1. Home
  2. Tools
  3. Expression Heatmap
  4. Results

Heatmap: Cluster_186 (Brassica rapa (Bra) Coexpression Clusters (HCCA Algorithm))

View as: (view zlog-transformed or row-normalized)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Showing raw values)

 Transpose table  Download table
Gene
Light: 268 uE m-2 s-1
Light: 202.5 uE m-2 s-1 (Control)
Light: 135 uE m-2 s-1
Light: 67.5 uE m-2 s-1
Photoperiod: L24
Photoperiod: L20D4 (Control)
Photoperiod: L12D12
Photoperiod: L8D16
RBW: 4:1:1 (Control)
RBW: 4:1:0
RBW: 3:1:1
RBW: 3:1:0
Nitrogen: 0%
Nitrogen: 25%
Nitrogen: 50%
Nitrogen: 100% (Control)
Nitrogen: 150%
Phosphorous: 0%
Phosphorous: 25%
Phosphorous: 50%
Phosphorous: 100% (Control)
Phosphorous: 150%
Potassium: 0%
Potassium: 25%
Potassium: 50%
Potassium: 100% (Control)
Potassium: 150%
Temperature: 20°C
Temperature: 25°C (Control)
Temperature: 30°C
Temperature: 35°C
Bra000272 (MBF1A)
 70.56 67.01 79.01 32.11 163.41 150.85 54.32 34.11 92.53 58.64 73.14 84.06 55.79 159.3 188.93 69.99 67.67 113.23 91.86 69.45 74.05 71.89 1031.52 73.74 69.99 67.47 70.28 71.27 98.06 78.02 69.63
0.94 1.12 1.54 1.26 26.24 33.11 5.36 3.41 5.68 29.37 9.8 20.85 18.99 4.12 7.94 12.62 12.73 64.54 15.81 10.5 11.64 26.71 547.81 23.41 28.31 20.45 25.41 10.53 7.97 8.07 7.24
Bra000488 (AtDOB11)
 0.0 0.01 0.0 0.03 0.15 1.25 0.04 0.03 0.04 0.03 0.13 0.64 0.3 2.14 3.14 0.97 0.99 7.18 0.01 0.8 0.26 0.33 122.96 1.17 0.63 0.32 0.58 0.35 1.02 0.55 1.69
Bra000489 (AtDOB14)
 0.05 0.05 0.0 0.0 0.1 0.65 0.1 0.18 0.16 0.1 0.19 0.37 0.25 1.13 1.43 1.0 0.84 3.36 0.22 0.66 0.31 0.49 49.34 0.31 0.13 0.08 0.15 0.09 0.24 0.1 0.46
Bra001386 (DREB2)
 0.82 0.89 0.86 0.76 0.74 0.96 0.59 0.36 1.41 0.54 0.82 0.87 0.97 0.96 0.95 0.82 0.81 1.65 0.92 0.7 0.6 0.76 8.84 0.54 0.32 0.41 0.51 0.52 0.89 1.26 0.88
Bra001488 (MRP3)
 1.67 7.41 10.0 1.01 5.18 7.52 0.71 0.41 0.81 1.65 0.54 1.29 0.28 2.54 4.1 2.7 2.78 5.23 1.08 1.31 0.69 2.72 114.16 1.12 0.64 1.03 0.96 0.85 1.06 2.79 0.39
Bra002450 (HIPP3)
 3.32 8.81 12.8 2.95 14.52 9.38 3.81 2.26 8.33 9.68 9.07 11.41 2.99 24.9 17.82 14.15 9.09 20.69 15.2 7.89 7.84 12.36 211.78 10.34 6.8 7.32 6.21 7.45 7.79 7.55 4.43
Bra003462 (CRF6)
 1.89 1.68 0.96 0.56 1.54 3.24 0.69 0.68 1.04 0.85 0.33 0.42 1.11 5.27 7.29 1.01 0.58 2.01 1.26 0.63 0.67 0.46 71.02 0.54 0.35 0.1 0.46 0.66 0.44 0.62 0.44
Bra003486 (ProRS-Cyt)
 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.1 0.0 0.03 0.01 0.0 0.0 0.0 0.03 0.0 0.02 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 7.6 0.03 0.0 0.04 0.01 0.02 0.0 0.01 0.01
