	0.02	0.01	0.05	0.01	0.0	0.01	0.03	0.01	1.0	0.01	0.03	0.0	0.01	0.0	0.04	0.02	0.0
Bra019061	0.01	0.07	0.01	0.01	0.14	0.08	0.01	0.05	0.02	0.01	0.0	0.0	0.01	0.01	0.04	0.02	0.0	0.04	0.0	0.0	0.02	0.02	1.0	0.11	0.04	0.04	0.06	0.03	0.05	0.05	0.05
Bra021265 (CNGC19)	0.0	0.11	0.06	0.0	0.09	0.06	0.02	0.01	0.03	0.04	0.02	0.04	0.02	0.05	0.06	0.02	0.04	0.07	0.02	0.03	0.03	0.06	1.0	0.02	0.02	0.01	0.01	0.0	0.01	0.02	0.0
Bra021590	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.01	0.01	0.02	0.0	0.0	0.0	0.01	0.02	0.0	0.01	0.02	0.0	0.01	0.0	0.0	1.0	0.02	0.01	0.02	0.01	0.02	0.0	0.02	0.0
Bra022337 (NUC2)	0.06	0.07	0.06	0.04	0.14	0.15	0.05	0.07	0.07	0.05	0.07	0.06	0.08	0.19	0.24	0.09	0.08	0.15	0.08	0.07	0.07	0.07	1.0	0.09	0.08	0.08	0.08	0.08	0.09	0.09	0.14
Bra024477	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.01	0.01	0.01	0.0	0.0	0.02	0.0	0.0	0.0	0.0	1.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
Bra027226	0.02	0.07	0.05	0.05	0.07	0.06	0.05	0.13	0.01	0.04	0.01	0.03	0.24	0.11	0.19	0.1	0.1	0.32	0.04	0.02	0.04	0.05	1.0	0.07	0.03	0.05	0.03	0.03	0.04	0.06	0.19
Bra027567	0.01	0.0	0.01	0.01	0.01	0.0	0.02	0.02	0.01	0.01	0.01	0.02	0.03	0.02	0.02	0.02	0.02	0.01	0.01	0.02	0.02	0.01	1.0	0.01	0.01	0.01	0.01	0.0	0.01	0.01	0.03
Bra027782	0.01	0.01	0.02	0.01	0.07	0.05	0.02	0.01	0.03	0.03	0.04	0.06	0.12	0.09	0.08	0.08	0.03	0.08	0.03	0.06	0.04	0.05	1.0	0.04	0.03	0.04	0.04	0.03	0.05	0.04	0.02
Bra027857 (XW6)	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.1	0.0	0.0	0.0	0.0	1.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
Bra028009 (ERF022)	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	1.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
Bra030326	0.1	0.17	0.11	0.12	0.12	0.12	0.16	0.26	0.09	0.1	0.11	0.08	0.31	0.15	0.25	0.17	0.21	0.38	0.12	0.13	0.14	0.14	1.0	0.14	0.11	0.09	0.17	0.09	0.08	0.1	0.23
Bra030344	0.0	0.0	0.0	0.0	0.09	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.04	0.0	0.0	0.0	0.0	1.0	0.0	0.0	0.04	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
Bra030409	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.05	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.03	0.08	0.0	0.0	0.0	0.0	1.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
Bra030707 (ELONGATION FACTOR-TU FAMILY)	0.01	0.02	0.01	0.03	0.01	0.02	0.02	0.02	0.0	0.0	0.0	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.0	0.0	0.01	0.01	0.0	1.0	0.03	0.03	0.03	0.03	0.03	0.02	0.02	0.04
Bra030958 (AtDOB14)	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.01	0.01	0.01	0.0	0.0	0.04	0.0	0.0	0.0	0.0	1.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
Bra031016 (MFT)	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	1.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
Bra031647 (PIAL1)	0.03	0.06	0.05	0.04	0.06	0.04	0.02	0.03	0.02	0.02	0.01	0.03	0.06	0.06	0.06	0.03	0.03	0.14	0.03	0.02	0.02	0.02	1.0	0.02	0.02	0.01	0.02	0.01	0.02	0.03	0.05
Bra032454	0.02	0.07	0.01	0.03	0.04	0.05	0.06	0.08	0.0	0.03	0.02	0.02	0.14	0.04	0.14	0.12	0.1	0.25	0.04	0.05	0.05	0.06	1.0	0.02	0.06	0.03	0.05	0.03	0.03	0.04	0.13
Bra036032	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	1.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.07
Bra036140 (CP1)	0.0	0.0	0.0	0.0	0.06	0.09	0.04	0.02	0.02	0.02	0.02	0.01	0.03	0.11	0.09	0.07	0.03	0.13	0.05	0.05	0.05	0.03	1.0	0.05	0.04	0.01	0.03	0.04	0.04	0.02	0.04
Bra036249 (SULTR3;2)	0.0	0.0	0.0	0.0	0.01	0.01	0.0	0.0	0.01	0.0	0.01	0.0	0.07	0.01	0.0	0.01	0.01	0.09	0.01	0.0	0.0	0.01	1.0	0.0	0.0	0.02	0.01	0.01	0.01	0.0	0.01
Bra036588 (MYB86)	0.0	0.0	0.0	0.0	0.02	0.01	0.01	0.01	0.04	0.03	0.03	0.02	0.15	0.01	0.02	0.01	0.06	0.12	0.06	0.02	0.04	0.06	1.0	0.02	0.01	0.0	0.01	0.0	0.02	0.01	0.02
Bra037056 (GRP2)	0.04	0.07	0.03	0.07	0.05	0.08	0.05	0.07	0.02	0.05	0.02	0.04	0.14	0.11	0.15	0.11	0.09	0.22	0.05	0.05	0.08	0.08	1.0	0.06	0.06	0.05	0.05	0.07	0.02	0.03	0.08
Bra039072 (LBD25)	0.0	0.0	0.0	0.0	0.04	0.01	0.0	0.0	0.02	0.0	0.0	0.0	0.02	0.02	0.0	0.04	0.0	0.01	0.01	0.0	0.0	0.02	1.0	0.08	0.0	0.01	0.01	0.02	0.01	0.01	0.02
Bra039086 (PHB4)	0.06	0.11	0.06	0.1	0.07	0.12	0.08	0.13	0.04	0.08	0.07	0.05	0.25	0.13	0.29	0.22	0.16	0.26	0.1	0.11	0.14	0.14	1.0	0.13	0.14	0.09	0.1	0.09	0.04	0.05	0.19
Bra039971	0.0	0.01	0.0	0.02	0.01	0.02	0.0	0.0	0.01	0.01	0.01	0.0	0.06	0.01	0.01	0.04	0.0	0.07	0.0	0.0	0.0	0.02	1.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.01	0.0	0.01	0.0
Bra040528	0.0	0.0	0.0	0.03	0.08	0.03	0.01	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.01	0.02	0.02	0.01	0.0	0.0	0.03	0.02	0.01	0.01	1.0	0.03	0.0	0.01	0.0	0.01	0.0	0.01	0.01

Details

Expression values normalized per gene (using the maximum value, Green cells indicate low expression and red high. (Dark gray cells indicate missing values)