0.0 0.05 0.0 0.0 0.05 0.01 0.0 0.0 0.0 0.04 0.05 0.0 0.06 0.0 0.01 0.02 0.03 0.4 0.0 0.01 0.03 0.39 10.48 0.0 0.0 0.03 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra004793 (HOL3)
 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.41 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.16 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01
Bra006791 (RPB5C)
 0.1 0.0 0.19 0.05 0.07 0.04 0.06 0.1 0.0 0.0 0.04 0.0 0.41 0.73 0.25 0.0 0.04 0.39 0.0 0.0 0.0 0.0 17.49 0.38 0.04 0.25 0.08 0.33 0.09 0.11 0.91
2.5 2.38 4.0 3.94 6.7 4.08 1.57 1.39 1.29 2.41 1.31 2.57 4.1 6.97 4.91 3.13 1.85 10.26 2.4 2.62 1.31 1.72 122.57 4.33 3.68 13.75 3.3 5.35 11.6 16.46 4.23
Bra007621 (CRF6)
 9.96 11.03 8.54 11.1 4.38 5.57 1.46 3.16 2.45 1.25 3.1 3.61 1.78 7.1 7.69 1.22 3.48 7.44 3.19 2.0 2.43 2.38 68.03 2.86 3.67 3.02 2.29 4.49 4.63 5.47 2.81
1.3 0.42 0.71 0.48 0.0 0.0 0.27 0.1 0.05 0.16 0.09 0.17 0.51 0.0 0.06 0.24 0.06 1.2 0.0 0.77 0.0 0.32 17.73 0.95 0.46 0.6 0.39 0.0 0.16 0.05 0.85
Bra009193 (ATKRS-1)
 0.03 0.07 0.06 0.03 0.14 0.07 0.01 0.02 0.04 0.02 0.04 0.07 0.15 0.25 0.02 0.03 0.05 0.26 0.0 0.01 0.05 0.04 50.56 0.01 0.08 0.07 0.02 0.01 0.01 0.03 0.08
Bra009272 (ERF115)
 0.02 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.03 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.92 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra011035 (PHB1)
 4.27 5.95 3.88 4.98 7.24 9.13 3.88 3.64 2.37 5.14 3.58 3.44 7.79 5.43 13.87 11.21 7.85 13.9 6.48 6.95 9.05 6.07 69.34 7.84 6.32 5.87 6.19 4.26 2.36 1.93 7.92
Bra011662 (SAUR9)
 0.78 0.66 3.2 0.87 0.11 0.1 1.89 0.21 1.39 1.54 1.49 2.16 3.37 0.71 0.4 2.39 2.01 2.2 1.15 0.8 2.14 1.68 64.7 2.09 1.67 0.0 0.86 1.18 0.82 1.36 3.18
0.0 0.03 0.05 0.0 0.16 0.32 0.01 0.02 0.06 0.08 0.04 0.09 0.24 0.44 0.37 0.19 0.12 0.21 0.1 0.05 0.24 0.15 4.17 0.09 0.06 0.01 0.02 0.04 0.09 0.04 0.03
0.46 0.21 0.44 0.44 4.05 5.56 0.45 0.21 1.12 0.64 0.56 0.92 0.61 5.19 5.74 2.26 1.28 10.58 0.78 1.28 0.58 1.16 93.84 0.32 0.16 0.13 0.16 0.55 0.72 0.24 0.08
Bra014731 (eIF6A)
 5.02 7.96 6.58 6.09 8.16 10.33 7.51 15.3 3.63 5.52 4.11 4.56 11.62 13.26 17.83 11.12 9.13 22.6 6.05 7.36 7.78 7.01 109.61 4.15 4.36 4.18 4.17 4.26 3.54 3.19 4.23
0.3 1.63 1.7 0.54 0.4 0.49 0.04 0.02 0.01 0.11 0.07 0.15 0.34 0.67 0.3 0.09 0.09 2.45 0.0 0.19 0.0 0.1 81.92 0.01 0.1 0.08 0.04 0.02 0.05 0.06 0.23
Bra015310 (ERF97)
 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.21 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
0.03 0.02 0.1 0.02 0.07 0.05 0.06 0.03 0.09 0.03 0.03 0.02 0.1 0.21 0.07 0.04 0.22 0.02 0.01 0.07 0.08 0.04 2.04 0.05 0.01 0.11 0.05 0.04 0.05 0.07 0.05
0.03 0.01 0.0 0.1 0.09 0.01 0.02 0.13 0.1 0.23 0.06 0.13 0.39 0.3 0.1 0.13 0.09 0.47 0.09 0.17 0.07 0.11 3.64 0.08 0.07 0.06 0.05 0.05 0.0 0.05 0.01
0.06 0.0 0.1 0.06 0.0 0.01 0.01 0.04 0.0 0.11 0.04 0.09 0.1 0.0 0.09 0.05 0.02 0.22 0.05 0.0 0.06 0.14 2.92 0.0 0.01 0.17 0.03 0.02 0.03 0.06 0.0
Bra017531 (PLATZ11)
 0.97 1.32 1.38 0.52 0.71 0.64 0.3 0.3 0.25 0.42 0.49 0.38 0.71 0.29 0.27 0.23 0.57 0.78 0.2 0.24 0.62 0.35 29.96 0.38 0.38 0.38 0.5 0.52 0.19 0.34 0.37
Bra017651 (TFS1)
 0.0 0.0 0.0 0.0 0.03 0.03 0.01 0.03 0.0 0.02 0.02 0.0 0.08 0.0 0.23 0.02 0.02 0.17 0.05 0.0 0.0 0.02 2.31 0.0 0.01 0.0 0.04 0.0 0.0 0.02 0.01
0.0 0.0 2.84 1.01 4.19 3.54 0.83 1.73 0.0 0.29 0.0 1.86 0.3 2.71 1.09 0.75 3.19 0.63 0.0 0.7 2.03 0.59 66.32 0.93 1.67 0.0 0.64 0.0 2.93 1.56 0.0
0.8 5.14 1.09 0.81 10.48 6.4 0.88 3.68 1.29 1.0 0.37 0.2 0.68 1.13 2.77 1.45 0.0 3.09 0.21 0.0 1.24 1.65 75.56 8.3 2.78 3.1 4.42 1.93 3.63 3.63 3.93
Bra021265 (CNGC19)
 0.01 0.35 0.18 0.01 0.29 0.2 0.05 0.04 0.1 0.12 0.06 0.13 0.07 0.16 0.2 0.05 0.12 0.24 0.07 0.09 0.09 0.21 3.32 0.06 0.08 0.03 0.02 0.01 0.05 0.08 0.01
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.02 0.01 0.04 0.0 0.0 0.01 0.04 0.07 0.0 0.04 0.07 0.0 0.03 0.0 0.0 2.85 0.05 0.04 0.04 0.02 0.06 0.01 0.05 0.01
Bra022337 (NUC2)
 3.68 4.41 3.59 2.16 8.27 9.05 3.14 4.15 4.25 2.78 3.95 3.51 4.81 11.42 14.7 5.2 4.7 9.19 5.07 4.08 4.35 4.27 60.12 5.25 5.01 4.93 5.07 4.76 5.59 5.33 8.71
0.11 0.04 0.08 0.03 0.39 0.45 0.17 0.11 0.22 0.24 0.27 0.23 1.42 1.36 1.64 0.75 0.45 4.37 0.18 0.31 0.3 0.2 195.84 0.06 0.35 0.29 0.19 0.16 0.14 0.12 0.2
0.05 0.2 0.15 0.13 0.21 0.16 0.13 0.36 0.03 0.13 0.03 0.07 0.68 0.31 0.54 0.29 0.28 0.88 0.11 0.07 0.1 0.14 2.79 0.18 0.09 0.13 0.09 0.09 0.11 0.18 0.52
0.11 0.09 0.1 0.17 0.13 0.07 0.38 0.45 0.14 0.24 0.16 0.44 0.57 0.5 0.47 0.41 0.34 0.25 0.19 0.34 0.45 0.15 20.08 0.14 0.17 0.21 0.16 0.05 0.12 0.25 0.53
0.48 0.38 0.58 0.22 2.67 1.68 0.86 0.36 1.24 1.26 1.46 2.07 4.26 3.32 3.04 2.79 1.23 3.04 1.21 2.36 1.52 1.99 36.57 1.39 1.03 1.37 1.43 1.14 1.98 1.49 0.74
Bra027857 (XW6)
 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.58 0.0 0.0 0.0 0.0 6.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra028009 (ERF022)
 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.35 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
7.47 13.25 8.67 9.13 9.39 9.36 12.54 20.02 7.01 7.47 8.25 6.63 24.54 11.71 19.48 13.46 16.46 29.96 9.72 10.15 11.06 10.61 78.09 10.68 8.51 6.92 13.47 7.1 6.27 7.57 18.01
0.0 0.0 0.0 0.0 0.02 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.19 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.41 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.2 0.6 0.0 0.0 0.0 0.0 7.5 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra030707 (ELONGATION FACTOR-TU FAMILY)
 5.84 10.87 7.16 19.33 7.3 13.74 13.44 13.87 2.55 2.87 2.64 3.38 6.55 4.15 4.77 5.19 4.93 3.24 1.86 8.35 3.84 3.07 664.13 19.2 21.45 22.42 19.42 17.93 11.88 13.84 23.48
Bra030958 (AtDOB14)
 0.0 0.06 0.15 0.1 0.25 0.49 0.04 0.19 0.11 0.19 0.05 0.38 0.77 1.47 1.5 0.45 0.55 6.06 0.04 0.13 0.15 0.3 141.18 0.3 0.06 0.12 0.08 0.12 0.16 0.14 0.34
Bra031016 (MFT)
 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.35 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra031647 (PIAL1)
 0.55 1.04 0.98 0.75 1.06 0.83 0.34 0.55 0.43 0.44 0.28 0.52 1.11 1.11 1.13 0.57 0.53 2.55 0.63 0.41 0.3 0.29 18.9 0.34 0.42 0.24 0.38 0.23 0.4 0.5 1.0
0.57 1.68 0.22 0.69 0.98 1.15 1.38 1.87 0.11 0.73 0.36 0.52 3.24 0.94 3.36 2.85 2.38 5.98 0.98 1.19 1.22 1.38 23.62 0.59 1.48 0.63 1.24 0.64 0.74 0.86 3.04
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.28 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.02
Bra036140 (CP1)
 2.7 2.34 0.95 1.7 63.88 90.63 43.64 23.11 19.17 15.17 19.1 13.92 30.66 104.19 85.91 64.49 31.92 127.0 48.53 50.72 44.45 31.99 983.25 47.05 38.16 9.95 25.0 35.04 40.52 19.51 37.94
Bra036249 (SULTR3;2)
 0.0 0.0 0.0 0.0 0.03 0.02 0.0 0.01 0.04 0.0 0.02 0.0 0.22 0.02 0.0 0.03 0.02 0.3 0.05 0.0 0.01 0.03 3.21 0.01 0.01 0.06 0.04 0.02 0.03 0.01 0.03
Bra036588 (MYB86)
 0.0 0.0 0.0 0.0 0.05 0.03 0.03 0.01 0.1 0.07 0.06 0.05 0.34 0.03 0.04 0.02 0.14 0.25 0.13 0.04 0.09 0.12 2.19 0.04 0.02 0.0 0.02 0.0 0.05 0.01 0.04
Bra037056 (GRP2)
 5.77 9.34 3.73 10.63 6.49 10.79 6.5 10.34 2.41 6.41 3.17 5.11 19.2 15.2 20.83 15.34 12.38 30.62 7.71 7.27 11.78 10.74 142.06 8.75 8.8 6.89 7.07 9.83 3.28 3.75 11.29
Bra039072 (LBD25)
 0.0 0.0 0.0 0.0 0.33 0.1 0.0 0.0 0.14 0.0 0.0 0.0 0.13 0.13 0.0 0.31 0.0 0.1 0.1 0.0 0.0 0.15 8.52 0.67 0.0 0.1 0.05 0.18 0.11 0.05 0.16
Bra039086 (PHB4)
 2.42 4.55 2.38 4.11 2.79 4.77 3.26 5.12 1.42 3.42 2.66 2.14 10.01 5.22 11.58 8.66 6.64 10.28 3.84 4.44 5.54 5.73 40.24 5.26 5.44 3.42 3.84 3.79 1.53 1.83 7.84
0.0 0.02 0.0 0.07 0.04 0.06 0.0 0.0 0.05 0.04 0.03 0.0 0.23 0.03 0.04 0.13 0.01 0.24 0.0 0.0 0.0 0.07 3.6 0.0 0.0 0.0 0.0 0.02 0.0 0.03 0.0
0.0 0.0 0.0 0.04 0.13 0.05 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.03 0.03 0.01 0.0 0.0 0.05 0.03 0.01 0.01 1.62 0.04 0.0 0.02 0.0 0.01 0.0 0.02 0.01

Details

Raw expression values (TPM normalized), Green cells indicate low expression and red high. (Dark gray cells indicate missing values)